4GL0A

Putative spermidine/putrescine abc transporter from listeria monocytogenes
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
323
structure length
322
Chain Sequence
SNTLTIYNWGDYIDPSLITKFEKETGIKVIYQTFDSNEAMMTKIEQGGTTFDIAVPSDYAISKMKEENLLIPLDHSKLPNEKYLDPRFMDLSFDDDNKYSMPYFWGTLGIIYNKEMFPDKNFDTWNALFDPELKNQILLIDGAREVMGLGLNSLGYSLNDTNKAHLQAARDKLETMTPNVKAIVGDEIKLLMADNAGVAVTFSGEAAEMLSENEDLEYVIPKDGSNLWFDNMVIPKTAKNVDGAHKFINFMLKPENAAINAEYVGYATPNAKAVELLPKEISSDERFYPDMDELNNLEVYDNLGKRMLSYYNELFLEFKMYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Putative spermidine/putrescine ABC transporter from Listeria monocytogenes
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Listeria monocytogenes
molecule keywords Lmo0810 protein
total genus 109
structure length 322
sequence length 323
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gl0A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gl0A01
1I6AA 1LFGA 2VD2A 1FQEA 1PBPA 2AL5A 4AQ4A 3PGFA 5I2NB 3FV2A 5CMMA 2UYFA 3MBPA 3FXUA 1B51A 2YJPA 1D4NA 4OFLA 1BLFA 4NF6A 4TLLB 4OTEA 2E1SA 3RLFE 4WXJA 1IITA 1HSEA 3TODA 3USDA 3CI8A 3VXBA 4IO5A 2Q2CA 3IX1A 3FXRA 4O3CA 1JQFA 3Q25A 4I8CA 1MQIA 2GRVA 3TTMA 4O3BA 1ZJLA 1T0KA 5EYFA 3L6HA 3HPIA 5HM4B 3TCGA 3LSXA 2I6EA 2OLBA 1Y1ZA 3WAFA 4H5FA 3S2VA 3U72A 1B46A 1US4A 1A99A 2XXPA 1NKXA 4R9GA 1QVSA 4G77A 1MQDA 3N5LA 4M4GA 4BDLA 2GFEA 4WKMA 4GF8A 1L5TA 2RC8A 2Q88A 4ZEIA 1IIWA 2H99A 2UYEA 3TTRA 3EQ1A 3RT8A 2ZYKA 1LFHA 3ECRA 1B2HA 3U92A 5H8QA 1SVXB 4TLMB 4R6KA 2P1SA 4HW8A 3CFZA 3EHTA 4ELOA 2RKMA 3K1NA 1JW4A 3O66A 4KR5A 3FD3A 4MLQA 3Q29A 1XT8A 1OMPA 4X1DA 4MH5A 1IQ7A 3GBAA 3WAEA 1LB8A 3H06B 4LA9A 3SEUA 5F7VA 5H8FB 5A5XA 4XXUA 2NUVA 1ZLQA 1GR2A 4F3GA 5H8HB 2QJEA 5I2KA 2NVUB 1NFTA 2QS3A 4IY6A 2A5TA 1GGGA 3VLWA 1R1NA 2Z22A 5L9OA 1Z7ME 3O29A 