4JWOA

The crystal structure of a possible phosphate binding protein from planctomyces limnophilus dsm 3776
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
284
structure length
284
Chain Sequence
SISGTIAVDGSSTVFPISQAVAEEFEGKFPEVKLTVAMSGTGGGFKKFIAEEIDVTGASRPITEKEAAECKAKGIDYVEFQVAIDGLTVVINPANTFAECMTVAELNKIWAADSKVSKWSEVREGWPDEPIQLFGADTASGTFDYFTEVINGKAKSSRSDYTANSNDNILVQGVVDSKGALGYFGYAYFAENASKLKAVKISDGKKAVCVEPTPATIESGEYTPLSRPLFIYTTKAKLKRPEVAEFIKFLLSEKGDQLVEEVKYIKVPKSVKETMQQRLADALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a possible phosphate binding protein from Planctomyces limnophilus DSM 3776
rcsb
molecule tags Phosphate binding protein
source organism Planctomyces limnophilus
molecule keywords Phosphate binding protein
total genus 96
structure length 284
sequence length 284
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12727 PBP_like PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jwoA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jwoA01
4G8MA 3UGWA 2ESNA 1Y3QA 2Q89A 4G2ZA 4IO7A 3KGCA 2HCAA 4Q0CA 5CMKA 2I58A 2VP1A 1Q1KA 4KCCA 4X1BA 1ZKBA 3CI8A 3L6HA 4U1ZA 4L17A 4XKRA 4IO4A 4DXBA 2HAVA 3I6VA 3RT8A 3T22A 3VLWA 3UK4A 3SEUA 3BFUA 1MY1A 4RPNA 1CE2A 4KCDA 2Z22A 4PETA 2I0BA 4JDFA 5I2KA 2HQ0A 3O6HA 1FTKA 2Q2CA 1AH5A 3PD8A 1B51A 2IA4A 2D3IA 1PB7A 4I1DA 5I2NA 5DVIA 4R6HA 2XXPA 4P0GA 2QS4A 3PPPA 1Y20A 3KSJA 1Y1ZA 4GL0A 4ISUA 1XHYA 2G93A 4I62A 2CMOA 3SKPA 5CI5A 4KYSA 1URSA 4F29A 1B3HA 5AA1A 5J1DA 1RYOA 3S2VA 5KDTA 1UTBA 3OO9A 4ESXA 3TMGA 3K0VA 5I58B 4M1VA 5BWJA 1MY2A 4BDQA 3IOWA 3R7XA 2F7CA 1SW4A 5H8QA 3MWBA 3MC2A 2XX9A 5I56A 1J1NA 3MZBA 1I69A 1USYE 3FJGA 3SESA 3W15C 1MRPA 2A5TA 3TCFA 1H76A 3KEIA 4MFIA 1H43A 1B32A 3RTWB 2RC7A 2QSXA 1AOVA 4JXIA 3GBBA 5TU0A 4KQPA 3RY3A 1BIYA 2PT2A 1NFTA 2XXXA 1QKBA 3TAJA 