4GCBA

100k x-ray diffraction study of a 6-fold molar excess of a cisplatin/carboplatin mixture binding to hewl
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure analysis of the relative binding of cisplatin and carboplatin in a mixture with histidine in a protein studied at 100 and 300 K with repeated X-ray irradiation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gcbA00
1KXYA 3B0OA 1UC0A 1LOZA 1XGUC 1NBYC 5IDDA 1IEEA 1G7MC 4KPMA 2CWIA 3SP3A 3D3DA 3EMSA 1D0KA 1HENA 1UCOA 2DBTA 4GCEA 1XGTC 4I8SA 4FJRA 4H9IA 1B5YA 1B5WA 2BQBA 2DKVA 4ETBA 1LJ3A 4G4HA 4G9SA 1UA6Y 1ZVHL 4WMGA 4WM1A 4Z98A 4C5FA 3TXEA 1LKSA 3RT5X 4ZEEA 1LSDA 1OUEA 1LSNA 1B9OA 1J1OY 1G7HC 4OWHA 4ZIXA 4N8ZA 1CJ8A 1GFKA 1J1PY 2Z12A 1F0WA 1HF4A 1BB5A 3B6LA 2Z19A 1IORA 4LGKA 4WOAA 4XJHA 1IIZA 4NEBA 1I20A 1B7SA 1GHLA 4AGAA 4LYZA 1LPIA 3WYHA 1JTOL 2MECA 5LYZA 4GN3A 1XGQC 1YL1X 3E3DA 5KY1A 1VATA 1GB3A 1TAYA 3CQLA 1IOSA 3HBHA 3ZEKA 1BB7A 1GB8A 1H87A 1GAYA 3TXKA 1LSYA 5KXYA 5FCPA 3WPJA 1DKJA 1LZRA 1GBZA 2ZIKA 3OK0A 3QNGA 1UUZC 4DD9A 4LFXA 208LA 4B4JA 3M18B 5KKJA 4WG1A 1JSFA 1GEZA 1GFGA 1Z55A 1WVVA 2H5ZA 1GE0A 1LJHA 4GN5C 1LZBA 2FBBA 3AW7A 4IJ4A 4AXTA 9LYZA 5KXKA 1ZV5L 4DDBA 3J6KA 3AGIA 3A91A 1W6ZA 1HEWA 1LZNA 1WQPA 5I5QA 3AYQA 3WH1A 4CGEA 4UWUA 3P65A 1GBWA 1IY3A 3A8ZA 2BPUA 4H1PA 1GF4A 4R6CA 5KXRA 1IWZA 1CJ9A 2ZNXY 1LJFA 1GDWA 1GFAA 3AW6A 1WQOA 3W6DA 1BVKC 1F6RA 1LHJA 1GB7A 1REXA 3TMWA 2Z2FA 3M3UA 1LHLA 4LYBA 1B7LA 1QDRA 3A6CY 1GPQC 1JJ1A 153LA 1BGIA 1UIHA 2DQHY 3J4GA 3WVYA 4PJ2C 1LSBA 2VB1A 1VDPA 2ZWBA 1VDTA 4LFPA 1LMOA 1HEPA 5LXWA 1HNLA 1HEMA 5F9UA 4LZTA 2D4JA 4DDCA 1AT5A 1IR8A 1XSFA 3W6BA 194LA 5KXXA 2CGIA 4ETCA 3P68A 5APEA 154LA 1GE1A 1JJ0A 3TXDA 1UIAA 1GB9A 2BQDA 2I26L 1XEKA 2F4GA 4PRUA 1GXV2 1BQLY 1HMLA 4PRQA 4WM5A 3D9AC 1WQMA 2BQAA 4DWXA 1GF5A 4G4BA 1B7PA 4WM6A 1D6QA 5LINA 1CJ6A 5HQ1A 4LT0A 4PGJB 5HMJA 1B7MA 4C3WA 1UIFA 1G7IC 1WQQA 5KJ9A 1LSCA 3AZ5A 3BKVA 1LHHA 5LVKA 1IOCA 3TXJA 1OUBA 2ZIJA 1LSFA 2LYMA 1GBSA 2HEFA 1OUIA 1VFBC 3CSRA 5LYMA 4NHIA 1DI3A 1JSEA 3AZ6A 4NWHA 4U3XB 7LYZA 