4H65A

Crystal structure of semet derivative of hmp synthase thi5 from s. cerevisiae
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
333
structure length
315
Chain Sequence
DKITFLLNWQPTPYHIPIFLAQTKGYFKEQGLDMAILEPTNPSDVTELIGSGKVDMGLKAMIHTLAAKARGFPVTSVASLLDEPFTGVLYLKGSGITEDFQSLKGKKIGYVGEFGKIKPEDYTAVRCGMNVAKYIIEGKIDAGIGIECMQQVELEEYLAKQGRPASDAKMLRIDCCFCTVLYICNDEFLKKNPEKVRKFLKAIKKATDYVLADPVKAWSGYIDFKPQLNNDLSYKQYQRCYAYFSSSLYNVHRDWKKVTGYGKRLAILPPDYVSNYTNEYLSWPEPEEVSDPLEATRLMAIHQEKCRQEGTFKRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Last Piece in the Vitamin B1 Biosynthesis Puzzle: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHT INTO YEAST 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE PHOSPHATE (HMP-P) SYNTHASE.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5
total genus 98
structure length 315
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h65A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h65A01
1TXFA 1D3KA 1M5DA 4HS7A 1ZJLA 2X26A 4BLAA 1ZKBA 4GXAA 3KSJA 4GFRA 4FJPA 2V3QA 4FORA 1HSEA 4H65A 4TLLB 2F34A 4XKPA 1GV8A 3TTMA 3K0VA 1NNTA 4F3BA 2QL3A 1M5CA 1UTHB 4LUBA 5AA1A 5IKBA 3MPKA 5H8FB 2ZYMA 4GL0A 1JQFA 4YU0A 3SEWA 3TTLA 2V25A 1VFDA 3KBRA 4NEDA 1GVCA 4AB5A 4FIMA 1A54A 4C1UA 2XD3A 3CSBA 2V3UA 3MZBA 2QJEA 3WAEA 2I4BA 3ILTB 4DCXA 4NWDA 3MWBA 1MQHA 3M3LA 2D3IA 4ONYA 2D5WA 1WVJA 3VLWA 3V83A 4IO6A 4KR5A 5B70A 4F31B 4OZ9A 5I2KB 1HSLA 4JBZA 3T93B 5H8QA 1NNFA 2Y7WA 2E0SA 3TEPA 3ONMA 2F6GA 4X1BA 3K01A 3VV5A 4YKKA 1EH3A 4F39A 1MXXA 1Q35A 4KPTA 3HV1A 1B7UA 4R6YA 4YMBA 2E1SA 2OK2A 3PPRA 5H8HA 1RYOA 1A99A 3PUVE 3JYRA 4LA9A 1B5JA 3LSLA 1H45A 4RY1A 4F29A 2ZNSA 5EHSA 4YB7A 4DCYA 3PGFA 4Q8RA 3S9MC 3LSFB 4RNSA 4FECA 4LVQA 3KJTA 3H4ZA 1SW1A 4ZEIA 1JW5A 2AL5A 4XIGQ 1S9TA 2GFEA 5ITOA 3DP4A 1B1XA 4MF3A 4IGRA 1SYHA 4U2RA 4GXSB 2QS3A 3VXCA 3TCFA 1MH3A 3T9HB 4BDQA 4G8HA 4EXLA 4G4PA 2DWJA 3OO7A 1IXCA 2HAUA 4OQOA 4H5FA 4LZ5A 2IEEA 2GHAA 4OXVA 3IO6A 4F18A 4DLDA 3PUWE 2B3FA 1LAXA 4DZ1A 2I3WA 3TQLA 2DWHA 3IR1A 4U21A 