4IO2A

Crystal structure of the avglur1 ligand binding domain complex with glutamate at 1.37 angstrom resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
242
Chain Sequence
GSARLKGITLRIGVIESVPFTIVANVNTTKLTGYVLDLIEYLRDKMGFVADVQLAPPNTSYTGLVLALANGDYDIAIGDITVTSARREIVAFSNSISDNSMRILMRKGTLIDGMDDLKNGKIPYNRIGIRIGTAGEDYYLREISGGSRNFYPLKSRQEMYDSLLAGIIDVSFMDIGTAEYVTNNIYCNLTLVGEDFDKSTFGIVTPKEWLYAKDLDVNILSLRETGILDNLKKKWFQTKACP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Adineta vaga
molecule keywords Glutamate receptor 1
total genus 78
structure length 242
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io2A02
4EQ7A 4N13A 4R6YA 5CRYA 3ZSFA 2H9BA 1OLAA 3O6GA 4IY6A 3N6UA 4TQUQ 3M3FA 3OO7A 2P2AA 2GHBA 1XS5A 1DPEA 4H6DA 1T0KA 4L17A 3G3GA 2QL3A 1FQFA 4OXVA 5KCJA 2P0SA 4N6PA 4NEDA 5HM4B 5AA3A 3GZGA 4POWA 3SETA 1VR5A 4YB7A 3TMGA 2DXRA 1II5A 2D5WA 5ELVA 3D4GA 3KSJA 4G68A 3N94A 2DVCA 4OEUA 5EYFA 3FXQA 1M5FA 4H0WA 5L9SA 3S9MC 1ZMGA 1A54A 4LUBA 3TTNA 5CMBA 1M5BA 3MZ1A 1MXZA 4ZEFA 3FV1A 1AIVA 5B70A 1ZKBA 3C36A 3K6WA 1AL3A 4JWXA 3MAMA 4QFNA 2RC9A 2XXWA 3PUXE 5AA1A 2V25A 2ZMBA 2ZNUA 1B0HA 1D9VA 1IEJA 4NWCA 3RUMA 5K2XA 3U93A 3KJ7A 2XXVA 4G68B 3QAXA 4F31B 1UQWA 2VD3A 1B6HA 2F6PA 4LA9A 1MXYA 4QFOA 1B0LA 1HSJA 1S9TA 3K02A 1NMUA 3CFZA 3KOSA 4RK2A 1LB9A 1OMPA 1SW5A 2Q2CA 4QSEA 2A5TA 4MBPA 3RT6B 3EN3A 2D3IA 3CRBA 3EHSA 1PDAA 1ZIUA 4OHNA 1MQHA 2UVIA 2CMOA 4JWOA 3HN0A 2DWAA 1N84A 3B7DA 1B05A 1Y3QA 2PT1A 1MY1A 3T96B 3Q27A 3BFUA 3RQTA 4H8JA 2PYYA 4YMBA 4DCYA 1A8FA 2ANJA 1IQ7A 1FW0A 4O3BA 2HAUA 3IAZA 3IB1A 2HAVA 3V8XB 3EQ1A 5H8SA 1IXCA 3TDJA 5L8DA 4HS7A 2UVJA 3IJOB 3RT8A 2BJJX 2HCAA 2A5TB 1P1UA 4HCWA 3TELA 1R9QA 3LBSA 1QULA 4GRKA 5ICQA 5CBRA 1MQGA 4OYVA 5DVIA 2ALUA 4WEPA 1N76A 