4KPTA

Crystal structure of substrate binding domain 1 (sbd1) of abc transporter glnpq from lactococcus lactis
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
TVKIASDSSYAPFEFQNGQKKWVGIDVDIMQEVAKINDWKLEMSYPGFDAALQNLKAGQVDGIIAGMTITDERKETFDFSNPYYTSALTIATTKDSKLSDYSDLKGKAVGAKNGTAAQTWLQENQKKYGYTIKTYSDGVHMFAALSSGNIAGAMDEVPVISYAMKQGQDLAMNFPSISLPGGYGFAVMKGKNSTLVDGFNKALAEMKSNGDYDKILKKYGITA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
total genus 74
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kptA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kptA02
1MY1A 1Y3NA 1IXGA 1Z7NE 2O1MA 2XXWA 3S9NC 4GXSB 3VXCA 2RC8A 5ELVA 2IEEA 4LQ5A 5CRYA 4QSCA 1CB6A 1MDQA 2BJJX 2YLNA 2VD3A 4ECFA 1LCTA 2Q8JA 1I6QA 4F18A 4O3AA 2I3WA 3FVNA 3FUZA 3O29A 2GFEA 2E1SA 1JW5A 1SDXA 1F9BA 3GXAA 1BP5A 1DOTA 5TP9B 3A3UA 4ZEDA 3D4CA 3FIRA 4ZZEA 5HPQA 5F1QA 3KJTA 2Y84A 5A5XA 4Q30B 4U1OA 1VSOA 1GVCA 3KEIA 4YMBA 3HHFA 2GRVA 1B5IA 4QRZA 1SVXB 5HM4B 3C36A 4DXCA 1ZU0A 2WKYA 5JTYA 3SDFA 1JEVA 2D21A 4BDOA 3IO4A 2M8CA 4U22A 4RJZA 3O97A 2DS9A 1P1OA 1IXIA 1JVXA 3IX1A 4OFJA 1M5CA 4ND9A 1NH7A 2QRYA 3PD9A 5CBSA 1N84A 4O3BA 4ZE9A 4H67A 1SD3A 4KYDA 2YPNA 4G8MA 4DCXA 4OFLA 3PU5A 1GR2A 5AA2B 4NF5B 1BKAA 2HZKA 4AB6A 3MVWA 4HCYA 1UIUA 4EXKA 3QXMA 2Y7PA 2AL4A 3HSTA 1PC3A 3ILUB 4EXLA 1QULA 4R74A 4ZDMA 3THIA 3U94A 3G3FA 1Y3QA 5L8DA 4TQUQ 2I49A 2DYXA 3Q27A 4MBPA 5DVFA 1BIYA 1MY3A 3EN3A 4OVJA 4KHZE 2DE2A 3S2VA 3TODA 2ONKE 4E0WA 4ZZAA 2DE3A 3SEVA 2XXHA 4BDRA 2V93A 1IQ7A 2ZYKA 4IO2A 4OFOA 2DWIA 1PB7A 4JXIA 4KFQA 5FHMA 5B70A 1FTOA 2AIXA 3Q28A 4KI0E 1SI1A 2R71A 1B3EA 2W7YA 2ALUA 1USYH 1XT8A 2XXUA 1QUIA 3MJNA 3K1MA 3LSWA 5DEXB 4YKKA 2V3QA 2A5TB 3OEKA 3TTLA 3KBRA 4NWCA 4R9GA 3QUJA 3U1OA 3H3GA 