4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Chaperone
molecule keywords Chaperone protein DnaK
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
3FZLA 3FE1A 5JMVA 5ADXH 2E8AA 3VEOA 4IJNA 1NMDA 4BRPA 4XH1A 2Q0UA 2YHXA 4H03B 5AQFA 4A62A 2CH5A 1SAZA 4I6MA 4JD2B 4BR5A 4O5FA 4FWMA 4PKGA 4JAXA 2FSJA 4PKHA 3D2FB 5BREA 3T46A 3OHXM 4M7YA 3T48A 4B1UB 5E26A 3CJBA 3DQGA 4CD3A 1QQMA 3JS6A 1H1VA 2OP6A 1Q18A 3J8AA 4FWOA 2V51B 4EZOA 5AQQA 4EZTA 1QHAA 4XH4A 2IIRA 4EAHD 4EZRA 1TUUA 4IXCA 3D7EO 1DKYA 3DOBA 3AARA 4BROA 3M1FA 4B1WB 1HKBA 1RFQA 3UB5A 3HTVA 3O8MA 2CGJA 3BF1A 3LDOA 5ELZA 2P9SA 2NZTA 3D2EB 1QZ6A 3ZX0A 4B9QA 3MN5A 4BRNA 3O1WA 3A5MC 3GL1A 3GDQA 2ZGYA 3L4IA 3P4IA 3T4AG 3CJCA 4K41A 2A6AA 3BP8A 4H6HA 1GLEG 4EHUA 4BREA 4CI6A 3ENOA 3JXUA 2V52B 4EZUA 3MK6A 3FFKB 2QWPA 2VCPA 3VEZA 4WYBA 3SLCA 3LL3A 4HYBA 4Z94A 2GWJA 3HZ6A 1RDWX 4HY9A 1SQKA 1NBWA 1NWKA 2D1KA 4JNFA 2D0PA 2QFFA 4DB3A 4WQ5C 2Q97A 1BU6O 4BRAA 3S41A 3WEEA 1RGIA 4BRIA 3C7NA 1GLJO 3C0BA 1R59O 1X3NA 3ZETA 3VENA 4J8FA 1KAZA 2YHYA 4WV7A 3O08A 4JNEA 5BPLA 4NB4A 4H5TA 3H3OB 4H5WA 3ID8A 3WQUA 4CZLA 2WUSA 2YHWA 4R5IA 1BWFO 3LM9A 4MO4A 1ESVA 3GOIA 4FWKA 1NGFA 2P9UB 2P9IB 1MWKA 3U9ZA 4A2AA 5LJVA 1K8KA 3CJAA 2FSKA 1TYQB 2YCHA 4B1XB 1U2VA 1GLCG 5AZIB 2P9KA 4EFHA 3VF4A 1NGJA 2A40A 1NM1A 3DJCA 1QZ5A 4JWIA 4BG8A 4BC5A 1XQSC 2E88A 3I8BA 3DXKA 2E20A 2V7ZA 2OANA 4Y0WA 4A61A 3H0XA 4BGAA 3A0IX 3VOVA 5FPEA 3H45C 2F9WA 4BRGA 1MDUB 4XEIA 3WT0A 4JWDA 5AZJB 4CZJA 1DGKN 2E1ZA 3DXMB 4FSVA 3QMLA 4EZXA 2IVNA 1HX1A 1HLUA 4FWLA 3VGLA 5F0XA 3MMVA 5AQPA 1OKJA 4EZZA 4NO7A 4YDUC 3A5OC 4ISFA 4CJ7A 1E4FT 1KXPA 5AQJA 4EZQA 5EOYA 5FPDA 1NGDA 1HJOA 4DHYA 3FGUA 2ZF5O 2QWNA 4LC9B 3EN9A 2QWLA 1S3XA 2F9TA 3ULEA 3H46O 3KHYA 1E4GT 2D4WA 3TPQA 4CZMA 4R5KA 4O8KA 5FPNA 1SZ2A 2W41A 3R8EA 3VERA 1CZAN 1Z05A 2QWRA 2FXUA 2YJFA 2WINM 2YJEA 2FLOA 3B8AX 3MDQA 4BG9A 4BC3A 1P8ZA 5BPNA 2EWSA 4BVOA 3HSCA 4ISEA 5BN8A 3HBTA 3FLCO 2P9PB 4JD2A 4BR9A 3VGKA 3DAWA 3D2FA 3EL2A 1IG8A 4ISGA 3SJHA 3I33A 2IVPA 1NGCA 3IUCA 