4IOAL

Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/ribosome inhibitor
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb
total genus 16
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ioaL01
3CCRN 1VQ7N 1VQ5N 1VQON 5GAHP 1YJNN 2ZJRL 3CD6N 3G4SN 4IO9L 1VQKN 1KD1O 3CCSN 3CCMN 3J7ZO 3I56N 1YJ9N 3I55N 1YITN 5JVGL 1Q81O 1VQ4N 5DM6L 4WFBL 1Q82O 3CPWM 1YI2N 1Q7YO 3CCJN 4IOCL 4WCEL 3CCUN 3CC7N 3DLLL 5MLCQ 1K8AO 1JJ2M 3CCEN 3OW2M 1Q86O 2QA4N 3G71N 1M1KO 2ZJQL 5HL7L 3PIPL 5GADP 3CCQN 5GAEP 1VQNN 1VQPN 3G6EN 1KQSM 3CXCM 4WF9L 3CC4N 3CCLN 4U67L 1M90O 3CMEN 5DM7L 4UY8O 2ZJPL 1NJIO 1ILYA 1N8RO 1QVGM 5H1SQ 4WFAL 1K73O 3CC2N 3CMAN 1S72N 1VQMN 2OTLN 1QVFM 4WFNL 1YHQN 1YJWN 3PIOL 1VQ8N 2OTJN 3CF5L 4IOAL 1KC8O 1VQLN 1VQ9N 1K9MO 1W2BM 3CCVN 5GAGP 5JVHL 1VQ6N 2QEXN 1OVYA 1YIJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ7N 5HP1A 1YJNN 3KTQA 1WAFA 2FSNA 1UWBA 1TAQA 1NBWA 3I56N 3K5LA 4DV7K 4M3XA 4CF2A 1QZ5A 4CBWA 3K59A 3O08A 4GVEA 4BC3A 4OLAA 3TAGA 4DQ8A 3DLBA 4I2PA 1L3UA 2WOMA 3R6MA 3VN5A 1RT5A 4EHUA 1KTQA 4WCEL 4DR5K 2X6NA 1QZ6A 2HBJA 5AQMA 4BE2A 4BRAA 5T7BA 1JLAA 1U47A 3QO9A 3SJHA 3SAHA 1NGHA 5E84A 3CIPA 3K5OA 3C7NB 5HL7L 1ASUA 4CJ5A 3PIPL 3SQ0A 3ZSWA 1IKXA 3DRSA 4BRDA 4DR2K 4FLZA 3RSEA 3QNOA 4DSKA 1T03A 3WXKA 4AM6A 5HROA 4KFBA 3H1VX 1I39A 3CMEN 5M1OA 4R79A 5LMNK 4FJGA 3DLKA 4CEZA 4BQLA 2V51B 2HHWA 1U48A 5AQKA 2V7YA 4CZHA 3QEXA 1SZ2A 3GBTA 5IWAK 1GOCA 1RT7A 2DFEA 2OPRA 4NCBA 3CC2N 4OKJA 3TI0A 4H5TA 4ISEA 5EU7A 2KHOA 1YAGA 1RDCA 3VQDA 4KHSA 1XI1A 2P51A 2VCPA 4H0YB 2WBNA 3VQPA 3U4LA 4CJFA 3V4IA 2YHYA 3CPEA 2E4LA 4BC5A 1KLNA 1RBRA 3AA5X 1K8KA 4YNQA 5JVHL 1T05A 4PUOA 4M3ZA 4DQPA 2HNYA 4CF0A 4AHSA 2P5GA 3SBTA 3NCIA 2ZJRL 4G9ZA 1KFDA 2Q0RA 3IRXA 4CZKA 5ADXH 3CCMN 3A0IX 4CF9A 3KD1E 4XH4A 3NFAA 3MX5A 1HNZK 3SZ2A 1FJGK 1IKYA 1MWMA 1Q81O 5C2FA 4FJKA 3OYLA 2WTUA 3KK7A 