3CG1A 2I4CA 1MXWA 1P1OA 4ZZAA 1FQBA 3G7WA 4ZS9A 3MVXA 3FV1A 4H8IA 4PP0A 1S50A 3MC2A 2R9JA 3PPOA 4ELPA 1VE4A 2OJTA 3OMBA 5CC2A 4X9TA 4DXUA 2GHBA 1MDQA 3TCGA 4ISUA 2ZXTA 1B58A 1ZIUA 1IXGA 1JVYA 1SDXA 1N3XA 3KSXA 5JTYA 3H06B 3OELA 3B6QA 1B3HA 2R71A 4R74A 3TYHA 3RUMA 2YPNA 1DTGA 1R9QA 4OERA 3OO8A 2ZYNA 2AL4A 2PT1A 3GBBA 4OMBA 3P7IA 5CM6A 5B7DA 4JWOA 4NF4A 4N6PA 3A3UA 2G29A 2XXTA 1Y1MA 3PPPA 1MPBA 1IIWA 4JSOA 1TFDA 2ZNTA 3IB1A 3PMWA 5CMBA 3T96B 2ALUA 3PD9A 3FGSA 5AA2A 5JK4A 2VD2A 5FHOA 1EU8A 3O6HA 3K02A 2HEUA 4H5GA 2Q8JA 1B5HA 4LQ5A 1Z7NE 1N84A 2DXRA 1MQIA 3GXAA 2DWIA 3H7MA 3U8QA 2WKYA 4ELRA 3G3FA 4QHQA 5I58B 4F3SA 1N7WA 5M2VA 2BJJX 1P1QA 1GTKA 3CI8A 4G77A 3LC8A 4POXA 1Y1ZA 4ZDMA 2XXYA 3C36A 5I56B 5FHMA 1P1UA 1AOVA 3DLNA 2ESNA 3C4MA 3FD3A 2F36A 3I6VA 3PD8A 2X7QA 1AIVA 3PV0E 4YB6A 5CI5A 3MZ1A 4F2OA 1QULA 3R7XA 2F6PA 4KCDA 2OWSA 3CFXA 1H3DA 3TTRA 5ICQA 1N04A 4JWXA 2DE3A 3TZAA 1GGGA 1B4ZA 3CFLA 3IOWA 1EZ9A 1MS7A 1MPDA 3QK6A 3I5OA 4DXBA 1SD3A 1XHYA 3HHFA 3KFMA 2DS9A 1VSOA 1FCKA 5DTBA 3KOSA 4LP2B 1UTBB 1QUJA 1I69A 1Y4TA 3DP6A 1NKXA 2OCUA 2DSFA 3QXMA 3JZJA 3WAFA 1F9BA 3S9NC 1FTJA 4H1XA 1MRPA 4ZZEA 4U23A 3DP8A 4BDNA 3VVFA 1MDP1 2O69A 4YB5A 4EF2A 4NTLA 3CG3A 4IO7A 1MY3A 3K1MA 3UORA 3EQ1A 3K6WA 3PPNA 4G8MA 5KCJB 2XX8A 1LGBC 1NL5A 1LSTA 4MLVA 3TPAA 4R6HA 4ECFA 5F7VA 3L6GA 2XXUA 4BDLA 2Z8FA 2QMWA 1SYIA 1SBPA 3C35A 1TWYA 1Y3PA 2DVZA 3HCQA 1URGA 3M3KA 4G8NA 4QFPA 2Y7PA 4Q30B 2A5TA 3CRBA 3FIRA 1YCJA 3SDFA 5I2NA 4TLMB 4OEUA 1B05A 3IOVA 4XXUA 3A3CA 3LBSA 3Q28A 4MLQA 1RYXA 4GD5A 1BP5A 1LLSA 3O28A 1URDA 2UYFA 4GRKA 4L17A 3O6IA 4NE4A 3O9PA 1QJMA 2X7PA 2NXOA 1MXYA 1IXIA 2VGQA 4F3PA 3RPWA 4P0GA 1DTZA 1SVXB 3SKPA 1DSNA 3N26A 3IORA 4DE8A 3IL1B 4IB2A 3E4RA 3FZVA 5H8SA 1ZU0A 4XTCQ 1N0TA 1N7XA 1FTOA 3VXBA 3FXQA 1A8EA 4Z7EA 4TOZA 4AB6A 3L6HA 3KJ7A 1UTHA 4GOTA 3D4CA 1L5TA 3G3GA 2VOZA 3FV2A 4Q5TA 1POTA 3K2DA 4P11A 2XXWA 4QRZA 5FTHA 2Y84A 1URSA 4JB7A 4GVOA 1FTLA 4KYSA 3BKIB 4M1VA 5I57B 3G3JA 3ZS6A 4PFYA 1MXUA 3GLBA 1SW5A 1LCFA 4OYVA 2RINA 1B0HA 4ELOA 4F3GA 