4FEDA 4MF3A 5CRYA 1USYE 2E0SA 1AIVA 3N6TA 2Z8EA 3GBBA 5DTBA 3FUZA 4FATA 3O9PA 3PUZE 1IXHA 3EPEA 4R6YA 3IO4A 2X7QA 2THIA 1A54A 3EN3A 4POXA 3T9HB 4JWXA 3MVXA 4KHZE 5FHOA 5A5XB 1LGBC 2D3IA 3IB0A 1A8EA 1ZMGA 3VE1B 3V8XB 5I2KB 5I57A 4DE8A 3PUXE 4XKQA 5K2YA 4Z7EA 1PB8A 2GHAA 1VR5A 2Q9TA 4HCWA 2QMWA 4PFWA 1AH5A 3MP6A 4GXAA 4G4PA 3N26A 4YKIA 4C0RA 4HS7A 4LZ5A 1A7LA 3K0VA 2I58A 3U94A 1NH7A 5FHNA 3TEPA 1PB7A 3CSBA 3PMVA 4DDDA 3HHGA 2IA4A 4F39A 4LQ2A 2DE2A 4DCYA 2UVIA 1B1HA 1H76A 1R9QA 3KJTA 4G2ZA 1MY4A 4ZS9A 4OWDA 4NWDA 3H6WA 3LUYA 4HCYA 1GV8A 3CSGA 4OFJA 3TQWA 1UTHA 1MY2A 1MDP1 3TDJA 2F8DA 2V3TA 4F3SA 1IXGA 3ILTB 3KN8A 1POTA 3IAZA 5CBSA 2VP1A 4OZ9A 4QSEA 2XHDA 1MQJA 4JWYA 5AA1A 3VLUA 4U21A 1OVTA 2DWHA 1DTZA 3W9WA 2ZYOA 2NXOA 3U93A 2DWJA 4R6HA 2OK2A 4N07A 4RXLA 1SI1A 3E4RA 4I1DA 4NF8B 4X1BA 2REGA 2H5YA 2DWAA 3KJ7A 4XIGQ 1SQYA 3Q26A 3H6VA 5TP9A 1MXZA 1UTHB 5I59A 4YMAA 3M8UA 3TTLA 2XD2A 2VHAA 4H0WA 2O69A 1RYOA 1N7XA 3G3FA 1MXWA 4THIA 1DPEA 3BBRA 2Q2AA 3FASA 4R73A 4GWOA 5HBCA 4QF9A 4YAHX 3G3IA 2QMXA 1QULA 5K2XA 4AB6A 4OHNA 3DP6A 3M3FA 4PQJA 3AXFA 4YZZA 3MQ9A 1R6ZA 1UTBB 1SW2A 2F7CA 4KCCA 4FEBA 1B05A 2I48A 1SDXA 3M3KA 3SKPA 2H9BA 3C31A 3QSLA 1FTJA 2H4IA 2RCAA 2HCAA 4PETA 1LCTA 1NNPA 1MXUA 4QFLA 1N84A 4I9DA 1B3FA 4F18A 1H45A 4OEUA 1RYXA 1ATGA 5TPAB 5ITOA 1MG1A 3IK6B 4EQ9A 4F22A 2O68A 4RYAA 1CB6A 4IO2A 4LONB 2B3BA 4ESWA 1AL3A 1VFEA 1MY3A 3H03A 4P11A 2DS9A 2V3UA 1VE4A 2PVUA 2QSXA 4YKJA 5I56A 4Q8RA 1B3EA 1XC1A 2Q89A 3PPQA 4XKRA 1JVXA 3GXAA 3I6VA 3B7DA 2UVJA 2ZMBA 2Y7RA 5KZTA 1B5JA 3HO7A 5B70A 5L9SA 2PMSA 1OLAA 3SEXA 4NF5A 2PT2A 1QKAA 2YLNA 5AA3A 4F1UA 4BDMA 3LBSA 4H65A 1P1QA 5AE4A 2QL3A 3HSTA 3SDFA 4R75A 3RPWA 4EDPA 4GL0A 2Y7KA 4Q5TA 1N3WA 3EHUA 1O7TA 3KSJA 3UP9A 3I3VA 1SBPA 2Y84A 3QIMA 3S9MC 1BTJA 1GVCA 4POWA 3UGWA 1B32A 4ZZAA 