4GUH | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	259
structure length	259
Chain Sequence	NLYFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKAGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	3-dehydroquinate dehydratase
publication title	Reassessing the type I dehydroquinate dehydratase catalytic triad: Kinetic and structural studies of Glu86 mutants. pubmed doi rcsb
source organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus	90
structure length	259
sequence length	259
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date	2012-08-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01487	DHquinase_I	Type I 3-dehydroquinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4guhA00

5U7SA 1ADOA 1LRTA 2FB2A 4FNUA 4K36A 4QQ3A 3MO7A 1C8VA 1KM4A 3LTPA 3RU6A 4FF7A 4FIQA 2NV2A 1O60A 5LGZA 3G1SA 4HKPA 1FCVA 1SZGA 3L5MA 3I7RA 3TAKA 1KFLA 4K7VA 4BR1A 2NUYA 4JY8A 4KKXA 1JQVA 4O18A 3B0VC 2VFDA 2Y6ZA 3WK0A 5DCDA 1NVMA 3A5FA 1WX0A 2FJKA 2GVGA 3NEVA 3VFLA 3LRLA 3Q58A 3V75A 4FNQA 3UPWA 1OFAA 1K02A 1M5WA 3P74A 1VPXA 4YMZA 1K8ZA 3A9IA 4N4QA 3ABQA 2B4GA 2ZRWA 3NL2A 3HPSA 2HS8A 1FQ0A 3GVGA 1X1ZA 4QJ1A 5FEXA 4DELA 4JR5A 2J9YA 4AWTA 1U5JA 4I7UA 1QWGA 1XUUA 5K9XA 5K4XA 5K9CA 1W8SA 3W1UA 5AHIA 3GLCA 1JR1A 1I2PA 1XC4A 1VR6A 2ZRXA 1B3OA 2V5LA 4BF9A 3W76A 3KX6A 1P0NA 5KITA 1D3GA 1P4CA 2YYUA 1UASA 3DAQA 2PRHA 3G1AA 4JNMA 3MI2A 4IXXA 5HMSA 2CLFA 2A21A 4FX8A 2Z0IA 1UUMA 1GVRA 4LT9A 1I45A 4O12A 4WX2A 3PF3A 4MIMA 5CPNA 1K3UA 1NF7A 5T26A 1G4EA 3S9YA 1ZAHA 4LV9A 1JCJA 1NAL1 1TV5A 4N02A 1H50A 3TNOA 3GX9A 3E96A 4JTIA 5EY5A 1RR2A 1FCQA 2CLIA 1F05A 3NO5A 1TIMA 4WOQA 3KHJA 4XTIA 3M5XA 4JTJA 1F2JA 1CI1A 4EWND 3BW4A 4OU1A 3B05A 3TSDA 1W37A 3FOKA 3MI3A 1EP1A 3M5VA 1KV5A 4TO8A 5LSMA 3WJXA 3LCWA 2Q8LA 1TTJA 1I2NA 3W7HA 5A8GA 3M41A 4ADUA 5AHEA 1OX4A 1SU5A 1W5PA 1YPIA 4U28A 3STFA 2V2CA 5H2ZA 4IGHA 3MHFA 1P1XA 3EXTA 4LRTA 2VXNA 3FYOA 1KTCA 1VCGA 3BG5A 3LXBA 2JKAA 1OF8A 3NQ7A 5D04C 1GYLA 4NJKA 4UFMA 1XBYA 3QJAA 1JULA 3E49A 3W2KA 6TIMA 2YR1A 4OHQA 