4FJ5A

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj5A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj5A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj5A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj5A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj5A03
4CJPA 3JYTA 1D9DA 4LD0A 3L3UA 4I9LA 4DLGA 1CZBA 4CF0A 5I3UA 4DQIA 4IG3A 4RW4A 3OYNA 3G0ZA 1ASWA 1HYVA 2KTQA 1RT6A 4IBNA 3NGZA 5KRTA 3HK2A 3TAPA 4ID1A 2Z1JA 3CM6A 3EY1A 3C6UA 3KK1A 4XIUA 4KFBA 3OYCA 1HMVA 4ZTFA 4Q0BA 3HVTA 3I0RA 4OGCA 1UA1A 3FFIA 3P5JA 2XY5A 4KHUA 4R5PA 3SV4A 1X9MA 3HL8A 4EZ6A 4DWIA 3TAGA 1IKVA 3AA3A 4M42A 3DLEA 1TKXA 3SUQA 1VRTA 4C8MA 3V81A 1T8EA 1IH7A 1C0TA 4HCCA 4KRFA 3NCIA 4DF4A 1TL1A 2ZQBA 4BACA 2YNGA 4CJRA 1BI4B 2VWJA 3H08A 2HVIA 2Q3SA 3DI6A 4CEZA 4HHTA 3QEVA 4CIFA 4AH9A 3O3GA 2JGUA 4KHWA 4C8KA 4JRPA 1C1BA 5T7BA 4HUFA 4EZ9A 3AVJA 1IG9A 3MXJA 1RTDA 4FZXC 1QSSA 4J2BA 1HQUA 1VRUA 4O44A 4CF8A 1U4BA 4KHQA 3NF7A 4CERA 4FLZA 4DLEA 3S9HA 3TI0A 2FBTA 5K14A 3MAQA 2KZZA 3VA3A 4PWDA 1BCMA 3AA5X 2BGGA 5J2PA 4E1MA 3I0SA 2ETJA 3SPZA 3L2QA 1GOAA 2OZSA 3QINA 3C95A 3VQ4A 4E7KA 3L2UA 3K5MA 1RTIA 4JLHA 4DU3A 1VSJA 1VSFA 3ASMA 3TAEA 1IKWA 3CFOA 2B5JA 2FC0A 3IRXA 1RT1A 4FVMA 3HT3A 1D9FA 5CZ1A 3G10A 2HMIA 2HHXA 4FJ8A 3D45A 1KVBA 3SUNA 2X74A 3AVKA 1CZ9A 4M3TA 3ULDA 3THVA 1TKZA 4KTWA 4CGHA 4OKEA 4K8ZA 4M3UA 1NK4A 2F8SA 5DMRA 1YVUA 4DSLA 1L3TA 1QS4A 4PY5A 3SUPA 1CXUA 3HM9A 4CHYA 3V1OA 3T1AA 1RBTA 4CJWA 3AO2A 4NYFA 4FLUA 4E1NA 4HVJA 3TANA 2ZD1A 1ZYQA 4PA1A 4G1QA 5HRSA 3LP1A 3K5LA 2I5JA 3AVMA 3SV3A 4PUOA 1ZBFA 4RW8A 4CJUA 4AILC 1GOCA 4DQSA 1ITGA 2P5GA 4F3TA 1QHTA 1B9FA 1EKEA 3AVGA 3MXMA 4FJXA 3OS1A 4KAZA 4HUEA 3LALA 4CEEA 5J2NA 1ZBHA 4Z4EA 3O4NA 3KKRA 1LWFA 1Z26A 1TL3A 2DFEA 3CQ8A 1LW0A 1RT5A 1B9DA 1BHLA 1K6YA 3L2RA 1JLBA 1TVRA 1RNHA 4DS5A 1NKCA 5JS2A 4DSEA 4KB1A 3KD5E 1BIZA 3OYLA 4AHCA 1DTTA 2HW3A 4FJHA 4CJ3A 4B9TA 1TAUA 3LP0A 4CHQA 1BQMA 4LSLA 4CHOA 3C94A 2HHWA 1QQCA 1JLFA 4QOZB 4J2DA 4DTNA 2DTUA 1BI4A 2X78A 1CXQA 4BWMA 3OYMA 2GBZA 4CIEA 3TR8A 4MQ3A 2HNDA 1NK6A 2R7YA 1SKRA 1EXQA 1RDAA 1TKTA 5KGXA 2E6MA 