3GXKA 1GFRA 1LZCA 4NSJA 2XTHA 4LT2A 1IOQA 1UBZA 1KXWA 1YILA 1LJIA 5A3ZA 5B1GA 1BWIA 1BWHA 5FSTA 2ZYCA 4WL6A 1LHIA 1IP6A 1HFZA 3RU5A 2W1MA 3RNXA 1LZDA 4XADA 4YOPA 2BQNA 2LHMA 4M4OA 1IWVA 1VDQA 1LZ9A 4WG7A 1DPXA 3TXIA 4HV2A 4H90A 2BQIA 4GCCA 4DD3A 1KXXA 1LMNA 4G49A 4MCKA 4J1AA 4HTQA 1HMKA 1REMA 2MEAA 5KXSA 1IR7A 5KXLA 1QQYA 2Q0MX 3CSZA 3W6AA 2Z37A 5HNCA 1BWJA 2BQKA 5D5FA 2MEEA 4YENA 1LMTA 1FN5A 3WXTA 2BQJA 3RW8A 1B7RA 4M6DA 1GWDA 2DQEY 2DQGY 4WM2A 4RW1A 1I56A 5I4YA 2YBLA 1EQEA 5K7OA 4GLAA 1C08C 3WUNA 2MEDA 1NDMC 1JPOA 2BQLA 4H92A 207LA 4MR1A 4P2EA 5E4PA 2DQFC 3W6CA 1YKZX 4NHPA 4ZFPA 1LJEA 1LJGA 3A90A 4GN4A 4TSBA 3WXUA 4XYYA 1KIRC 3ULRA 1OP9B 4HTNA 1WQNA 1LZYA 5F9XA 1GEVA 3TMUA 3CT5A 1GF0A 4H93A 4UWVA 1SLYA 4XJGA 4BADA 2RSCA 1LJJA 1LZ8A 1JTPL 1EQ5A 4B4EA 1GFVA 4YF2A 2MEFA 4DD0A 1MELL 1B0DA 2HEAA 3QY4A 4WLDA 1UICA 5J7CA 2DQJY 5KXMA 3ZVQB 5LYTA 5APCA 4NY5A 1NF5A 2XBSA 3A6BY 1GB2A 1QUTA 2Z2EA 4EOFA 5B05A 4HPEA 3N9AA 1YKXX 3TXHA 1AT6A 1MLCE 1OUJA 3WL2A 1B7OA 4N0JA 1FLUA 1IC7Y 4MSTA 4RW2A 5II3A 1A4VA 1HHLA 2YVBA 1LSZA 2C8OA 2F4AA 2BLYA 3A67Y 2BQFA 5LA5A 1IOTA 1CJ7A 4G4CA 4NWEA 1LMAA 2N5ZA 3CT1A 3HBEX 3K3TA 1GAZA 4B49A 4ETDA 5I4WA 1C7PA 1YQVY 3G3AB 1NDGC 2XBRA 2MEGA 1OUGA 1D0MA 5EBHA 4H9AA 1LZ1A 1NQIA 2IHLA 4NG8A 4TX7A 4X3BA 4H9FA 1JISA 4ET9A 1INUA 1WVUA 1PZYA 4NGWA 2YBJA 1GE2A 3WUAA 1OUCA 1UACY 1H6MA 4HJZA 4CFPA 4H8ZA 4OOTA 3W6EA 2I25L 4W96A 4DC4A 1JIYA 4Z46A 4DT3A 1LJKA 5F14A 5JENB 1FDLY 2H9JA 3EBAB 2MEBA 3HBDA 2HEEA 4XENA 5AMYA 2Z18A 3G3BB 2MEHA 4BAFA 2EQLA 1C45A 5LVJA 1OUHA 2LZTA 3BKHA 4KL7A 2D91A 5I54A 1LZTA 132LA 1GFTA 4WM4A 3T36A 1AM7A 2BQGA 1I1ZA 3TXFA 4CFOA 2FYDA 3LYOA 4I0CA 5KXWA 1QSAA 1W08A 1YAOA 1IWTA 4GCBA 1XEJA 4LT3A 1UIEA 1RCMA 4B0DA 1P2CC 1BVXA 1LTMA 4XJFA 1V7TA 4II8A 4WM3A 2D6BA 5APFA 1LSGA 3WUMA 1HERA 1YAQA 4DD1A 1FLQA 1GE3A 1CKHA 1B5VA 3A3QA 1GFUA 1DPWA 2HECA 4CHXA 1LYSA 1LJNA 1OUFA 3WPKA 5I4XA 3EO5A 4TTDA 3TMXA 1DI5A 4LYCA 4XN6A 193LA 1B5XA 1UIDA 1WTMA 2DQIY 3OJPA 3P4ZA 5B07A 4H8YA 5LVIA 2G4NA 4LYTA 3W6FA 5HNLA 1LZEA 3RZ4A 4NSGA 3LYMA 4N1CC 