The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| molecule keywords |
Protein hfq
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| publication title |
Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
15
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| structure length |
61
|
| sequence length |
61
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XTX A; 5GAM g; 3JB9 F; 2E10 A; 3JCM h; 3BDU A; 4DQ2 A; 4C8Q A; 2FB7 A; 3V7R A; 2VC8 A; 1B34 B; 3VU3 C; 3QUI A; 4F7U A; 4M7D F; 3SB2 A; 3FIF A; 3JB9 G; 3SWN C; 4M7D E; 4PJO B; 5GAN 6; 5LJ5 f; 4HT9 A; 4X9C A; 4XTY A; 5LJ5 j; 3JCM c; 4M7D G; 4M7A A; 3RKY A; 1HK9 A; 3JB9 D; 4MMK A; 4J6X A; 4M75 F; 5GAM h; 3JB9 H; 4M75 E; 4XQ3 A; 2YLB A; 5DY9 A; 3BFM A; 4M77 B; 4M7D D; 3RUX A; 4MML A; 3RKX A; 4M75 G; 2E65 A; 1WNL A; 3JCM W; 4C92 A; 4M78 F; 4EMK A; 4EMK B; 4M78 E; 4M75 C; 4QVC A; 2YHT A; 1JRI A; 4M75 D; 3M4G A; 5LJ5 g; 4M78 G; 4HT8 A; 3EFS A; 5GAN 2; 2DJZ A; 3PGG A; 1YCY A; 2ZGW A; 3RKW A; 5GMK l; 2RB6 A; 4M78 D; 4OP0 A; 5LJ5 e; 4PJO E; 1I4K 1; 4N0A C; 1D3B A; 4C8Q B; 5LJ5 d; 1Y96 A; 4PJO G; 4C8Q C; 3V8L A; 4F7U B; 5GAO l; 3RES A; 3L1A A; 2DZC A; 5LJ5 h; 1JBM A; 5GAN 3; 4A54 A; 1LJO A; 4PJO C; 1BIA A; 2RM4 A; 2E64 A; 2EJ9 A; 2VXE A; 4M77 E; 4PJO D; 1X01 A; 4M7A B; 4QVD A; 2YLC A; 5GAO q; 2DKG A; 5GAO r; 4M7A C; 5GMK j; 3HSB A; 2DVE A; 2FYK A; 1BIB A; 3FJP A; 4JRK A; 4M77 C; 4XTW A; 3V7C A; 5GMK i; 3JCM Q; 4C92 B; 5GAO p; 1KQ2 A; 1HXD A; 1LNX A; 1WQW A; 4C92 C; 1N9R A; 4EMK C; 4EMH A; 3JCM J; 2DXU A; 4A53 A; 5LJ3 j; 4WF2 A; 2DXT A; 4C8Q F; 5GMK m; 5GAN e; 3HFO A; 4C8Q E; 4F7U F; 5GAN 8; 5GAN 7; 1U1T A; 4F7U E; 3INZ A; 4PJO F; 4XU0 A; 5GAO m; 4C8Q G; 4JLI A; 2EWN A; 3RER A; 4V2S A; 4F7U G; 5GAN f; 2EJG A; 4JRI A; 1D3B B; 2DEQ A; 3JCM X; 1Y96 B; 4NL3 A; 5GMK e; 4M7A F; 5GAN j; 4M7A E; 2HNI A; 2RA2 A; 4C8Q D; 2E1H A; 2JN0 A; 2VXF A; 4M7D A; 2DZ9 A; 2K57 A; 2QTX A; 1WQ7 A; 4M77 F; 4M7A G; 3QHS A; 3V8J A; 5GAM j; 3GIB A; 5GMK h; 1U1S A; 4NL2 A; 5CAI A; 3QO3 A; 2DTO A; 3L2Z A; 4C92 F; 5GAN 4; 5LJ3 e; 4M75 A; 2Y90 A; 4M77 G; 4C92 E; 4JUV A; 1I5L A; 4M7A D; 5LJ3 d; 4RCC A; 3JB9 I; 1I8F