3LAKA 4B9SA 4E7IA 3AVBA 5J2QA 4B9VA 2YV0X 2WOMA 1LWEA 1JLAA 4TSXA 3VQ9A 5J1EA 2HHVA 1QTMA 4Y1DA 1NK9A 3RMCA 4CF2A 5KTQA 4CFCA 1LWCA 3S3MA 3VQ8A 1RDBA 2BE2A 3S3NA 1NKBA 3DYAA 2HVHA 4KHYA 4CEFA 3NAEA 2A1SA 2G8VA 3BDPA 1XHXA 2G8IA 2Z1IA 4O55A 1WAFA 3RMDA 1BCOA 3ISNC 5EU7A 4CGGA 4Z0UA 4KO0A 5I42A 4OVLA 3V9ZA 1UOCA 4CFDA 2HB5A 3P1GA 4DFMA 4AHVA 3SQ1A 4I9QA 3PO5A 4F2SA 4BE0A 3KLIA 2G8HA 2PY5A 3AVHA 3LP2A 3ALYA 3U6FA 4CECA 2XO7A 1SL1A 2RPIA 3DLHA 3AA4A 4E7LA 1QE1A 3ZT4A 2KQ2A 3AVCA 5SWMA 1U48A 1REVA 4B8CA 4CEAA 1UA0A 2D0BA 4DSKA 4B08A 4IG0A 1EX4A 4DSJA 4DMNA 4CK2A 4FJGA 4DTJA 4DU1A 2HNZA 2E4LA 1S1UA 3CG7A 3MEGA 3OS2A 3I8DA 3K59A 4JRQA 4AHSA 3IS9A 4M3WA 2B4JA 3HPOA 1RT2A 4N41A 3S3OA 1TAQA 1BIUA 4DQRA 4DFPA 4OPKA 1L3VA 1TV6A 3NH1A 3DLBA 4FYDA 4C8OA 3L8BA 5HBMA 4LH4A 5HLFA 3V9UA 4FLTA 3K5NA 4FZYA 1YTUA 3M8PA 1XHZA 3QEIA 2YNIA 3MECA 3ZT3A 2Z1HA 3TAFA 3HPHA 1S9GA 4OLAA 3DLRA 5DK5A 3SYZA 1VK0A 1RT4A 2A1RA 5HRRA 2NUBA 4AHUA 1EETA 1T03A 3OYGA 1U04A 3P83D 3OJSA 3HVRA 3RRHA 3KD1E 1WSHA 4M3RA 1FXXA 4CJTA 2LSNA 3B6OA 1R0AA 1DTQA 3HP6A 3SQ0A 1FKOA 2Y1JA 2IGIA 4W5TA 1WSGA 3DOLA 1J9AA 3VQEA 4CGJA 1NJZA 2YKMA 4CJEA 1TGOA 1XC9A 2YHAA 3KLGA 4O0IA 3SQ4A 4FJ9A 4KTZA 5C24A 3VQ5A 1KLMA 1RBUA 1Y97A 3ZSRA 3V9SA 2O4GA 1NOYA 3CYMA 3VQ6A 2G8KA 3KKSA 1WSFA 2HHUA 3OYFA 4O5BA 2OZMA 1RTHA 2EX3A 3V9XA 1VSLA 4CJVA 3RMBA 4LH5A 1C1CA 3ZSVA 2G8UA 3AVLA 5HROA 5HRPA 3KLHA 1JLCA 1X9SA 1HYSA 2RF2A 3KJVA 2KFZA 1KFDA 4DTPA 4FJ7A 2FBXA 3NFAA 4FJKA 5E41A 3HJFA 1W9HA 1G15A 4B3OA 2DFFA 4DQPA 1RDDA 2OYQA 3AO3A 4EP5A 4IDKA 3OYBA 1BGXT 4CJQA 3DRRA 1YT3A 3UIQA 1BISA 3RMAA 1SV5A 1WSEA 3DOKA 3LWMA 4DQQA 4B9LA 2XY6A 1ASUA 1VSIA 1HNIA 4DSFA 1UAXA 1C6VA 2IOCA 4CEQA 3DLKA 4IKFA 2RN2A 4CF9A 4F3OA 4ELVA 5KI6A 1LAWA 3PX4A 4H4MA 3DLGA 3LWLA 4GW6A 3RWUA 3KK3A 4CGFA 3OYAA 1WAJA 3PO4A 4DSIA 1S1TA 1LAVA 2Y1IA 2QKBA 2XY8A 3TAQA 2D5RA 5CYMA 1S1WA 3LAMA 1S1XA 4FLWA 4DFKA 3QEXA 5CZ2A 4OJRA 3ZT1A 2RKIA 4NCBA 4FXDA 4RW9A 5D3GA 4RG8A 3DRPA 4FJ5A 2PYLA 3A2FA 1ASVA 3QETA 3EZ5A 3AO4A 1TKDA 1HRHA 1A5VA 1JLQA 4IFYA 1L3UA 3HSTB 1RT3A 4OGEA 4KHSA 2VG5A 1NJXA 5FRMA 