4I62A 1H43A 5AA2D 3PD8A 3KG2A 4GVOA 2DE4A 2M8CA 4NF4B 1FQCA 4XTCQ 1TT1A 5AA4A 4EF1A 1MH4A 2DXYA 4U4SA 5EHMA 5KCJA 5KDTA 1EZPA 4C1TA 1S7YA 1QUIA 5ISUA 3MAMA 4WEPA 2WKYA 1B7ZA 2R6GE 4IO7A 4XKPA 4Q0CA 1DOTA 5DT6A 2PX1A 3F11A 3S9NC 2DYXA 3VVFA 3K6UA 4ZEDA 4G8NA 4BLAA 5HPQA 4NF6B 2I0CA 4Z0IA 2R71A 5DEXA 3E9XA 3S9EA 3MVWA 5CMBA 3K6WA 1IUDA 3O2AA 1MXXA 4ZE9A 4DXUA 4G8HA 4RK2A 5I58A 3TPAA 1YCJA 1URGA 1B3GA 2DXRA 1DTGA 2FYIA 3SETA 2QS1A 2Y7WA 1A40A 1P1UA 2Y7IA 4QFOA 4U1ZA 4MFIA 1P1WA 4YB7A 1B6HA 4JDFA 1B3LA 2ZNSA 2ZXTA 1LLSA 4BDOA 4FE8A 4PE5B 3LSLA 1D3KA 1CE2A 3KFMA 4DXBA 4BDNA 1OQGA 4LZ8A 2XXXA 1UIVA 1XOCA 1Q1KA 4R2BA 2REJA 3MJNA 5DEXB 3T96B 4KYDA 4OQOA 3ODBA 3OO6A 2P0SA 2I0BA 2XXQA 5M2VA 3RY3A 2HEUA 4RPOA 2Q8JA 3IO6A 3MPLA 1LBBA 1DSNA 1PB9A 2A5SA 5I58B 1Y3PA 2LAOA 5H8QB 5CC2A 1LBCA 1I6QA 3BFTA 3CFLA 2CZLA 4H8IA 3UIFA 5ITPA 2I3VA 2FA7A 4PP0A 3C35A 1IEJA 1PBQA 5H8SA 1QW0A 2F7AA 2O1MA 1MQHA 2I4CA 3OO9A 1URDA 3PPOA 3OELA 4N13A 4RPNA 3T93B 1SW4A 1B0LA 5CI5A 3TAJA 3P7IA 3THIA 1FW0A 1FTOA 4IGTA 2BJJX 2O6AA 3H7MA 1Z7NE 1AOVA 1IXIA 2A5TB 3C4MA 3PU5A 5DYHA 1J1NA 3PUVE 3VV5A 4M1VA 1D9VA 5FTIA 3SEYA 1MXVA 2RC9A 3QYTA 1YPNA 1ZKBA 4P0IA 2DVZA 3IL1B 2IEEA 4IGRA 3KZGA 4JSOA 5DVJA 2HQ0A 2AYSA 3K4UA 4YU0A 1P99A 4PFTA 3CR9A 1A8FA 2ESNA 2X7PA 1M5BA 1SYIA 4IY5A 4QHQA 3O28A 4GFRA 1ELJA 3K00A 1B3HA 1SD3A 2OWSA 1KWHA 4UACA 5I57B 1YTVA 2RF1A 3A09A 3OSRA 2ZNUA 4EUOA 2DP8A 4EQBA 3MZBA 3IOWA 3TKDA 1URSA 1JW5A 3UK4A 3UN6A 4H8JA 4RJZA 2QS2A 3VVEA 1DMBA 3I5OA 3FVOA 4AB5A 3C9HA 2QRYA 2G93A 2YPNA 3JZJA 1EZ9A 1BIYA 2R9JA 4ESXA 4F3BA 3S4UA 4LATA 2UXAA 3O6IA 1B1XA 3OSQA 5BUUA 3MW0A 4GD5A 3M3LA 3IOTA 3DP8A 3C32A 4QSDA 5H8NA 3Q27A 1MPBA 1N0TA 3RT6B 2F6GA 4X48A 4U2RA 4NWCA 1US5A 3VXCA 1B4ZA 3CRBA 5ELVA 4EQ7A 4ND9A 5CM6A 3MPKA 1OLCA 4YICA 4HTGA 1YAEA 1MPDA 