5D2TA 3G18A 2NWRA 1VCVA 4IWWA 1HG3A 1FDYA 3PWAA 3ZWSA 4G1KA 3EXRA 4QISA 3O1NA 3S5NA 1NF0A 1KM5A 1GG0A 4ZQOA 5KZMA 4LVDA 1OHLA 4MJMA 1VC4A 4IPJA 1MXSA 5G5IA 3EWYA 4XKYA 5F1UA 4ORMA 4RLIA 2WNZA 5L6UA 2CLHA 4BI7A 1ONRA 3NG3A 3L0NA 4MPQA 2LLEA 3O6DA 1MEWA 1B9BA 4HSNA 4QITA 3E02A 3MYOA 2YSWA 3HG2A 2YPIA 5AN7A 4WUIA 3G22A 1WAUA 4GJ1A 4I9AA 1K7FA 5SWUA 4MYAA 1ZENA 4M7TA 4JTEA 3L0GA 3BG3A 1H7NA 1Z42A 5LNRA 3TCEA 2C19A 2CZEA 3P5YA 2ZZ7A 2VFHA 1LLZA 2C15A 4KWVA 5BW6A 3FJ6A 5BMWA 2E09A 1G7VA 4NJIA 3SW6A 3W7RA 1MEIA 3W7NA 1ZJIA 2OMAA 2P0OA 3TQVA 2I9EA 1I2OA 1NEYA 1N55A 1GPWA 1KM1A 4L4MA 3QSRA 4JS3A 3P5ZA 4HT3A 4IUOA 3KXQA 3H54A 4Y8FA 3G3DA 3PBVA 3LV5A 4AEOA 1TSIA 5TQLA 1WBHA 3KVKA 3P81A 2A7PA 2KZHA 3M7WA 5D2XA 5TBOA 4O1CA 3K30A 5LGXA 4HNNA 1OYCA 4QSHA 2Y7DA 4MLJA 1QNVA 4K39A 1J5TA 3CWOX 7TIMA 4NT0A 5I3IA 3EKLA 5KZEA 2E6DA 2YYTA 2DORA 1FX6A 3NDOA 3HPXA 3NPXA 3DU0A 4QNEA 3B06A 3VI2A 2J88A 2DJLA 5F2IA 3PBUA 5DXXA 4YL2A 1RV8A 1PV8A 1GVSA 3NQFA 1OVDA 3A23A 3UY7A 3CU2A 4HNVA 5D03A 4DBDA 3C61A 3P62A 1A5AA 3PC0A 3Q94A 3MP4A 1FCBA 2PRLA 3GNDA 5G1YA 3E9AA 4AXKA 4JDYA 3G1HA 4NZJA 2ZA1A 4HSOA 3TUUA 2GQ8A 1TYGA 3ANYA 1A5SA 2GOUA 3TJXA 4ADSA 3CT7A 3WJWA 3B4UA 1J2WA 3TK7A 3THQA 2B0MA 2R91A 4UTUA 1IIGA 4UFLA 1LCOA 2BWGA 2DZXA 1XM3A 1VJIA 4AF0B 5F1VA 1AW2A 3SR7A 4S2CA 3GKAA 1Y0EA 2FB3A 2Q3OA 2ATMA 4TR9A 3SJ3A 4O1BA 3NAVA 3S8HA 2HMCA 3LHZA 1LM1A 3W9ZA 2JKEA 3OIXA 3L0KA 1RQHA 1EWEA 1IXQA 4UR8A 1TV7A 1QPNA 1QO2A 4JYDA 4O19A 1ZCOA 4Z08A 4IX2A 4N9BA 3W7OA 1JCXA 2YGYA 1LBMA 4PFMA 1TQXA 4DQWA 4JYEA 2ZA2A 3PSWA 5D38A 3WFAA 4UFIA 3HMJG 4N9CA 4FNPA 1OFDA 1ME8A 2WV8A 3C2EA 6ALDA 2NX9A 3HOJA 3NM3A 1IIHA 2WSQA 3C2FA 1I2QA 4O1AA 3W1AA 1KLZA 1HO1A 5HULA 3W7EA 5AHMA 3C8FA 1FWRA 1GWJA 2ALDA 5D37A 1TPDA 3W2LA 3BLFA 2OT0A 2W6RA 2DZVA 5HWMA 1WYIA 4Y96A 5AHNA 4O4VA 1K8YA 3GDLA 4PH6A 3W07A 3W7DA 2PURA 5G2HA 3W85A 4MY9A 5G4EA 4HNTA 4NX5A 3GYEA 2Y62A 4UCGA 3H55A 2H3DA 1JUBA 5I3HA 1H1YA 4IXHA 1Z48A 1N8FA 4WY0A 3P8IA 4Q4KA 5DCEA 4TX9A 4YLWA 5HWJA 4FNTA 3S5ZA 1WQ5A 4ZVJA 4UMCA 5LHEA 3LGEA 4LC8A 