4I7PA

T4 lysozyme l99a/m102h with 4-bromoimidazole bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
IPTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 176
sequence length 176
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7pA00
1QT6A 3HUAA 1L88A 2IGCA 1L52A 1QT4A 175LA 185LA 2O4WA 1L09A 1G07A 4YX7C 1QUGA 1QUOA 2B73A 174LA 1JQUA 1ZURA 214LA 3GUOA 3SBBC 1JTMA 2RBRA 161LA 3SB6A 3NYAA 3FA0A 1LYJA 1PQMA 3RUNA 104LA 1XEPA 259LA 170LA 1C63A 1LYHA 1L71A 1CV5A 244LA 1L69A 1L19A 1C6FA 4AQNA 3DNAA 1L22A 1SWZA 1XJUA 1L53A 1G0MA 112LA 1L77A 1L42A 3HU9A 140LA 1T6HA 227LA 3SBAA 1CU5A 1D3FA 3V2WA 171LA 152LA 1CU3A 1C6EA 1TLAA 4W53A 162LA 232LA 4EKPA 1ZWNA 3OE0A 248LA 168LA 127LA 1L25A 1DYBA 1L27A 254LA 1C67A 1OV7A 4GRVA 125LA 1G0PA 146LA 1L35A 3HH4A 1L70A 148LE 1L23A 1QT5A 1L75A 1CV6A 247LA 2OU0X 262LA 1OVKA 1L84A 3G3XA 4W55A 235LA 5LZMA 1LGWA 3C7ZA 245LA 1L97A 144LA 156LA 1LWKA 198LA 3HU8A 122LA 2Z6BA 3UONA 2RH1A 1KY0A 1LLHA 1L29A 1OWYA 1L64A 1L99A 3GULA 113LA 1D2WA 3QAKA 4ARMB 173LA 1LYGA 1T97A 1L13A 258LA 190LA 2B70A 3C81A 163LA 1LI3A 1L0KA 3DKEX 261LA 3LZMA 2LC9A 3G3VA 172LA 1QSQA 120LA 1K28A 143LA 1L63A 2OU8A 1P6YA 3DN0A 2RBPA 1C6KA 1L11A 184LA 1L46A 1L68A 1L0JA 1DYDA 1L56A 2CUUA 1C6PA 3DN3A 4S0WA 3NY9A 3C82A 3GUKA 1C6TA 1L59A 1L58A 2B6XA 3VW7A 1QS9A 4ARQA 2OTZX 3EMLA 2F2QA 1CV4A 2B6TA 2B6YA 1OVJA 4YXAC 1L10A 1P46A 1CTWA 2ANXA 1C6CA 1LWGA 1KW7A 3SN6R 1C6MA 4PJZA 3DN1A 3DMVA 3HWLA 189LA 1PQIA 1L45A 243LA 1L94A 3HH3A 1L39A 3K2RA 4W51A 3SB9A 252LA 1CX7A 150LA 109LA 1T8AA 255LA 1L74A 1L80A 1PQDA 4EPIA 1C6IA 3GUPA 165LA 3NY8A 1L90A 191LA 209LA 3DMXA 1L04A 2RBSA 167LA 147LA 1LYFA 1L07A 1DYEA 1QS5A 6LZMA 1LPYA 1QTBA 2NTHA 1C6DA 1D2YA 2B75A 4EKSA 1PQJA 221LA 1QTVA 2B6ZA 3DMZA 3HTDA 4ZPUA 1D3MA 1L73A 3GUIA 3CDVA 142LA 3PBLA 1QTCA 2RB1X 3HUQA 1L15A 1L54A 1L85A 1C68A 2OE4X 145LA 111LA 256LA 3CDTA 2LZMA 2LCBA 1C61A 260LA 1P5CA 1L40A 3HTBA 1LYDA 4GBRB 114LA 2O79A 159LA 1D9WA 1DYCA 1CV3A 4EKRA 103LA 2HUMA 4OO9A 2QARC 197LA 3F9LA 4EJ4A 1L37A 1L92A 246LA 2B72A 1C65A 1G0LA 169LA 1L72A 218LA 1SWYA 