4I7JA

T4 lysozyme l99a/m102h with benzene bound
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
175
structure length
174
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 65
structure length 174
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7jA00
1LYHA 1EPYA 2A4TA 1C6IA 199LA 2B74A 3OE9A 172LA 1L16A 1L81A 4DJHA 1QUHA 227LA 2RAYX 260LA 1L15A 165LA 2QB0B 1L22A 1L68A 4EPFA 4I7JA 3SBBC 1L38A 1C6NA 115LA 2RBRA 131LA 1CV6A 3HUAA 1L96A 3C82A 4W54A 1C64A 3JR6A 3FADA 242LA 3DN0A 1SWYA 247LA 2OE7X 1L79A 4ARMB 206LA 1D2YA 3F9LA 217LA 243LA 125LA 3HTFA 112LA 3HWLA 119LA 1L92A 1L10A 1L32A 1L89A 3DMVA 3L2XA 1L01A 2OE9X 3GUIA 1L86A 138LA 257LA 4YXCA 4IAPA 3RZEA 1ZWNA 1CTWA 1L13A 235LA 1QTZA 231LA 127LA 1QT6A 4W51A 1L39A 3SN6R 187LA 1P2LA 155LA 1LI3A 1G07A 234LA 213LA 2IGCA 1QS9A 1L08A 3HU8A 3CDRA 1LPYA 1L84A 166LA 1L24A 3FI5A 1L0KA 1C6AA 1PQDA 1T8FA 164LA 244LA 259LA 1P7SA 123LA 241LA 2L78A 1G0GA 1LW9A 1XEPA 1P6YA 4ARQA 1L37A 3DKEX 218LA 4I7PA 178LA 157LA 262LA 1L45A 1L62A 211LA 180LA 102LA 1L23A 1PQIA 238LA 1CVKA 195LA 3D4SA 230LA 1L06A 3HH4A 1L73A 215LA 1L14A 1L48A 110LA 192LA 4W55A 1OV7A 250LA 3C8RA 1OV5A 3HT9A 1G0LA 118LA 1L49A 152LA 1L03A 3HDFA 3V2YA 1CUQA 3OE0A 1P64A 183LA 1CV0A 1DYDA 1L76A 1CU5A 175LA 3HH5A 1L19A 1C6LA 2Z6BA 1LWKA 1NHBA 4DAJA 1C61A 4YX7C 1L25A 1KS3A 2LC9A 170LA 173LA 1QT7A 1SX7A 3GUOA 191LA 3C81A 186LA 4EJ4A 1L42A 1D2WA 140LA 4LZMA 1L97A 232LA 3F8VA 1PQKA 210LA 1I6SA 2F47A 162LA 1DYBA 1G06A 1L00A 212LA 4W59A 4ZPUA 3GUNA 1CV4A 197LA 1G0QA 4ARPA 1G0PA 2Q9DA 1L82A 226LA 1QTVA 4PJZA 1L74A 1L36A 2OEAX 149LA 114LA 251LA 3DN8A 4YXAC 1JTNA 2RH1A 4PK0A 161LA 1L75A 236LA 2B6XA 1L70A 1L72A 1LGXA 1LYFA 1L67A 4I7TA 1L60A 1C6TA 1C6QA 1QTBA 3HUQA 3K2RA 2RAZX 1L31A 2NTGA 3HH6A 4I7RA 111LA 4I7LA 1PQMA 1DYGA 254LA 3LZMA 1L80A 1L46A 4EKQA 3OE6A 120LA 163LA 1K28A 237LA 4I7SA 2B7XA 1OWYA 3UONA 1L98A 1L28A 1L20A 3GUKA 1C6JA 1QT8A 4ARMA 1L43A 1L0JA 1L85A 1TLAA 4OO9A 1OVKA 2RBPA 1L87A 1CUPA 130LA 1L30A 109LA 245LA 2OU8A 3RUNA 255LA 3DN3A 3CDTA 1B6IA 1PQJA 3C7YA 3DN4A 1SWZA 4EPIA 2OU9A 176LA 2QARC 1L05A 