4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
molecule keywords Chaperone protein DnaK
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
1T6CA 4CZJA 5AQPA 4GY2B 2FF6A 1HX1A 5F2RA 2FXUA 1YAGA 4WQ5C 5AR0A 3VEZA 2A6AA 1MWMA 3UKRA 4R5LA 3C7NB 1BO5O 2BUPA 2FLOA 4BR7A 4CBWA 2P9KB 4B1ZA 1K8KA 2IIRA 4BRGA 3DPQA 4EZNA 2FSKA 3T47A 2ZGYA 5EOYA 5FPNA 4H0YB 1U2VA 1GLJO 4H5TA 4KBOA 3MDQA 1BDGA 4E81A 3A5LC 5BRFA 2P9NB 4O5FA 2QWMA 1D4XA 2HOEA 2P9LA 3IUCA 4BR2A 4BRFA 3ULEB 2CH5A 4FWLA 4CI6A 3CQYA 3T4AG 1WUAA 4CZIA 4EZVA 2F9TA 3SMPA 4Z94A 3A5NC 2VYPA 2GWJA 1YVNA 3SLCA 5JLFA 4EZQA 4R5GA 4EZZA 4XH5A 2ZF5O 2CGLA 2A42A 4H5WA 4H0XB 1NM1A 3A8YA 3CJ1A 1QZ5A 4B9QA 3H6EA 3AY9A 5F0XA 4MO4A 1HKCA 4DB3A 4FWRA 4DCHA 1JCFA 4H0TB 1GLLO 1LCUA 3MK6A 4K42A 4HTLA 2YJFA 3C0BA 2BTFA 2CGKA 3MCPA 4NO7A 1KXPA 5AQNA 3DPOA 3QDKA 4BC3A 4CZLA 4BRKA 3M6GA 1GLFO 3ZETA 2H3GX 5AQSA 4BRHA 1E4FT 1QZ6A 1NGHA 2QXLA 3GG4A 4BG8A 1TUUA 2DPNA 3H46O 4O8KA 5LJWA 1BUPA 3L0QA 1MA9B 4M63C 3BF3A 2GEMA 3LDLA 3LDOA 5BN9A 3QBWA 2YHXA 4WQ5A 5BPMA 3LM9A 4H6IA 4WQ4C 2V51B 3IDHA 2PAVA 2GELA 3ZX3A 3ATVA 4BRAA 2E88A 2P9SA 3EKUA 4FO0A 3R9PA 4IO8A 4JHDA 2P9IB 3H3OB 5BRDA 5AQJA 3UKUA 3CERA 4CBXA 2VWBA 4H0OA 1XC3A 5AQGA 4MO5A 4BR4A 3BUZB 4AM6A 3HTVA 3QFPA 4PKHA 1SQKA 1TUYA 2P9UB 3U9DA 2D0PA 5AQYA 3ZX2A 3WQUA 1E4GT 1GLBG 5AZIA 3VEYA 4F00A 1QQMA 3D2FB 1RDWX 3QB0A 2YI1A 3D2EB 4WV5A 4H5RA 4QS7A 3FE1A 3TPQA 2V7YA 1ZXOA 4PKGA 1NLVA 5E84A 2V7ZA 2P9SB 4JD2A 1ATNA 3IMXA 1S22A 1GLAG 5BREA 4R5JA 3UE5A 4HY9A 2GUPA 3J8AA 3VOVA 4A2BA 4IXCA 3RSEB 2Q0UA 3LDNA 2E2NA 5EX5A 4JAXA 1BG3A 3WXKA 3LM2A 3QFUA 4PKIA 3O80A 4BC4A 3VPZA 2E8AA 4H5NA 4IWVA 3VESA 2YHWA 1KAYA 4FWMA 1NGEA 2QWQA 3MN6A 3VF2A 3VEWA 5AQXA 3FZHA 3L3OM 3FGUA 3VEXA 2E1ZA 1QHAA 4BR0A 3IFRA 1BA0A 1TYQA 1P8ZA 2QWOA 5I9EB 4MLEA 3H3NO 4EZUA 1Q18A 2ASMA 5FPDA 3HSCA 4JD2B 2OANA 1ATRA 3KVGA 4CZEA 4A2AA 4WQ4A 3WXJA 3H45C 4FWPA 2E2PA 4J8FA 4CBUA 3GOIA 3GDQA 2I7PA 3DAWA 4FWNA 2Q2RA 2QWLA 4BVPA 2W41A 3VGMA 1NGGA 1H1VA 3U8XA 1HJOA 1CZAN 