4BRCA 2HF3A 1QQOA 3ZEUA 1TUYA 2PBDA 4RWTA 4CBWA 1BPRA 1X9JA 3ZX2A 1D4XA 3L3OM 3M6GA 4FL9A 2GUPA 4AM6A 3FZFA 5LY3A 1ZBSA 1DKZA 3O4WA 2AA4A 3QICA 2I7NA 2I7PA 5AR0A 4RTFD 5AQWA 3H6EA 5FPMA 5KPRA 2J4RA 3BEXA 3D2EA 5AQKA 4BRHA 3VGMA 1HPMA 3WXLA 3VF6A 2Q2RA 4BC2A 4H6IA 2CGKA 2VYPA 4BRMA 3FZMA 3QFPA 4MLHA 5KPZA 2GELA 3AAPA 1ZXOA 4EZYA 1NGGA 5AQTA 4EHTA 1J6ZA 1ATSA 4KBOA 4CZFA 5AQHA 4WQ4C 1S22A 1HUXA 1NGBA 3RSEB 4BRLA 2H3GX 3IFRA 1MA9B 2CH6A 4WQ5A 1HKGA 3SK3A 3DPOA 5AQNA 3R6MA 1WOQA 1DKGD 1X3MA 2A42A 3U8XA 3UKUB 3FZKA 1NLVA 5LJWA 4BRKA 3OHRA 4FOIA 2Q0RA 4B1YB 4PL7A 5EY4A 3VEWA 2ASMA 4PL8A 2P9NB 4XH5A 2QXLA 4PKIA 3VEYA 3VF2A 4R5GA 3VETA 2Q31A 5KQ8A 4H5VA 4K43A 3KZBA 5F1XA 4M63C 3CIPA 3ATVA 3CHWA 4GNIA 3R9PA 4WV5A 3HI0A 3L6QA 3ATUA 1V4TA 1YAGA 5CE3A 1ZC6A 1DKXA 1IJJA 3SMPA 2PAVA 2P9UA 4C23A 4CZHA 2P9IA 4CD1A 2P9LA 1NGIA 4FPBA 4BGBA 2A3ZA 1TYQA 2DPNA 5KQDA 3O80A 3CJ7A 5AZIA 4H0PA 4JWEA 5AQMA 2ASPA 4BR4A 4H5RA 4JWCA 1BUPA 3MN6A 7HSCA 1T6DA 4QS7A 2KHOA 3ENHA 3U4LA 4FPAA 3EKUA 3CI5A 1Z6RA 2E2QA 4RCHA 3F9MA 3AAQA 4H0TB 4B1VA 2BPRA 3UKRB 5AQOA 4A2BA 1QQNA 5AZJA 1BO5O 2HF4A 3MN7A 4PO2A 1T44A 3BUZB 3WXJA 3DXMA 4BR0A 3VESA 3QBWA 4JHDA 4DQ8A 4H0VB 3W0LA 2V7YA 2ZGZA 4YDUA 2A5XA 4E81A 4QS8A 3VEXA 5AQLA 3G25A 3VEVA 4BC4A 1JCFA 4IZ9A 5AQVA 4I6MB 4BQZA 5F2RA 2QW9A 3FZHA 3LDPA 3O6WA 4CBUA 2E2NA 3GBTA 4IWVA 4AM7A 4EZVA 3CETA 2FSNA 1GLFO 2ZWHA 4F9OA 2QWQA 4FWNA 2ITMA 4FWQA 3SMSA 3ZX3A 5BRHA 2NLXA 4R5JA 3GE1A 1U6ZA 1C0FA 4EIAA 1T6CA 4CBXA 3A5LC 2IVOA 3ZEUB 2P9SB 1MWMA 1KAXA 2P9PA 3O1BA 2FF3B 4BRDA 1GLLO 1BOTO 4EZNA 4M7XA 3WXKA 4H0OA 4HWIA 3QDKA 4H0YB 2E2PA 2GEMA 5JLHA 3WXIA 2QWMA 1GLAG 4FWRA 4DCHA 3CQXA 5BN9A 3M3ZA 1GLBG 3O5BA 3EO3A 1YVNA 1DEJA 4CZKA 3EKSA 1JCEA 4CZIA 4R5LA 2UYTA 3A8YA 3HM8A 1NGAA 1WUAA 3DWLA 5AQUA 5AFUA 3WEEB 3C7NB 5AQSA 3T47A 3DPQA 4IO8A 3ZETB 4JN4A 3H1VX 4MLEA 3AY9A 3QB0A 3WQTA 5B8HA 4BQLA 1ATRA 3LDNA 4WQ4A 3EZWA 5BPMA 4CZEA 2E1YA 4F01A 2GTDA 3CJ1A 1BA1A 4HTLA 2A41A 1DG4A 5I9EB 4F00A 3RSEA 1BDGA 4GY2B 5AQYA 1Y64A 