4KCDA

Crystal structure of the nmda receptor glun3a ligand binding domain apo state
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
NKLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWYKVVPC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A
total genus 89
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA02
1OLAA 4KYEA 3KSJA 3T9UA 3HHGA 2M8CA 4GD5A 4R9FA 4EF1A 3QAXA 1GGGA 3WAFA 3HHFA 2GHBA 2Y7WA 3RT8A 1Y1ZA 2IA4A 3ILTB 2I48A 2F6PA 2ZNUA 4RXLA 2AIXA 3R6UA 3VV5A 3FZVA 1N7XA 3OO6A 5AA1A 1IUDA 1EU8A 2OBGA 2NUVA 1B9JA 3U92A 1MQJA 3LR1A 1DOTA 2W7YA 4GVOA 1FW0A 4POXA 4H0WA 5CMBA 1LB8A 3OENA 4F39A 1MXUA 2UVGA 5JEIA 3C9HA 1PBQA 3RY3A 1LBBA 1BIYA 4OESA 4R75A 4FATA 3MZ9A 1ATGA 1L5TA 5DEXB 5L9MA 1WODA 1NL5A 2NWJA 3KN8A 4MFIA 3BBRA 2R9JA 3PGFA 3USDA 1MY1A 1DSNA 3GBBA 3KG2A 2AL4A 4ZEBA 1B0HA 3HPIA 4OWDA 4YB7A 4F3GA 2HAVA 4R2FA 5I2NB 2O51A 3BFUA 3O28A 1Z7ME 1IXGA 1FTMA 4Q5TA 1EZOA 5BWJA 4LATA 1PC3A 3CFZA 3KGCA 3K0VA 4OMBA 1JW1A 4H5GA 2Q88A 4GLIA 1VSOA 1Y9UA 3K6WA 5A5XB 3PUZE 3FV2A 3K1NA 2AL5A 1MDQA 2QPQA 4F19A 5CMCA 4HCYA 3N94A 4ND9A 5AA4B 5K2XA 1CB6A 5HPQA 1B7ZA 3TTRA 1N3XA 4OZ9A 5I56B 4NWCA 4X1DA 4BDRA 4GFRA 2QL3A 3FUZA 3FXQA 2H4IA 3OO8A 4ESWA 5JTYA 1IXIA 1B46A 2F6GA 2PT2A 3B6WA 3C35A 2O68A 4Q8RA 5ITPA 1OQGA 1SQYA 2F36A 2QJEA 4LQ5A 4MLVA 3MUQA 1XHYA 4EUOA 1JETA 4QFLA 5I58A 1YTVA 1A40A 4JB7A 3H6WA 2XXTA 1IXCA 3Q29A 1S50A 1A55A 1B7UA 4BDMA 4R74A 3TELA 4ECFA 1SVXB 1MM6A 3OO9A 1ZU0A 3OSQA 1SW2A 4QF9A 2OK2A 4KHZE 1UTBB 4U1OA 2ONRA 3IB0A 3IOTA 4WXJA 4F18A 3N5LA 2GHAA 3T9HB 2HFBA 5CMMA 1DMBA 3G3FA 3MAMA 3S9LC 3PU5A 1ZIUA 1P1UA 4DXCA 2XD2A 4G8HA 3OSRA 4EQ7A 2B3BA 3B6TA 3VFJA 3G7WA 5K2YA 3TCFA 1NNKA 1DTGA 4O3CA 1N3WA 3CIJA 2FA7A 3ONMA 2XXRA 3PPPA 4FECA 2DVCA 4WEDA 1DPEA 3GXAA 4KI0E 3KJTA 5DEXA 2ZMBA 4BLAA 3W9WA 2REJA 1FCKA 2D3IA 3JYRA 3UA8A 4H6DA 2F34A 3QK6A 3CG1A 1B51A 4PQJA 2F7CA 3PUVE 4QSDA 1SYIA 2O7IA 