The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
151
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structure length |
140
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Chain Sequence |
SKNVKGFLENTLKPYGSLQSSMIITATNGGILSYATSNNSINEINSVNNLKMMSLLIKDKWSEDENDNSCYPVEIDSFKTKIYTYEMEDLHTCVAQIPNSDLLLLFIAEGSFPYGLLVIKIERAMRELTDLFGYKLGLEH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ego3 functions as a homodimer to mediate the interaction between Gtr1-Gtr2 and Ego1 in the ego complex to activate TORC1.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Protein SLM4
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| total genus |
40
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| structure length |
140
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| sequence length |
151
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-06-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16818 | SLM4 | Protein SLM4 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Dynein light chain 2a, cytoplasmic |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SKO B; 1SZV A; 4ESP A; 5EV0 A; 2PBD P; 3L7H A; 3CPT B; 1VEU A; 2ACG A; 2V8F A; 2HZ5 A; 1D1J A; 2JKG A; 1G5U A; 5EVE A; 3T12 B; 1AWI A; 1PFL A; 1SKO A; 4X1L A; 4QWO A; 2BTF P; 2JKF A; 1HLU P; 3T1Q B; 3CPT A; 3T1S A; 5FDS A; 2VK3 A; 2ZL1 B; 1Z09 A; 4X1M A; 2PAV P; 3U4L P; 4X25 A; 4D60 A; 1J3W A; 5FEG A; 1FIL A; 3MS6 A; 2B95 A; 1FIK A; 3KYE A; 3MSH A; 2V8C A; 3L9K A; 5EM1 A; 1ACF A; 1PRQ A; 1CQA A; 1Y4O A; 3T1X A; 3T1R A; 1YPR A; 1PNE A; 1CJF A; 3LGO A; 4FTX A; 2E8J A; 3UB5 P; 3NEC A; 3D9Y A; 1VET B; 1F2K A; 3DAV A; 3LEQ A; 2PRF A; 1A0K A; 1CF0 A; 2ZL1 A; 3CHW P; 5FEF A; 5EM0 A; 1VEU B; 3NUL A; 1VET A; 4FUW A; 1K0K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3TE8 A; 5KZH A; 1YMS A; 3M6B A; 3L7H A; 4N1X A; 1ES3 A; 3T4K A; 3RFB A; 4WEL A; 5FQQ A; 1DJB A; 4GD8 A; 4JKT A; 1LI0 A; 3N7W A; 3QP5 A; 1E4D A; 1MY8 A; 2R9X A; 4KQO A; 2KDK A; 3ZFZ A; 4X56 A; 3UY6 A; 3GQZ A; 2VK3 A; 3UPN A; 4JGP A; 3O5Y A; 2RL3 A; 5GHZ A; 4KQQ A; 3JVU A; 3E2L A; 4QY5 A; 4EQI A; 2RCX A; 1WA9 A; 1PI4 A; 2Y2Q A; 3VP3 A; 1HD8 A; 2ZM2 A; 3UDI A; 5MC7 A; 2EXA A; 5FA7 A; 4Q0I A; 4MEZ A; 4N1H A; 1KGG A; 4NXG A; 1MWR A; 1NJ4 A; 5AQ7 A; 3VV4 A; 3RXW A; 4LEN A; 5CGX A; 2V1B A; 1W5D A; 1KE0 A; 3R7W A; 2QJ5 A; 