4H67A

Crystal structure of hmp synthase thi5 from s. cerevisiae
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
342
structure length
337
Chain Sequence
DKITFLLNWQPTPYHIPIFLAQTKGYFKEQGLDMAILEPTNPSDVTELIGSGKVDMGLKAMIHTLAAKARGFPVTSVASLLDEPFTGVLYLKGSGITEDFQSLKGKKIGYVGEFGKIQIDELTKHYGMKPEDYTAVRCGMNVAKYIIEGKIDAGIGIECMQQVELEEYLAKQGRPASDAKMLRIDKLCCFCTVLYICNDEFLKKNPEKVRKFLKAIKKATDYVLADPVKAWSGYIDFKPQLNNDLSYKQYQRCYAYFSSSLYNVHRDWKKVTGYGKRLAILPPDYVSNYTNEYLSWPEPEEVSDPLEATRLMAIHQEKCRQEGTFKRLALPAHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Last Piece in the Vitamin B1 Biosynthesis Puzzle: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHT INTO YEAST 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE PHOSPHATE (HMP-P) SYNTHASE.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Pyrimidine precursor biosynthesis enzyme THI5
total genus 120
structure length 337
sequence length 342
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h67A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4h67A01
4QFLA 2YJPA 1H3DA 3T93B 4H5GA 4AB5A 4R6YA 5CC2A 4YICA 3W9VA 2QMXA 1A99A 1LFGA 4H65A 3DP6A 2OWTA 4G8NA 1QUJA 4ELOA 2Z22A 2DP8A 4OQOA 3VXCA 5HM4B 4PETA 1N04A 1AH5A 2OBGA 3OO6A 5FTIA 3RTWB 3U92A 4F2QA 1M5CA 5H8FA 5HPQA 1VE4A 4ELQA 1EH3A 3CR9A 2RCBA 4PFYA 2DQVA 3A3UA 1UTBB 3GZGA 2ZXTA 5IKBA 3PGFA 2UYEA 1XHYA 3A3CA 1MH4A 3A09A 4F31B 1MQHA 5CBRA 3QXMA 4HW8A 2UVJA 3CFLA 3IB2A 4LUBA 3K0VA 2V25A 1PBQA 5L9OA 2QPQA 1QUKA 3OO8A 5H8NB 2O7IA 4ZDMA 1NH8A 1XS5A 4P0GA 3KN8A 2O69A 1JVYA 2Y84A 1TT1A 5I2KA 3O28A 1Y3NA 3PUVE 3FV1A 5H8QA 3EQ1A 2H25A 3QUJA 4MFIA 3T96B 3OENA 2REJA 3IO4A 4IO7A 1P1UA 3OEKA 2PBWA 1NL5A 3PMVA 4H0WA 1JW5A 1D9VA 4QHQA 3CSBA 3G3IA 1S7YA 1YAEA 2OJTA 3OSQA 5AA4B 1URGA 3K6XA 4YB6A 2ALUA 4JWOA 3MZ9A 4YMBA 1HSEA 4EXKA 4KI0E 2Y7IA 3MVWA 4AB6A 2A5TA 2F8DA 3RN8A 5H8HB 3E13X 4NTLA 5I57A 5J1DA 1BTJA 3SESA 4QSDA 2X7QA 1MY0A 2Y7KA 4FEBA 1FTLA 1FTKA 4U23A 3H6TA 3KSJA 2ZNTA 3KJ7A 3FGSA 3K1PA 3PUYE 3UA8A 4YKIA 2PVUA 1URDA 3SETA 1PEBA 3FJMA 4ZS9A 2XXTA 