2XXHA 4R9GA 3H4ZA 2ZYMA 4YMAA 3SETA 3PMWA 2H9BA 4R73A 1F9BA 1SQYA 2HAUA 3DLNA 4DLDA 5DEXA 3WAEA 3KOSA 2FA7A 3TTLA 4U22A 5ICQA 2E0SA 3M3KA 1P1OA 1DPPA 1IQ7A 3GZGA 1FQFA 1LAFE 3C33A 4QSCA 4NTLA 4LA9A 1SYIA 4AB6A 4OYVA 1B3EA 1OLAA 5I2NB 1LCTA 3PUYE 5DTBA 4UA8A 4GFRA 4MLQA 2DXYA 3KN7A 3R6UA 2RCBA 1PDAA 4ZS9A 1ZMGA 3Q25A 2IEEA 4LQ2A 3OO6A 2ANJA 3V5AA 2B3FA 2QS3A 1NNKA 4IY6A 3FXRA 2Y84A 1H45A 4G8NA 1DTGA 2XX8A 4BDRA 1B5HA 3ILTB 4OWDA 2B65A 4U21A 3H7MA 1LSTA 2LAOA 1SVXB 1YCJA 3C32A 3FIRA 3AXFA 3TTRA 1LB8A 3K6WA 2RCAA 3V89B 1QULA 1SW5A 3DM0A 3K1NA 3SEWA 2F5XA 2P0SA 5KCJA 5HPQA 4PFUA 1B3LA 5TP9A 1VFEA 5I56B 2XXRA 3JYRA 2XXQA 4HCYA 1US4A 4RK2A 2W7YA 5JK4A 3PD9A 4NF8B 3UORA 3MPLA 1VFDA 5HM4B 3FVOA 2DP8A 4BDMA 4X1DA 4RYAA 3OO8A 4Q8RA 3QXMA 1MPCA 1B4ZA 2R9JA 3D4CA 2XXUA 1JVXA 3JZJA 4ELQA 1HSEA 2Q8JA 2QPQA 4R74A 3N26A 1MXWA 3FVNA 1MM7A 4YAHX 1RKMA 4F1UA 1FW0A 3O29A 4RA1A 3PMVA 4FE8A 5CMMA 3CSGA 4OEUA 5EHSA 5DEXB 1SI1A 1LCFA 2X26A 3O6GA 1WODA 3ILUB 5AA4A 3TTMA 4X9TA 5FTIA 2XHDA 3A09A 3T9HB 4F2OA 3TTKA 3QK6A 3RLFE 1AMFA 3LSLA 4OETA 4EDPA 2F7AA 2DWHA 3H6VA 2AL4A 4NMYA 4EXLA 2UVHA 3G3IA 3LSXA 4MLVA 4IO5A 3BBRA 4I8CA 3TQLA 4FEBA 2THIA 2F78A 1QUKA 3PGFA 4OQOA 1DSNA 4Q30B 2I0CA 1MQGA 3EN3A 5L9OA 1M5DA 4JWOA 2P2AA 4GD5A 1FQCA 1N7XA 2I4BA 2ZNSA 3IOTA 5JTYA 4JSDA 3S9MC 4F1YA 2ALUA 1UTHB 1USYH 3I3VA 1B3FA 3ONMA 3FXQA 2OWSA 3IB0A 1Y4CA 4QFPA 1EZ9A 1A99A 3MVWA 4ELOA 1N04A 4MBPA 4NE4A 1DOTA 3Q29A 1US5A 4FEDA 3C34A 1B0LA 2DWAA 5AA3A 1LAXA 1OVTA 3KG2A 4Q5TA 3M8UA 1WVJA 2ZNUA 3TCHA 2XX7A 1D4NA 3U1OA 3ZSFA 2O6AA 3U93A 1FTJA 3K6VA 4QFNA 4GLIA 4LONB 2NOOA 3MPKA 4N13A 5FHOA 1MXYA 3G3GA 1A54A 5AA4B 1JW1A 3K01A 1GTKA 1MY3A 5ITPA 1M5FA 1FTLA 3Q27A 1BP5A 4C1TA 1P1UA 1Y1MA 2VHAA 5DVFA 1P1NA 5B70A 4YU0A 4R2FA 5FHNA 4QSDA 3CR9A 1N3XA 4ZEDA 3K1MA 4U2RA 4TLMB 3H03A 3FV1A 