4G68A

Biochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
ITLTFWNLFTGEPAKTKVKEIIDQWNKENPNVQIVESVTENDAYKTKIKAAIAANEAPDIFQTWAGGFSQPFVEAGKVLQLDSYLNDGTKDQLLPGSFDNVTYNGKIYGIPFDQQASVLYINKELFDKYNVKVPTTFSELIDAIKTFKSKGVTPFALGEKDEWPGMWYYDMIALREGGVQLTRDALNGKASFDNQAFTDAAQKLQDMVNAGAFDSGFMGLTRDEATAEFNQGKAAMYFGGNFDAAAFVSDPSSLVKGKIEAVRFPTIEGGKGDPTEYIGGTVGALMVSANSKYKDEAVRAAKYLAKQLSDMDYLIATGLPAWKYDNIDQSKVDPLEIQIMNNIVANAKGSVPAWDIYLSGDAAQTHKDLVAQLFAKQITPEEYSKQMQQKIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and Structural Insights into Xylan Utilization by the Thermophilic Bacterium Caldanaerobius polysaccharolyticus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Caldanaerobius
molecule keywords ABC transporter
total genus 137
structure length 392
sequence length 392
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4g68A02
1MPDA 4U1ZA 4EQBA 4BDQA 1P1QA 2RF1A 1B46A 4OETA 3MZ9A 3VVFA 3FV1A 3U72A 3H6WA 4DZ1A 2B3FA 3WAFA 3ZS6A 3U92A 4GIZA 2D21A 3S9NC 2F7BA 4F3PA 1M5DA 4F1VA 1D9YA 1TT1A 1Y3NA 5K2YA 1LCTA 4OFOA 4NF4B 3C32A 4R74A 4YKJA 4MBPA 1NKXA 1VFDA 1LSTA 2X7QA 2PYYA 1JVXA 3IOWA 1B0HA 2PBWA 4YMBA 1YAEA 3TCHA 2F7CA 2QS4A 2GFEA 2Q9TA 3T96B 4YAHX 2DVZA 3ZKLA 4BDLA 3TTRA 5LOMA 4BDMA 4RJZA 4F3BA 3CFZA 2V93A 4EXKA 3UORA 3EHUA 4DCYA 3KN8A 3PPNA 4E0WA 4N07A 3FJ7A 1LBCA 1B3HA 5H8HB 5CRYA 1LFHA 2RCBA 1B7ZA 5H8FA 3KSXA 3VFJA 4LONB 3KZGA 3Q27A 4LZ5A 4LVQA 1JEUA 2HCAA 5HPQA 2CZLA 1MXXA 4R6HA 3FJGA 2VD2A 3UN6A 1ELJA 4DE8A 3O6IA 3OO8A 2F7AA 3TCGA 3IX1A 3V83A 4F29A 2OCUA 4I9DA 5JK4A 3HN0A 2E0SA 1B1HA 3TYHA 1MQIA 1DPEA 1O63A 2HAUA 1A8FA 2QMXA 2XXRA 2P2AA 1BKAA 3TTNA 1S7YA 2PT1A 3JYRA 4LP2B 1EZOA 2GH9A 3T93B 1QUIA 2XXTA 4KHZE 4NE4A 4FECA 1B1XA 1WODA 1N04A 1SW4A 3K02A 4E0XA 4X1BA 3QUFA 2XHDA 4FE8A 2Y7IA 4GOTA 4KFQA 1P1UA 3CRBA 3FVNA 3TTLA 3B6QA 1US4A 1VR5A 1LB8A 3TAJA 5HM4B 1UTBA 2Z23A 1L5TA 4GL8A 2DOJA 5DVJA 4QFNA 5H8NA 3IB0A 3O66A 4QFKA 1Y9UA 5A5XB 1IXGA 3N6UA 5DEXB 1MXWA 4GWOA 4OTEA 3SESA 5AA1A 3MZBA 1FW0A 3M3KA 2OWTA 