4GFRA

Crystal structure of the liganded chitin oligasaccharide binding protein
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
529
structure length
529
Chain Sequence
RSELTIVPDFYPTMVRNFNPYLATNLRTTTDFIYEPLVVFNEMKGNTPVFRLAESYKMADDLMSVTFDIRKGVKWSDGEAFTADDVVYSFGLLKAKPELDQRGINKWVTSVEKVDEYKVRFRLSEANSNVPYEISLIPIVAEHVWKDVKDPTTFTNENPVGTGPFTVIDTFTPQLYIQCRNPNYWDAANLEVDCLRVPQIANNDQLLGKIVNSELDWTSSFVPDIDRTYAAANPNHHYWYPAAGTQAFMVNFKNPDPAKKEALDNVDFRRAFSMALDRQTIIDIAFYGSGTVNDFASGLGYAFEAWSDEATHKKYKGFNTYDVEGSKKLLAKAGFKDVNGDGFVETPSGKSFELLIQSPNGWTDFNNTVQLAVEQLQEVGIKAKARTPEFAVYNQAMLEGTYDVAYTNYFHGADPFTYWNSGYNSALQSGDGMPRFAMHYFTDKKLDGLLDSFYKTADKNEQLAIAHGIQKIIAENQVTIPVMSGAWMYQYNTTRFTGWWSEENPKGRPSVWAGIPERLLHVLDLKPVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Chitin catabolic cascade in the marine bacterium Vibrio cholerae: properties, structure and functions of a periplasmic chitooligosaccharide binding protein (CBP)
rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Vibrio cholerae o1 biovar el tor
molecule keywords Peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein
total genus 176
structure length 529
sequence length 529
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4gfrA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gfrA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4gfrA02
3G3GA 1OLCA 3VLVA 5L8DA 1US5A 4MH5A 1BP5A 2R6GE 1B7HA 5H8NA 3EHUA 3H03A 1Y4CA 3IAZA 3DP4A 2VHAA 5I56B 2QPQA 3LC8A 3VVFA 4F3SA 1ZTYA 2ABHA 2RCAA 4KPTA 2A5TA 4DCXA 4OETA 1FQEA 4QFNA 3KN3A 1ZKBA 2QRYA 1ELJA 3S9EA 5B70A 2VD3A 1NKXA 3VXBA 3PPPA 2NWJA 2RINA 3RPWA 3V83A 2WOPA 2PT2A 1BKAA 1FQCA 3TFLA 3TMGA 2B3BA 1FCKA 1YAEA 1I6QA 1SW1A 1LB8A 1NMUA 2YLNA 4PQJA 2PX1A 2HAVA 2DSFA 1B7ZA 2UXAA 4G68C 4NF4A 1B4ZA 4C0RA 4QFLA 5AA2A 5HPQA 3CR9A 2D5WA 3TUSA 1OMPA 3WAEA 3T9VA 4ELQA 3RLFE 1XC1A 1FTKA 1O63A 3TTRA 3FZVA 4NE4A 2OCUA 3DRGA 1AL3A 