The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
170
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structure length |
169
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Chain Sequence |
DDIFTQCREGNAVAVRLWLDNTENDLNQGDDHGFSPLHWACREGRSAVVEMLIMRGARINVMNRGDDTPLHLAASHGHRDIVQKLLQYKADINANEHGNVPLHYACFWGQDQVAEDLVANGALVSICNKYGEMPVDKAKAPLRELLRERAEKMGQNLNRIPYKDTFWKG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of integrin-linked kinase ankyrin repeat domain in complex with PINCH1 LIM1 domain collected at high energy, wavelength 0.32800
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Integrin-linked protein kinase
|
| total genus |
56
|
| structure length |
169
|
| sequence length |
170
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase. |
| pdb deposition date | 2012-10-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13637 | Ank_4 | Ankyrin repeats (many copies) |
| A | PF13857 | Ank_5 | Ankyrin repeats (many copies) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3F6Q A; 1OY3 D; 1N11 A; 5ENP D; 3B7B A; 1BI7 B; 2F8X K; 1BU9 A; 2B0O E; 1YYH A; 4G8K A; 2XEH A; 2Y1L E; 5KBA A; 3TWS A; 3C5R A; 4U8V D; 3TWR A; 3DEO A; 4Z68 A; 2NYJ A; 2RFM A; 1AWC B; 3B95 A; 4CZ2 D; 4HNA D; 4BSZ B; 5AAO A; 5CEA A; 4U95 D; 2AJA A; 4BEP A; 3UTM A; 5EID A; 1BI8 B; 3JXI A; 4J8Y A; 3J5P A; 1K1A A; 3T8K A; 4RLY A; 4DX5 D; 3ZUV B; 4GMR A; 3DEP A; 4HRL A; 3W9G A; 4BER A; 1K1B A; 1BD8 A; 1QYM A; 5CEC B; 3UXG A; 3ZU7 B; 1IKN D; 1MYO A; 2V4H C; 4O60 A; 4DUI A; 5CED B; 1MX4 A; 1YMP A; 1IHB A; 4U8Y D; 2XZD G; 4G8L A; 4YDW A; 1YCS B; 5JMN D; 2ETA A; 1BLX B; 4O1P A; 4QQI A; 5BXU A; 5CBO A; 3Q9U C; 5AQ9 A; 5ENS D; 2J8S D; 4B93 B; 5AN8 A; 4ATZ D; 4HBD A; 1DCQ A; 2BKK B; 1AP7 A; 3KEA A; 2FO1 E; 2F37 A; 4HI8 A; 5HKP A; 3TWT A; 3ZKJ A; 5AQ7 A; 1D9S A; 3JUE A; 2DZO A; 4UUC A; 2ETB A; 4JB8 P; 3V79 K; 4LNU D; 4YDY A; 5BXO A; 4K5C A; 5KNG A; 4DRX E; 4DX7 D; 2ETC A; 2P2C P; 4A63 B; 4DX6 D; 4BET A; 3JXJ A; 4F6R D; 4HB5 A; 4DX2 A; 5KWD A; 2Y0B G; 2VGE A; 3V2O A; 1SVX A; 3W9F A; 2XZT G; 