1Q35A 2ZYOA 1MQHA 2REGA 3B7DA 4KPTA 5I2NA 2Q9TA 3TTLA 1JVYA 1UQWA 4O3AA 1CE2A 3RTWB 2DVZA 5FTIA 3IOUA 2QS2A 2HEUA 5A5XA 2F5XA 3R7XA 2OLBA 4FE8A 1SYHA 4JWXA 4YZZA 3DM0A 5AA4A 4RK9A 4LZ8A 1M5EA 1M5DA 2DSFA 3TTMA 3SESA 3M3KA 5I56A 2I58A 4XKPA 2X26A 4E0WA 1BLFA 3TFLA 1M5BA 1LSTA 1MY3A 3MVXA 1B1XA 2NOOA 2D21A 1EH3A 1AOVA 5HBCA 4LONB 4OTEA 2DP8A 1JW4A 2ABHA 4QSCA 3RQTA 1SBPA 1YCJA 2RCAA 2RKMA 4UACA 4K3FA 3PD8A 3TEPA 1MY0A 2P2AA 4C0RA 1P1NA 4FAJA 5CBRA 4OFJA 1OQHA 1Y4CA 3TQLA 3MWBA 3Q25A 4EQ9A 3ZSFA 2FNCA 4TQUQ 1UTBA 3ILUB 1QKBA 4M4GA 1TWYA 3VVDA 1TFDA 3LC8A 1ZTYA 3K02A 3KEIA 4OEVA 4JWYA 1P99A 1I6AA 4JWOA 1UTHB 3U93A 4IO6A 3VDFA 4I1DA 3OXNA 3LSFB 2HZKA 4GL0A 3LUYA 2X7QA 4U2RA 3LSXA 3H06B 1LCTA 3TQWA 1MPCA 5CM6A 3TPAA 3S4UA 3D4GA 3H6TA 4OFOA 4GF8A 2HAUA 4RY1A 4YMBA 5HM4B 3HV1A 1D9YA 3TCGA 5DTBA 4DCYA 5ISUA 3FV1A 4GXSB 3SEVA 3KN3A 5H8FB 2V25A 1B4ZA 3EPEA 3TODA 3V5AA 5TPAB 4BDNA 3B6QA 4P0GA 4NTLA 4U23A 1MPBA 4KCCA 1AH5A 4KCDA 1QJMA 5CC2A 3EN3A 3QXMA 1B4HA 3MQ9A 5EHSA 5H8SA 4KYSA 4ZE9A 1QUJA 1MRPA 3FVNA 4LQ2A 1NNTA 3QIMA 4Q0CA 4ONYA 4GQOA 4R6KA 1MM7A 5IKBA 1PB9A 1MQGA 4G4PA 3BKIB 4NF6B 1SDXA 3TKDA 3CSGA 3U94A 1B5JA 3MW0A 4AB6A 1PEBA 2GH9A 4LA9A 4G68C 1JEUA 4NE4A 2ONKE 1JVXA 2XX7A 4MF3A 1TFAA 4XXUA 1LLSA 4RYAA 4HW8A 1J1NA 1II5A 3MZBA 3BFTA 2YPNA 2G29A 3FD3A 3EHSA 3IOWA 1OIBA 4ZEDA 5DYHA 1H76A 3UN6A 3I3VA 2OWSA 2BJJX 3JZJA 4POWA 1P1OA 4KFQA 3T96B 1YPNA 3IB2A 3PPOA 4XKRA 3DLNA 1SI1A 2ZYNA 3F11A 3PPRA 1LGBC 3HO7A 3RTFB 4LZ5A 4X9TA 3RPWA 1NFTA 1O7TA 3RUMA 3H7MA 4PETA 1XC1A 3N26A 4MBPA 3OELA 1MY2A 5I2KB 4EDPA 4ZEKA 2Y84A 4XIGQ 2A5SA 5TP9B 3KZGA 3O66A 4F3PA 1LFGA 3E3KA 1MY4A 1HSJA 5I57B 3FATA 5DT6A 3T93B 3A3UA 3SKPA 1MH3A 3DP6A 1GR2A 1LCFA 1O63A 2RC8A 1UTHA 3MJNA 2YLNA 1SI0A 4GXAA 3CVGA 2H99A 3HN0A 3IJXB 2I0CA 4IB2A 3VE1B 3TAJA 2OZZA 2Y7KA 4ISUA 3FVKA 1NNFA 2UVIA 1OVBA 3T9VA 1ANFA 3Q26A 2Q8JA 5H8FA 3QSLA 3K1MA 1FQFA 5TPAA 