4KYDA

Partial structure of the c-terminal domain of the hpiv4b phosphoprotein, fused to mbp.
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADALKITVSEMIRDLFGDSDKSRKLLESINMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein domain definition should allow for conditional disorder.
pubmed doi rcsb
molecule tags Binding protein, viral protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Phosphoprotein, chimeri
total genus 139
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kydA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kydA01
4RPNA 3LBSA 4EUOA 1ELJA 3OO7A 4JSDA 1R1NA 3CG1A 3HV1A 5DVFA 2Z8FA 1B1XA 2Y7IA 4OXVA 3RT6B 1LAHE 2ZMBA 3KFMA 1SYIA 4N6PA 3RQTA 4OMBA 1B1HA 1FQFA 2DE2A 3W9WA 3MZ1A 4N13A 2I49A 4WXJA 3I6VA 5I2NB 2UXAA 3MC2A 1DOTA 5ICTA 5BUUA 5I56B 3KN3A 5TPAA 3UN6A 2QS3A 4R2BA 2V25A 3MZ9A 1QKAA 2XXXA 4X9TA 3IB2A 5JTYA 3K6VA 2I4CA 3T93B 4MBPA 4PFYA 3RNNA 3MZBA 4NF4B 1MXYA 4GXAA 2HZKA 3H6WA 4OFJA 3SEVA 4NTLA 1JEVA 2F6PA 2RKMA 2Q9TA 1US5A 3CVGA 3QUFA 5KCJA 2NOOA 4OWDA 1GR2A 4F3PA 3KOTA 1S9TA 5H8HA 5FHNA 4DZ1A 5DYHA 3DELB 5AA4B 2IEEA 2QRYA 4QRZA 4OQOA 5DVJA 1ZKBA 2YJPA 1H45A 3FGSA 5ICQA 1MQGA 3H6UA 1IZ1A 1VSOA 1LAXA 1FQAA 4H8JA 4OETA 3Q25A 4KI0E 1DSNA 4GL0A 3FIRA 3FATA 5I59B 3RY3A 5J1DA 1A40A 5B70A 3VE1B 1CB6A 2OWTA 4U2RA 3OSRA 3SDFA 3CR9A 3GBBA 1M5BA 3K6XA 1B3LA 1N0TA 3USDA 5H8NB 4GRKA 3B6QA 2OBGA 4ZEBA 2I0BA 3FASA 2AL4A 3R7XA 3VVDA 1B3HA 3BKIB 1AL3A 2QMWA 1D4NA 4HTGA 3H7MA 3GXAA 1VR5A 3DP6A 3U8QA 3QAXA 3RTWB 1GV8A 2NWJA 4AB5A 3FUZA 3C36A 3Q27A 3C4MA 1MM6A 5H8FB 3ILUB 3W15C 1Y1ZA 2QS2A 3S9NC 2ESNA 2GRVA 4U1OA 5FHOA 2D3IA 3IX1A 2QMXA 3TTLA 1GTKA 4C0RA 4QFOA 4PFTA 1SW2A 3QIMA 3K6WA 4ZEKA 4F39A 1OQGA 4QHQA 3H6TA 3S9MC 4NF8A 5TP9B 5ITPA 1MY3A 3FV1A 1MH3A 5FTIA 4MLQA 2RINA 1IXHA 4O3BA 4G8HA 3V8XB 4M4GA 1SBPA 5A5XA 4IY6A 4G68B 3MUQA 4OYVA 4F3GA 3RN8A 3B6WA 4G4PA 2NUVA 5AA3A 1BP5A 4KCDA 4PFUA 5FHMA 2W7YA 3JZJA 1LBCA 4O3CA 1URGA 