The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/ribosome inhibitor
|
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
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| publication title |
Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
19
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OTJ N; 5GAH P; 1N8R O; 5JVH L; 1YJN N; 3CXC M; 2ZJP L; 1YIT N; 1Q86 O; 4WF9 L; 1VQ6 N; 3CCJ N; 2ZJR L; 3CF5 L; 3CCV N; 1K9M O; 2QA4 N; 3CCL N; 3CD6 N; 4UY8 O; 5GAD P; 3DLL L; 1K8A O; 1VQM N; 3CPW M; 1Q81 O; 5H1S Q; 4WFN L; 5GAG P; 3PIO L; 1VQ8 N; 1VQ4 N; 1Q7Y O; 1VQP N; 1YI2 N; 1YIJ N; 1W2B M; 5DM6 L; 1YJW N; 1KQS M; 1OVY A; 3CCM N; 5DM7 L; 3G4S N; 3CCR N; 4IOA L; 5HL7 L; 3CCQ N; 1VQK N; 3CMA N; 3CC2 N; 1JJ2 M; 2OTL N; 5MLC Q; 3CCU N; 1VQN N; 1VQL N; 3CCS N; 3G71 N; 1Q82 O; 4WFA L; 1KD1 O; 3CME N; 1VQ5 N; 2ZJQ L; 3CC7 N; 4U67 L; 4IO9 L; 1NJI O; 1QVG M; 4WCE L; 3CC4 N; 5JVG L; 1K73 O; 3PIP L; 1VQ7 N; 1QVF M; 4IOC L; 2QEX N; 3CCE N; 3G6E N; 1M90 O; 1KC8 O; 1YHQ N; 1S72 N; 4WFB L; 3I55 N; 3OW2 M; 1VQO N; 1VQ9 N; 1ILY A; 1M1K O; 1YJ9 N; 5GAE P; 3J7Z O; 3I56 N; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NLX A; 1UAX A; 2PFU A; 5GAH P; 1NGB A; 4KFB A; 1VRT A; 4YOR A; 3TAG A; 1GLL O; 3L0Q A; 4ICL A; 3THX A; 4BRI A; 4CBX A; 4FLX A; 2A1S A; 2VWB A; 5HP1 A; 4JAX A; 5D3G A; 4BY9 C; 3QDK A; 1DT9 A; 1KAX A; 4BE2 A; 4CJ5 A; 4FCY A; 3H3N O; 2D0O A; 4ELU A; 4FWP A; 5F2R A; 1Z26 A; 4K43 A; 4KV8 A; 2E6M A; 3UKR A; 3MMV A; 2GBZ A; 3WNE A; 5BRE A; 1EP4 A; 3H46 O; 4YHH K; 2NRH A; 3SK3 A; 3MCP A; 4F4K A; 4CGG A; 3CER A; 3OBW A; 4Z4F A; 5DM7 L; 3CCR N; 4IOA L; 5AQG A; 5SWM A; 3HYF A; 1S6Q A; 2FSN A; 4KRF A; 2F7T A; 2I5J A; 3DOL A; 3O1W A; 2V7Y A; 3ULE A; 3F9M A; 3LAM A; 5BPN A; 3VEY A; 1C6V A; 1T6C A; 4NYN A; 4JI2 K; 1R59 O; 4FSV A; 5AQJ A; 1JCF A; 3CC7 N; 5HBM A; 4YDU A; 2QWR A; 5J2P A; 3C7N A; 4H5V A; 5K14 A; 2UXC K; 3B8A X; 3MED A; 4I2P A; 4DR5 