4JHDB

Crystal structure of an actin dimer in complex with the actin nucleator cordon-bleu
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCDVDIREDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAKSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of actin filament nucleation by tandem w domains.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein/protein binding
source organism Drosophila melanogaster
molecule keywords Actin-5C
total genus 122
structure length 371
sequence length 371
chains with identical sequence E
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jhdB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jhdB03
1ATSA 3AARA 3F9MA 3SJHA 4H0PA 4M7XA 3FZMA 2DPNA 3UE5A 1QQMA 5AQUA 1JCEA 3ZX0A 4BRHA 4E1JA 4IWVA 2V51B 2KHOA 2ZGZA 4H5WA 3IFRA 1U2VB 4FPAA 2OANA 2ASOA 1JCFA 2AA4A 4YDUA 1ATRA 2BUPA 2QWLA 1NGIA 1WOQA 2QWMA 3ZX3A 3AAQA 3L4IA 4DCHA 4EAHD 4WQ4C 4A62A 2HF3A 1P8ZA 3C7NB 4H0OA 3HSCA 1ESVA 3VF6A 2QW9A 2GWKA 1NGBA 4QS9A 3MK6A 3CQYA 4DB3A 1CZAN 5AQRA 1NGDA 4H5NA 3MCPA 3KVGA 5AQLA 3FFKB 2P9NA 1HKCA 2Q0RA 3VENA 3MMVA 2D1KA 3QDKA 3JXUA 5AQYA 5AQSA 2QWRA 4WYBA 4H0VB 4H5VA 1HKGA 2AP1A 4BR2A 2PAVA 3EKUA 4XEIA 4O5FA 4B1VA 2P9NB 1GLDG 5AQNA 4WQ5A 5AQKA 2HF4A 4FWSA 5FPEA 5E26A 5AQJA 3MN7A 1V4TA 1DEJA 2Q2RA 5FPMA 1S3XA 5AQXA 3U4LA 3MDQA 2FSKA 4H0XB 5BN8A 4BGAA 4BG9A 2E2NA 5LY3A 4AM7A 2ZGYA 1NMDA 2H3GX 1QQOA 2A5XA 3D2FA 4CZHA 3HTVA 2W40A 3EKSA 1Z05A 5F0XA 4XH4A 3HZ6A 4BQZA 2YJEA 3CJCA 2WUSA 3FR0A 4FWQA 3DAWA 5EVZA 2E1YA 4HWIA 4BR5A 4K25A 1GLAG 1ZXOA 4J8FA 3RSEA 3D2FB 3DWLA 5KQ8A 2Q31A 1WUAA 3DJCA 4KBOA 3D7EO 1MDUB 3H3OB 2CH6A 4B1WB 4PL7A 3LL3A 2A42A 5AQOA 3VEXA 4MO5A 1MWMA 1XUPO 2QWOA 3FGUA 5FPDA 2CH5A 3A0IX 1HUXA 3H3NO 3WXLA 5EXWA 5TKYA 1HX1A 3RSEB 1X9JA 4JD2B 5AFUA 1GLBG 3LDLA 3M1FA 3ULEA 3W3DA 2Q36A 4FOIA 4H0YB 2E2OA 1YXQA 