4IO3A

Crystal structure of the avglur1 ligand binding domain complex with aspartate at 1.66 angstrom resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
248
structure length
242
Chain Sequence
GSARLKGITLRIGVIESVPFTIVANVNTTKLTGYVLDLIEYLRDKMGFVADVQLAPPNTSYTGLVLALANGDYDIAIGDITVTSARREIVAFSNSISDNSMRILMRKGTLIDGMDDLKNGKIPYNRIGIRIGTAGEDYYLREISGGSRNFYPLKSRQEMYDSLLAGIIDVSFMDIGTAEYVTNNIYCNLTLVGEDFDKSTFGIVTPKEWLYAKDLDVNILSLRETGILDNLKKKWFQTKACP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Adineta vaga
molecule keywords AvGluR1 ligand binding domain
total genus 74
structure length 242
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io3A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io3A02
1PBQA 3IB0A 3PPPA 4QFPA 4DCXA 2ONKE 2V3UA 4IGRA 1P1WA 2I0BA 3KJ7A 2V3TA 4EDPA 1LAXA 1QVSA 1ZKBA 1B3HA 2XXWA 1D9YA 2HFBA 1UTBA 1ZMGA 1N7WA 4MFIA 3MZBA 3MP1A 4GL0A 3W9VA 1AH5A 2OBGA 4KFQA 4X1DA 5H8QB 3QUFA 1MQJA 3TCGA 4YZZA 4X1BA 1FQEA 1R9QA 3FJGA 3RPWA 1LAHE 3U72A 4H67A 4R6YA 3EQ1A 3TTKA 3IOUA 3IOVA 1VSOA 2QMXA 1MXXA 1F9BA 4GWOA 4U4SA 3R7XA 2Z23A 2DE3A 3D4CA 3C31A 1MPCA 3N6TA 3WAFA 4EQ7A 3RLFE 4F3BA 1QUIA 3E3KA 3SEYA 4NF5A 1MS7A 1A55A 3T9HB 1VFDA 3MZ1A 4YU0A 4HW8A 1Y1MA 4FEBA 4NF6B 4KYEA 1MDP1 2H25A 3HSTA 3R26A 2UXAA 4DXUA 1B7HA 2F97A 3CI8A 3FJ7A 4LZ7A 3T9XB 1I6BA 4U22A 4YKKA 1VE4A 4GRKA 3OEMA 4DLDA 3K02A 1Y1ZA 1MY2A 5JEIA 4GIZA 1XOCA 1FTKA 1Y3NA 4MLVA 4ZDMA 1B5IA 3MVWA 4NWDA 3TFLA 5I57A 3T96B 3ZS6A 2UVHA 4BDNA 4ZE8A 3FASA 2OLBA 4PFWA 4EUOA 4U21A 3OD7A 4KYDA 1RKMA 3B6TA 4IO4A 4NMYA 4ND9A 5CM6A 1OVBA 4G68B 1MM6A 4KYSA 1N04A 2Q88A 1SVXB 3K6VA 1S50A 4R74A 1QW0A 5I2NB 1YTVA 3R6UA 4N07A 1UQWA 4ZZAA 3S9NC 1ZLQA 2Y7WA 2Z22A 4U23A 1P1QA 3H06B 1WVJA 4OFOA 3O28A 1SYHA 4KCDA 3VV5A 1MXYA 3OMBA 3M3FA 1OMPA 4OWDA 4IO5A 5I56A 3IJXB 5H8SA 2DE4A 5KDTA 3PD8A 5ITOA 1CB6A 5KCJB 3OO6A 2GHAA 3A3CA 5EHMA 1B9JA 4E0XA 4IO3A 1B3GA 2GRVA 3OXNA 1A8EA 1N84A 1MXUA 1JNFA 4GD5A 1CE2A 3TZAA 2RC9A 3MVXA 1Y3PA 1GVCA 