4H9CA 5F16A 1DZBX 1HC0A 1IX0A 5LVHA 4ANRA 3FE0A 5LVGA 4RLNA 2FBDA 1JHLA 2BLXA 4H9HA 1F6SA 1GBXA 2Y8PA 4N1EI 1HFXA 1KIQC 1HSWA 4OWCA 4DYGA 1WTNA 3W3EA 4CJ2A 1LCNA 2W1XA 3ATOA 3T6UA 1HELA 2A7DA 2X0AA 1QDTA 2HTXA 4UWNA 2YDGA 2F2NA 4TUNA 3A94A 1GF9A 3AZ4A 1LSEA 3A92A 3ZVQA 3WULA 5FEKA 1CKCA 1IC5Y 1B7NA 8LYZA 2C8PA 1GB0A 2ZYPA 1IC4Y 1GFJA 1UIBA 1B2KA 1GF7A 3AB6A 4NGYA 1LZSA 4OWAA 1RE2A 1QTKA 3LHMA 4HV1A 4ML7A 4WO9A 4B4IA 1GFHA 4TSCA 1GBYA 2D4IA 5I53A 4WO6A 4PHIA 1NKHA 2DQDY 2Z39A 4GCFA 1D6PA 1LJ4A 1NWGA 3AJNA 4NGZA 2AUBA 2FYCA 4XJIA 5FDJA 6LYZA 2A7FA 6LYTA 1IP5A 4R0FA 1G7JC 4QGZA 2EIZC 3TXGA 4E3UA 4ET8A 1EL1A 2LYOA 4WLYA 1IP7A 135LA 1V7SA 1JJ3A 134LA 1TDYA 3ATNA 3EXDA 1LSPA 1GF3A 1ZMYL 2B5ZA 4J7VA 1WQRA 1QUSA 1TEWA 4TWSA 3B72A 3LYTA 4EMNA 1LSAA 4N9RA 1JUGA 1OUAA 5B1FA 1IWWA 4H91A 5IELA 4NGOA 1AKIA 1REZA 1BB4A 1BHZA 4OW1A 3P66A 2I6ZA 4N5RA 4NGLA 3WVXA 3FI7A 2ZQ3A 1CKGA 1HSXA 5C6LA 5LA8A 3VWOA 1IWXA 4NGIA 3WU9A 2BQMA 1JKBA 1IVMA 1DQJC 4BAPA 4YM8A 1LMQA 1RFPA 1VEDA 2MEIA 2XJWA 4ETEA 5M1YA 1LZGA 1N4FA 5E9RA 4NSIA 1JWRA 1QIOA 2DQCY 2ZQ4A 5D5CA 5FELA 1F10A 5KXOA 1IWYA 4H9BA 4WLTA 5F81A 2CJLA 1A2YC 4QY9A 4NHTA 2BQEA 3N9CA 4NGVA 2YBMA 4BS7A 5DN4A 2HU3A 4J1BA 5B59A 5FHWA 3B0KA 3P64A 1CKFA 4J0LA 1G7LC 1GBOA 1OQMA 1YROA 3AZ7A 4HJVA 5DN5A 1D9UA 1JKAA 1B5ZA 1HEOA 1LYZA 2IFFY 1SQ2L 1FLYA 3LYZA 5KKIA 3WW6A 3WPLA 4ETAA 1ZVYB 2ZILA 2YBNA 1DXJA 1LZAA 3GXRA 5KXZA 1FKQA 4H94A 5B06A 1TBYA 4DDAA 5L3IA 4HJYA 4KT3A 4IATA 4KXIA 4GLVA 1RI8B 3A95A 1NBZC 1C43A 1GF8A 2WARA 1QSWA 1C46A 3WMKA 1GFEA 1D0LA 3A34A 1HEQA 5DM9A 1IP3A 3AGHA 4YEMA 1JITA 2YBIA 2Z38A 1YANA 4O34A 3TXBA 4HSFA 5ILCA 4QDNA 1TCYA 2EPEA 2GV0A 1FLWA 4L41A 4NG1A 3N9EA 1IP1A 1IP2A 1LMCA 4HTKA 5KXNA 1IWUA 4IASA 1LZ5A 1ALCA 1YAPA 2DQAA 2F30A 1XFPL 1LYYA 1PS5A 1NMMA 1JTTL 1LYOA 4LYMA 4NHSA 3WU8A 2EKSC 2LZ2A 4WL7A 5L3HA 1QTEA 4H9EA 1OUDA 4PPOA 1VDSA 4NGKA 1LSMA 133LA 1UIGA 3AGGG 1JKCA 1FBIX 1T3PA 2HEDA 2W1LA 1BB6A 1EQ4A 3F6ZA 4OWEA 1E8LA 3CB7A 1LHKA 3LZ2A 1BB3A 1AZFA 4Z41A 2BAAA 2H9KA 1LZ4A 4XJBA 1CKDA 1NHEA 3WW5A 3MGWA 