4CF8A 4DU3A 4HWIA 3HL8A 3V81A 4HHTA 1JLGA 4DG1A 3BP8A 3G25A 3CCJN 2PYLA 3LALA 4FJJA 2IC3A 5FPDA 4BR2A 4FJXA 4N76A 1XUPO 1TVRA 1NGBA 4YDUA 4FWSA 1DGKN 3A5LC 4B3MK 4JNEA 3WT0A 3AO4A 3O3FA 4F9OA 2YHWA 5KRSA 3QERA 3IFRA 3DAWA 1S1UA 5J2QA 1K8KB 3LAMA 1LV5A 4N56A 1NKBA 3DI6A 3AY9A 3BF1A 5ELZA 3O4QA 4NYNA 3CC4N 1W0HA 3VEOA 1N32K 1HNWK 2XO7A 3OYNA 5FROA 3OYIA 5C2DA 4CGDA 4MO5A 1NGEA 3QEPA 4JHDA 4K8XA 4IFVA 2D0CA 1HKCA 3MN9A 3BUZB 1JLBA 3K57A 3OYFA 1HNVA 2WFBA 3ZX3A 2BUPA 4FJ9A 4DWIA 3VQ4A 3AVJA 5KQDA 3HBTA 4F4KA 3V1OA 3HYFA 2YI1A 4AHTA 2GX9A 1RT2A 3PIOL 4LSLA 3CM5A 1QSSA 3JXUA 2OTJN 5GIOA 4H4OA 4NXMK 1NGJA 4XH5A 2W42A 3U9ZA 1TL1A 4PKGA 1WBDA 1RTDA 3L2VA 3LDPA 4W5NA 4CW7B 4IDKA 2P9PA 1NGDA 3FE1A 5AQRA 3RRGA 4PKIA 3T19A 4KTWA 1KRPA 2OANA 2IAJA 2RPIA 2HHVA 1S3XA 4I2QA 3IUCA 1WOQA 3FZHA 4FJ8A 2P9LA 2JGUA 4CZIA 3QBWA 4HUEA 3O1BA 2YNGA 3CFPA 3BDPA 3VMFB 4CD3A 3SUPA 1BA1A 4O4GA 1ZYQA 2HMIA 1RGIA 3VENA 3KLFA 4AH9A 2NLXA 4MDAA 2QKBA 2DPNA 3AA2A 4DU1A 5HRRA 1NJXA 4DKWA 1OH5A 3QLHA 1JLQA 1EQYA 3OW2M 1T3VA 4OPJA 3PV8A 3L6QA 2Q2RA 3ITHA 1BUPA 1JKHA 1I3AA 4YOTA 1XC3A 1P8ZA 4KHUA 1KSPA 2PFUA 3FLCO 3VQ9A 2WC9A 1HR0K 1RDBA 3CQXA 3MXIA 4BY9C 1T44A 2BE2A 4B1UB 3LDSA 5AQOA 1VK0A 1X9MA 2KZZA 3NGYA 4JD2A 1C0FA 2P9LB 4B3RK 1CZBA 1CZ9A 3SCXA 5CZ1A 4H5RA 3DXKB 1KVCA 3RMAA 4EZ9A 4WQ5A 4PQUA 4DQIA 3OYAA 1WN7A 3J7YP 3TU5A 4MO4A 4O0IA 4C8LA 2NRHA 2P9UB 5C42A 3THVA 3HT3A 3O80A 5BR9A 1OH7A 1B9FA 4JKCA 4EAHD 5AJ3K 3D0PA 2ZGYA 2IIRA 4DSIA 3VERA 4MLEA 1GLAG 1VSIA 2GELA 3CCRN 3U6FA 1ITGA 3G4SN 4DCHA 1SL2A 3CI5A 1EKEA 1WSEA 3EKSA 1GLJO 2OPSA 1FW6A 5BRDA 5JVGL 4J2DA 4FJMA 3MN5A 1C6VA 1QSLA 1RFQA 5AQLA 1TGOA 1SAZA 3EO3A 5IT9O 4CHPA 5EX5A 2QWNA 5AQTA 3ID8A 5M1KA 5JS1A 2KZMA 4JRQA 3N4PA 1WBBA 1IKWA 4IOCL 5EXWA 1XHZA 3QB0A 1E4GT 4ID1A 3WNGA 3VF4A 2B5JA 1H1VA 3LWMA 1KAYA 1JJ2M 1A5XA 2YJFA 1IG8A 1WNSA 3A8YA 5DMRA 