4I62A

1.05 angstrom crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein abpa from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
238
structure length
236
Chain Sequence
IEAIKSKGKLVVALNPDFAPFEYQKVVDGKNQIVGSDIELAKAIATELGVELELSPMSFDNVLASVQSGKADLAISGVSKTDERSKVFDFSTPYYTAKNKLIVKKSDLATYQSVNDLAKKVGAQKGSIQETMAKDLLQNSSLVSLPKNGNLITDLKSGQVDAVIFEEPVAKGFVENNPDLAIADLNFEKQDDSYAVAMKKDSKELKEAVDKTIQKLKESGELDKLIEDAFKASIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title 1.05 Angstrom crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding p
total genus 85
structure length 236
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i62A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i62A02
1LBCA 5JEIA 1SW5A 2Y7RA 1H45A 1FQAA 2O7UA 2P2AA 2ZNTA 4YICA 1MQDA 4WEDA 4OXVA 3KOTA 3MP1A 5F7VA 2AYSA 1B5JA 2DSFA 1DPEA 1R9QA 2KLFA 5CBRA 1ZLQA 3PUYE 3SERA 2VD3A 3QYTA 3A3UA 2O7IA 5KCJB 1P1QA 5H8FB 1Y4TA 4P0IA 3TTKA 4G8HA 4QRZA 5DVJA 3TMGA 4EUOA 3C36A 1M5FA 1LSTA 4BDQA 5TP9B 1D9VA 2DE4A 3OXNA 4TQUQ 4LA9A 1B3FA 1AH5A 4R75A 4KYSA 2HQ0A 1QKAA 2UYFA 5CMMA 3CG3A 3IR1A 4OERA 3FXRA 4FE8A 5EYFA 4GQOA 1IZ1A 4F3BA 1DTZA 2OK2A 3K6WA 5FHOA 3C32A 3TAJA 3N6UA 1B3EA 3SEVA 3OEKA 3RPWA 5DVIA 3MVWA 3O6GA 4ZS9A 5H8QB 3UP9A 1WODA 2GHBA 3FV1A 4F1UA 1GVCA 1H43A 4G68A 3SKPA 3IOUA 3VE1B 3LBSA 4OYVA 2DWJA 2P1SA 4OWDA 4NF8B 3MBPA 1SI0A 3VVFA 1PBPA 2ONRA 2G29A 1AOVA 3IB2A 5I57B 1MXVA 3I6VA 3EN3A 2QL3A 4QHQA 4ELPA 2A5TA 1Z7NE 2RC9A 4JWYA 4Q5TA 1NNKA 1BIYA 1AIVA 1O63A 1USYE 5AA2A 3U72A 4H67A 4JSDA 1LBBA 4E0XA 2V3QA 3TYHA 3LSWA 1N04A 1B3HA 5BUUA 2ZYNA 4I8CA 3R7XA 3M3FA 5HBCA 5CMCA 3M3KA 3FVNA 3KOSA 1IXGA 4GIZA 1EZPA 3LSFB 5L8DA 3U93A 2DXYA 4KCDA 3CRBA 1MDP1 2HZKA 3S9NC 3GBBA 1MG1A 1DTGA 1FTLA 3T66A 4OZ9A 1B05A 