2B3BA 3UK4A 2THIA 2IEEA 3UA8A 3C36A 2HEUA 4POWA 1O64A 2DWAA 3R7XA 4OXVA 3K6UA 4JBZA 4P0IA 4JWYA 3E4RA 3RT6B 1N7WA 1TWYA 3OENA 4XTCQ 4H6DA 2XXIA 3TDJA 3PV0E 3M8UA 2XD3A 1QW0A 3A3CA 4OEVA 2DWIA 5I59B 2ZYMA 1MPBA 3ILTB 2UXAA 3RGYA 4R9FA 4LUBA 3IOTA 2DE2A 2XXYA 1AMFA 4NF4A 2XXWA 4U1OA 1N3XA 4GD5A 3CFLA 2V25A 3LR1A 1MQDA 3S2VA 4IO2A 3R6UA 2W7YA 2Y7WA 2AIXA 2OJTA 3G3KA 2ZYKA 1PB8A 2QS3A 1USYH 4GXAA 3OSRA 4WXJA 4JSDA 2QJEA 4GQOA 4EDPA 4JXIA 3TKDA 3FJMA 1J1NA 5H8HA 2H99A 2REJA 4ONYA 1FQBA 5HBCA 3IB1A 3TFLA 1SI0A 1A54A 1HSEA 5CMKA 1Y1MA 1BIYA 4OZ9A 1NMUA 4OQOA 1MXYA 2VGQA 3SETA 4JWOA 2R6GE 4IO4A 2OK2A 1PC3A 2OLBA 3GLBA 3KJTA 3RY3A 3PUWE 3PPRA 1R9QA 3H3GA 3DELB 3Q26A 1B2HA 1GTKA 1FQEA 4U21A 2O7IA 3FASA 4ZS9A 3IOUA 5DVFA 1QKBA 3PUYE 4C0RA 3C31A 4BDRA 4JB7A 1B6HA 1JW5A 2ZMBA 1B3EA 3EN3A 4KD5A 3TCFA 3RTWB 3D4GA 4F3SA 3MJNA 4Q5TA 1F9BA 3DP8A 4EQ9A 1MDQA 1NNTA 2XX9A 3K4UA 5I56B 2AL5A 1JNFA 1MQJA 3SEUA 3M3FA 3H6TA 4ZEFA 3MP8A 1N0TA 4FJPA 3D4CA 2QPQA 2H98A 4FEDA 3DLNA 1R1NA 1OMPA 5CC2A 3C9HA 5A5XA 4DXCA 3OXNA 2D5WA 5AA3A 5DEXA 1M5CA 4H1XA 4QF9A 4LQ2A 4RPNA 5TPAB 2DE3A 3T9VA 4HW8A 2OWSA 3OELA 3MVZA 3N6TA 4R6YA 1DTZA 3DM0A 1XVYA 5H8NB 5L8DA 4R75A 3IOVA 2A5TB 2PMSA 2WKYA 4ZDMA 3QSLA 3FXQA 3ZKKA 1RYXA 1TFDA 1Q1KA 3ONMA 3O97A 1FTMA 5ICQA 4KYDA 2DWJA 4I1DA 3V5AA 1B3GA 3MQ9A 1QJMA 4LQ5A 2QSXA 1N76A 1AL3A 5TU0A 1LFIA 5I59A 3MW0A 3FATA 3HCQA 2F78A 3HPIA 5ITPA 3GBAA 3VXBA 1B52A 4RK9A 3KOTA 4EXLA 2ZXTA 4RNSA 4RY1A 4O3BA 1TFAA 1MY2A 3EHSA 4QFOA 2O68A 3MPLA 2DP8A 5JTYB 3USDA 3DP6A 4U2RA 1ANFA 5EHMA 1M5BA 3AXFA 3RQTA 3K00A 3PMXA 3Q25A 1NNPA 3OEMA 4GVOA 1B51A 4QSEA 1PB7A 1O7TA 3ILUB 3IB2A 3TQWA 3ECRA 3KFMA 1EZ9A 1AH5A 1P1NA 3BBRA 1PB9A 3T66A 5CBSA 2I4BA 2X26A 2DYXA 1UTHB 4X1DA 3K2DA 4ELPA 2QS2A 4F22A 4ECFA 2ONSA 4AQ4A 1YPNA 3TPAA 1LAFE 1UIUA 2HQ0A 3JZJA 1IZ1A 4R2FA 1Z7NE 4G4PA 1PEBA 3VVDA 1DPPA 3MZ1A 3KN3A 2I49A 2PT2A 4OERA 1N84A 4MH5A 1MS7A 4QSDA 4I8CA 3K6WA 3EF7A 1R6ZA 3THIA 2FA7A 1B3LA 4M4GA 1XHYA 2Q2CA 4RPOA 4UACA 4NWCA 4FORA 