4JD2A

Crystal structure of bos taurus arp2/3 complex binding with mus musculus gmf
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
414
structure length
398
Chain Sequence
GRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKEMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSGPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 124
structure length 398
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jd2A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jd2A03
4H0PA 2FSKA 3IUCA 5F0XA 1G99A 5AQQA 3FZFA 4BG9A 2AA4A 3TU5A 4BRCA 5BR9A 1BOTO 3GE1A 4EIAA 4FWLA 2DPNA 3CJ7A 4FL9A 2Q1NA 5BPNA 4JN4A 3LL3A 5EY4A 5AQPA 3SK3A 1GLAG 1YXQA 5BRFA 1S3XA 2H3GX 4PKIA 5AZJA 2QWQA 3HSCA 3GG4A 4BR5A 4CZKA 1QZ5A 3LDPA 4RCHA 4BRGA 1JCEA 3QFPA 1YVNA 2IVNA 5JLFA 2V7YA 4FPAA 2QWMA 4BC4A 5AZIA 4FPBA 3WXIA 2QWRA 3O4WA 3A5MC 1QQOA 3WUHA 1XC3A 1KXPA 2D0OA 1XUPO 2YJFA 1R59O 3ENHA 3EZWA 4FWPA 1CZAN 4ISGA 4PL8A 1YUWA 2HF4A 3VF2A 3VEOA 2P9NB 4I6MB 2Q2RA 5LY3A 2P9LA 4CJ7A 4WQ4A 1SAZA 1HLUA 4FWOA 2GWJA 3U9DA 1S22A 2GEMA 3CI5A 4BRIA 4WQ4C 3CQXA 1X9JA 4IO8A 3BUZB 3DXMA 3A5NC 3VF4A 2W40A 2P9LB 1U6ZA 2QM1A 3IFRA 1V4SA 2Q36A 3UKUA 2GELA 5AR0A 4MO4A 4WYBA 1KAYA 3I8BA 1ATRA 1RGIA 3S41A 1KAZA 4O5FA 3QBXA 3GL1A 2E2OA 2QWOA 2HMPA 3C7NA 4BGBA 5KPTA 5FPEA 1MDUB 4BVOA 2P9UA 4BGAA 4H0OA 2YCHA 3UE5A 4QS7A 3AAPA 4FWRA 2CGLA 4IJNA 4M7YA 4F9OA 5F1XA 4FOIA 3ATVA 1TYQB 4AM6A 3C7NB 3LDOA 4CZJA 1IG8A 5BN8A 1HKCA 4MLHA 3VEWA 3P4IA 3O5BA 1OKJA 3ZX0A 5BREA 3O6WA 4B1UB 4BRDA 3GOIA 3O1WA 2P9SB 3BF1A 4IWVA 4BR7A 2FSNA 2CH5A 3LDLA 1JCFA 3HBTA 4GNIA 2P9IB 3RSEA 4CZLA 4H0XB 2E1YA 1NGJA 4QS9A 5FPMA 4B9QA 2KHOA 2Q97A 5E84A 4PL7A 4LC9B 5AQYA 4JD2A 1ESVA 3H3OB 2AP1A 1HX1A 1HKGA 3MN7A 1NGHA 3IDHA 1T6DA 1EQYA 2IIRA 2CGJA 4Y0WA 5AQZA 4CZIA 3D2FA 3UKRB 4H0TB 1NGAA 2PBDA 1Q18A 2D4WA 3GDQA 3MDQA 3VENA 2GWKA 4BQZA 3MN9A 3AARA 4C23A 3VEVA 3EKUA 2P9KA 4WQ5A 1QHAA 3DXKB 4IJAA 2IVPA 3QB0A 1K8KB 2BTFA 3FLCO 4MO5A 1GLFO 4BROA 2QXLA 1U2VB 5AQIA 1BO5O 2A5XA 