4IO5A

Crystal structure of the avglur1 ligand binding domain complex with alanine at 1.72 angstrom resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
248
structure length
242
Chain Sequence
GSARLKGITLRIGVIESVPFTIVANVNTTKLTGYVLDLIEYLRDKMGFVADVQLAPPNTSYTGLVLALANGDYDIAIGDITVTSARREIVAFSNSISDNSMRILMRKGTLIDGMDDLKNGKIPYNRIGIRIGTAGEDYYLREISGGSRNFYPLKSRQEMYDSLLAGIIDVSFMDIGTAEYVTNNIYCNLTLVGEDFDKSTFGIVTPKEWLYAKDLDVNILSLRETGILDNLKKKWFQTKACP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Adineta vaga
molecule keywords AvGluR1 ligand binding domain
total genus 75
structure length 242
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4io5A02
2XXVA 4ELQA 5BWJA 1S7YA 5H8NA 1HSJA 1UTHB 3FVNA 5F7VA 1B3HA 3UORA 2REJA 4R6YA 5ICQA 2ESNA 5CMBA 2Z8FA 3CR9A 5EHSA 4PFWA 4F3SA 3PUWE 4U22A 1Y4TA 2E1SA 5KDTB 3IB2A 5TP9B 3LSFB 5CBSA 2XXXA 1B52A 1ZBMA 4ZDMA 2P1SA 1MG1A 1B2HA 3HHFA 3RGYA 3KZGA 1I6AA 3WAEA 2O51A 1UQWA 1B32A 2OJTA 4OZ9A 3FVGA 1N0TA 1Z7NE 3HPIA 1OIBA 4XIGQ 1QKAA 3CFZA 2UVGA 4R6HA 3PPOA 2ZYKA 1A7LA 1S9TA 5DVJA 3FJ7A 1O7TA 3PUVE 3EQ1A 4L17A 2PYYA 5A5XA 4XKNA 4IY6A 2Q9TA 2M8CA 1IEJA 4KYDA 1N7WA 1QW0A 3PV0E 3A3CA 4F2OA 2ALUA 3VDFA 4G68B 2Y84A 1SI0A 2GH9A 3THIA 3S9MC 1B1XA 5LOMA 5HPQA 3IL1B 2ZYOA 2ONRA 4OHNA 4LATA 4RXLA 1SVXB 2DSFA 4C1TA 1FW0A 4YMBA 4EQ9A 2I48A 2H99A 4K3FA 3TCFA 4OWDA 2V84A 1MXWA 3IOTA 3CIJA 2Q2CA 4FECA 4AB6A 1FQEA 3G3KA 3T9HB 1VE4A 4C0RA 2I0BA 1US4A 3MVXA 2G29A 4EXKA 3TKDA 5I2KB 4BDRA 4LZ5A 3RY3A 2OCUA 4RJZA 3GLBA 4H1XA 2O1MA 1ATGA 5I2NB 3MAMA 3LSWA 3U94A 2VD3A 3H03A 3OD7A 4OETA 4ELOA 1BLFA 2DXYA 4ESXA 1PB7A 3UGWA 2F35A 4IY5A 2HAVA 1MQDA 5AA2B 1JVYA 1MM7A 3EHSA 3C31A 5TU0A 4FORA 2QMXA 3OO8A 4R73A 3TYHA 3U8QA 2XXHA 3LUYA 3G3IA 4ND9A 3MUQA 3KFMA 3DP6A 