The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
168
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structure length |
168
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Chain Sequence |
AVQLSELRDRQAIFETLVAKGRELLACDRVIVYAFDDNYVGTVVAESVAEGWPQARDQVIEDPCFREHWVEAYRQGRIQATTDIFKAGLTECHLNQLRPLKVRANLVVPMVIDDQLFGLLIAHQASEPRQWQEIEIDQFSELASTGSLVLERLHFLEQTIASLHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Photo-Labile Thioether Linkage to Phycoviolobilin Provides the Foundation for the Blue/Green Photocycles in DXCF-Cyanobacteriochromes.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
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| source organism |
Thermosynechococcus elongatus
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| molecule keywords |
Methyl-accepting chemotaxis protein
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| total genus |
56
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| structure length |
168
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| sequence length |
168
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-06-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2W3E A; 2VZW A; 3KO6 A; 2W1T A; 2W3F A; 3RFB A; 3EEA A; 4EU0 A; 2VJW A; 3CIT A; 5HPF A; 1YSQ A; 1YKD A; 2K2N A; 3OOV A; 2LB5 A; 4O01 A; 4Y5F A; 4R6L A; 4DMZ A; 5AJG A; 4BWI A; 4G3K A; 2VKS A; 3G6O A; 4GW9 A; 2KLI A; 3S7Q A; 3KSG A; 2W3H A; 1F5M A; 2XRN A; 4EUV A; 4Y3I A; 2K31 A; 4Y2F A; 3LFV A; 2ZMF A; 2O99 A; 5DFY A; 5C5K A; 4Q0H A; 2O9C A; 3KSI A; 4MCW A; 4MDZ A; 1MKM A; 4IUH A; 2W1T B; 3HCY A; 3IBR A; 3MMH A; 2B18 A; 3IBJ A; 4IJG A; 5LBR A; 4ZRR A; 4LRY C; 4Q0I A; 3TRC A; 3OBF A; 2M7V A; 4DN0 A; 3DBA A; 2O0Y A; 3KSF A; 2XSS A; 5K5B A; 3ZQ5 A; 2W3G A; 2XRO A; 3MF0 A; 4MN7 A; 4GLQ A; 2GX5 A; 2O9B A; 3D3O A; 4Q0J A; 4PAU A; 3KSH A; 5HL6 A; 2LB9 A; 4YOF A; 5I5L A; 2Y8H A; 1MC0 A; 5DFX A; 2W3D A; 4E04 A; 2O9A A; 1VHM A; 5HPI A; 3E98 A; 1STZ A; 2Y79 A; 3NHQ A; 3E0Y A; 2QYB A; 3CI6 A; 4G3V A; 2M7U A; 1TD5 A; 1ZTU A; 3MQ0 A; 4O8G A; 5L8M A; 4FOF A; 5HSQ A; 3VV4 A; 3NOU