A; 2DTH A; 4C92 G; 1I81 A; 3HFN A; 3FB9 A; 3JCM V; 5GAN g; 4PNO A; 3JCM e; 3EFR A; 4M77 D; 5LJ3 f; 3QSU A; 4M78 A; 4M78 B; 1M8V A; 3RIR A; 4NOY A; 4C92 D; 4N0A A; 4XTU A; 1H64 1; 4XTZ A; 3JCM f; 1KQ1 A; 1B34 A; 3JCM P; 5GAN d; 3SWN A; 1N9S A; 3SWN B; 3V8K A; 4XU3 A; 1M5Q 1; 4PJO A; 5GAM e; 4RCB A; 2I2L A; 4HA8 A; 5GAN h; 5GAM d; 4J6W A; 2EAY A; 5I21 A; 3JB9 J; 1LOJ A; 4J5Y A; 4XU2 A; 5LJ3 g; 4M7D B; 5GAM f; 1WPY A; 5GAN 5; 4M7D C; 3JCM b; 4M77 A; 1MGQ A; 4X9D A; 2EJF A; 4XTV A; 3JCM g; 4XU1 A; 3AHU A; 4EMG A; 4M75 B; 3V7S A; 2RD1 A; 4Y91 A; 2CGH A; 1TH7 A; 5LJ3 h; 5GAO n; 4J6Y A; 2DTI A; 3BW1 A; 3JCM d; 2E41 A; 4M78 C; 3BY7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JB9 F; 3BDU A; 1WI7 A; 1W4S A; 3NFC A; 2E12 A; 1WDX A; 4X9C A; 3MEW A; 2E70 A; 3X24 B; 3CCS Q; 4AFZ C; 4L6V 5; 3OBW A; 3FRN A; 3CD6 A; 1EIF A; 3OB9 A; 2FL7 A; 2VB6 A; 4A63 B; 3L2Q A; 1VYV A; 3O8V A; 2KR3 A; 1MUZ A; 1Q95 G; 1YIT A; 5GMK l; 3M5A A; 3ZEH A; 5LJ5 e; 3P8D A; 1NJI R; 2HCK A; 8AT1 B; 1UEC A; 3V8L A; 3I55 Q; 5EC7 A; 1SRM A; 4HCZ A; 2GBQ A; 5CR2 A; 5AYF A; 3OQ5 A; 4OMP A; 1M2O A; 4J7I A; 1VQ9 Q; 2DVE A; 2FYK A; 1BIB A; 3OYJ A; 5GMK i; 1K0S A; 2ROT A; 1VQP A; 5LJ3 j; 2DXT A; 4E7I A; 1U1T A; 2KYB A; 8ATC B; 1UGV A; 4Z02 A; 3INZ A; 3M56 A; 4PLL A; 2DEU A; 4CC7 A; 1OV3 A; 3EGX A; 4LD6 A; 2JN0 A; 4XAX B; 1M1F A; 3OYF A; 1VIE A; 2PU9 B; 2FVU A; 4OML A; 1VQK T; 3EGU A; 2YSQ A; 3FB9 A; 3TSW A; 2LDM A; 1KSW A; 4FW2 A; 4IIM A; 2HKQ B; 2AIR B; 3FDR A; 2XK0 A; 4ME7 A; 2OI3 A; 4KGV B; 2BE9 B; 1Q86 C; 5LJ3 g; 1MND A; 3EFO B; 4QQG A; 4X34 A; 1D0Z A; 2A28 A; 1YIJ T; 1JEG A; 5J39 A; 2J06 A; 5FU7 C; 2QQS A; 1GRI A; 1TH7 A; 1E6G A; 1JXO A; 1FMW A; 3JSC A; 1RAF B; 1N8R R; 6AT1 B; 3CCL Q; 2PVD B; 3MCA B; 3BE3 A; 4M7D F; 5AT1 B; 2P0K A; 2YXY A; 4M7D E; 1NM7 A; 3QPH A; 5CKB A; 1G5V A; 1YWP A; 5GJV B; 2F2X A; 4M75 F; 4M75 E; 4LNP A; 2DNU A; 1RUW A; 2DMO A; 3OYD A; 1IO6 A; 1VQ9 A; 1GCQ C; 3PFS A; 2K79 A; 4FL6 A; 1H3Z A; 4RMO A; 2YUN A; 2ZPH B; 1MV3 A; 3QYH B; 1YCY A; 4C8Q B; 2O88 A; 2IVW A; 1KC8 R; 4JJB A; 2JNG A; 5IXB A; 1BIA A; 3A8H B; 2FRY A; 2EYX A; 2KDS A; 4IUV A; 2KT8 A; 3E1S