1B3HA 2RC7A 4ELPA 5AE4A 1SBPA 4O3AA 1B9JA 1Y20A 1FW0A 1XVXA 4R2BA 1LLSA 4G8MA 1MY1A 3LSFB 4ECFA 3DRJA 1H3DA 2Y7PA 4X9TA 5EHSA 3OO8A 1JVYA 3PPOA 1P1OA 3W9WA 3JV9A 5F7VA 4ESWA 1XS5A 3S9LC 3K2DA 2I3VA 1MY4A 5KZTA 2PYYA 5AA2D 3HO7A 5L9SA 3IJXB 2F35A 1F9BA 4C1TA 1B6HA 4MFIA 1A8FA 1L5TA 4XXUA 2HEUA 1IXHA 1B5IA 4WEDA 4YMAA 3A3CA 1A55A 1LFGA 2ZYOA 3HHGA 5HBCA 2XXYA 2DVZA 3KEIA 1UTHB 4FJPA 3ILUB 5ELVA 3LUYA 3K01A 4M4GA 1MY3A 3GBAA 3TEPA 4DCYA 4EUOA 1NNPA 4UA8A 4OTEA 2B4MA 1GVCA 3MVZA 3DELB 1A8EA 2FNCA 4DIGA 3IOTA 4LONB 4EF1A 5HM4B 3C4MA 1WVJA 3RN8A 4F2OA 1YTVA 4OEUA 3IJOB 3V5AA 4LZ5A 4I62A 4WXJA 3LSLA 3VV5A 5I2KA 2XXRA 3KN7A 4K3FA 3D4CA 5EHMA 1Z7NE 4YB5A 4HCYA 1IXCA 2ZYMA 3OO7A 2VGQA 2I6EA 2R9JA 4H8JA 1B2HA 3PV0E 1QVSA 4KYEA 4NF6B 2O7UA 4QF9A 4PFUA 3KOTA 1MPBA 2QS1A 2VOZA 1EU8A 1MM6A 3JZJA 4RA1A 2OWTA 5DVJA 4R6YA 1DMBA 4RK2A 3O6IA 3MVYA 1SW4A 3SEXA 1BIYA 1PB7A 3TELA 1EZ9A 3FIRA 3EPEA 3FGSA 1B0LA 4KHZE 3R26A 1JEVA 5FHNA 1HSJA 4JSOA 3GLBA 3U8QA 3MZBA 5ISUA 4KCDA 3IB0A 4PETA 2I4BA 2QSXA 1UIVA 2ONKE 4YMBA 3DRFA 4F3BA 1DSNA 2Q88A 4NF5A 4YKIA 1POTA 3SESA 1B58A 4R6KA 5I59A 4QSCA 3ZKLA 1ZMGA 4Q5TA 1QUJA 1DTZA 2X7PA 3KJ7A 3T96B 4OESA 1BLFA 1FTOA 4FE8A 3FATA 3G3JA 3MP8A 4OZ9A 3RGYA 3E3KA 3FTOA 1URGA 2NOOA 1IXGA 3DP6A 4TQUQ 4H67A 3OSQA 4Q0CA 4Q30B 2XX8A 4PE5B 3S4UA 1TT1A 3K6XA 1B4HA 2XXXA 1J1NA 1MPCA 3JYRA 2LAOA 4U1ZA 3FJGA 4RPNA 1A40A 4IB2A 4FECA 3DRIA 4N6PA 3UIFA 4JWXA 3KFMA 2V84A 4JDFA 2OJTA 4LUBA 5ITOA 1S50A 1GV8A 4YZZA 5A5XB 1N0TA 3IO6A 4EQ9A 4KR5A 3A09A 2HQ0A 3C36A 1TFAA 4NF8B 4R9GA 3SERA 3IO4A 4FEDA 3VLUA 4YB6A 3MPLA 1PBQA 3TQWA 4WEPA 1B3FA 2XD3A 1XT8A 2OZZA 4BDMA 3MWBA 2D3IA 4G2ZA 4X48A 3G3HA 1N3WA 2F6GA 4DXUA 1B3GA 4QFPA 2AIXA 1H45A 2F78A 3T93B 1O7TA 3O9PA 1N7XA 1GGGA 2XXTA 5BWJA 4POXA 4POWA 1OQHA 5DTBA 2FYIA 4R74A 4M1VA 4QRZA 1N04A 4IO5A 2PMSA 2HZLA 1SW5A 3CVGA 3OXNA 3B6WA 4F22A 1QKAA 3PGFA 1R9QA 1MH4A 4BDNA 4IGRA 1QKBA 