4KPTA 4AB5A 5DVFA 4O3CA 3KEIA 3QIMA 2X26A 3PPPA 5EHMA 2QS2A 1JNFA 1PB8A 3U94A 2I3VA 1OLCA 1KWHA 3KG2A 4QHQA 3T22A 1B3LA 4F2OA 4H5FA 3D4CA 4JSOA 3ODBA 2XXTA 5TPAA 3C34A 2F35A 2HFBA 2XXRA 4Z7EA 1R9LA 1LLSA 1QVSA 3DP4A 5BUUA 4MLQA 3OXNA 1GTKA 1OQHA 1EZOA 1AMFA 4ZEIA 3EF7A 1PEBA 4I62A 4G68C 1URSA 3C31A 2UYFA 3OELA 3VLWA 3OO8A 4THIA 4YKKA 1N0TA 2ZXTA 3U1OA 4FATA 3PPRA 3PD9A 4OZ9A 3HV1A 3UN6A 1A40A 4OENA 1B3HA 4HTGA 3PMWA 3TEPA 1I6AA 1O64A 5TPAB 3PU5A 2OJTA 2Z23A 2O68A 2V84A 1AOVA 3TQWA 4ZDMA 5I59A 3Q25A 5CM6A 4I8CA 4DXUA 2AL5A 3O29A 4DZ1A 4XKQA 1OIBA 2O6AA 3G3JA 4BDMA 3CR9A 3K1PA 3C9HA 5F7VA 3VVDA 3TAJA 3PD8A 2GHAA 1BIYA 3V89B 3FVNA 1WDNA 2QPQA 4XKRA 4OFOA 2I6EA 3THIA 1MY0A 3U8QA 4MH5A 3HSTA 1USYH 3OO6A 2Y7IA 3IL1B 3ECRA 3BFTA 3KGCA 3RTFB 4C1TA 5I59B 3O6IA 1MXXA 3O28A 2PMSA 3LC8A 4XTCQ 4U1OA 4DXCA 3H3GA 4BDRA 1B40A 1ZTYA 3S2VA 5BWJA 4KYSA 1PC3A 4POXA 4H1XA 1MS7A 4ZZAA 4IGTA 3FV2A 4R74A 4G8MA 1Y3NA 1MXVA 1JVYA 3TKDA 2FA7A 4ONYA 3SEWA 4Q5TA 5J1DA 4M1VA 1MDP1 4PETA 1EZ9A 4ND9A 1H3DA 3GXAA 2R6GE 1B7HA 2Y7PA 1QUKA 3H6UA 2I48A 5A5XA 1H45A 3E3KA 4NE4A 4RPNA 2LAOA 3TTMA 1LB8A 3FVKA 3C4MA 4RNSA 3KN3A 4GD5A 1H44A 3B6WA 3OD7A 1OVBA 3FJ7A 4KFQA 4U4SA 4GL8A 2XXQA 3GLBA 3S9NC 2UYEA 5FHNA 2Z8DA 4PFYA 3B6TA 1URDA 1H43A 2DWJA 4LZ7A 4P11A 4YAHX 4AB6A 4OFJA 1ANFA 1XOCA 5DTBA 1LFIA 3VXBA 1LAFE 2RC7A 1B9JA 3UK4A 4FAJA 4QSDA 1NH8A 5TU0A 3OO9A 1EU8A 4GFRA 3OENA 4YB6A 4U23A 3IO4A 1POTA 4JB7A 4LONB 4R75A 3MP8A 1GGGA 4GF8A 5AA2D 1Y1ZA 4FIMA 2DWHA 4F3BA 1NNPA 2WKYA 4YB5A 5HPQA 4U22A 3ILUB 2OZZA 3RN8A 1Y20A 2YJPA 3MP1A 2NUVA 3H06B 2XXXA 2B3BA 4OERA 4EF1A 5JK4A 3QXMA 1O7TA 3VVFA 5ITOA 2I3WA 4QFKA 4F1UA 3CFLA 4Q0CA 2DQVA 4NF6A 4QFPA 2X7QA 1N7XA 1P1QA 4LATA 3VE1B 1FTJA 5HBCA 3G3HA 1R1NA 4JXIA 