1I6BA 2F7BA 3LR1A 4H65A 4FEDA 1LAXA 3H6WA 3IORA 5FTHA 3TCGA 2WKYA 5F1QA 2ZMBA 5ISUA 4E0XA 2PT1A 1OVTA 2I49A 4XKQA 1S50A 4GLIA 3O2AA 3Q27A 3VFJA 1FTMA 5AA4A 3IJOB 2OWSA 3LC8A 2X7QA 2OBGA 3DM0A 4OVJA 4G77A 1QUIA 5CBRA 3FD3A 4H67A 1XOCA 2XX7A 3PMXA 1PDAA 5CI5A 4IGRA 1AMFA 4P0IA 3QYTA 2Y7RA 3HO7A 3H6VA 3MZ9A 4RA1A 5JK4A 5L8DA 1MRPA 4NF6B 2XXIA 2W7YA 5CMCA 3K6XA 4BDNA 2XXPA 1TFAA 4DZ1A 3K1MA 3VXCA 1CE2A 3E9XA 3O29A 1EZOA 3K1PA 1QUKA 4KD5A 3ECRA 2Y7WA 4Z7EA 3ZKLA 1B7HA 1SDXA 3SEXA 3ILTB 1SQYA 4LUBA 4YB7A 3IOWA 2RC7A 1EZPA 2ZYNA 3TTNA 3T93B 3JV9A 1P1OA 1FQFA 4DXCA 3Q25A 1JEVA 1PB8A 3C35A 4X1BA 2Z8EA 4I1DA 1VFDA 2DXRA 1IITA 2DWIA 4LZ8A 4EXLA 4F1YA 2I4BA 3SKPA 4AB5A 3S9EA 2I58A 4ZZEA 3HSTA 2V3UA 2XXUA 4IO2A 4R9GA 1PB9A 3ODBA 1JW5A 4ZE8A 2Z8DA 4NF4B 3UP9A 4KQPA 5AA1A 5HBCA 3K6UA 3O6HA 1RYOA 4WEDA 4BDMA 3BFUA 1N3WA 4IB2A 1Y3NA 4UA8A 4R6KA 4OERA 1IXCA 1USYE 3LSLA 2Q88A 4OYVA 4Q0CA 5L9SA 4R2FA 1YTVA 3RNNA 3FASA 3SETA 3SEUA 4YMAA 3IO4A 3RN8A 3S9LC 1QKBA 3O6IA 1YPNA 4WKMA 2E0SA 3L6HA 3KEIA 5I2KA 3D4GA 3MZ1A 4JSDA 1B40A 4QSCA 4N6PA 1URDA 3QAXA 2RC9A 2RF1A 4RNSA 4F2QA 1YCJA 3PPPA 4GIZA 4WEPA 3T9VA 1B7UA 2B65A 5I59B 3MPKA 4WXJA 2CMOA 1FQCA 3FGSA 5DYHA 1DPPA 4ZEFA 3RTWB 1FCKA 5H8FB 3U1OA 4UACA 3V89B 4F3BA 5AA2A 3K1NA 1LB9A 2V25A 1I69A 2Y7KA 3DLNA 2A5TB 4PQJA 5J1DA 1XVYA 3LSXA 1Y3QA 1UTBA 1Q1KA 2F6GA 1HSEA 1BIYA 1N3XA 2FYIA 1LCFA 3CSGA 4YKJA 1FTOA 2ZXTA 3OMBA 1FTLA 1JW1A 4BDLA 4R75A 4PFYA 2H4IA 3HN0A 5JTYA 3ZSFA 3H7MA 4YZZA 1JEUA 1OMPA 1SW5A 1MPDA 3G7WA 2QJEA 4OXVA 4G8MA 1UIUA 2HCAA 3MP1A 3W9WA 5DEXA 1MY3A 3GBAA 4GXSB 2HZKA 2D21A 3N6UA 4NWDA 5I58B 3DELB 4HW8A 4JWYA 3MQ9A 1B5HA 3TCHA 3PUXE 3O66A 3Q29A 3QK6A 4HS7A 1DMBA 2XX8A 4RK2A 4KCCA 1SW4A 3OO9A 4NF8B 1H76A 2R9JA 1P1UA 2YJPA 1D9VA 