1N7WA 3H6VA 1LB9A 2DE2A 4JXIA 2I0BA 5H8NB 4LQ5A 1PC3A 1B51A 2O1LA 4HW8A 2H25A 2A5TB 2PBWA 2A5SA 4KCCA 3UGWA 4FATA 1AOVA 4PP0A 1B5HA 3PUVE 4EF2A 1VSOA 5CC2A 5KCJA 2O51A 3PPQA 5DEXB 2F36A 1P1UA 2I48A 3QUFA 3KG2A 2F7BA 2RCBA 1FQAA 2ONSA 4F18A 4F1YA 3K6UA 1B3LA 3UORA 2ZYNA 3QIMA 3EN3A 2F7CA 1N84A 3KSXA 4E0XA 3U94A 4GWOA 4JB7A 2O84X 3K6WA 4NF4B 3T22A 4IGTA 3DLNA 4EQBA 1MXVA 4ESXA 5K2XA 4Q8RA 5AA2B 1SDXA 1A54A 3C31A 1XHYA 2DWAA 2UYFA 1NNKA 4QSDA 5DEXA 3U92A 4ND9A 4GF8A 1VR5A 1B46A 1YPNA 2YPNA 2Z23A 3N26A 3H6TA 1Y3QA 1JEUA 2ZNTA 3QUJA 5FTIA 3ILTB 3OENA 5KDTA 3N6UA 4ZEKA 2I4CA 4H0WA 1DOTA 4EXKA 4GD5A 3C35A 4KYDA 1IQ7A 4RXLA 1KWHA 4XKNA 3OD7A 1MQGA 4RY1A 3KJTA 1Q35A 4BDQA 1LBCA 1MXXA 5I58A 5H8HA 1ANFA 2AL4A 2Y84A 1MS7A 3VFJA 4JBZA 3PMXA 4U23A 1QJMA 1DPPA 4LZ7A 5DVFA 1GR2A 2M8CA 1PB8A 4F39A 3TCHA 1R1NA 3IX1A 1B52A 4GL8A 4OWDA 4HCWA 4H6DA 3VVDA 4I9DA 2QMWA 2REJA 1USYH 3ZSFA 5B7DA 3M3KA 2XXIA 4AB5A 2GRVA 3KBRA 1US4A 1HSLA 4KQPA 4ISUA 1XOCA 3K0VA 1B1HA 1SI0A 4RPOA 1P1WA 4LA9A 1TXFA 4FAJA 2OWSA 1CE2A 1IIWA 4C1UA 2ZNSA 4DXCA 1M5BA 3CFXA 1MXUA 2CZLA 3MC2A 3PMWA 5I2KB 3MVXA 3N5LA 1LCFA 1MRPA 4WKMA 1MQJA 4YB7A 1RKMA 3MAMA 3CSBA 3UK4A 3A3UA 2KLFA 1B0HA 4F31B 3TCGA 2UVJA 5I2NB 4H65A 4ZZAA 4LP2B 5DVIA 1AMFA 2XXUA 2HXWA 3LBSA 3LSWA 2Y7KA 4NTLA 2AYSA 3VDFA 4U2RA 3TAJA 4XKQA 3AXFA 2F8DA 5IKBA 3OELA 1PDAA 2Z8EA 4IY6A 1OVTA 5JEIA 1SQYA 2FA7A 4U22A 3MP6A 2DQVA 5ICQA 5H8QA 1UQWA 3B6QA 1R6ZA 2H98A 4H5GA 2F34A 1N3XA 1SI1A 2D21A 1PB9A 4NF5B 5I2NA 4I8CA 3V8XB 3O6HA 4OERA 2THIA 4IO3A 5FHMA 3E4RA 4MLVA 5I59B 1LAGE 1O64A 4IY5A 2NXOA 4GOTA 4PFWA 1M5CA 2PVUA 4DE8A 3LVUA 4XTCQ 1IEJA 2G29A 2XXHA 1LAHE 4R2FA 2O6AA 3C32A 3E13X 3MP1A 2E0SA 3RYAA 3HCQA 3OO6A 1URDA 4P0GA 3FUZA 4OMBA 2H99A 1B40A 1B05A 3IOVA 2B65A 2Q9TA 4H1XA 1ATGA 4MLQA 1URSA 1Y3NA 3PAMA 1LSTA 1MM7A 2V93A 1XVYA 2H9BA 3W15C 2ALUA 3KN8A 5FTHA 1EH3A 3RY3A 2GHAA 5L9MA 4OFLA 4G8HA 1LGBC 2DOJA 3MJNA 