3PPNA 3W9WA 3SEYA 2VGQA 3KSXA 1LFGA 4OETA 1I6QA 3A3UA 3FGSA 3FJGA 2OWSA 3K1NA 4KCDA 3TTRA 1TWYA 4JDFA 5L9MA 3WAFA 4RK9A 2DWIA 2Y7WA 3K4UA 1SD3A 4IO3A 4BDQA 2ONKE 2DE3A 4X1DA 2R71A 1B2HA 4TLLB 3DELB 4N07A 4PFWA 3TODA 3V5AA 2QJEA 4NF6B 2V93A 1B32A 4MLVA 4RXLA 3BBRA 1B7ZA 3CSBA 1MM6A 3M8UA 3IOWA 1DTGA 3EHTA 1Y4CA 1Y9UA 3VLVA 4IY5A 1SDXA 3GBBA 2UVHA 1Y1MA 4GIZA 2KLFA 2V3UA 4ZZEA 4KR5A 3USDA 4R72A 4XIGQ 1IZ1A 4NF8B 1RYXA 4P0GA 1SI0A 5H8HA 4FEDA 3LR1A 1FCKA 2VHAA 2XXYA 3PMXA 3ONMA 4FJPA 1MQJA 3Q29A 3HPIA 3UP9A 2G29A 4EXLA 3LSWA 4YMAA 4QFLA 2GRVA 1JW1A 3P7IA 3S9EA 1IUDA 1LAGE 2RKMA 1FTMA 1QUIA 4E0WA 2Q89A 3N5LA 3TQLA 1CE2A 2XX7A 1UIUA 3UGWA 4RY1A 4YKIA 2DS9A 5H8HB 3CVGA 1B52A 3IK6B 3MZ9A 3H03A 4KYDA 1A99A 2DXYA 3FJMA 4KQPA 1MXWA 2AYSA 5H8FA 4BDLA 4ELPA 4H8IA 2FNCA 3ILTB 3KZGA 3VV5A 4G8NA 2IA4A 4F2QA 3MVXA 1LBBA 3C32A 1H76A 2B65A 4OMBA 1B46A 4C0RA 4YZZA 3VFJA 2IEEA 1D3KA 3C35A 4R2BA 3FUZA 4ZS9A 3RLFE 1CB6A 4PFUA 2XXUA 1TFDA 1JW5A 1XVXA 3SERA 4GL0A 1B3EA 4RJZA 4R9FA 1RKMA 2F7AA 4U21A 3A3CA 5H8FB 3O9PA 1US5A 3QSLA 1TXFA 3JV9A 1XT8A 1DOTA 3T93B 1QUJA 1B5IA 2DYXA 4Q8RA 1MPCA 1N3XA 4DE8A 3KBRA 5KDTB 2F78A 3FATA 4ELQA 1DSNA 1Y4TA 4IGRA 3IB2A 3TYHA 4ZE9A 1YCJA 4MF3A 2VOZA 2H99A 4OTEA 3PGFA 2DOJA 4BLAA 4EQBA 3K6UA 3HO7A 1LGBC 4M4GA 2GFEA 3B6QA 1D9YA 4PP0A 2H5YA 3RTWB 1F9BA 2OLBA 4FE8A 4ZE8A 2NXOA 4ISUA 2H98A 1GV8A 1BKAA 3KN8A 5I2NA 3H4ZA 1AH5A 1MQDA 1ZU0A 3T9UA 1QKBA 3L6GA 3ZKKA 4AQ4A 3MJNA 3TCGA 3SDFA 2NOOA 4QF9A 1FQCA 3ZS6A 3OEMA 4DDDA 2ONRA 1NNFA 4R9GA 3FVOA 2XXPA 3TFLA 1JW4A 3UIFA 1TT1A 4OVJA 1LSTA 5F1QA 5TP9A 3R6UA 4Q30B 1LFHA 2QSXA 4HW8A 3I6VA 5I56A 4I9DA 3PUWE 5I2NB 1LBCA 3T9XB 3W15C 4X9TA 1LAHE 1DPPA 4LP2B 4HCYA 4TOZA 3G3FA 1JETA 1B4ZA 4IO4A 3MVWA 2REGA 5K2YA 