1TWYA 3H06B 1R6ZA 3K02A 3VXBA 3V5AA 1IXIA 3PD9A 3ZKLA 4YMAA 1HSJA 4U4SA 1B4ZA 5AA2B 5TP9B 4DLDA 2HEUA 3S9LC 4JB7A 5AA2D 4LA9A 1MS7A 2R71A 3JYRA 2F97A 1SW1A 3MVXA 3ZS6A 3FD3A 1NNPA 3Q29A 1I6QA 4F1VA 4QFKA 4Z7EA 4PQJA 4H67A 3QAXA 4ELPA 2ZNSA 3CVGA 3IR1A 4Q30B 2X26A 5K2YA 3TUSA 1US5A 4WKMA 4YU0A 3S9EA 4X1BA 1M5FA 1A7LA 3PPNA 4KCDA 5H8NA 3TQLA 3FVKA 2DOJA 4G8MA 4F3PA 1UTHB 1Y20A 4BLAA 1XOCA 4X9TA 1MY1A 2FYIA 3FJ7A 3MP1A 1M5EA 3K00A 2RCAA 4DE8A 1ATGA 1SW4A 5EHSA 2ZYMA 1MPCA 1B5IA 2Y7PA 1IITA 4E0XA 5FHMA 1Y4CA 4F2OA 1DMBA 3PPPA 4LVQA 3VE1B 1A8EA 2H4IA 3F11A 3TFLA 4QFOA 5CI5A 5KDTB 3QIMA 3HSTA 1B46A 2VGQA 2O7UA 4GOTA 1B1HA 1PBPA 1IXGA 1QW0A 5I58B 2HZLA 3E9XA 3LR1A 1IUDA 3SEWA 1MY2A 3H6UA 2RC7A 1FCKA 1LSTA 3TEPA 4NF4B 5I2NA 5H8HA 4NF6B 1H76A 4KYDA 1MXXA 3OO7A 1OQGA 4OEVA 1FTJA 2I0CA 3MZBA 1N84A 3RGYA 1TFAA 3R7XA 3BFUA 4QSEA 1PB9A 1B51A 3VDFA 1NNFA 2UYFA 5I59B 1ELJA 4FJPA 3H4ZA 2UXAA 3IAZA 1BLFA 2LAOA 4C0RA 1UQWA 3PU5A 1LGBC 5H8FB 1N7XA 1ZIUA 2NOOA 3TELA 2O6AA 3L6HA 4RK2A 3B6WA 4JWYA 2P0SA 3I3VA 1LCFA 1LBBA 5TP9A 2I3WA 1YCJA 1MM6A 2X7PA 1EZOA 2RINA 4R6KA 4LONB 4NE4A 3G7WA 3G3HA 5FHNA 4IY6A 4OVJA 2D21A 3RTFB 3GLBA 4DXBA 2ZYOA 2XXQA 3QK6A 5CMBA 3T9HB 1DTGA 1O63A 5B7DA 3O29A 1SBPA 5I2KB 3ZKKA 4XKQA 3ILTB 3MW0A 5H8QB 2PX1A 3KN3A 2QMWA 3FJGA 2I58A 3K4UA 5LOMA 2VD3A 3PUXE 4DCXA 1US4A 2A5SA 3KN7A 5FHOA 2DXYA 2I0BA 1N3WA 3M3LA 3R26A 4GVOA 3TODA 3GBAA 3IB0A 2GFEA 3H6VA 1UTHA 4OXVA 1L5TA 3CG3A 3FXRA 3VLWA 5B70A 3MBPA 3SDFA 2V93A 4YKJA 4U21A 5L8DA 3TTNA 2DE3A 4BDRA 3WAFA 3OSRA 4AQ4A 5K2XA 4ONYA 2B65A 2Z23A 1D4NA 4IO3A 3BFTA 1MDQA 1B0HA 5I57B 4JDFA 1BIYA 5JEIA 1B5JA 3PD8A 2OZZA 5BUUA 4GXSB 3KGCA 1CE2A 1QKAA 2QS1A 4F3GA 3VVDA 3LSWA 5I58A 5CRYA 1SW2A 1P1NA 1MY3A 2WKYA 4ZE8A 4NF4A 5M2VA 4NF6A 4YKKA 1QKBA 1SQYA 2HCAA 1AIVA 3UORA 1LLSA 1H44A 3EHUA 4KQPA 1MQDA 2OLBA 4ZECA 2XXRA 4N13A 3T66A 3C9HA 4IO5A 4DCYA 3G3GA 5I59A 3L6GA 4GLIA 1MRPA 1BKAA 2RC8A 2I4CA 1ZKBA 2I6EA 4RY1A 3V83A 4QFNA 1B40A 1MXYA 1TFDA 4ZEKA 4RK9A 5TPAA 1N76A 3PUWE 1OVBA 4F1YA 1Y4TA 3IK6B 1A54A 1Q35A 