2ASOA 3IDHA 4BRQA 1BA0A 2HOEA 4CZGA 5BR9A 1CKRA 2BUPA 3UKUA 5AQGA 2FF6A 3QFUA 3A5NC 3IMXA 2BTFA 1K8KB 4FWSA 1KAYA 2P9NA 3QNJA 3T49A 2D0OA 3H1QA 1EQYA 1U2VB 2QM1A 3LDQA 5AQRA 3N8EA 2P9KB 5AQZA 2YI1A 3MCPA 3TU5A 5ADXA 4BR2A 4FO0A 1V4SA 3H3NO 3DXKB 4EZPA 3DPPA 2P9LB 5EVZA 1NGHA 4H0XB 2VWBA 4BR7A 5AFUH 3LM2A 1NGEA 3L0QA 1XUPO 2GWKA 4L3QA 4MO5A 3UE5A 3QBXA 4B1ZA 3LDLA 4BRFA 2AP1A 1G99A 2NRHA 3W3DA 5E84A 2E2OA 5JLFA 3GG4A 4FWPA 4K42A 1JCGA 4FOEA 5EX5A 1ATNA 1C0GA 5JICA 1LOTB 5TKYA 1GLDG 3MN9A 1XC3A 2CGLA 4EZWA 3CQYA 2W40A 2HMPA 3BF3A 1U00A 1YXQA 4EZSA 3FR0A 5EXWA 4QS9A 3KVGA 5KPTA 4E1JA 4JHDB 1Q5LA 3UKRA 3WUHA 1HKCA 4IJAA 5AQIA 3ULEB 2Q1NA 2QWOA 1BG3A 5BRDA 2Q36A 3VPZA 3CERA 5AQXA 4H5NA 1LCUA 3U9DA 3CJ9A 4K25A 4BVPA 5BRFA 1YUWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DF4A 5ADXH 2HHTA 3VEOA 3C95A 4UDXX 4KREA 2PMRA 4BRPA 4XH1A 5AQFA 2YHXA 4FWMA 4PKHA 3D2FB 5BREA 3NDKA 3WNFA 2V0OA 3T48A 4GVEA 2YNGA 3ZSYA 3TARA 3E9LA 2BGGA 5E26A 4CFBA 3V1OA 4DG1A 2E6LA 3OBWA 4O4GA 4CESA 1ASUA 3ITHA 3P39A 4EZOA 1FW6A 3AA4A 2IIRA 4FZZA 4OLAA 2Z1HA 3KK2A 3CC7N 3D7EO 1DKYA 1LW0A 4OPKA 3V9XA 3HTVA 2O8DA 4AZIA 3LDOA 1NJIO 4DSIA 4B3TK 3O1WA 3B6PA 4N76A 1NK9A 3GDQA 1F21A 1EP4A 4AZ6A 4OPHA 2OA8A 2FBXA 3CJCA 2X3WA 3LPTA 3AO3A 4H6HA 1TQTA 1WAFA 4BREA 3VA3A 4DSLA 2ND1A 2O4IA 3FFKB 1FKPA 3DDFA 4WYBA 4HYBA 2A1RA 4LSLA 3PV8A 1RDWX 4F3TA 5CZ1A 4B9SA 1NWKA 4DR3K 2OYQA 4JNFA 2D0PA 5LMNK 2QFFA 1QX1A 4WQ5C 1BU6O 4BRAA 3S41A 4IEIA 4RW4A 3V81A 3D6RA 1RGIA 1TKXA 4IM0A 3OS2A 5GIPA 4IFVA 4I9QA 1L3TA 1X3NA 3ZETA 3VENA 3O4QA 1VQLN 4WV7A 1Y2OA 4K0KK 3O08A 1ITGA 2P5OA 2YKNA 4WFAL 4FJNA 2F8TA 4FJMA 1TL3A 4ID1A 2HHXA 3PX4A 4M45A 4JI7K 2WUSA 2YHWA 3G0ZA 4CJKA 1ESVA 4M3XA 4KIKB 4CJUA 2JWKA 4GW6A 5HP1A 4ZTFA 1HXKA 2P9IB 2E4LA 3U9ZA 3N4QA 4WPEA 4A2AA 3CJAA 2OCEA 1VRTA 1U2VA 1XHXA 3J81O 3B53X 3MWPA 3FD9A 3EY1A 3C6HA 2A40A 3LAMA 2HSTA 1WSEA 3AO1A 2OANA 4Y0WA 2ND0A 1IV0A 1QSSA 3ZCMA 3EJQA 3LZIA 4JI8K 2VG7A 3T1AA 3SBGA 4XEIA 4B9LA 4F2RA 4JWDA 4CZJA 1DGKN 