2NXOA 4YMAA 5L9MA 3K0VA 1B0HA 2NOOA 4YAHX 4ZE9A 4NEDA 1EZ9A 4YB6A 2VOZA 2FYIA 4DXCA 1BLFA 4FEDA 1S9TA 4P0GA 4TQUQ 4YKJA 1LBCA 3AXFA 2ZNTA 3HHGA 1JVYA 4JDFA 4ZEKA 1IXIA 2H98A 5TPAB 2I49A 5FHMA 3K01A 3ECRA 4RA1A 5IAIA 2UVIA 3K00A 3TMGA 4KCCA 1YCJA 3CFZA 1B52A 4YB5A 4G77A 1I6QA 4KR5A 2I4BA 2G93A 3O9PA 2HEUA 3FV2A 3IB1A 1WDNA 3TQLA 1US4A 3L6GA 3QUJA 3N6UA 3FXQA 3HO7A 3Q29A 3SETA 1OLAA 1ZTYA 4O3BA 2I0CA 4HTGA 2F6GA 5AA1A 1EZOA 1OQGA 1GTKA 1FQFA 4IGTA 1URGA 3FVOA 3LSXA 1MQGA 4NF4B 3LSWA 2HAVA 2IEEA 3TEPA 2PT1A 4OXVA 3TDJA 4LQ2A 1EH3A 4MH5A 2G29A 1DSNA 4JB7A 4ZEIA 4H65A 1NMUA 2X7QA 3TTMA 1B7ZA 3RTFB 5H8FA 5IKBA 3Q28A 2DVZA 2V84A 3IAZA 3FIRA 1H44A 5L8DA 5AA3A 3CIJA 3VE1B 3EHUA 5CI5A 1ZJLA 1USYE 4R2FA 2NVUB 2I58A 4I1DA 3CG3A 4Q0CA 5JTYB 3VLVA 3OSQA 4F3GA 4KHZE 4N6PA 3I3VA 3TQWA 3OELA 4HS7A 3S4UA 3SERA 1LAFE 3U93A 4BDRA 1PB7A 2E0SA 3PMVA 2VD3A 4R9FA 5DEXA 2BJJX 4RXLA 4TOZA 1B4HA 5AA2D 4MBPA 3W9WA 2XX7A 4WEDA 2DYXA 1R6ZA 3FVNA 3TAJA 4WXJA 1LAGE 4QF9A 5F7VA 3HPIA 4ONYA 1XHYA 3PUWE 1SW5A 3BFTA 4R73A 2Q8JA 4FAJA 1Y4CA 1POTA 2PBWA 2PT2A 3U8QA 1UIUA 5AA2B 1ZU0A 1JVXA 1JEUA 3G3GA 5DVJA 4F1YA 1IXCA 3DP6A 4YB7A 3GXAA 1NH7A 2O1LA 2UYEA 2YPNA 4XTCQ 5I2KB 3ZSFA 3IOWA 4JWOA 4ZEFA 4F19A 1JEVA 1ATGA 1LFHA 3SEVA 1USYH 1MQIA 1B0LA 3VLUA 1UTHA 1FTJA 1IQ7A 1JQFA 2I4CA 2V93A 5DT6A 4F31B 3CR9A 3MWBA 3L6HA 2QPQA 5AA4A 4GL8A 3DLNA 5B70A 3H6WA 1LSTA 1YPNA 5H8HB 1HSLA 3G3IA 5A5XB 4BDQA 2HZLA 1YAEA 3E4RA 1URSA 1LB9A 5JK4A 4PP0A 3LSFB 5KCJA 1DTZA 3IJOB 2I3WA 1NNPA 5BUUA 5CBRA 4G8MA 1JW5A 5I59A 2F7BA 3TKDA 3H6UA 5TP9B 2QMWA 2ZYKA 4F22A 1NH8A 1SW4A 1TXFA 1SW2A 1SD3A 1EU8A 3JZJA 4LZ5A 4GXAA 1OVTA 4IY5A 1AIVA 2UVJA 4F3PA 3C36A 4RYAA 4F39A 1SYIA 2VHAA 4KPTA 4XKPA 3PMXA 1MY1A 5I84A 3SEXA 3FATA 2O1MA 1OIBA 3PD9A 1L5TA 2RCBA 2HZKA 1PDAA 4I8CA 5EYFA 3ODBA 4TLLB 1M5CA 5HPQA 2HCAA 3CFLA 5CMBA 1QUJA 3LR1A 1OLCA 2XXXA 4OTEA 2H4IA 3LBSA 2XXTA 5DTBA 1XC1A 3HN0A 3U94A 4EQ9A 1B3LA 1FTLA 3C9HA 1JW4A 2XXHA 4U1OA 2B3BA 4BDLA 4I62A 1Z7ME 