The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
249
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sequence length |
720
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structure length |
720
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Chain Sequence |
GDDLFVPVSNFDPKSIFPEIKHPFEPMYANTENGKIVPTNSWISNLFYPSADNLAPTTPDPYTLRLLDGYGGNPGLTIRQPSAKVLGSYPPTNDVPYTDAGYMINSVVVDLRLTSSEWSDVVPDRQVTDWDHLSANLRLSTPQDSNSYIDFPIVRGMAYITANYNNLTPQFLSQHAIISVEADEKKSDDNTSTFSGRKFKITMNDDPTSTFIIYSLGDKPLELRKQDNSNLVASKPYTGVIRVAKLPAPEFETLLDASRAVWPTGGDISARSDDNNGASYTIKWKTNSNEAPLLTYAYAHHLTSIDDSNVKRTDMTLQSATKGPMTALVGNEWTLRETELSPVEWLPLQAAPNPTTINEIMTEINKDIASNYTQETAKEDNYFSGKGLQKFAMLALILNKSDQTQLRNPELAQIALDKLKAAFLPYLQNEQADPFRYDTLYKGIVAKAGLPTSMGGTDDLSAEFGHSYYSDHHYHQGYFVVTAAIIHHLDPTWNADRLKAWTEALIRDVNNANDGDEYFAAFRNWDWFAGHSWAGGIKPDGALDGRDQESVPESVNFYWGAKLWGLATGNTPLTKLASLQLAVTKRTTYEYFWMLDGNKNRPENIVRNKVIGIYFEQKTDYTTYFGRFLEYIHGIQQLPMTPELMEYIRTPEFVSQEWDEKLGAIAPTVQSPWAGVLYLNYAIINPAEAYPALRKVQMDDGQTRSYSLYLTATRPHFFRR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
glycoside hydrolase family 81 endo-beta-1,3-glucanase
|
| publication title |
The structure of a glycoside hydrolase family 81
endo-[beta]-1,3-glucanase
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Rhizomucor miehei
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| total genus |
249
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| structure length |
720
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| sequence length |
720
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.39: Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase. |
| pdb deposition date | 2013-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03639 | Glyco_hydro_81 | Glycosyl hydrolase family 81 N-terminal domain |