4BGAA 4I6MB 5AQQA 3T48A 4A61A 3FZKA 2PBDA 3R8EA 3EZWA 3KZBA 2Q0RA 2YHYA 1GLEG 5CE3A 1Z6RA 3H0XA 5AZJA 4B1YB 4FSVA 5AQUA 1YXQA 2HF4A 4RTFD 3DPPA 2ITMA 5AQIA 1DGKN 1NGDA 4FWOA 3CIPA 3GL1A 5JLHA 3O4WA 1NBWA 3O5BA 2E20A 3UKRB 5AQMA 3QNJA 1Y64A 2IVPA 1K8KB 3ZX0A 4B1WB 1ZBSA 4F01A 2P9PA 3BEXA 4FOEA 1ESVA 5EY4A 4PL8A 1U2VB 1QQOA 2E2OA 1LOTB 3MN7A 3S41A 3ZEUA 3F9MA 2ZGZA 4BRPA 2D4WA 4QS9A 3U9ZA 5KPTA 2P9LB 1NGAA 3O1WA 4BG9A 4F9OA 3VF6A 4EFHA 3R6MA 3A5OC 1GLDG 5BN8A 4AM7A 2QWPA 1HPMA 4EZPA 3T46A 4BRQA 2V52B 3I8BA 3O6WA 5BPNA 4JWIA 3SK3A 4K43A 4QS8A 1BA1A 3OHRA 4BRMA 1S3XA 3OHXM 1RFQA 1SZ2A 3DJCA 3LL3A 2D1KA 2EWSA 1CKRA 1U00A 3CQXA 3LDPA 4CD3A 5ADXA 4CD1A 1NGBA 4EZOA 3W3DA 2OP6A 4H0VB 1HKGA 3L6QA 4IJAA 2VCPA 2A40A 2Q36A 4MLHA 3BF1A 3WQTA 4BROA 5AQVA 3N8EA 3LDQA 2HMPA 3CJ9A 3MN5A 3WXIA 3ZETB 5B8HA 3HM8A 5BPLA 4H5VA 1DEJA 4BQZA 4L3QA 4PO2A 3HBTA 4DQ8A 5LJVA 1KAXA 2D0OA 4CZHA 2I7NA 4ISFA 4M7XA 5EVZA 1HKBA 2FSNA 3FZFA 3EKSA 2QFFA 2W40A 1WOQA 5FPEA 4EZTA 2UYTA 1HLUA 1JCEA 4BRDA 5F1XA 2ASOA 1BU6O 4JHDB 4JNEA 4CZGA 5AQKA 1DG4A 4XH1A 4JWCA 1X3NA 3ID8A 4ISEA 3UKUB 4BR5A 4IJNA 1IJJA 4XEIA 3M1FA 4FWQA 4XH4A 5KQDA 4EZRA 3B8AX 3DXMA 2AA4A 1EQYA 1KAZA 4HYBA 5AZIB 1MDUB 3I33A 5AQZA 1Z05A 3WEEA 1XUPO 3HI0A 1ZC6A 3MMVA 3W0LA 4R5IA 3CI5A 5JICA 1DKYA 4RCHA 1DKGD 4FWSA 3C7NA 5AQOA 2P9KA 3AAQA 4BRIA 3BP8A 2FF3B 5KPZA 2Q1NA 4EZXA 5EXWA 3VEVA 3GBTA 2QM1A 3VGKA 3H1QA 3CETA 2P9NA 4LC9B 4BRCA 3WUHA 3VEOA 3VERA 1NWKA 3ULEA 4JWEA 3EL2A 3DOBA 5AQFA 5BRHA 3QBXA 2NLXA 3FLCO 4FWKA 2QWRA 3SJHA 1BPRA 1U6ZA 5AQHA 3WEEB 2CGJA 4BGBA 4CZKA 1IG8A 1XQSC 1DKZA 3VENA 5LY3A 4EZSA 1NMDA 2FSJA 5ELZA 1TYQB 3VF4A 3P4IA 4GNIA 4YDUC 4K25A 1Q5LA 1MWKA 3ATUA 4FOIA 1X3MA 3HZ6A 1T6DA 5AFUH 3WT0A 5AQLA 5AQWA 5ADXH 2IVNA 2CH6A 3CJBA 4C23A 2QWNA 3DQGA 5KQ8A 2HF3A 2BPRA 2KHOA 1C0FA 1NGJA 3H1VX 3VETA 3G25A 5E26A 4CZMA 3DXKA 3T49A 3FFKB 5KPRA 1QQNA 2IVOA 5AZJB 4FPBA 2Q31A 4EHUA 1ATSA 4Y0WA 1BWFO 3EO3A 2E2QA 7HSCA 3ENHA 1C0GA 1G99A 3AAPA 4E1JA 4B1XB 5AQTA 2WINM 4CZFA 