1B0LA 3G3JA 2E0SA 1USYH 4G8NA 2OWTA 1URSA 1B5HA 3CRBA 4R72A 1B3FA 3MZ1A 3ECRA 5H8QB 4OERA 2Y7IA 4GIZA 2Z22A 1OLCA 3U72A 3JV9A 4NF6A 3H6VA 4RJZA 4F2QA 5ICQA 3KOTA 4H8IA 1M5FA 3CFXA 4LZ7A 4FJPA 5BUUA 1QUIA 4PFTA 2F78A 3VVFA 4KQPA 3ODBA 2I3WA 2V3QA 3TYHA 3CR9A 5L9SA 4F2OA 2O1MA 5EHMA 5AA2B 2E1SA 1FTKA 3KSXA 1SD3A 1N84A 2P1SA 1LB9A 3FIRA 4DE8A 3TMGA 2I4CA 3C34A 3ZS6A 2HZLA 4OHNA 3OOAA 3CG3A 3OMBA 4N07A 4FIMA 3L6HA 1XS5A 3T22A 3KN7A 1MXWA 1IZ1A 2H98A 1XT8A 2PX1A 4MLQA 4PE5B 5I2KA 4P0IA 4F1UA 3THIA 1PBPA 3PV0E 5TP9A 3G3KA 3S9EA 1B1HA 1MXXA 1Y4TA 3IX1A 4NWDA 1B3EA 2DWIA 5AA2D 1LAGE 3PPNA 5I57A 1JEVA 2RF1A 1ZBMA 2DQVA 1IIWA 1QUKA 3GBAA 4JSOA 5KCJB 1KWHA 1AL3A 1BKAA 3ZKKA 2V84A 3RLFE 4AB5A 5ITOA 2VGQA 1EZPA 3LBSA 1RKMA 2UYFA 3KJ7A 3H3GA 3O29A 5CRYA 5CMKA 1AMFA 1JW5A 4GWOA 5J1DA 3T9XB 1NH7A 3S9MC 2ZNSA 2Z8FA 3FGSA 4H5FA 4QHQA 3PPQA 2DE4A 1LFIA 3S2VA 1N7WA 1GVCA 3G3IA 2R71A 2XXVA 3Q28A 1R9LA 4G2ZA 3C32A 3MPLA 2PBWA 3EQ1A 1A7LA 4IO4A 2Z8DA 3QUFA 3K4UA 2Q2AA 4KYDA 5H8QA 3IB1A 4DXUA 1URGA 4XKQA 5FHOA 2PVUA 4GL8A 2O69A 4ZZEA 4PFWA 5ICTA 4E0XA 1LAXA 1USYE 1B52A 3K01A 1O64A 3V83A 1A8EA 2ZYKA 2A5TB 1XVYA 1LBCA 2F8DA 3VVEA 2R6GE 1M5CA 2OCUA 2HQ0A 3U8QA 5CI5A 1S7YA 5AA2A 1DPPA 3KOSA 3A3CA 1VFDA 1PB8A 1FQAA 1QW0A 3H4ZA 1B6HA 4ESXA 3MP1A 3RNNA 3PD9A 1R1NA 4FORA 2GRVA 3FJMA 4LVQA 2RC9A 2ZNTA 3IOVA 2VD3A 1QVSA 4OEUA 1MH4A 2XXHA 5B7DA 3E4RA 4YU0A 4R2BA 3FVOA 4DLDA 2O7UA 4ELRA 1A99A 2O6AA 3FXRA 1US4A 4I8CA 4U4SA 5KDTB 2UYEA 2PT1A 2XX9A 1GV8A 3FJ7A 4F29A 3CFLA 1GTKA 2Z8EA 2XXYA 5F7VA 2DOJA 1B5IA 3O6GA 4Z0IA 3T66A 1MXYA 2VOZA 3RT6B 4LUBA 3RGYA 3IORA 3W15C 4QFOA 3O97A 5I84A 1MXVA 4UA8A 4U22A 4ELPA 3K6UA 2DWJA 5KCJA 1Y3QA 2XXXA 2ZXTA 1TXFA 4DZ1A 4M1VA 3QUJA 1P1WA 4TOZA 1R6ZA 3TCHA 4LP2B 4HTGA 1B3LA 4C1TA 2PYYA 3DP8A 4TLLB 3PUYE 5DVJA 5FHNA 3KFMA 2XHDA 1UIVA 3VLWA 2LAOA 1FTLA 1VE4A 3R26A 1BP5A 3SEXA 3O6HA 2Q2CA 4Z7EA 4ZDMA 3IR1A 