4H9MA

The first jack bean urease (canavalia ensiformis) complex obtained at 1.52 resolution
Total Genus 298
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
298
sequence length
840
structure length
828
Chain Sequence
MKLSPREVEKLGLHNAGYLAQKRLARGVRLNYTEAVALIASQIMEYARDGEKTVAQLMLGQHLLGRRQVLPAVPHLLNAVQVEATFPDGTKLVTVHDPISRENGELQEALFGSLLPVPSLDKFAENRIPGEILEDELTLNIGRKAVILKVTSKGDRPIQVGSHYHFIEVNPYLTFDRRKAYGMRLNIAAGTAVRFEPGDKSVTLVSIEGNKVIRGGNAIADGPVNETNLEAAMHAVRSGFGHEEEKDASEGFTKEDPNCPFNTFIHRKEYANKYGPTTGDKIRLGDTNLLAEIEKDYALYGDECVFGGGKVIRDGMGQSGHPPAISLDTVITNAVIIDYTGIIKADIGIKDGLIASIGKAGNPDIMNGVFSNMIIGANTEVIAGEGLIVTAGAIDCHVHYICPQLVYEAISSGITTLVGGGTGPAAGTRATTCTPSPTQMRLMLQSTDDLPLNFGFTGKGSSSKPDELHEIIKAGAMGLLHEDWGSTPAAIDNCLTIAEHHDIQINIHTDTLNEAGFVEHSIAAFKGRTIHTYHSEGAGGGHAPDIIKVCGIKNVLPSSTNPTRPLTSNTIDEHLDMLMVHHLDREIPEDLAFAHSRIRKKTIAAEDVLNDIGAISIISSDSQAMGRVGEVISRTWQTADKMKAQTGPLKCDSSDNDNFRIRRYIAKYTINPAIANGFSQYVGSVEVGKLADLVMWKPSFFGTKPEMVIKGGMVAWADIGDPNASIPTPEPVKMRPMYGTLGKAGGALSIAFVSKAALDQRVNVLYGLNKRVEAVSNVRKLTKLDMKLNDALPEITVDPESYTVKADGKLLCVSEATTVPLSRNYFLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Urease
publication title The first Jack bean urease (Canavalia ensiformis) complex obtained at 1.52 resolution
rcsb
total genus 298
structure length 828
sequence length 840
ec nomenclature ec 3.5.1.5: Urease.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00449 Urease_alpha Urease alpha-subunit, N-terminal domain
A PF00547 Urease_gamma Urease, gamma subunit
A PF00699 Urease_beta Urease beta subunit
A PF01979 Amidohydro_1 Amidohydrolase family
A PF18473 Urease_linker Urease subunit beta-alpha linker domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.150.10 Mainly Beta Ribbon Urease, subunit B Urease, beta subunit 4h9mA03
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 4h9mA02
