4GQOA

2.1 angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from listeria monocytogenes egd-e
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
KTKVTFWAAPNPTQVKYWDEMAKAYEKENPDVTIEVSQMKESPSSEATIQSAIASKTAPTMSENINRSFAAQLADSKAIVPLNDVKGLDDVVKERNMSETMDSWKFSDGNQYVLPVYSNPILFAWRLDTLKELGYDAPPKTYSEALEVGKKLKAKYPDKVLWAKGDLSDPTAWMRWFDFFPLYDAASKGNAFVEDGKLVADDKAGTELLTFMSELQKNKLLLASKATDPFETGTSIMADNGPWTFPNWDEKFPELKYNENYAITAPLVPDSMVNEENVATYADSKGVVMYAQATDKEKEAAMDFLKFVYNDDKNDLKFLETTNLIPARDDATENETFTAFFKENPELEVYAANVPYSIPAMDDAKYNDIQQIIGEEAWNPIVRGEKKPTKAWSDMKKAEDGVLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title 2.1 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from Listeria monocytogenes EGD-e
rcsb
molecule tags Unknown function
source organism Listeria monocytogenes
molecule keywords Lmo0859 protein
total genus 136
structure length 404
sequence length 404
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA02
3TQLA 4FEDA 1A8EA 5HBCA 2HQ0A 2UYEA 4P0IA 1MY4A 5IKBA 1N04A 4JSDA 4U1ZA 1OVBA 4O3AA 5FHNA 4MLVA 1ZU0A 1O7TA 5FTHA 4RJZA 2RCBA 1LAFE 4THIA 3N94A 3L6HA 2OWSA 5CM6A 3OEKA 3QUFA 3G3IA 2XX8A 3TMGA 3S4UA 1FW0A 3R7XA 3T9XB 2DP8A 3OO9A 2XXHA 1ELJA 1S9TA 4NE4A 4KCCA 4K3FA 3K6WA 1N3XA 1ATGA 3K02A 3IO6A 4EDPA 3FVOA 3MPLA 5TP9A 3OSQA 3OO7A 1LFIA 3PU5A 2P0SA 1Y3PA 3MZBA 4RK2A 5F1QA 4X1DA 3E3KA 3O9PA 4IGTA 4U1OA 1JVXA 3PD9A 4LZ5A 2V3UA 2A5TB 3FIRA 3HSTA 2AYSA 2REGA 1LAXA 2KLFA 3PUYE 4YZZA 4PP0A 1B3HA 1FCKA 3K1MA 3LSWA 3QK6A 1SI1A 5A5XA 3M3KA 3MBPA 5ITOA 3G7WA 3FVGA 4R6HA 4F1UA 1P1UA 4I1DA 4OYVA 5L9MA 3FZVA 4F3SA 1Y20A 2UVIA 2OCUA 5FHOA 3GXAA 2PVUA 1EH3A 1M5FA 4DE8A 2HAUA 3MW0A 4KPTA 5KDTB 3HV1A 4O3BA 3PPOA 2HZLA 3CG1A 1B5JA 3KEIA 1WDNA 4LQ2A 2XXIA 3G3KA 3ZKKA 1I69A 3DLNA 2O51A 1B0HA 5EYFA 1LBBA 3KFMA 2H5YA 2XXWA 3THIA 