The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
|
| publication title |
Crystal Structure of a Bioactive Pactamycin Analog Bound to the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
34
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XMO O; 2UUC O; 2UXB O; 3SDL A; 1N36 O; 4DV2 O; 5FLX N; 4B3R O; 2DOS A; 2JRI A; 4JI6 O; 4OPH A; 1I94 O; 4X64 O; 4AQY O; 4LF7 O; 4JI2 O; 1IBM O; 2ZKO A; 1D2D A; 1XNQ O; 4LFC O; 3T1H O; 4B3S O; 1F7Y A; 5IT9 N; 3J81 N; 1HNW O; 5LMU O; 2LW7 A; 4YHH O; 4LF9 O; 4JI8 O; 4A5U B; 3F5T A; 2UU9 O; 3O65 A; 4LF4 O; 4KHP O; 1NS1 A; 4LF5 O; 1IBK O; 5IWA O; 4DV1 O; 4JI7 O; 3JAM N; 5BR8 O; 4LFB O; 4DV5 O; 4GKK O; 4B3T O; 4X65 O; 5BXZ A; 4DR1 O; 3R66 A; 2E5L O; 1FYJ A; 4X62 O; 4DV7 O; 1DK1 A; 2UXC O; 2ZM6 O; 5LMN O; 4JI1 O; 1N34 O; 2UXD O; 4JI0 O; 1HNX O; 5BY1 A; 4LF8 O; 4DR5 O; 1AB3 A; 2VQE O; 3OTO O; 4DR3 O; 2AGA A; 1A32 A; 4DV0 O; 4GKJ O; 4JI5 O; 1N32 O; 4B3M O; 5A2Q N; 4NXM O; 4X66 O; 4DR4 O; 4JI4 O; 3J7A U; 4YY3 O; 1R1B A; 1YZB A; 4NXN O; 1X59 A; 1HNZ O; 4DUZ O; 3M8A A; 2F4V O; 4LFA O; 2FKX A; 4DV3 O; 5H5N A; 4DR2 O; 4OX9 O; 2N74 A; 1KUQ A; 4DUY O; 2HHH O; 3T1Y O; 4DV4 O; 1R6T A; 1XMQ O; 5LL6 Y; 1J5E O; 4JYA O; 2Z0A A; 4JI3 O; 4DV6 O; 1HR0 O; 1FJG O; 4K0K O; 2UUA O; 1G1X B; 3J80 N; 1N33 O; 4OPA A; 2VQF O; 2UUB O; 4DR6 O; 3RT3 C; 1AIL A; 4JV5 O; 1FKA O; 1IBL O; 1XNR O; 1XEQ A; 2DJV A; 4DR7 O; 4LF6 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZTE A; 1S76 D; 1JJO A; 1I08 A; 5KX5 A; 2CTQ A; 1KKC A; 1ZLZ A; 1MMM A; 5IY5 B; 5GON A; 4JZ2 A; 4CH4 A; 3HKE B; 2Z5U A; 3H1L H; 3CC2 V; 4O2B B; 2CAZ C; 2JGD B; 4X9Q A; 1JR9 A; 4X66 B; 4JYB A; 3ZCC A; 4L87 A; 2YIA A; 2P7T C; 1SA0 B; 4LFA B; 5CA0 B; 4BAY A; 1BCC H; 3J81 N; 4MSW C; 2WLM A; 4MTX A; 3EVK A; 2OCH A; 2UXN A; 3T1C A; 3K5M A; 4FZ1 A; 4RUF A; 2YEV A; 3OUS A; 1HR0 B; 2R9I A; 1N32 B; 4B3M B; 3K79 A; 4RAI A; 2CGO A; 4DYL A; 1EZJ A; 4DV7 O; 2P4V A; 