1GD6A 5A3EA 2ZNWY 4Z3MA 2G4PA 1LAAA 5LAFA 3IWRA 3CT0A 4NIJA 2D4KA 4WLXA 5C6IA 1JEFA 2BQCA 5L9JA 1CNSA 4B1AA 1LMPA 1C10A 4D9ZA 3A3RX 2G4QA 5HLLA 2BQOA 2W1YA 4DD2A 1IO5A 1B5UA 5KXTA 4W94A 2NWDX 3TMVA 1IR9A 5HMVA 3IJVA 1DKKA 1HFYA 1GB5A 2LYZA 4FDYA 4OWBA 3LN2A 4HP0A 4DD7A 4NGJA 4LYOA 3IJUA 4A7DA 4H8XA 5ILFA 1YL0X 1O23A 1KIPC 1REYA 3WU7A 1IY4A 1GE4A 1XGPC 1FKVA 1XGRC 3LZTA 2PC2A 3QE8A 1LKRA 4RDSA 4QEQA 2HUBA 1RJCB 2CDSA 1B7QA 5KXPA 1JKDA 1VAUA 2BQHA 1LZ6A 5DL9A 5DLAA 4HPIA 1GB6A 1YKYX 5APDA 1YAMA 4YEOA 5C6JA 1GXXA 1J1XY 1YIKA 3KAMA 4NSHA 3A93A 5IHGA 2YBHA 1XEIA 1GF6A 1LHMA 4RLMA 4LT1A 5LAGA 5LIOA 5T3FA 2HEBA 4GCDA 1GDXA 3A96A 1IP4A 1T6VL 2YSSC 3HFMY 4NHQA 3CSQA 4NFVA 3B0IA 4OOOA 1DI4A 4XJDA 2HU1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B0OA 1UC0A 217LA 1T8AA 5IDDA 1IEEA 3HH3A 4YX7C 174LA 2RBPA 1UCOA 2DBTA 4GCEA 1B5YA 2BQBA 103LA 1D3FA 2DKVA 1LJ3A 4Z98A 1LSDA 1J1OY 4N8ZA 241LA 3GUKA 1F0WA 4LGKA 2Z19A 1IORA 4WOAA 1ZYTA 1GHLA 4W57A 4LYZA 2MECA 5LYZA 1L61A 1XGQC 3E3DA 1B6IA 1BB7A 2RB2X 3TXKA 1LSYA 1KW7A 3WPJA 4B4JA 209LA 4W55A 197LA 3F8VA 1LJHA 1C62A 246LA 195LA 1ZV5L 3J6KA 4E97A 3A91A 5I5QA 1HEWA 1L44A 4UWUA 1GF4A 2ZNXY 1WQOA 249LA 3TMWA 153LA 1UIHA 3WVYA 4LFPA 1HNLA 1PQJA 1AT5A 5KXXA 1T8FA 3SB7A 255LA 3C8RA 3TXDA 2Q9EA 1UIAA 1G0PA 2BQDA 2I26L 1XEKA 2Q9DA 1KW5A 4PRUA 2BQAA 2B75A 1D6QA 5LINA 230LA 1QT6A 3FADA 1UIFA 3BKVA 1L15A 1DYBA 2LYMA 196LA 4NHIA 2F2QA 1UBZA 1KXWA 1YILA 224LA 1CV0A 1L84A 3RU5A 1L83A 4YOPA 2BQNA 3TXIA 4HV2A 4MCKA 1REMA 5KXLA 1QQYA 1C66A 4YENA 1FN5A 3WXTA 228LA 1L07A 4WM2A 3PDSA 4DKLA 2YBLA 1EQEA 1P46A 4W53A 4GLAA 1C08C 3WUNA 262LA 2MEDA 3K2RA 3W6CA 139LA 1LYFA 4NHPA 1L31A 4TSBA 1SSYA 1L70A 1OP9B 1LZYA 5F9XA 1GEVA 1SWYA 3CT5A 1GF0A 4H93A 2RSCA 1L62A 1G0LA 3FA0A 1C6QA 5J7CA 4WLDA 2DQJY 1NF5A 1GB2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KXY A;  3B0O A;  1UC0 A;  1LOZ A;  1XGU C;  1NBY C;  5IDD A;  1IEE A;  1G7M C;  4KPM A;  2CWI A;  3SP3 A;  3D3D A;  3EMS A;  1D0K A;  1HEN A;  1UCO A;  2DBT A;  4GCE A;  1XGT C;  4I8S A;  