1Y4TA 3C35A 3IB1A 3WAEA 3GLBA 2OZZA 4LUBA 3G3HA 4GQOA 4XKPA 1AH5A 3EN3A 3R6UA 4EQ7A 1QJMA 2ESNA 3T9HB 3K6VA 3K2DA 2HEUA 1M5CA 3PV0E 2BJJX 2FA7A 2AL5A 3Q27A 1SQYA 3LSLA 5DT6A 2O1MA 1SYIA 1JETA 1O64A 3MVWA 4NEDA 2DOJA 3N5LA 1KWHA 2O7UA 3AXFA 1US5A 1FQFA 4JWOA 4GVOA 2V84A 3MZ1A 2XXYA 4OENA 4E0WA 4LQ5A 1GR2A 2XXVA 3RPWA 5DVIA 4I8CA 1A40A 3O6HA 4R2BA 1ZBMA 5H8FA 4OFLA 4U21A 1M5EA 1Y1MA 3FV1A 4M1VA 3MVZA 1PB9A 3HO7A 1CB6A 5B7DA 1URDA 3VV5A 4PFUA 1GV8A 3PUVE 4ESXA 1D4NA 1P1QA 1PBPA 1MY1A 3KOSA 1SW4A 4GD5A 5TU0A 1MQGA 5DTBA 1UTHB 3RNNA 3BFUA 4JB7A 1SW5A 1PB8A 2B3FA 4I9DA 2NOOA 2D3IA 4MBPA 3FVKA 4F2OA 2XX9A 2X7QA 1M5DA 1HSJA 2H4IA 4HS7A 4ECFA 1MXXA 3CSGA 3B6WA 4QFPA 5KCJB 1UIVA 4N6PA 2ABHA 4R9GA 3CG3A 1B3EA 4RY1A 3FATA 3K01A 1I6AA 1J1NA 3LC8A 2OJTA 1N84A 2O6AA 3K4UA 1MPBA 1BLFA 1LBCA 2THIA 3H06B 2F7CA 3JV9A 1US4A 2O7IA 3T22A 2VD2A 4FECA 2Z8DA 3MUQA 1OQGA 3H6WA 4HTGA 1UIUA 1TWYA 4HCYA 3SERA 4N07A 1ZMGA 2ZMBA 2XXQA 3TFLA 4JDFA 3MAMA 4BDQA 3N26A 1OLCA 3OXNA 4I62A 5I2KB 3OELA 2ZYOA 5LOMA 4QFNA 4TOZA 4DIGA 4ZEBA 4G8MA 4ZEDA 4XXUA 2F6GA 2Z22A 3TKDA 3DP6A 3FASA 5IAIA 1TXFA 3RQTA 5I2NB 3QUJA 3EQ1A 5JTYB 4ZE9A 3SKPA 3VVFA 1N76A 2DE2A 1BTJA 1IXHA 5BUUA 4G68A 5CBSA 1B6HA 3IAZA 3RTFB 1USYH 3G3JA 1OMPA 2NXOA 2W7YA 3KOTA 2PMSA 2GRVA 1AIVA 4QHQA 2RCAA 3CI8A 4JXIA 3C9HA 3FJ7A 2DE4A 3CVGA 3CIJA 3BFTA 4LZ8A 3T9VA 4X48A 3OSRA 2Q89A 5ICTA 1SYHA 1S50A 1BKAA 2Y7RA 3HN0A 3TUSA 2YJPA 3OO8A 3O97A 2E0SA 3IOWA 3MJNA 3RLFE 5I57A 3UK4A 3N6UA 1URSA 1MS7A 1Y3NA 2F7BA 1USYE 3H6VA 2I4CA 3UIFA 3G3GA 1OIBA 4YU0A 2F5XA 1QW0A 3FVNA 1SD3A 4IGRA 1T0KA 3KN8A 4ESWA 1MPDA 3GBBA 2WKYA 5I58B 4BLAA 2NUVA 1B1HA 4YMAA 3R26A 3B7DA 2ZNUA 4YMBA 5ICQA 1II5A 3FXRA 3TTNA 4O3CA 4RNSA 1SW2A 3ECRA 4P11A 1FQEA 1WODA 3T66A 4HW8A 4C0RA 3OENA 5H8SA 3SETA 3U72A 1XVXA 5H8HA 4H6DA 4Q30B 