1ZLQA 2O7UA 2XXIA 1B3GA 5TP9B 3R7XA 2ZYMA 1L5TA 4ZEKA 2HZLA 2OBGA 2THIA 2D21A 3RNNA 4GOTA 1SBPA 1RYOA 5CMMA 4JWYA 2QS3A 4KYEA 5I56B 1N7WA 4FORA 2OCUA 5L9OA 1MRPA 1XHYA 1A55A 2G93A 2XD2A 3KN7A 3KJTA 3UORA 2I4BA 1VE4A 4O3AA 1VFDA 2Z22A 3T9VA 1O63A 1IXIA 3PUVE 4DXBA 2VP1A 2AL4A 3H6TA 2NVUB 5JTYA 1XC1A 1S50A 3AXFA 4F39A 3IOVA 4OESA 1US4A 3TCHA 3VDFA 3TTLA 5AE4A 4GXAA 4ESWA 4YICA 1UTBB 4F19A 4ESXA 2DSFA 4NF4A 3MBPA 2O69A 3PV0E 1D4NA 1URGA 4GXSB 2YLNA 4R73A 1QW0A 3U92A 3QUFA 2I49A 2QMXA 3IO6A 1N3WA 3H7MA 3MVYA 5DVJA 2E0SA 1N04A 3IX1A 3T66A 3MWBA 3FXRA 3ZKLA 1GR2A 5JTYB 4F3GA 1BP5A 1LCTA 1YAEA 4YU0A 3S4UA 3G7WA 4LQ2A 3DM0A 1BTJA 2A5SA 3RGYA 2RCBA 4NF4B 1Z7ME 2H4IA 2Y7RA 1UTHA 4DLDA 2RF1A 5ITPA 4PFTA 1YTVA 5EHSA 2ESNA 1FQAA 1JEVA 1LAXA 2F7CA 2W7YA 3SKPA 4XKNA 2RINA 1YPNA 2GH9A 2M8CA 4F3PA 2X7PA 5FTHA 4NTLA 2ZYNA 2ZNSA 3E13X 3U72A 3SEXA 1MH3A 3O66A 1B4HA 4OFLA 2NWJA 1FQDA 4ELRA 1NL5A 4QRZA 1ELJA 4X1BA 2Q9TA 4IO2A 1PB9A 2V3TA 3GBAA 1MY2A 1MPBA 1UTHB 4EXKA 1FQEA 1I69A 1MXUA 2CZLA 1DMBA 3OEKA 1A8EA 1M5DA 1SW1A 2DVZA 4IO6A 3MVZA 2FYIA 3EHUA 3MZBA 3FXUA 4NF8A 2I0CA 1B1HA 3CG3A 3PPOA 2OK2A 3LUYA 5LOMA 4OWDA 1BLFA 1POY1 3MW0A 3KOTA 5I58A 1JEUA 4LZ8A 4X48A 4OEVA 1UIVA 3Q28A 3QYTA 2H25A 1PBPA 1FQBA 1EH3A 3FD3A 3KFMA 5KCJB 3N26A 5CC2A 1NFTA 4UACA 2UXAA 4G2ZA 3OSRA 1NNKA 5DEXA 4JBZA 3IOUA 5I84A 4F18A 1ZJLA 1TFAA 1SVXB 1B1XA 3HHFA 4YKJA 2F36A 4ZEBA 1SYIA 4NF5A 3MUQA 5KZTA 3V83A 4TLMB 5I58B 4U4XA 3TZAA 5IAIA 3HCQA 4G4PA 1NH7A 1IXGA 1FTKA 3OOAA 4IB2A 5DEXB 5IKBA 4H67A 5ICTA 1IXHA 2P1SA 2I4CA 4RA1A 2XHDA 2Z8EA 3PUYE 2O51A 3TCFA 1DTZA 1IITA 2O84X 4OQOA 4NF5B 4RYAA 4BDNA 4LZ5A 3MPLA 2HZKA 3K6XA 1R6ZA 3MP6A 2QS1A 3PUZE 3HHGA 3DP6A 5ISUA 2DP8A 1EZPA 2E1SA 2F97A 5KDTA 2XXHA 3IB0A 3QK6A 