| A | PF17652 | Glyco_hydro81C | Glycosyl hydrolase family 81 C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | glycoside hydrolase family 81 endo-[beta] glucanase | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Immunoglobulin FC, subunit C | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Golgi alpha-mannosidase II; domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LP1 B; 2I8D A; 3FXE A; 4GOE A; 2ZAE B; 5C39 A; 4GOD A; 5EFW B; 4KJM A; 5CBO A; 3PH0 A; 4ZMD A; 1LP1 A; 2F7O A; 1U7J A; 1TQU A; 3LVT A; 3QWO C; 5K5G B; 1HTY A; 1EDJ A; 1EDI A; 1H0T B; 1PS3 A; 1SS1 A; 4GOF A; 1U7M A; 3D52 A; 2F1B A; 3DDF A; 3BUP A; 3DX2 A; 1MFT A; 1DEE G; 4HKZ H; 2KS1 B; 1X0T A; 4MN4 C; 3D4Y A; 1H0T A; 3BVV A; 2R44 A; 1ZXG A; 2RKL A; 4HJG H; 5DJT B; 1EDL A; 2QVA A; 1S3J A; 5KBP A; 2WMM A; 1TQV A; 1EDK A; 2B87 B; 1R34 A; 4IOI H; 4CPG A; 3ZDM A; 2JWD A; 2LXC B; 1R33 A; 1QX1 A; 2KI7 B; 2F18 A; 1JM0 A; 2B88 A; 2B87 A; 3BVT A; 3BVX A; 1QWU A; 4ASW A; 1QWN A; 3DX4 A; 1Q2N A; 2LR2 A; 2SPZ A; 2M5A B; 3BLB A; 3MHV A; 1Y47 A; 4ASV A; 1HXK A; 3CV5 A; 2P58 A; 3DX0 A; 2HR3 A; 4K35 A; 4WWI A; 2FYV A; 1OVR A; 2M5A A; 4JBZ A; 4EYY Q; 3BUD A; 2KIK A; 3DX3 A; 2F7R A; 3EJQ A; 4HB1 A; 4ZNC A; 3BUB A; 3EJR A; 2F1A A; 2F7P A; 3CZS A; 1OVU A; 3RGU A; 3BUQ A; 3CZN A; 3BVU A; 1O7D D; 1TQW A; 5DJU B; 4BXL A; 2WYI A; 2LXB A; 2M0B A; 2QRX A; 2KUB A; 1NVO A; 1FC2 C; 2WYH A; 2OW7 A; 1LT1 A; 3EJU A; 3EJT A; 2K3R A; 2OTK E; 2KZJ A; 1JMB A; 3FXD A; 2UWJ E; 1BDD A; 4NPE A; 3DDG A; 1BDC A; 5CBN A; 1TQT A; 1EC5 A; 3BVW A; 1OVV A; 2ALW A; 3S1K A; 2KZI A; 3DX1 A; 3EJP A; 2B89 A; 3D51 A; 4NPF X; 4K3A A; 3EJS A; 1TQS A; 1HWW A; 1ZW0 A; 2Q1K A; 3MZW B; 2OW6 A; 2F7Q A; 4NPD A; 3BUI A; 3D4Z A; 3D50 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NKG B; 4DUZ O; 5IWA O; 3HKE A; 3KCY A; 3LOY A; 2HJF C; 2A3Q A; 2CIR A; 3SPJ A; 5APU A; 1JQ0 A; 3WFA A; 1RSO B; 3G9R A; 1GRJ A; 3RT3 C; 3M0D A; 3TGU E; 1PNM A; 2QA4 V; 2QM7 A; 3CWB J; 3UQ8 A; 1FPO A; 2V7Q J; 4UVB A; 1QNM A; 1OW7 A; 2WSS G; 4PA6 A; 2B9B A; 1PU4 A; 4PJ0 Z; 4TSF G; 5AW4 B; 3RWR D; 4NXM O; 5LMN B; 1SQG A; 1G2C B; 1LT9 B; 2EIM C; 2YIU C; 2E74 B; 3JCU H; 5KAI E; 4LF7 B; 1SQV J; 3VN0 A; 1IQY A; 1BHA A; 1YQ2 A; 4I2L C; 2OQE A; 1K9M Q; 4Y99 B; 3ABV C; 2QVA A; 2E76 B; 1SFC B; 2EAE A; 3J7A U; 2PYL A; 3MI6 A; 5KKZ B; 4X1I B; 4DR5 B; 2WLL A; 1PX3 A; 1JX9 A; 1YI2 