1UWN X; 1IYO A; 2L0W A; 2EFU A; 3EEH A; 2EXB A; 2XK1 A; 1MWU A; 5GLB A; 4GB7 A; 4CJN A; 4EUV A; 3SH9 A; 2H10 A; 1KGE A; 1A0K A; 5GLC A; 4BLM A; 5TGF A; 1EWZ A; 3T4O A; 2JKR M; 1YLP A; 4OOY A; 4FD8 A; 3ZVT A; 3IXD A; 3N8L A; 1ES2 A; 5E2E A; 1KGF A; 1H8Y A; 3MXS A; 4XUX A; 5D3O A; 2GX5 A; 3GVB A; 2WKP A; 4K91 A; 3LY3 A; 4B93 A; 1ERO A; 4Y3I A; 4S2N A; 1IOU A; 2V8F A; 4JBF A; 1TF1 A; 3FKV A; 1ONG A; 1NWZ A; 5AQA A; 1XJ3 A; 1G28 A; 4PM9 A; 3VE3 A; 5DTS A; 5J7E A; 3CG5 A; 2HJE A; 4RA7 A; 4L9F A; 1YLJ A; 1OME A; 1H8M A; 5GHX A; 3W4P A; 2JCH A; 2VV6 A; 4X53 A; 3ZNY A; 4KZ5 A; 1MBL A; 5EVI A; 1L0F A; 5DF9 A; 4JGO A; 3BRM A; 4OP5 A; 3W4Q A; 2NUP C; 3H7W A; 5FEG A; 2E8I A; 3OPP A; 4BBT A; 2JKR I; 3F1N B; 4B4Z A; 2B95 A; 5DJU A; 5GL9 A; 4MMN A; 2VA0 A; 4GHI A; 4WZ4 A; 2ZOH A; 4OPQ A; 3IT9 A; 3LIC A; 3HLD A; 3W4O A; 4Q8I A; 4HBU A; 3S1Y A; 3SH8 A; 5EPH A; 5FQ9 A; 3H82 B; 1XX2 A; 4QB8 A; 1K57 A; 1NLY A; 2H5S A; 4NXB A; 3MZD A; 2ZL1 A; 5F1G A; 3UE0 A; 3IWI A; 5CGW A; 1BSG A; 2OLU A; 1TEM A; 2H0Y A; 4EER A; 2V2F F; 2Y2I A; 4EEU A; 3S4X A; 4Q0H A; 3NOT C; 5I94 A; 1WYB A; 1OTE A; 4FUW A; 4S2I A; 5F5Y A; 3ZG9 B; 4MBF A; 4FOF A; 2XSS A; 4DN0 A; 2VLG A; 2W3G A; 1H5X A; 1M40 A; 2PHY A; 3ULF A; 4RYE A; 3IF6 A; 3IS2 A; 1JNU A; 4U0T A; 5FI6 A; 5A8B A; 1S6R A; 3MQO A; 2BTF P; 1BLP A; 3ZVW A; 3SS5 A; 1G6O A; 4WUJ A; 3NHQ A; 4KQR A; 3VP1 A; 1ONH A; 3GEC A; 1MXO A; 3C30 A; 3UME A; 2DRW A; 5HWT A; 4QJG A; 5DVA A; 4E6X A; 2DCF A; 2Y2P A; 4BBV A; 5HFO A; 1F98 A; 3WRZ A; 3MKF A; 3BQA A; 5TFQ A; 4N9L A; 2HGV A; 5DF8 A; 2W3F A; 3F1O A; 3T4Q A; 2NUT C; 3TW8 A; 3C38 A; 1QME A; 4YNR A; 4X55 A; 4AFI A; 3A0S A; 3IWQ A; 4KZ4 A; 2E8J A; 1TS8 A; 2G2U A; 2JN7 A; 2Y2L A; 4Z1W A; 4X6T A; 2XD5 A; 3MJQ A; 1ESU A; 1LSX A; 2PRF A; 4OPY A; 2HP9 A; 4I39 A; 2WYX A; 3IX4 A; 5AQ9 A; 3C7V A; 1RP5 A; 2HDR A; 4EWF A; 4R38 A; 4ZJ1 A; 1YLT A; 2O9C A; 2ZC5 B; 5J3W A; 3DTI A; 4M3K A; 2IA2 A; 5HAQ A; 1K4F A; 5DKK A; 4WM9 A; 3D3O A; 3KSH A; 2X71 A; 5IT5 A; 4BBU A; 1N9N A; 2BLS A; 3PAE A; 3T50 A; 1SDN A; 1F5M A; 2PBD P; 3LIE A; 3OCN A; 4LRX C; 3CUE A; 4CLC E; 2J8Y A; 5L10 A; 2ACG A; 3LR0 A; 4C6Y A; 4PM5 A; 4FH4 A; 3LFV A; 4X69 A; 1ALQ A; 2Y55 A; 2Z6D A; 4HES A; 2OV5 A; 3VFH A; 4OP8 A; 2XFT A; 1NRJ A; 3M2J A; 1KE3 A; 1YSP A; 4MBH A; 3LY4 A; 4ZDX A; 1L2S A; 2XA7 S; 3KYZ A; 4GLQ A; 5M18 A; 1TS6 A; 3IH8 A; 3OLO