4I6MA 3I8BA 1BOTO 1ZC6A 4BRDA 3EL2A 3G25A 3ZETA 1Y64A 5JICA 4FL9A 2Q1NA 3D2EA 3BF1A 4B9QA 1GLLO 3QFUA 1QZ6A 1Z6RA 2IVPA 4FWOA 3ULEB 3A5MC 2I7PA 4PKGA 4BQLA 1X3MA 1SAZA 3CJ1A 4I6MB 3EZWA 5BR9A 2P9IA 4CD1A 3ZETB 1GLCG 1NGGA 4RCHA 5E84A 4M63C 2VYPA 5LJVA 3D2EB 3H46O 4C23A 4BRQA 4H5TA 4BREA 3GBTA 1T6CA 3CJAA 5AQGA 3O5BA 4JNEA 1NGEA 3CJ7A 4QS7A 3BF3A 2ASMA 2CGJA 3ENOA 3U9ZA 3UKUA 3EN9A 2ZWHA 5JMVA 2A3ZA 1HKBA 3M6GA 2P9IB 1ATNA 4H0TB 3WXIA 4BC4A 3L0QA 3FZFA 2F9WA 3ATVA 5LJWA 4RWTA 5AQHA 1EQYA 1GLJO 2YI1A 2ZF5O 3AY9A 5KPTA 2HOEA 2IIRA 4NO7A 4XH5A 5B8HA 1BWFO 4EIAA 3H6EA 3B8AX 4CZJA 4JN4A 3ENHA 4GNIA 3UKUB 5BRHA 4BRIA 3LDOA 3ZEUA 4B1UB 4CZEA 3EO3A 3AAPA 1C0GA 2J4RA 3CJ9A 4CD3A 4BGBA 1HJOA 4BR9A 3BEXA 1BDGA 1K8KA 1NGFA 4BVOA 5JLHA 1KAXA 1QHAA 5AQPA 2YJFA 2VCPA 5AZJA 3WQUA 4JHDA 5EX5A 4BRAA 1NM1A 3ZEUB 3IMXA 4EFHA 1NGJA 3CI5A 5EOYA 4O8KA 1RGIA 3GE1A 4FWLA 1K8KB 2P9PA 3BUZB 4FO0A 5KPZA 3WT0A 1V4SA 1BU6O 4BRPA 1BUPA 4YDUC 3O1WA 4MLHA 5AZJB 3WEEA 1HPMA 3VOVA 1HLUA 4JHDB 5CE3A 5AQQA 2V7YA 2FXUA 3IDHA 3JS6A 3CIPA 5FPNA 1S22A 2E20A 2P9PB 2P9SA 1SQKA 1BO5O 2P9LA 4FWKA 4LC9B 3GG4A 1DGKN 2E1ZA 4L3QA 3WUHA 5AQWA 3WEEB 4HTLA 4K41A 1RFQA 2D4WA 2BTFA 5KPRA 4BROA 1U6ZA 3O6WA 3LDQA 2P9SB 3CQXA 2ASPA 2P9LB 1X3NA 1TUYA 1C0FA 1E4FT 3U8XA 4ISFA 2E2QA 5F2RA 1Q18A 2GTDA 1JCGA 4BRNA 4WQ5C 3VF2A 3DXMA 4B1YB 3I33A 2IVOA 3FE1A 2FF6A 3DXKA 2ITMA 3A8YA 3A5OC 2E2PA 4BVPA 4DQ8A 5BREA 3VEOA 4FSVA 1YUWA 3VGKA 3O80A 5AQFA 1NGHA 3VGLA 4A2BA 3J8AA 4Y0WA 3ZX2A 4WQ4A 1BA0A 1IG8A 2IVNA 4CBWA 3WXJA 3DXMB 4NB4A 1MA9B 3HBTA 3VERA 5EY4A 1D4XA 4BR7A 1XC3A 3U9DA 4BRFA 1OKJA 2D0OA 1T44A 3VF4A 2D0PA 3MN9A 3S41A 5BRFA 2W41A 4IJNA 2QM1A 3L6QA 4CZMA 2NZTA 2YHYA 3C0BA 4H03B 4A2AA 5ADXA 3WQTA 1LOTB 2GWJA 1GLEG 2FSNA 3CERA 4K43A 3CETA 2V7ZA 1T6DA 2P9KA 4BRCA 1LCUA 2NLXA 4BC5A 1J6ZA 1R59O 4MO4A 4ISGA 3FZLA 5AQIA 