C; 4IUK A; 3S7O A; 4MMN A; 4RQ9 A; 4QPR A; 4LRX C; 4CQH A; 3K2N A; 3NOT C; 2G7U A; 3C2W A; 4R70 A; 4YNR A; 4ETZ A; 2HGV A; 4LRZ E; 1TF1 A; 2OOL A; 2KOI A; 5TJJ A; 3S7N A; 3W2Z A; 4ETX A; 3S7P A; 2IA2 A; 3NOP C; 4O0P A; 4Z1W A; 3R4K A; 1YSP A; 4ME4 A; 3BJN A; 2VEA A; 3O5Y A; 2W1R A; 4G3W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2R9X A; 5A90 A; 3KO6 A; 5AQA A; 3GDI A; 5HDD A; 4DJ3 A; 3CPT B; 5AQ9 A; 4S2K A; 2LB5 A; 1V9Y A; 1K55 A; 1WA9 A; 4DMZ A; 3B42 A; 5DF9 A; 5FA7 A; 4KZA A; 5GHY A; 5KSC A; 2VKS A; 4GW9 A; 4BL3 A; 4KUK A; 4LPZ A; 1DJC A; 1UWP X; 2Y2I A; 4R38 A; 2HP5 A; 4U0X A; 4OQI A; 3EEH A; 2VV8 A; 2HDS A; 2H0Y A; 1N9N A; 4DE0 A; 2A49 A; 3UPN A; 1K4F A; 1O07 A; 4PKY G; 3GSG A; 4F94 A; 3NJA A; 3CG5 A; 2XH9 A; 3U4L P; 5CHU A; 1ESI A; 3A3I A; 4K0W A; 3UB5 P; 1RGZ A; 4S2O A; 4E6W A; 1NRJ A; 2JKR M; 1NJ4 A; 4RYE A; 3Q81 A; 1PW8 A; 5I5L A; 1IKG A; 2Y8H A; 4GD8 A; 4MBF A; 2Y55 A; 1TS8 A; 2JKT M; 1UWN X; 5HAI A; 4BBT A; 3ZGA B; 4PHT A; 3WWX A; 3HJK A; 3PBN A; 4S2I A; 1NYY A; 1G28 A; 2R78 A; 3VV4 A; 3NOU C; 1BYW A; 1OTE A; 2PU2 A; 4HY8 A; 4E3J A; 2WKI A; 4R70 A; 2G7U A; 4DF6 A; 4IVI A; 2J9O A; 1AWI A; 2B02 A; 1EWZ A; 1K54 A; 3JYI A; 2Q0O A; 4K0X A; 2IA2 A; 4KG2 A; 4H8R A; 3NCK A; 4LV1 A; 2WGV A; 3BQA A; 3OCN A; 2G2W A; 5J8X A; 3A0S A; 5FEF A; 4QHC A; 4ARZ B; 5MC7 A; 5CGW A; 2Y2K A; 4R3A A; 4S2L A; 3CIT A; 4EER A; 2PR5 A; 5KIZ A; 5AQB A; 4ESP A; 2V1Z A; 4HJ4 A; 2ZC7 A; 2GDN A; 4L9E A; 4BD1 A; 2ZQ9 A; 1FCM A; 4P0M A; 5JYP A; 3ITB A; 4EUV A; 4LLO B; 1LSW A; 5A91 A; 2X01 A; 2ZMF A; 4CJN A; 2OV5 A; 5EVI D; 3VE4 A; 4KQQ A; 3PYP A; 3C38 A; 3M6H A; 4FD8 A; 1VQQ A; 1XKZ A; 1JTG A; 1NLY A; 3FG8 A; 1WYB A; 3MR0 A; 3BM6 A; 3HVF A; 2FH5 A; 4MN7 A; 3OPH A; 4GLQ A; 2B95 A; 5HWV A; 3UN7 A; 1K6R A; 1P9W A; 2WZX A; 2D01 A; 2WKR A; 1M6K A; 2VGJ A; 2Y79 A; 3E0Y A; 2QYB A; 1CEG A; 1MWS A; 1D06 A; 3G4P A; 4O8G A; 1LL8 A; 5TFQ A; 5DKL A; 2ZBB A; 1K38 A; 4X68 A; 2OWH A; 1RP5 A; 5FEG A; 2Y2G A; 2WKE A; 2HGV A; 3M6B A; 1KE4 A; 4NK3 A; 4E3I A; 3ZFZ A; 3O3V A; 4GN2 A; 3HLW A; 4DXB A; 3IHA A; 1DJA A; 1RGY A; 2A3U A; 3HLE A; 3G2Y