1H76A 2HFBA 3SERA 2DE2A 5CMMA 1WODA 4RYAA 3OO6A 1B5IA 3MP8A 4AQ4A 2FNCA 5I2KA 5I59B 3EHUA 2ZYKA 3MBPA 1QUIA 4PQJA 2QRYA 1LFHA 4G2ZA 1NFTA 4MFIA 3OSRA 5HPQA 1XC1A 4RPOA 4ZEBA 2PBWA 3U1OA 4EQ9A 2RF1A 2O6AA 1B3FA 1B6HA 1ELJA 3T22A 3M3FA 5L8DA 4NF5B 4BDMA 4U1OA 1MY1A 2HQ0A 1WDNA 1MM7A 1A8FA 4H0WA 5ICTA 1YAEA 3M8UA 4OENA 2ONSA 2Q2CA 3ECRA 2P2AA 4KQPA 3EN3A 2H99A 4LZ8A 1CE2A 1ZMGA 1PC3A 3G3HA 3O6GA 2ZMBA 1MQJA 3FJGA 2I0BA 3G3IA 3HO7A 1PEBA 3OENA 4GL8A 2DYXA 1Y4CA 4DIGA 3OEKA 1B3EA 4IGTA 4X1DA 1AMFA 1B0LA 1LAFE 1OVBA 2XXXA 5HBCA 1MQGA 3CIJA 1NNKA 2RC9A 3B6TA 1LFGA 4YKIA 1Y3NA 3BFUA 1B2HA 4F19A 1VFEA 3KOTA 1LB9A 3O29A 1QUKA 3H6VA 2ZNUA 5H8NB 4YMAA 1B1HA 3FUZA 1OMPA 2I49A 1MXVA 1Y9UA 3A09A 1B51A 3HN0A 4OWDA 4R72A 2QS4A 1MPCA 3V89B 1MQDA 3UGWA 4JSDA 2O7IA 1MG1A 1OLAA 1FTKA 2OZZA 4LZ7A 3CVGA 1GR2A 4BDOA 5KDTB 2D21A 2QS1A 2UXAA 4EDPA 1USYE 3FVOA 5DEXB 3VDFA 3K6UA 5JTYB 1N3WA 5CBRA 1R9LA 5ITPA 3RGYA 1NH8A 4RPNA 3W15C 3KN7A 5TU0A 2Q89A 2NUVA 1I6BA 4JDFA 2HCAA 2F7BA 4HW8A 1PBQA 4KCCA 1NMUA 1EZOA 1RKMA 2Z8EA 3VLUA 2O1MA 5DVIA 2H5YA 4O3BA 3H3GA 3T9UA 1H44A 1MXZA 2DWAA 2DP8A 4C0RA 3G3KA 3IOTA 3BFTA 4ND9A 5AA2B 4QSDA 2R6GE 4H6DA 5CBSA 4LQ2A 2Q2AA 4ZEFA 1Q1KA 3O66A 4F2QA 4E0XA 1SI1A 3VVDA 4NWCA 1BIYA 3MJNA 2HXWA 3C31A 4PFUA 1Z7ME 3MUQA 2DOJA 1B3LA 5I56A 2QPQA 4RXLA 2F7CA 1OVTA 4Q0CA 2B3BA 2ANJA 2XXRA 3V8XB 2UVGA 4ESXA 4OETA 5AA2D 5LOMA 3HSTA 4G68B 3TTKA 3SETA 2RC8A 1AL3A 1US5A 5CMKA 1MY0A 1A55A 4PE5B 1TFAA 4IO5A 1IQ7A 1FQFA 3FXUA 3GBAA 3E9XA 3USDA 4WEDA 2XXVA 1PDAA 4KYDA 3MQ9A 3LR1A 2NVUB 4YKJA 2H25A 2ONRA 2I3VA 4R9GA 2F35A 1EZPA 4FEDA 3UK4A 3O2AA 3TTNA 5AA4B 1NNPA 1NH7A 3QYTA 4UA8A 4ZE9A 3U93A 5TPAB 3Q29A 5FTIA 3N6UA 2XHDA 2F78A 3KN3A 1R1NA 3EPEA 5TP9B 2HZLA 5KCJA 4U4SA 1UIVA 3H6UA 1LFIA 2B65A 4O3CA 2XXHA 4E0WA 2Q88A 1B46A 4FE8A 3LSXA 1IITA 2QS2A 1XVXA 4DXCA 1IXHA 1Y20A 4NF8B 3UIFA 3TUSA 4O3AA 4LATA 3OOAA 2REJA 3FVGA 1PB7A 4I9DA 2HAVA 1JEVA 3LUYA 4ZECA 1SI0A 3T66A 4EF1A 2Y7RA 1J1NA 1M5EA 4NF6A 1O64A 2ZYOA 5ELVA 5DVFA 5A5XA 1N76A 2GH9A 4K3FA 4IO2A 