3NY8A 1L47A 145LA 4DKLA 3PBLA 222LA 1CV5A 3SB5A 3HTGA 252LA 2B70A 2O7AA 3V2WA 141LA 1LI2A 2OE4X 2B75A 1G0MA 1L63A 2RBSA 156LA 3DNAA 2B72A 3C80A 1QSBA 1P3NA 1P56A 1L11A 3PDSA 2HUMA 1LGUA 4I7NA 1CV3A 1SSYA 3CDOA 1L41A 151LA 2NTHA 1C6CA 4EKRA 1C6BA 1L12A 1C60A 1XJUA 2RBOA 1LWGA 1LYEA 1ZURA 1C67A 4W57A 139LA 4LDOA 1C63A 3C7ZA 3HUKA 1QT4A 184LA 216LA 1L88A 1T97A 3ODUA 4GBRB 1L18A 4GRVA 1SSWA 1L04A 3HDEA 3SB8A 1QUDA 5LZMA 3HH3A 214LA 159LA 1C65A 122LA 258LA 225LA 2B6TA 1L26A 104LA 158LA 3NYAA 3HTDA 200LA 1DYEA 1LLHA 3OE8A 168LA 1CU2A 1L54A 3HT7A 261LA 1L33A 1L77A 1KY1A 246LA 1L69A 1C6EA 1LYJA 1D3JA 1DYCA 3CDVA 2HULA 1OVHA 3L64A 1L52A 205LA 1D3NA 1L27A 233LA 1L55A 1KW7A 3G3XA 1CX7A 223LA 1OYUA 3HT6A 150LA 137LA 201LA 1LGWA 249LA 1D3MA 4EKPA 3GUMA 4EKSA 1CU3A 189LA 1QUGA 3G3WA 4LDEA 103LA 1C6DA 1D9WA 1CV1A 3DMXA 2CUUA 2Q9EA 146LA 4S0WA 1G0JA 1L66A 1G1WA 4I7OA 3NY9A 1C6KA 219LA 148LE 221LA 128LA 1L21A 6LZMA 3QAKA 3GUJA 143LA 1LYIA 1OWZA 2O4WA 1L07A 1ZYTA 4W56A 1L94A 1QTCA 1C6FA 1T6HA 7LZMA 1L35A 1L17A 1L51A 1JTMA 1L34A 2F32A 2OTYX 2LCBA 113LA 1LI6A 1L61A 239LA 1P36A 2RB0X 1T8GA 2B6ZA 167LA 1P2RA 1G0KA 129LA 188LA 1PQOA 1L91A 1CU0A 2RBNA 5I14A 4K5YA 1QTHA 169LA 174LA 1QUOA 2B6YA 1P46A 220LA 4I7QA 1L09A 1DYAA 1L40A 3DMZA 1P37A 3SB6A 147LA 1QTDA 3SBAA 2B73A 4I7MA 144LA 229LA 4EXMA 107LA 3C8QA 1QS5A 3G3VA 4I7KA 1L95A 209LA 1C6GA 4AQNA 1L90A 4ARLA 2F2QA 1C6HA 2HUKA 1L29A 1C62A 1L59A 1SX2A 2B6WA 1G1VA 4ARQB 1LYGA 3CDQA 3SB7A 198LA 1C66A 2RB1X 3DN1A 1JQUA 4W53A 108LA 2RB2X 4E97A 224LA 1L99A 1L56A 126LA 3DN6A 1KY0A 3FA0A 1L02A 3DN2A 185LA 1DYFA 1QT5A 1L58A 1C6MA 248LA 1L83A 181LA 1CX6A 1WTHA 3SB9A 196LA 190LA 1QT3A 1LYDA 1OVJA 240LA 3HU9A 3C83A 2RBQA 1L53A 1P5CA 2ANXA 1CU6A 3C8SA 3HTBA 1C6PA 3C7WA 3EMLA 2ANVA 228LA 3GUPA 2OU0X 4ARJA 1C68A 256LA 4LDLA 1L44A 1L65A 1KNIA 3VW7A 3HT8A 2LZMA 177LA 1D3FA 4W58A 1KW5A 182LA 1T8AA 4W52A 1L71A 1XJTA 1L64A 1C69A 171LA 1L57A 1L50A 1QSQA 3GULA 142LA 2OTZX 253LA 2O79A 160LA 1L93A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1F0WA 7LYZA 1JJ3A 1GAYA 172LA 1IP1A 1L16A 1YAOA 1XGRC 260LA 