K; 4LF5 K; 2Z1H A; 1YVU A; 4CEQ A; 4OGC A; 3AGK A; 4JRP A; 5AQP A; 1IBL K; 4IXC A; 2A41 A; 3K2P A; 2ASM A; 2UXB K; 4A62 A; 4DUZ K; 1M90 O; 2CGJ A; 3KJV A; 4C1N I; 3KHY A; 3CI5 A; 5AQS A; 4BRC A; 1FW6 A; 3SAG A; 1HNZ K; 4BC3 A; 3J7Z O; 3SCX A; 2W6K A; 4GNI A; 4FM1 A; 1IG9 A; 4JEP A; 3ZSQ A; 4CJE A; 4Q0B A; 3D0P A; 4HTU A; 2QWL A; 1ZBL A; 3N4Q A; 3ULD A; 1W0H A; 5AQQ A; 4CJT A; 3MAQ A; 4FZZ A; 1W97 L; 2GEM A; 3LDN A; 4DR6 K; 1LWF A; 3U6F A; 4QS7 A; 3TR8 A; 3O4Q A; 2CH5 A; 4KTQ A; 1U2V A; 4Z0U A; 5GAG P; 4DTX A; 1BHL A; 4BR2 A; 4C1N K; 1V4T A; 1Q7Y O; 1LWC A; 3H6E A; 3WXK A; 3AVL A; 4O4G A; 1ZYQ A; 5HOO A; 1N33 K; 3OJS A; 3L3U A; 2QWQ A; 3AA4 A; 2QWM A; 3CCM N; 1JLG A; 1T7P A; 2KQ2 A; 3C6T A; 4CF2 A; 4ISF A; 5KI6 A; 3CMA N; 1V4S A; 3O1B A; 2YJF A; 3CC2 N; 2A1R A; 4MQ3 A; 1D5A A; 5CY4 A; 1Q9Y A; 3CJA A; 2ITG A; 2JWL A; 1BQM A; 3KLE A; 3NH0 A; 4JK8 A; 1OKJ A; 1RBU A; 3NH2 A; 1KLM A; 1HKB A; 4JRQ A; 2NRV A; 1GLC G; 3NFA A; 4IOX A; 1TL3 A; 2NRT A; 4CF8 A; 3NH1 A; 3NVK A; 1BIU A; 3DRR A; 4IG3 A; 4DQR A; 1WB9 A; 5BPL A; 3E9P A; 2O8D A; 2J4R A; 2IIR A; 5EOY A; 4KHW A; 2HF4 A; 5HRP A; 2NRX A; 3LM2 A; 1LAW A; 3THY A; 4W5O A; 1S1W A; 3GBT A; 4F2R A; 4J8F A; 3SQ1 A; 3THW B; 1JLQ A; 1IH7 A; 4DTR A; 3KK3 A; 2XY7 A; 2E88 A; 3DLH A; 4F2S A; 2E6L A; 2YHB A; 3VQC A; 4BGA A; 4DF8 A; 1YTA A; 1NNE A; 4BGB A; 2HBL A; 5AR0 A; 2WTU A; 1RBR A; 4J2D A; 3OW2 M; 2AP1 A; 3OYM A; 5I3U A; 5JLF A; 4BRL A; 4LF7 K; 4I2Q A; 1BWF O; 3ATV A; 2OTJ N; 2P9I A; 1BDG A; 4JI1 K; 3SAF A; 4NLC A; 4FJI A; 4ZHR A; 3ZSW A; 3ZEU A; 1NGA A; 3ZT1 A; 4DR3 K; 2B6A A; 2JWK A; 3SMS A; 4DTP A; 2I7N A; 3VQB A; 1MA9 B; 5FDL A; 4MDB A; 1HPM A; 5I9E B; 3O9R A; 3KTQ A; 3E9L A; 2XY5 A; 1RBV A; 4DSJ A; 5AFU A; 1VSD A; 3WUH A; 2HBK A; 4PWD A; 1EQY A; 1TV6 A; 1BQN A; 2PAV A; 2CGL A; 3MEE A; 3UKU B; 3HVR A; 1W2B M; 1LWE A; 2A6A A; 4DUY K; 4FJ8 A; 4QS8 A; 1ATN A; 4JKB A; 3KZB A; 2P9U B; 2ASO A; 2F8S A; 3H1Q