2GHAA 2Q9TA 4OMBA 1A40A 2F36A 4IGTA 4FATA 2F6PA 3N5LA 4BDLA 1MDP1 1S9TA 3IO4A 2I4CA 3KN8A 5F1QA 4JB7A 2O1LA 2ZMBA 1H44A 3MW0A 4WEPA 1O63A 1TWYA 2E1SA 4GOTA 4QFLA 1SW2A 4QFKA 4FECA 2DQVA 3UP9A 3VXBA 3FVKA 5JTYB 3C9HA 4G68B 1B7ZA 3VLUA 3VE1B 3HO7A 2AL5A 2XXIA 4YB5A 1OMPA 4ECFA 3V83A 4YKIA 1ZJLA 3F11A 4GIZA 1FQDA 1IZ1A 1ZU0A 5M2VA 1JW5A 1JW4A 4KD5A 4ZEBA 3CIJA 2DXRA 3QAXA 4QSEA 1QUIA 4NF6A 3IJOB 1MY0A 3G3KA 3T9UA 3WAFA 1IIWA 5I59B 3GBAA 2OLBA 4ZEFA 4THIA 1OIBA 4KFQA 1SDXA 5K2YA 5BUUA 2M8CA 2DE4A 1XT8A 1QW0A 1R9LA 3CFZA 2H98A 3MVZA 3OSQA 3O28A 4PFTA 3W9VA 4KI0E 3U72A 2Z8FA 4FAJA 4M4GA 4HCWA 1BTJA 3OEMA 3SEXA 4F3SA 4F3BA 3T9VA 3VV5A 3PU5A 4F3GA 4LP2B 3MP1A 1OQGA 5A5XA 3G3HA 4H8IA 3MQ9A 4DCYA 4GRKA 4NEDA 4UACA 3K2DA 5JEIA 4JSOA 2F34A 1LLSA 3N6TA 2O69A 4H8JA 1ANFA 3IOUA 1HSLA 2Y7PA 5H8NA 3MZ9A 3K6UA 1JQFA 4WXJA 3SERA 4F3PA 3H6WA 3G7WA 3K1PA 3QYTA 1NNFA 4XKPA 4U23A 1N0TA 1MPDA 3E4RA 1A8EA 4P0IA 3ODBA 2XXYA 3G3JA 2G29A 2PMSA 4IO2A 4ZZEA 5I2KB 4OFOA 2RC9A 1GV8A 4G68C 1SD3A 1N7WA 3S9EA 4H6DA 4R2BA 2UVGA 3OD7A 3ZKKA 2Q88A 4MH5A 1I6AA 1NKXA 2ONRA 4DZ1A 3E9XA 3KJ7A 2F6GA 2DWIA 4F31B 1XVYA 3H6TA 5H8HA 2O84X 2QS2A 1M5BA 5I57A 3QIMA 1YAEA 1URGA 3FZVA 3DP4A 4QFOA 3CVGA 2XXVA 1QJMA 5KDTB 2V3QA 1TFDA 3USDA 1UTBB 1VSOA 1A8FA 1H3DA 4NF4A 1MPBA 3W9WA 4X48A 3MP8A 3EPEA 3VLVA 5EHMA 3KFMA 1IITA 1II5A 2KLFA 5H8QB 4QRZA 4POWA 2VOZA 4H65A 3I5OA 1FCKA 4O3BA 2RC8A 3M3FA 2YLNA 3T96B 3JV9A 2A5TB 1Z7ME 4R9FA 2REJA 2ABHA 1B7UA 2O1MA 1POTA 2QS1A 1B1XA 4EXKA 2Y7KA 1B05A 2OJTA 1MQDA 1B9JA 2CZLA 2HEUA 3THIA 4F22A 3IORA 1MG1A 1IXHA 4GWOA 4LUBA 3B6TA 5IAIA 1B7HA 1CB6A 4OEVA 3PUXE 4RY1A 3ECRA 2YPNA 4KYEA 2AIXA 2ZYOA 3L6GA 4ND9A 1Y3PA 4RNSA 2GFEA 3O2AA 4PP0A 4R6YA 4OXVA 3DP8A 2H25A 1VE4A 3FUZA 1S50A 1D9YA 2DE3A 2H4IA 3OMBA 4RK9A 1ZTYA 5ELVA 4YICA 3RTFB 1I6QA 3PUWE 2NVUB 