1Z7NE 5DT6A 4WKMA 5I2KA 2O1LA 2DE4A 2OWTA 1Q1KA 3K00A 3VVEA 5JEIA 4NMYA 4Z0IA 5FHMA 3M3LA 2QS4A 3G3IA 1ATGA 4R6KA 4EF2A 4YKPA 4WXJA 3I5OA 1HSLA 1S7YA 3VLUA 1LCFA 5AA4A 2HQ0A 2VD2A 3E4RA 3LSFB 1SW4A 4XKPA 1P1WA 2Q88A 2YPNA 5CMKA 5B7DA 3I3VA 4FEBA 4F1YA 3K6VA 4DIGA 3WAEA 1M5EA 2PT2A 3SESA 1B7UA 1JVXA 1P99A 4LQ5A 2Q8JA 4GQOA 1USYE 4P0IA 3FVGA 3N6TA 1SQYA 5I2KB 3DLNA 3CSGA 3O6HA 4NWDA 1P1NA 4DCXA 2Y7KA 1OQGA 3IR1A 2B3FA 3IORA 3CI8A 1I6BA 3DP8A 3LSLA 5FHOA 2F6GA 5AA4B 2REJA 5CMCA 2XX8A 1SYHA 2HXWA 4ZEDA 3F11A 1M5CA 1SI1A 2ZYOA 4XXUA 5I57A 3M3KA 1PBQA 1B5JA 3S9LC 2F8DA 4GWOA 4LVQA 4C1UA 2XX9A 4EDPA 3BKIB 3MC2A 3PMVA 2PBWA 4KHZE 4EQ9A 4GLIA 4U2RA 2V3QA 1VSOA 5M2VA 3K1MA 4IO7A 4KI0E 4K3FA 5CBSA 4WEDA 4F29A 1MDQA 3IJXB 2O7IA 1J1NA 1B58A 1B5HA 1HSEA 4KD5A 4U1ZA 3FZVA 1ZBMA 4IO5A 2QMWA 4R2FA 1NNTA 3CG1A 3K01A 3EPEA 5I57B 3Q26A 4F3SA 4I1DA 5FTIA 3UA8A 2PVUA 3CFXA 1MG1A 2UVGA 1FTLA 3TPAA 1MM7A 2F5XA 1WVJA 2F34A 5H8QA 2XD3A 3MPKA 4QSCA 3R26A 3O97A 4BDOA 3PPQA 3K0VA 1MPDA 3L6HA 3RPWA 3TUSA 4H5GA 1UTBA 4ZECA 1MH4A 3E9XA 4FECA 1B51A 2ZNTA 2ONSA 4KCCA 1MY4A 3O2AA 2DE2A 4ECFA 2PX1A 2ZYKA 2F7BA 4R6HA 3LSXA 3OMBA 2QRYA 5AA2A 1FTOA 5H8QB 1MY3A 2Z8FA 4RPOA 1P1OA 1XVYA 3OSQA 1VFEA 2I0BA 2HEUA 4PQJA 4F1VA 3QUJA 3SEUA 1WODA 3H6WA 3MQ9A 3FIRA 1JQFA 1OVTA 4H65A 3A09A 3C33A 1PB7A 4ELOA 3G3KA 3VXCA 2AIXA 3H6VA 2I58A 4E0XA 1Q35A 5H8NA 2RCAA 4G77A 1Y3PA 5AA2B 3JZJA 3W9VA 1IIWA 2R9JA 5CI5A 1MQIA 4EUOA 3CIJA 2Q2AA 1QKAA 3K2DA 3T9HB 2RC8A 1A7LA 5DYHA 4JSDA 4G8HA 1NKXA 4F22A 5A5XB 4UA8A 3JYRA 2ABHA 1B3FA 4GVOA 2O1MA 1GVCA 1SW2A 3RY3A 3TTKA 4PE5B 4MFIA 3FASA 5H8NB 3SEVA 1QJMA 2Y84A 3IOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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