A; 4B3R K; 3QIN A; 4HCB A; 1XMO K; 2IVP A; 1NKC A; 1BOT O; 1NKE A; 1S9G A; 1RNH A; 4ELV A; 1EXQ A; 3KK7 A; 1TGO A; 3WT0 A; 4I9Q A; 4FJM A; 1U6Z A; 5FRM A; 2FBT A; 3L2Q A; 4DU1 A; 3G71 N; 1Q82 O; 4CZK A; 4B8A B; 4DV0 K; 4MLH A; 4GVM A; 4XH4 A; 2X6S A; 1VSM A; 1VQ5 N; 2Q0R A; 2A40 A; 3S9H A; 3O9U A; 3VEZ A; 4FM2 A; 3U3G A; 4KH6 A; 2NRR A; 3EY1 A; 1YVN A; 4DV4 K; 1SL2 A; 1BA0 A; 3PIP L; 4AM6 A; 4DCH A; 3HXM A; 1JLC A; 4E7I A; 2KTQ A; 2NZT A; 5AQW A; 3VES A; 2A42 A; 3K59 A; 3V6D A; 4LSL A; 3PO5 A; 2OPS A; 4O0J A; 3WNG A; 1HJR A; 3CET A; 4DQQ A; 4JKC A; 5JMV A; 2EWS A; 3OYF A; 4KB0 A; 1YJ9 N; 3VEN A; 1IJJ A; 3C94 A; 4J2B A; 4O8K A; 1DLO A; 3DXK B; 1YXQ A; 3A2F A; 3AVM A; 4LFB K; 3DLR A; 1ITG A; 1IBM K; 1KVA A; 4DSL A; 3WNF A; 4OX9 K; 1VQ6 N; 4FJK A; 2VG6 A; 4M3U A; 1DTQ A; 4MO4 A; 3T19 A; 4PY5 A; 1JLF A; 4PKI A; 4CGD A; 3LM9 A; 3TAM A; 4YOU A; 1KTQ A; 4A5B A; 4JI4 K; 4J2A A; 1VSK A; 1VQM N; 1IO2 A; 1HRH A; 1QHA A; 4JD2 A; 3WNH A; 3T1H K; 4HUG A; 1VQ4 N; 4EZ6 A; 3O9Q A; 3D2E A; 3EE8 A; 3M1F A; 4FLW A; 4IJA A; 3A5L C; 4OLB A; 4BQZ A; 3KLF A; 3G4S N; 3QB0 A; 1G15 A; 3ZT2 A; 4Q5V A; 4NCA A; 2W40 A; 4A59 A; 2LSN A; 4X65 K; 3U3Y A; 3VF6 A; 1UOC A; 1DKG D; 4JKG B; 3DRP A; 3O9T A; 1BL3 A; 4RTF D; 3MWT A; 4CD3 A; 2BAN A; 4CER A; 4JI8 K; 5SZT A; 4HVJ A; 3BZC A; 1BO5 O; 2FSK A; 3ZT0 A; 4V19 S; 1KD1 O; 4FJH A; 2DPN A; 3HZ6 A; 3C7N B; 2ITM A; 4L3Q A; 3VQ5 A; 5LJV A; 1C1C A; 2P5G A; 1GOC A; 4WCE L; 3CC4 N; 3U4L A; 3DYA A; 4CZL A; 4EP4 A; 4CEE A; 4LF6 K; 1K73 O; 4PUO A; 1QQM A; 2VGM A; 2GWJ A; 1CZ9 A; 2E2O A; 4BG9 A; 4FJ7 A; 4B9M A; 1GLE G; 2WC9 A; 1OH5 A; 2G8W A; 3S3M A; 3ISN C; 3WXL A; 2RN2 A; 1Y97 A; 1RDU A; 2HND A; 3LPT A; 4RW9 A; 2VGN A; 4CIG A; 4ILJ A; 4FXD A; 4CEO A; 5HLF A; 1QS4 A; 4H03 B; 5AQR A; 2BH1 A; 2HHQ A; 1BG3 A; 3R3L A; 1BCM A; 4FWM A; 4DQI A; 1XMQ K; 1NGG A; 3V1O A; 4JK7 A; 2XY6 A; 1HNI A; 3WEE B; 3AVB A; 3MEG A; 3C65 A; 1XC9 A; 2WBN A; 2FBY