3Q29A 1M5DA 2ONRA 2I3VA 5CMKA 3KGCA 3P7IA 2Q2AA 2Z8EA 2PMSA 1JW1A 2ONKE 3E9XA 3G3KA 1QULA 2HQ0A 2XD2A 1J1NA 1D3KA 2XHDA 4E0XA 4DXCA 3DP8A 1O64A 4F18A 4IO4A 2OZZA 2ONSA 4ND9A 1OLAA 2OK2A 3JYRA 1LAGE 1NH8A 1AMFA 3OEMA 3SESA 1JNFA 3GLBA 5DEXB 5JEIA 4ZE8A 3U92A 3KSXA 4ZZEA 1B51A 2O84X 4RY1A 5ISUA 1HSLA 4JWXA 4PFWA 3KZGA 4H65A 2XXTA 3KJ7A 4ZEFA 3U72A 4DXBA 2HAVA 4YAHX 2KLFA 3MW0A 2GFEA 2DWJA 3IL1B 1TFAA 4TQUQ 3FJMA 3VVEA 5AA2B 4QSEA 2PYYA 4QSCA 3O2AA 3TODA 1LFHA 2XXWA 2M8CA 2O68A 4XIGQ 1NNTA 2ZYMA 1MQJA 3SETA 2VGQA 4THIA 4BDQA 1I6BA 1Q1KA 2RC8A 4POXA 1MS7A 4U4XA 1Y3QA 4H5FA 4F1UA 3CRBA 1SYHA 5AE4A 4BDLA 5LOMA 5KDTA 2YLNA 4HS7A 5JK4A 2XX7A 4FATA 2F36A 4WKMA 1N7XA 1Y20A 4LVQA 2FYIA 2XXQA 3TEPA 4H8IA 3O6IA 4WEPA 1LLSA 1PB7A 4X1DA 2F7AA 1JEUA 5KZTA 2YPNA 4PE5B 3MVXA 1SVXB 1ZU0A 3EHUA 3TDJA 1PC3A 5H8SA 3LR1A 2F97A 3LUYA 1SW4A 4ZEIA 2VD2A 3TPAA 4YICA 3EF7A 3I5OA 3TTRA 1RYOA 4ESXA 3PPRA 3OEKA 1OVBA 4G8NA 2H99A 3T9XB 1QKBA 4ZE9A 2DQVA 4KPTA 5H8FA 3GBAA 1MDP1 5TU0A 1IXCA 4NE4A 3EN3A 1LBBA 5DTBA 3T22A 3U93A 3MVWA 4PQJA 4FAJA 1A99A 3OENA 2ZYOA 5HM4B 3TTMA 5TP9A 1EZOA 4R72A 1B5IA 5HPQA 4QSDA 1B52A 5CM6A 1LCTA 2A5SA 4G68A 4ELPA 1QW0A 1Y3NA 3MP8A 4XKNA 3A3CA 1R6ZA 2XX9A 1XVXA 2NXOA 4P11A 3UGWA 4LP2B 4YB5A 3IOTA 2DVZA 1OLCA 4IO3A 5K2XA 1TWYA 1FTLA 1MXXA 1Y4CA 1POTA 4XXUA 3G3GA 4OESA 2XXRA 3V83A 1GVCA 4F1VA 4OHNA 1FQCA 4FECA 3O97A 4YU0A 1WVJA 2O69A 3FXUA 3SEYA 2O51A 1MM7A 3KG2A 2RC7A 4QFNA 1MY1A 1DPEA 4XTCQ 4LONB 2UYFA 4G68C 2X7PA 3HCQA 3R26A 4HCYA 1B3FA 3K4UA 1MDQA 1B40A 2BJJX 4FE8A 3G3IA 2CMOA 3G3FA 2I6EA 1FQEA 4EDPA 3E3KA 2NVUB 5DEXA 1DTZA 3K00A 3FJGA 3PMXA 3DP4A 4GVOA 1MY4A 3G7WA 2XX8A 2THIA 1LGBC 4OENA 4DXUA 4MF3A 1PBQA 3CSBA 2UVIA 4NWCA 2PT1A 3R6UA 3C9HA 2A5TB 2Y7KA 4TOZA 4QFPA 1FQDA 2ZNSA 3K02A 1SW1A 3OO8A 2O7UA 4F29A 3O6HA 1Q35A 3S2VA 2AYSA 1B3GA 3N6UA 5AA2A 1S50A 1HSEA 2DE4A 2IA4A 1FW0A 4RNSA 2XD3A 3FJ7A 3L6GA 1XVYA 3THIA 3OMBA 2DWHA 1S7YA 2QS4A 1YTVA 5CI5A 3VFJA 