3RTWB 3N6TA 4NWDA 4ZS9A 3IJOB 4AQ4A 1MXUA 2B3BA 4TLLB 3VXCA 3UP9A 4NF6A 3VE1B 1IIWA 1YPNA 1FTLA 1B2HA 4H1XA 2V93A 4LZ7A 1JQFA 2F8DA 5CC2A 3Q28A 4LATA 1ZKBA 1LGBC 3IB0A 2XD2A 3H7MA 2A5SA 1EZ9A 1QKBA 5JEIA 4OMBA 4JBZA 5JK4A 1MH3A 3IO4A 2LAOA 4OQOA 5TP9B 2VGQA 1QUKA 3RT6B 4RPOA 2XXPA 3M8UA 1XVYA 1O63A 4H0WA 2OWTA 4G8HA 4F39A 1TFDA 4P0GA 1TFAA 3EPEA 5AA4A 2DSFA 1FQBA 5ELVA 2QS4A 3LSXA 3PMWA 1EU8A 3EHUA 1LB9A 2CMOA 5HM4B 4DZ1A 1AOVA 5K2XA 3VVDA 3K0VA 2G29A 3C36A 3KN3A 2QS1A 2I3VA 3W9VA 2XD3A 4QSDA 1JEVA 3T93B 4IO3A 4LONB 1FTMA 1ZTYA 1EZPA 1NKXA 2I6EA 3I5OA 4ISUA 1B3FA 2HFBA 3B6TA 4RXLA 5TPAA 5CMMA 2DYXA 2ANJA 3S9NC 1OLAA 1NNPA 3MP6A 4GIZA 4L17A 1B46A 2QPQA 3UA8A 1BP5A 3ONMA 2X7PA 1XC1A 5EHSA 2PYYA 3ODBA 4KQPA 5CMKA 1YTVA 2A5TA 2RINA 2ALUA 4POXA 3H6TA 1R1NA 2ZYNA 4DXBA 4NF5A 5AA1A 3MVXA 4PETA 3SDFA 4GXSB 3QAXA 4YKJA 4KYEA 1SVXB 2Q2AA 3Q26A 2VP1A 4Z0IA 2XXRA 3L6GA 2CZLA 3CSBA 4KYSA 1VFDA 3E9XA 4ELQA 3FXUA 4F31B 3FJMA 5KDTA 1A8FA 1QULA 5AA3A 4LVQA 4UACA 1B05A 2QL3A 3CFLA 2Y7PA 3QXMA 1D9YA 3Q29A 3SEYA 1XOCA 1LCTA 1MPCA 1JW4A 1MXZA 3WAFA 3PPNA 3U8QA 2GHAA 4Q0CA 2NWJA 2GHBA 4JWXA 2I58A 4OETA 3UORA 1OQHA 2Q8JA 4YB5A 4KFQA 1H43A 3ZKLA 1UQWA 3TYHA 4JSOA 1XT8A 4ZEKA 2M8CA 1MM6A 2AIXA 4RPNA 3TDJA 1MQJA 2V3TA 4IY6A 4OFJA 4QSCA 2VHAA 4POWA 4MFIA 5H8NA 4QFOA 4ZE8A 3PD8A 1NNKA 4HCWA 4BDNA 1F9BA 2I3WA 5L9SA 4XKQA 4R74A 3T9UA 2UVHA 1AMFA 4F19A 5I59A 4R6KA 1EZOA 5CMBA 5DEXA 2DWJA 5ITPA 1B7UA 1PB7A 1GGGA 2RKMA 3ILTB 4F1VA 2R71A 4ELPA 5L9OA 1B7ZA 3W9WA 1UTBB 4PFTA 3JYRA 2DS9A 4Q8RA 1Q1KA 1H44A 2QMWA 3TODA 3FXQA 4DXCA 1MQIA 4IO4A 3FD3A 2HCAA 4KCDA 3KN7A 4ND9A 3EHSA 1B7HA 4UA8A 4DCXA 1VE4A 3FUZA 2YPNA 2H25A 3LUYA 4WXJA 2RC9A 1MY0A 1NNTA 4NMYA 4JWYA 3OEMA 3MP8A 2ZNTA 3JZJA 3DP4A 1YAEA 1IEJA 1FQAA 2ZYKA 3M3LA 3QIMA 5I56A 3TQWA 3QSLA 1Y1ZA 4EUOA 