A; 1VA7 A; 2B8A A; 2V8K A; 1VQN T; 1G3W A; 2IPO B; 4XTW A; 1HXD A; 1LNX A; 1VQ4 T; 2HQH A; 5D6X A; 2COY A; 1IRX A; 4KBM B; 1Q7Y U; 4YTL A; 3LGF A; 1FWZ A; 2FG0 A; 2CSI A; 3CCM Q; 3TQ7 P; 4A4H A; 1ZUY A; 1VQ8 T; 4JLI A; 2EWN A; 4PJN A; 2QEX T; 1WXB A; 3TVT A; 5GAN f; 3T9N A; 2CUB A; 3MP1 A; 5GMK e; 4GBQ A; 1PC0 A; 1OI1 A; 4M77 F; 2G3R A; 4Z8A A; 1OU8 A; 4Z88 A; 3PMI A; 1I81 A; 4FT4 A; 3JCM V; 3FC3 A; 1PM3 A; 2RHI A; 4MZM A; 4BUG A; 5HKC A; 3CCL A; 5D7U A; 3SDZ A; 3CCJ Q; 3VRZ A; 1SEM A; 3PIP A; 1M2V B; 5GAM f; 1M1G A; 4M7D C; 4JZ4 A; 1SHF A; 3NTH A; 2JTM A; 1UTI A; 4XTV A; 9ATC B; 1YN8 A; 2K3X A; 2E5Q A; 2OAW A; 1CKA A; 1ZBJ A; 2DRK A; 1VQ7 T; 1KK7 A; 1YJW T; 4KH1 B; 2YUP A; 4KH0 B; 3EG9 A; 4ELZ C; 5DM7 R; 1B7T A; 1RL2 A; 3VU3 C; 4F7U A; 1IRE B; 4AT1 B; 4DOV A; 3UDC A; 2KVQ G; 4DBR A; 2ED1 A; 7AT1 B; 3M0Q A; 3JB9 D; 1K8A U; 2YLB A; 1ZUK A; 1O9S A; 4DA4 A; 4EMK A; 2R58 A; 2C0I A; 3F70 A; 1WHG A; 3CCM A; 1I4K 1; 4FT2 A; 4OVA A; 1OZ2 A; 3GLX A; 3TU4 K; 1Q82 U; 5D6W A; 2DD5 A; 2DRM A; 3KUF A; 3TRE A; 2K5I A; 2A37 A; 2P4T A; 4M77 C; 3KBG A; 4HCC A; 3N5B B; 2CH4 A; 3SFM A; 4ZNX A; 1V76 A; 2M0O A; 1GXI E; 1C6V X; 5GAN e; 2DYI A; 2QQB A; 4A4G A; 4KUD K; 1NPR A; 4J9F A; 2QXF A; 4F7U G; 4BAC A; 4N4G A; 3LWH A; 3CCJ A; 3EGX B; 3CXC P; 2WAC A; 2L0A A; 3CC4 T; 1YFN A; 3QO3 A; 4UC4 A; 2LCS A; 2KRO A; 4AFU C; 1QKX A; 5IH2 A; 1U5S A; 2ZCF B; 3HFN A; 4OB3 B; 3GP8 A; 2COZ A; 2PTK A; 2W10 A; 2CZ1 B; 4JS5 A; 5FRO A; 1M5Q 1; 5GAM e; 3RMS A; 5HY6 A; 2EAY A; 3EG2 A; 1T0H A; 3IQL A; 3OBY A; 1P92 A; 2ZPB B; 4X9D A; 1KQS P; 3THK A; 4J9G A; 3D7S B; 1VQO Q; 3MJX A; 1QVF P; 4XTX A; 3CMA Q; 2NYS A; 2EQU A; 1JJ2 P; 4E7J A; 1WHL A; 3FIF A; 4OMO A; 1IHV A; 1BBZ A; 3H8Z A; 3SEM A; 3DKM A; 5LJ5 j; 1WZO A; 4FM4 B; 1NJI C; 3M0P A; 2K3Y A; 1PRL C; 4C0G A; 4M7D D; 4MML A; 3JCM W; 3E9F A; 3NGP A; 2DBM A; 2NLU A; 2ZPI B; 1WGS A; 4M75 D; 4HT8 A; 1R0C B; 4QKU A; 3MP8 A; 2EYW A; 4QQD A; 1G3T A; 2KBT A; 2CP6 A; 3GNF B; 4RTV A; 5I2M A; 3R6N A; 2LQK A; 1BI3 A; 2GNC A; 1W2B A; 1RAC B; 1T3S A; 2DKG A; 5KH6 A; 4LD9 K; 2CS7 A; 1WJQ A; 3CXC S; 3VRY A; 2EVR A; 4C0D C; 1UG1 A; 1FX7 A; 4LDW A; 