3TCFA 3TTNA 1ANFA 4JWXA 3PUYE 3S2VA 5L9SA 3GLBA 2Q9TA 2O6AA 5EHSA 3T66A 1H43A 2F5XA 3PMWA 2A5SA 1VFEA 3IR1A 3H6TA 2VP1A 5DYHA 1KWHA 3O6GA 3H3GA 3UA8A 4HCYA 2QJEA 5AE4A 4GVOA 3UP9A 3OO7A 1PB8A 3Q25A 5TU0A 1IZ1A 2RF1A 4QHQA 1MH4A 4R9GA 4R6HA 1LBBA 3BKIB 1TFAA 3TODA 2YLNA 4MF3A 2XX9A 4IB2A 2D21A 3ILTB 3JV9A 2NUVA 3I5OA 4OMBA 3TTLA 5H8NB 1A40A 3RT8A 4DZ1A 3TELA 4IY6A 4LZ8A 1ZBMA 1Y3QA 4XKNA 1XT8A 4NF8B 2DWHA 4JBZA 4ELOA 3RN8A 3PUXE 4H0WA 3IOTA 5ELVA 3UORA 4Q5TA 3CSBA 2REGA 5HBCA 1B2HA 3N94A 3H4ZA 1Q1KA 4U4XA 4WKMA 1H45A 1FQCA 2F36A 3FUZA 3QIMA 3P7IA 5BWJA 4ZS9A 2P1SA 2XXRA 4RPNA 2ESNA 4JXIA 4YMBA 3HV1A 2A5TB 2ALUA 3VVEA 2R71A 2DOJA 3G3FA 4OFLA 3PUVE 1DOTA 3G7WA 3OO8A 4FE8A 2DE2A 1B1HA 3BBRA 2QSXA 3MW0A 5I58B 3W15C 3MVZA 3K6UA 4GLIA 4OERA 3U92A 1P99A 2LAOA 1LCFA 2FA7A 3GBAA 3HHFA 3ILUB 1QKBA 1QKAA 3O29A 4NE4A 5KZTA 4OESA 3DP4A 3GBBA 1D3KA 3SESA 2F8DA 3B6QA 3KG2A 5ITPA 1B05A 4ISUA 4EXLA 3KSJA 1IITA 4QSDA 4C0RA 4DXBA 2XHDA 3M8UA 4NF5B 4Z7EA 3EF7A 1SW1A 4LQ5A 3GZGA 4F2OA 4X48A 3MPLA 1FTMA 4G8NA 4GQOA 3A3UA 1T0KA 2F78A 3FZVA 4U1ZA 2XXUA 1MPDA 2ZYMA 3Q27A 3EN3A 1H76A 3E13X 4QSCA 5H8QA 3VFJA 4F18A 3WAEA 5I57B 4EF1A 3KGCA 5J1DA 1QUKA 2I48A 2AYSA 2XXYA 2Y7PA 5F1QA 2P0SA 4X9TA 1M5FA 1ELJA 3QYTA 5DVFA 1O63A 1IXGA 1URDA 1BTJA 4P11A 4EQBA 1LCTA 4THIA 2H99A 3H7MA 3KOSA 1SDXA 4EXKA 1RYXA 2ZMBA 2O69A 4C1TA 1QULA 2ONRA 1FW0A 1PBPA 4NF6A 2REJA 4OETA 4OZ9A 1MRPA 2R9JA 3TYHA 3FXRA 4ESWA 5I56B 1XS5A 5KDTB 4ZZEA 4R72A 2RINA 2GHBA 4I9DA 4G4PA 4PFUA 4ELRA 2R6GE 1M5BA 4F29A 4XKRA 4OFJA 4QFKA 1R1NA 3M3LA 3VVFA 4R6KA 1JETA 1S7YA 3FVGA 3RT6B 1MH3A 3FJMA 4PFYA 3DP8A 3IK6B 1AL3A 1B5JA 2XD2A 4G68A 1FTOA 1NNKA 3K2DA 1DPEA 5LOMA 1MQHA 1BP5A 5L9OA 1Y4TA 3D4GA 3SDFA 2Q89A 5CBSA 2UVGA 2XXVA 3MVYA 3K1NA 5I2NA 4POWA 2PX1A 2ZNUA 4H8IA 5CMCA 5FTHA 4OHNA 5FTIA 1TT1A 4C1UA 1UIVA 1POY1 4G2ZA 4QFLA 2B65A 1TFDA 4DCYA 2F34A 3M3KA 1JW1A 3G3HA 4O3AA 4QFNA 4UA8A 4PE5B 1XVYA 3IO6A 2QRYA 2Y7KA 2DQVA 4DDDA 3U1OA 4ZEBA 3MQ9A 4KI0E 