4F1YA 3K00A 3PMXA 4OHNA 2P1SA 3Q25A 3K6UA 1N7XA 3MP1A 4EXLA 3HHFA 4GL8A 5H8QA 3VVEA 4FJPA 1RYOA 5ISUA 3MWBA 3O28A 3S9MC 3VXBA 1N0TA 4PQJA 4X9TA 1JVYA 1ZLQA 4F3GA 3C33A 4OVJA 1PBQA 1TT1A 3PPQA 4WEPA 3PPPA 2I48A 4EXKA 4FATA 3MQ9A 1Y3QA 2Y7WA 4YICA 5FHMA 5B70A 1N7WA 4G68B 1MQDA 1DTGA 2B65A 3IL1B 4F29A 1H45A 3SEXA 1B4ZA 4H5GA 4TQUQ 1L5TA 4C1TA 1MQHA 4E0XA 3C4MA 3VLVA 1MDP1 4IO2A 4U22A 3MZ9A 3D4GA 2H98A 2QS3A 3GZGA 1QUIA 1JW5A 2DQVA 1A54A 2DXRA 4G4PA 3OOAA 3V5AA 1DTZA 4DDDA 2G93A 1FTOA 2QMXA 2P2AA 2DVZA 3GBAA 3HCQA 3V83A 3ZSFA 1VFEA 4ONYA 5I84A 4YKIA 4MLQA 1HSEA 2Y7IA 1MM7A 4U4XA 3CFXA 3RN8A 3P7IA 3TPAA 2XXTA 3EF7A 4ELRA 4EF1A 2IA4A 1MY2A 2ONRA 2PT2A 1SW1A 3B6QA 3U94A 4QF9A 3DP8A 2Q9TA 3IJXB 4KYDA 3W15C 4NF8A 4NF4A 1DSNA 5AA2A 2I4BA 3HPIA 1ZJLA 4RK9A 4FAJA 4H67A 4G68C 2VOZA 1QUJA 3VLUA 3V89B 1I6QA 4OEUA 1Y9UA 3A09A 3OO6A 4BDRA 4Q5TA 1VR5A 1GVCA 2FNCA 3KG2A 3FGSA 1XHYA 2REJA 4NF6B 2H9BA 5M2VA 3H6UA 3IOVA 4H8JA 2F34A 3PUXE 3VFJA 3IORA 3VDFA 3IOTA 4GL0A 3A3UA 1MG1A 4QFLA 2QS2A 1IUDA 1LSTA 4IO5A 3M3FA 3SEVA 2HAVA 2DWAA 2F35A 5KZTA 5FTIA 5AA2D 4R75A 2F36A 3SEUA 1SDXA 1WVJA 2OBGA 4R73A 4H8IA 1DMBA 3PUWE 4U4SA 1QKAA 3DM0A 1B5HA 3S9LC 4YB6A 2YLNA 4LP2B 4AB6A 1A7LA 2X26A 4WEDA 3IX1A 5AA4B 5AE4A 4OERA 2XHDA 4H65A 2F78A 2XXUA 1FTKA 1NNFA 1PDAA 1LFGA 2VD3A 1A55A 3OMBA 1B5IA 3FJGA 1FQDA 3LSFB 1P1NA 3K1PA 1MXYA 4ELOA 1H3DA 4OXVA 5TPAB 1JEUA 3E4RA 5A5XB 3KBRA 3KJTA 4R9FA 1AL3A 3TCGA 3C32A 2F6PA 4BDLA 1R9QA 2R6GE 3U1OA 3H03A 2NVUB 3O6IA 1DPPA 4EQ9A 4F3BA 4IY5A 4NF5B 2R9JA 1Z7ME 1URGA 4F18A 5BWJA 3KGCA 3KSXA 1B51A 3O66A 2PT1A 3UN6A 2V3QA 1B9JA 4XKNA 1IXIA 3A3CA 1LFHA 4GWOA 1BIYA 4GXAA 2DE3A 1B4HA 1P99A 4Z7EA 4IO7A 4DLDA 1RKMA 1MDQA 3U93A 1Z7NE 3PGFA 1XS5A 3PPRA 3UGWA 1POY1 4FIMA 2Z8FA 1P1OA 2Y84A 4PE5B 3I6VA 4XTCQ 3TAJA 2D5WA 3TELA 