5DT6A 3O28A 3CSGA 4ZEDA 5I2KB 3T9UA 2B65A 3MP6A 1UTBB 3ZKKA 1B3EA 1Y3PA 4NF5A 1NH7A 1LB9A 3E4RA 4KD5A 4RJZA 4BDRA 3PUYE 3IOVA 1B05A 1P1WA 1I6QA 2ZNTA 2LAOA 4OZ9A 2H9BA 1MG1A 1ZBMA 1EH3A 4KCCA 1XT8A 4Q0CA 4XKRA 2V3TA 1MY2A 4LA9A 3CI8A 4OTEA 1VE4A 4AB6A 4Z0IA 4EF2A 3BFUA 4H6DA 1NNKA 1N3XA 2RF1A 1A54A 1VFEA 5EYFA 3KJTA 2G29A 1PB9A 1QJMA 2O6AA 2UVHA 3HPIA 1YCJA 5I58B 2PVUA 3M3LA 2H25A 5L9SA 1PDAA 3SEXA 4BLAA 4OEVA 4H5GA 1B32A 2R71A 2B3BA 4ONYA 3CFLA 3DM0A 3QUJA 4N07A 1B4ZA 1XS5A 1LFIA 1OMPA 1IITA 4ZECA 5IAIA 3HSTA 1P1QA 3LSWA 4GL8A 1LAFE 1QUKA 1UTHB 5I57A 3KSJA 3PGFA 3CG3A 1MH4A 2V84A 1KWHA 5H8QA 4TLMB 3LSLA 1FCKA 4IO5A 4BDNA 4GLIA 2O1LA 3K1PA 4GOTA 1A55A 3FVOA 3IJOB 2X7QA 1LCFA 2I58A 5JTYB 2I48A 4NWDA 2P1SA 3MVYA 1FTOA 3IB1A 3QSLA 5I2NA 3HHGA 2PX1A 1A8EA 3OSQA 1YPNA 4F1YA 3OO9A 4GF8A 5I56A 1B2HA 1ZLQA 3DLNA 4EQ9A 3FXRA 3PPQA 5H8HB 1AIVA 1I6AA 4C1UA 3RPWA 4JSOA 4LZ5A 2HZLA 4NF4A 3H06B 4R73A 4F3BA 1XC1A 2F34A 2REGA 5CC2A 4F2OA 3QYTA 3O66A 5FTHA 4ECFA 2UVGA 1CE2A 1F9BA 4YB6A 3T96B 2Q8JA 3ONMA 3IK6B 3UORA 3IO4A 1SI1A 3TQLA 3PD8A 3LC8A 4KHZE 4HCWA 4DIGA 1PBPA 3RLFE 2ALUA 1UQWA 2RCAA 4G8MA 4U21A 3BFTA 2D21A 2A5TA 1QVSA 3HHFA 2DXRA 5AA4A 2DWAA 2QPQA 3IR1A 4YMBA 3S9LC 2XXHA 2OWSA 1JW5A 3IO6A 1IEJA 3M3KA 4FEBA 1OIBA 5I59A 1NMUA 3ECRA 4YKIA 2Q88A 4GQOA 3TCGA 4POWA 4U1ZA 1UIUA 4R6HA 4EQ7A 1TFDA 2DYXA 3C31A 4KQPA 3IOWA 5CMBA 1XOCA 3Q26A 4F19A 1P99A 5H8NA 3FVKA 2Y84A 3TAJA 3I3VA 3MWBA 2D5WA 1UTBA 1EU8A 4DDDA 3K01A 2ZNUA 1MXWA 3C34A 3UIFA 4JWYA 3VV5A 3PPPA 1H76A 4QF9A 3TYHA 4LQ5A 1FTMA 4IGTA 1EZ9A 3EPEA 3CFXA 2XXYA 1N3WA 2P2AA 4ZS9A 2Z23A 3TKDA 1HSJA 4K3FA 2Z8DA 4YZZA 1SDXA 4QFKA 1B0HA 4OVJA 1ZIUA 3ZS6A 1SQYA 1B5JA 4YKPA 4JDFA 1USYH 3U94A 1Z7ME 1JVYA 4R74A 3FZVA 4AQ4A 4GIZA 3TTNA 3G3HA 3T9HB 4MFIA 5K2YA 2F78A 3KOSA 4YKJA 3TMGA 1UIVA 1NNFA 1EZPA 3H03A 1DMBA 1N7WA 2PBWA 2DSFA 2XXVA 5I58A 1QUIA 1H44A 1R9LA 3UA8A 5AA2D 1SI0A 3EQ1A 1URDA 2E0SA 4R9FA 2Z22A 3S9EA 3TZAA 