3JYRA 4NF5B 4DCYA 5H8QB 3RUMA 3L6GA 4YB5A 4NTLA 4KCDA 1B4ZA 2AL5A 4RY1A 4OFJA 4GOTA 5CC2A 4ZEBA 2IA4A 2F5XA 2QS1A 4LONB 3TZAA 3N26A 3USDA 1B0HA 3PMVA 4U1OA 1EH3A 3OEMA 2VD2A 2THIA 2UXAA 5I56B 3PPNA 2XXYA 1VR5A 3N6TA 4X48A 4MBPA 3MJNA 2DWHA 3FJGA 4MLVA 1DOTA 1ANFA 1SYHA 3UK4A 4MF3A 1JW4A 4GVOA 2DYXA 3IJXB 5K2XA 3VVEA 4IGTA 3IR1A 2XD2A 4R74A 3TTLA 3K0VA 1ZMGA 5EYFA 3PPQA 4GFRA 4Q8RA 2G93A 3VV5A 3G3HA 1A8EA 1LFIA 4HCYA 5KZTA 3FZVA 4DXBA 2UYFA 4QF9A 3SESA 5H8HB 3KSJA 3TFLA 1FQDA 1LFGA 4KI0E 4F18A 4GL8A 3O9PA 3IK6B 3BFTA 1M5EA 1LAHE 4FIMA 3SERA 1NNPA 4JSOA 4QSEA 4F22A 3BKIB 5JEIA 3EHTA 3K00A 4F3PA 1FQAA 5I57A 3QUJA 3Q28A 3JZJA 1GV8A 3MVZA 3TPAA 3OELA 4MLQA 2DS9A 4H5FA 4DLDA 3B6TA 3PU5A 4ELRA 1DPEA 5KCJA 1IXIA 1MY4A 4ZE9A 1LCTA 3VE1B 5DTBA 3H6TA 3OXNA 5L9OA 1N84A 1YAEA 3TEPA 4FE8A 4GF8A 5FHOA 1SI1A 1MXYA 1Q35A 1POTA 3IB0A 5H8FA 1URGA 3LBSA 1PEBA 4F1UA 3W9VA 1LGBC 3ZS6A 4BDOA 2F6PA 3OEKA 2CZLA 2ANJA 4DCXA 4OEVA 2XD3A 4Q5TA 5TPAA 1IZ1A 1IUDA 1B46A 2A5TA 2DQVA 4R9FA 2ONKE 2HAUA 5L9MA 2QPQA 3GXAA 2Y7PA 4X9TA 4QFKA 4YKPA 1OLAA 3M3FA 4FEBA 4YKIA 4IO6A 3HCQA 3QIMA 3MVYA 4LVQA 1NH8A 3VVDA 2PT2A 2B3BA 1SD3A 1QULA 1LBCA 1UTHA 1ZKBA 2QS3A 1T0KA 4ECFA 2X26A 3KJ7A 1MQHA 3C9HA 2RCBA 4XKPA 2LAOA 2Y7IA 4KHZE 4G8HA 2REGA 3T96B 1WODA 3B6WA 4GWOA 4FATA 5KDTA 1NFTA 1A40A 5TP9A 1B7ZA 3DP4A 1Y9UA 4NEDA 3MW0A 3N94A 4U21A 3FV1A 3QXMA 3KG2A 2I3VA 3G3GA 1KWHA 3C36A 3KOSA 1ZLQA 4QFPA 3MBPA 2OWTA 2PBWA 1NNKA 3HHGA 4TLLB 4QFLA 5IAIA 1JNFA 1J1NA 1MXXA 4OEUA 1BP5A 2VOZA 3TAJA 4N07A 1IQ7A 4KR5A 3GBBA 4PFUA 1XC1A 2Q2AA 5H8SA 1M5DA 1MH3A 1OVBA 3FVOA 2HZLA 1B3FA 3OO6A 1MS7A 1II5A 5DT6A 4G68A 4ELPA 1I6QA 5B7DA 4RPOA 3TTRA 1OQHA 1EZ9A 2DVCA 3ILUB 3RLFE 3QSLA 3G3FA 3TDJA 1B5IA 3A3UA 1B3EA 3V83A 3WAFA 