1UTBA 4KFQA 1TFDA 3FVOA 1ANFA 3H7MA 4F19A 4YB7A 4F3SA 1NL5A 3SEXA 1URGA 4MBPA 4ESWA 3FV2A 4YU0A 5A5XA 2GHAA 4H6DA 1BP5A 2RC7A 3JV9A 4EQ7A 3TQWA 2OWTA 4ZEDA 5JTYA 2ONKE 3U94A 3PPPA 1EZ9A 4F31B 2HEUA 4JWOA 3AXFA 1XVYA 5I56B 2H4IA 3K1NA 3VFJA 2ALUA 3Q25A 3T93B 1B5IA 2GFEA 2Y7IA 4POXA 1ZU0A 1UTHA 4RPOA 3VLVA 3CFZA 1B1XA 4GXAA 4BLAA 2E1SA 4LONB 4KR5A 3MQ9A 3RQTA 2F35A 4R6KA 3TDJA 3MZ1A 1ATGA 3HO7A 3BFUA 3IOVA 2THIA 4QSCA 3R6UA 4ND9A 4NMYA 2XXTA 1HSLA 1N3WA 3EF7A 1H3DA 4F3PA 5TU0A 2XXYA 3FJGA 1P1OA 2Y7KA 1JEVA 2ONSA 2I4BA 4DDDA 1B40A 1O7TA 2F8DA 2OJTA 3N5LA 3USDA 2ZNUA 4U1OA 4Q30B 1TXFA 1YAEA 4GLIA 5I2KB 3IB0A 3C35A 4GL0A 1MPCA 2DOJA 1QW0A 3V5AA 1FTMA 5KZTA 4MH5A 4OETA 4C0RA 3O6HA 4TLMB 1MH3A 5ITPA 4GL8A 4QFOA 3LSLA 3RN8A 1OLAA 4FEBA 4RYAA 5JK4A 4R73A 4YZZA 3TTLA 1Y20A 4YAHX 1JW4A 1B51A 3QIMA 3JYRA 4FORA 2Z8EA 3DP8A 2V3TA 5I59B 1TWYA 3RTFB 4OQOA 3HHFA 4RY1A 4U23A 1SYHA 1OMPA 3C9HA 4DXUA 1Y9UA 3IAZA 4LUBA 1AMFA 1URSA 1XHYA 4HS7A 1QUKA 1IXIA 1T0KA 4QSEA 1PB9A 4YMAA 2I49A 2OWSA 4OFJA 4FEDA 3I3VA 1B2HA 1LFIA 4ELRA 2PYYA 3K1MA 3T9XB 3CFXA 1H44A 3M8UA 4QF9A 4RK9A 5HPQA 5CM6A 4U2RA 1B3GA 3V83A 4TLLB 4OMBA 3EHSA 2NVUB 1S50A 4ZZEA 1SBPA 3FJ7A 5EHMA 1Y1MA 2UVHA 1FQBA 3T9HB 1QKBA 1POTA 4R2BA 2D3IA 3FJMA 3K02A 3Q28A 1Y3NA 1B7UA 4DE8A 4KYDA 3CI8A 2DWIA 2XD2A 4ELQA 1B6HA 1ZMGA 4H5GA 4MF3A 2DWHA 1UQWA 1Y1ZA 3W9WA 2UVGA 4BDRA 3K00A 1FCKA 4C1UA 4GXSB 4EF2A 1ZIUA 3SETA 5H8NA 5CBSA 2I48A 2F6GA 1ZKBA 1JNFA 4NEDA 2AIXA 3PUZE 4DCXA 4QSDA 3S9MC 5I84A 1YCJA 3ECRA 3BBRA 1I6AA 3S9EA 4IO2A 1URDA 3MUQA 2FYIA 2ZYMA 1A54A 5TPAB 4FAJA 1MH4A 4E0WA 2Q2CA 3L6HA 3THIA 4FATA 3VXBA 3QXMA 4HCYA 3MP8A 1AL3A 3MC2A 3TFLA 2DE3A 1DPPA 2ESNA 3O2AA 5L9OA 4IO3A 4X1DA 3TCGA 5H8HA 3FXQA 1BTJA 4RK2A 1JW1A 1MRPA 2ZYOA 3MVXA 