4M3ZA 4FJMA 4FLVA 1T05A 2YNFA 4Z4CA 4B9NA 4CCHA 2KFNA 4CJLA 4DTMA 2HHQA 1UWBA 3DM2A 1FK9A 1Q8IA 4NCGA 3CFPA 4FLYA 3K2PA 4NCAA 4HUGA 4Z4HA 4FM1A 3SJJA 4ZTJA 2W42A 3QIPA 4CK3A 1S6PA 3VQAA 2KW4A 3M8RA 1DLOA 2F96A 3U3GA 4ELUA 4KB0A 3KLEA 4N76A 3K5OA 3HPGA 4GVMA 3T19A 4ZHRA 4E3SA 1NJWA 2P5OA 3WNEA 3AV9A 1RILA 4MFBA 3VQ7A 1T7PA 4QAGA 4M3XA 3O3HA 4E19A 3QNOA 3KLFA 4CF1A 3QEWA 1NOZA 3NBPA 3K57A 4KTQA 1X1PA 4Y1CA 1ZBLA 1U47A 1LV5A 3TWHA 1JL1A 2O4IA 4CHNA 1RCHA 2QK9A 1QSLA 3HP9A 1XI1A 4CJKA 1XWLA 3SI6A 4N5SA 1TK8A 4N56A 2QKKA 4Z4GA 3V9WA 3NDKA 3SZ2A 4GMJB 5C42A 1RBSA 1NK7A 4DTRA 3ZT0A 3L3VA 1HYZA 3WNHA 3VA0A 1J54A 1JXEA 2XHBA 3M8QA 4WE1A 4E89A 3MEDA 4CJSA 3F9KA 3M8SA 2JLEA 1RTJA 3ZSXA 4CJ5A 3QLHA 3E01A 3EYZA 4LSNA 5FDLA 1KLNA 4FJLA 2ITGA 3OJUA 4HCBA 4FW2A 5KRSA 3SCXA 4CE9A 1C1AA 3AVIA 3PUFA 1CLQA 1D5AA 2YKNA 4FZZA 1A5WA 2DY4A 3ZSOA 1HPZA 3OYDA 4C8NA 1JXBA 4OPJA 3V1QA 1KRPA 4M45A 3ZT2A 1JL2A 2IDOA 1F21A 4RW6A 2VWKA 2IS3A 3NGIA 4DTUA 1C0UA 2BANA 3O3FA 1D8YA 3LPTA 4KPYA 2G8WA 3SPYA 1VSEA 3LZJA 3SUOA 1JKHA 4H4OA 3AO5A 4FM2A 3VQBA 3OS0A 2P51A 4FCYA 3AVAA 2X6NA 3AVNA 3MEEA 1HNVA 1IKYA 4KI4A 1FKPA 2XRIA 4CFAA 2ATQA 3U3YA 3CM5A 3HYFA 2PYJA 1KCFA 4BDPA 3HO1A 1NK5A 4FK4A 4J2AA 2P1JA 3TARA 1TK0A 1JLEA 1SKWA 1C0MA 4W5QA 1A5XA 3SQ2A 2WONA 4IFVA 3RR7A 2E6LA 3ZCMA 1ZBIA 2OPRA 3AO1A 1HJRA 4ICLA 4CIGA 4BE2A 1J5OA 2KZMA 4OLBA 4M3YA 1IKXA 5KGWA 3ZSZA 4BWJA 3KK2A 4W5NA 3AA2A 4W5OA 4O0JA 4CGDA 3KIOA 3VQPA 3RRGA 1VSMA 3PX6A 2XY7A 1BQNA 4LY7A 3ITHA 3TAMA 1W0HA 3OVNA 1GOBA 3OYKA 1NJYA 3QNNA 1S5JA 2OA8A 4DTOA 1SL0A 2AJQA 4BDYA 4KHNA 3DRSA 1QSYA 4AHTA 1IO2A 2VG6A 3OYHA 4EP4A 3LANA 3F73A 1U49A 2B6AA 4B9MA 4C8LA 3NE6A 4B9UA 4L8RB 4CFBA 1JLGA 4CESA 3L2WA 4DS4A 4FJJA 1S6QA 4BE1A 4FM0A 1BL3A 4CHZA 2GV9A 1KTQA 1EP4A 4I2QA 5HRNA 1LW2A 3V4IA 1ZBUA 1J53A 3C6TA 2EHGA 4I2PA 1L5UA 3NGYA 5FRNA 1VSDA 1RDCA 4E7HA 3QEPA 1KVAA 1VSKA 2HNYA 1SL2A 4DG1A 4CK1A 4Q5VA 2D0CA 3IAYA 1RBVA 3IG1A 4RW7A 5CY4A 3NH2A 4KI6A 1WN7A 1KFSA 3ZSQA 3RTVA 1HQEA 4W5RA 4Z4FA 1Z25A 4F2RA 1YTAA 1RBRA 4BDZA 1WSJA 4CEBA 5FROA 3L2VA 2FBVA 4KV8A 2OPQA 3OYEA 3RR8A 