1NBWA 3VESA 4ISFA 3QFUA 2E2PA 1T44A 2P9KB 2VCPA 4CZMA 3CERA 3LDNA 3LM9A 5AQUA 3CJ9A 5EOYA 2NLXA 3HZ6A 4FWMA 4CI6A 5JMVA 4K42A 3H6EA 3WXJA 3O8MA 3UB5A 1NM1A 2E2QA 4XH4A 3VETA 4IZ9A 5EXWA 3L0QA 2CH6A 1J6ZA 3CQYA 2P9NA 2BUPA 3D7EO 4I6MA 3BEXA 5AQOA 4BRFA 4ISEA 1T6CA 3MN6A 1BDGA 1H1VA 3A5LC 1NGIA 1LOTB 4FWKA 5BRHA 2ZGYA 3R9PA 4CZHA 1V4TA 2FSJA 4H5RA 3I33A 3KZBA 3VEYA 1Y64A 3CIPA 3VGMA 4NO7A 2FF3B 5AQVA 1NGGA 2WUSA 3ZEUA 4FWNA 1GLEG 1NMDA 4FSVA 1KAXA 1BG3A 3H1QA 2P9PB 5EX5A 4JHDB 4BR4A 4FWQA 5AQGA 3ZEUB 2E8AA 4BC2A 4B1WB 4KBOA 4BREA 2IVOA 1HPMA 4JAXA 2ZF5O 4A61A 1ZC6A 1HUXA 4BG8A 3AY9A 3MMVA 1BUPA 4HTLA 1TYQA 2YHXA 5AQNA 4CD1A 4CBUA 2EWSA 1NGEA 1HKBA 4B1ZA 5AQHA 1HJOA 3M6GA 2P9SA 5EVZA 1YAGA 1ATSA 1RDWX 4H5WA 5CE3A 5AQXA 2NZTA 2P9IA 4E1JA 1WOQA 4BC5A 4BR0A 3QDKA 1NGFA 4H5TA 3VPZA 4M63C 5AQTA 1NWKA 4BRMA 3H46O 5AQLA 4MLEA 5LJWA 3G25A 4K43A 3JS6A 5AQJA 4NB4A 3UKRA 3H45C 2V51B 1C0FA 4FO0A 3BF3A 3J8AA 3VEXA 3O08A 1X3NA 1BA1A 5AQFA 3CJBA 2FF6A 3DXKA 5I9EB 1MWMA 4K25A 1K8KA 5LJVA 3ENOA 5ADXH 3A8YA 1U2VA 3M1FA 2ASPA 3EO3A 3HI0A 2VYPA 2F9WA 3L4IA 3VERA 5KPRA 5AFUA 4DCHA 3VEZA 1ATNA 5FPNA 3IMXA 3WXLA 2ASOA 5F2RA 4B1VA 5BPLA 4EAHD 4GY2B 1QZ6A 4BRLA 2YJEA 4BRAA 3ZX3A 4BVPA 1DKGD 2VWBA 3U4LA 1E4FT 1SZ2A 3WEEB 3WQUA 1ZXOA 2HF3A 5TKYA 3WQTA 3WT0A 4CBXA 2YI1A 3L6QA 1RFQA 3ATUA 3U8XA 5ELZA 5E26A 5AQRA 3FR0A 3O80A 5BRDA 4BQLA 1D4XA 3QMLA 4YDUA 1NLVA 4CD3A 4AM7A 3LDQA 4IXCA 4H5NA 3R8EA 3FFKB 4BRHA 4YDUC 3A5OC 2J4RA 2YHWA 5JLHA 4EHTA 5BN9A 4RTFD 3SMPA 3KHYA 4H0YB 3QBWA 1WUAA 5AFUH 1GLCG 2QWPA 4DQ8A 3QICA 2Q0RA 4H5VA 1GLLO 2F9TA 3H1VX 3CETA 1C0GA 3H3NO 4FWSA 3DWLA 4EHUA 5KQ8A 5AQSA 1QQMA 3VGKA 3A0IX 2V52B 2P9PA 4JHDA 4H03B 3BP8A 1BA0A 4H0VB 5AZJB 2Q0UA 4M7XA 4JNEA 2ZWHA 4CZFA 3F9MA 1QQNA 2E2NA 1Z6RA 2CGKA 5JICA 1MWKA 1SQKA 2ITMA 2FXUA 3CJ1A 1E4GT 3CHWA 3KVGA 1TUUA 3EKSA 4XEIA 3FZHA 5AZIB 4Z94A 5B8HA 1Z05A 2Q31A 4BRPA 3VGLA 3D2EA 3EL2A 1BWFO 2V7ZA 3MK6A 1NGDA 4EFHA 3VF6A 2E1ZA 2ZGZA 3FZLA 3SLCA 2A3ZA 3FZMA 4BRNA 5ADXA 3LM2A 