A; 4OPZ A; 2QHK A; 1T19 A; 3LCE A; 2ZQC A; 1IYS A; 3HLE A; 1K6S A; 3ZCZ A; 4HJ4 A; 4IUH A; 3A3I A; 4OQI A; 1FCO A; 1HZO A; 3GRJ A; 5F83 A; 2J7V A; 3B33 A; 4ZBE A; 3AGF A; 3E4P A; 5HD5 A; 4GS9 A; 2A24 B; 2Y2O A; 3LIB A; 1YPR A; 4L0L A; 1DP9 A; 3G31 A; 3WRT A; 4XT2 A; 5A91 A; 3MQQ A; 3KO6 A; 1YQS A; 1ZG6 A; 4EEP A; 5TBM A; 4GW9 A; 2P7J A; 5E2G A; 5FAQ A; 3WS1 A; 5J4E A; 1N4O A; 2Q9M A; 3C4P A; 4S2O A; 1LHY A; 4EBP A; 1TDL A; 5EVI D; 3B47 A; 3CMZ A; 1V9Y A; 3VE4 A; 1VET A; 2ZQ7 A; 3EOI A; 1M6K A; 4WMC D; 1MC0 A; 4DE3 A; 4EW7 A; 4NXE A; 3CPT B; 3C2W A; 3F1P A; 2Y2G A; 3UB9 A; 3HUN A; 1XFN A; 2WZZ A; 4QWO A; 4CPK A; 1WYC A; 5E43 A; 3OCL A; 1HVB A; 3DTK A; 4R3J A; 2OLV A; 2XFS A; 4KG6 A; 2INW A; 4M4X A; 4X1M A; 3G2Y A; 1N9B A; 5FAO A; 1MZU A; 4X25 A; 4D60 A; 4UA7 A; 1NXY A; 2V0U A; 4Y0T A; 3VFF A; 4F3L A; 5EE8 A; 2W1R A; 3LR5 A; 2XEP A; 1XFQ A; 4ZRR A; 2HP6 A; 5FSR A; 4Y13 A; 3LI9 A; 1DRM A; 3K2N A; 4O8G A; 3T1X A; 1IKG A; 1Y4O A; 1PW1 A; 3MBZ A; 1L0E A; 2WGV A; 4YOF A; 1D06 A; 2DMW A; 4R4R A; 3UMD A; 2VEA A; 2QJ7 A; 1YLZ A; 3NJA A; 3MFD A; 1IYQ A; 1GA0 A; 1IFQ A; 4KEN B; 4K0X A; 4JF6 A; 1G68 A; 2M7U A; 1O7E A; 2WAE A; 5EM0 A; 4WZ5 C; 4BEN A; 1VHM A; 2A2L A; 3KX0 X; 5DFY A; 1H0M A; 4UA9 A; 3C5A A; 4GNU A; 4HHD A; 3VP0 A; 4BJP A; 2Y91 A; 3JPU A; 1K6R A; 1NRF A; 3B42 A; 2XD1 A; 5E2H A; 1LI9 A; 3NDG A; 1S66 L; 2HZ5 A; 1KDS A; 1D1J A; 3BYD A; 3A0R A; 4S2J A; 3IWO A; 2ZC6 B; 1G5U A; 3BFC A; 3DTM A; 1VM1 A; 1BZA A; 2X02 A; 1L0D A; 5GHY A; 2Y2M A; 4MN6 A; 5CTM A; 2QMI A; 2GJ3 A; 4KZ3 A; 3N4I A; 3CI6 A; 4EET B; 2JHE A; 4D2O A; 3NOP C; 2K31 A; 2O9B A; 2PR5 A; 4P87 A; 4LPZ A; 1MWT A; 4Q0J A; 4OQ0 A; 4OLD A; 1I2S A; 1Q2P A; 1FCN A; 4R3B A; 4LCM A; 5HW3 A; 4EXO A; 5HD3 A; 3JYI A; 3RH8 B; 3T4S A; 1FIK A; 2HDS A; 2MJ6 A; 2V20 A; 4LLO B; 5FDH A; 3WS4 A; 4L9E A; 2P9V B; 4EV4 A; 2WGW A; 1CJF A; 4IUK A; 5EOO A; 1K25 A; 1T1C A; 2PD8 A; 3ITA A; 5AJG A; 2XDM A; 4ARZ A; 4NEE D; 4KZ9 A; 2JBF A; 3P7N A; 2WKR A; 3OZH A; 1KVL A; 3BY8 A; 1VEU B; 2HP5 A; 5U47 A; 3LR3 A; 3NDE A; 3EWK A; 4YFM A; 1T18 A; 5TR7 A; 3IXB A; 4GOG A; 2VZW A; 1STZ A; 1IEM A; 1Q2Q A; 3G35 A; 2V1Z A; 1PZP A; 3SH7 A; 3UE1 A; 5EV0 A; 3K3D A; 1TVF A; 3CZD A; 3BFE A; 5L8M A; 1BT5 A; 1RCJ A; 4O7D A; 1X0O A; 3QP6 A; 5FAP A; 2XF3 A; 4DDS A; 3K3C A; 3UO9 A; 2JKF A; 5I5L A; 3E2K A; 3H9W A; 5HAP A; 1LL5 A; 1ZG4 A; 3CJM