4EUOA 4OFJA 1B52A 4OESA 3MVYA 3VE1B 3MVZA 1BKAA 2A5SA 3IJOB 4HCWA 3ZKKA 5EHMA 2RC7A 4PETA 3IB2A 5ISUA 2P1SA 3OSQA 4I8CA 3R6UA 3H6TA 3U72A 3RT8A 1MY2A 4OEVA 1D9VA 1M5BA 3UN6A 4RA1A 3S4UA 2G93A 5DVJA 2Z8DA 4GIZA 4FEBA 1LAHE 3Q27A 4WKMA 3O97A 5H8FA 4QSCA 1DPPA 4WEPA 4KI0E 2XXQA 2O51A 4EQ7A 1Y3QA 5DYHA 1R6ZA 2RKMA 3K1NA 2VHAA 3K00A 5I57A 3QAXA 1JVXA 3ILUB 3SESA 2H98A 2UVHA 3PU5A 2KLFA 3OD7A 4ZEKA 4OTEA 4F1YA 2O84X 3MZ9A 2FA7A 1DPEA 3HPIA 4I1DA 1POY1 4XKRA 1US4A 3V5AA 5I59A 3AXFA 1O7TA 4C1TA 1TT1A 4R2FA 1MM6A 2VD3A 4QFNA 4H8JA 4HTGA 2AIXA 3SEUA 3H03A 3PPQA 4YZZA 4QSEA 3QUJA 1XVYA 4R2BA 2QMXA 2H9BA 5H8QB 3UP9A 3W9WA 1KWHA 4NF5A 2Z23A 1JW4A 2REGA 1MH4A 3CSGA 4THIA 1A7LA 1H43A 2PMSA 2DXYA 3U92A 2Y7IA 4MH5A 4TQUQ 4F1VA 5DT6A 2I6EA 4F1UA 2RCAA 3VFJA 2PYYA 2THIA 5H8HB 1ZTYA 2I48A 2XX7A 4ZE8A 3TELA 1LB8A 2XD2A 4KHZE 1B4HA 1B3GA 2V93A 4XKQA 3IK6B 3C9HA 2RCBA 3E13X 3FATA 2XXIA 3HHGA 3RT6B 3SEYA 4H67A 3R26A 1HSJA 3K4UA 3PUXE 3K6XA 1XS5A 4R9FA 3EHSA 3BBRA 4ELQA 3I3VA 2IA4A 4U22A 4XKNA 3PMXA 4FATA 3OO9A 1AH5A 1T0KA 1QVSA 4R75A 3IOUA 4QFOA 5J1DA 1IUDA 3JV9A 2GRVA 4GWOA 4M4GA 2XX9A 3TQWA 5JEIA 3GZGA 2ONKE 5HM4B 2M8CA 2XXPA 3DM0A 4KD5A 2VP1A 3KN8A 2DVCA 4QFLA 1FTMA 1ZBMA 3K1PA 3FXRA 1QKAA 3FVNA 5H8NA 4GQOA 1ATGA 5L9MA 1D4NA 2V84A 1QW0A 3U94A 1VR5A 4WXJA 3IB0A 1SQYA 2DE4A 1PB8A 4OFOA 1P1WA 3H6WA 4OVJA 3S2VA 1B32A 1B7HA 4F22A 2AYSA 2F8DA 3RTFB 3E3KA 1UIUA 2Y7KA 2PX1A 3T9XB 5KDTA 3MPLA 3IAZA 5DEXA 2NWJA 4BDRA 3IJXB 1YPNA 3CFZA 1OQGA 3C33A 3EHTA 3OXNA 3MVWA 4RK9A 4IY5A 1M5FA 2DQVA 2O68A 4ZEDA 3VVEA 4GF8A 5EYFA 5K2XA 5KZTA 3MAMA 2UVJA 3RQTA 5FHNA 4I62A 4QFKA 4LONB 4P0IA 4NF4B 4UACA 1JNFA 3PUYE 4EXKA 2UVIA 1P99A 3PMVA 3IX1A 1LAGE 2PVUA 5AA3A 5K2YA 1DMBA 3LSWA 4PFTA 1FQCA 4JXIA 2ABHA 3ZKLA 1I6QA 3UA8A 5I58A 2OWTA 3THIA 2O7UA 5AE4A 1JW1A 4IY6A 1P1NA 1DOTA 1JEUA 3C34A 1OIBA 2CMOA 4RK2A 5CMCA 4MBPA 3CR9A 3QIMA 5F1QA 5CRYA 3ODBA 3RY3A 4YAHX 4IO3A 1FQEA 2W7YA 3MP1A 1FW0A 3TMGA 2NOOA 4R6KA 5L9SA 3VLVA 2V3TA 1MY4A 3N94A 1D9YA 2F5XA 4U1ZA 4HCYA 1UQWA 1QKBA 