5ENR D; 1N0Q A; 3D9H A; 4HRM B; 3Q9N C; 3AAA C; 4QFV A; 3AJI A; 4LG6 A; 4TUM A; 4F1P A; 2QC9 A; 5FIO A; 1S70 B; 3IXE A; 5ENQ D; 3LJN A; 3V2X A; 3HG0 D; 4NIK A; 2KXP C; 5CBN A; 3NOG D; 3TWQ A; 4OAV B; 2RFA A; 4CYM D; 4BES A; 4J7W A; 2ZGG A; 2PNN A; 4GPM A; 3UI2 A; 5HRY A; 1WDY A; 5AQB A; 1G3N B; 4OAU C; 5EIB E; 3TWW A; 2BKG A; 5AQA A; 4DX1 A; 3T9K A; 5EYP F; 5HS0 A; 5CER B; 4C48 B; 5EN5 D; 5JA4 D; 4N5Q A; 1MJ0 A; 3TWX A; 1NFI E; 2KBX A; 2F8Y A; 3EHQ A; 1SW6 A; 1OT8 A; 1WG0 A; 4HQD A; 5EYL A; 3V30 A; 3NBN B; 4K5B A; 4K5A B; 5AAR A; 5ENO D; 2A5E A; 2JAB A; 1IXV A; 3SO8 A; 2XEE A; 3NOC D; 4U96 D; 4ZFH A; 2HE0 A; 5KNH D; 5FIN A; 3TWV A; 4O1O A; 5D66 A; 3ZNG A; 1UOH A; 5ENT D; 3TWU A; 4ZHB A; 1A5E A; 2ZGD A; 5EIL A; 1TR4 A; 4HLL A; 3EU9 A; 1DC2 A; 3HRA A; 2V5Q C; 1K3Z D; 1MX2 A; 2DVW A; 2DZN A; 4HRN A; 4LSZ E; 2L6B A; 2DWZ A; 2MYO A; 2QYJ A; 5ITZ F; 1MX6 A; 3J5Q B; 2XEN A; 4HI9 A; 3EHR A; 1N0R A; 3V31 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BU9 A; 2XS1 A; 3CKC A; 4JPS A; 2XEH A; 4L23 A; 4Z68 A; 3FH8 A; 4BEP A; 4N39 A; 4DX5 D; 3BG1 B; 3JCK C; 1PC2 A; 3ZYQ A; 5BXU A; 5ENS D; 3ZIM A; 3EU5 A; 4KMO A; 5AQ7 A; 5LCW C; 3ASN E; 4PS3 A; 3TG4 A; 3O4Z A; 4DRX E; 3CKB A; 2DIW A; 4NRH B; 5KCM A; 3HHM A; 5FZS A; 4F1P A; 2R03 A; 3QWV A; 3SGH A; 5FIO A; 3NOG D; 4I2Z A; 4KZC A; 3TWW A; 4ACK A; 4G1T A; 5ANR A; 2P9K G; 4GTP A; 4UWG A; 4XIF A; 2VTB A; 3PZ3 A; 5BV1 A; 3ULY A; 1EDU A; 2I6H A; 2UY1 A; 4ZHB A; 4O1O A; 1A5E A; 1FT2 A; 5J08 A; 3URZ A; 2DZN A; 2DVW A; 5BT1 A; 1N95 A; 3J5Q B; 2LSU A; 3FUL A; 3ZHE A; 3G2W A; 4JHK A; 3L22 A; 4GAA A; 1DNP A; 2GRP B; 2R5S A; 3E33 A; 3Q7F A; 1JUQ A; 3CVL A; 1UJK A; 1K1B A; 1X5B A; 1N4P A; 4O60 A; 4GTV A; 4E6H A; 4U8Y D; 2V0P A; 3Q9U C; 5C2Y A; 4HBD A; 1JPL A; 3E37 A; 4MLP A; 3JUE A; 4U63 A; 2VGY A; 3CVN A; 3SFX A; 2MOW A; 4EBA A; 1QQE A; 4DX2 A; 5G04 J; 4BX9 A; 5LOZ A; 4UI9 K; 4TXQ A; 4BFR A; 3MYV A; 4PS7 A; 4JEU A; 2UWJ G; 2DCP A; 3ZVV A; 4GPM A; 1WDY A; 3DBS A; 4JW1 A; 1TJF A; 3FDH A; 3HDX A; 1OCR E; 4AV7 A; 4C48 B; 5H7P A; 3T5X A; 2GGF A; 4ANW A; 