V; 3HR0 A; 4DR2 B; 1KIL D; 1KB9 H; 1NZ6 A; 2WZ7 A; 1NU1 K; 3H01 A; 3AMO A; 3PP5 A; 3OW2 U; 3H6P A; 2WW2 A; 2PI5 A; 3VP8 A; 1SQP E; 2YXQ B; 1T5E A; 2N05 A; 2YIB D; 2H8P C; 2ZVO B; 2P7T C; 2PNC A; 4I50 A; 1Q7Y W; 5KJ7 D; 4U7N A; 1XTG B; 3MHV A; 2P22 C; 1XL6 A; 3OTO B; 1XI1 A; 3ZRW B; 1ZP0 C; 4EEQ A; 5AVQ B; 2DQ3 A; 2DJV A; 5LA6 B; 2VQF B; 1N0N A; 1LTB C; 4XA4 A; 3ECQ A; 1ZLZ A; 2CTW A; 4U3F E; 3DX3 A; 3CCS P; 3BUB A; 1EZJ A; 1JB0 J; 3A7O A; 5IY5 C; 2GHY A; 4QJF B; 1KD1 Q; 1JCH A; 1OV9 A; 5KX5 B; 1OVU A; 2QWR B; 3QNE A; 1AA0 A; 1FYJ A; 4BW9 A; 1QGK B; 2X6A A; 1SRY A; 2OYH A; 2Q67 A; 1VQ9 P; 3X40 A; 1KFM A; 2E2U A; 2G38 A; 3RGB A; 3JAS A; 1SQX G; 3H1J H; 3KZI Z; 3OMA B; 4D6T H; 2CWU A; 5KA5 A; 3UKM A; 2EAC A; 3NXS A; 1PD3 A; 3HKC A; 3JAW B; 1YYC A; 5AW2 B; 4CH5 A; 3WB0 A; 4UXN A; 5F2V O; 3EQ2 A; 1RWH A; 4RES B; 1FKA O; 3MDS A; 3KYQ A; 4EI2 A; 2BE3 A; 3BVW A; 3X41 A; 4BRY A; 2YFO A; 5IYZ B; 1Q6U A; 5J2U B; 3ZMU A; 1MFZ A; 4HYT B; 3EJP A; 1Q3E A; 3OR6 C; 4TV8 A; 1LTI C; 1KN7 A; 1H2M A; 3X2Q C; 5LP6 A; 4DUY O; 1SQB E; 2RH0 A; 1IVW A; 4X62 O; 1K97 A; 1MZF A; 1P7B A; 3BAB A; 2JK5 C; 2IBZ I; 3WUU A; 1LGH B; 2E5T A; 3BCC G; 1K73 Q; 4O4J B; 3ZMT A; 2AHY A; 4GLX A; 2Y0D A; 4RKU J; 4Z1M G; 1NSZ A; 1X1J A; 3CC4 V; 3JD1 A; 1QAF A; 1BT8 A; 4UB8 E; 2YDE A; 4FFK A; 4OK4 A; 1TVK B; 4HH2 A; 4UUJ C; 2Y0C A; 2EIN B; 4EFE A; 4PA3 A; 2MKV A; 2UUC B; 1A2V A; 3L9D A; 4WFH A; 4DV7 B; 1VQL V; 2FB5 A; 1T8Z A; 2BCC G; 4IFM A; 1NTK D; 1T6A A; 2UUA O; 1XTC C; 3RBX A; 1FXK B; 1YJW V; 2ITD C; 4W4L A; 4UCU A; 1NS2 A; 3LIE A; 2Y4U A; 1DX7 A; 1VMG A; 1KP2 A; 2R44 A; 2UU9 O; 2IU3 A; 5IJ0 A; 1WA8 A; 4RWU A; 1U57 A; 4DV5 B; 2WOF A; 3E83 A; 4HBN A; 3FX0 A; 3U10 A; 2IZ1 A; 4X65 O; 1SP4 A; 2QJP B; 1EN4 A; 2LXC B; 1HR0 O; 2ZNJ A; 3HD7 B; 2IJJ A; 1B04 A; 2NLJ C; 2B88 A; 4W7Y A; 1W0J G; 4JTA B; 1YXB A; 3VSM A; 5JCO C; 2CTR A; 1GMG A; 2OOV C; 4DV2 B; 2ZE6 A; 1EM1 A; 1NTZ D; 1TUE B; 3Q4H A; 4Q6G A; 3RK2 B; 1JYV A; 3BLB A; 2ZT9 B; 4YIO A; 2PI4 A; 5AW5 B; 1Y47 A; 4WF9 V; 1DEB A; 1BGY J; 5EIB D; 2IJI A; 1JCC A; 1H2G A; 2ZJS E; 4O9B A; 5KLV J; 1NWQ A; 4H44 D; 