3MUQA 2CMOA 2O7IA 1I69A 1LLSA 2Y84A 3DELB 2THIA 4OQOA 4OEUA 3VXBA 3B7DA 1MQDA 1US5A 4GF8A 2AL4A 5B7DA 3S9LC 2XXPA 3C34A 3G3JA 1BKAA 3PPQA 5CMMA 3I6VA 3MJNA 1PEBA 3S9MC 3FXUA 2A5TA 1N7XA 3MPKA 1LFGA 1NNTA 1MY4A 4L17A 3PGFA 1B6HA 2OCUA 5I58A 2AIXA 1GR2A 1R9LA 4Q8RA 5TPAA 1P1UA 4H5GA 3B6WA 3UN6A 5H8FB 2QS3A 4ECFA 5DVIA 4Z0IA 1J1NA 1FQAA 2I6EA 1RYOA 3C35A 1NL5A 3H6VA 3MC2A 5CRYA 4MLQA 1M5DA 4QSEA 3TTRA 1ZIUA 3A09A 4OEVA 3LUYA 2DWJA 3KJTA 4FJPA 2RC7A 3MAMA 3K6WA 3C4MA 1LFIA 1SI1A 1Q35A 4RPOA 1AOVA 3VVDA 1SQYA 3OOAA 1LB8A 1MXVA 1AMFA 1P1OA 2ONSA 3JYRA 5DEXB 1XVXA 2HXWA 3V5AA 4NF4A 4KD5A 4HCWA 3VXCA 2DP8A 1Z7NE 4UACA 4GFRA 3IX1A 4Q30B 2B3FA 5CC2A 5M2VA 4RNSA 2RKMA 3SEUA 2F6PA 3RQTA 1A7LA 4U2RA 2W7YA 1MY0A 3K4UA 4IO7A 2H9BA 1B7UA 4BLAA 3UK4A 3DM0A 5FHOA 2ZYNA 2D3IA 3IL1B 2O68A 3THIA 2F35A 3N26A 4R2BA 2UYFA 3VDFA 4DIGA 2ZNSA 1DPPA 2O7UA 4POXA 3QK6A 2X7PA 5JTYA 2OJTA 1Y9UA 3O6HA 1B58A 4LA9A 2DXRA 1MXWA 3MBPA 3CRBA 4FATA 2ZYOA 4XKQA 4P0IA 3T93B 2Y7RA 1TWYA 2ZXTA 2V3QA 4ESXA 4XIGQ 3N5LA 3VLWA 1UTHB 3KN7A 3RY3A 3BFUA 1FQBA 1DMBA 3O66A 1B40A 4F1UA 1NNFA 4F3SA 5AA4B 1HSJA 4M4GA 1GGGA 2O51A 2PVUA 3V89B 2Z8EA 3USDA 2Z8DA 4F1VA 4JSOA 1IXHA 3MZ9A 3T9UA 2F7CA 2H5YA 2DSFA 3FGSA 4YKIA 2O84X 3PPRA 1MDQA 3O2AA 4JSDA 4R75A 3ZKLA 1N3WA 5I59B 5AA2A 1OQHA 1NKXA 4YICA 3H03A 4M1VA 4ZEDA 1N76A 3S9EA 4OVJA 4RK2A 2ABHA 1O7TA 4LATA 1I6AA 5I2KA 1UTBB 2QL3A 3FV1A 4RK9A 4NWCA 2QS2A 2F7AA 2XD3A 1WODA 4FECA 2YJPA 4LUBA 1NFTA 1M5EA 2X26A 2RC8A 2HQ0A 1B4ZA 1IIWA 3MP6A 2OWTA 4ZECA 3E9XA 3V8XB 3V83A 3FD3A 1B5HA 4PQJA 4LP2B 4AB6A 2Y7IA 1B1XA 3OO9A 1P1NA 5H8HA 2ANJA 4E0WA 3HCQA 4LVQA 2VD2A 5A5XA 4IO6A 2NWJA 3F11A 5ICTA 2OZZA 4O3CA 1B3FA 3EPEA 3QAXA 3K1PA 3UIFA 5TP9A 1MM7A 2OK2A 3IO4A 4JWYA 4G68C 4F2QA 2CZLA 1N0TA 1QJMA 3K6XA 4QRZA 5K2YA 4FIMA 4H6DA 3IORA 1D9VA 2I3VA 4RJZA 3TUSA 4N13A 3CG1A 3TCHA 3K1MA 1FCKA 2OWSA 2PYYA 4GOTA 1D4NA 4FORA 1MG1A 1B3EA 4WEPA 2E1SA 4OYVA 5FHNA 4BDMA 1II5A 3C33A 3IB2A 1A8FA 1VR5A 3KOTA 3SKPA 