4H8IA 2AL5A 5CMBA 1VE4A 3TTNA 4FE8A 2XXPA 1DPEA 5IAIA 1H43A 3DM0A 5ICQA 4YZZA 1GV8A 5FTHA 2NWJA 3IOTA 3IJXB 4NEDA 1MQIA 2OLBA 2G29A 2O51A 4F22A 2DP8A 3T9HB 3E4RA 2ABHA 4FORA 2HZLA 1CE2A 4JWOA 1B9JA 1MY0A 2XD3A 1EH3A 1NNFA 1M5DA 4GQOA 3KG2A 1D9VA 4HW8A 4G77A 2Q9TA 1MXUA 3S9MC 3C31A 4M1VA 1Y4CA 1XVXA 3KGCA 3RQTA 3CSBA 4NTLA 4Q5TA 1A54A 3TTRA 1Y1ZA 1UTBA 2DQVA 3FASA 2P1SA 1M5EA 2QS4A 4UA8A 4N6PA 3RTWB 5K2XA 3N6TA 2YJPA 1B1HA 5L9OA 2XX7A 3DP6A 1O63A 4LONB 5B7DA 1Q1KA 4BDMA 4RXLA 4XIGQ 3FD3A 3M8UA 4NMYA 1I69A 4R72A 2QS1A 1Z7ME 3T66A 3C34A 3B6WA 5A5XB 4IY5A 2ZMBA 3FJ7A 1URDA 4POWA 1N3XA 3MVZA 4GIZA 4IO3A 2DVCA 1ATGA 3BFTA 2Q2CA 3PPQA 4U2RA 5AA4A 3E3KA 3LR1A 5JTYB 3LBSA 3CFZA 1B5HA 4OESA 2I48A 4YB5A 3FJMA 2I4CA 1LFHA 2ZNUA 1R9QA 1B0HA 4MLVA 3SEWA 3MQ9A 2D3IA 5J1DA 3TMGA 3VLUA 2OCUA 3ODBA 1MPBA 3MW0A 3B7DA 2RINA 1B4ZA 4DLDA 2CZLA 5EYFA 3OO8A 4LATA 4NF8A 2H98A 4H8JA 2F7AA 1LFGA 1LB9A 3SKPA 3KFMA 1MM6A 1SYIA 3VLVA 1EZPA 3TTKA 4ZEKA 1FQFA 1OLAA 1NL5A 1IIWA 3DLNA 1FQBA 4RPOA 4U23A 1A8EA 2ANJA 3EHTA 4OERA 1SW5A 1B3LA 3TQWA 4Z0IA 4OTEA 1YAEA 1N3WA 2B65A 3V89B 4NWDA 1IEJA 2HFBA 4U4XA 1FTMA 5I84A 2F97A 1S50A 4N13A 2FNCA 3WAFA 1M5BA 3M3KA 2X7QA 4FJPA 2X26A 1EU8A 2RCBA 3Q29A 5HBCA 5DYHA 1S9TA 3W9WA 4ZEIA 2HQ0A 1OQGA 3O6GA 2V3TA 5H8HA 3VVFA 4XKPA 3OELA 4OHNA 4U4SA 1N04A 4QSDA 1VR5A 2Y7KA 2LAOA 4EF2A 4F3BA 3EF7A 4G68C 1B7ZA 4K3FA 1II5A 1XVYA 1N7XA 1O64A 2OJTA 1JNFA 2VOZA 3OO9A 4GXAA 4PETA 2QL3A 3PUVE 1L5TA 4OEUA 2FA7A 3E9XA 3RT6B 2RC7A 3ZSFA 5TPAA 5I59A 1YTVA 1B05A 1H3DA 2B3FA 4G68A 4GVOA 3MZ1A 4TLMB 2F7BA 2XD2A 4ONYA 1MH4A 4LQ2A 3H6UA 4NF4A 1MQGA 1B32A 1HSJA 3O6IA 3IOVA 4TOZA 3ONMA 3JYRA 3UGWA 2H99A 4OETA 4QFKA 4F3PA 1MXWA 3UA8A 2DWAA 3G3HA 1KWHA 3N6UA 2QMXA 5DTBA 