A; 3W0L A; 4JKD A; 4BR0 A; 3HL8 A; 1B92 A; 3VQE A; 3HSC A; 3SUO A; 1VQ8 N; 3G0Z A; 3QIP A; 1YIJ N; 4PQU A; 4FK0 A; 4FVU A; 2BTF A; 4RG8 A; 4I9L A; 3TAB A; 3OY9 A; 4GKK K; 3C0B A; 3QFP A; 3VA0 A; 4O55 A; 1J6Z A; 3L6Q A; 3LWL A; 1QHT A; 1NGI A; 2BGG A; 1NOZ A; 1NJZ A; 4DSE A; 4CZE A; 1L5U A; 3CJ1 A; 5MLC Q; 2QWN A; 1VQN N; 5GIO A; 4WQ4 C; 3CCS N; 3KWG A; 3K5N A; 4WFA L; 3LP3 A; 1BCO A; 4CJU A; 4XH1 A; 1WBD A; 3HM9 A; 4YOY A; 3VQP A; 3D2F B; 4XIU A; 3UKU A; 1SL1 A; 4BR5 A; 1XNQ K; 1DTT A; 1KAY A; 3QML A; 5LMN K; 3AVJ A; 2P9U A; 2YHW A; 3TAF A; 1VSL A; 3PSF A; 3KLG A; 4LD0 A; 2KHO A; 3MN5 A; 1QQO A; 2GUI A; 4F9O A; 1TUU A; 1X9J A; 2V51 B; 2E20 A; 4KHS A; 3GDQ A; 4DV1 K; 2HHS A; 2PYL A; 4RW7 A; 1XI1 A; 1CXQ A; 3CCE N; 4FLY A; 3O5B A; 2QWO A; 2AA4 A; 3VEX A; 4CJV A; 1D9D A; 4H0X B; 4FPA A; 2QW9 A; 2P5O A; 4FZY A; 1O1W A; 4BRK A; 4CFB A; 3NE6 A; 4AHS A; 2P9I B; 1NMN A; 1JL2 A; 2JLE A; 3M8S A; 1HNX K; 4CCH A; 2D1K A; 3QER A; 5A2Q O; 2O8C B; 3VQ7 A; 1I3A A; 3DM2 A; 4B1Z A; 4M41 A; 3ZEU B; 3TAP A; 5AZJ B; 4CZI A; 1N34 K; 2QXL A; 1WSI A; 3E1Y A; 4BRA A; 3OHR A; 4FK4 A; 4A57 A; 3AY9 A; 3RRH A; 3MEC A; 3CCL N; 1JL1 A; 1ASV A; 4FLZ A; 1X9M A; 1RDD A; 3O4N A; 3CPW M; 2Q36 A; 3VGK A; 3PLA A; 1IG8 A; 2G8F A; 3VN5 A; 3C95 A; 1NMD A; 1BUP A; 4W5R A; 3K0S A; 4CBW A; 3CJ7 A; 2HVI A; 3DXK A; 4H5T A; 4H0Y B; 3T7Z A; 1QSS A; 2W6L A; 5FRN A; 2FLO A; 5M1K A; 1NBW A; 4BRO A; 3WXI A; 1U47 A; 5IT9 O; 3P83 D; 1IBK K; 1Z25 A; 3HM8 A; 4H4O A; 3WQT A; 3E9O A; 5M1P A; 3HO1 A; 1WSE A; 1HPZ A; 2PBD A; 2ASP A; 3OJU A; 1O13 A; 1T05 A; 4OJR A; 3R1X A; 3I8D A; 3P1G A; 1RCH A; 3QES A; 3VQ9 A; 1WSH A; 2HHT A; 1RT1 A; 1XC3 A; 4M45 A; 2YNI A; 3AO5 A; 4N5S A; 4CIE A; 3NGI A; 3SI6 A; 4CZM A; 2QM1 A; 3FZK A; 2RPI A; 4DSI A; 1QVG M; 1RGI A; 1NGC A; 1R0A A; 4HWI A; 1TKD A; 5C10 A; 4B08 A; 4OPK A; 3M5R A; 3Q7B A; 3ID6 A; 4JKG A; 1GLA G; 2Q97 A; 1S1T A; 3AO2 A; 4H4M A; 3UIQ A; 4OO1 J; 3BY5 A; 