4I1DA 2ZYNA 1XC1A 3W9WA 1DTZA 3M3FA 4G4PA 4IGRA 3U1OA 2D3IA 1LB9A 4IO6A 1NKXA 5CM6A 2V84A 1VSOA 3PUZE 3JV9A 1JNFA 3DELB 1MXWA 2ONSA 2I49A 2ESNA 4H8IA 3O6GA 3K2DA 2CMOA 2Z8FA 4F29A 1B32A 4LZ5A 2F7CA 4BDNA 4DXUA 1Y3QA 1GTKA 5JTYA 1B5HA 4KHZE 1JEUA 4PFTA 2DWHA 1FQFA 1GVCA 2F7AA 2Q2CA 1PB7A 3KSXA 1ZBMA 4EF1A 1B1XA 3CFXA 3N5LA 3OXNA 4NMYA 1JETA 3N26A 4RYAA 4IB2A 2M8CA 1A40A 3HHFA 3SEUA 3D4GA 2B3FA 3FVNA 2GHAA 2Z8EA 2RF1A 3TDJA 1H43A 1SD3A 4MLQA 1MXVA 1MQJA 5I2NB 2F7BA 1B3EA 4ESXA 2ZYKA 3LSLA 3VVEA 3FATA 1IZ1A 2OCUA 3U72A 4MH5A 1FQEA 3FASA 3IJXB 3B6QA 1QVSA 1O7TA 2QL3A 3N6TA 1MY4A 4QF9A 1T0KA 1N3XA 1Y9UA 3M3KA 5KCJB 4FAJA 3IJOB 3UK4A 3USDA 4QFPA 3C4MA 1USYH 3PV0E 4R2FA 3TMGA 4LQ2A 3AXFA 3ONMA 2H99A 1OQHA 2VHAA 4DDDA 3R6UA 4IO4A 1DPPA 4GL0A 3KBRA 3TQWA 4NEDA 5DYHA 1VR5A 3QUFA 1VFDA 3N94A 4XKPA 3HO7A 2AL4A 2Q88A 5F1QA 4ND9A 3E4RA 1QUIA 1ZLQA 4TOZA 1GGGA 4U1OA 3Q27A 1AMFA 1B3FA 3VLVA 3FVOA 4THIA 3B7DA 4YKPA 4XKRA 4RA1A 4EF2A 3JZJA 3ILUB 2GHBA 1ANFA 1XT8A 2G29A 4IY5A 1JQFA 2DS9A 2XD2A 1B58A 2VOZA 1NH7A 4ZEDA 2Q89A 2H9BA 4U1ZA 4OTEA 4G8HA 2DE4A 3D4CA 5EHMA 4BDLA 4KD5A 1URSA 1LAHE 4KFQA 1Z7NE 2FA7A 4F19A 3W15C 3EPEA 3IOWA 3TTLA 4GF8A 3G3FA 3SERA 3FXQA 1FW0A 3DP4A 1LFHA 3LSXA 2O1MA 3G3KA 3Q26A 2HXWA 4G2ZA 1IXHA 1A8FA 3OELA 1MG1A 3SEYA 1A55A 4EQ9A 1OLCA 2IA4A 3OEMA 3QSLA 5AA3A 2DYXA 1FTMA 5AE4A 4TLMB 4F3BA 2OK2A 4G77A 1N7WA 5I84A 4TQUQ 1P1OA 3C35A 4Z0IA 2UVIA 5CMKA 2KLFA 3U94A 3TZAA 1R9LA 2HQ0A 2E1SA 3CFZA 3KOTA 1P1QA 4R2BA 4Q8RA 2THIA 3VFJA 5CMCA 5KCJA 2I4BA 2ONKE 3CIJA 2F78A 4DXCA 1J1NA 5TPAB 3FIRA 5ELVA 4RNSA 3RNNA 5EYFA 2AYSA 4XTCQ 4U4XA 5FTHA 1WODA 4FIMA 4L17A 4POWA 4PFWA 2GH9A 3C31A 4H8JA 2GRVA 3O6IA 1PC3A 2R9JA 1B3HA 3K6UA 4WEDA 4O3BA 2XXHA 4NWDA 4RJZA 2PMSA 1RYOA 4GWOA 3TCGA 1Y1ZA 1B6HA 3MJNA 3V89B 4NWCA 2E0SA 1JW1A 4Q5TA 1MPDA 1B9JA 3LBSA 4G68A 1QULA 2F6PA 2DWAA 3ZSFA 3CRBA 1LBCA 2DSFA 4ZEFA 1F9BA 3K1MA 1CB6A 4OEUA 3C36A 4EQBA 1RKMA 5JTYB 1B7ZA 1HSLA 3FVGA 3SKPA 4DZ1A 1ZMGA 1RYXA 3FZVA 1LAFE 3KFMA 3QYTA 1Q1KA 4YB5A 3E3KA 5DT6A 2XXIA 3I6VA 