A; 4N1H A; 1OME A; 1T1A A; 4I39 A; 1ES5 A; 1XFQ A; 5TR7 A; 3C4P A; 3N8S A; 3MSH A; 3VOZ A; 5AJG A; 2ZM8 A; 4GS9 A; 1K56 D; 5F68 A; 2WKP A; 1VEU B; 3MXR A; 2ZC3 B; 3TW8 A; 1OTB A; 1SKO B; 2ZL1 B; 2V8F A; 4B88 A; 1BSG A; 1GSV A; 1PRQ A; 4NKP A; 5M18 A; 2VGL M; 1T19 A; 3ZNY A; 1SKF A; 4KZB A; 4E3N A; 2M7V A; 3F1O A; 4LV3 A; 3ZQ5 A; 4N9L A; 3G32 A; 5HAP A; 1FQG A; 4FUW A; 3V67 A; 2WAD A; 3SOI A; 4HJ6 A; 4P87 A; 4FCF A; 3M2J A; 1CJF A; 4OPQ A; 3ZVT A; 1JWV A; 2CC1 A; 4X6T A; 1ZG6 A; 3LUQ A; 4D60 A; 1KOU A; 4Y15 A; 1CF0 A; 1SDE A; 4IUK A; 4FSF A; 3T1Q B; 5F6A A; 3MQQ A; 3SS4 A; 5GLC A; 2VV6 A; 3IWI A; 4I3I A; 1DY6 A; 3A3D A; 2DRW A; 3O87 A; 1YLP A; 1H0M A; 3MZD A; 1PWG A; 4BD0 A; 4E6X A; 1MWR A; 1XJ3 A; 4LFU A; 4EEP A; 2IWB A; 2QHK A; 3V5M A; 2HDQ A; 3QNB A; 4EUZ A; 1LSX A; 4HH2 A; 3OLO A; 5DTS A; 2VJW A; 1ERQ A; 2QKP A; 1W63 M; 1NXY A; 2BLS A; 1W8Y A; 4GOG A; 3MKE A; 2KX6 A; 3H9W A; 1G5U A; 3VP0 A; 3MXQ A; 4G3K A; 1FOF A; 3JVU A; 3OPP A; 3LGO A; 5FQ9 A; 2XRN A; 4X53 A; 1LI9 A; 2XDM A; 5GLB A; 3HUN A; 3F1P A; 2O9C A; 1OTD A; 2GNX A; 5CRF A; 1MKM A; 1OTI A; 2ZQC A; 2RL3 A; 4ZTK A; 5DTK A; 1SCW A; 4ZRR A; 1JWP A; 4S2M A; 4ZJ2 A; 4KZ4 A; 2O0Y A; 1N9B A; 3UE3 A; 3PAE A; 4OP8 A; 3FV7 A; 3N6I A; 3NY4 A; 1A0K A; 3VOY A; 3GRJ A; 4L0L A; 4P6Z S; 1N4O A; 4ZBE A; 4FH4 A; 3PBQ A; 3RH8 B; 2P9V A; 5I94 A; 2PYP A; 1YLY A; 3VP3 A; 4D2O A; 2J9P A; 5E2E A; 5AVF A; 2JKG A; 4RQ9 A; 5AVE A; 3BY9 A; 3QP1 A; 3IX4 A; 3K2N A; 2Y2N A; 3LR4 A; 1OJ5 A; 4WMC D; 1JVJ A; 5HWT A; 4KQD A; 3UME A; 3CJM A; 5TJJ A; 4AFI A; 4WLA A; 3IT9 A; 3W2Z A; 4KQR A; 4Z1W A; 4JGR A; 1XJ6 A; 1K57 A; 2ZOH A; 2JHE A; 4G3W A; 1PI5 A; 4S2N A; 1N9O A; 3IXG A; 5IHV A; 5F1F A; 4UA7 A; 3ZCZ A; 4HHD A; 4BWI A; 2EA9 A; 4H6J B; 2G2U A; 3LIF A; 2KLI A; 5HD5 A; 2XF3 A; 1U60 A; 3FKW A; 3V39 A; 2OAP 1; 3KSI A; 1FR6 A; 3BQ8 A; 1K6S A; 4U3T A; 1WYC A; 3LY3 A; 2W1T B; 5CEB A; 2Y2L A; 4QD4 A; 1KGG A; 4JBF A; 5EOE A; 3K3C A; 3UDF A; 4IJG A; 4XUZ A; 4OVD A; 3Q7Z A; 4UAA A; 2EXA A; 3H82 A; 2JE5 A; 3L9K A; 2WGW A; 3Q7V B; 1YM1 A; 4MNR A; 1ES3 A; 3HLC A; 1XGI A; 2EX8 A; 1YLJ A; 3UMD