1T8FA 2OTYX 1QT3A 2RBQA 233LA 2OE9X 1C6LA 1CUPA 1LYEA 1L16A 1L03A 1L50A 2L78A 1C6NA 1L17A 1L32A 1LI2A 1I6SA 205LA 141LA 1L66A 219LA 2NTGA 1L57A 3C7YA 1L87A 1L83A 182LA 1L20A 1QT8A 3DN8A 5I14A 2B74A 7LZMA 2OE7X 213LA 195LA 1P2RA 2OU9A 1LI6A 183LA 1LGXA 2RB2X 222LA 1KS3A 110LA 3OE6A 224LA 1CU2A 1L33A 1CV0A 1L82A 138LA 4I7RA 3JR6A 126LA 1LW9A 1LYIA 3SB5A 1NHBA 1ZYTA 1C6BA 3RZEA 139LA 1L62A 4I7PA 4PK0A 1L67A 1P56A 4ARLA 1DYFA 4I7NA 3PDSA 1L47A 155LA 1L01A 3C80A 1P37A 4I7LA 1L08A 160LA 1EPYA 1L79A 1SSYA 119LA 164LA 3HH5A 3F8VA 1L76A 1QTHA 3HH6A 4EPFA 4EXMA 4ARJA 1CU0A 1C62A 1L21A 1QUDA 2OEAX 3DN6A 1G0GA 3DN4A 1WTHA 1SX7A 1L55A 1G0KA 211LA 1L26A 1PQKA 4W54A 176LA 129LA 2HUKA 228LA 1L24A 177LA 1L28A 3OE8A 1G06A 1L00A 1L96A 188LA 4W56A 1P3NA 1CV1A 4W58A 187LA 1QUHA 220LA 1C6JA 3G3WA 3OE9A 4IAPA 4ARMA 1C6GA 223LA 3D4SA 1G0QA 2O7AA 2B6WA 4LZMA 1OYUA 1G0JA 242LA 131LA 2RB0X 4W52A 3SB7A 200LA 4K5YA 1B6IA 4I7TA 4LDLA 4I7QA 1P64A 151LA 2QB0B 1D3JA 4ARPA 115LA 128LA 1DYGA 3HT6A 1C6QA 4DKLA 1QSBA 1C64A 1OV5A 3L64A 1P36A 1L12A 3HTFA 196LA 1L65A 107LA 239LA 1L31A 206LA 4W59A 234LA 2A4TA 3HTGA 238LA 2F47A 1CUQA 3HT8A 3L2XA 1L86A 1CVKA 2ANVA 166LA 2F32A 216LA 4ARQB 1L36A 3C8SA 4I7OA 249LA 210LA 212LA 4E97A 253LA 1QTDA 1L43A 2B7XA 226LA 180LA 137LA 1L14A 1L60A 181LA 4I7KA 1C6AA 2RAZX 4LDEA 4I7SA 1CX6A 1L91A 1XJTA 1P7SA 4DJHA 123LA 1G1WA 1DYAA 3HDFA 2HULA 231LA 237LA 4I7JA 186LA 3GUNA 225LA 3GUMA 1C60A 1L98A 4I7MA 217LA 240LA 1JTNA 3V2YA 1L34A 3HUKA 2RBNA 1L61A 1L30A 1L93A 1G1VA 1L95A 251LA 3CDOA 1LGUA 2Q9DA 4W57A 3CDRA 1L02A 3HT7A 102LA 201LA 192LA 1QTZA 3HT9A 1P2LA 178LA 1KW5A 3DN2A 1L51A 158LA 1C6HA 1T8GA 3SB8A 1KY1A 157LA 1L89A 215LA 1L41A 1L81A 1CU6A 149LA 118LA 4DAJA 1SSWA 3GUJA 1QT7A 236LA 1C66A 1L18A 230LA 229LA 3C8QA 3HDEA 1SX2A 1L38A 2Q9EA 3ODUA 108LA 1PQOA 199LA 1L05A 257LA 241LA 1L48A 1OWZA 250LA 3C7WA 1D3NA 3C8RA 2RAYX 3CDQA 1L49A 130LA 1C69A 1L44A 1KNIA 1L06A 1OVHA 3FI5A 4LDOA 4EKQA 2RBOA 3FADA 4YXCA 3C83A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L52A 4DQ5A 185LA 2O4WA 1L09A 4YX7C 2B73A 1GE4A 