1JMK C; 2PYL A; 1Y76 B; 5K1X A; 4LNU A; 3CCM V; 5JQG B; 1DLB A; 3LNN A; 3BAB A; 3K3W A; 3OTO O; 5K1P A; 1GKF A; 1SQQ H; 4GKJ O; 1N32 O; 4B3M O; 2WPD G; 5IJ9 B; 3IGA C; 4LFC B; 2GUZ A; 4CH5 A; 3CME V; 1G4Y B; 4CBC A; 1NBM G; 2BCC H; 1XOU A; 3K5N A; 2ADP A; 2AHZ A; 2XND G; 2YID A; 2X6A A; 5LHH A; 2GTS A; 1FXH A; 2LJ2 A; 1QR9 A; 1NR7 A; 1V55 B; 2BTO A; 5KLV H; 1I5X A; 3OM3 B; 1YEW A; 4YJ3 B; 4CH3 A; 1AI6 A; 1F51 A; 1YIJ V; 4NR1 A; 5B1N A; 2QWO B; 1I0H A; 5JJJ B; 2DOS A; 1RSO A; 4DR3 B; 4E2L A; 4TQF A; 4KFM A; 3JCU Z; 1AP5 A; 4MW8 A; 3JAT B; 1V54 C; 2OTL V; 1H2N A; 4IHJ A; 4LFB B; 1WA8 A; 2GDS A; 1Z5W A; 3A2F A; 1E1Q G; 3SYA A; 2YIB D; 1SF9 A; 2EJ7 A; 2UU9 O; 3CRR A; 2LGW A; 3ZBH A; 1XMQ B; 3DC6 A; 4TV9 B; 4LFB O; 4LWS A; 3RYH A; 4O4J A; 3KZI Z; 2EIN C; 3KCX A; 1KMI Z; 1I5Y A; 1SQX H; 2AZ2 A; 2PYJ A; 4FFB A; 1VF5 B; 1B6Q A; 2LFS A; 1P7G A; 1JA8 A; 5J2U B; 2UUC B; 1AJQ A; 3K58 A; 1BHA A; 4FLV A; 1BS3 A; 1URF A; 5BMV B; 1QR8 A; 1AP6 A; 4ASU G; 2ZIM A; 4NXN O; 3AK3 A; 3APO A; 1AJN A; 1PM9 A; 1OCR C; 3M8A A; 3OEE G; 2F4V O; 1M57 C; 3H1H H; 3B8M A; 1XHX A; 3ZHT A; 2JGU A; 4FVM A; 3HKB A; 1VQ5 V; 1ZX3 A; 4G28 B; 4H33 A; 1V9P A; 1TUE B; 1K73 W; 3ABT A; 2B1I A; 2Y69 C; 4U7O A; 3HKE A; 5L3D A; 1FJG O; 3IC9 A; 3QG5 A; 2H94 A; 2JGD A; 4O2B A; 4TV8 A; 1QLE C; 1I94 B; 3N2G B; 4KXR A; 5CBG A; 1PPJ H; 4XBF A; 2E3C A; 2N04 A; 3GWK C; 4BIO A; 1SA0 A; 3ZHR A; 5CA0 A; 4JI1 B; 2R9A A; 4XDJ A; 4FLY A; 1BZK A; 2BSK A; 2DE0 X; 3BY6 A; 5DM6 V; 1I94 O; 2ZE7 A; 1AI4 A; 4NXM B; 2FB5 A; 4Z1V A; 3D36 C; 1JOY A; 2ZR3 A; 4GKK B; 2P5O A; 3RFR A; 2IJK A; 3QVN A; 1CEZ A; 1Y76 A; 1JX9 A; 3JD2 A; 2H8P C; 5JJE B; 3B40 A; 2NN4 A; 1BMF G; 4D6T H; 1MG1 A; 4PA9 A; 4GKK O; 3IJ4 A; 5IJ9 A; 3AG1 C; 1KKD A; 3E8B A; 3CMA V; 2XAJ A; 4TUY B; 4ICG A; 2LP7 A; 5LMN O; 2W0F C; 3KCY A; 2B9Z A; 4X1Y B; 1XL4 A; 1AB3 A; 1KU9 A; 3TJT A; 2UXB B; 4H0L B; 4DV0 O; 4LP8 A; 2XTA A; 1S0V A; 4KUM