3TMUA 3RNXA 5E9RA 3TMXA 1L68A 4G4HA 1HSXA 2RBRA 3T36A 1L96A 1BWHA 5DN5A 2FYCA 1RI8B 1BB3A 3WPJA 4ETEA 3JR6A 3FADA 2HECA 4H1PA 1EQ4A 1L79A 1D2YA 1LZGA 3F9LA 217LA 3ZEKA 243LA 5KXOA 125LA 1C7PA 4TWSA 1IWVA 1L10A 4M6DA 4NSHA 1GBOA 3DMVA 2BQIA 4LYTA 1L86A 1IR8A 4YXCA 3RZEA 4DDAA 5F16A 1WQOA 1QTZA 3A94A 4W51A 4P2EA 3SN6R 1P2LA 1LMTA 2EQLA 3HU8A 3LZ2A 1LKSA 2MEFA 2MEDA 166LA 2CWIA 1RCMA 4WM3A 3FI5A 4GN4A 3A8ZA 4NWHA 164LA 2F4AA 4ARQA 1L37A 1LZBA 4I7PA 157LA 2LYZA 4NG8A 1PQIA 1CVKA 1UC0A 3IJVA 3D4SA 1FBIX 1L14A 1OUCA 5KXZA 1LZRA 1OV7A 3C8RA 1OV5A 2ZQ3A 135LA 118LA 1L49A 3LYMA 4DD2A 3HDFA 4WO9A 183LA 1CV0A 1L76A 1LZ5A 175LA 3HH5A 1L19A 3MGWA 2XTHA 1XEKA 4DAJA 1C61A 2LC9A 3AZ5A 173LA 1AM7A 1QT7A 5KXYA 1TDYA 1L42A 140LA 1QQYA 1L97A 4LZMA 2G4PA 2Z38A 210LA 1LJNA 1LZ6A 4DQ7A 1L00A 1QSWA 1LZEA 1KXXA 3GUNA 1LSDA 226LA 1W08A 4PJZA 1LZNA 2Z12A 3A3QA 5M1YA 5B1FA 114LA 4PPOA 4ZFPA 1GE1A 1KIPC 2RH1A 1JKAA 1LTMA 1JKBA 2DQEY 1LYFA 5LINA 1B5YA 1B7OA 1E8LA 1GE0A 4Z98A 1QTBA 2RAZX 3HH6A 3WUAA 3TXDA 5KKJA 4I7LA 2XJWA 254LA 3WW5A 3LZMA 1L80A 1FLWA 2DQAA 1L46A 1K28A 208LA 1C46A 4HTNA 2HUBA 3WVYA 1OWYA 1GAZA 1LMOA 3GUKA 1L43A 1YKYX 1OVKA 2W1YA 3QY4A 130LA 1LSPA 4YM8A 109LA 1B9OA 4XJBA 2OU8A 3RUNA 3RZ4A 5LAFA 3DN3A 1JSFA 4H8ZA 1L05A 1B7NA 145LA 1B7PA 3PBLA 222LA 3LHMA 4DD3A 1GF0A 2BQEA 4LZTA 2O7AA 3V2WA 1GF4A 3IWRA 3HFMY 1TEWA 1G0MA 1HENA 3DNAA 1P3NA 1YIKA 4G9SA 5APEA 1P56A 1L11A 132LA 3ULRA 4I8SA 1CV3A 1GFHA 3BKVA 4WO6A 1GB6A 2IFFY 4HTQA 4AXTA 1IOQA 154LA 1JTOL 1LSFA 4N0JA 1C60A 1XJUA 2DBTA 2MEEA 1TBYA 1ZURA 1C67A 4LDOA 3HUKA 5LYMA 1QT4A 3ODUA 4GRVA 1SSWA 4DQ5A 3HDEA 1IC4Y 3HH3A 4WL7A 1MLCE 122LA 4HP0A 3M3UA 3A92A 3A34A 3HTDA 200LA 2F4GA 168LA 1CU2A 3HT7A 3A91A 1LYJA 2ZNXY 2H5ZA 1OUEA 1D3JA 3CDVA 1WQNA 1OVHA 1CKDA 1LYYA 3LYTA 1KW7A 4PRUA 1GFRA 4RW1A 1CU3A 2DKVA 1QUSA 103LA 1C6DA 1QSAA 4W94A 4E3UA 3P68A 1D9WA 1GF9A 4NSGA 2LYOA 5HMVA 1WVVA 1JKDA 5LA5A 1IR7A 1L66A 1VDSA 2BQOA 1G1WA 3ZVQB 4RW2A 4U3XB 1L21A 3B6LA 1VATA 4ETBA 2DQDY 4LT3A 1VDTA 1DKJA 1HELA 1FDLY 2F2NA 3GXRA 3EBAB 1KXYA 2F32A 2OTYX 1NDMC 1HNLA 113LA 1OUGA 167LA 1P2RA 1PQOA 2RBNA 2BQMA 5F9XA 174LA 2B6YA 1LJ4A 4G49A 3DMZA 1GFKA 1ZV5L 3W6CA 144LA 5IDDA 4EXMA 4OW1A 3C8QA 3G3VA 1QIOA 4I7KA 4TX7A 1NF5A 1IP5A 1L90A 1GPQC 1WQRA 3P65A 5FHWA 3IJUA 1GFUA 4FDYA 1SX2A 2B6WA 1UBZA 1LSNA 1IY4A 2HU1A 4II8A 5LYZA 1L99A 3P66A 4UWVA 1KY0A 2D4KA 1L02A 3DN2A 1DYFA 1DI4A 1QT5A 1B5UA 1C6MA 248LA 4IATA 1UIBA 4H94A 1B7MA 3SB9A 2FBBA 1JKCA 1LYSA 2BLYA 1LMAA 1HFZA 3RU5A 5ILFA 1JSEA 3G3AB 4B4JA 2CJLA 3A3RX 1L44A 2XBRA 1KNIA 4B0DA 5KJ9A 2LZMA 3W6FA 1AKIA 1LZAA 3N9AA 4W58A 3T6UA 182LA 2G4QA 1T3PA 1T8AA 4W52A 1L64A 1IP6A 1C69A 1DZBX 1GB7A 171LA 1L57A 1HFYA 142LA 4NG1A 1RJCB 3WL2A 1L41A 1JHLA 1EPYA 199LA 3OE9A 1L81A 1QUHA 227LA 2F30A 2RAYX 1L15A 5F81A 5C6LA 4EPFA 4N8ZA 3ZVQA 1C6NA 3N9EA 4XJDA 3FI7A 4NGJA 1NBYC 5LVKA 242LA 1SWYA 247LA 4DC4A 2OE7X 1EQ5A 3KAMA 2HEFA 3HTFA 3HBHA 1GB2A 4LFPA 3HWLA 1L92A 1GF7A 4PRQA 3A95A 1GFEA 3L2XA 5B59A 138LA 1IP4A 3G3BB 4IAPA 1FLUA 1IEEA 1OP9B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1F0W A;  7LYZ A;  1JJ3 A;  1GAY A;  172L A;  1IP1 A;  1L16 A;  1YAO A;  1XGR C;  260L A;  3TMU A;  3RNX A;  5E9R A;  3TMX A;  1L68 A;  4G4H A;  1HSX A;  2RBR A;  3T36 A;  1L96 A;  1BWH A;  5DN5 A;  2FYC A;  1RI8 B;  1BB3 A;  3WPJ A;  4ETE A;  3JR6 A;  3FAD A;  2HEC A;  4H1P A;  1EQ4 A;  1L79 A;  1D2Y A;  1LZG A;  3F9L A;  217L A;  3ZEK A;  243L A;  5KXO A;  125L A;  1C7P A;  4TWS A;  1IWV A;  1L10 A;  4M6D A;  4NSH A;  1GBO A;  3DMV A;  2BQI A;  4LYT A;  1L86 A;  1IR8 A;  4YXC A;  3RZE A;  4DDA A;  5F16 A;  1WQO A;  1QTZ A;  3A94 A;  4W51 A;  4P2E A;  3SN6 R;  1P2L A;  1LMT A;  2EQL A;  3HU8 A;  3LZ2 A;  1LKS A;  2MEF A;  2MED A;  166L A;  2CWI A;  1RCM A;  4WM3 A;  3FI5 A;  4GN4 A;  3A8Z A;  4NWH A;  164L A;  2F4A A;  4ARQ A;  1L37 A;  1LZB A;  4I7P A;  157L A;  2LYZ A;  4NG8 A;  1PQI A;  1CVK A;  1UC0 A;  3IJV A;  3D4S A;  1FBI X;  1L14 A;  1OUC A;  5KXZ A;  1LZR A;  1OV7 A;  3C8R A;  1OV5 A;  2ZQ3 A;  135L A;  118L A;  1L49 A;  3LYM A;  4DD2 A;  3HDF A;  4WO9 A;  183L A;  1CV0 A;  1L76 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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