3CJBA 2A41A 3ATUA 3C7NA 3GL1A 3LM9A 4CZGA 4BG8A 3BP8A 3VESA 1RDWX 5BN9A 4CI6A 1IJJA 2CGLA 2EWSA 4BRGA 2PBDA 1BG3A 5I9EB 2E88A 2P9KB 3QFPA 3TU5A 1SZ2A 2YHWA 3MN5A 2UYTA 5BPMA 1TYQA 4A61A 3H1QA 4CBUA 3VEVA 1MWKA 3MN6A 3W0LA 3UB5A 3QMLA 1E4GT 4IO8A 3QBXA 3FZHA 3LDNA 2YCHA 4PL8A 3UKRA 2QWNA 1NBWA 5AFUH 5AR0A 3FZKA 3R8EA 1TYQB 3GOIA 3QBWA 1ZBSA 4BR4A 4IXCA 2GELA 3O08A 2E8AA 2I7NA 4BC2A 3CHWA 4H5RA 1DKGD 4JAXA 4MLEA 5AQTA 4F9OA 2A6AA 4IJAA 2FLOA 3QB0A 2VWBA 3SMPA 4BC3A 3UKRB 2CGKA 3VEZA 5F1XA 3VGMA 2F9TA 2GUPA 3VEWA 3LM2A 4FWMA 3KZBA 2Q97A 4BRMA 1H1VA 3R6MA 4EHTA 1GLFO 1G99A 4EHUA 4BRKA 1NLVA 3FLCO 2P9UA 3GDQA 5BRDA 2FF3B 5AQVA 5ADXH 1KXPA 4FWRA 1BA1A 3LDPA 2HMPA 4CBXA 2NRHA 3O4WA 3OHRA 5AZIA 4FWPA 1YVNA 3IUCA 4GY2B 4XH1A 1KAYA 3H45C 5KQDA 4B1ZA 4JD2A 4CZIA 2GEMA 4FWNA 3SMSA 4CJ7A 3QICA 3P4IA 2P9UB 1YAGA 3R9PA 3SLCA 2QWPA 5BPLA 3VPZA 1NGAA 3ID8A 4PKHA 5JLFA 3H1VX 1TUUA 5AZIB 3KHYA 1NWKA 3M3ZA 4BRLA 5BPNA 4BR0A 3A5NC 1NGCA 4FOEA 3A5LC 4IZ9A 5ELZA 4B1XB 2Q0UA 2A40A 3O1BA 4CZLA 1KAZA 4DHYA 3O8MA 4AM6A 4CZKA 3HM8A 2QXLA 3TPQA 2QWQA 3VETA 4CZFA 4PKIA 3DXKB 3HI0A 5AQZA 4ISEA 4RTFD 3VEYA 5AQMA 3SK3A 4Z94A 4FPBA 2V52B 3WXKA 2FSJA 4K42A 1XQSC 4QS8A 1QQNA 1U2VA 4M7YA 1QZ5A 2YHXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AARA 3F9MA 3VQ5A 2VG7A 2OTLN 4M7XA 4AHCA 1M90O 2FBVA 3CF5L 3UE5A 4DU1A 4AHUA 2HHHK 3EE9A 3MXIA 1OVQA 4JKEA 3TAFA 2V51B 2KHOA 4JKHA 3V9WA 2DFFA 4DR2K 1BCOA 1IKYA 1QS4A 1U2VB 1TL3A 4YDUA 2BUPA 5SZTA 3F2KA 4U67L 4EAHD 3N4PA 4IEIA 4C8MA 1CXQA 1LAVA 1WLJA 4H0OA 3TARA 3HSCA 2UXCK 3VF6A 4CIEA 1OH5A 3PSFA 1KC8O 1WBBA 4O5BA 3SQ4A 2G8FA 4N5SA 1JLFA 3KVGA 4LH4A 2OPQA 1YHQN 1HNIA 2P9NA 3C6AA 4ID5A 3P1GA 3L2QA 3PV8A 3SUOA 4HUGA 4JEPA 3HVRA 4FJIA 4X62K 3R1XA 1FW6A 3V6DA 4H5VA 3OTOK 4LFCK 2JLEA 1HKGA 4GKJK 4CGIA 1QE1A 4CGGA 4JYAK 5AQKA 1DEJA 3AGKA 5AQXA 3MDQA 