3FVKA 4G68A 1LCTA 3S9LC 3KGCA 2HZKA 3KEIA 3MW0A 3ZSFA 1SW2A 1PBPA 4IO4A 4N13A 1OQHA 2Q9TA 2F7AA 4EQBA 1JETA 4N07A 2OBGA 3RLFE 3FJMA 3RTWB 2I58A 2OLBA 5BWJA 1B9JA 4QF9A 1UTBA 3TKDA 3K6VA 2PT2A 4YKPA 4OHNA 3RNNA 3N6TA 4NMYA 4RJZA 4PFWA 4POWA 3Q25A 5AA4A 3C32A 3DELB 4G68C 3SEVA 4Z0IA 3IO4A 1II5A 4KYEA 3F11A 4U4XA 4YICA 3QSLA 5TPAA 3TODA 1LBBA 4DDDA 3Q26A 5L9OA 1O63A 4GLIA 5TP9A 1FQDA 2P0SA 3OEMA 3PUZE 2Z22A 1BLFA 3QUFA 3TDJA 2QSXA 3N5LA 3S9EA 2LAOA 1ANFA 4NF8A 1IEJA 4JWYA 2YLNA 1OLCA 4R73A 1S7YA 3TCHA 2F97A 3MP6A 3T9VA 1A40A 4KFQA 2H4IA 2A5TB 3TFLA 1FQAA 3RN8A 3D4GA 1B40A 3SEXA 1LBCA 3EF7A 1BTJA 5I2NB 3W9VA 1SW4A 4FAJA 3KG2A 1IZ1A 1XT8A 2CZLA 4NF6B 4X48A 2FYIA 5I84A 1ZLQA 5A5XB 1YTVA 1XOCA 1USYH 5BUUA 3KZGA 3B6WA 2O1LA 2YJPA 2UYEA 2I0CA 1CB6A 1PB9A 3B7DA 3FASA 4ESWA 3FJ7A 1I6AA 5IAIA 4OFLA 1B7ZA 3TAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DBZA 1FPEA 1NV4A 1TXFA 1D3KA 1M5DA 4HS7A 1K9YA 1ZJLA 2X26A 4BLAA 1ZKBA 4GXAA 3KSJA 4GFRA 4FJPA 2V3QA 1FBDA 4H46A 4FORA 1HSEA 4H65A 4TLLB 2F34A 4XKPA 1GV8A 3TTMA 3K0VA 1NNTA 4F3BA 2QL3A 1M5CA 1UTHB 4LUBA 5AA1A 5IKBA 3MPKA 4OANA 5H8FB 2ZYMA 4PDHA 4GL0A 1JQFA 4YU0A 3SEWA 3TTLA 2V25A 4JVCA 1VFDA 3KBRA 4NEDA 1GVCA 4JVDA 4AB5A 3A29A 4FIMA 1A54A 4C1UA 2XD3A 3CSBA 3NOHA 2V3UA 3MZBA 2QJEA 3WAEA 2I4BA 3ILTB 2CEYA 4DCXA 4NWDA 3MWBA 1MQHA 3M3LA 2D3IA 4ONYA 2D5WA 4OVQA 2PCRA 1WVJA 3VLWA 3V83A 4IO6A 1G0HA 4KR5A 2WX9A 5EQ7A 5B70A 4F31B 4OZ9A 5I2KB 1HSLA 4GX6A 4JBZA 3T93B 5H8QA 1NNFA 2Y7WA 2E0SA 3TEPA 4HE0A 3ONMA 2F6GA 4X1BA 3K01A 4PDDA 3VV5A 4YKKA 2CZIA 1EH3A 4F39A 1MXXA 1Q35A 1YXIA 4KPTA 3HV1A 1B7UA 4R6YA 4YMBA 2E1SA 2OK2A 3PPRA 5H8HA 1RYOA 5J16A 1CNQA 3IFCA 1A99A 4QBAA 3PUVE 3JYRA 4LA9A 1B5JA 3LSLA 1H45A 4RY1A 4F29A 4QXDA 2ZNSA 5EHSA 4YB7A 2CZKA 4DCYA 3PGFA 1LBWA 4Q8RA 3S9MC 3LSFB 4RNSA 4FECA 4LVQA 3KJTA 1FPBA 3H4ZA 1SW1A 2P3NA 2FIEA 4ZEIA 4AS5A 1JW5A 2AL5A 4XIGQ 5LDZA 1S9TA 2GFEA 5ITOA 3DP4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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