3O6HA 3UORA 4KD5A 4TOZA 1PEBA 4G68C 3LR1A 4FJPA 2PT1A 3TTNA 4X9TA 3OO7A 1IZ1A 1M5CA 2F7BA 3MP8A 4JB7A 4K3FA 4RA1A 3RQTA 3K6VA 1FTLA 1H3DA 2XX7A 2O7IA 3BFUA 4DXCA 4EF2A 2PBWA 2D21A 1M5FA 5B7DA 2GH9A 3KSXA 1B52A 2F78A 4OESA 4YB6A 2OBGA 4R9FA 4C1UA 3IOUA 3QAXA 1UQWA 5TP9B 4OXVA 3S9LC 3T9UA 3E3KA 5I59B 1MM7A 3TELA 2HAVA 1HSLA 4YKPA 2XXUA 5TU0A 2O1LA 4H5GA 2ZYNA 1MM6A 3R26A 1EU8A 2UVGA 4ZECA 3K2DA 1N76A 2XXTA 4ZZEA 1ZIUA 1S9TA 1B7UA 5L9MA 2ANJA 1MRPA 3OOAA 2O51A 1MDQA 3G3HA 2HAUA 4R2FA 3JYRA 2P2AA 1BP5A 1TXFA 5I2NA 2D5WA 3OEMA 1OVBA 4KPTA 4DIGA 3W9VA 3EF7A 4NMYA 4Q30B 1OQHA 3OO8A 1A55A 1ANFA 1MY0A 4UA8A 2I3WA 3V83A 3ZS6A 4E0XA 4KI0E 4F31B 1ZU0A 1NNKA 3TZAA 1B9JA 3LC8A 1NNFA 3HHFA 2QS4A 1FQFA 2F6PA 4KCDA 3CIJA 1LCFA 4QFPA 3R6UA 3R7XA 4LVQA 4OYVA 4FAJA 3K6XA 4JWOA 1NL5A 4KYEA 3HV1A 1Y3NA 1PC3A 4F1YA 2XXHA 3SEVA 3OXNA 3B6TA 2NOOA 5I56B 4U4XA 1XVXA 4IB2A 1B40A 3TTKA 3H3GA 4YMBA 3OENA 3ZKKA 1FCKA 4YKKA 4F3PA 2DOJA 3TFLA 3ZSFA 3MWBA 2DWIA 4U22A 3E13X 2Y7PA 3CG1A 3RGYA 4NF5B 2F97A 1I69A 2GHBA 3C34A 3GLBA 3VDFA 1PDAA 4PFYA 1B58A 3U1OA 1HSJA 4NTLA 4MBPA 4H1XA 1FQDA 4ELRA 3DLNA 1I6BA 1MQGA 1Y3QA 3PPNA 3PPRA 3C36A 3SESA 4ECFA 4KFQA 1LFIA 3K01A 3PPPA 1VSOA 4FIMA 4QRZA 1AMFA 3MC2A 1MH3A 3K02A 3RNNA 3DM0A 3KEIA 3B6QA 4IO3A 3RN8A 5H8FA 1QJMA 1Y4TA 5AA4B 1XS5A 1ZBMA 1Y4CA 3QUFA 3LSWA 5H8HA 2HXWA 5KCJB 3TCHA 5KDTB 1LSTA 1MXYA 2XXWA 1O63A 1BKAA 3FATA 4GIZA 3QUJA 1USYH 3CG3A 2V3QA 3G3KA 2O7UA 4OENA 4QSCA 2AL4A 1LB9A 1TFDA 1F9BA 2RINA 1M5EA 3H6TA 3T22A 2F34A 1D9YA 2ABHA 4P0GA 1B5IA 4RK9A 1Y20A 3K1PA 1FQBA 3A3UA 2ZYMA 2NWJA 3OEKA 2XXYA 3PV0E 1JEUA 5IAIA 3G7WA 3IR1A 2Z23A 4OETA 1P1OA 3EHSA 2ONKE 1EH3A 3T9XB 1JW1A 4ELQA 1QKBA 3D4CA 1SYHA 2UVHA 4R72A 1WODA 3FJGA 2HFBA 5DVIA 5FTHA 4ONYA 2XX8A 5L8DA 3PUWE 3FVKA 3RUMA 3PUYE 3G3GA 3VVDA 1II5A 