3OSQA 4G68C 3FVKA 5L9SA 4HW8A 3B7DA 4EXKA 3G7WA 4WXJA 4BDNA 4JSOA 2I3VA 3A3CA 3DELB 1D3KA 1I6QA 3S2VA 5AA4B 3U1OA 2HAVA 3EHTA 2VD2A 4U4SA 1JQFA 3EPEA 1A55A 1Y3QA 4G77A 4I62A 2DXRA 4OEVA 3W15C 4Z0IA 3Q26A 4PFWA 1MXWA 3K6XA 3MPKA 1XS5A 1SQYA 4NF6A 3G3FA 4ISUA 2F5XA 4KHZE 3IB1A 4IO5A 4OENA 5DEXB 1FQDA 3RGYA 3C31A 4F39A 2NWJA 1I69A 3SDFA 2Q9TA 5ITOA 2V25A 4MLQA 1FQFA 3E4RA 5HM4B 4LP2B 4OFLA 5F1QA 3UORA 4EQBA 1VR5A 3OOAA 1N0TA 1OVBA 2V3UA 1SYIA 4U21A 1SI1A 4LQ2A 2NOOA 1DOTA 3VLUA 1LFGA 2RF1A 4H8IA 3SESA 4ZE9A 2F7BA 5I2NB 5KCJA 5H8FA 3W9VA 2P0SA 1R9LA 4XKNA 2AL5A 3QK6A 5TP9A 4NWDA 2QSXA 2O1MA 3V89B 4NF4A 5DYHA 1DMBA 2I6EA 3TCHA 2X26A 2I58A 2H98A 3V8XB 4RXLA 3WAEA 3DP4A 4PE5B 1EU8A 1A99A 4M4GA 3K6VA 4ZEIA 1FQEA 1JW5A 3G3KA 1GR2A 2O51A 3KN8A 3TEPA 5DVFA 2DP8A 1Q35A 1WDNA 1P99A 2XXHA 3EQ1A 4OTEA 5H8QA 4AQ4A 3TPAA 4KPTA 1IQ7A 4KQPA 5JTYB 4X48A 4HCWA 1QJMA 2Z8DA 4THIA 3C33A 2X7PA 2QS3A 1IUDA 4ONYA 2RCBA 4NF8A 1KWHA 1LAXA 3GXAA 3U92A 5IAIA 4H8JA 1MY1A 4OVJA 1LAHE 1M5CA 5I57A 3N94A 4PFYA 4I9DA 4N07A 4XKRA 4BDMA 2Y84A 2QS1A 4IO4A 1CE2A 4YMBA 4DCYA 3PGFA 3EHUA 1POY1 3TQLA 2Q8JA 3PMXA 1P1UA 5IKBA 4U22A 3K2DA 1JVXA 3O28A 1FQCA 4R72A 1R6ZA 1P1WA 2QS4A 2DQVA 3CFLA 4YB5A 2BJJX 3B6QA 1IITA 1MS7A 1MY0A 4LVQA 1SW4A 1N7XA 2I0BA 4H0WA 1PEBA 4NWCA 2UYEA 1OQHA 2NUVA 3I5OA 4GFRA 1ELJA 2PT2A 3OO7A 4PP0A 1B0LA 2V93A 4LZ5A 4F18A 5AA2D 3T9UA 4MLVA 3SEYA 2Q2AA 4UA8A 3K1PA 3H3GA 3ILTB 1SW2A 2CZLA 1GGGA 1BKAA 1PC3A 1B58A 3K6UA 1S7YA 1B4ZA 4R74A 4KCCA 2ABHA 3UA8A 4UACA 1Z7ME 3PPQA 1R1NA 1FTOA 3PUXE 1FTJA 2HXWA 1RYOA 4O3BA 2F7CA 4ZEFA 5I56A 4FIMA 3PMVA 1LLSA 2XXRA 1B7HA 1N76A 4KD5A 3ZS6A 1A40A 4N6PA 4NE4A 2D5WA 3KJ7A 1PBQA 2DYXA 2Z22A 1S9TA 1M5DA 4EXLA 1ZTYA 5I58B 3LC8A 1LAGE 3UIFA 4Q8RA 1NH8A 3TUSA 2E0SA 2O84X 