4KO0A 2O4IA 5C42A 2FSKA 4BG9A 2ZGYA 4FM0A 4I7FA 3D2FA 4CZHA 1J53A 3BDPA 4DTNA 1NJIO 3NF6A 1Q81O 3O9SA 5F0XA 4XH4A 2UUBK 1VQ8N 2YJEA 4PHTX 4IFVA 4J2EA 4CE9A 1W0HA 1I94K 5EVZA 1VQ5N 2HBMA 2B6AA 4J8FA 3P5JA 3VTHA 3G71N 3H3OB 3DYAA 5AQOA 4DSKA 4MO5A 1MWMA 2QWOA 4FJJA 2RKIA 5MLCQ 3FGUA 1OVYA 3C6HA 1HMVA 3J7YP 3NHGA 3H3NO 3MX2A 4GV9A 4B3OA 5EXWA 2NRTA 3RSEB 2P5GA 1X9JA 4JD2B 4Z4CA 3CM6A 5AFUA 1GLBG 3W3DA 2Q36A 4DF4A 1JKHA 1BOTO 1BGXT 1ZC6A 3NH1A 3G25A 2HBLA 4CERA 4CJUA 3K5LA 2KTQA 4LY7A 4B9QA 5FRNA 5C12A 3ULEB 2Z1IA 2I7PA 4CEQA 4PKGA 4OKEA 2D5RA 1U04A 3CJ1A 4B9VA 4KREA 1NGGA 5LJVA 4H8KA 4BRQA 4H5TA 1T03A 3UIQA 3U6FA 5AQGA 1T6CA 3CJAA 3O5BA 3CJ7A 1RDUA 4JI1K 3AO1A 1RBSA 5KGXA 4YOWA 3L0QA 3FZFA 2KFZA 4KI6A 5AQHA 3Q7BA 1EQYA 2YI1A 3AY9A 3O9QA 5KPTA 3K0SA 1NMNA 1KFSA 3BZKA 4OO1J 4W5NA 5B8HA 2KLAA 3H6EA 1S5JA 4CZJA 4JN4A 3DRPA 4AHVA 4B9NA 5CR4A 3UKUB 3LDOA 1JLBA 4B1UB 4YOVA 4NLBA 4BR9A 3BEXA 1HPZA 1GOAA 1NGFA 1TVRA 3P31A 5AQPA 3I0RA 4BY9C 5AZJA 3T1HK 4OVLA 1Q8IA 4CEFA 3AVHA 4BRAA 3TWHA 3CI5A 4JKGA 3EE8A 3NVMA 4HUFA 4FWLA 4DSJA 1V4SA 2E6MA 4FLZA 3O1WA 3WEEA 4NYNA 1BI4A 4CF2A 1HLUA 4DSIA 3C6TA 4BWJA 2V7YA 2UXBK 3EY1A 1RTJA 1FXXA 1W9HA 1DTTA 3HL8A 2P9PB 4L8RB 4OLAA 1SQKA 1TAUA 3OYEA 2P9LA 3GG4A 1YF5L 2KQ2A 4JI2K 1GOCA 1RFQA 2D4WA 3TTFA 3SV3A 2HBKA 3MX5A 3SCXA 4DS5A 5KPRA 2HB5A 1KLMA 1U6ZA 3O6WA 3RMCA 3M5RA 3AV9A 1TK5A 3QERA 1YJNN 2E2QA 1IKXA 2GTDA 4KKOA 1WSHA 4FJLA 1DT9A 4DR7K 1WAJA 4V19S 3F73A 3I33A 3T69A 3HT3A 2ITMA 3A8YA 3D0PA 4OLBA 4DFKA 3S9HA 4J2AA 4CFAA 2QK9A 1QQCA 4CBWA 1VQ7N 3S3OA 3WXJA 4NB4A 1MA9B 3VERA 4OPKA 1OKJA 1T44A 4KHYA 3S41A 4Q0BA 1SKWA 1N6QA 4KH5A 1OH8A 2XY5A 2ZE2A 4FJXA 1P90A 4CJLA 4CZMA 5M1NA 3C0BA 1LWEA 4A2AA 4O0IA 1LOTB 4ELUA 2KZZA 2GWJA 1LAWA 2FSNA 1Q82O 1S1VA 2V7ZA 2P9KA 3KWIA 2UUCK 3TAPA 4DR5K 1J6ZA 1R59O 4MO4A 5AQIA 5D3GA 3LDSA 1JL1A 3C7NA 