3MUQA 4ISUA 1JVXA 1USYE 4JXIA 3S9NC 5ICQA 3FUZA 1M5DA 3LSFB 3BBRA 4XIGQ 4BDMA 1II5A 4FE8A 4LZ8A 3TAJA 3UN6A 5DVIA 3T22A 3M8UA 3SEXA 4EDPA 2UVHA 1TXFA 3G3JA 3T9VA 2D5WA 1GV8A 1OVTA 2CZLA 3IL1B 4LQ5A 2QS4A 4O3AA 1KWHA 3PMWA 3UP9A 4X1DA 1I6BA 3T9UA 4DIGA 4HCYA 1XVXA 1OIBA 1QJMA 3TTKA 4PE5B 4KCCA 5BWJA 1WDNA 1O64A 1YPNA 3TCHA 1B3LA 5L9MA 5L9SA 4G68C 3KEIA 4BDOA 3OO9A 2DWIA 1S50A 1D3KA 2DE2A 4GRKA 1NMUA 5A5XB 2QS2A 3RLFE 3B6TA 4OETA 5DEXB 3CI8A 4MLVA 2REGA 4NF5A 3IORA 3LUYA 3O6HA 4YB7A 1I69A 4GIZA 4QSCA 3HCQA 1MM7A 2R6GE 3MPLA 1S9TA 3CSGA 2B3BA 3H6WA 4R74A 4FEDA 1UIUA 4FECA 4OERA 5CBSA 2BJJX 2F34A 3OD7A 4I9DA 4F18A 4ZZAA 1MPBA 4IO2A 1R1NA 4H5FA 4P0IA 4MF3A 4YZZA 3TTRA 4POXA 3KOSA 3TPAA 1SI0A 4XKNA 1FQDA 5I56B 4JBZA 3EF7A 2VD2A 1LB8A 3MWBA 1N0TA 5HBCA 2V3UA 3DP8A 3T9XB 4ESWA 2VP1A 1Z7ME 2P2AA 4GQOA 3Q25A 4R6HA 3C33A 2XX7A 3IB1A 2Q2AA 2XXUA 1SW5A 2ANJA 5JK4A 1ZU0A 3S4UA 2XHDA 1IXCA 1LCTA 4WEPA 3C32A 1B4HA 4GL8A 2F5XA 3HN0A 2XD3A 2Y7WA 2F6GA 4OESA 5ITPA 4RXLA 4KYEA 1NNTA 3ECRA 2DVCA 1SYHA 2Z8DA 4OHNA 3MQ9A 3MP6A 1BP5A 4H6DA 4QRZA 3EHTA 4EXLA 2XXXA 1PB8A 2UVGA 4U22A 2ZNUA 1NFTA 4ZE9A 2ABHA 4OYVA 2DXRA 4EQ7A 4F1UA 3O66A 3O9PA 3TCFA 4I62A 4HTGA 1B3GA 3OOAA 2ONRA 4LP2B 1ZJLA 2DVZA 3K6WA 1Y3PA 4RPOA 2YLNA 3UIFA 1AL3A 5A5XA 1DPEA 4JSDA 5DEXA 3MC2A 5ICTA 1AOVA 4OFLA 1D9YA 3MVZA 2P1SA 3FV2A 1VFEA 4TLLB 2H5YA 3OMBA 2IEEA 4LATA 3U8QA 4EUOA 2NVUB 2I3VA 2H98A 4M4GA 1MQIA 4UACA 4G68B 4JSOA 3RT6B 2AL5A 3IOVA 4ZEBA 2RC9A 1R9QA 4KYSA 1SYIA 4LZ7A 3K6VA 3C34A 4R9GA 1SI1A 4K3FA 4WXJA 4OMBA 1UTBA 2HZKA 3UGWA 5ITOA 4IGTA 4FATA 4R72A 1Y1MA 3MAMA 1DSNA 2HAUA 4M1VA 1P1WA 5I56A 1UIVA 4OWDA 3I5OA 1MDP1 1B52A 3TTMA 4Q0CA 3MVYA 5DVFA 3H03A 2AIXA 2V3TA 5DTBA 4GFRA 4ECFA 3MZ1A 4ZZEA 2I48A 1LAXA 4OZ9A 4ELRA 2RKMA 2FNCA 1B7UA 3H3GA 1NNKA 4X48A 5ISUA 3O97A 4C1UA 3S2VA 3K01A 4H1XA 4BDQA 4N6PA 1P99A 1POY1 2NXOA 1EU8A 4I8CA 2XX8A 1FTOA 4NF8B 1EZPA 2G93A 4O3CA 4F39A 4GD5A 1DOTA 4UA8A 2NWJA 4ZEIA 4OFOA 2QRYA 4OENA 4N07A 4R75A 3PMXA 5AA4A 3RY3A 4PP0A 3RPWA 2YPNA 3RQTA 3VLUA 2QSXA 1FQCA 