3BFTA 4YKPA 5KCJB 3O6GA 5IAIA 5CI5A 4X9TA 4P0GA 2YJPA 4MLQA 5I56A 2RC8A 1FQCA 1FQDA 3T9XB 4Q0CA 3GZGA 3B7DA 5TP9A 3H4ZA 4U4XA 1RYOA 1DMBA 2GRVA 3VV5A 3W9WA 3UGWA 4YB5A 4RYAA 3KBRA 4YB6A 3FXRA 4POXA 3OO9A 5M2VA 3FVKA 1CB6A 1Q35A 3G3IA 1GGGA 1DSNA 4HCYA 2DE4A 3T22A 3CIJA 3FUZA 4TQUQ 2Y7RA 4H5GA 1MY0A 1S9TA 5TPAA 2Z8DA 4IB2A 2RKMA 3VXCA 3BKIB 2NVUB 2IA4A 3CVGA 1ZU0A 1NH8A 3OEKA 4Z7EA 1OIBA 3KGCA 5L9MA 2A5TA 3SEYA 4OMBA 5B70A 2RC9A 4KPTA 4M1VA 4HTGA 3EQ1A 5DVIA 2Q2AA 4KR5A 2G93A 4H65A 1CE2A 2F97A 2ZYNA 1P99A 4IY5A 2PX1A 4IGTA 4ZECA 5F7VA 1MY1A 2M8CA 1MDP1 3CG3A 1B5HA 4KQPA 4F18A 1MH4A 3PU5A 5AE4A 4RK2A 4DIGA 2LAOA 5L9OA 1WVJA 4IO5A 1LLSA 4NMYA 1B05A 5F1QA 2V3UA 5FHNA 5JTYA 2ZYOA 1N3WA 4KCCA 1KWHA 3E9XA 4F2QA 2ABHA 4YB7A 3R26A 3RN8A 4Q8RA 4MFIA 1ZLQA 3F11A 4BLAA 4OESA 1H76A 1ATGA 4GXSB 5ICTA 1DOTA 1QULA 4DXBA 1B32A 3V89B 2ZNSA 3H6UA 4LZ8A 1B7HA 1UTHA 3FV2A 1SDXA 1A8EA 1I6BA 1NNKA 1GR2A 3G3FA 1EH3A 2RINA 4G2ZA 1ZIUA 3PPQA 3SEXA 1IXIA 1ZMGA 4ELQA 2Z22A 2I48A 2F5XA 1AIVA 1A7LA 1MM7A 2ANJA 4NEDA 1P1OA 4LZ7A 4ELOA 4DDDA 2HZKA 4ZE9A 3PPPA 1LBBA 2UVHA 3O2AA 2G29A 5ISUA 1YTVA 3O6HA 3KG2A 2I0BA 3PD9A 2AYSA 3QAXA 1GVCA 1Y1ZA 2UYEA 1MY3A 5K2XA 4YZZA 1LB9A 4PETA 5KCJA 4PQJA 3KSJA 5FTIA 2O1LA 3FZVA 1B5JA 3N94A 3UP9A 2HFBA 2FNCA 3KEIA 3OD7A 4MLVA 3I3VA 3W15C 3TELA 4PFTA 5CBRA 3Q28A 5I2KA 3O29A 4H5FA 4DCXA 4QSCA 1N7XA 3K1NA 1B9JA 4ESXA 4QRZA 1OLAA 4FEBA 1H45A 5H8QB 4KYEA 1FQFA 2Z8FA 3S9MC 1D3KA 3T9UA 5TP9B 2ONKE 1JVYA 3VE1B 4WKMA 1SVXB 2V3QA 4OHNA 4PP0A 3HHFA 1JEVA 3TQLA 4TOZA 2D3IA 3KN7A 3TODA 2YPNA 4ND9A 2UYFA 3E3KA 1NFTA 2I3VA 3SERA 1XVXA 1Y4CA 4YICA 1ZBMA 2HAVA 2QRYA 4GLIA 3HHGA 2V84A 3VVEA 5BWJA 4OYVA 2QL3A 4QFPA 4F19A 2V3TA 3K6XA 4JWXA 5FHMA 1H43A 3IAZA 4QFLA 4NF6B 1WDNA 3V8XB 3MUQA 3DP4A 2F6GA 2VOZA 5EHSA 3PPOA 4TLLB 3VLUA 1NL5A 3PMVA 1URDA 3PUXE 4EQ7A 1IXHA 4IO7A 2ZNTA 1RKMA 1SYHA 3LSFB 2ALUA 4F1YA 4K3FA 1MXZA 3HSTA 3SEVA 1XC1A 4HS7A 5H8SA 4GFRA 3I5OA 3A09A 2ZNUA 3CR9A 2H25A 3QK6A 2OBGA 1JETA 4ZEIA 5ITOA 3H03A 4NF5B 