3GL1A 4N56A 4CZGA 4AHRA 1JLGA 2W6KA 5GAHP 5BN9A 3AA5X 3V1OA 1BG3A 3QETA 1SL2A 3QFPA 3VQCA 1J5OA 4I9QA 4UQGA 4M3RA 2ATQA 4IFYA 3MN6A 3W0LA 2A1SA 1HNXK 4B8AB 3UB5A 1XMQK 1E4GT 4UY8O 2YHAA 2YV0X 3FZHA 3P38A 1HNZK 4DTOA 3DLGA 1NBWA 2O8BB 3CCVN 4GMJB 3FZKA 5KTQA 2HVHA 3QBWA 1ZBSA 4YOTA 3NH0A 2QKKA 2OZMA 3CMAN 2GELA 4PUOA 4N76A 2I7NA 1DKGD 5AQTA 3L3VA 1S6PA 4F9OA 4I9LA 4JRPA 3AVMA 4IJAA 3NCIA 5HRNA 2P5OA 1C6VA 4BC3A 1FKPA 1B92A 2QA4N 5F1XA 3T7ZA 4CJEA 2W6LA 4JK7A 5CZ1A 1G15A 4BRMA 2Q97A 1BQNA 2VWJA 1L3SA 1IBKK 4N41A 4QCLA 1ITGA 4ELVA 1X1PA 3GDQA 4WCEL 2FF3B 5AQVA 3LZIA 4DTRA 5ADXH 1C0UA 4CBXA 5M1FA 3HK2A 2NRHA 4DTJA 5AZIA 4K0KK 2O8EB 3IUCA 1X9MA 5I42A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DV7 K;  1U45 A;  3QBX A;  4J2B A;  1XHX A;  4DWI A;  2YCH A;  4FJ5 A;  1EKE A;  1NU0 A;  5AR0 A;  4YFU A;  3HP9 A;  3KJV A;  1TYQ B;  4ZHR A;  3OYC A;  4TSX A;  4BR4 A;  1L3T A;  3N4Q A;  3OYA A;  4RW8 A;  1C1C A;  1VSK A;  4MLE A;  1C1B A;  1U4B A;  4CJP A;  3SQ2 A;  4NCG A;  3VEZ A;  2PFU A;  1J9A A;  4DS4 A;  4DQI A;  1HRH A;  2O8E A;  3VEW A;  3LM2 A;  4WFB L;  4FWM A;  3PIO L;  1G99 A;  3FLC O;  4C8L A;  3KD1 E;  1VHX A;  3MEE A;  1KXP A;  4I2P A;  3V4I A;  1VQN N;  3O4W A;  1FK9 A;  3OHR A;  3J7Z O;  3IAY A;  4JK9 A;  4XH1 A;  4CJK A;  4DV3 K;  3E01 A;  2GEM A;  4M41 A;  4CJ7 A;  4DMN A;  3QIC A;  3VA3 A;  4HTU A;  1RT6 A;  4JI3 K;  3B6P A;  2QWP A;  3MCA B;  3ID8 A;  4PKH A;  3H1V X;  1TUU A;  3KHY A;  4B9U A;  4BRL A;  1X9S A;  4IDK A;  4IZ9 A;  3AVC A;  2A40 A;  1VQP N;  1XMO K;  4DHY A;  1XWL A;  4AM6 A;  5JVG L;  2QWQ A;  2F8T A;  3AVN A;  3L2V A;  1QVF M;  3H08 A;  3JYT A;  4FJN A;  4LFB K;  2V52 B;  4K42 A;  1XQS C;  1QQN A;  3VEO A;  5J1E A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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