5F0XA 3TANA 4LD0A 3D2EA 4BC4A 4FLVA 1YTUA 3FZLA 3EL2A 1E3MA 3O9TA 3KK3A 3DXMA 4W5TA 4CIFA 2E2QA 3BZKA 5E41A 3ALYA 4FWLA 2VG5A 1TYQA 2DFHA 2ZQBA 1T7PA 1GLBG 4E7IA 3LM9A 4FLWA 3M6GA 4BRFA 4CJRA 3EZ5A 3K5NA 3NHGA 1IKVA 3MEEA 4ILJA 2G8UA 4JAXA 1WSGA 2P9KA 3E66A 1GLLO 1VSKA 2ZF5O 1N8RO 4BVOA 3SAFA 2O8DA 1OVQA 4WFAL 4GV6A 3AVLA 1HKBA 4JS5A 4Z94A 3CJ1A 1QQCA 4TSXA 2HVHA 3ATVA 4JKBA 2WONA 3QINA 4M3RA 2D0PA 4OKEA 3AVKA 2E1ZA 4M41A 1GLEG 1SL1A 1EO1A 3V9UA 2YNIA 3O3HA 3KKRA 1KC8O 1VQLN 3D45A 1NLVA 5AZIA 1K6YA 4AHUA 1BI4A 1S9GA 3UE5A 4B3OA 2KFNA 1L3VA 4YOYA 4IWVA 4J2AA 4JI2K 4FJ5A 4A57A 4BDYA 2HMPA 4DV4K 1KFSA 2G8HA 2FF6A 3H3OB 4KV8A 3CJ9A 4JV5K 1NGIA 2YHXA 1YITN 1NJZA 5AQYA 5M1FA 5AQXA 5AQIA 1GOBA 2KLAA 3HXMA 4CHZA 3VEYA 3SUQA 5DM6L 3VGLA 3ULDA 2EX3A 3AVGA 2CGKA 3KLGA 5D3GA 3E9PA 4JI1K 3ID6A 4O8UA 2G8WA 2PAVA 2GUPA 1VRUA 3TSQA 3EEQA 4CHYA 3NMUA 2HBLA 2HHQA 3VETA 2IDOA 5BPMA 5SZTA 5AFUH 1K8AO 3AGKA 3LDNA 3S3OA 4CF1A 1Q86O 3VTIA 3TAEA 4NLBA 1JLFA 3BZCA 5HRNA 4E7KA 2HF3A 1BI4B 1QTMA 4LH5A 3L4QA 5TKYA 4FWNA 3L3VA 1BOTO 4JI3K 1O13A 3CCLN 2F96A 3RMCA 4DSJA 1NM1A 2D4WA 4EP5A 3VEVA 1XC9A 2X6SA 1CXQA 4CJVA 2HNDA 3ZSXA 3SBGA 4Q5VA 4NB4A 4A62A 3C94A 1S6QA 4M7YA 3DOKA 3SMPA 5CR4A 4F2RA 1K73O 3AVMA 4IO8A 3OS0A 3V9ZA 1KLMA 2VGMA 2P1JA 5JMVA 4KRFA 3HPOA 3S3NA 3RR8A 3OJUA 1V4TA 4Q0BA 2KQ2A 4BR0A 4E1MA 5HLFA 3A5NC 1W2BM 1LWFA 4B9TA 3ZLJA 4IOXA 1ZBIA 3QESA 4CJEA 4HCBA 1YIJN 3FZKA 1J53A 4B9QA 4J8FA 4K25A 2F7TA 5C15A 1IBMK 1BDGA 3CCSN 4PL8A 3CERA 1WAJA 5B8HA 4LF9K 3UKRB 5M1NA 3VA0A 3AVBA 4C23A 4UQGA 2FC0A 3KHYA 3DYAA 1VQ4N 5M1PA 3L3UA 4GV9A 3WEEA 4KO0A 4FZYA 3DLRA 3K2PA 2OPQA 3LP1A 1YI2N 4CJTA 2AP1A 1D4XA 4FWOA 2QWRA 4BG9A 3R8EA 4AHRA 4ZHRA 4JKEA 3DLEA 3BY5A 5C25A 3K9JA 4FJLA 1VHXA 3HK2A 3R3LA 3HM8A 5J1EA 1NU0A 3R9PA 3S41A 1SL0A 1BIUA 1OKJA 3P5JA 4DV2K 2NNWA 3OYKA 1VQPN 3VESA 4FPBA 4XEIA 