4FO0A

Human actin-related protein arp8 in its atp-bound state
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
593
structure length
502
Chain Sequence
GPLVPESLQEQIQSNFIIVIHPGSTTLRIGRATDTLPASIPHVIARRHKQQGQPLYKDSWLLREGLNKPESNEQRQNGLKMVDQAIWSKKMSNGTRRIPVSPEQARSYNKQMRPAILDHCSGNKWTNTSHHPEYLVGEEALYVNPLDCYNIHWPIRRGQLNIHPGPGGSLTAVLADIEVIWSHAIQKYLEIPLKDLKYYRCILLIPDIYNKQHVKELVNMILMKMGFSGIVVHQESVCATYGSGLSSTCIVDVGDQKTSVCCVEDGVSHRNTRLCLAYGGSDVSRCFYWLMQRAGFPYRECQLTNKMDCLLLQHLKETFCHLDQDISGLQDHEFQIRHPDSPALLYQFRLGDEKLQAPMALFYPATFGIVGQKMTTLQHSLFEGKALGLDKAILHSIDCCSSDDTKKKMYSSILVVGGGLMFHKAQEFLQHRILNKMPPSFRRIIENVDVITRPKDMDPRLIAWKGGAVLACLDTTQELWIYQREWQRFGVRMLRERAAFVW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of Actin-related protein 8 and its contribution to nucleosome binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Gene regulation
source organism Homo sapiens
molecule keywords Actin-related protein 8
total genus 167
structure length 502
sequence length 593
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.90 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4fo0A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fo0A04
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4fo0A03
5KPTA 1NBWA 4IJAA 3WXLA 3QFUA 1J6ZA 5ADXA 5AQNA 2WUSA 3O5BA 4BRFA 3CJ9A 4J8FA 5AQVA 3O1WA 3B8AX 1NGIA 4H0OA 4NB4A 4XH1A 1QQNA 4XEIA 4GY2B 4F9OA 4EHUA 1WUAA 5F0XA 5EX5A 2HF3A 2FF3B 1LOTB 4B1XB 4CZGA 4H0PA 5B8HA 5AQIA 1T6DA 1QQMA 2YHWA 1NGFA 4FWRA 3FZFA 5ELZA 1TUYA 1SQKA 4BR4A 2GEMA 2DPNA 2H3GX 5ADXH 1QZ6A 2ZWHA 2PBDA 2Q97A 2E2QA 1XQSC 4B1UB 5JLFA 4CBUA 1S22A 4AM7A 4H0TB 4BC4A 1TYQB 1YUWA 2OANA 4BRHA 3OHRA 3WQUA 4A2AA 3KVGA 2CH6A 5LY3A 3BF3A 5BN9A 3U9ZA 5FPMA 3EZWA 2NRHA 2QWQA 1ESVA 3QB0A 4JHDB 2QWNA 3EKUA 3CQYA 4A2BA 2IIRA 5KQDA 3L0QA 5AQLA 4WQ4A 2UYTA 4BQLA 1MWKA 2A41A 1BA0A 4BRKA 4IO8A 4CD1A 2E2OA 1NGGA 3GBTA 3VGMA 1HKBA 3A5OC 2VYPA 3ENOA 1NM1A 2P9LB 5FPEA 4E1JA 5AZIB 4FWLA 3SMPA 3IDHA 5BR9A 3QBWA 3UKUB 2P9SB 3VEXA 2F9WA 3GG4A 4CZFA 1X3MA 5AZJB 1E4FT 1KAXA 1G99A 4EAHD 4BG8A 3VF2A 3DXKB 4FWMA 4DHYA 4WQ4C 1ATSA 2YHYA 4JNEA 1BU6O 1X3NA 2A42A 4XH5A 2Q31A 5EOYA 1GLAG 2P9IB 3VEOA 2E20A 2V7ZA 