A; 3IQA A; 4ID4 A; 1AXB A; 2ZL1 B; 4RQ9 A; 1PWD A; 4DMZ A; 3BY9 A; 3UNW A; 4Y0U A; 2FFY A; 3VP4 A; 4UEY A; 1SHV A; 4CLC B; 2Z2M B; 2EFX A; 3RTY A; 4CQH A; 3KYE A; 4OQH A; 3Q7V B; 2R9W A; 5M1A A; 4JLF A; 3S7O A; 2XA7 M; 4DJ2 A; 4HY8 A; 1PZO A; 1GSV A; 3EGX C; 1KE4 A; 3LR4 A; 4GDB A; 4ME4 A; 1ES5 A; 4PPR A; 1BLC A; 4WMC A; 5C5K A; 4OKP A; 2A49 A; 3FPW A; 5IHV A; 5HPF A; 5M19 A; 3BLS A; 3LEQ A; 1CF0 A; 2DNS A; 2FH5 A; 2AVX A; 5G18 A; 2ZQ8 A; 1GA9 A; 4JPM A; 2CMN A; 3S22 A; 2VGK A; 4HNB A; 4R4S A; 1ERQ A; 1LT0 A; 1NZU A; 4YIN A; 4R6L A; 1YSQ A; 2XRO A; 3NCK A; 4Y17 A; 5FQI A; 4NXF A; 3G6O A; 3C4O A; 3MFX A; 2EX9 A; 1GHP A; 1EI5 A; 2GZA A; 1E3U D; 3F1O B; 4GKU A; 1BYW A; 4LV0 A; 1PFL A; 3KSG A; 3ZG0 A; 1H8Z A; 1OJG A; 1RGZ A; 3O86 A; 2Y2J A; 3SOI A; 1S4S A; 1IYP A; 5TJJ A; 3JVV A; 2EWV A; 4WN5 A; 4NK3 A; 1FSY A; 1Z09 A; 2VGJ A; 1DY6 A; 1JWZ A; 2WAD A; 3A3E A; 4OPR A; 1P9R A; 4WEJ A; 4EBL A; 3Q82 A; 2H0T A; 4HEF A; 1KOU A; 2J80 A; 3MKE A; 1NZO A; 4H6J B; 3HUM A; 3W8K A; 1JWV A; 5EM1 A; 5HDD A; 3A3J A; 1PRQ A; 4GJ4 A; 3F1N A; 3LUQ A; 2XR0 A; 4EBN A; 1BTL A; 3PXP A; 5CRF A; 2Y59 A; 2D02 A; 4LFU A; 1BLS A; 5CEB A; 2UV0 E; 1S0W A; 1DJC A; 4GZB A; 4II7 A; 4MBK A; 2WZX A; 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3T4T A; 3VP2 A; 4IJG A; 1Y54 A; 3QHY A; 4KG5 A; 4FSF A; 1V9Z A; 3HL9 A; 4EU0 A; 5G4Y A; 5EVL A; 2ZLY A; 4PKY A; 3E98 A; 2KX6 A; 3GMW A; 5KMW A; 1W8Y A; 4KZB A; 3V3R A; 2ZQD A; 4U0X A; 1FQG A; 1XP4 A; 2ZC3 B; 4CLC C; 2ZMV A; 4MN7 A; 2V9A A; 4N92 A; 1QMF A; 1YAX A; 2V8C A; 4YWZ A; 3CIT A; 2J9P A; 4C3Q A; 1K38 A; 1DJA A; 3IHB A; 2Z6C A; 2ZMA A; 2P74 A; 2KOI A; 3T4L A; 3OPL A; 5LBR A; 4Y5F A; 1JTG A; 1XJ2 A; 3ZG8 B; 2X01 A; 4UHU A; 3C7U A; 4LRY C; 3FKW A; 1FSW A; 5F69 A; 1I5Q A; 2HJ9 C; 3P01 A; 2I9V A; 2FZ0 A; 4LV3 A; 1XJ4 A; 2A24 A; 1EW0 A; 2K7S A; 3EQV A; 3UDF A; 1E3U A; 2WUQ A; 1TD5 A; 3IH9 A; 4CLC D; 5IS1 A; 1OTD A; 3TRC A; 4XXR A; 2IWB A; 2C6W B; 4O01 A; 2VGL S; 3GV9 A; 1U60 A; 4E3N A; 4BWI A; 5CHU A; 3ZDJ A; 4PM7 A; 1W63 M; 3CLO A; 5HWW A; 2PR6 A; 4DF6 A; 2WGW B; 4HI4 A; 1F9I A; 3VSL A; 3DW0 A; 4B88 A; 5FQJ A; 5KIZ A; 3UE6 A; 2JE5 A; 3P98 A; 3EGD C; 3CPT A; 1CI9 A; 3QP4 A; 1T1B A; 3QP1 A; 1WE4 A; 4P6Z S; 4XUZ A; 1PYY A; 4HBT A; 3ZHH A; 1XJ6 A; 2PAV P; 3U4L P; 4WEK A; 3FYZ A; 1CK3 A; 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