3RLFE 1T0KA 4IGRA 2H4IA 3LUYA 3OSQA 1D4NA 1Y3PA 2B65A 4H8JA 3N26A 3VLWA 1B0LA 3L6GA 2I0CA 3CG1A 3B6WA 3PUVE 2E1SA 3TEPA 3K01A 3CFXA 4GRKA 1OVBA 2R71A 4AB6A 2XXVA 2I6EA 2DXYA 4ESWA 4F1UA 3FXUA 1B3FA 1BLFA 3MC2A 4IO3A 4OEUA 2DXRA 4IO6A 2OZZA 3MWBA 5I2NB 2Q8JA 3RTFB 2XXXA 4R2BA 4HCWA 1D9VA 3FD3A 4YU0A 2PVUA 3WAEA 4KCDA 3I6VA 1IIWA 3SEWA 1AOVA 2O7UA 4KI0E 3H6VA 3TMGA 2Y84A 4C1TA 3FVOA 2O6AA 1PDAA 3A3UA 4L17A 4QHQA 1ZJLA 5B7DA 3W9VA 3KJ7A 3K0VA 1EZPA 3C35A 4Z0IA 3BFUA 2NXOA 4N13A 2I58A 3RPWA 3OMBA 1USYE 3E13X 3HV1A 3G3JA 4YMAA 2H5YA 4PE5B 4WEPA 1POY1 3G3HA 4G77A 1MQHA 3U94A 1SBPA 2DWHA 1VSOA 1PBQA 1LAGE 1XOCA 1II5A 3OO7A 3GBBA 2F34A 4MF3A 3QYTA 5KZTA 1P1WA 1POTA 3IORA 4OENA 1IUDA 5H8QA 3KOSA 3L6HA 1OLCA 3LSXA 2Z8EA 4ZZEA 2H9BA 1QKAA 2YLNA 3MBPA 1QUKA 2DQVA 1FCKA 3T9HB 4ZEBA 4G8HA 1I6AA 5CMMA 4PFYA 3S9EA 1MQGA 3ODBA 3MVXA 5I2KB 3GXAA 1S50A 3C34A 4G68C 4O3CA 1H44A 4YKKA 1OQGA 2XD2A 3U93A 1FTOA 4U4SA 1JQFA 3H7MA 1Z7ME 4ZZAA 4NTLA 4OVJA 4NF8B 1SI1A 1MY4A 1VE4A 2REGA 4LA9A 1SW1A 2QS1A 3JV9A 2F36A 3O9PA 3TUSA 2KLFA 2NOOA 1XT8A 2VD3A 5CM6A 1JW4A 3CI8A 1A55A 5J1DA 4NF6A 2RC7A 1UIVA 1UQWA 3IK6B 3LSWA 3H06B 4C1UA 1HSLA 5I58B 5I84A 4ZEKA 4WEDA 3IJXB 4XKQA 1OVTA 4ELRA 2CMOA 1ZKBA 4NF5A 4R72A 2QMWA 1ZTYA 5I57B 1MXVA 4OFJA 1OQHA 3S9LC 3LSLA 1Y4TA 3P7IA 3RUMA 2DSFA 1MRPA 4DXUA 2XXQA 5AA2D 4YKIA 1SW2A 3IO6A 4IY6A 5KDTB 4H8IA 4KYSA 1R9LA 4UA8A 1JW1A 3K1MA 2X7PA 5AA2B 4EUOA 4G68B 2R9JA 1QUJA 4DLDA 2ONRA 1XS5A 1LAXA 1BTJA 3EPEA 5I2NA 3MP1A 2Q88A 3LBSA 1URGA 1GV8A 1NNFA 3MPKA 2P0SA 1MPCA 5AA4B 3PUZE 5DTBA 2HXWA 1IXCA 2I3WA 4FATA 2O51A 1VFEA 1MM6A 3N5LA 2GHBA 4G8NA 2O69A 4F3GA 3QUJA 5DYHA 4PFUA 4BDNA 1LCFA 4JSOA 2Q89A 4R9GA 2O1MA 1B4HA 5FHOA 1B5IA 1M5FA 3O28A 2O84X 3S4UA 1B40A 2A5SA 4F2OA 4H67A 2AL4A 2I4CA 3IO4A 3OOAA 1US5A 4LATA 1LFGA 1LGBC 3ZSFA 1IQ7A 2F8DA 3Q29A 1FQAA 1BP5A 3IJOB 2UVGA 2VHAA 3RNNA 1YCJA 2GHAA 1PBPA 3OO6A 5L9SA 3B6TA 4TLMB 1QVSA 2ESNA 2HZLA 5EYFA 2XX7A 4F39A 5DT6A 1NH7A 2XXPA 4XIGQ 5ELVA 4PFWA 3QIMA 1H3DA 2UVIA 