3QSLA 4I9DA 4OEVA 3R7XA 1POTA 2RCAA 1GTKA 4G4PA 3TELA 4JWXA 1DPPA 5I2NA 3FV1A 4PFUA 2XHDA 4YICA 3H6TA 4OXVA 3IOWA 2ONRA 1UTBB 4R2FA 1B7UA 1NNKA 1P1NA 2PX1A 1YPNA 3PMXA 1SBPA 3FV2A 4XTCQ 1FW0A 4TLLB 5CM6A 2IA4A 2P0SA 3U72A 3H7MA 3G3GA 4KD5A 4QFOA 2Z23A 4IO7A 1B40A 1RYXA 2UYEA 1B46A 4X9TA 4H1XA 4R73A 1FTKA 2HCAA 4QFPA 1J1NA 3CG3A 4NF6A 2D5WA 1XHYA 4F3SA 4LA9A 2ZNSA 3WAEA 5AA4B 4GL0A 5F7VA 4IGRA 3FXUA 2OWSA 4GFRA 4R6KA 2Z8FA 3T22A 4QFLA 3KOTA 2O68A 4POXA 3U92A 2V84A 3FXRA 4KYSA 4IO5A 3OOAA 3HN0A 3K6VA 4LP2B 5I2KA 1AMFA 3C9HA 4RNSA 1DTZA 4ISUA 1MG1A 3TEPA 3QAXA 4NF8B 2ZNTA 4MF3A 1MRPA 4L17A 5DVJA 3QK6A 1AOVA 4JSOA 4MFIA 1PB9A 3T9UA 3SEXA 1NNPA 4I62A 3H4ZA 4X48A 4ELPA 3CG1A 1IUDA 5H8SA 2GH9A 3V8XB 3C4MA 2HEUA 3MZ9A 4G2ZA 3IJOB 2XXXA 3MP6A 3TCHA 2O84X 4R9FA 2RC9A 5ITOA 2QJEA 4F31B 1TFAA 3K6XA 2DE4A 4ELQA 2P2AA 3KSJA 3MVYA 1S7YA 3SEUA 5EHSA 3OXNA 2F6PA 3QIMA 4RK9A 3UIFA 5H8HB 2UYFA 4R6HA 3KZGA 1LAXA 2Y7IA 3PUZE 2I58A 3OSRA 2PT2A 4YKJA 4DXBA 4YMAA 3MVXA 4XKRA 5IKBA 3G3KA 2OK2A 2O7UA 3BBRA 5FHNA 3B6QA 1B4HA 4OYVA 1BLFA 1LAFE 1P1QA 4KCDA 1URSA 3K6WA 4HS7A 3RTFB 3PPOA 5ICTA 1B3GA 2GHBA 4ZEFA 3W9VA 1B7HA 1MXYA 4LZ5A 3ZKLA 5TPAB 2PT1A 5I59B 5FTIA 4R75A 4G68B 4P11A 1I6AA 3CSGA 3DP8A 1A7LA 4H5GA 2NOOA 3SERA 2I3VA 3TYHA 4NF4B 3K02A 4WKMA 2PMSA 3RGYA 3PV0E 1ZTYA 2Z8EA 4R6YA 4YKPA 4GLIA 3KN8A 4E0XA 4RPNA 1N0TA 3B6TA 2F35A 1OQHA 4QFNA 5H8QA 2XXYA 4DXUA 1SQYA 4PFYA 2UVJA 4FATA 3MWBA 3KSXA 3MBPA 3OENA 1URGA 1EZOA 1NMUA 1P99A 3LSXA 3TCFA 3VVDA 1ZIUA 4KR5A 3ZKKA 5I2NB 1H45A 5EHMA 4BDQA 1MDP1 3USDA 3K4UA 3UN6A 4LZ7A 3I3VA 4Z7EA 3K0VA 4HTGA 1A8FA 1ZKBA 3N94A 2QS2A 1FTJA 1D4NA 4EQBA 1XC1A 2ONSA 2ZYNA 3Q26A 2DXRA 1FCKA 1QKBA 4QSEA 4C1TA 3PUWE 1QJMA 2CMOA 3MZBA 4WEPA 1M5FA 