4N3C A; 2P9U G; 1H2T C; 3RJV A; 3NZS A; 3UT8 A; 2PM7 A; 4B8C B; 2X6F A; 3SQV A; 5ITZ F; 3V31 A; 3Q47 B; 4G25 A; 1UG3 A; 3B95 A; 2AJA A; 1KPS B; 2IF4 A; 5T3R A; 1O5M A; 3PZ2 A; 4GZ6 A; 3CHO A; 5EX0 A; 3UQ3 A; 1HX8 A; 1H0A A; 2JEK A; 4CGW A; 2IOS A; 3FUF A; 3ASH A; 2FBN A; 3FTX A; 3IBE A; 4CT0 A; 3T5V A; 4B89 A; 4GMJ A; 1UN9 A; 4YDO A; 4EQF A; 1AP7 A; 1EF1 C; 3ZPJ A; 3KEA A; 1LD8 A; 3PZ4 A; 5C1D A; 4BT8 A; 1ZBP A; 2QFC A; 1E7V A; 2RD0 A; 4UUC A; 4MBG A; 3RU0 A; 5FQ4 A; 3B13 A; 3DXK G; 1JCR A; 4N3A A; 1H2U A; 2R59 A; 4ABN A; 5KWD A; 5ENR D; 3Q79 A; 3Q9N C; 3KEZ A; 1QBQ A; 4EHM A; 3GYZ A; 5ENQ D; 3FTZ A; 1TYQ G; 4I1M A; 4XZ4 A; 4OAV B; 3CV0 A; 3Q7A A; 2WXL A; 3Q4A B; 4MS6 A; 1OWN A; 4GYW A; 4FP7 A; 2DBA A; 3ASG A; 3C98 A; 3HXB A; 5HS0 A; 4XI0 A; 1OWP A; 2XPI A; 5A23 A; 3EHQ A; 1ELW A; 3CEQ A; 3RRU A; 2VGX B; 3E30 A; 4JXT A; 2HYZ A; 3CIA A; 1FVH A; 2QY7 A; 3X2Q E; 4J0U A; 2DWZ A; 3LVR E; 4E85 A; 2H6F A; 3EHR A; 3AG2 E; 5FZR A; 5D0O D; 4HOU A; 2VSX E; 2VQ2 A; 3ONL A; 3UT4 A; 2X6I A; 1HXI A; 1S63 A; 3DEP A; 4GA0 A; 2XPZ A; 3CVP A; 4DUI A; 3FU0 A; 3QWP A; 3FTW A; 4CRW A; 3OAW A; 2J8S D; 4LNG A; 2BKK B; 2NXP A; 3JUI A; 2EIK E; 4I1O B; 3B7R L; 3NZU A; 3G2S A; 4WWO A; 3BU8 A; 3RIB A; 2XHE A; 3MGB A; 2DYS E; 4UI9 J; 2MRI A; 2Y4T A; 3L82 A; 4KT6 B; 3O48 A; 4YVO A; 4APO A; 4G11 A; 2IJG X; 2KXP C; 4JA7 A; 4PS8 A; 1DCE A; 3CK9 A; 3L17 A; 3RO2 A; 5HRY A; 2XCB A; 3PUK A; 2P9N G; 2HM8 A; 3ESK A; 4N5Q A; 4BTA A; 3QJZ A; 4U96 D; 5ANL A; 4JHJ A; 3TWV A; 3I5P A; 2BED A; 1HO8 A; 3FEX A; 4BTB A; 4ME2 A; 2WMO A; 1OCC E; 1MX6 A; 3SZ7 A; 3CHR A; 3F6Q A; 4K03 A; 3CVY A; 2WVI A; 2E2E A; 3GZ2 A; 4RG6 A; 3CQC B; 3UX4 A; 1BI8 B; 5ARF A; 3R9A B; 4RLY A; 1IKN D; 2P9P G; 2V4H C; 3ZGQ A; 4H7X A; 2IO2 C; 4ACL A; 4AY5 A; 4JVS A; 5HKP A; 1A17 A; 1KZO A; 4A3V A; 3G2V A; 3EIQ C; 2DZO A; 4DLQ A; 4TUU A; 4BT9 A; 5DIZ A; 3KSL A; 2ION A; 3IKO B; 4N2S A; 5JHB A; 3PE4 A; 3RK6 A; 3ABK E; 4G26 A; 4ANV A; 5FTP A; 2RG8 A; 4WNG A; 3TWQ A; 3HVE A; 3EDT B; 3FTY A; 4ILH B; 4AIF A; 1E96 B; 3AS5 A; 5FQ8 A; 5EIB E; 1MQS A; 4L9P