A; 4WF0 A; 1YT4 A; 3SS5 A; 3IX3 A; 4L9F A; 4NXB A; 4R3B A; 1MC0 A; 3QNC A; 3EQV A; 1ES4 A; 3DTI A; 1PW1 A; 2O9A A; 4KZ7 A; 1GHP A; 3RTY A; 1PNE A; 2D02 A; 3ZYT A; 1Q2P A; 2EX6 A; 2Q9M A; 2EX9 A; 4MEZ A; 5FI2 A; 3IF6 A; 5L8M A; 1XGJ A; 1YMS A; 4MMN A; 1P9R A; 3C7U A; 4EW7 A; 1N9L A; 5L09 A; 3UE1 A; 4ZJ1 A; 4RX3 A; 4EBN A; 5HAR A; 4LRZ E; 3UB8 A; 5E2G A; 1XA1 A; 3UDX A; 3SS3 A; 2UV0 E; 4DRT A; 4R23 A; 1YSP A; 2HDU A; 1S4R A; 2W1R A; 3FZC A; 2VK3 A; 1YLT A; 4HES A; 5TBM B; 2QZ6 A; 1VET B; 2Y2H A; 3TG9 A; 2HF6 A; 2K2N A; 3UO9 A; 4LV2 A; 5L07 A; 4FH2 A; 1K55 C; 3PHY A; 2L4R A; 1IFQ A; 2XFS A; 2W3H A; 3C30 A; 4Y3I A; 3TSG A; 4Y2F A; 1H8Z A; 4Y0O A; 3ZG9 B; 4F3L A; 3GV9 A; 5FQK A; 4IUH A; 3GMW A; 2J3W A; 3MMH A; 4FTX A; 5EVI A; 1YPR A; 4NG2 A; 3LIB A; 2XD5 A; 4EQ1 A; 4GHI B; 4EEU A; 3PAG A; 2HPB A; 2W3G A; 3T4L A; 1ESU A; 2Y2Q A; 3UPP A; 4OPZ A; 4PAU A; 4GDB A; 4II7 A; 4X1M A; 3WRT A; 1IEL A; 3H7W B; 4PM5 A; 5FQI A; 4N1X A; 5DJU A; 3LEZ A; 4E04 A; 1Y54 A; 1ERM A; 1GA0 A; 2PR6 A; 2XEP A; 2RCX A; 3C2W A; 5E2F A; 3A3F A; 4HH3 A; 1FIL A; 4ETZ A; 4DDY A; 1H5X A; 4GZB A; 2Y2O A; 3HUM A; 3NOP C; 4CLC E; 4QY6 A; 2YKF A; 1ZC2 A; 3LR3 A; 4IED A; 1NRF A; 2HP6 A; 4JXG A; 1S4S A; 5FL3 A; 5IS1 A; 5L10 A; 3IH8 A; 5EM0 A; 1BT5 A; 1W8Q A; 4EXO A; 4CLC B; 3CMZ A; 3KSG A; 4CLC C; 1K56 A; 4GKU A; 2Z6C A; 2EFX A; 4Q0H A; 2AVX A; 2PYR A; 4MCW A; 2VGK A; 1TS6 A; 1XXM A; 4OOL A; 1NLZ A; 1NZO A; 4UQI S; 2ZQD A; 1PWC A; 3C4O A; 1L0G A; 3G31 A; 2Y4A A; 1MKI A; 4NEE D; 5FQM A; 1TS0 A; 4KEN B; 4OKP A; 5TGF A; 4YOF A; 3A3E A; 4UA9 A; 2HV1 A; 1IYS A; 4RA7 A; 5DFX A; 4Y7P A; 3TE8 A; 3O88 A; 3N8L A; 1S66 L; 3P09 A; 1K4E A; 2M7U A; 1TD5 A; 4GJ4 A; 4HIA A; 4ARZ A; 3A0V A; 1H8Y A; 3GR2 A; 3IHB A; 3WS5 A; 5DJT A; 2FZ0 A; 3S1Y A; 4CPK A; 2KOI A; 3V3R A; 1PYY A; 4BJP A; 3QP2 A; 4ETX A; 3ZG5 A; 4KUO A; 3KYZ A; 1GSW A; 4HQA A; 3NDE A; 1XA7 A; 3CHW P; 1TS7 A; 1VB6 A; 4EU0 A; 1PIO A; 3ITA A; 1YSQ A; 3BYD A; 1YKD A; 3OPL A; 4P6Z M; 5EV0 A; 4YFM A; 3G34 A; 4E3K A; 4C3Q A; 3HLG A; 3BLS A; 4GS9 B; 4IHQ A; 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