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 4h9mA04
3.30.280.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Urease; subunit A Urease, gamma-like subunit 4h9mA01
4UBPB 1IE7C 3LA4A 5FSDB 1FWDB 1YIXA 3GTIA 2GWGA 3OODA 4H01A 3K5XA 1NDZA 4LAMA 4XD3A 1WXZA 2WJDA 1RA0A 3GRIA 2D2JA 1XWYA 2YXOA 1FWAA 1S3TB 3PAOA 3C86A 4V1YA 1V51A 3QGKA 1NFGA 4WVXA 3O7UA 2P53A 2VUNA 1UBPB 1ADDA 4C6MA 1EJRB 1E9ZB 4XD6A 4XAGA 4EPDB 4HK7A 1XGEA 4GBDA 4NP7A 3UR5A 4RZBA 4I6VA 3S2MA 3K2GA 1V77A 4QTGA 3S2LA 4IG2A 5G4HC 3DCPA 3MVTA 3LS9A 2GSEA 3OU8A 3IGHX 2I9UA 1FWGC 2PGRA 4ERGA 1YBQA 3GU1A 3MDUA 4B91A 1FWIB 3KM8A 4DI8A 1EF2C 3NQBA 4EP8B 4C6KA 3QGAC 2PGFA 4LH8A 4CNTA 2OQLA 1HZYA 1A5OA 2Z00A 1FWBB 1V79A 1I0BA 4H00A 2EG6A 1KRCB 4C6BA 2BGNE 4GOAA 4XAZA 1FWFC 1EJWB 4DYKA 4QSFA 3LY0A 4DLFA 2UBPB 1EF2A 1POKA 4EPKA 1J6OA 1EJXC 2AQOA 4H9MA 1XRFA 1KRBC 1WXYA 5A6TA 4LALA 4C5YA 4G7EB 2HQAA 3E0LA 3T8LA 3RN6A 2Z25A 4HK6A 3TN3A 2ANUA 1EJVC 2UZ9A 1FWFA 2FTWA 4QRNA 3ISIX 1KRAC 2D2GA 2Y1HA 4PBFA 2HPMA 4H9TA 4C6CA 1R9ZA 4AC7A 4EPBC 4C6DA 3PANA 1FWCB 1EJTC 4WGXA 1A5NC 3F4DA 5AKQA 1QW7A 4PCNA 3GTXA 3UBPC 4H9UA 3NURA 1W1IE 1V7AA 2OODA 1KRAA 1UIPA 5FSEB 2KAUB 5E5CA 2Z28A 4HJWA 1V4YA 4P5UA 4LAKA 4L6DA 4EPBA 1J5SA 1EJSB 3D6NA 4IFKA 3SO7A 2HPIA 4Z42B 4CEUB 4GY7A 1ONXA 1E9YB 3B0XA 1FWAC 4GY1A 2Z26A 1A5NA 4GZ7A 2FTYA 2FFIA 4GC3A 4PE8A 1FWDC 1M65A 2FVHA 4ERIA 1ZZMA 2QPXA 2OGJA 4R7WA 3MKVA 1FWJB 2A3LA 3DC8A 4D8LA 3QGKC 4AQLA 4EPEA 4C65A 3NEHA 4JOMA 2EG7A 2P50A 2VC7A 1GKQA 1S3TC 1A5KB 2R1PA 2HNHA 2YZ5A 4IFOA 4QS6A 3SFWA 1K1DA 3GIQA 4C6OA 2QVNA 1RA5A 3PBMA 2EG8A 1EJUB 4CEXB 3S2NA 4CQDA 3ITCA 4UBPA 4R85A 4XD4A 1FWDA 5FSDA 2Z29A 4ICMA 1YRRA 1R9YA 2QS8A 4RDWA 1EYWA 4TQTA 2QT3A 3QY6A 3TN6A 1A5MB 3ICJA 2Q01A 3URNA 1S3TA 4BY3A 4CQCA 4KESA 3EGJA 4DNMA 2R1KA 3URBA 1QXLA 4KEUA 1A5OC 3IACA 1RJPA 4IQJA 4MUPA 