3BP8A 5BPLA 1Z6RA 4RCHA 3WEEA 4M63C 1GLEG 1HUXA 4I6MA 3CIPA 3EO3A 4CZLA 4O8KA 3WXIA 1BUPA 3DWLA 3S41A 3VESA 4FWQA 5AFUA 4BRPA 1V4TA 4M7XA 4BR2A 2FF6A 5E26A 5BN8A 2I7PA 3DAWA 2P9UB 2BUPA 3CHWA 3H1VX 1MWMA 3VPZA 1E4GT 4ISGA 4BRLA 3UE5A 1NLVA 3LDPA 3LDLA 4BREA 3W0LA 4PL7A 2A3ZA 1YXQA 2AA4A 2NZTA 1SZ2A 2YCHA 1QZ5A 5AQHA 5FPNA 2ZGZA 2E2NA 5AFUH 3FZMA 4RWTA 2GUPA 4BRMA 5AQJA 3UKRA 2ASMA 4BR9A 3ENHA 4BVOA 4K41A 3ULEB 4GNIA 1KAZA 4M7YA 2Q0RA 1BG3A 5TKYA 5AQXA 3H1QA 1NGHA 4CBXA 3VEWA 4CZJA 3WXJA 4L3QA 5AQPA 1P8ZA 2P9PA 3GL1A 2P9KA 4FL9A 3MN7A 3FZLA 3P4IA 4Y0WA 2ZGYA 4BRQA 2CH5A 4CD3A 4MLEA 3A8YA 4RTFD 4CZIA 3O80A 4CJ7A 3HBTA 4FSVA 1MDUB 4H0XB 2QWOA 5LJWA 4DCHA 2W41A 1ZXOA 1YVNA 3VEYA 4BGAA 3A0IX 1HKGA 2IVPA 5KPZA 3MCPA 3VGKA 2YJFA 4O5FA 3FGUA 5AQMA 2D4WA 4A62A 4MO5A 1NMDA 2P9NB 1C0GA 4LC9B 3O08A 3CJCA 3VGLA 3QFPA 4H03B 4JAXA 1KXPA 5AQQA 1NWKA 3VERA 3ZX2A 5EXWA 4FOEA 4KBOA 4BC5A 4BR5A 4FWNA 4CBWA 5I9EB 4H5RA 1BWFO 2E2PA 4EFHA 5AQRA 2QWRA 3QDKA 1HKCA 2CGLA 3MMVA 4IWVA 1QHAA 2A5XA 4H0VB 3H3NO 5AQUA 3H46O 3CJ7A 2I7NA 3BUZB 1X9JA 3M3ZA 2QW9A 3WT0A 5AQTA 4FWSA 3C7NA 5AQFA 1K8KB 3VEZA 4PL8A 5JLHA 1Y64A 3A5LC 1U6ZA 2Q0UA 2E1ZA 3GOIA 4H5WA 4PKIA 3D2EA 3TU5A 3VOVA 2QWLA 2IVNA 3SJHA 3AY9A 4JD2B 1BOTO 2F9TA 3FZHA 1ATNA 1RDWX 4IJNA 1ZBSA 1IJJA 2GWJA 3WEEB 4PKHA 2V51B 4BGBA 2BTFA 4QS9A 3FFKB 4I6MB 3U4LA 3JS6A 3ZX3A 3CQXA 3DXMA 3L4IA 2QWPA 3M1FA 1LCUA 3O4WA 2FSNA 3D2FA 5AZIA 2Q1NA 3IFRA 3SLCA 4QS7A 3H6EA 4FWOA 3AARA 3A5NC 2E88A 3ZETA 3BEXA 3IUCA 5CE3A 1R59O 1WOQA 3CI5A 3RSEA 4ISFA 1XUPO 2GELA 3A5MC 2Q36A 1S3XA 2QWMA 3LDNA 3R8EA 2YHXA 3ZEUA 3L6QA 5EY4A 3UKRB 3M6GA 4A61A 3O1BA 4H5VA 2VWBA 3FE1A 1HX1A 5AQYA 3J8AA 4BRNA 1H1VA 2VCPA 3MN6A 3EL2A 1RGIA 3W3DA 2P9PB 1MA9B 1GLDG 4BROA 1ZC6A 5AQGA 5KPRA 2P9KB 4EHTA 1DGKN 4BR0A 1U2VA 4Z94A 2HMPA 1EQYA 5FPDA 1XC3A 5AQWA 1D4XA 2AP1A 2FSKA 2FXUA 5KQ8A 2YJEA 1Z05A 4AM6A 1NGBA 3AAQA 4CZEA 3MN9A 3LM9A 1GLBG 1NGAA 3U9DA 3VF4A 3MDQA 2ITMA 4H5TA 4BG9A 5BREA 5BRFA 3WQTA 3ATUA 3H45C 4HTLA 2CGKA 3BF1A 1HPMA 1CZAN 3VENA 3AAPA 3LM2A 3KZBA 1GLFO 3FLCO 3GE1A 2ZF5O 1BDGA 4FOIA 1NGJA 2E1YA 3FZKA 4FO0A 3FR0A 2FLOA 3ULEA 3U8XA 1NGEA 1JCGA 4MLHA 1KAYA 1GLJO 4CI6A 4CZMA 3D7EO 