3VTI A; 1TAQ A; 2IC3 A; 1S1U A; 2IDO A; 4B9T A; 3M6G A; 1VQO N; 1JLB A; 3RMC A; 1NWK A; 3KVG A; 4UQG A; 2QWP A; 4CJ3 A; 1QTM A; 3O80 A; 3CFR A; 3I0S A; 2E1Y A; 1TUY A; 4JI7 K; 4CI6 A; 1XQS C; 3CXC M; 3RMD A; 4DWI A; 4FK2 A; 4O0I A; 3DXM B; 3L2R A; 1RBS A; 1VSF A; 3SJH A; 5C2D A; 4BE1 A; 1WLJ A; 4OPA A; 4X66 K; 4HCC A; 4GW6 A; 4Z4C A; 3I8B A; 1EWQ A; 4DV7 K; 3SPY A; 4JD2 B; 1RT4 A; 1X9S A; 4KHN A; 1XHX A; 3QET A; 4F8R A; 2IAJ A; 3D2E B; 2HVH A; 3FLC O; 1ZBI A; 3BZK A; 4FWK A; 3M3Z A; 3ITH A; 1BIS A; 3QO9 A; 3OYA A; 3TU5 A; 1ATR A; 4FWN A; 4BQL A; 1OH7 A; 2ATQ A; 4KKO A; 4AHR A; 3RRG A; 2HMP A; 1N36 K; 1XWL A; 3WEE A; 5T7B A; 2D5R A; 4H5N A; 1NM1 A; 3LDP A; 5E41 A; 2QK9 A; 3ZT4 A; 3HRG A; 1ASU A; 2FXU A; 1X9W A; 2HBJ A; 2PY5 A; 3M8Q A; 3SYZ A; 3EE9 A; 3IUC A; 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1DEJ A; 1RDW X; 2OTL N; 5AQF A; 3TI0 A; 1VSE A; 3QEI A; 5AQZ A; 4JKH A; 4OKK A; 2HNZ A; 3OYD A; 1WOQ A; 1QQN A; 3OYH A; 2R7Y A; 4DS5 A; 3SQ4 A; 2UXD K; 4EHT A; 3K57 A; 3PX0 A; 4ELT A; 1YF5 L; 3KK2 A; 1F21 A; 1KVC A; 1UA1 A; 1HX1 A; 5CHI A; 4DFK A; 1TK8 A; 4EAH D; 3MN7 A; 2FF3 B; 1BGX T; 3LWM A; 4B9N A; 2RE2 A; 2G8V A; 3K9J A; 3AVA A; 3P5J A; 1WSG A; 4IWV A; 3K9K A; 4W5T A; 1YTU A; 2GX9 A; 2QI2 A; 2W41 A; 3VQ4 A; 3U9Z A; 3DMJ A; 2OAN A; 1KLN A; 1KFD A; 4BRM A; 3CQ8 A; 2OPR A; 4DFJ A; 1KVB A; 5AQU A; 1JLE A; 2G8K A; 3LZI A; 1K8K B; 1J9A A; 4CW7 B; 4H5W A; 2VWK A; 4OPJ A; 3A5O C; 4H0P A; 4PKG A; 2DFH A; 4DTN A; 4DU3 A; 3ZSR A; 2D4W A; 2ZJP L; 2BUP A; 2IS3 A; 3ASM A; 1WAJ A; 3CF5 L; 2YJE A; 4K25 A; 3TAQ A; 2W42 A; 4N47 A; 1RDA A; 1JCE A; 4DB3 A; 1JKH A; 4KTW A; 3TPQ A; 3NHG A; 5TKW A; 4YDU C; 3HST B; 4JI0 K; 1QZ6 A; 3U9D A; 3TWH A; 4BDY A; 1WSF A; 3ALY A; 3AO4 A; 4CIF A; 3WXM B; 1Q81 O; 4JI3 K; 2VWJ A; 4K0K K; 3T69 A; 4LF9 K; 4CJ4 A; 4KHU A; 1X1P A; 5JLH A; 3OS0 A; 4FOE A; 5FPN A; 3A0I X; 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