4XZ9A 4L4LA 4GC4A 1TV8A 1G4SA 3W1XA 2V81A 3EWBX 3S5YA 1IXNA 4JTGA 3G0SA 3W2JA 2XN0A 2G97A 3LXCA 3SSJA 1XDMA 4JD4A 3G3MA 2PE4A 2ISVA 3R2GA 4TMBA 1YLVA 2ZZ5A 4IQLA 2BX7A 3VCRA 3NPVA 2P10A 4OV9A 3GZ3A 1SW3A 1WA3A 4ML9A 3MMTA 3HB9A 4X9SA 2VOMA 3TROA 4WZHA 1DV7A 3MBFA 3IEBA 2HS6A 2YDAA 5HQEA 5C6MA 3N14A 3UYCA 2GJNA 3UWZA 3O05A 3W1PA 3QPYA 1VCFA 2C0AA 2A4AA 3OBKA 3LB0A 3NQAA 2VKZG 4XBSA 1T8XA 3KVJA 1A50A 2NX1A 1D3HA 3HG4A 4O17A 3LBMA 4LU0A 3C0JA 2Z6JA 3G8EA 4IJBA 3TV8A 2NXHA 3WJSA 5E93A 4DF0A 1AL7A 3NPUA 1EP2A 3G1FA 1TO3A 4H4IA 3GXNA 2ZRUA 3S1UA 4X22A 3DFQA 1THFD 4UTWC 3DH7A 4MYXA 4N6EA 1X7FA 3S1VA 4RJEA 3DKLA 2ZCGA 5AC6A 3ELFA 1XFBA 3GXPA 2ZZ4A 1H60A 3SY5A 3IGUA 5LZLA 4NNAA 1SO6A 5KMYA 1QPRA 3LERA 1L6WA 3KVMA 2NXIA 4DO4A 3N2XA 1A5BA 4WJEA 1OK4A 1W3TA 2NUXA 1SFLA 5D33A 4N2YA 1TPEA 5EL1A 1S5WA 5D2WA 1K8XA 4LWWA 1DORA 1XL9A 2ZYFA 3MHUA 3W1NA 3YPIA 3DBPA 3RFAA 4R7JA 2V30A 3W7MA 1JUKA 1H7WA 5E1QA 1L6YA 3SGUA 1R46A 1RVGA 1TTIA 4OBTA 4JICA 4UTIA 2R8WA 1P5BA 3L68A 2H8ZA 4LS2A 1LRQA 4IMCA 1R2SA 3BPWA 3M5YA 1M7OA 4IPIA 4EVZA 4D2JA 3CHVA 4GBUA 5HWNA 3OVQA 3FEMA 5G2WA 2C16A 3QMSA 3M16A 3DFOA 3UXAA 4M5PA 1PL9A 2QR6A 2X1SA 3BVJA 3IV3A 1IGSA 3RLVA 3G8RA 4A21A 1SQ7A 1KFCA 1GZGA 3NQDA 3PR2A 1HTIA 2B7QA 2EGZA 3FS2A 2OJPA 3P84A 4JX5A 4UNKA 2Y7EA 2PCQA 4C1KA 1M7PA 4ZMGA 1LOSA 1ZY9A 4JTKA 4AF0A 1QPQA 1RQEA 2D73A 2P1FA 3TQKA 4EF8A 5D05A 1FUYA 3BV4A 3EX6A 3G1VA 1RD5A 2ABBA 1P0KA 1MEHA 5LHFA 1LZOA 3MP3A 3G1YA 4AHOA 3CC1A 3R8RA 3EX4A 3UQNA 2ZZ6A 3ZFHA 4J9JA 2IQTA 4MLRA 2JKPA 3F4NA 1DBTA 1FWNA 3HBLA 1Q6OA 2JGQA 2Z6IA 4GUHA 4R34A 4YCOA 3C2VA 3RK8A 1S5VA 1GYNA 1YDNA 3R12A 5D02A 3P80A 1H51A 2NV1A 5FESA 5LNSA 4MFDA 3PUDA 3W7KA 2WJZA 4FXRA 4MVAA 1F6PA 4JYFA 5FEZA 2GVLA 4O15A 5K2ZA 2ZZ3A 1TPB1 3MBDA 3QQ0A 4NQ1A 1VHNA 3CWNA 4DF1A 3NQMA 2XN1A 1TJRA 4IMFA 5HUOA 3TXVA 4CCCA 3I7SA 3LTSA 4UR7A 4WD0A 1QDSA 2FPYA 3A22A 5C2XA 4PC8A 2Y63A 4GUGA 1XDLA 3O63A 1G4PA 3T78A 2QCGA 3QQ1A 1HFBA 5L9FA 3HGOA 5I3KA 1EIXA 1PIIA 5HJLA 4ZQNA 2NLIA 1KV8A 2A2IA 1YTKA 1YDOA 4O50A 2VELA 2ZFAA 4LTSA 