3MVWA 5FTHA 3K6VA 3U8QA 1M5EA 3QXMA 3CSBA 4R73A 2XXUA 1MXUA 4N6PA 5JEIA 3U1OA 4ZE8A 5H8FB 1Y3QA 4BDOA 3FIRA 1IEJA 3CSGA 4OWDA 4P11A 1B7UA 1I6QA 3IL1B 2F35A 3PGFA 1B58A 1SQYA 1IITA 1MH3A 1Y20A 1TXFA 4NF8A 5IKBA 2FYIA 1B4ZA 5CMBA 4JDFA 4XKNA 3RT8A 4XXUA 2RCAA 4XKRA 4G8MA 1EU8A 4R6KA 4EF2A 1FTKA 2Y7KA 4U23A 3HO7A 4RXLA 2NUVA 1A99A 3K1PA 3FGSA 4FAJA 3TZAA 4NWDA 4OFLA 3SDFA 5I58A 4ZEDA 3G7WA 2Y7PA 2DS9A 3PD8A 3EHTA 2P1SA 3C4MA 3VDFA 4I62A 1FTLA 2DVCA 4FIMA 3C33A 3MP6A 5I57A 3IR1A 3VLVA 2NWJA 1URSA 4X48A 4XKPA 3UIFA 1UTBB 3SKPA 1LAHE 3PMWA 4Q30B 1HSJA 4U22A 4EF1A 1I69A 4RA1A 5KDTA 5BUUA 3LC8A 4GF8A 4F31B 1SW5A 3TTMA 4H0WA 4GL0A 3MAMA 5AA2A 4G68A 3FVGA 3TTKA 1A40A 1FTJA 1SD3A 2BJJX 5CMCA 4ISUA 3G3GA 4O3AA 3M3LA 3MVYA 1SYIA 1DTGA 2XXHA 2XX8A 2F6PA 2UVJA 4AB5A 4THIA 1MG1A 5AA4A 2VP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MPDA 3MSTA 4U1ZA 4EQBA 4BDQA 1P1QA 2RF1A 1B46A 4OETA 3MZ9A 4OVTA 3VVFA 2XWVA 3FV1A 3U72A 1FBGA 3H6WA 4DZ1A 2B3FA 3WAFA 5ET5A 2CZHA 3ZS6A 3U92A 4GIZA 2D21A 3S9NC 2F7BA 1LBVA 4F3PA 4N8YA 4JVDA 1M5DA 4F1VA 1D9YA 2WBBA 1TT1A 4OVQA 1Y3NA 5K2YA 4UABA 1FJ6A 1LCTA 4OFOA 4NF4B 3C32A 4R74A 4YKJA 4MBPA 1NKXA 1VFDA 1LSTA 2X7QA 2PYYA 1FJ9A 1JVXA 3IOWA 1B0HA 2PBWA 4YMBA 1YAEA 3TCHA 2F7CA 2QS4A 2GFEA 2Q9TA 3T96B 4YAHX 2DVZA 3ZKLA 4BDLA 3TTRA 5LOMA 4BDMA 4RJZA 4F3BA 3CFZA 2V93A 4EXKA 3PTYA 3UORA 1INPA 3EHUA 4DCYA 3KN8A 3PPNA 4E0WA 4N07A 3FJ7A 1LBCA 5EQ9A 1B3HA 5H8HB 3MYUA 5CRYA 1LFHA 1FPGA 2RCBA 1B7ZA 5H8FA 3KSXA 3VFJA 4LONB 3KZGA 3Q27A 5I5PA 4LZ5A 4LVQA 1JEUA 2HCAA 5HPQA 2CZLA 1MXXA 4R6HA 4DI3D 3FJGA 4HE1A 2VD2A 4OVPA 3UN6A 1ELJA 4DE8A 2ZZVA 1D9QA 3O6IA 3OO8A 2F7AA 3TCGA 3IX1A 3V83A 2Y5LA 4F29A 2PCRA 2OCUA 3GYYA 1FPDA 4I9DA 5JK4A 3HN0A 1DCUA 2E0SA 1B1HA 3TYHA 4MIJA 1MQIA 1DPEA 1DK4A 1O63A 2HAUA 1FBFA 1A8FA 2QMXA 1IMCA 2XXRA 1YZ0A 4HE0A 2P2AA 1BKAA 3TTNA 1S7YA 2PT1A 1RDYA 1FRPA 3JYRA 4LP2B 1EZOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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