5TP9A 3K1NA 2AL5A 5AA3A 2F7AA 2I58A 4F1VA 3UN6A 4BDRA 3PD9A 1I6AA 1Y4TA 2Z8FA 3K02A 4NEDA 1H43A 1IITA 3MZ1A 3G3IA 3TTNA 3RTFB 2HAUA 5K2YA 2HFBA 1LAFE 2ANJA 5AA1A 3R7XA 2XXVA 3CRBA 2P2AA 2Y7WA 3MZ9A 2DVCA 5CBSA 4E0WA 3I3VA 3WAFA 1D4NA 5JTYA 3TKDA 1S7YA 3BFUA 3BFTA 4OYVA 1B32A 1ZLQA 2DWIA 5H8FB 1RYOA 2O1MA 2UVIA 4F3PA 1UTBB 3EQ1A 1SVXB 1USYE 2OBGA 4ELOA 5I84A 1BTJA 1NH8A 1SD3A 1LCTA 1IXIA 4XKPA 1M5EA 3RT8A 3G3KA 4ZEBA 3PUYE 4FEBA 4ZEFA 4RYAA 3O2AA 1SYHA 1HSEA 2Q89A 2DXRA 4JWOA 1QUKA 4OVJA 3GXAA 4G4PA 3UA8A 1FTLA 5H8FA 3CFZA 3EHSA 1D9YA 5KCJB 1UTBA 1ZU0A 4YU0A 3CFLA 1LBBA 3M8UA 4YAHX 1M5DA 1ZJLA 3KOSA 3VE1B 3MUQA 1MQDA 4YICA 3H4ZA 5LOMA 4EDPA 2WOKA 4QFKA 4P11A 3VXCA 1B5JA 3L6GA 1YCJA 3FV1A 2BJJX 2XX7A 4X1BA 3IR1A 2DXYA 1B3EA 2UVGA 3VVEA 1EZOA 1AH5A 2DE4A 1QW0A 4G68B 3RT6B 1NFTA 3QAXA 1OVBA 5TPAA 1PEBA 2V3UA 1Z7ME 1MXZA 1QULA 1I69A 4DXBA 3DRKA 3GZGA 3LR1A 2GH9A 3PU5A 3H3GA 4L17A 1MY0A 1JNFA 4OENA 4LQ2A 4LVQA 2ONRA 2RC8A 3P7IA 3SEYA 1DPEA 3FJMA 3U72A 1MQHA 3R6UA 3GBBA 3QYTA 2RF1A 2O69A 4LZ8A 5KDTB 4NWCA 5DYHA 1Q1KA 4RJZA 3K6VA 4G68A 2X26A 5IAIA 2Y7IA 3O97A 3ZKKA 2ZMBA 4XIGQ 1II5A 1MXWA 4F1UA 3PUXE 2Q2AA 2IA4A 5CI5A 2F97A 5I58B 5H8HB 3T9UA 3MW0A 4R75A 3T9XB 2XHDA 3OEMA 3RQTA 3QK6A 3K1PA 5AA4B 5J1DA 2G93A 4TOZA 2DS9A 5CMMA 1ZBMA 5I56A 2UVHA 3FVKA 3L6HA 3USDA 3CHGA 2HZKA 3O29A 4H8IA 1D3KA 3C34A 1Y9UA 4DLDA 4H5FA 3PD8A 4AB6A 4N13A 3FXUA 1S9TA 3CIJA 4F3GA 5M2VA 3S9NC 1B7UA 1GTKA 1QUIA 4HTGA 5H8SA 3RUMA 1Y3PA 2R71A 2PT1A 5CMKA 4ZECA 2DWHA 3FVOA 3FASA 5AA4A 4IO7A 1WODA 3O66A 3FVGA 2P0SA 3CI8A 2E1SA 1AIVA 3QXMA 1TFDA 2F5XA 3TYHA 1UIUA 4AQ4A 4P0IA 1RYXA 3DM0A 3HV1A 3OO9A 1OIBA 1LFHA 4IO6A 1NNFA 2F6PA 4NWDA 1FQBA 3IB1A 3MPKA 5I57B 2XX9A 1DTGA 1FQDA 4FIMA 1TWYA 4RK9A 3S9MC 1N76A 4THIA 1POY1 4OEVA 2QS2A 4BDOA 4ELRA 3MQ9A 1JW5A 3SEWA 1MQIA 5EYFA 4KI0E 4N07A 2XD2A 4JWYA 2Z22A 3PPRA 1H76A 3T66A 3I5OA 3G3FA 4DZ1A 3TTMA 3ODBA 3IORA 