1IE7B 1FWIC 1EJRA 1E9ZA 1M7JA 4EPDA 1J79A 2R1NA 2XIOA 3MDWA 1BF6A 1GKPA 1GKRA 4R88A 3PNZA 4FURA 4IGNA 2OOFA 3URAA 3WYZA 4LFYA 2DVUA 2ICSA 3GU9A 4C6IA 1EJWC 1PO9A 5A6TC 4KETA 3S4TA 1ITUA 1FWEB 3GG7A 1FWIA 1ITQA 4KERA 4EP8A 3MPGA 4HA0A 2HBXA 3A3WA 4H9XA 1PB0A 5CH9A 3MJMA 1FWBA 2YB1A 3A4JA 3IRSA 4IGMA 5G4HB 3FDGA 4AC7C 4GK8A 4XAYA 2VC5A 4XAFA 1KRCA 1FWGB 4UB9A 3RYSA 2WJEA 3FEQA 2D2HA 3WZ0E 1EJWA 1EF2B 2IMRA 3T81A 1A4MA 2UBPA 4DLMA 4C60A 1P6CA 4J2MA 3OJGA 4J35A 1PSCA 4H9YA 4IFRA 4C6LA 4INFA 4GX8A 2BB0A 2ZC1A 2O4QA 1J6PA 4CQBA 4G7EA 4C6FA 3ORWA 4LEFA 4F0RA 4DI9A 1K70A 2R1MA 2DVXA 4C6PA 1A5LB 5FSEC 3E3HA 1EJXB 2I5GA 4L9XA 4CNSA 3G77A 3WMLA 1EJSC 3E0FA 1KRBB 1DPMA 4EPEC 3RCMA 1FWCA 4GYFA 4GY0A 4V1XA 1FWHB 1I0DA 1EJVB 3T1GA 4DIAA 1VFLA 3MVIA 4OFCA 5FSEA 3B40A 2KAUA 4KEZA 4UBPC 2P9BA 2PLMA 1UIOA 5FSDC 3EWDA 1EZ2A 1A5KC 3V7PA 1EJSA 3RHGA 4ERAA 1EJTB 4M51A 3CAKA 4NG3A 3AU6A 2O4MA 4CEXC 3GGMA 2FVKA 4GXWA 4BKNA 3R0DA 3UBPB 2WJFA 1FWJA 4J5NA 2GWNA 5HMFA 3QY8A 4WHBA 1UBPC 1A5MC 1EJRC 1RJQA 4IH3A 4EPDC 3N2CA 3E2VA 4KQNA 1A5KA 4H9ZA 4IF2A 3GU2A 3HTWA 1FWAB 1EJUA 4CEXA 3CS2A 4LAOA 2ADAA 3JZEA 3IV8A 1P6BA 3QY7A 2F6KA 4ZSUA 4B90A 3IPWA 2VR2A 3HM7A 4LCQA 1UBPA 1A5MA 1P1MA 4EP8C 3UR2A 4YIWA 3UF9A 3OOQA 1FKWA 3LNPA 5HMEA 4C5ZA 4QS5A 3TNBA 2YB4A 2VHLA 1K6WA 2Z27A 3MSRA 1FWBC 4IG2B 2G3FA 3E38A 3F2CA 3FDKA 1FWEC 3IARA 1IE7A 2Q09A 3LU2A 3AU2A 3F2DA 1KRCC 1NDVA 3DUGA 3GUWA 2GZXA 4HK5A 3GTHA 4F0LA 1YBQB 4C6NA 4RDYA 2E25A 1RAKA 3E74A 2UBPC 4I6KA 3IJ6A 1XRTA 4DZHA 4RE0A 1A5OB 2Z24A 2Z2BA 4LANA 3TN4A 3S2JA 5HMDA 3LSBA 2Z4GA 1RK5A 3K4WA 5LXXA 4E3TA 1FWEA 1YNYA 2GOKA 2CZVA 3OQEA 4BJHA 4LCRA 4LCSA 2PUZA 3TN5A 4B3ZA 1O12A 3F4CA 3F2BA 5G4HA 2AQVA 1PTAA 1FWGA 5A6TB 3URQA 4RDVA 1FWCC 1A5LC 1ONWA 4KEVA 4C6EA 3LGDA 2VM8A 3QGAA 1POJA 4CNUA 4C6JA 1FWFB 4ZSTA 2W9MA 3AUOA 3EWCA 4AC7B 2KAUC 2PAJA 1FKXA 3GTFA 