4JDFA 2ZNSA 3ZKKA 4H8IA 3FXUA 2DWAA 1IXHA 1B9JA 1D4NA 2F97A 2GHBA 1QJMA 5AA2D 3W15C 2F36A 1LFHA 3T9UA 2XXWA 1SBPA 5AE4A 5I84A 4XTCQ 1XVXA 3M3LA 4JBZA 3OENA 2UVHA 3KN7A 3C33A 1A55A 1MQJA 2GRVA 2XXQA 5FTIA 4MH5A 3PD9A 4O3AA 5ELVA 5I2NA 4NMYA 2NWJA 1R1NA 1XT8A 4KFQA 1OLCA 4H5GA 1A8FA 3K01A 1JETA 4IO3A 3KOTA 1H3DA 2XXTA 1Y4CA 3SEYA 1M5CA 4QRZA 3B7DA 3FXRA 1DTZA 4G68C 1MXUA 1EU8A 3U92A 3H3GA 3MZBA 2HXWA 1O64A 2Q89A 4XXUA 4YKKA 1NH7A 1MDQA 1ELJA 1R6ZA 3PMWA 4LQ2A 3MPLA 4NE4A 1O63A 1POY1 2DVZA 3N5LA 4I8CA 3CFLA 3FJMA 4EDPA 4ESWA 1US5A 1B5JA 2H5YA 3OO7A 1ZIUA 3PPRA 5AA4B 4GD5A 2KLFA 2GFEA 5ITOA 1NNTA 3U72A 4ZZAA 1R9QA 1GR2A 1D3KA 1TXFA 3O97A 1NMUA 3VXBA 3H6UA 3E13X 4OENA 1PBPA 3EN3A 1B6HA 2RCAA 4XKRA 4EF1A 4U2RA 5FHNA 3K2DA 2AYSA 3VLUA 3I5OA 1QVSA 1Y3PA 3T22A 4ISUA 5DVFA 2HEUA 2UVJA 3ONMA 1JVXA 4U1ZA 4NF6A 4JB7A 4RK9A 1MY0A 5K2YA 2ZNTA 1TFDA 4ZS9A 1LAGE 3TTKA 1R9LA 3MP6A 2R6GE 4X1DA 2O6AA 1Y20A 3TQWA 4N13A 1MY1A 2FA7A 3S9NC 1FTJA 3UN6A 1B51A 5BUUA 4KYEA 1LLSA 3SDFA 2O68A 3FVKA 5IKBA 1RKMA 4AQ4A 4G4PA 4YU0A 4GQOA 4I9DA 2I4CA 3K4UA 4OQOA 2O1LA 1MPCA 2I0CA 3IOVA 2VHAA 1LSTA 1SW2A 3VLVA 1LB8A 2XX9A 4RYAA 3FATA 3H4ZA 3IO6A 3KGCA 4HTGA 4O3BA 4OESA 1GVCA 5ICTA 4YB6A 3P7IA 2XHDA 2QS2A 4U4SA 3DP8A 5FHMA 2F7AA 2B3FA 3V5AA 2DE2A 3Q26A 1P1QA 1WVJA 3M8UA 1GGGA 4G2ZA 4M1VA 4EQBA 2O7UA 3T9XB 4IO5A 4PE5B 5AA3A 4NF4A 4OFLA 3RTFB 1ZJLA 3R7XA 4EQ7A 2D5WA 4GXAA 2F8DA 2QMWA 3IOUA 4LP2B 2P0SA 3FIRA 1FQBA 3CG3A 4TOZA 2D3IA 1LBBA 1XS5A 3H06B 1XHYA 3TMGA 4P0GA 1PC3A 3CVGA 1NNFA 4F3GA 2VGQA 1UIVA 4QHQA 3FXQA 3TODA 3RT8A 3T66A 2OK2A 1M5FA 3O6GA 3EHUA 3E3KA 4POXA 4R72A 2RC8A 1MQGA 4KPTA 3C34A 3R6UA 1N04A 5B70A 4DIGA 1B3LA 5CRYA 4KYSA 1FTKA 2V3QA 3K6WA 5HM4B 2NUVA 5I59A 2DP8A 4QFOA 4O3CA 4BDQA 3IX1A 