3O6GA 4ZE9A 5I57A 3FJ7A 3T9HB 1NH7A 5H8QB 4QFOA 3IL1B 3CG3A 3Q29A 3Q25A 1I6BA 4F19A 1JQFA 4PFTA 1MG1A 3FXRA 2VD2A 4ZEIA 3EF7A 2RC9A 2QMXA 3N6TA 4U4XA 3K4UA 3UP9A 4F2QA 4GQOA 3OOAA 4F29A 4Z7EA 3RNNA 4O3CA 3TQLA 3O6PA 4GL0A 4U1OA 2DP8A 3HHFA 2I49A 1CB6A 2V3QA 3E9XA 2X7QA 2B3FA 5CMCA 2UYEA 3SDFA 2CMOA 3PMVA 3TTLA 1LAXA 5BUUA 2QS4A 5F1QA 1M5FA 4EXLA 1P1NA 4PFYA 1UTHA 5L9OA 2QL3A 4GFRA 3BKIB 4I1DA 2IEEA 3K00A 2B4LA 3U1OA 1OQGA 4GLIA 4OFOA 4BDLA 5FHOA 1IZ1A 5CM6A 4XKRA 3CG1A 3PPNA 1VFDA 3Q28A 3HPIA 2P1SA 3EHTA 3SEUA 1H44A 1JVXA 1Y1MA 3SEVA 2HCAA 4GIZA 5TP9B 2I3WA 4OFJA 3W9VA 2Q2CA 4DDDA 4LATA 3Q27A 4IO4A 3RYBA 3KGCA 3FD3A 4IO2A 2XXWA 3TZAA 2ESNA 4GXSB 3IOUA 3M3FA 2XXPA 3MBPA 4ZZEA 1WDNA 4TLLB 3B7DA 4NF6A 3TCFA 3HSTA 3H06B 2V3TA 1NNTA 1FTJA 2H4IA 2XXQA 4EQ7A 4BLAA 3FV2A 1FTMA 1VFEA 2V25A 3TDJA 1MXYA 3BBRA 1IUDA 3TODA 5ICTA 4ZEDA 1JETA 2O7IA 4U21A 2DE3A 4ONYA 3ONMA 5JTYB 2OLBA 2NVUB 3IOWA 4X1DA 3H6WA 2OK2A 3FXQA 3O28A 1MY2A 3IK6B 3K1MA 1EZPA 3C9HA 4QHQA 1VE4A 3PUZE 4NMYA 1PBPA 3I6VA 1NL5A 3G7WA 4FORA 2VP1A 3KSJA 3HN0A 3TTKA 2RKMA 2H5YA 1SYIA 5CRYA 3RTWB 4JSDA 4MBPA 4TLMB 2NUVA 5CBRA 1FQFA 1T0KA 5DT6A 3OMBA 3B6TA 2QS3A 2GFEA 4KD5A 2O68A 1LFIA 4O3BA 1MDP1 1A99A 4ZS9A 4R72A 1MPDA 3M3LA 3OEKA 4YKPA 2Y7RA 3DRHA 3V89B 2WOLA 4R9FA 4U4SA 3S2VA 5ITPA 4MF3A 5A5XA 2W7YA 4GXAA 3D4GA 2GHBA 3ECRA 3U93A 4ZE8A 3THIA 4GRKA 5TU0A 4NF8A 1JW4A 2QJEA 2REGA 2Z8DA 5TPAB 3H7MA 2DYXA 3ZS6A 4OHNA 4GVOA 1OLAA 2DWJA 3IB2A 4YKKA 4KFQA 1A7LA 2Q8JA 3C33A 2WKYA 1Y1ZA 4OXVA 4QSEA 3KZGA 3H6UA 1MDQA 3N94A 5JK4A 3CSGA 4G8NA 2ZNUA 2ZXTA 4HS7A 3VLWA 1R9LA 4RNSA 4Z0IA 2YJPA 2I0CA 3SETA 1SW2A 1JW1A 3DP8A 4OQOA 1P99A 4KYSA 4R6HA 3MVWA 3QSLA 1MH3A 3SKPA 4G77A 3Q26A 3OSRA 4ZDMA 5CMBA 3LSXA 4R73A 4YKJA 3F11A 3TPAA 3PUWE 1P1QA 1ZIUA 4UACA 2ZYKA 3FVNA 1D9VA 1B1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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