2QS3A 2Q8JA 2PT1A 5TU0A 3EHSA 1PDAA 2HFBA 1ZTYA 3V8XB 2V3QA 5KZTA 3VVFA 1POTA 3DLNA 4PFUA 2O1LA 3ODBA 3FXUA 1MH3A 3KG2A 4NF5B 2QJEA 2Y7RA 2PYYA 3S9MC 3LC8A 2NUVA 3MP8A 2PT2A 1JW4A 1B7HA 3IO6A 3DM0A 3IX1A 2XXYA 3U93A 3PPRA 4XXUA 3BKIB 4HCWA 4F22A 1JEVA 4C1TA 1SDXA 4F3SA 5AA2A 3TYHA 1FQBA 2HAVA 2XXPA 1IQ7A 3MPKA 4KPTA 1EZ9A 3TKDA 1MXUA 1GR2A 2F35A 3O2AA 2O68A 3EN3A 1YTVA 1B05A 4KR5A 4E0WA 3PPOA 4R73A 5AA1A 4OFJA 2O51A 1WVJA 5CMMA 4JWXA 1B2HA 3RUMA 2XX9A 3KZGA 3H7MA 1LAGE 1MQGA 3HV1A 3GBBA 4R9FA 2XXWA 4GXAA 1OMPA 2XXVA 3VV5A 3K1NA 2ZMBA 4HS7A 5DVJA 1FQAA 2DWJA 5IAIA 1LFIA 3N6UA 4FORA 1IEJA 3P7IA 2F36A 3PPQA 2OWSA 2O84X 3IOUA 4NF8A 3KJTA 1H45A 2W7YA 1XVYA 4RPNA 1OLAA 3HPIA 1B0LA 2A5TB 4MBPA 3RT8A 2Q9TA 4P11A 3CG1A 3Q28A 5H8SA 4YAHX 1SVXB 1I6AA 3GXAA 5KDTA 3WAEA 3SEVA 1M5BA 5F7VA 1IIWA 3THIA 3HHGA 4U2RA 3IOTA 1MXZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QFLA 4N8YA 2OX3A 2YJPA 1H3DA 3T93B 4H5GA 4AB5A 4R6YA 5CC2A 2V4CA 4YICA 3W9VA 2QMXA 5F24A 1A99A 1LFGA 4H65A 3DP6A 2OWTA 4G8NA 1QUJA 4ELOA 2Z22A 2DP8A 3SZPA 3IFCA 4OQOA 3VXCA 5HM4B 4MMPA 4PETA 1N04A 1G0HA 1AH5A 3QMFA 2OBGA 3OO6A 5FTIA 2WX9A 3RTWB 3KBZA 3U92A 4F2QA 1M5CA 5H8FA 5HPQA 1VE4A 4ELQA 4H45A 1EH3A 3CR9A 2RCBA 4PFYA 2DQVA 3A3UA 1UTBB 1NV2A 4KXPA 3GZGA 4PGPA 4HE0A 2ZXTA 5IKBA 3PGFA 4H46A 2UYEA 1XHYA 1IMEA 3A3CA 1MH4A 3A09A 4F31B 1MQHA 5CBRA 3QXMA 4HW8A 2UVJA 3CFLA 3IB2A 4LUBA 3RPLB 3K0VA 2V25A 1PBQA 1FBGA 5L9OA 2QPQA 1QUKA 3OO8A 5H8NB 2O7IA 4ZDMA 1NH8A 1XS5A 4P0GA 4QBAA 3KN8A 2O69A 1JVYA 2Y84A 1TT1A 1YZ0A 5I2KA 3O28A 5IZZA 1Y3NA 3PUVE 3FV1A 5H8QA 3EQ1A 2H25A 3QUJA 4MFIA 3T96B 3OENA 2REJA 3IO4A 4IO7A 1P1UA 3OEKA 2PBWA 1NL5A 2Q74A 3PMVA 4OVSA 4H0WA 1JW5A 1D9VA 4QHQA 3CSBA 3G3IA 1S7YA 1YAEA 2OJTA 3OSQA 5AA4B 1URGA 3K6XA 1EYIA 4YB6A 2ALUA 2Y5KA 4JWOA 3MZ9A 4YMBA 1CNQA 2GQ1A 1HSEA 4EXKA 1YYZA 4KI0E 2Y7IA 3MVWA 4NAPA 4AB6A 2A5TA 2F8DA 3RN8A 5EQ8A 5H8HB 3E13X 1NUXA 4NTLA 5I57A 5J1DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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