A; 1DF4 A; 4JI4 O; 2CGN A; 4I55 B; 3J7A U; 3HB3 B; 3OW2 U; 1BSM A; 5L3E A; 2UUA B; 4K8Z A; 2RDC A; 3LDD A; 4J7K A; 3CCS V; 4WCE V; 1B04 A; 1AI7 A; 4JV5 B; 4NYK A; 1V54 B; 2ZDI A; 4J9Z B; 4YJ3 A; 2GSM B; 4O4H B; 3T1Y O; 2Y4U A; 4CS4 A; 4HAM A; 2X7R B; 3OGI B; 2L6L A; 2UUA O; 4UB8 Z; 2VQF O; 1ZAU A; 4JV5 O; 3AK1 A; 4F6E A; 5IE9 A; 5LMU B; 2EIN B; 1M56 C; 3CJH A; 4UV9 A; 2OT5 A; 4DR5 B; 4DW0 A; 3CCL V; 3CC4 V; 1W0K G; 4ABM A; 2JRI A; 4TV9 A; 1G6U A; 3JYC A; 4DRX B; 4MVR A; 4NTX A; 4O2A B; 4DR1 B; 3CEI A; 3T1H O; 3SPG A; 4PDL A; 3MHS C; 1P7B A; 4GT1 A; 4P2Z A; 1LR1 A; 2YUA A; 4X1K B; 4UB6 Z; 3TXS A; 2QM4 A; 5LMU O; 2IM9 A; 1H2S B; 1Q6I A; 2HFE C; 1N34 B; 1VMG A; 3RW0 A; 4RQF A; 2PUS A; 1OCR B; 5J2U A; 1M57 B; 2DYS C; 1M93 A; 3JAM N; 1VEW A; 1VQP V; 1MSW D; 3SYC A; 5EC2 C; 5BMV A; 4K0K B; 4DR1 O; 4YJ2 B; 2Q7E A; 3ZRX A; 3A0H Z; 5LGN A; 3JAK B; 5FNV B; 2R9R B; 3SJB C; 3T4D A; 3B4S A; 4BW9 A; 2WLI B; 3K03 A; 2V7Q G; 3P30 A; 1AR1 B; 3CP1 A; 2Y69 B; 1N34 O; 3IAY A; 2ZIO A; 1QLE B; 4J11 A; 5FL7 G; 4X89 A; 3RYF B; 5EZY B; 4LF8 O; 3B2E E; 5B3S C; 3BAA A; 2Q68 A; 1NI8 A; 1TVK B; 1Y74 B; 3MAQ A; 1GMG A; 4GX1 A; 3N2G A; 4QE9 A; 4OGQ B; 1OCZ C; 4BIU A; 3BRC A; 2FKX A; 1WB7 A; 1R6K A; 1NTZ H; 4Z2W A; 1GTO A; 2OIE A; 4LF9 B; 2QDO A; 1MZE A; 3THO A; 1YHQ V; 1XQ8 A; 5B5E Z; 3FB8 C; 2ITC C; 4H13 B; 4UVA A; 4DV2 B; 3E8F A; 4PEL A; 1DGS A; 5KHG A; 3JAR B; 3CRA A; 3NXS A; 4NKG B; 3RT3 C; 1QQC A; 4J42 A; 4C7U A; 1NH2 B; 3CCJ V; 5LGT A; 4DR7 O; 2G38 A; 3IFX A; 3AG1 B; 1F4M A; 4DV2 O; 4WBN B; 2QEX V; 4X1I B; 1VF7 A; 5EIB D; 1WNS A; 4WFG A; 1FFT B; 1D5N A; 1Q81 W; 4B3S O; 4O4L B; 1YSC A; 4JAS A; 4TUY A; 3ETE A; 1K8A W; 3FKS G; 3SYO A; 4A5U B; 4X1Y A; 3ZMZ A; 5EBW C; 4LF4 O; 2BTQ B; 2F93 B; 2QGN A; 2DQ0 A; 1M1K W; 4I55 A; 3ZIA G; 2E5L O; 5JVD B; 4JPR A; 3KKY A; 4X8A A; 3C3S A; 4GX5 A; 3DXR B; 2R72 A; 3Q4H B; 1ZSP A; 3BPZ A; 1PV0 A; 4OX9 B; 3P3P A; 1H2L A; 