1MPDA 1TT1A 2FNCA 3M8UA 1AOVA 4EQBA 4U22A 1PEBA 1MQIA 3EHSA 3MVZA 2G93A 5BWJA 3LSXA 3MJNA 1MXZA 1UTHA 3C32A 2GH9A 4GWOA 2DE3A 1XHYA 4FEDA 3K6UA 4YKKA 2UYEA 4MH5A 4PP0A 3MBPA 4U4SA 3RT8A 3OXNA 4DLDA 3SEWA 3A3UA 2PT2A 4H67A 5CBSA 3N26A 3PUXE 1N04A 2HCAA 4YB7A 4IY5A 1WDNA 1OVTA 2V3UA 3IB0A 3OELA 1IIWA 3TUSA 3Q28A 4ELOA 1LSTA 4R75A 1L5TA 1B9JA 3IAZA 5DVIA 1YAEA 2V3QA 1B5HA 1WODA 3C33A 2DOJA 2O1MA 4JWOA 2RC9A 3JV9A 1Y4TA 3F11A 4P0GA 5ITOA 2V93A 3KN8A 3GZGA 3PUWE 1BKAA 1JVXA 3TQWA 2Y7RA 3PUVE 1Y1MA 1MXUA 3ZSFA 4IGRA 4L17A 3K2DA 1MY0A 2F8DA 3WAEA 4FJPA 1NKXA 3IOUA 5KDTB 3K1MA 3PU5A 2X26A 1II5A 2GHBA 3RTFB 2F6GA 1P1NA 2DP8A 4G2ZA 4FIMA 4NEDA 4KYDA 2F7CA 5L8DA 4JB7A 1ZJLA 1B58A 4R9GA 5EHSA 2ZYKA 1A8FA 4GD5A 3VLVA 2VD3A 1H43A 4F22A 1MXVA 2E1SA 4WEDA 4EXLA 4DE8A 3VXBA 4Z7EA 5L9MA 3W9VA 4G77A 4Q5TA 3TFLA 3ILTB 1P1OA 2CZLA 4I8CA 3UK4A 4ZDMA 4BDOA 3HO7A 2H5YA 2HEUA 4RA1A 3U1OA 1B7UA 4YMAA 2QSXA 3MP1A 3MPKA 1MPCA 1ZMGA 1B4HA 3D4GA 3O9PA 3SEUA 4NF6B 1FTJA 4LATA 2O7IA 1BIYA 2XXPA 1D9VA 3UP9A 2QJEA 4LZ7A 3FV2A 2OCUA 1M5FA 1NL5A 4M1VA 5CMMA 1RYXA 3O6GA 4Q30B 1M5EA 1P1UA 3OOAA 2ZXTA 4R2FA 4EF1A 3TCHA 4JBZA 1SD3A 4JXIA 1MQHA 1RKMA 3MAMA 4BDMA 3KEIA 1FQBA 4ELQA 2Y7PA 3OD7A 3AXFA 4O3AA 3KN7A 1TXFA 2Y7WA 4E0WA 5TPAB 2OJTA 4H1XA 3PD9A 4HW8A 3MPLA 1IQ7A 1D9YA 3ZKLA 4R6YA 4XKQA 4DCYA 5M2VA 4IO2A 1AH5A 4IO6A 1GGGA 3O29A 5AA1A 2ABHA 4H0WA 5IKBA 1H3DA 2H4IA 5EHMA 3PV0E 3QXMA 3T9VA 1T0KA 2R6GE 4FORA 4GXSB 3G3JA 4OERA 4I1DA 2AL5A 5KCJB 3SKPA 1URSA 2FA7A 4F3SA 4GFRA 1POY1 3M3FA 3IJXB 4ESWA 4QFLA 1NNPA 4R6KA 1IUDA 1SW5A 1Z7NE 4UACA 2I0CA 3H3GA 5F1QA 2HFBA 4KYSA 2GHAA 4RK2A 4LZ8A 3RGYA 3IORA 4X48A 2I3WA 3EHTA 4RK9A 2XXIA 3FD3A 4RPOA 3S4UA 2I4BA 3A09A 2H98A 4KR5A 2RCBA 1R9QA 1US4A 3N6TA 2VHAA 2VP1A 3VDFA 1OQHA 1JQFA 2AIXA 3KBRA 3H6VA 1FTKA 3L6HA 3PUZE 5L9OA 1O7TA 1BLFA 1N76A 2Q2CA 1JW4A 1I69A 2REJA 2DXYA 5ELVA 3CIJA 1B46A 4RYAA 2F35A 1BTJA 3SERA 4EXKA 1LB8A 1DTGA 4U23A 3TCFA 1B7HA 