4DB3A 5AQMA 2D0PA 4A62A 3B8AX 3OHRA 3ID8A 3W3DA 1DEJA 2A6AA 2GTDA 3D2EB 1MA9B 4L3QA 1GLBG 4XH5A 3VOVA 4CZGA 2QWNA 2GUPA 3DAWA 3EN9A 3FE1A 4HWIA 2NRHA 3U9ZA 1GLDG 4K41A 3SJHA 1NGCA 3DXMB 1TUYA 4DHYA 2D1KA 2FLOA 2W41A 3JXUA 4PKHA 4XH1A 3AAQA 2PAVA 1BU6O 4FOEA 3UKUB 3CJCA 3FZKA 3R6MA 2A40A 3ZX2A 1XQSC 3WXKA 3MN5A 4BC3A 1JCGA 1X3MA 2QW9A 1GLJO 5FPDA 4A2BA 3ZETA 2P9UB 3O1BA 4O8KA 3M3ZA 1ZBSA 3TPQA 1DGKN 2YHYA 3DJCA 2I7NA 1IJJA 2E20A 4B1XB 1LCUA 5KPZA 5AQKA 3WEEA 4A2AA 3ZETB 3HM8A 4BRQA 2OANA 3W0LA 4BR2A 2QWLA 2UYTA 4BR9A 3HTVA 2E88A 5AQWA 2I7PA 1P8ZA 3ULEA 3RSEB 4B1YB 4BRKA 3CJAA 1NGBA 5BPMA 2A41A 3GBTA 3C0BA 4JD2B 4CZEA 4RWTA 2A42A 4PKGA 3FGUA 4CBWA 2HOEA 3ULEB 3MCPA 4J8FA 4QS8A 3SMSA 5KQDA 2ASMA 4WQ5C 3D2FB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXMB 2FSKA 5F0XA 4ICLA 2B4JA 4HCBA 5KGWA 1R0AA 5BR9A 1J5OA 1BOTO 4X65K 4E7LA 4DTNA 1LWFA 2DPNA 3CJ7A 4FL9A 3OYBA 4KB1A 1F21A 5BPNA 4Y1DA 4JN4A 4CFAA 1RBUA 3ISNC 1S6PA 1GLAG 2G8FA 2H3GX 3KLHA 3GG4A 1D5AA 3LAKA 4LF9K 2LSNA 1YITN 4FLXA 4B3TK 4F3TA 2V7YA 3AA4A 5CHIA 4BC4A 4FPBA 3QEWA 3WXIA 1CXQA 3VA3A 3AO3A 4CJPA 3QIPA 1N6QA 4JI8K 2D0OA 4FWPA 1BIUA 4PL8A 1N5YA 1VQ8N 1CZAN 3OS1A 4FM0A 4CK2A 3PX0A 3ITHA 1B9FA 5HROA 3V9UA 1OVYA 2Q2RA 3E9PA 4ZHRA 3NF6A 4YNQA 4ILJA 3MAQA 2OTJN 4WQ4A 1Q9YA 1RTHA 4FWOA 3SPZA 2GEMA 3BZKA 4BRIA 4WQ4C 3NAEA 4ELVA 3THVA 1X9JA 3C6TA 2ITGA 4WFBL 3VQ6A 4KTQA 4DV7K 2HSTA 3K5NA 2KQ2A 4JRPA 3UKUA 3BZCA 1XHZA 1KFSA 5AR0A 4YHHK 3ZSVA 3LZJA 1GOAA 4DS4A 4BDYA 2E2OA 2QWOA 4U67L 4FJ5A 2PZSA 2WFBA 1KFDA 3V9XA 3L2VA 1MDUB 4IEIA 3MWTA 1D9DA 2CGLA 4HUEA 4F9OA 4GV3A 3LP0A 4CJTA 1YJWN 3LDOA 2ZQBA 4OKJA 1XI1A 1HKCA 4DSIA 1C1BA 3ZX0A 2QTDA 4LFCK 4YY3K 3C6UA 3GOIA 3VQDA 3S9HA 4J2BA 4B08A 2FSNA 1JJ2M 2P9IB 5J2QA 5DMRA 1J53A 4C1NK 1G15A 1YT3A 5C25A 1SL2A 1Q7YO 5AQYA 1J9AA 2BE2A 1HNVA 3H3OB 1HKGA 1LAWA 3KWGA 4AQYK 1EETA 1VSDA 4Y0WA 4CZIA 1NGAA 1Z26A 2HHVA 4GKKK 3GDQA 3MDQA 3VENA 1SL0A 4CERA 3AARA 4DV2K 4DSLA 1QHAA 4E19A 4FZYA 3QB0A 2QEXN 3HP6A 3I0RA 