A; 4ANU A; 1SW6 A; 4K5A B; 4I6E A; 3UIO C; 4AY6 A; 1U3D A; 3TL5 A; 4K0R A; 5JJ6 A; 5FIN A; 3FH7 A; 5EIL A; 1SA5 A; 3HRA A; 2V5Q C; 3SBS A; 5EDS A; 2MYO A; 3IV0 A; 3L08 A; 3APD A; 3L13 A; 4JD2 G; 3TWS A; 2R2L A; 3I3N A; 4NAC A; 3LKU A; 3I4G A; 4WNF A; 4KVM A; 1INZ A; 5CMY A; 2C0L A; 4WWP A; 2WXG A; 1OWL A; 3FWV A; 2FO1 E; 3ZN3 A; 3R7Q A; 3ZKJ A; 1D9S A; 2OEV A; 3D9L A; 3ASF A; 5KNG A; 5CHE E; 4DX6 D; 3CK8 A; 2WQ7 A; 2AXV A; 2CG2 A; 4HFG A; 4HRM B; 4L2Y A; 4L7T A; 3DSV A; 3S7D A; 4ATG A; 3TJP A; 4NIK A; 1TJC A; 3KD7 A; 4UQX A; 4N2Q A; 3G2U A; 2FF4 A; 4BES A; 2FO7 A; 2A5U A; 1NA3 A; 4U0Z A; 3QB2 A; 3ZYM A; 5FZQ A; 2WXK A; 5KJM A; 1JWF A; 3CVX A; 3L16 A; 3LY7 A; 4U04 A; 2AXU A; 1E8Z A; 2LAH A; 1MJ0 A; 2F0Y A; 5EYL A; 2YHC A; 2LXM A; 4LUN U; 2J4B A; 3BUA A; 3NOC D; 3RSE G; 4GTT A; 4B94 A; 4XE0 A; 1GW6 A; 3B7S A; 5JJ7 A; 3PZ1 A; 1N4S A; 5B3S E; 2B0O E; 3AG1 E; 4AP2 A; 1Z5S C; 1YA0 A; 3Q73 A; 1QNF A; 3CHM A; 3UTM A; 2AVP A; 2IY0 C; 3T8K A; 4GML A; 2EIL E; 3VTX A; 3W9G A; 1QYM A; 3VLD A; 3I4R B; 4FHK A; 4QQI A; 3RRM B; 4J6I A; 1DCQ A; 4AVX A; 2F37 A; 3TWT A; 4GZ5 A; 2WXF A; 2KM4 A; 2ETB A; 4LNU D; 5BXO A; 2NC9 A; 4XKB A; 5M72 A; 4LRZ A; 1PAQ A; 4A1G A; 1EPU A; 3IEG A; 1BPO A; 5D0Q D; 3ULQ A; 1HE8 A; 1FCH A; 3HG0 D; 4RQI A; 5CBN A; 2RFA A; 2ZGG A; 2PNN A; 3LDZ A; 4FU3 A; 4F7A A; 1NL4 A; 3D9K A; 1NZN A; 4CT4 A; 2Q7F A; 1QZ2 A; 4Q96 A; 2IOL A; 3CHQ A; 4Y6C A; 1SA4 A; 2VSO E; 1S64 A; 4WWN A; 2XRY A; 4DI4 A; 1IXV A; 5JJT A; 2XCC A; 4ZFH A; 4D10 C; 5ENT D; 2PQN A; 3MA5 A; 3QC1 A; 2KZT B; 2WXH A; 4CDR A; 2HO1 A; 3CK7 A; 5ENP D; 4PH4 B; 2F8X K; 4GTS A; 2RFM A; 2XRZ A; 2OV8 A; 4TRQ A; 1TNY A; 2WXM A; 5CRU A; 4BER A; 5CEC B; 1KT0 A; 3UPV A; 1MYO A; 2C2L A; 5EX3 A; 4U0S A; 2V5F A; 2WPV A; 4UQZ A; 3U64 A; 1BLX B; 3PNL B; 4JC8 A; 5AN8 A; 1HFA A; 4FHJ A; 3TXN A; 4J8F A; 2VYI A; 4KXK B; 3B7T A; 2QYU A; 3HXD A; 4YDY A; 2P9S G; 2XPY A; 3NB2 A; 3CHS A; 2P2C P; 3ASD A; 3FTV A; 4HB5 A; 3EUV A; 5HI7 A; 3WXX A; 5D2M C; 3ISM C; 4TUM A; 4HOT A; 4I9C A; 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