3KN7A 1B4HA 5JTYA 1S50A 1JETA 1JNFA 5FHMA 4F1VA 4RNSA 4F2QA 4JBZA 1LAGE 3KOSA 3HN0A 3KOTA 1H44A 1QUKA 2VOZA 2VGQA 3DP4A 2DVCA 2XXIA 3C33A 3FJMA 1FTKA 1LAXA 4QFKA 3FXQA 4ZDMA 3K1MA 2ONRA 4ELPA 2VD3A 3FVGA 2H25A 4DCXA 3IORA 3UA8A 3PMXA 1VFDA 1TWYA 3PD9A 4GL8A 2XXRA 3G3JA 3IOVA 1Y1MA 2DSFA 5ICQA 2HZKA 3OMBA 3ZKLA 2RC7A 1UIUA 3CFXA 5CMKA 1OIBA 4LQ5A 4F2OA 5JTYB 4ISUA 3KGCA 3IB1A 2I4BA 3TCFA 1TFAA 4R74A 3FV1A 4F19A 3TMGA 2PYYA 4GLIA 2B3FA 4QFNA 2XD3A 4GOTA 2HZLA 3D4GA 4WEDA 3MUQA 4G68A 4NF8A 5BWJA 1Y9UA 4DZ1A 3OD7A 1FQAA 3GZGA 2CMOA 3ONMA 3KN3A 2W7YA 4ZEKA 4PFUA 1MPCA 1XVYA 4O3AA 4LP2B 1B0HA 3BKIB 2OJTA 2F35A 3MVYA 2V93A 2OCUA 1B5HA 2RCBA 3W15C 3RTWB 2OWTA 1LAFE 4OFOA 2DE3A 3RTFB 2XXVA 1IXCA 3MZ1A 2B65A 3FJ7A 3L6GA 2V25A 2I49A 1POY1 4GXSB 3U8QA 3IB2A 1SW5A 5JK4A 5J1DA 3IJXB 4FECA 4G68B 4E0WA 1MS7A 2ZNTA 2Z8DA 1UTBA 4MLVA 4F29A 2XX9A 5AA2A 2OZZA 3MZ9A 1B7HA 3N94A 4GRKA 2F36A 3SEWA 3PMWA 5F1QA 5I84A 1O64A 4XKNA 4ZEBA 3ILUB 3B6WA 4U1OA 1Q35A 3CVGA 2KLFA 4DLDA 3V5AA 3A3CA 5H8NB 2X26A 3T9VA 3QXMA 5TPAA 3MVZA 1N3XA 3HCQA 3IJOB 1WVJA 2Z8FA 1SW1A 4LUBA 3FZVA 3H4ZA 2H98A 1N7WA 3N6UA 4G8MA 4OERA 5IKBA 4IO4A 1GTKA 1P1NA 1RKMA 1MY1A 4U23A 4H67A 4L17A 5AA2B 2V84A 5LOMA 3V89B 5ICTA 3LSFB 4ZE8A 4JXIA 3Q28A 1EZOA 2ONSA 1QUJA 4JSDA 2DQVA 1NNTA 4OVJA 3TQLA 4KQPA 5CBRA 4OEVA 4KYSA 3JV9A 4BDQA 3DELB 1M5DA 1LAHE 2FNCA 1XHYA 3O97A 4OMBA 3O6GA 3FIRA 1WDNA 5CMCA 4IO6A 4YB5A 1SI0A 3VFJA 3MP1A 4LZ7A 4EXLA 3FVNA 3QK6A 3KBRA 2AIXA 3FGSA 4NEDA 4N6PA 1NMUA 4NE4A 1R9LA 4EXKA 2O84X 3SERA 5JEIA 1DPPA 3TUSA 5EHSA 2G29A 1N04A 3TYHA 5DVFA 3T66A 3H6UA 2F5XA 2QPQA 1JVYA 4TQUQ 4NF4A 4ZEFA 4FORA 1ZTYA 2ALUA 1NH8A 3VLVA 4GQOA 4RY1A 4BDRA 4H6DA 1FTMA 1JEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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