4MO5A 3NMUA 5AQIA 1BO5O 4HHTA 3NH1A 2VG5A 4NLBA 3NBPA 3OYKA 2E2PA 2O4IA 4FLWA 4RW7A 2ZJPL 2VCPA 4AHSA 4CJFA 4OKKA 4OPHA 3LDNA 4DTMA 4Y1CA 3LM9A 5AQUA 4DS5A 2Z1HA 1VRUA 2E6MA 3CJ9A 3VQ7A 3CMEN 1BQMA 3NGZA 1LW2A 1M90O 2RKIA 2BDPA 4DSJA 3WXJA 4M3XA 2E2QA 3CPWM 3QEVA 4IZ9A 5EXWA 1RT3A 4LF4K 3LALA 4M3ZA 1J6ZA 1RNHA 3CQYA 2P9NA 4JK9A 1U49A 3ZLJA 1UWBA 3BEXA 1IH7A 3ZSZA 4DV1K 1H1VA 2O4GA 2OPRA 3AVLA 3MEGA 4FWKA 1TVRA 4IBNA 1WN7A 1SV5A 4DR5K 3I33A 3R3LA 3SAHA 3CIPA 1IG9A 1ZBHA 2FF3B 4OKEA 1OH5A 4FWNA 1GLEG 3HO1A 5I3UA 2KLAA 3H1QA 2P9PB 3DLKA 4JI2K 4EP4A 5AQGA 4A5BA 4JI7K 1M1KO 3L2RA 4BREA 3MXMA 2HHQA 1ZC6A 4BG8A 3SUQA 3HK2A 2IC3A 3UIQA 2A1SA 4IFYA 4GKJK 1HKBA 2PY5A 1IBKK 5AQHA 4BWMA 1HJOA 2P9SA 4K8XA 3TAPA 1HRHA 2OPSA 1YAGA 5IWAK 3C6HA 4H5WA 1C1CA 2NZTA 2KFNA 1RBTA 3QDKA 4FJKA 5JENA 2BGGA 1BISA 1WLJA 4TSXA 3H46O 4MLEA 5LJWA 1NK4A 3RMBA 2W00A 3HPGA 4KHNA 4FW1A 2IOCA 3H45C 3QEIA 4FK4A 4KH5A 3PY8A 4Z0UA 3DLLL 3J8AA 4CGHA 1JLCA 3CJBA 2FF6A 1S5JA 3A8YA 3M1FA 1JXEA 4FM1A 3VQ4A 2F9WA 5FDLA 3VERA 5AFUA 4FJ8A 1TKZA 1O1WA 4EZ9A 3KK1A 4DR6K 2VG7A 2O8EA 1Q86O 3WXLA 5E41A 4GY2B 1QZ6A 1LAVA 4PA1A 4X64K 3AGKA 3TTCA 5I42A 3MX2A 1E4FT 1SZ2A 1VHXA 3AVMA 3WQTA 1ZYQA 2YI1A 4OGCA 4OJRA 1RFQA 3U8XA 2G8KA 5ELZA 4DTJA 1HJRA 3C6AA 3TAQA 2HHWA 1D4XA 1NK8A 4CCHA 4YDUA 4OO1J 4AM7A 4IXCA 4H5NA 3FFKB 4BRHA 4YDUC 5C10A 3A5OC 1VQ7N 3M5RA 4Z4EA 3SQ4A 3L2UA 2UXDK 3CCQN 3DLHA 2FC0A 3D45A 3QICA 2UUBK 3VQ9A 4M41A 2Q0RA 3AO4A 1GLLO 1HPZA 1BGXT 1C0GA 4FWSA 4EHUA 5KQ8A 1YJ9N 1NJYA 4C8OA 1BIZA 2Y1JA 2BH1A 4DU1A 4H0VB 2Q0UA 4M7XA 1NK6A 2ZWHA 4CZFA 4CJVA 4W5OA 1Q8IA 1NNEA 2KKZA 4CEEA 1Z6RA 4DTRA 3SUOA 3C95A 1S1VA 4O44A 1E4GT 3EKSA 4XEIA 5C2DA 3HT3A 4J2DA 2VWJA 4PQUA 3VQEA 3MK6A 2DFFA 3RWUA 3VF6A 2ZGZA 3SLCA 2NRXA 1FW6A 1DT9A 5KI6A 4CJWA 1W97L 3CF5L 3G71N 2P1JA 3K5MA 5C42A 3A2FA 4L3QA 5JS2A 1D9FA 1GLBG 2XY8A 2YX6A 4XH5A 1T7PA 2QWNA 5J1EA 3CC7N 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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