2QXLA 1V4SA 4BRAA 5BRDA 3ATVA 3QMLA 2QM1A 4QS8A 4BC3A 1IG8A 1BO5O 3CJBA 1NGDA 1JCEA 2GWKA 3IMXA 4PKGA 4BQZA 1QQOA 5JICA 1GLLO 4IZ9A 2V7YA 2D0OA 3LDOA 3C7NB 4B9QA 4FWPA 3QBXA 4FPBA 4H0YB 4DB3A 4WQ5A 1HJOA 2GTDA 1C0FA 3D2EB 4DQ8A 1T6CA 1BA1A 5AQZA 2EWSA 2W40A 1TYQA 3C0BA 3EN9A 5E84A 5AR0A 3HSCA 4ISEA 4B1YB 4CZKA 5BRHA 3DJCA 4B1VA 4K25A 3H3OB 4BRCA 1JCFA 2P9NA 2ASOA 3HTVA 3JXUA 4JHDA 3HZ6A 3MK6A 1RFQA 3HI0A 3EKSA 1YAGA 3DXMB 1TUUA 2A40A 3SMSA 4NO7A 2PAVA 3WXKA 3CERA 3ID8A 3D2FB 2D1KA 4C23A 5BPNA 1NGCA 3WUHA 3TPQA 3I33A 2P9LA 3VETA 2FSJA 3ZETB 1K8KA 4YDUA 5F1XA 5AQOA 3CJAA 3LDQA 4HWIA 4WQ5C 2ASPA 5EVZA 1GLCG 3RSEB 4BR7A 2IVOA 3O6WA 2J4RA 3LL3A 4XH4A 3G25A 4BC2A 2Q2RA 3UKUA 4H5NA 5LJVA 2P9SA 3KHYA 3CJ1A 3ZEUB 5AQKA 2E8AA 5AZJA 3O8MA 1ATRA 3ZX0A 4JD2A 3VF6A 1DKGD 5AQSA 4BRGA 3VEVA 2D0PA 2KHOA 3DXKA 5JMVA 2CGJA 4BVPA 3F9MA 4B1WB 4MO4A 1Q18A 3CETA 1U2VB 4BRIA 2P9IA 4K42A 1DEJA 2HF4A 2HOEA 1T44A 5F2RA 3MN5A 4BRDA 2V52B 4FWKA 5BPMA 4K43A 1OKJA 2YI1A 3R9PA 4WYBA 4YDUC 3SK3A 3GDQA 4FPAA 2NLXA 3R6MA 2P9UA 3UB5A 3I8BA 1SAZA 3HM8A 4IXCA 1HLUA 4B1ZA 4CZHA 4JN4A 3QICA 4EIAA 2A6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JL1A 1NBWA 3LALA 4YORA 3QFUA 4H8KA 2WUSA 1RTHA 4DQPA 3HOTA 4Z4EA 5SWMA 3CJ9A 5GADP 1BHLA 4H0OA 4E72A 3K5OA 1S1TA 4XH1A 1QQNA 4E1MA 4F9OA 2HF3A 2UXBK 5J2MA 3I0RA 3SQ2A 3NHGA 4B1XB 4H0PA 5B8HA 3DLLL 4QCLA 3ZCMA 5GAHP 2YHWA 3CCSN 1NKBA 3DI6A 3FZFA 1YJ9N 5JENA 2GEMA 2H3GX 2P5OA 1NU0A 2ZWHA 1RBVA 3E66A 2PBDA 4DR3K 4JI2K 4NLCA 3ZT2A 2E2QA 2QEXN 1BIUA 3OYNA 1VQLN 1TYQB 1WSGA 4BRHA 3AO5A 3DYAA 3LP3A 4U67L 3SUNA 3U9ZA 2NRHA 1R0AA 4DTMA 3EKUA 3CQYA 5KQDA 2PYJA 2UYTA 4BQLA 5FRMA 1SL0A 1XC9A 5EU7A 4B9UA 2A41A 4O5BA 5M1NA 4CFAA 4IO8A 2KFNA 1NJZA 1WSFA 2YV0X 4KB0A 2HBJA 4BDPA 1OVYA 3A5OC 5CYQA 2XY8A 3ENOA 2W00A 3CFPA 2C1GA 3IAYA 3J7ZO 3SNNA 3HRGA 1LWFA 4FWLA 3QEXA 3QBWA 3UKUB 1JLGA 2HHHK 4FK4A 2O8DA 1X3MA 3C65A 4JRQA 4DSJA 1E4FT 5C24A 1N36K 2O8BA 4M42A 4DTOA 4NYFA 4BG8A 1WBDA 5DM7L 2YHYA 4HUGA 4O55A 3J7YP 2A42A 2Q31A 1EP4A 4CFDA 3ZSVA 3T69A 3RTVA 1TGOA 3K0SA 3QESA 1QSLA 4CGDA 4I6MA 4CF0A 3EO3A 4CZLA 3DWLA 3S41A 5AFUA 4BRPA 1KVBA 3LAKA 3NF8A 4M7XA 4BR2A 3ZT1A 2YKMA 1TK8A 3VQBA 1NJYA 