3PSVA 3TFCA 4CQAA 1RQBA 3BLIA 2NX3A 3M47A 4O8RA 4UTMA 4O0KA 4FO4A 1BWKA 4WXZA 3NL5A 4ALDA 1TRIA 5GVJA 8TIMA 3TAOA 5AYZA 1W5QA 2CLLA 5CKSA 1S5TA 4GRSA 3LI0A 4KFNA 2FQIA 1OX5A 3CEPA 1PS9A 4O13A 2GQAA 3TW6A 1F7BA 4WY0B 1N7KA 1PVNA 3W1MA 4OQVA 5DBTA 1W56A 2WO5A 3O16A 1LTDA 4QAIA 1C29A 1H63A 4DPQA 4LVAA 4UTWA 3SZ8A 3TC7A 1RPXA 3LHWA 3IVTA 1H5YA 3GB6A 5BRBA 3GAKA 1Q3NA 4Y9AA 4Z1AA 3WJZA 3BGGA 3MHGA 1VHCA 1KFEA 3LCIA 3C2RA 1YXDA 1KBIA 4Z1DA 2E6YA 2V82A 3NQCA 2GJLA 3MJYA 1Q45A 1Q6RA 3O06A 2F84A 1QR7A 3QYQA 1KM0A 1L6SA 1EP3A 4LY8A 1G7UA 4AVFA 5DN1A 4NJGA 3B0PA 4OV4A 2G95A 3KAOA 3NQGA 2H8XA 1EEPA 2O7QA 2QF7A 4IOTA 3W71A 3W86A 1C9DA 1F73A 1KLYA 2YFNA 1QOQA 5F4XA 3NQVA 3P7YA 3TKFA 1YXCA 1NFBA 3GR7A 3PAJA 3OG3A 1G69A 1QFEA 4BWLC 4Z1CA 4X2RA 2BZNA 3W83A 5K3VA 3FKRA 4H3DA 3TDFA 3BW2A 3QRHA 3O6YX 3NOEA 1AW1A 3EWWA 4OE7A 5AOUA 2FPVA 3MYPA 4AB4A 1U83A 1OFQA 4PL2A 5J5DA 1F6KA 3P82A 4O14A 2Y89A 3N73A 5F2LA 1FWWA 4CNNA 2QCCA 1ZHAA 3CTLA 3STCA 3NQ8A 1SUXA 4ZQRA 1WOBA 3CLMA 5CPOA 3HGRA 1OFPA 1TQJA 4CNOA 4UXDA 3NR0A 3QEZA 3HPZA 4ONVA 1UB3A 4OGZA 1GVQA 2RKXA 3DFNA 3GDTA 1ME9A 4PA8A 1L9WA 1YADA 4HPJA 1DQXA 2DU2A 2VEPA 1KFJA 1PHWA 3PUEA 3GDMA 1B4EA 1JUEA 3NL6A 4QIUA 4UFJA 3LOTA 4E0CA 1SZFA 4POCA 2GUUA 2J9XA 4ORIA 3L5AA 1YTDA 3IIVA 4M6QA 3TFXA 5F4WA 4JTSA 3S42A 3EKZA 4W9TA 5HUPA 1JQXA 2PC4A 2QJHA 1M6JA 2Z1BA 3WK2A 3RNDA 3NZ1A 4OT7A 1FXQA 1FWTA 3P60A 2EPHA 3M0ZA 1TCDA 3MP5A 2ZRVA 1ICPA 3ZR4A 5BMXA 3W3OA 3UZ5A 1JJKA 2I14A 3TMQA 2RH9A 3TW7A 4U4MA 1K03A 2E68A 4OWGA 3U2OA 3T44A 2VFEA 5DCBA 5HNRA 5BOOA 1XXXA 4CCDA 1WOAA 3NZRA 4LV4A 2CLKA 3ZWTA 5A5WA 1F74A 3G1XA 3OA3A 1EWDA 3UZJA 1LRNA 3GK0A 2XN2A 3LXAA 2ZQ0A 3THAA 4RCXA 2ZRYA 3NM1A 3PS7A 4RK8A 3PB2A 1O94A 5H91A 1O5KA 3DKJA 3TSBA 2CLMA 2VFIA 4LNYA 4Q32A 1DOSA 3GAYA 1FCUA 4RZ5A 3LM7A 2B7NA 2ISSA 2WSYA 3JS3A 3LLFA 2W0UA 4YXGA 1R2RA 4GUJA 1ALDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4GUHA

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Chord Diagram

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