2B65A 5IAIA 5LOMA 3MPKA 4XTCQ 3UGWA 3M3LA 1R9QA 1B7HA 4IY6A 2B3FA 1S9TA 2RC7A 4IO3A 2I4BA 4NEDA 2ESNA 4NMYA 4YICA 2UXAA 1ELJA 4RPNA 1N76A 1MDP1 1IITA 3VXBA 1NMUA 1Z7NE 2A5TA 4YAHX 4YB5A 1FQEA 1NKXA 2YJPA 3FVGA 1NNPA 1I6QA 1RYOA 1SW1A 3K00A 4X1BA 2RCBA 1LFHA 3C31A 2HXWA 4GRKA 4IO5A 3IL1B 1H43A 2H9BA 2IEEA 4N13A 3SETA 4P11A 1H45A 3TUSA 2VP1A 1ZJLA 4DCXA 3MBPA 3DELB 2ANJA 2DWHA 2AYSA 2I0BA 4JSDA 4DDDA 4DXBA 1FTOA 1WVJA 1DTZA 1XOCA 3M3FA 1FQDA 2QMWA 2WKYA 5KDTA 2P0SA 2DXRA 4RPOA 5I59B 1N04A 1WDNA 3KBRA 2XXIA 5ELVA 1FQCA 4NF5B 3O2AA 1IXHA 1QKAA 2DE3A 3IJOB 4R9GA 1D3KA 1B3GA 4EXLA 2RINA 4YKKA 3OEMA 2V3TA 1POY1 3FJGA 4H1XA 1HSLA 4EXKA 1US5A 5AA3A 4OFLA 3IAZA 4NF4B 4PP0A 4KR5A 1MPDA 2DWAA 1N0TA 4ZE8A 2H25A 2UVJA 1LAHE 3UK4A 3I5OA 3OEKA 4QFNA 1POTA 1PDAA 2XX8A 3OO7A 4PFYA 1FTJA 1HSEA 4THIA 4QFKA 2V93A 1TT1A 2I49A 3LSLA 3UP9A 1MQIA 2ZYMA 3EHTA 2Q89A 1OMPA 2X7PA 4U21A 4GOTA 4L17A 4FEDA 2V3UA 1NH8A 2NXOA 4QRZA 2D5WA 4G68B 4RA1A 4ZS9A 3SDFA 2OJTA 1B32A 3U1OA 4HS7A 3H03A 3WAEA 3PMWA 3VLVA 4ELOA 1ZKBA 4OQOA 2QMXA 2QRYA 3TTNA 4U4XA 3M8UA 1ZLQA 4TLMB 3UIFA 1UIUA 4KD5A 3Q27A 5M2VA 5EYFA 4JBZA 4IO2A 2I6EA 4IO7A 1SW4A 5DVFA 3DP4A 1AIVA 3PUWE 4F3SA 4YB6A 4OVJA 3MVYA 3VLUA 3TDJA 3G3GA 3MP6A 3SEYA 3PMVA 4ZEFA 2DYXA 3GZGA 4YKIA 3SEUA 1VFEA 2VHAA 3SEWA 1FQBA 3P7IA 5DVIA 4OYVA 3RN8A 4G8MA 5FTHA 3MVZA 3VXCA 3N6TA 5H8NB 3I6VA 3G3HA 5AE4A 2O1LA 4WKMA 2KLFA 4OENA 3K2DA 4MH5A 2XXUA 4XKNA 1Y1MA 4ELQA 4H65A 2F7AA 4NF8B 4RK2A 4I62A 4WEPA 5I59A 2XD3A 4RNSA 2O84X 3C33A 4NF5A 3TTKA 1ZMGA 4OXVA 4F22A 4N6PA 3IO4A 1SW5A 2Y7RA 4QSEA 5FHMA 3S9NC 3K1PA 2CZLA 1B05A 5H8HB 2QS1A 3LSWA 3MP8A 4OETA 1MQDA 1Y3PA 4NF4A 1YAEA 5L9OA 4ZEIA 1T0KA 1PB7A 1D4NA 1I6BA 4DIGA 1Y20A 5B70A 2GFEA 3AXFA 3EF7A 1A8FA 2NVUB 4H8JA 3IO6A 3IK6B 3EHUA 3H6UA 2XXPA 2XXWA 1P1QA 2XXQA 4F1YA 4HCWA 3UORA 3C36A 1OVTA 1VR5A 3L6GA 2QS3A 3MVWA 5KZTA 3PMXA 1IEJA 3E9XA 4R73A 2F7BA 2UVHA 