1D6PA 161LA 1YROA 5F16A 3RUNA 1XEPA 3ZVQA 1C63A 4M6DA 1G0MA 112LA 1L77A 140LA 3M3UA 1G7JC 2EQLA 3P4ZA 1JWRA 1TLAA 3HBHA 6LYTA 2BQEA 232LA 4EKPA 4PGJB 1BB7A 127LA 4LYOA 1YAPA 254LA 1FN5A 4GRVA 125LA 1G0PA 1CKGA 1L35A 2HU3A 1CV6A 3G3AB 247LA 2OU0X 5KXPA 1JKBA 1L84A 3G3XA 2Y8PA 1GHLA 3AZ4A 3WXTA 3B0IA 198LA 1B7QA 1B5VA 122LA 3HU8A 4B4JA 3ATOA 2Z6BA 1QTKA 1KY0A 1LSMA 3WU7A 1EL1A 1L64A 1L99A 4ARMB 1CJ9A 4BAPA 1T97A 3C81A 163LA 261LA 3LZMA 2X0AA 1B7RA 3G3VA 1QSQA 1K28A 3CSRA 3DN0A 2RBPA 1C6KA 4II8A 1L46A 5KKIA 1DYDA 4FJRA 3ULRA 1NDMC 2HEFA 1L59A 1JKCA 5B07A 1DQJC 1NKHA 2OTZX 4Z98A 3LYOA 1GWDA 1OVJA 1P46A 1XEKA 2HEDA 2BQNA 2DBTA 2FYCA 132LA 5I4XA 2YBJA 1B5ZA 3QY4A 1KW7A 3SN6R 1FKVA 3DN1A 189LA 2DQCY 243LA 1L94A 5APEA 1XGPC 3SB9A 5IHGA 5FELA 109LA 1T8AA 1L74A 1BWHA 165LA 2BQBA 5DM9A 1GE1A 147LA 4DYGA 1LPYA 1QTBA 1C6DA 4XJGA 5LXWA 1D2YA 2B75A 1UIHA 2BQFA 4WLXA 3DMZA 1LHMA 4UWNA 5F9XA 1GEVA 1LHIA 142LA 1QTCA 3A92A 1J1OY 5AMYA 1VDSA 3OK0A 1OUDA 2LCBA 1UIAA 1P5CA 2CJLA 4GLVA 2I6ZA 2HECA 1FLWA 3CQLA 2EKSC 4BS7A 3A96A 1RI8B 4AGAA 103LA 2HUMA 2QARC 3P64A 3F9LA 2G4NA 2IHLA 2B72A 5LYMA 1G0LA 169LA 2OTYX 1GF7A 2RBQA 5APCA 1G7IC 1LSFA 3WPLA 1C6LA 1GBZA 3W6FA 2LHMA 2Z18A 2BQLA 1HEPA 4ZEEA 3QNGA 1I6SA 2NTGA 4KL7A 5HMVA 4NEBA 4GCCA 1QT8A 2B74A 2OE7X 5KXZA 183LA 1QUSA 224LA 4YEOA 1L33A 1CJ7A 2H5ZA 1B5WA 4QGZA 1GFTA 3JR6A 1I20A 1V7SA 1FLQA 1UIFA 1I1ZA 2LYOA 1RE2A 4PK0A 5JENB 1DPWA 3PDSA 1L47A 1EQ4A 1IP4A 1L01A 1GF0A 1H6MA 164LA 3B72A 1VDPA 5LA8A 4HTNA 4NGLA 3ZEKA 1OUCA 2MEGA 1G0GA 4UWVA 1WTHA 2DQEY 1G0KA 1NDGC 211LA 4PPOA 4W54A 176LA 2AUBA 1GDWA 1L24A 1LSDA 1IP5A 5KXTA 1L96A 4H9FA 1HC0A 1C6JA 1UICA 1QIOA 1IIZA 3D4SA 1WQOA 1LYOA 1FLUA 4K5YA 2BLXA 4I7TA 1GF8A 4I7QA 4ET8A 1IWUA 2QB0B 1LZ6A 1XEIA 4ARPA 4KXIA 1B7PA 1C6QA 4DKLA 4TUNA 3WL2A 3TXJA 5A3ZA 5KXMA 5APDA 1HFYA 2A4TA 1JEFA 238LA 2DQDY 3L2XA 1LSZA 1CVKA 1JITA 216LA 1L36A 1GBWA 3C8SA 249LA 9LYZA 1LZYA 4NY5A 5F14A 1QTDA 2HUBA 5KXSA 1LKSA 4PHIA 5LAFA 3AGIA 1NHEA 3HFMY 1AM7A 4N1CC 4U3XB 1XJTA 4ETCA 4L41A 3B0OA 1D0LA 237LA 2HULA 225LA 1GE3A 1L98A 217LA 1KXYA 3MGWA 