4AB5A 2PMSA 4RY1A 3PUZE 2D5WA 2QS1A 3KEIA 5ISUA 1FQDA 4ELQA 2DWAA 3PU5A 2GH9A 3Q26A 1N3XA 3OENA 1IEJA 3KN3A 5HM4B 4NTLA 3LC8A 2DXYA 4GXSB 3SEWA 3TPAA 2DS9A 1DTGA 1IUDA 2XX8A 2HAUA 2Q2CA 2M8CA 4H8JA 2AL5A 2WKYA 5ICQA 3CFXA 4PFTA 2QS4A 1BIYA 4AQ4A 4K3FA 1O64A 1MY3A 2Q2AA 3C32A 1MPBA 4BDOA 2XXIA 2XXQA 4IO2A 3QSLA 3KBRA 2KLFA 3PPNA 3UGWA 5CMKA 2P2AA 3O6IA 4LONB 1LGBC 3KZGA 3O97A 2RCAA 1PB9A 1A99A 4KQPA 3RGYA 4YKPA 1HSEA 4DE8A 3RNNA 3T22A 1B32A 3KFMA 4XXUA 3LSLA 3OEKA 3ONMA 1EZPA 2FNCA 4H5FA 3EHSA 5H8NA 3RUMA 3QXMA 1A54A 3PPOA 1PC3A 3KN8A 2VGQA 1MXZA 3FVKA 2Z8FA 2DWIA 4PETA 1SI0A 4NF8A 3EHTA 4TLMB 1Y20A 3PV0E 4G8HA 3RTWB 2V25A 1B51A 5K2XA 3OSRA 2IA4A 1H3DA 2GFEA 3CSGA 4EF2A 3CVGA 3ZKKA 3MP8A 4OENA 3KSXA 3T9VA 4ELPA 2DVCA 1SBPA 4QFOA 1B46A 1GV8A 3G3KA 4H1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1TWYA 2ZXTA 2V3QA 4ESXA 4XIGQ 3N5LA 3VLWA 1UTHB 3KN7A 3RY3A 3BFUA 1FQBA 1DMBA 3O66A 1B40A 4F1UA 1NNFA 4F3SA 5AA4B 1HSJA 4M4GA 1GGGA 2O51A 2PVUA 3V89B 2Z8EA 3USDA 2Z8DA 4F1VA 4JSOA 1IXHA 3MZ9A 3T9UA 2F7CA 2H5YA 2DSFA 3FGSA 4YKIA 2O84X 3PPRA 1MDQA 3O2AA 4JSDA 4R75A 3ZKLA 1N3WA 5I59B 5AA2A 1OQHA 1NKXA 4YICA 3H03A 4M1VA 4ZEDA 1N76A 3S9EA 4OVJA 4RK2A 2ABHA 1O7TA 4LATA 1I6AA 5I2KA 1UTBB 2QL3A 3FV1A 4RK9A 4NWCA 2QS2A 2F7AA 2XD3A 1WODA 4FECA 2YJPA 4LUBA 1NFTA 1M5EA 2X26A 2RC8A 2HQ0A 1B4ZA 1IIWA 3MP6A 2OWTA 4ZECA 3E9XA 3V8XB 3V83A 3FD3A 1B5HA 4PQJA 4LP2B 4AB6A 2Y7IA 1B1XA 3OO9A 1P1NA 5H8HA 2ANJA 4E0WA 3HCQA 4LVQA 2VD2A 5A5XA 4IO6A 2NWJA 3F11A 5ICTA 2OZZA 4O3CA 1B3FA 3EPEA 3QAXA 3K1PA 3UIFA 5TP9A 1MM7A 2OK2A 3IO4A 4JWYA 4G68C 4F2QA 2CZLA 1N0TA 1QJMA 3K6XA 4QRZA 5K2YA 4FIMA 4H6DA 3IORA 1D9VA 2I3VA 4RJZA 3TUSA 4N13A 3CG1A 3TCHA 3K1MA 1FCKA 2OWSA 2PYYA 4GOTA 1D4NA 4FORA 1MG1A 1B3EA 4WEPA 2E1SA 4OYVA 5FHNA 4BDMA 1II5A 3C33A 3IB2A 1A8FA 1VR5A 3KOTA 3SKPA 4AB5A 2PMSA 4RY1A 3PUZE 2D5WA 2QS1A 3KEIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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