2OPPA 2D5RA 3LDOA 3VQEA 3L2WA 3VEWA 4BRHA 4LSNA 3ZSYA 5FRMA 2HSTA 4GW6A 5HRSA 2O8BA 3VQAA 3I0SA 3HSCA 4CJKA 3DJCA 3O9RA 3QFPA 2HBMA 1RDWX 4AF1A 2Q0UA 3HVRA 2QKKA 3WEEB 3ZT1A 4CFBA 4B9LA 5BREA 3Q7CA 1RDDA 4DR3K 2VYPA 1SUQA 4E89A 2A41A 3OS2A 3SLCA 4CJ4A 3RRHA 1D5AA 3M8RA 4FM0A 1Q9XA 3C6HA 4C8NA 3NH2A 4MLHA 2ZM6K 1T6DA 5I9EB 2D1KA 2PYJA 2GEMA 2W6KA 3CYMA 4FJNA 1HJOA 3CQYA 4CGFA 4K43A 5AQSA 3RTVA 4KB1A 4JI0K 4CZFA 3QDKA 3CJBA 3GL1A 1Y64A 2QEXN 1OVYA 1NGCA 3F5TA 4CGHA 4KB0A 3C6TA 3KK2A 2IVNA 4YOXA 2DFFA 3H08A 4FXDA 3LM2A 1VQKN 1U45A 2ZGZA 4HTLA 1R0AA 4IEEA 4NXNK 1REVA 5LJVA 1QS4A 3OBWA 1CXUA 5EOYA 5M1QA 3KLHA 2G8IA 4JI5K 1GLCG 1TKTA 1HKGA 1KVAA 2V52B 3LDLA 4OJRA 3N4QA 2W41A 4A2AA 1VSJA 3LPUA 1YVNA 4DQSA 3CCUN 4U7BA 1E4FT 4FWPA 3H46O 3RSEB 3NF7A 3CFRA 3OYGA 3MX2A 1HX1A 1WSHA 2H3GX 1QQNA 4FWMA 4QOZB 1X9WA 3MAQA 3RWUA 5CYMA 4CEQA 3RMDA 4DLGA 2B6AA 1N5YA 3F73A 3AVHA 2XY7A 2XRIA 3U9DA 3THWA 1RILA 1XNRK 4EZ6A 3UIQA 4BRGA 4W5OA 2OZSA 2VG7A 4IG0A 1OH6A 3CJ7A 4DTOA 4CK1A 3GE1A 3SQ2A 4CHQA 1SS6A 1U04A 3U8XA 4IFEA 3KKSA 4FVUA 2FXUA 2NUBA 1HLUA 2HBKA 4XH1A 3EE9A 4FSVA 3KLIA 4GKJK 2F9WA 4JLHA 1NK4A 4A59A 1KAZA 2UYTA 4X66K 4IEIA 3IDHA 3MEGA 3ZT3A 4F8RA 3ZT4A 1RBTA 3CF5L 2KKZA 2QXFA 3W3DA 5AZJA 5GIPA 4M42A 4NYFA 3P4IA 3QBXA 1Q18A 3DWLA 4BRCA 4OPAA 4OO1J 4BDZA 3T3FA 5C12A 3WXLA 1HJRA 3SK3A 2GUIA 1BGXT 4CJSA 1YJ9N 4DR1K 2NRTA 3OYMA 2XY5A 4FM1A 5KPTA 1TK0A 1VSMA 1RT1A 3M3ZA 3JYTA 1LW2A 3GG4A 3M1FA 4CVNE 1Q9YA 1ESVA 4DUZK 3U3GA 3LPTA 4I6MA 4BGBA 3AVIA 4I7FA 2RF2A 1XHXA 2QXLA 3VQ5A 4JI4K 2VG6A 2YHBA 1XMOK 2FSKA 4H0VB 3KVGA 1LW0A 2BTFA 3J7AP 3V9SA 3RVCA 4IDHA 1QSYA 4DTXA 4RWTA 4JHDB 4LF8K 1WUAA 3H3NO 4BE0A 3SJJA 4K0KK 3G6EN 1D9DA 1YUWA 2E2NA 4QS9A 1KCFA 3LZJA 1NJYA 3HP6A 4JEPA 2P9IA 1KAXA 2AA4A 3D2FA 3AARA 2ZJPL 5FRNA 4LFAK 4PA1A 3ZSVA 4KHQA 1TKDA 1L3TA 1QQMA 3DOLA 3THXA 4WQ4A 1QVGM 4YHHK 