3GLBA 5CBSA 5H8HB 4NF5A 4AB5A 1M5EA 4OFLA 1PEBA 5FTHA 5CC2A 1MQIA 1EZOA 4K3FA 3FASA 4KHZE 4H1XA 3TQWA 1NH7A 3OELA 1B6HA 2GH9A 3O66A 2FNCA 2F35A 3O97A 2NXOA 2PYYA 3OENA 4IB2A 1NMUA 2VD2A 4C0RA 5KCJB 3FD3A 1EH3A 5TP9B 4ZE8A 3OOAA 4NWCA 3R26A 3HHGA 3C36A 1Y3NA 2AYSA 4OFJA 1QUJA 4N6PA 4R75A 2H5YA 2V84A 2Y7IA 1MH4A 1IEJA 3PV0E 2UVIA 4YB6A 2RINA 4H0WA 3MUQA 4GL8A 3OSRA 1D9VA 4EUOA 1S7YA 5AE4A 3RN8A 4Z0IA 1JVYA 1LB9A 3LSFB 5ICTA 4DXUA 4LZ5A 2ZXTA 2DVZA 1OQHA 2I3WA 3PUVE 3B7DA 3PPRA 4IGRA 4YKPA 3EF7A 1L5TA 3QSLA 3OO7A 3MP6A 4YKKA 5ITOA 4GVOA 4PE5B 1UIVA 2Y7WA 1P1QA 3TEPA 3IX1A 4QF9A 3VVEA 4U4XA 1MH3A 5L9SA 1EU8A 2XD2A 3IB1A 4JWXA 5I58A 4GF8A 2NUVA 4O3CA 3IOVA 2F8DA 1DPEA 4G8HA 1ATGA 2H99A 3N6UA 4LATA 1B40A 5CRYA 1AIVA 3K6XA 1LBBA 3FXUA 4ZDMA 3A3UA 4NF5B 3H6UA 1GVCA 1MQHA 1MDQA 1XVXA 2Z8EA 1SYHA 2I6EA 3Q28A 2DWJA 4OHNA 3VXCA 5DVJA 4OVJA 3IR1A 3HN0A 5EYFA 3VVFA 3G3FA 2DSFA 1T0KA 3S9NC 2QJEA 4ZEIA 1UQWA 4U1OA 3FJMA 3C4MA 4IO3A 3K4UA 4F18A 3BFTA 3KJTA 3K00A 1FTOA 3EQ1A 4LZ7A 4OZ9A 1N76A 3B6WA 3T93B 1IXGA 1D3KA 3A3CA 5FHMA 3C35A 3TTNA 2OZZA 2DOJA 3UN6A 3HSTA 3HPIA 4WKMA 3RQTA 1R1NA 3ZKLA 3RNNA 1Z7NE 3FV2A 1Q35A 4I9DA 4ZECA 3GXAA 3O6IA 4POXA 3TODA 2DE2A 2XD3A 4DDDA 1P99A 4H5FA 3TUSA 4E0WA 3BKIB 1PBPA 2VGQA 3M3LA 4YMBA 1EZPA 1NNTA 1DTZA 3HCQA 3RPWA 4JBZA 3IJXB 3IB2A 2UYFA 1JEUA 1JETA 1POY1 4EQ7A 1JEVA 2Z23A 2RF1A 2DVCA 4U4SA 2WKYA 1B0HA 3CSBA 1B5IA 4P11A 3V8XB 4YKJA 1GGGA 4ESWA 4TOZA 3TFLA 1MM6A 2HZLA 2YJPA 1QKAA 3QUFA 2ZNTA 3FVGA 1LAGE 5H8FA 3LBSA 1MXZA 3TYHA 4E0XA 5DYHA 5H8SA 2ZYKA 4WEDA 2ONSA 4NF8A 2QMWA 4IO6A 4HW8A 2RKMA 1MXVA 4EF2A 2D21A 1B5JA 1NH8A 4KPTA 4ELRA 1BKAA 3LR1A 1QVSA 1FQEA 1SW1A 3TKDA 2B3BA 2V3TA 3VFJA 1JNFA 3FATA 4GQOA 4GXAA 3S4UA 4C1UA 1SBPA 1Y4TA 2Q2AA 3S9LC 3U8QA 2PX1A 4OESA 1MQJA 1FQAA 1XS5A 4XKQA 5ISUA 3D4GA 2HFBA 3KOTA 