4E7HA 4CFCA 1WDZA 1HMVA 1RTIA 1HX1A 4AZGA 1HLUA 1IBMK 4E7JA 3VGLA 5F0XA 3MMVA 4O0JA 2G8WA 4GVMA 4F3OA 3PX6A 3O4NA 1BIUA 1RBTA 1OA1A 2ATQA 4BECA 1NGDA 3NF6A 4DSFA 4LY7A 3J7ZO 2ZF5O 1VSJA 1ZBUA 4LC9B 2QWLA 3SQ1A 3HRGA 1VK0A 1ZYQA 4DR1K 2OBLA 2F7TA 1NJZA 3VQ4A 4H4OA 2B4JA 1LWEA 4QAGA 4CHZA 1SZ2A 2W41A 3WNGA 1ILYA 1KD1O 2YJFA 3LWLA 3B8AX 4BG9A 5BPNA 2FLOA 4B9MA 4FLWA 4Z4FA 4ISEA 4BR9A 2HB5A 4JD2A 1JLCA 1SUQA 1ZWWA 4J2DA 4CJRA 1WSFA 3OA9A 3P1GA 1NGCA 2HF3A 1QQOA 3EJRA 3G6EN 5C10A 2G8VA 4LF5K 3D0PA 1X9JA 4KTWA 5FDLA 4CF2A 4AM6A 1E1DA 2HBMA 2AA4A 2N3KA 1BI4A 2UXCK 1OVYA 3TI0A 4H4MA 3SNNA 5AQWA 3M5RA 1RTHA 4U67L 3MX2A 1IBKK 3K9KA 1QSYA 4JI4K 4BE0A 4FW1A 3WXLA 2F7RA 4BDYA 3V4IA 4CGGA 1JLAA 3CM6A 1BGXT 2NRZA 4CEEA 3DLEA 2GELA 1ZXOA 3PLTA 1C0MA 2EHGA 2QI2A 4IG3A 5AQTA 4BWMA 4FJ7A 4PY5A 4KBOA 4CZFA 5AQHA 4WQ4C 3VQEA 4CECA 3O9TA 4BE7B 2H3GX 1MA9B 5CHIA 1HKGA 3Q84A 3EZ5A 1X3MA 3U8XA 2UUCK 4KHQA 1FJGK 4FOIA 4KTZA 4TSXA 4I43A 4E0DA 2P9NB 4XH5A 4PKIA 3O9UA 1CZBA 4DV6K 1QVGM 3V6DA 5C42A 4H5VA 4CE9A 4F2SA 3KZBA 2O8FB 1QWNA 2JLEA 3HP9A 1NJYA 4CIEA 4GNIA 5JVHL 4WV5A 4GV6A 4JI3K 4CFDA 1NOZA 3AA3A 3B52X 4LF6K 3ATUA 3SAHA 3MXMA 4HHTA 2ALWA 1UAXA 1IJJA 4CD1A 3RR8A 1NGIA 1BIZA 3HPHA 4BGBA 2DPNA 3DX3A 3O80A 1SL0A 4JWEA 1RT7A 2ASPA 3KKRA 3VTIA 1BUPA 3MN6A 4AHTA 4PWDA 3RWUA 4IFYA 3JYTA 3NMUA 3T3FA 4IOCL 3U4LA 2F4VK 4BY9C 2RAIA 1Z6RA 4H8KA 3F9MA 4CEZA 3ERCC 1TAUA 1R0AA 5GAEP 5FRNA 3MN7A 3VQQA 3OTOK 3BUZB 1C1CA 3QNOA 4M3WA 4G1QA 3W0LA 2V7YA 3SV3A 2ZGZA 3SCXA 4QS8A 5GAHP 5AQLA 4LF9K 3VEVA 3OYLA 3THXB 4YORA 4DTOA 2OZMA 2DTUA 2HHHK 2HNYA 3CZNA 2ZXQA 2NUBA 3VQPA 3F73A 1X04A 2JNKA 4DTSA 2OPSA 3GBTA 4AM7A 3CETA 2LM0A 3PSFA 3OYMA 1YWMA 3ISNC 4BWJA 2QWQA 1RTJA 3M8PA 4FWQA 3QIOA 3K5LA 2Q12A 3ZSZA 1WB9A 4R5JA 1KFSA 3CPWM 4EIAA 1KQSM 2Z0OA 2IVOA 4JLCA 2IC3A 2P9SB 5I3UA 1SL1A 4LF4K 4GKJK 4CF1A 1RT3A 2X78A 3O1BA 4DMNA 3DLGA 1XC9A 3KDRA 4BRDA 1GLLO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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