3VQ7A 2Z1JA 2P9PB 1Q8IA 3AO1A 3ZSRA 1NK6A 4HCCA 1BCOA 3QNNA 3CMAN 4O0JA 3OYBA 4ELUA 3NAEA 1BO5O 4B8AB 1QHAA 1XWLA 1VQ8N 4K41A 1WLJA 3PX6A 2Y1IA 2I5JA 1BHLA 3A2FA 4DUYK 4GY2B 4KH4A 5GAGP 2JWKA 3OY9A 1U4BA 5LL6Z 3OYDA 3HSTB 4JK8A 1MU2A 3IS9A 3TAPA 3SPZA 1EWRA 4E7HA 4EP4A 3J7ZO 4KHPK 3VOVA 1G15A 3I55N 1S9EA 4I9LA 3D2FB 4FL9A 4FK4A 1RT6A 1NGAA 4DTSA 1HMVA 1WSJA 2VGNA 4CBUA 4FCYA 4ELVA 3A5MC 3PSIA 1Q82O 2D0BA 3THXB 4JS4A 4LF4K 5KGWA 4FO0A 1ASVA 3LP3A 1OH8A 4CBXA 3F2KA 1W97L 4DMNA 4DU4A 4DTJA 3IG1A 4IFYA 2D0AA 2GTDA 1S5JA 3OA9A 5LMUK 3UKUA 1C1BA 1P90A 1UAXA 1I94K 4JD2B 3QETA 3IAYA 3HP9A 3WNEA 3RMBA 2XY6A 2F8SA 4F3TA 4DV3K 2FBYA 1SKWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQ7 N;  5HP1 A;  1YJN N;  3KTQ A;  1WAF A;  2FSN A;  1UWB A;  1TAQ A;  1NBW A;  3I56 N;  3K5L A;  4DV7 K;  4M3X A;  4CF2 A;  1QZ5 A;  4CBW A;  3K59 A;  3O08 A;  4GVE A;  4BC3 A;  4OLA A;  3TAG A;  4DQ8 A;  3DLB A;  4I2P A;  1L3U A;  2WOM A;  3R6M A;  3VN5 A;  1RT5 A;  4EHU A;  1KTQ A;  4WCE L;  4DR5 K;  2X6N A;  1QZ6 A;  2HBJ A;  5AQM A;  4BE2 A;  4BRA A;  5T7B A;  1JLA A;  1U47 A;  3QO9 A;  3SJH A;  3SAH A;  1NGH A;  5E84 A;  3CIP A;  3K5O A;  3C7N B;  5HL7 L;  1ASU A;  4CJ5 A;  3PIP L;  3SQ0 A;  3ZSW A;  1IKX A;  3DRS A;  4BRD A;  4DR2 K;  4FLZ A;  3RSE A;  3QNO A;  4DSK A;  1T03 A;  3WXK A;  4AM6 A;  5HRO A;  4KFB A;  3H1V X;  1I39 A;  3CME N;  5M1O A;  4R79 A;  5LMN K;  4FJG A;  3DLK A;  4CEZ A;  4BQL A;  2V51 B;  2HHW A;  1U48 A;  5AQK A;  2V7Y A;  4CZH A;  3QEX A;  1SZ2 A;  3GBT A;  5IWA K;  1GOC A;  1RT7 A;  2DFE A;  2OPR A;  4NCB A;  3CC2 N;  4OKJ A;  3TI0 A;  4H5T A;  4ISE A;  5EU7 A;  2KHO A;  1YAG A;  1RDC A;  3VQD A;  4KHS A;  1XI1 A;  2P51 A;  2VCP A;  4H0Y B;  2WBN A;  3VQP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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