2YIC A; 1RW9 A; 1SQB K; 4B3T B; 3BUD A; 2N74 A; 4PD4 H; 5K1X A; 3X3Y A; 3CCU P; 4QE9 A; 1KZU B; 2WSS H; 3SEP A; 2JIZ G; 3A0B Z; 2YI8 A; 2XNX A; 3CSX A; 3MIW A; 2F1A A; 1N0J A; 2FYN C; 4FNT A; 2Y4T A; 3QFZ A; 3WA3 A; 3QVN A; 3L74 E; 1RJO A; 3QG5 A; 4PJ0 H; 4GKJ O; 1NAY A; 5DJU B; 1VL2 A; 4CS2 A; 2JGU A; 4TUY B; 2QRX A; 1C82 A; 1LR1 A; 2EJR A; 2LKM A; 3C8V A; 4Z1V A; 1L0N K; 1N34 O; 4JV5 B; 1N33 B; 3X42 A; 1IBK B; 2BTO A; 1FZC B; 3GF7 A; 3BA8 A; 4YJ2 A; 2IBZ D; 1PL4 A; 2KZJ A; 3A0H Z; 1IZ3 A; 1KB9 F; 3CE2 A; 3D70 A; 1BDD A; 3C90 A; 1VQ6 V; 2P67 A; 3HUS B; 3Q5P A; 4YHH B; 2JKE A; 2Y48 A; 1F9G A; 1ZR4 A; 4GKG A; 1BCC J; 4JI1 B; 3V2N A; 3B8E B; 3WUV A; 1N4C A; 1G6U A; 4DV4 B; 1W2E A; 4NPF X; 2DOS A; 3TNU A; 1S72 V; 1SPU A; 4XFJ A; 4PHZ A; 3I5C A; 1BSH A; 2BT3 A; 1L0L E; 1HVV A; 5D5Q A; 4EB6 B; 1FJG B; 2CK3 H; 4PV1 C; 1YIT V; 1CP9 A; 2R72 A; 2GUV A; 3AEG C; 4H0L D; 5DEC A; 2WCO A; 1IXM A; 3D50 A; 2Q9L A; 1H8A A; 1EZV E; 3OW2 O; 1XOU A; 3IAQ A; 1V54 C; 4ZI7 B; 4DV6 B; 1NR7 A; 3D8C A; 1PPJ G; 2XAH A; 4LLH A; 1PZQ A; 1QLE C; 3TXS A; 4PDL A; 4KJM A; 1FFX A; 4X1K B; 5GTI E; 5BR8 B; 4CC5 A; 2L91 A; 4MT8 A; 2Q3E A; 5H2F E; 2WA4 A; 3QO5 A; 2H7H A; 5LMN O; 3ZHV A; 3L70 J; 5JVD A; 2YX9 A; 1SQX H; 4LF7 O; 1V55 B; 3TJT A; 2QEX V; 3G71 P; 2WWW A; 3L72 J; 3ZRS A; 2RMK B; 1G1I A; 5E1Q A; 5KMG A; 1KIL B; 1YBK A; 4OGQ D; 3NRE A; 3JAR B; 4DR5 O; 3M8A A; 4P9P A; 4NTW A; 3IFX A; 2Q5U A; 1KQL A; 1YJ9 V; 4DK0 A; 2QIW A; 1BE3 J; 1S5L E; 1QQC A; 2K9J B; 2CQT A; 2N1T C; 3H1I E; 3AK1 A; 3JSN A; 2XV5 A; 2EAB A; 2R32 A; 3DEC A; 3AE6 C; 1VQL P; 1YVW A; 1OJH A; 5JCO A; 3T4Z A; 1LOH A; 1GW3 A; 2YKQ A; 1JYN A; 2OOV A; 2OYI C; 1MMY A; 3KN4 A; 1OCZ B; 5L3E A; 1EN5 A; 4Z1M H; 2VQF O; 1HM2 A; 2FYU D; 1NTM J; 4W4K A; 1WT6 A; 3S4C A; 4U3J A; 4TOI A; 2E42 A; 1NR1 A; 2R9R B; 2ZIO A; 1US1 A; 4X66 B; 1VQ7 V; 2PY5 A; 3SYO A; 1JFF A; 1K1W A; 4I0X B; 3P8C D; 4I1L A; 1UI8 A; 1EQ7 A; 3V2Q A; 4R4M A; 1GTW A; 4FNU A; 1HTL C; 4BW5 A; 1P84 I; 1YDX A; 2BCC H; 3GB7 C; 3K3W A; 1EFR G; 2V1D A; 3PLN A; 1TXK A; 2HG5 C; 2RQ6 A; 1Y4M A; 3C3S A; 2ZKO A; 3T97 B; 1RE4 C; 3BUQ A; 2WSF J; 3CWB D; 4NR1 A; 1QR9 A; 1VP7 A; 3OM3 B; 1O7D D; 4C7N B; 2A06 D; 5GON B; 1LVN A; 3ZHU A; 4MTO A; 2GDS A; 4JYB A; 2KUB A; 3SWK A; 3KII A; 1KOR A; 5JWP A; 4UCR A; 2IM9 A; 4JI2 B; 4K8X A; 3EHB B; 3H1J D; 5EYP B; 1SQV D; 2Y0I A; 4ZOL A; 4BTX A; 1CI6 A; 4NPE A; 3DDG A; 5CBN A; 4YIP A; 3VOP A; 1EC5 A; 2Y69 B; 3B77 A; 1M57 C; 5BMV B; 4OH8 B; 1M93 A; 3KG2 A; 1MMZ A; 2HLO A; 2E43 A; 3JD0 A; 4TQF A; 1UG9 A; 5FNV A; 2WT7 B; 5B1O A; 2ZD9 A; 2LFR A; 1SA0 A; 4PDR A; 1THZ A; 3STL C; 5BXZ A; 3LNN A; 2OW6 A; 3MWX A; 3WU2 Z; 3BAA A; 4MTG A; 1NTK G; 2EIL C; 1A02 F; 2HOD A; 5KHI A; 1K05 A; 4LNU B; 2UUC O; 1VQO P; 1FZB A; 2OTL P; 3OAK A; 1CEZ A; 1GK6 A; 4WY4 C; 4KHX A; 1IBM B; 4DV7 O; 1SQQ J; 3ABU A; 1JRQ A; 2IFN A; 5LXT B; 4O2A A; 4UB6 E; 4CS3 A; 5B1A C; 1SNZ A; 2F4V B; 3TYY A; 3J7H A; 4MMH A; 4OX9 B; 2ZYG A; 2QG4 A; 1PS3 A; 4GOF A; 4H13 C; 4WBN A; 1E1R G; 1IJD B; 3T0D A; 3KXD A; 2I1K A; 3LID A; 1YIJ V; 2X6C A; 4TTG A; 1ZN5 A; 4JI3 B; 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2WLK A; 5B1B B; 2O01 N; 3ETG A; 5KHK A; 2E76 D; 4FPP A; 2WYH A; 3L4F A; 1RP3 B; 3CRC A; 1N7O A; 4GKK B; 2WW0 A; 2I1J A; 3T09 A; 2KQX A; 1KU9 A; 4JI1 O; 2OYO A; 1IVV A; 3FB5 C; 2ARH A; 3JAK A; 4DV4 O; 4H0L B; 4LF6 B; 4Y28 J; 1QX8 A; 1OVV A; 1F51 A; 3RL0 D; 4YXW H; 4XDJ A; 3N4X A; 4KTR A; 3QO7 A; 1KC8 Q; 3DX1 A; 3W7T A; 1FJG O; 2UXD B; 3IC7 A; 1VDF A; 2IZ0 A; 2X0L A; 2KSJ A; 1KQF B; 3BY6 A; 3SYA A; 3DXR B; 5CBH A; 5AW6 B; 3I3D A; 3N27 A; 1V7X A; 2QJY C; 3K59 A; 1J5E B; 5LBQ A; 1LUW A; 3TGU J; 4J11 A; 1SQX K; 2YEV A; 2ZYD A; 2F7Q A; 2MW2 B; 3HTK B; 3D4Z A; 1Q6I A; 5APX A; 2F66 C; 2P06 A; 2GUZ A; 4L87 A; 3SX1 A; 4WY4 A; 1QCE A; 2Y9Z A; 4XDK A; 5CB4 B; 5BR8 O; 2XN0 A; 2Q7C A; 1BGY D; 2BTQ A; 1B3Q A; 4KXR A; 3A5T A; 4OGQ B; 3P3N A; 3IAY A; 5KLV D; 2K9P A; 2WPQ A; 1S0V A; 4FMT A; 4FJC C; 2GUS A; 4I4T B; 1EGU A; 4P9O A; 3VP9 A; 1GMJ A; 1I94 B; 3RYI B; 2D2C D; 3QWO C; 2ZVN B; 1GO3 F; 3SYP A; 1EDI A; 4B3M B; 3AEA C; 3DDF A; 3T0A A; 4DXW A; 1JY2 N; 3K5O A; 1BL8 A; 1SKV A; 3N9H A; 3K9A A; 1NO4 A; 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