4UACA 2HAUA 3OSQA 4IB2A 4DDDA 4NF6B 5H8NA 4JWYA 3VE1B 5L9SA 1DMBA 3O66A 3MAMA 3VVEA 2XXVA 3BKIB 3SETA 2VP1A 1VFEA 4JB7A 3P7IA 3LSFB 1US5A 1QW0A 4U1ZA 3DELB 5I57A 1B3FA 3FJGA 4G8HA 3N26A 4FAJA 1LBCA 2ESNA 4EF1A 3SEYA 3AXFA 2F5XA 5I2KB 3H6VA 5L9MA 4X1BA 2OBGA 4XXUA 2HAVA 1Y1MA 1DTGA 1LSTA 3MC2A 1IZ1A 4H0WA 1AH5A 4YB6A 3CRBA 3M3LA 4ELOA 3F11A 1XOCA 3S4UA 2XX9A 1BTJA 2RF1A 1LFIA 4DIGA 3OEMA 2UXAA 1B0LA 4RK2A 1B5JA 3FXQA 4P0GA 1OVTA 3PPRA 1OMPA 3CI8A 1POY1 5DEXA 2I0CA 3GLBA 3HV1A 2E0SA 1H44A 3C33A 4GOTA 1SYHA 3RT8A 3T9VA 3BFUA 5AA3A 2QPQA 3TTMA 1P1UA 3EHSA 1Y9UA 2VHAA 3E13X 4YAHX 3DP4A 3GBBA 1JETA 2X7PA 1TXFA 3OMBA 2O6AA 1JQFA 4ZECA 3SESA 2DWHA 2PVUA 4NE4A 2F7CA 1H76A 4JDFA 4EUOA 3RNNA 3ZS6A 1MY2A 3TPAA 4C1UA 1PBQA 2XXIA 4YKIA 3ECRA 4KYEA 3Q25A 1MPDA 1NNTA 1WDNA 3RN8A 1B2HA 5BUUA 4PFTA 1XS5A 4KQPA 4F29A 3MP1A 1Y4TA 2F34A 5KCJA 4IY6A 3VV5A 1ELJA 4F1VA 3HHGA 1DSNA 1ANFA 1LB8A 3W15C 2UVHA 1MQDA 3G3JA 4KPTA 4ELRA 2F78A 1O7TA 3V83A 1LCFA 1LBBA 4M4GA 3MUQA 2KLFA 3C35A 5AA1A 3FVOA 2F36A 4FEBA 1B52A 2DXYA 5I56A 3EHUA 1UTHA 2QSXA 3U8QA 4GL8A 2I0BA 3PGFA 4DE8A 5H8QB 1JW1A 2O1LA 1R9LA 1MXVA 2Z8DA 4GF8A 1A55A 1MS7A 3TKDA 1UQWA 1OIBA 2H4IA 3GBAA 4P0IA 3O2AA 1JVYA 1Y20A 4ZEBA 1LGBC 1B51A 4XKNA 2DSFA 1FQCA 2XXQA 4I1DA 3VLWA 3QYTA 1MXZA 3VXBA 1NH8A 3OO7A 1B6HA 5M2VA 5CC2A 2R9JA 2I6EA 4BDNA 3K00A 1SW2A 5JEIA 4RYAA 1N7WA 5K2YA 1RYOA 5CBRA 3FZVA 5JK4A 5I58A 3VDFA 5BWJA 3HPIA 3C32A 1AIVA 4THIA 4IO4A 4ESXA 3PUYE 3IB2A 1MM7A 3K1NA 2VD2A 4BDLA 5H8NB 4G8NA 3L6GA 2QS3A 1IXCA 3MPKA 2QMWA 2R6GE 3KN7A 5H8FA 3IAZA 1ZBMA 2I4BA 2RKMA 3VFJA 2DVZA 1R1NA 5I57B 3T96B 3MPLA 2UVIA 3TQLA 4QHQA 4F3GA 5KDTA 1MXXA 2V25A 3I5OA 4GRKA 1MQHA 3TAJA 1WODA 4YU0A 1R6ZA 4U21A 4F1UA 1YCJA 3JV9A 5CMMA 3PMWA 4PFWA 4EQ9A 2H5YA 1MY4A 5CMCA 5FHOA 3T93B 5AE4A 2O7IA 2FYIA 1OVBA 3K1PA 2NVUB 4FIMA 3U93A 2Q89A 4X1DA 4FECA 1NKXA 1ZLQA 2NUVA 3FGSA 3O28A 1PEBA 4N07A 4MLQA 3HO7A 3TFLA 1LLSA 3JZJA 1D3KA 4BLAA 1NFTA 1PDAA 3OD7A 4OWDA 1MPCA 2DOJA 2DWJA 1TWYA 1Q35A 3KN3A 1HSLA 4WEDA 1LAHE 4OENA 5AA2D 4RY1A 1QKAA 2REGA 3R26A 2AYSA 3CIJA 4H5FA 1PBPA 2F8DA 4Q0CA 3IORA 3UK4A 3V5AA 3LSLA 1QUKA 3RPWA 4YB7A 3RLFE 1B3HA 2VGQA 4DZ1A 3H06B 4RA1A 2Z22A 3A3CA 1LAGE 4ZS9A 1GGGA 5TP9A 5DT6A 3GZGA 3RY3A 1VFDA 4OMBA 2OWTA 1B58A 3LUYA 1OLCA 2XX8A 3EPEA 3G7WA 5CI5A 2PYYA 3PMVA 5KCJB 5CMKA 3M3FA 2THIA 5LOMA 1USYE 1SW1A 4PP0A 3L6HA 1HSEA 3G3IA 1SI0A 3PPNA 3IK6B 4F19A 5I56B 4DCYA 4MH5A 1WVJA 1UTHB 4I8CA 4F2QA 1ZMGA 3TUSA 1MQJA 2ZYMA 2F6GA 2Q2AA 2A5SA 3IO6A 4LZ8A 4LVQA 4ZE8A 3IB1A 1JW4A 5AA2A 3PUXE 4NF5A 3TCGA 1ZJLA 1T0KA 4F39A 2Y7WA 2PBWA 2Y7RA 1A40A 1I6BA 4LUBA 2H25A 4H65A 4GWOA 1US4A 3K2DA 3H6WA 3N5LA 4EDPA 2XXRA 4O3CA 2UVGA 1EZ9A 1FQDA 3EQ1A 3S9EA 3CVGA 1Y3PA 1IITA 1QUJA 3I6VA 2XXTA 3TDJA 3IB0A 1MH3A 4WXJA 5TU0A 4R2BA 3UP9A 1N76A 3FVKA 1FQEA 3K6UA 3O6HA 2Q88A 5I58B 3O9PA 5KZTA 1A99A 2REJA 4AB5A 2G93A 3TZAA 3FATA 3CFXA 3HCQA 3FVGA 4JSDA 3IR1A 3PD8A 3IOUA 1SW4A 3D4GA 4IGTA 4AQ4A 3CFLA 4OQOA 4GD5A 2NXOA 3A09A 5H8FB 4QF9A 4F2OA 1FTLA 2HXWA 3KJ7A 3RUMA 1D9YA 3K01A 3R6UA 5ITPA 4H6DA 1RKMA 1PB8A 4OZ9A 5KDTB 4Q8RA 4HCWA 2A5TA 3ILTB 1TT1A 5ISUA 2O69A 1TFDA 2V3UA 2ZXTA 3LC8A 1JEUA 4IO6A 2OZZA 4FEDA 3OO6A 3QUFA 2ZYOA 4F1YA 3MP8A 3PPPA 4KCCA 4PE5B 1AL3A 4EQ7A 3IL1B 3KOSA 2GHAA 1P1WA 4PQJA 4C0RA 3H03A 2B3BA 4JBZA 2H9BA 1UIVA 3UORA 1QVSA 1B1XA 4XKQA 5DVIA 3S9LC 4ESWA 1FQAA 3CR9A 1IXHA 3T9XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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