2F30A 1YKZX 1BB6A 3HUKA 1L30A 4MR1A 1AZFA 1L95A 1LSCA 3CDOA 4W57A 5KY1A 1HEOA 3FE0A 3HT7A 102LA 1JJ1A 3LZ2A 3HT9A 1IR7A 207LA 2ZWBA 1GF9A 1C46A 3J4GA 178LA 3DN2A 1AKIA 1TDYA 215LA 4WM5A 1P2CC 1WVVA 118LA 4DAJA 3A90A 4XN6A 1QT7A 4C3WA 1WQQA 229LA 3C8QA 3HDEA 3W3EA 3P68A 4YENA 4H9IA 257LA 241LA 1B0DA 250LA 5HQ1A 1LTMA 3C7WA 3LYMA 2YSSC 1GDXA 3C8RA 4OW1A 1C69A 1HFZA 2W1YA 5ILFA 4CHXA 1QT6A 3A3QA 1QT4A 4O34A 1JTPL 1QUGA 2D4JA 214LA 3GUOA 1JTMA 2RBRA 4NG1A 4PRUA 3FA0A 4YOPA 153LA 1PQMA 104LA 1MELL 1LZ1A 2CGIA 4QY9A 2YDGA 1CKHA 1L19A 3AYQA 4AQNA 1SWZA 2ZIKA 2Z38A 1LZ9A 4NFVA 3SBAA 1CU5A 1LZBA 3V2WA 171LA 1CU3A 4GCBA 4DD0A 3N9AA 1OUFA 1IR8A 1DYBA 2YBHA 2ZYCA 2IFFY 1XGRC 1OV7A 1O23A 1OQMA 146LA 4B4IA 1L70A 1L23A 1QT5A 5LVHA 4NWHA 1JUGA 4W94A 1KIPC 2PC2A 5LZMA 3C7ZA 245LA 1L97A 2BQJA 144LA 1LWKA 4H92A 2RH1A 1L29A 4H91A 1OWYA 3GULA 113LA 173LA 1LSNA 4B1AA 3DKEX 4NGVA 3WPJA 4TX7A 2OU8A 1L63A 143LA 2XTHA 2I26L 5E9RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L52 A;  4DQ5 A;  185L A;  2O4W A;  1L09 A;  4YX7 C;  2B73 A;  1GE4 A;  1D6P A;  161L A;  1YRO A;  5F16 A;  3RUN A;  1XEP A;  3ZVQ A;  1C63 A;  4M6D A;  1G0M A;  112L A;  1L77 A;  140L A;  3M3U A;  1G7J C;  2EQL A;  3P4Z A;  1JWR A;  1TLA A;  3HBH A;  6LYT A;  2BQE A;  232L A;  4EKP A;  4PGJ B;  1BB7 A;  127L A;  4LYO A;  1YAP A;  254L A;  1FN5 A;  4GRV A;  125L A;  1G0P A;  1CKG A;  1L35 A;  2HU3 A;  1CV6 A;  3G3A B;  247L A;  2OU0 X;  5KXP A;  1JKB A;  1L84 A;  3G3X A;  2Y8P A;  1GHL A;  3AZ4 A;  3WXT A;  3B0I A;  198L A;  1B7Q A;  1B5V A;  122L A;  3HU8 A;  4B4J A;  3ATO A;  2Z6B A;  1QTK A;  1KY0 A;  1LSM A;  3WU7 A;  1EL1 A;  1L64 A;  1L99 A;  4ARM B;  1CJ9 A;  4BAP A;  1T97 A;  3C81 A;  163L A;  261L A;  3LZM A;  2X0A A;  1B7R A;  3G3V A;  1QSQ A;  1K28 A;  3CSR A;  3DN0 A;  2RBP A;  1C6K A;  4II8 A;  1L46 A;  5KKI A;  1DYD A;  4FJR A;  3ULR A;  1NDM C;  2HEF A;  1L59 A;  1JKC A;  5B07 A;  1DQJ C;  1NKH A;  2OTZ X;  4Z98 A;  3LYO A;  1GWD A;  1OVJ A;  1P46 A;  1XEK A;  2HED A;  2BQN A; 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