5KYN A; 5GMK m; 4AG2 C; 1RAE B; 5GAN 7; 4BE1 A; 5FU6 C; 1NLO C; 1SRL A; 4JJC A; 3TEE A; 3S6W A; 1Y96 B; 3MEU A; 4FSX A; 4RUG A; 2NUZ A; 2KSS A; 3QHS A; 1PSF A; 4LDY A; 3G7Z A; 4C92 F; 2QI2 A; 4C92 E; 2Y90 A; 2DET A; 2LQN A; 2QA4 Q; 2Y4X A; 4PNO A; 1GCP A; 4M77 D; 4BE2 A; 3CCR Q; 1KQS S; 5L8R E; 3CC2 Q; 2JXB A; 2KRM A; 4M4Z A; 3UA6 A; 1VQO A; 3CMA A; 1KQ1 A; 1ZSZ B; 3RBB B; 2NUT A; 4OMN A; 1QVF S; 4DBF A; 5GAN h; 5FWC A; 3I56 T; 1N8R C; 1Q81 R; 3A8L B; 2CSQ A; 1JJ2 S; 4KRT A; 1XNI A; 1Y7X A; 1PCX A; 1OYX A; 2CP2 A; 3V7S A; 2X9H A; 4OB0 B; 4N4H A; 2VUB A; 2X4X A; 3EG1 A; 3OS0 A; 3H6Z A; 1SSF A; 2EQM A; 5KYW A; 2A36 A; 1UEB A; 3JB9 G; 2J05 A; 2NUP A; 2YRC A; 4PJO B; 1N5Z A; 2C0T A; 3DLL A; 2HKN A; 5GAM h; 4TVR A; 2D0N A; 1KC8 C; 4OMM A; 4EMK B; 4FIB A; 3LW5 E; 1E7O A; 2FRW A; 3HRT A; 3J81 E; 2LC4 A; 1D09 B; 4ANJ A; 1M90 U; 3VJP A; 3GNG A; 4ZTF A; 3PVQ A; 4EPC A; 3KXT A; 2BTT A; 2DZC A; 1MMD A; 1ZLM A; 1IB8 A; 2LT4 A; 1X01 A; 2YLC A; 5GMK j; 2K2V A; 3GPL A; 2EGC A; 4N4I A; 2QA4 A; 3ASK A; 1ZUU A; 3I35 A; 5FW9 A; 4C92 C; 2DXU A; 3CCR A; 4RTY A; 3CC2 A; 4PK4 A; 1Y71 A; 3ZFJ A; 2KXD A; 3JCM X; 4M7D A; 1OX9 A; 2DL3 A; 2QTV A; 5KYY B; 1U1S A; 2YDL A; 5DLQ E; 3EH1 A; 4M75 A; 2DF6 A; 3CD6 Q; 1YNZ A; 2A08 A; 2IG0 A; 4F17 A; 5J26 A; 3GF5 A; 1TS9 A; 1TUG B; 5IHI A; 1YIT Q; 5GAN d; 1UGQ B; 3E9G A; 3C12 A; 4HA8 A; 1D0X A; 5I21 A; 1QLY A; 1MMN A; 1SSH A; 4RTZ A; 1C1A A; 1VQ5 Q; 3REA B; 2EJF A; 2DLP A; 3CC7 T; 1K73 C; 2DIG A; 4Y91 A; 4E7K A; 1YIJ Q; 3G71 T; 2K3B A; 2JZ2 A; 2DX1 A; 1NE8 A; 2LNH B; 3URG A; 1VQM T; 3CBM A; 3SWN C; 2JS0 A; 3CBP A; 3JCM c; 4M7D G; 1JB0 E; 4MMK A; 1NEB A; 1UHF A; 1KHC A; 4XQ3 A; 4M75 G; 4OGC A; 4OMF B; 5HK0 A; 1ZBX A; 3G1J A; 4QVC A; 1KJW A; 3QKJ A; 2CRE A; 2XID A; 4MZP A; 2LCL A; 2PQW A; 2E64 A; 3PE0 A; 2PVG B; 2SRC A; 4A4F A; 2L2P A; 2PUK B; 1M3B A; 1W1F A; 2NWM A; 3E19 A; 3JCM Q; 5KYU B; 1B3Q A; 3CCV T; 1VQN Q; 5LL6 S; 3L2R A; 1YHQ T; 2CZ0 B; 1AWX A; 2D8J A; 1K8A C; 2RN8 A; 1VQ4 Q; 3RER A; 4BD3 A; 1TWB A; 4AFQ C; 1M1K C; 1D1B A; 1VQ8 Q; 3PIO A; 2QEX Q; 5GAM j; 2AZV A; 2KAF A; 1ACM B; 1KD1 R; 2O9V A; 1VQ5 A; 4M77 G; 2HEQ A; 