4FJR A;  4H9I A;  1B5Y A;  1B5W A;  2BQB A;  2DKV A;  4ETB A;  1LJ3 A;  4G4H A;  4G9S A;  1UA6 Y;  1ZVH L;  4WMG A;  4WM1 A;  4Z98 A;  4C5F A;  3TXE A;  1LKS A;  3RT5 X;  4ZEE A;  1LSD A;  1OUE A;  1LSN A;  1B9O A;  1J1O Y;  1G7H C;  4OWH A;  4ZIX A;  4N8Z A;  1CJ8 A;  1GFK A;  1J1P Y;  2Z12 A;  1F0W A;  1HF4 A;  1BB5 A;  3B6L A;  2Z19 A;  1IOR A;  4LGK A;  4WOA A;  4XJH A;  1IIZ A;  4NEB A;  1I20 A;  1B7S A;  1GHL A;  4AGA A;  4LYZ A;  1LPI A;  3WYH A;  1JTO L;  2MEC A;  5LYZ A;  4GN3 A;  1XGQ C;  1YL1 X;  3E3D A;  5KY1 A;  1VAT A;  1GB3 A;  1TAY A;  3CQL A;  1IOS A;  3HBH A;  3ZEK A;  1BB7 A;  1GB8 A;  1H87 A;  1GAY A;  3TXK A;  1LSY A;  5KXY A;  5FCP A;  3WPJ A;  1DKJ A;  1LZR A;  1GBZ A;  2ZIK A;  3OK0 A;  3QNG A;  1UUZ C;  4DD9 A;  4LFX A;  208L A;  4B4J A;  3M18 B;  5KKJ A;  4WG1 A;  1JSF A;  1GEZ A; 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 4PPO A;  1VDS A;  4NGK A;  1LSM A;  133L A;  1UIG A;  3AGG G;  1JKC A;  1FBI X;  1T3P A;  2HED A;  2W1L A;  1BB6 A;  1EQ4 A;  3F6Z A;  4OWE A;  1E8L A;  3CB7 A;  1LHK A;  3LZ2 A;  1BB3 A;  1AZF A;  4Z41 A;  2BAA A;  2H9K A;  1LZ4 A;  4XJB A;  1CKD A;  1NHE A;  3WW5 A;  3MGW A;  1GD6 A;  5A3E A;  2ZNW Y;  4Z3M A;  2G4P A;  1LAA A;  5LAF A;  3IWR A;  3CT0 A;  4NIJ A;  2D4K A;  4WLX A;  5C6I A;  1JEF A;  2BQC A;  5L9J A;  1CNS A;  4B1A A;  1LMP A;  1C10 A;  4D9Z A;  3A3R X;  2G4Q A;  5HLL A;  2BQO A;  2W1Y A;  4DD2 A;  1IO5 A;  1B5U A;  5KXT A;  4W94 A;  2NWD X;  3TMV A;  1IR9 A;  5HMV A;  3IJV A;  1DKK A;  1HFY A;  1GB5 A;  2LYZ A;  4FDY A;  4OWB A;  3LN2 A;  4HP0 A;  4DD7 A;  4NGJ A;  4LYO A;  3IJU A;  4A7D A;  4H8X A;  5ILF A;  1YL0 X;  1O23 A;  1KIP C;  1REY A;  3WU7 A;  1IY4 A;  1GE4 A;  1XGP C;  1FKV A;  1XGR C;  3LZT A;  2PC2 A;  3QE8 A;  1LKR A;  4RDS A;  4QEQ A;  2HUB A;  1RJC B;  2CDS A;  1B7Q A;  5KXP A;  1JKD A;  1VAU A;  2BQH A;  1LZ6 A;  5DL9 A;  5DLA A;  4HPI A;  1GB6 A;  1YKY X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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