4NF5B 3DP6A 1B1HA 1US4A 2FA7A 2REJA 2ZYKA 3KJTA 4YKPA 4MFIA 3M3LA 2O69A 4PQJA 3VLWA 3R26A 2HZLA 3B6TA 3FVGA 2OLBA 3ZKLA 1OQGA 3KSJA 5I2KA 1IXHA 4IO6A 3PUVE 3PD8A 2Z8FA 3O6IA 4JB7A 4G4PA 4H65A 4JXIA 3IX1A 2W7YA 5LOMA 1ZBMA 3H6UA 4BDLA 1XC1A 4IY5A 4BDOA 1F9BA 4TOZA 5KDTB 1H76A 2H5YA 4K3FA 1QUIA 3TTMA 3QSLA 1SVXB 1PB8A 1A8EA 3KN3A 2F34A 1A7LA 3MVZA 1LGBC 2ANJA 1GTKA 4R9FA 2DWAA 4R2FA 4OESA 4IB2A 1MY3A 4R9GA 3QAXA 5I59A 4F22A 3PPNA 3RNNA 1MDQA 5EHSA 2DE2A 1M5BA 4GF8A 1MY4A 4XKPA 4DXBA 1B46A 5AA3A 4POWA 3VXCA 2XXVA 4LATA 4O3CA 1MQJA 3HV1A 1CB6A 4PFTA 3RTWB 3PU5A 3Q27A 2ZNSA 3KGCA 3HPIA 3WAFA 2IEEA 1II5A 2OBGA 1D9YA 4EDPA 5AE4A 3F11A 4YB6A 1M5EA 1NNPA 2YLNA 5CI5A 4DLDA 3FGSA 3CSBA 2F7AA 4U1ZA 5H8SA 2XXUA 2XD3A 4NF6B 4XTCQ 1Y4CA 5FHMA 1MQIA 4IGRA 2QS2A 2CMOA 3IOTA 3OELA 3H06B 4QFLA 1D4NA 4GRKA 3FZVA 4JBZA 4OFOA 3G3JA 2OCUA 1NH7A 2O68A 2H9BA 3KSXA 3HSTA 3D4CA 4ELOA 1NMUA 1OVTA 1HSEA 2XX7A 1VE4A 1QULA 2DVZA 1HSJA 4LZ8A 4XKQA 3TZAA 4RPNA 1NKXA 2R9JA 1OLCA 3JZJA 2D21A 1I6BA 3PUWE 4G68B 1O64A 5ICQA 2Q88A 5TPAA 4FECA 1RKMA 3H4ZA 3UN6A 1OIBA 1PDAA 3RUMA 5DTBA 2O6AA 3G3IA 3MW0A 3OENA 4O3AA 1TFAA 4NF4B 3SEUA 1ZJLA 2A5TB 5ELVA 4GVOA 4EQ9A 3PV0E 3MVYA 3LR1A 2XXWA 5ICTA 1EZOA 3TODA 3MJNA 1WVJA 1N7WA 3RY3A 2FNCA 3GZGA 3TCFA 3O66A 1GV8A 1RYXA 1MPDA 5AA2B 2PT1A 5AA4A 5CMKA 5B70A 4OHNA 3BKIB 2HFBA 5M2VA 2PBWA 3CR9A 4DIGA 3H6VA 2OZZA 3FIRA 3HCQA 5L9MA 5FTIA 3O97A 1TT1A 3MP6A 3IL1B 2XX8A 2REGA 2AL4A 5CC2A 1LCFA 5DEXA 3ZSFA 1N3XA 2DS9A 2XXIA 2NXOA 3DM0A 3PPOA 4GOTA 2PMSA 3VDFA 3H03A 1B7ZA 1B0HA 1VFEA 3PPRA 1UTBB 1XT8A 3G3GA 3QUFA 4OEUA 4H5FA 3IO6A 4M1VA 3PD9A 3LSXA 4RJZA 3TELA 5A5XB 3G3HA 4GWOA 3LUYA 1Y3PA 1MXYA 4F29A 2HCAA 5I2NA 1NNFA 3B6WA 4LZ7A 5AA1A 2RKMA 4Z7EA 4IO7A 3H6WA 4G2ZA 1B52A 4ZEBA 