1PD3 A; 1NTK H; 4O4H A; 3SPC A; 3E8H A; 4DR4 O; 4IYI A; 4CC5 A; 4LF7 B; 1M56 B; 2CK3 G; 4DR2 O; 4OX9 O; 2WLH A; 2EIJ C; 3BA9 A; 2QKC A; 1T5E A; 3STL C; 4TWK A; 2IH1 C; 4KHP B; 4KP4 A; 2MK3 A; 3M99 B; 2GV9 A; 1XRE A; 3EFF K; 3ZN0 A; 4K8X A; 5EK0 A; 3CWB H; 4DRX A; 4D7S A; 2QA4 V; 4IL6 Z; 5L3G A; 4O2A A; 1Y6X A; 3BCC H; 2DYS B; 4EKW A; 1PL4 A; 2EZP A; 2CE4 A; 3D8C A; 3FYI B; 1XNR O; 4X1K A; 1H2M A; 2QWR B; 3ABU A; 2XAF A; 1QNM A; 1SQV H; 3JD4 A; 1P84 F; 2K9P A; 1SS3 A; 4JI5 B; 3ZJZ A; 3W7T A; 2ZKO A; 4YJ2 A; 5B3S B; 5KHI A; 3JD1 A; 3JAK A; 4QIW F; 3L70 H; 2WLI A; 4CS2 A; 4P30 A; 4JI8 O; 1K97 A; 2AW9 A; 4J9Y B; 1H38 A; 1WAZ A; 4X88 A; 2XT9 A; 4EFE A; 2X0L A; 2A0L A; 1OCZ B; 3W7S A; 4PDM A; 1VQ4 V; 1Y4M A; 5IYZ B; 4PA7 A; 2K1E A; 3OEH G; 2NR5 A; 4NB5 A; 3LDC A; 1RPO A; 4ZBM A; 1TVK A; 1Y74 A; 3CRM A; 4QNH B; 5J2T A; 4MTG A; 1K3E A; 1DK1 A; 1JJ2 U; 2UXC O; 1YXB A; 2W6J G; 4U3J B; 5LYJ B; 3RVY A; 3MDS A; 1VQ6 V; 4DUY B; 3D36 A; 1HWY A; 3C90 A; 3PJS K; 3QF7 A; 1A32 A; 2AGA A; 1WJZ A; 4JI6 B; 4X66 O; 2FTK A; 1R1B A; 3JAR A; 1B3Q A; 3IC7 A; 1U96 A; 4LFA O; 4IIJ B; 3GWO A; 4YIP A; 2FYU H; 4DUY O; 2CTR A; 3AEI A; 1O9H A; 1N36 B; 4WBN A; 3L75 H; 4IT5 A; 1H2K A; 3CYO A; 1HR0 O; 3L71 H; 1BGY H; 1KBH A; 1Y66 A; 2ZE8 A; 4X65 B; 4X1I A; 5KHJ A; 1AIL A; 4PI2 A; 2Q9L A; 4O4L A; 1NKD A; 2XAH A; 2EIK C; 3SDL A; 1Q6U A; 2E74 B; 2IU3 A; 1N36 O; 1IVS A; 2M6Y A; 3DTU B; 1S72 V; 3OUF A; 2BTQ A; 1IBK B; 2ZQM A; 3CXH F; 4JI7 B; 2P67 A; 3K0G A; 4LFC O; 2YSU B; 3X2Q C; 4UCR A; 5JVD A; 3K06 A; 4X62 B; 1BT8 A; 3OD4 A; 3DXR A; 2X6C A; 3O9O A; 1KEC A; 3I5D A; 1N4C A; 2UXD B; 2JDI G; 2HHH B; 3K9A A; 1Q6H A; 1MAB G; 1KP3 A; 2JS3 A; 1IBK O; 4JI7 O; 4BR6 A; 2ADQ B; 2EIJ B; 3SGI A; 1GN2 A; 1NVP B; 3FAV B; 1WPX A; 2F95 B; 1MNG A; 3RN4 A; 2WLJ A; 4DXW A; 4X62 O; 4DK1 A; 4U7N A; 2PI4 A; 2UXD O; 1ENV A; 1K7D A; 4DR3 O; 1OZ0 A; 1SZX A; 1GO3 F; 1VAR A; 2Q69 A; 3RGB A; 3SPJ A; 4EB6 B; 2CH7 B; 4X64 B; 4QGP A; 1AR5 A; 3RYC B; 1YIT V; 3N2K B; 4GZR B; 1X59 A; 3F5W C; 1COW G; 4MTF A; 4MW3 A; 3N27 A; 1NTM H; 5IJ0 B; 4J10 A; 4ZHQ B; 4YHH B; 3TET A; 4MVZ A; 3HPL C; 1QHT A; 2DWE C; 5LL6 Y; 1XMQ O; 3ZS8 C; 2JEX A; 3F7V C; 3STZ C; 1N8R W; 4PDR A; 5H9C A; 2Z0A A; 3TCU A; 5IWA B; 1OCC C; 5L3C A; 1ZL8 B; 2L35 A; 2QJ1 A; 3HKC B; 2ZXW C; 4MVQ A; 1F23 A; 4LH6 A; 4DW1 A; 1YJN V; 2Y0P A; 1M90 W; 3ABL C; 3BVO A; 4UVC A; 1S5J A; 2E76 B; 3WFV A; 2UUC O; 3TGU H; 1CXZ B; 5LOV B; 3AG4 C; 5IDJ A; 4F4L A; 4LF5 B; 4OPH A; 4QPJ A; 4GCZ A; 4J7J A; 5IYZ A; 2B5U A; 2BOC C; 4IYH A; 2YS8 A; 4B3T B; 2YXY A; 2P6J A; 4YIO A; 5HFL A; 4LC1 A; 4HBN A; 4X20 B; 2LFR A; 3B8N A; 2EZO A; 2WWW A; 1JCH A; 4U3J A; 1S5H C; 5LP6 C; 5LYJ A; 3UKM A; 3ABM C; 3O65 A; 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1TUB B; 5F2V O; 3ABL B; 1ZL8 A; 4MVM A; 3AK2 A; 3DC5 A; 3OGC C; 5B1O A; 3HKC A; 1IBM B; 3MD0 A; 3UO3 A; 4RO2 A; 1L0L H; 3AG4 B; 1M5I A; 3UQ8 A; 1SES A; 2QM7 A; 1RM1 C; 1LNQ A; 1ZWI C; 3OR6 C; 2DQ3 A; 1GH6 A; 3ML0 A; 1XIL A; 3RVZ A; 4MVU A; 2N05 A; 5LOV A; 3JAW B; 3A0R A; 2BOB C; 4EFB A; 4DV1 B; 5GTI Z; 3P3N A; 2ZE6 A; 4K0K O; 5LP6 B; 2P4K A; 2WSS G; 2EIM C; 5KMG B; 3ABM B; 2WLN A; 1SC5 B; 1WLE A; 1XNQ B; 4UV8 A; 2QTO A; 5GW7 A; 3TK1 A; 3H1K H; 1RPR A; 1DF5 A; 3R65 A; 5KX5 B; 1EM1 A; 2HKO A; 5E79 Z; 1VQ9 V; 3H1I H; 1VF6 C; 3QO7 A; 5CB4 B; 4P9P A; 1BL8 A; 4I7Z B; 4JAV A; 3VQW A; 3CXC U; 3CCU V; 4P9O A; 1YTF D; 4LR3 A; 1J95 A; 1XNQ O; 3UT5 A; 1JVM A; 4HNA B; 4I9W A; 4LF9 O; 2VWK A; 3E2E A; 3QNE A; 1IUR A; 2V1D A; 3E22 A; 2AHY A; 4FMT A; 2ZD9 A; 3OTF A; 4DV6 B; 1K92 A; 5TIS Z; 5B1A B; 1QBZ A; 1IDS A; 3NR7 A; 1N33 B; 1W59 A; 2UUB B; 1QCE A; 1FFX A; 2WLL B; 3UM7 A; 3JSL A; 4ZOL B; 4Z1M G; 2LO1 A; 4GUN A; 3ICX A; 4I0X B; 1GM9 A; 3E86 A; 3WG7 B; 4FLU A; 1EBO A; 4WFA V; 2OCC C; 2QWQ B; 3ZMT A; 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