2AP1A 3GE1A 1V4TA 3O08A 5AFUA 2P9PB 2P9IA 4R5KA 3O1BA 5FPMA 2ZWHA 3ZEUB 4BC2A 4BC5A 3MN9A 4EAHD 3DXKB 1J6ZA 2NZTA 1T44A 3A5MC 3AARA 3JXUA 2P9UA 2QW9A 1R59O 4JN4A 3D2FA 3ENOA 4DHYA 4BREA 3EN9A 4K41A 4BRLA 3D2EA 4WYBA 2ASPA 5JMVA 3D7EO 4A62A 1HUXA 4B1VA 4BRNA 3O8MA 5BR9A 4EHTA 3M3ZA 4YDUA 2GWKA 4EZWA 4BR9A 4RWTA 1X9JA 3WXLA 2A5XA 5TKYA 1GLCG 3UB5A 2A3ZA 4H03B 3DWLA 3RSEA 4PL7A 4FPAA 4B1UB 2GTDA 5AQRA 1NGCA 4JWDA 1DKXA 3SMSA 4NB4A 1SAZA 2Q97A 3CHWA 4IZ9A 3A0IX 1NGFA 2F9WA 3TU5A 4ISGA 3U4LA 3CJ7A 3QICA 2J4RA 1YUWA 3CJCA 4FL9A 1BOTO 2WUSA 1NGIA 4H6HA 4BQLA 4WV7A 4EZYA 3JS6A 4H0PA 1RGIA 3QMLA 3KHYA 1OKJA 2YJEA 3FZMA 3FR0A 4M7YA 4HWIA 4JNFA 4I6MA 3VGLA 3FZLA 2E1YA 4CJ7A 3L4IA 1JCGA 2A41A 3DXMB 2YCHA 2NRHA 3CJAA 4BVOA 4EIAA 1V4SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HYVA 4DTNA 4CZJA 4C8KA 2IDOA 3ZSYA 4H4MA 1J9AA 2E6LA 5AR0A 4NCBA 3LAMA 3VEZA 1RT5A 1JL1A 3HOSA 4CGGA 2BUPA 2BDPA 4E72A 4B1ZA 1K8KA 3VQ7A 3ZSZA 4JKHA 2FYVA 5FPNA 3TABA 1JLGA 1U2VA 1Z26A 4FZXC 3QEPA 1BDGA 2E4LA 4O5FA 1J54A 2P9LA 2HHIA 2HHVA 3J80O 3N4QA 3NF6A 3TSUA 3OYAA 3VEAA 3VQQA 1IKVA 4FLXA 1RT3A 4Z94A 2G8KA 1OVQA 2GWJA 4CEBA 3HRGA 4EZQA 4ILHA 4XH5A 2ZF5O 2V0OA 1NM1A 3A8YA 1QZ5A 3FFIA 2KTQA 4DB3A 3PUFA 4W5TA 4JRPA 1IG9A 4HUEA 3AGRA 3L2RA 1GLLO 3MK6A 4K42A 4OVLA 1VAZA 1YIJN 3HK2A 3D4YA 3NF8A 3Q7BA 4KHSA 3C0BA 2YKTA 4CVNE 4ID1A 2CGKA 3MCPA 3DPOA 3BUBA 4CZLA 4BRKA 3AA4A 3ZETA 4AHUA 3JYTA 3CXCM 4CJWA 2QXLA 1TUUA 4O8KA 4E1NA 5LJWA 4CJFA 1Q81O 3BF3A 3LDOA 5BN9A 3VKHA 3V1QA 4DV1K 1OAOA 4BECA 4WQ5A 1REVA 5KGXA 4DR2K 2YHAA 2W42A 3IDHA 3PY8A 4U67L 4CJEA 1RNHA 2E88A 4FO0A 4EP5A 2O4GA 5DM7L 3CFRA 1U04A 2P9IB 1OH6A 3CERA 4CBXA 2VWBA 1ITGA 1XC3A 4H0OA 1XMQK 1N5YA 4IG3A 4MO5A 4BR4A 4BE7B 3CC2N 1TQUA 2MI7A 4FLVA 1TQSA 1NOZA 1SQKA 3QIPA 2YHBA 3OYDA 2D0PA 3ZX2A 3NGZA 1R33A 4JI8K 5HBMA 3B53X 3IAYA 4CIFA 3MAQA 1X1PA 2YI1A 4AHTA 3H08A 4CW7B 1HMVA 2Z0NA 4IW0A 4LFCK 3MX5A 4PKGA 3THWB 1QX1A 3DX2A 1NLVA 3R1XA 3F9KA 4HVJA 4JD2A 3NE6A 1S22A 4LF8K 3UE5A 3PO5A 4JK7A 