2R1LA 3BE7A 1FWHC 4DO7A 4C6QA 4CEUC 4Z42C 1O5RA 2FVMA 1RK6A 1A5LA 1EJXA 1KCXA 1KRMA 3HPAA 4F0SA 1FWJC 1YMYA 2OB3A 1KRAB 1A4LA 1R9XA 2RAGA 3UPMA 1KRBA 3ID7A 4QROA 2Z7GA 2HBVA 4EPBB 4XD5A 2E1WA 3PNUA 3A3XA 1FWHA 4IFKB 1EJVA 4H9VA 4PBEA 3MTWA 3OVGA 1NDYA 4Z42A 4CEUA 4PCPA 4NI8A 1A5NB 1E9YA 1EJUC 4KIRA 2DVTA 3GIPA 3B0YA 3O0FA 2AMXA 1JGMA 1RJRA 4EPEB 4KF1A 1EJTA 4DZIA 2WM1A 2Z2AA 1NDWA 4G2DA 1M68A 4GX9A 3CJPA 4B92A 4RDZA 3UBPA 3LSCA 1UMLA 3LGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E9BA 3V75A 2XPKA 7REQB 1TV3A 4JY8A 4CKQA 3PZOA 4FALA 3AYSA 1XD0A 3TKFA 2ZZ7A 4NZ1A 3UWVA 3ARVA 2G5WA 5E70A 4UTLA 1ISVA 5BROA 1TPFA 3MP4A 2GQ9A 1VLIA 3DCPA 1TX0A 1C92A 2PGRA 2I9UA 4KRTA 4MG4A 2OX4A 1EF2C 1AD1A 4FR6A 4TX6A 5I2UA 1KBKA 1O95A 4MIMA 3H2CA 1P0DA 4NXKA 2OH2A 3E2SA 3ABOA 4H00A 1KRCB 1O68A 3BK0A 3GG8A 4LJ3A 1EJWB 3VOFA 2YFNA 2ESCA 2NQ9A 3CUJA 3IJIA 4FXRA 4DLFA 3B9NA 2V68A 3K4AA 3WL0A 4EPKA 4IXHA 1V02A 1PIIA 4JX5A 3BLOA 2XWEA 4ED2A 3STGA 1VCFA 1TJPA 1WXYA 2VFHA 3DDMA 2YSWA 5CJ5A 3QPYA 5LGXA 3S83A 1P0EA 4M3PA 2A3HA 1T7LA 2DSZA 4D6DA 4KGJA 2Q8LA 3EWXA 2QMKA 3M47A 4V27A 4AXNA 1XS2A 3STEA 2NWSA 5AKQA 2VA2A 2OOGA 2NV9A 3GW3A 3MSDA 4OV9A 1UR1A 1MQRA 4O11A 1RH9A 5CPQA 2JGYA 2P8BA 2QJHA 1CT5A 4GINA 3EXTA 2ZRVA 1YTKA 1RALA 4GZ7A 3BMWA 4MJ4A 1FDJA 3W1MA 1JZ5A 5HNTA 5KFAA 5CSSA 2DZAA 1Q4WA 1BGGA 4GBUA 3WN6A 5C54A 3TXZA 3E12A 5HQEA 3CMFA 4ZMGA 3NQCA 1P0KA 2VOMA 4E2BA 1QATA 5C9RA 2HMCA 2O9RA 3IN5A 1EYWA 4QAIA 1CCWB 3MI2A 4OECA 5E93A 1QPKA 4EKJA 1UD5A 2CHRA 1E0UA 1Q6LA 4KESA 4W87A 2HNEA 1TWZA 4MFEA 3UVAA 4MUPA 4QR6A 2VENA 4MY9A 2ISVA 5DANA 5DLGA 4QP0A 5EY5A 4DHGA 4IIDA 1QMLA 4HCDA 1T40A 2QEZA 4AWUA 3FFSA 4UFLA 1SM9A 4K3ZA 2DVUA 3BSMA 4DUVA 3GUGA 4WD0A 4HHLA 1WA3A 1JZ8A 4EWND 2OFJA 3CYJA 4UQ9A 2XTKA 3NQEA 3BVJA 4OHQA 2P1FA 3A3WA 3GFXA 3MJMA 4FNUA 1JUEA 4UTFA 1S2WA 2PDXA 2YJQA 3MC5A 3ZT5A 