2ZYMA 3RPWA 2VP1A 4F31B 3B6QA 3TQLA 4C1UA 1USYH 2O84X 2F34A 3S2VA 1NKXA 2DE4A 2O69A 4ONYA 1OQGA 2DE3A 1UTBB 4F39A 4DE8A 1H43A 1BKAA 4POWA 4QFNA 4IO4A 2RKMA 5DVIA 4I62A 3PD8A 3RT6B 1VFEA 4JWXA 1Y1ZA 1MY2A 1MQIA 1B3GA 1RYXA 1A99A 5JTYB 5CM6A 3AXFA 2PX1A 5H8NB 2PMSA 2DOJA 3TTMA 4BLAA 5CMKA 1MM6A 4ZEDA 1MH4A 4GRKA 4DXUA 1D9YA 5DEXB 4PP0A 4F29A 3S4UA 4R2BA 4YAHX 2A5SA 4THIA 3TUSA 3O28A 3KJTA 2QRYA 2QSXA 3MVWA 2H9BA 1IIWA 2HFBA 1B05A 2ONSA 2YLNA 3GZGA 2BJJX 3K02A 4MFIA 4F1VA 2QL3A 5I58A 1H45A 4PFTA 1ZTYA 3HV1A 3C32A 1MXZA 3FUZA 1N7XA 3PGFA 1URSA 4FAJA 3OSQA 4NF8A 1B1HA 2F7CA 2DWJA 4DDDA 4ZEKA 5EHMA 2QS4A 3FV2A 2P2AA 3MWBA 4NF5A 2V3TA 5H8QA 4JXIA 3VVFA 5A5XB 4M4GA 4RPNA 4LA9A 1WDNA 1P99A 1SW1A 1CB6A 1AOVA 4QSDA 1LAFE 4ZECA 1DSNA 2RINA 5I56A 2X7PA 3KBRA 3G3JA 4GL0A 4OMBA 3UA8A 3A09A 3PUZE 3KN3A 1Z7ME 2Q8JA 4IO7A 2NVUB 3I3VA 1A54A 2ZNUA 1TWYA 3KN8A 3BBRA 2PVUA 3TELA 1GTKA 2YPNA 2H98A 3IB1A 3C4MA 1NL5A 4FJPA 2NXOA 3R26A 4P11A 3KSXA 4LQ5A 2GHAA 3K6VA 1MDP1 4H0WA 2H25A 1VSOA 3D4CA 3MC2A 5H8HA 1H44A 3QUFA 3CFXA 1L5TA 1P1WA 4OFOA 2AL4A 4U23A 1QUJA 2HQ0A 5ITPA 3PUYE 1B0LA 5I57B 3OOAA 1ZU0A 4LZ7A 3UIFA 3SEVA 4H8JA 1SYIA 1IXGA 1JQFA 3RQTA 5KCJB 4NWCA 2XXRA 2V93A 4Z0IA 2UVIA 3EF7A 4OTEA 5M2VA 3I6VA 2NOOA 2OZZA 3F11A 4TQUQ 3V8XB 4F19A 1AL3A 2O7IA 1N76A 2OLBA 4Q30B 3CI8A 2AIXA 3EPEA 4G8NA 1AH5A 3VLWA 3CSBA 3CG1A 1Y1MA 2F78A 1P1NA 1PBQA 1M5BA 3E4RA 2Z22A 1F9BA 3IAZA 4U4XA 5TPAB 4ZEIA 3OSRA 1HSLA 4PETA 4TLMB 1MPBA 2UYEA 4HCWA 1TT1A 3MP8A 2IEEA 1B4HA 2Z23A 1DTGA 3SEWA 3M3KA 3U93A 4EUOA 4YICA 5CMMA 1MXVA 1BTJA 4E0WA 4JWOA 2I3WA 4H6DA 3CRBA 2I6EA 4EF2A 2FNCA 2R71A 1AIVA 2ABHA 1B58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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