5FU7 B; 4K11 A; 5GAN g; 1WXT A; 1M9S A; 1I1J A; 1YIJ A; 4C92 D; 2JS2 A; 3A8O B; 2RJC A; 1K9M R; 3QJ6 A; 4XTZ A; 4C5G A; 2NUT B; 2HDA A; 4Q5W A; 1X2Q A; 4RCB A; 2XDD A; 2I2L A; 2RI2 A; 2X4Y A; 2FEI A; 3HTR A; 3EHQ A; 2E6N A; 2CDT A; 5GAN 5; 2RJF A; 3C94 A; 1GBQ A; 1S72 T; 2AHJ B; 2DFU A; 4D8K A; 2V26 A; 2EYY A; 4CRI A; 3HHT B; 1VQL T; 4LXC A; 3WXM B; 5GAM g; 1QCN A; 2C0O A; 3VS5 A; 2FB7 A; 2HD0 A; 1B34 B; 1VQ7 Q; 5KYW B; 5A0D A; 4Z89 A; 2NUP B; 4B9X A; 3ZBD A; 1RAD B; 1X43 A; 1B07 A; 2QGF B; 3H0F A; 5A0G A; 3VS7 A; 3UT1 A; 4E7Z A; 2E65 A; 4M78 F; 1H8K A; 2RO0 A; 2KK4 A; 4X1V A; 4M78 E; 2V1Q A; 1EX4 A; 1XJW B; 1VQN A; 5GAN 2; 1SPK A; 1UE9 A; 1UJY A; 1HSQ A; 1A0N B; 4D6W A; 1VQ4 A; 2ZZD A; 2KMT A; 1D3B A; 2JVV A; 1N27 A; 2HZY A; 2KRN A; 4O5V A; 1WJS A; 4D8D A; 2OTJ T; 1JBM A; 2MK5 A; 1NLP C; 5I11 A; 1VUB A; 1BYM A; 1VQ8 A; 1KIK A; 2QEX A; 4M7A B; 3OS2 A; 1PHT A; 4KT0 E; 4HCK A; 3HSB A; 3P8B B; 4BB7 A; 4LDX A; 3OYL A; 3M55 A; 1K9A A; 5CQY A; 2CZ6 B; 2CZ7 B; 4C8Q F; 2HBW A; 4C8Q E; 5GAN 8; 2RQR A; 4XU0 A; 1FMK A; 2J7I A; 2RK1 A; 4MZT A; 1OZ3 A; 2RA2 A; 3C95 A; 4QQ6 A; 2DTO A; 5I22 A; 5KE3 A; 5GAN 4; 2KNB B; 1Q81 C; 4JUV A; 3CC4 Q; 2XMF A; 3L2W A; 2M51 A; 1TUD A; 4ELY C; 3OMG A; 3GOX A; 3LH0 A; 3OYK A; 3CCU Q; 3I5R A; 3EHR A; 3V8K A; 3L2V A; 3CCS T; 1VQ7 A; 3U23 A; 1YJW A; 3WVE B; 2DIL A; 3JRZ A; 1EZZ B; 1OOT A; 2MIO A; 2AZS A; 4R55 A; 2H3J A; 2LMJ A; 1LVK A; 1SF9 A; 5L23 A; 2KXC A; 3CCQ T; 3VS4 A; 4M78 C; 3I55 T; 2E10 A; 2RPN A; 1PSE A; 1YBY A; 3A8G B; 3PNW C; 3QDR B; 4HKE A; 2XD0 A; 2L3P A; 1ZQ1 A; 2WSC E; 1HK9 A; 1NYF A; 1I0C A; 2K7A A; 4RG8 A; 5CIU A; 1WHJ A; 4M77 B; 5A0L A; 2BE7 D; 3RKX A; 4C92 A; 3A98 A; 4M75 C; 2BZ8 A; 4IUU A; 2HL3 A; 1H92 A; 1X6G A; 2HQX A; 4PFZ A; 2DJZ A; 2HL5 C; 2EYZ A; 5FRM A; 2ZGW A; 3RKW A; 4OP0 A; 4KUL A; 2QAS A; 2KY9 A; 4C8Q C; 3L1A A; 1K73 R; 3EGD A; 4OB1 B; 3VS2 A; 2YRD A; 2KRS A; 4DBH A; 3CC4 A; 4JRK A; 4PL6 A; 4IUP A; 2DPP B; 3WVD B; 4WF2 A; 3L2U A; 2RJE A; 2PNI A; 3CCU A; 5D6Y A; 2QQ9 A; 3OA6 A; 1Z9Z A; 2RF0 A; 1X27 A; 4RG2 A; 1WQ7 A; 2MOX A; 3S3N A; 3X25 B; 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