5HINA 5D2WA 3WZ0E 3L4VA 2WLZA 1F07A 4IPJA 4JL1A 3AXXA 3M43A 2BY3A 2CHNA 4A05A 3BTNA 2BB0A 1PCKA 3FHAA 4C6FA 1SR0A 2ZUVA 3MZ2A 4O50A 3LCXA 3DIPA 3ZFHA 4JTHA 3GVWA 3SSJA 3QGVA 4OT7A 3P3BA 3J7HA 4L9XA 1ZNNA 5T8GA 5DLCA 1OD0A 2PDJA 1W3NA 4UQEA 4GYFA 5EMJA 3LQLA 3AMLA 1OT1A 4MKVA 1VIZA 3EDEA 2BOEX 3HFYA 3W2LA 3T1GA 4HJFA 3PTQA 1V6YA 2DZUA 1U22A 1ZP4A 5KT7A 3UP8A 2ZVRA 3GB6A 3V7PA 1TFVA 4DELA 1EJTB 2V5BA 1ZHAA 5TD4A 4YTSA 3IIPA 3EX2A 1QNPA 3Q8QB 2FVKA 1E4IA 3MR5A 1EC7A 3PG9A 3IK2A 1O5KA 6CGTA 3GYCA 3TYDA 2BGSA 4Y90A 2YL6A 3E2VA 2WTFA 3VDBA 4FA3A 4PEKA 4IF2A 3KWSA 5GJNA 3ZJ7A 3GU2A 1Z89A 2VT0A 4AIBA 8XIMA 2PTWA 4XZHA 4LGXA 4IX0A 3QJAA 2FGZA 4RNHA 4PB4A 3QY7A 1MFUA 1R38A 3BAWA 2OTDA 7TIMA 1XIEA 2CKSA 2BS9A 3F7JA 1V03A 1R2TA 3TROA 1EX5A 2G3MA 2VHLA 1Q66A 3E38A 4MB5A 3ZS4A 3R25A 3ZIZA 3R8GA 1VRDA 4X2PA 4LXFA 1YBQB 2OCZA 3KBNA 3QZ6A 1A47A 1EC9A 4J3TA 4ECTA 5GQBA 3T9PA 2I16A 2PODA 3VD5A 2W63A 1XRVA 4LVAA 4PTWA 1TPWA 1BLIA 3AO0A 4HD5A 1N7KA 1VRXA 4JIIX 1XW8A 1IWPA 1YW1A 4F2UA 1PTAA 3N18A 2DIKA 1M53A 1S1RA 3LZ5A 2PPGA 2VGBA 3O07A 4NZFA 1AH3A 1RVGA 4C6JA 1Q45A 3AZRA 2G8ZA 3GTFA 3FDSA 3W7NA 1LUCA 5HUOA 2QUUA 3AZSA 3CT2A 4JV2A 4C6QA 1GTEA 4F4YA 2O56A 5KTLA 3FVDA 4YYCA 2Y8VA 3E2RA 4UFMA 3Q2DA 2E6YA 2YOCA 2IPFA 1UUOA 1KRAB 1SVDA 3QHNA 5BZAA 3PFRA 3H54A 1H1YA 1XR2A 4CEUA 3N3TA 3KAOA 5IRPA 3TOYA 2W8LA 3W1QA 4Q7NA 4RNFA 1H4PA 4ZO9A 1MSSA 4OQVA 1QK2A 3IWPA 3PBGA 4L6HA 2PDQA 3UBPA 4HP5A 2VR5A 3RU8X 4MY1A 3SR7A 4YVPA 1WAWA 5FSDB 3TJIA 3VU2A 2WNWA 3ZSSA 1WXZA 1A0EA 4TO8A 3PW2A 1DIKA 5HAOA 2WMJA 1A5SA 4JKKA 2JBMA 2ZWZA 5CAKA 3S42A 4P7OA 3PAOA 1U1UA 4PZVA 2YXXA 3TLLA 3PPHA 3FGCA 3RR1A 3GH7A 3RB4A 1X6UA 3W23A 4O17A 4Y6GA 3AIVA 4Q7IA 1CW2A 2FPVA 2RJGA 4QTGA 2BOFX 2Y5JA 3AXIA 2IQTA 4ADUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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