4HTUA 5M1PA 2AJQA 4CJQA 3EE9A 3UE5A 5I42A 4E7HA 1EX4A 2HHTA 2RF2A 3LDLA 4BREA 3SQ1A 4JI7K 3MWPA 5C2FA 2JWKA 4KHPK 1QZ5A 5AQHA 5AJ3K 4DQSA 4BR9A 1L5UA 4J2BA 2X6NA 4K41A 4M7YA 2P5GA 1GOAA 1ASVA 4CBXA 4CEAA 4CZJA 3WXJA 4LF9K 1ASWA 5AQPA 1L3UA 1TKDA 3OY9A 2VWKA 3MN7A 3PIPL 4BACA 3FZLA 5HLFA 1YVUA 2ZGYA 3LP2A 4BRQA 2G8UA 4CD3A 4CIGA 4RTFD 4DU1A 1KSPA 4CJ7A 3LZJA 4YHHK 4CHYA 3IS9A 1MDUB 4CJ3A 2QWOA 5LJWA 1LV5A 2W41A 2F8TA 3AVJA 4BGAA 1HKGA 1QQCA 3P39A 5KPZA 1C0TA 2NRZA 3MCPA 4CERA 4CF8A 2YJFA 2UUAK 4CHQA 1U04A 2D4WA 3I0SA 1JLCA 2WC9A 4JK9A 3O08A 1IBKK 1VSEA 4JAXA 2B4JA 5J2PA 3V81A 4CF1A 5I9EB 3C94A 4N41A 2E2PA 2B5JA 4IEIA 4I9LA 4DLEA 3AO3A 1HKCA 4FJKA 3BY5A 4IWVA 1QHAA 3O4NA 3NH1A 3QEWA 3M5RA 3H46O 3CJ7A 3V6DA 2I7NA 3CC7N 3F5TA 4F4KA 4KREA 3M3ZA 2QKBA 1KTQA 3P83D 1K8KB 3L3VA 3VEZA 4PL8A 5JLHA 2EHGA 2A1RA 4O4GA 2Z1JA 4H5WA 1XWLA 4FM2A 5HROA 2HMIA 4KHSA 3D2EA 2OZSA 1BCMA 3AY9A 4JS5A 4OPKA 4DFPA 1IV0A 4JLHA 4B9VA 5HRNA 4AQYK 1ZBUA 3DRSA 1ZBSA 1WN7A 1IJJA 3K57A 3WEEB 1U4BA 2V51B 1EWQA 4QS9A 1N5YA 3O9TA 4GMJB 2OTLN 3I56N 4K8ZA 4M41A 3O4WA 4LF7K 2D0CA 3IFRA 3SQ4A 2DFEA 4QS7A 3H6EA 3SLCA 4DU3A 1VK0A 3OYBA 1FKOA 3BEXA 3KKSA 4CFCA 4KTWA 5CE3A 1R59O 3RSEA 3CPEA 4ISFA 3L2VA 1XNRK 2GELA 3A5MC 2Q36A 3LDNA 2YHXA 4DSFA 3HP9A 4KKOA 3MECA 4H5VA 2VWBA 4F2SA 5IT9O 4R5PA 2VG7A 1NJWA 1C0UA 1S1UA 1RGIA 1RDUA 3AVGA 5KPRA 4EHTA 4CJKA 3FFIA 1Q9YA 4FZXC 3PX6A 4NCGA 4CEZA 3KLIA 5C42A 2OPQA 1Z05A 1NGBA 3CCRN 3MN9A 3LM9A 3U9DA 1SV5A 3LPTA 3ULDA 4OLAA 4CVNE 4H5TA 5BRFA 3WQTA 4M3YA 1X9SA 5DMRA 4GKJK 4FVMA 3PX4A 4RW7A 3LM2A 3GE1A 4FOIA 4DV4K 1NGJA 4FO0A 4ELTA 4LF5K 3LP0A 4FJLA 4GVMA 3P1GA 3P38A 2PFUA 1NG9A 4H4MA 1V4SA 3ZSOA 4BRAA 4CHZA 4E7JA 4B9SA 3QMLA 2HW3A 1IG8A 1BO5O 3E1YA 2GWKA 1BQMA 1NGDA 3KLEA 1RBSA 2FBVA 4JKCA 4BQZA 2ITGA 1QQOA 3PIOL 4E7IA 2GX9A 2V7YA 5I3UA 1U49A 1YT3A 4CEFA 4BEBA 3VQCA 4LSLA 4KI4A 4FZYA 4H4OA 3TTDA 2QI2A 2Q3SA 2E4LA 2GTDA 3HP6A 4DUZK 1C0FA 3K9JA 4Z4CA 5AQZA 2EWSA 5E84A 3CCEN 4LF4K 4ISEA 4B1YB 4CZKA 1TV6A 5GIOA 3DJCA 2XY5A 4BRCA 1JCFA 4RW8A 3HTVA 2E5LK 2P51A 3TAGA 3LWLA 1RFQA 3HI0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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