3VOVA 4YOYA 3OYFA 4AZGA 5EX5A 1Z25A 4JKGA 4OJRA 4K0KK 4M3RA 4LY7A 3O80A 3VPZA 4KV8A 1NK7A 3EJQA 4H5NA 4IWVA 4AHSA 2G8FA 3VEWA 4B9MA 2IAJA 1G15A 3FZHA 2XHBA 3L3OM 1S1TA 2FBYA 1QHAA 1KLMA 4BR0A 1Q9XA 4GV3A 4DSFA 4MLEA 4H8SA 2ASMA 4MFBA 4JD2B 1ATRA 3KTQA 4CZEA 1NK6A 1VQLN 3VQ6A 1M90O 3K5NA 4FWPA 2E2PA 5C2FA 4CBUA 1XNQK 4FWNA 3O9TA 1QSSA 2W41A 1E2UA 4HTUA 4DFPA 3VGMA 3CYGA 3HT3A 4YY3K 1XMOK 4R5PA 4I6MB 1RBSA 1DLOA 1KFDA 5AQQA 4A61A 5T7BA 1N8RO 2FC0A 2KZMA 3KZBA 1S5JA 4OGCA 4KIKA 3TR8A 1Z6RA 3OYJA 4FSVA 2IGIA 1S1XA 4RTFD 1BI4B 5AQIA 1NGDA 3PIPL 3I0SA 3VQ8A 1NK8A 3CIPA 3CFOA 3O5BA 1UOCA 3O3GA 3SZ2A 2E20A 3UKRB 2WTUA 5AQMA 3V4IA 3MXIA 4N76A 1BGXT 4B1WB 3SNNA 3NF7A 4E89A 4AVMA 1IBLK 2ZM6K 4QAGA 4I9QA 4FZOA 2E2OA 3S41A 3MN7A 5TKWA 3ZEUA 2G8VA 1RT2A 3RMAA 3K5LA 3NDKA 4DTPA 3HVTA 4CJPA 4AZHA 3O1WA 5CZ2A 4CFCA 3R6MA 1FKPA 3EJPA 5BN8A 4F2SA 1HRHA 1QTMA 3V6DA 2ITGA 3EJUA 3PSIA 4JI7K 2V52B 1J5OA 3M8SA 3O6WA 1T8EA 5BPNA 5C12A 3SK3A 1U49A 4UY8O 2YIVX 2PZSA 4C8MA 3LANA 3OHRA 4WFBL 1S3XA 3OHXM 4KTQA 4OO1J 1NU0A 5HRRA 1SZ2A 5ADXA 1I4TA 1NGBA 1NK5A 1NJYA 2OP6A 2NRVA 1HKGA 3SAGA 4DS4A 3L2UA 4HR1A 3MN5A 3T1YK 1TQTA 5B8HA 1TKZA 2FBVA 1YTAA 1C0TA 1KAXA 5BR8K 3NGYA 1RT6A 2G8UA 4DG1A 4CJ4A 3SI6A 2FBTA 3FZFA 1KSPA 2QK9A 1HLUA 3DLKA 5F1XA 3NAEA 4IFYA 4JHDB 3M8PA 4CZGA 3UKUB 2X6SA 3SYVA 4IJNA 5FLEX 4DV0K 3M1FA 2GAFD 4M41A 3LZJA 3ZLJA 5CZ1A 4EZRA 4EP4A 3ZSXA 3OYNA 4C8LA 4RW4A 4HYBA 4JKAA 5AZIB 3SUNA 3I33A 5AQZA 4IDHA 3HI0A 2F7TA 1HWWA 3CCQN 4FCYA 2RAJA 5AQOA 1W2BM 3AAQA 4X62K 4EZ9A 5C42A 3RRHA 4M0MA 2Q1NA 3VEVA 3THVA 4LF4K 1HJRA 1HPZA 1KRPA 3WUHA 3VEOA 2F7PA 1CXQA 4KTZA 1QE1A 3OY9A 3DOBA 5GINA 2HNZA 1LWEA 2NLXA 3EE9A 3FLCO 4FWKA 3CPWM 1HNIA 1BPRA 2RN2A 3C95A 2X6NA 2O4IA 3I2WA 1IG8A 1XQSC 5LY3A 4FJJA 4DCNC 5HLFA 2FSJA 4MQDA 3P4IA 4CHYA 3RV0A 1Q5LA 3ATUA 1XWLA 4DQSA 4JI1K 3HVRA 2YL6A 3WT0A 3LMFA 3OS1A 4BE1A 3TAPA 2B5JA 5ADXH 1SUFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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