3MBPA 2X7QA 3PPNA 1YTVA 4NF6B 3B6QA 1HSJA 4PQJA 5F7VA 2P1SA 4N07A 3SEYA 3IO6A 1UIUA 2DYXA 4H67A 5AA2A 2A5SA 4ZEKA 3MJNA 4R72A 1YPNA 1IUDA 1MY4A 3MZ1A 3KZGA 2V25A 1R9QA 3LC8A 1DMBA 3IK6B 3U92A 4HTGA 3C31A 1B52A 1ZLQA 3FGSA 1O7TA 4PFYA 3H06B 2XXWA 1PC3A 4BDNA 2I3VA 2QRYA 5CBRA 5A5XB 2F97A 3EHSA 4OERA 3E13X 4OENA 5CM6A 3OXNA 3T66A 4ZZAA 4MF3A 1SI0A 1B4HA 1UTHA 2BJJX 5H8FB 1TXFA 3CRBA 4BDOA 4RXLA 4KYDA 1URDA 1OVBA 5H8NB 4DCXA 2R6GE 3P7IA 4PFWA 4R6KA 1LFGA 1AL3A 4KR5A 2PVUA 1GR2A 1B58A 5K2XA 2NWJA 1FQBA 4DE8A 4YB7A 2D5WA 4F39A 3FJ7A 3PUZE 3LUYA 4G77A 2UVJA 5LOMA 3TCGA 5IKBA 3VDFA 5TPAA 4XXUA 5KZTA 4LVQA 4G4PA 2ZYNA 3KBRA 4OTEA 2QMXA 2O68A 1PBQA 5B7DA 1B1HA 4F2QA 1N84A 2OCUA 3IAZA 3ZS6A 1KWHA 1VR5A 1M5CA 2XXTA 1A55A 2GRVA 1OLCA 3PPOA 1LFHA 1MS7A 1XOCA 4HS7A 3H3GA 3N94A 1ZIUA 3EHTA 2UYEA 1IXCA 4QHQA 3Q26A 5I57B 3MVYA 4GXSB 4IY5A 1NNPA 3RUMA 5AA2B 3KN3A 4ELPA 2I49A 1B3GA 3KSXA 2V3UA 4NWDA 3CG1A 1I6BA 3HV1A 4NF4B 4FJPA 3K02A 3UA8A 4DIGA 2I48A 3TELA 1XC1A 3UIFA 1WDNA 4XIGQ 1FTMA 1TT1A 3RT6B 5HBCA 3CFXA 5L9MA 3PPQA 1R6ZA 1MXXA 2OBGA 3OEKA 1NL5A 4XKNA 3PMXA 3E3KA 2FYIA 3TZAA 2HZKA 3RGYA 4G68A 2V93A 1LAHE 5CMBA 2PT1A 2DS9A 4Z7EA 2PBWA 4DXCA 3TPAA 1IXIA 3HHFA 1N3WA 4RPOA 4FORA 3MAMA 4EF1A 4ZE9A 2UXAA 4FIMA 2GHBA 1O64A 5AA2D 4AQ4A 2OWTA 1B2HA 1P1WA 1LBCA 3LSWA 3DELB 1LGBC 4EQ9A 4O3AA 4TQUQ 1PB9A 1BLFA 5CMCA 3CFLA 3DP6A 4XTCQ 4RJZA 5I59A 2Z8DA 1TFAA 5TPAB 5L8DA 1RYXA 2O51A 4BLAA 1LFIA 1B46A 3IL1B 3TDJA 2ONKE 4TLLB 2REGA 1MXUA 4LZ8A 1Y9UA 3QUJA 3SDFA 1PB8A 4LQ5A 1ELJA 2O7UA 3VVDA 4F19A 4YZZA 2OK2A 3CG3A 3T9XB 2O7IA 4ONYA 2VD3A 4H5GA 2X7PA 1ZBMA 2QL3A 3U94A 4EQBA 2HXWA 5DT6A 2F7BA 3SEVA 3MVXA 5I84A 3O9PA 4F1VA 1A7LA 4JWYA 2Y7RA 3EHUA 2R71A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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