1B3GA 3C34A 3KSJA 4FEBA 2DXYA 2QJEA 1Q35A 3K6XA 2HZKA 3IB2A 3T96B 4U23A 3IR1A 4F3PA 4R72A 2ZXTA 4U2RA 3TTLA 5H8NB 4GRKA 1N3WA 2ONSA 3H4ZA 1B1XA 4YKPA 1NL5A 3S2VA 4NWCA 5J1DA 4ZDMA 2RC7A 2OK2A 4OWDA 5I59B 4YB7A 5CRYA 5DEXB 1POTA 4XIGQ 5H8FB 3RT8A 3O2AA 3HHGA 1S7YA 1MRPA 4R2FA 2XXXA 5K2YA 3ZS6A 1MY3A 3O6GA 4F2QA 1IXGA 3MC2A 3SEWA 4GF8A 3MPKA 3BKIB 1RYXA 4F22A 3IK6B 1IQ7A 4KD5A 1MH4A 4AB5A 2PX1A 3O29A 2DWHA 5DYHA 3S9EA 1B32A 4OESA 3RUMA 2F97A 1DOTA 4RYAA 3TTMA 4ZEFA 1SBPA 1B52A 5CBRA 1NH7A 2O84X 5CI5A 3V8XB 1CE2A 3H3GA 2H99A 1LCFA 4NTLA 1UTBA 2O1LA 3TTKA 1NFTA 3CRBA 4MF3A 2GFEA 5I56B 1LAGE 1M5BA 4EF2A 2QRYA 1Y4CA 1UTHA 3TCFA 3CR9A 3USDA 4QRZA 4DXUA 4WKMA 5H8QB 2I0CA 2HXWA 4ZZAA 5CMCA 4G77A 5KCJA 4OEVA 1LB8A 5DVFA 4N13A 1MXVA 2IEEA 4X1BA 1H76A 3BBRA 1I6BA 2DWIA 2Q88A 2V25A 1ANFA 1NMUA 2ZNSA 4ZZEA 4XKRA 1D9VA 2GH9A 1JNFA 4ZEIA 4FORA 2DVCA 4DCYA 2OLBA 4OZ9A 2Z8EA 3SESA 4KR5A 3OD7A 4GFRA 1OVTA 2O69A 2Y7KA 1DPEA 3LR1A 1B58A 3FV2A 3MVYA 2O68A 3RY3A 2I49A 3PUZE 3U92A 2UYFA 1B0LA 1SI0A 4EQBA 5I2KA 4LA9A 2ZYMA 3LBSA 4KI0E 4M4GA 3QYTA 4G8NA 1D3KA 2AL4A 3I3VA 4YKKA 2RC8A 3ILUB 4RA1A 5F7VA 4IO6A 2D21A 4G2ZA 2Z23A 5I2NA 4OTEA 2QSXA 3C31A 1IITA 5JTYA 2PBWA 1FTJA 5L8DA 1LLSA 3F11A 5I57B 2RF1A 4NF8B 1PEBA 4BDMA 3IOUA 3TZAA 3K1NA 2XX7A 1YCJA 4NF4B 3VLWA 5AA2B 3RGYA 2UVJA 1HSLA 4KHZE 3DELB 5HPQA 3TEPA 4GOTA 1B3LA 2E1SA 4MH5A 2UVGA 2UXAA 1R9LA 1P1WA 1ZIUA 4QSEA 2ONKE 1VSOA 3D4CA 1A99A 4FE8A 3CFZA 4ZECA 2FYIA 2I0BA 1GTKA 1FQCA 4OFOA 4C1UA 4PFYA 1IXCA 2F7AA 1JW1A 3G3FA 1PC3A 4IB2A 5EHMA 5H8HB 1IZ1A 1B40A 3TTRA 4BDOA 1R6ZA 4YAHX 2Q2CA 3EHTA 4PFWA 1MXWA 3KJ7A 3TCHA 4QFKA 3PMVA 4TLMB 1QVSA 3E13X 4R6YA 5I58A 5DVJA 4H5FA 4GLIA 1LAHE 3KZGA 1NH8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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