3MZBA 1JETA 3KZGA 2XX9A 1L5TA 3U8QA 3D4GA 3DLNA 5J1DA 3KN7A 1UTHB 2VP1A 4QFKA 3KG2A 3RT6B 3Q29A 3CIJA 2RINA 3RLFE 4WKMA 2V84A 1VSOA 4R6HA 2RC8A 3VVDA 3FD3A 1YTVA 4XXUA 3E13X 4ZE8A 4ZDMA 2PX1A 1B5HA 2XXPA 4YKKA 2QMWA 4G8NA 4I1DA 4RA1A 3PMWA 4F3GA 4P11A 4N13A 3MZ9A 3MWBA 1LCTA 3T96B 4AB5A 3IOWA 1USYH 2UVIA 5ISUA 1B9JA 1A8FA 1MM6A 3OMBA 4F2QA 1XVXA 4IY6A 1IEJA 4FJPA 3OO6A 1MM7A 4ZECA 1QUJA 1B3LA 3FATA 2I3WA 1MPBA 2IA4A 2LAOA 2VOZA 3BFTA 2ZXTA 4C1TA 4ESXA 3TKDA 4RNSA 2A5SA 3GBAA 2XXQA 1Q1KA 2G93A 3QUJA 3IJOB 5K2YA 2QJEA 2DVCA 2I4CA 3ODBA 4GD5A 2F36A 3S9LC 4G8MA 2GRVA 4IGTA 3VVEA 1UIVA 1UIUA 3O9PA 3UGWA 2WKYA 4EF1A 2XHDA 2UXAA 3FASA 2VGQA 3OSRA 2H99A 3K4UA 3A09A 5CMBA 3IORA 1N84A 2GH9A 4KI0E 3C4MA 3CSGA 2YJPA 4PETA 1US5A 3OD7A 1MXUA 4DZ1A 2HAUA 4P0GA 4H1XA 4L17A 5FHNA 2UVJA 3L6GA 2F78A 4YKIA 2RCAA 3ZKKA 2QMXA 4AB6A 4F2OA 3O29A 3HN0A 1B4HA 1J1NA 3KEIA 3C34A 4ZZAA 4F1YA 2I0CA 2ZMBA 1BLFA 2PVUA 1LAFE 4JDFA 3K0VA 1LFHA 3OO8A 3KFMA 3E3KA 4U4XA 5BWJA 1MQHA 4YKJA 3FXUA 3RT8A 4LQ5A 3GLBA 5H8NB 3ONMA 3N26A 4PFUA 4Q0CA 2VHAA 3CG1A 1FTKA 3OEMA 5I58A 3MAMA 3IO4A 3UK4A 4X9TA 2Y7PA 3TTNA 1VFDA 1MXZA 2F97A 1IXCA 4F1VA 4HTGA 3KBRA 2Z23A 4R6YA 3N6TA 3VV5A 4NF5A 1JVYA 3P7IA 3T22A 2O1LA 1DSNA 1XOCA 1JEUA 3K01A 1SW1A 3MPLA 1LB8A 4ECFA 3IK6B 5FTHA 1IIWA 2M8CA 3SEWA 2B3FA 5K2XA 2QRYA 5H8HB 4QFPA 3S4UA 2XXXA 4XIGQ 1FW0A 2Q89A 1SDXA 4KYEA 2QPQA 2B65A 3TTRA 4WEPA 1P1NA 1NNTA 2X7QA 3H6TA 5B7DA 1MXXA 1MQGA 3OO9A 5KDTA 4JWXA 5CRYA 1NFTA 2R6GE 2F6PA 2YPNA 3CVGA 3E9XA 1B32A 1LB9A 3T9VA 2H25A 4X1BA 4NTLA 4QFNA 1MY2A 3ILUB 4DXCA 2Y7WA 1YPNA 3HHGA 1PB7A 1EH3A 2R71A 1QVSA 4ZEKA 5DT6A 3IJXB 2B3BA 1SD3A 3FUZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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