4JDFA 3HSTA 4G68A 3D4CA 2DE2A 3N6UA 2ONSA 4Q30B 2FYIA 3QYTA 4ZECA 2DS9A 2G93A 3PUXE 1B58A 5F1QA 1D9VA 4PFUA 4R6HA 2QSXA 3O9PA 4AQ4A 3K6XA 5L8DA 3A09A 4QFPA 1MXZA 2Y7PA 4FEBA 1H44A 4EF2A 1A54A 1JQFA 4C1UA 3SERA 4G77A 4U1ZA 1URDA 3E13X 4JXIA 4I9DA 3GLBA 1H3DA 1B3HA 4YKPA 1Q1KA 4YMAA 4IY5A 3FASA 2DXYA 1JNFA 4IGRA 3C4MA 3ZKLA 3K6VA 2QS4A 2I3VA 2THIA 5CBSA 1BTJA 1Y3NA 4BDQA 5H8NA 3CSBA 1B2HA 3CI8A 3V8XB 4BDLA 3FXUA 4F3BA 3TZAA 5JTYB 1EZ9A 1IQ7A 1F9BA 2CMOA 2H5YA 5TU0A 2F97A 3W9VA 2HCAA 1LAFE 3MC2A 4BDOA 4O3BA 4F1VA 4NF8A 1RYXA 2F35A 5JK4A 1I69A 5I58B 2PMSA 3OD7A 2VD2A 4EQBA 4IGTA 4ZZAA 1XVXA 4X48A 3O6IA 3V89B 4F31B 2ALUA 5H8HA 4H67A 1MS7A 1B40A 4R6YA 4YKJA 2Z23A 1QULA 1MG1A 3HCQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CEYA 1OLAA 4KYEA 3KSJA 3T9UA 3HHGA 2M8CA 4GD5A 4R9FA 4EF1A 2QVUA 1FBHA 3QAXA 1GGGA 3WAFA 3HHFA 4I3YA 4OVRA 5LTCA 2GHBA 2Y7WA 3RT8A 1Y1ZA 2IA4A 3ILTB 2I48A 2F6PA 2ZNUA 4PDDA 4RXLA 2AIXA 3R6UA 3VV5A 3FZVA 3MSTA 4N91A 1N7XA 4GWSA 3OO6A 5AA1A 1IUDA 1EU8A 3CHGA 2OBGA 4AS4A 2NUVA 1B9JA 4HE1A 3U92A 1MQJA 4N81A 3LR1A 4P3LA 1DOTA 2W7YA 4GVOA 1FW0A 4POXA 4H0WA 5CMBA 1LB8A 3OENA 4F39A 1MXUA 4NGUA 2VT5A 2UVGA 5JEIA 3C9HA 1PBQA 3RY3A 1LBBA 1BIYA 4OESA 4R75A 4FATA 3MZ9A 1LBZA 1ATGA 1L5TA 5DEXB 5L9MA 1WODA 1NL5A 2NWJA 3KN8A 3NOHA 3BBRA 4MFIA 4NQ8A 3D1RA 2R9JA 3PGFA 3USDA 1MY1A 4JVCA 1DSNA 3GBBA 3KG2A 2AL4A 4ZEBA 1B0HA 3HPIA 4OWDA 1BK4A 4YB7A 1FPKA 4F3GA 2HAVA 4R2FA 5I2NB 2O51A 4PC9A 3BFUA 3O28A 3B50A 1Z7ME 1IXGA 1FTMA 4Q5TA 1EZOA 5BWJA 4LATA 1PC3A 3CFZA 3KGCA 3K0VA 4OMBA 1JW1A 4H5GA 2Q88A 4GLIA 1VSOA 1Y9UA 3K6WA 5A5XB 3PUZE 2JJKA 3FV2A 3K1NA 2AL5A 1MDQA 2QPQA 4F19A 1FBDA 5CMCA 4HCYA 4X04A 3N94A 4ND9A 5AA4B 5K2XA 1CB6A 5HPQA 1NV3A 1B7ZA 3TTRA 1N3XA 4OZ9A 5I56B 4NWCA 4X1DA 4BDRA 4GFRA 2QL3A 3FUZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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