3FVGA 2VOZA 1N84A 3K0VA 4NF5B 5CMCA 2ANJA 2P0SA 4TLLB 2HAUA 2OLBA 3VLWA 2F5XA 3PMWA 1O63A 1ANFA 4F2QA 4NMYA 4C1TA 3WAFA 1VFDA 1M5CA 4LUBA 3B6TA 3N5LA 1MRPA 5F7VA 2WKYA 3LSFB 4F31B 3H4ZA 4OFOA 1NFTA 1B7ZA 1MPBA 3K1NA 2QS1A 5I2KA 4KYEA 4ELRA 3QK6A 1A7LA 3V89B 5CRYA 4PETA 5I84A 3PPNA 3D4CA 4OFLA 4NF8B 4X1BA 5B7DA 2B3FA 2F7BA 4UA8A 4LQ2A 4I62A 3BBRA 4Q8RA 1DPPA 2DS9A 3V5AA 4XKPA 1B0LA 2HXWA 3CFZA 3VLUA 5A5XB 4ISUA 4KFQA 3OO6A 2ZYNA 4IO7A 3E13X 4OEUA 5HBCA 4RXLA 2R9JA 3N94A 1JETA 4ZZAA 3PMVA 1PB8A 3TTKA 3PPOA 1USYE 2QL3A 3HN0A 3VXCA 3VVFA 3FVNA 3T66A 1IXIA 3MQ9A 1ATGA 4MLVA 2Q89A 1QUJA 1B6HA 2UVJA 4NF6A 2XXUA 3ODBA 4P0IA 3FXQA 5CBRA 4I9DA 3RUMA 5I57B 2DWIA 1MQDA 3TELA 4DCXA 2DVCA 3C35A 1IXGA 3B7DA 1Y9UA 1LFGA 1ZTYA 4IB2A 5H8QB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RPNA 3LBSA 1EYKA 4EUOA 1ELJA 2ZZVA 3OO7A 2CZIA 4JSDA 1R1NA 3CG1A 3HV1A 4MHFA 2Z8FA 5DVFA 1B1XA 2Y7IA 4OXVA 3RT6B 4OA4A 1LAHE 2ZMBA 3KFMA 1SYIA 4N6PA 3RQTA 4OMBA 2QVVA 1B1HA 1FQFA 2DE2A 3W9WA 3MZ1A 4N13A 4PCDA 2I49A 4WXJA 3I6VA 5I2NB 2UXAA 3MC2A 1DOTA 5ICTA 5BUUA 5I56B 3KN3A 5TPAA 3UN6A 2XXKA 3EKIA 2QS3A 4R2BA 2V25A 3MZ9A 1QKAA 2XXXA 2Y5LA 5I5PA 4X9TA 3IB2A 5JTYA 3K6VA 3T1BA 2I4CA 3T93B 2WBDA 2WX9A 4MBPA 4PFYA 3RNNA 3MZBA 4NF4B 1MXYA 4GXAA 2HZKA 3H6WA 4OFJA 3SEVA 2JJKA 4NTLA 1JEVA 2F6PA 2RKMA 2Q9TA 1US5A 3CVGA 3QUFA 5KCJA 2NOOA 4OWDA 1GR2A 2WYPA 4F3PA 3KOTA 1S9TA 5H8HA 5FHNA 2R8TA 4PC9A 4DZ1A 5DYHA 4DI4B 3DELB 5AA4B 2IEEA 2QRYA 4QRZA 4OQOA 5DVJA 1ZKBA 2YJPA 1NUYA 1H45A 3FGSA 5ICQA 1MQGA 3H6UA 1IZ1A 1LBYA 1VSOA 1LAXA 1FQAA 4H8JA 4OETA 3Q25A 4KI0E 1DSNA 4GL0A 3FIRA 3FATA 5I59B 3RY3A 5J1DA 1A40A 5B70A 3VE1B 1CB6A 2OWTA 4U2RA 4PBHA 3OSRA 3SDFA 3CR9A 3GBBA 1M5BA 3K6XA 4QXDA 1B3LA 1N0TA 1K9YA 3HFUA 3USDA 4NHBA 2CEXA 5H8NB 4GRKA 3B6QA 2OBGA 3FXBA 4ZEBA 2I0BA 4KXPA 3FASA 1FBDA 1IMCA 2AL4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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