2VG7A 3BGRA 4DFJA 2HHSA 1WNSA 4I7FA 3LZIA 3QIOA 4CJFA 1I3AA 3OYJA 3WNFA 3QERA 4KREA 3V6DA 3TABA 4FK2A 2OPSA 2ZE2A 1RT7A 3VQDA 3HXMA 3JSMA 1NKEA 4F8RA 3VQCA 1I39A 3B6PA 2QXFA 3LP3A 3O4QA 3PY8A 4QCLA 5SZTA 4CGIA 4UQGA 4JS5A 2PZSA 2OPPA 4K8XA 3D0PA 2X6SA 3VN5A 4M41A 3CFRA 1S1VA 1WLJA 4CHPA 1KVCA 4O4GA 2YHBA 3VQQA 2HHTA 4NYNA 5HP1A 3K58A 3MXIA 1NK8A 4DU4A 4FJNA 4PQUA 3SNNA 4OKJA 4J2EA 3ZSWA 3OYIA 4FJIA 4N47A 4ELTA 3PX0A 4FLXA 3LDSA 1SKSA 2DFHA 4E7JA 3NHGA 1O1WA 1Q9XA 1VSHA 2D0AA 3NF8A 4CJ4A 5C25A 5J2MA 2FBYA 3WNGA 3ZSYA 1N5YA 1N6QA 5JS1A 2IAJA 4DTXA 3KTQA 2YNHA 3PV8A 4DTSA 3OY9A 3NH0A 1B92A 3QO9A 1X9WA 4H8KA 4YNQA 3AVFA 1SUQA 2IC3A 1U45A 2Z1GA 1L3SA 2BDPA 4E0DA 3QESA 1MU2A 3NF6A 3DMJA 3V1RA 4AHRA 4HTUA 3NF9A 3LPUA 4CEDA 4CEOA 1TK5A 1KSPA 4B8AB 2G8FA 1S9EA 1WSIA 2GUIA 3T3FA 4F4KA 2F8TA 1NK0A 4ID5A 4YFUA 4JS4A 4KKOA 5CYQA 4Z4IA 1Q9YA 4FK0A 4FW1A 4OKKA 4DF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3E4YA 2E2OA 2LF3A 3UB5A 1RDWX 4NXNK 3RMCA 4JI2K 5KTQA 3GOIA 1QHAA 3QBWA 3NVKA 2BE2A 3S3NA 3A5LC 2O8FA 4KHYA 4CEFA 5F2RA 1XHXA 4PL8A 2Z1IA 3W3DA 3CD6N 1Z6RA 4IO9L 3R8EA 4OVLA 1NJIO 4LC9B 4AHVA 2G8HA 3LP2A 3MDQA 3U6FA 4X62K 3THYA 1NGCA 3CPWM 4BQZA 2P1MB 4E7LA 5BREA 4DSKA 5GADP 4DUYK 1U2VB 4JK7A 4DMNA 4FJGA 4JV5K 4YOXA 2E4LA 2F4VK 4AHSA 3IS9A 3HPOA 4K43A 2P9KB 4K41A 3SBTA 2O8EA 3N1BA 4EYWA 4OPKA 1L3VA 1TV6A 3NH1A 2P9IA 3L8BA 2MMBA 4LH4A 4F9OA 1HUXA 1ESVA 4ISFA 3MECA 3E9OA 3HPHA 3EN9A 1RT4A 2ZGYA 4JD2B 3KZBA 2NUBA 4GVEA 3OJSA 3HVRA 4M3RA 5CE3A 1VQ7N 3O6WA 2F9TA 1K9MO 1FKOA 3CJBA 3DOLA 1J9AA 3MN9A 4WYBA 1VQNN 1QQMA 1XC9A 2YHAA 4O0IA 3SQ4A 1U6ZA 5BN9A 1NNEA 4AKIA 2RHKA 3J27A 3L2OB 3VEVA 3VETA 1KLMA 3GG4A 3V9SA 3VQ6A 1Q18A 3FFKB 3CXCM 2HBJA 2P9LB 4O5BA 1RTHA 1FZ8E 2EX3A 1VSLA 4UY8O 2KFZA 1KFDA 3NFAA 2ZJRL 2D1KA 2DFFA 4DQPA 1ATSA 4CJQA 4ILHA 4OPHA 1XVBE 3RMAA 1SV5A 4JKAA 4DQQA 4PKIA 2XY6A 3SMSA 2QTDA 3H45C 1HNIA 1UAXA 1OH6A 3DLKA 4IKFA 4CF9A 4ELVA 5KI6A 1LAWA 1BA1A 4DV2K 3LWLA 3PO4A 1LAVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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