4LA9A

Crystal structure of an empty substrate binding domain 1 (sbd1) of abc transporter glnpq from lactococcus lactis
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
226
Chain Sequence
AETTVKIASDSSYAPFEFQNGQKKWVGIDVDIMQEVAKINDWKLEMSYPGFDAALQNLKAGQVDGIIAGMTITDERKETFDFSNPYYTSALTIATTKDSKLSDYSDLKGKAVGAKNGTAAQTWLQENQKKYGYTIKTYSDGVHMFAALSSGNIAGAMDEVPVISYAMKQGQDLAMNFPSISLPGGYGFAVMKGKNSTLVDGFNKALAEMKSNGDYDKILKKYGITA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
total genus 75
structure length 226
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4la9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4la9A02
1N7WA 1MXWA 4EUOA 5H8HB 3DELB 1B3FA 3PPPA 3SEWA 2O1MA 3H6UA 3PMVA 4F2QA 2RINA 4IGRA 1Q35A 2OJTA 3S9MC 2F7AA 4DE8A 3TKDA 3K6VA 5AA1A 1LAFE 2O51A 3LC8A 1NFTA 2DOJA 1GVCA 4C1UA 4G2ZA 3H3GA 4Q0CA 1LBBA 2UVIA 4O3CA 3T96B 1B40A 3MC2A 4QSCA 3H03A 4BDOA 4MH5A 4YB5A 5BUUA 3N5LA 1RYXA 1H3DA 3DM0A 5H8NA 3CFZA 3OEMA 1ELJA 3UK4A 2W7YA 1D3KA 5DEXA 2M8CA 1B4ZA 2ZYMA 3P7IA 2O84X 1I69A 5IAIA 4R73A 4OMBA 3IO6A 4XXUA 3JV9A 1LGBC 1MS7A 1VFEA 1GGGA 3TTKA 1IIWA 4M4GA 3LR1A 4IO2A 4NE4A 3MVYA 1A40A 3SEXA 1B51A 2Y7WA 1LFHA 4HCYA 3TODA 2QS4A 1ATGA 4BDRA 4ZEDA 3OENA 4F3GA 2I48A 5I58B 4R74A 5EYFA 5ITPA 3KJ7A 3W15C 4QFKA 3VDFA 1FQFA 2ZNUA 1SBPA 4ELOA 4GL0A 3IB2A 1LSTA 4OTEA 4LATA 1URGA 3E4RA 3FV2A 3W9WA 3HCQA 3K1MA 2RKMA 1BP5A 3K4UA 5H8HA 1DMBA 3QUFA 5LOMA 4U4XA 1O7TA 4Z7EA 5AA3A 2R71A 4ZS9A 1MPDA 2O1LA 2OCUA 1MQGA 3ODBA 3LBSA 1XS5A 5TP9B 3PPNA 1H45A 1TT1A 1GTKA 1TWYA 1I6BA 4OEVA 1P1UA 4KR5A 1XHYA 5ICQA 3FVGA 3B6WA 2Q2CA 3FXQA 3MPKA 1NL5A 2O68A 3K6XA 1ZMGA 1A8FA 4FATA 2ZYNA 3TAJA 3HPIA 4TLMB 2ZNSA 4NWDA 3IB0A 4GL8A 4YMAA 4PQJA 3KZGA 2HZLA 2V25A 4OFLA 1GV8A 4ELPA 2HAVA 1ZU0A 4F3BA 1SI1A 4NTLA 5AA4A 3G3HA 2RCAA 5H8QB 1DOTA 1AH5A 3TZAA 2R9JA 3W9VA 1XT8A 4YZZA 4G8NA 4RJZA 2VGQA 3KSXA 4PETA 3KFMA 3RLFE 4HW8A 1HSLA 1PC3A 4QSEA 5CMMA 1H44A 1CE2A 4GLIA 1B7ZA 1MQJA 1S9TA 4GF8A 4DXUA 2DP8A 3OSRA 1DTGA 3R6UA 2WKYA 3G3GA 3VVFA 1EU8A 1PDAA 2V93A 3K6UA 1VSOA 3DLNA 4R6KA 4FAJA 2DSFA 1EH3A 3O28A 4EQ9A 1A55A 1B3LA 1BTJA 3OO6A 3KN7A 2H4IA 2XX9A 4R2FA 2X7QA 3Q26A 1B3GA 3TFLA 1SW5A 5DVIA 1IXCA 1MRPA 5TP9A 2Y7IA 3THIA 3H6VA 3HSTA 2HXWA 1SW4A 3IJOB 1OVBA 5AE4A 1B9JA 2F8DA 4NMYA 5CBRA 4U1OA 3PV0E 4EXKA 5CMBA 2XHDA 1SYHA 2XXUA 3LSLA 1MH3A 2CMOA 3RUMA 4EQBA 3PUZE 4BLAA 5KCJB 3RGYA 3E3KA 2HQ0A 2Z8FA 2IA4A 3PUXE 4HCWA 1YAEA 4H65A 1NNFA 3V5AA 4FORA 3TCGA 3O6GA 4AB6A 1ZBMA 1NKXA 4KYEA 1PB7A 2THIA 4JSDA 4R72A 4GRKA 2AL4A 5F1QA 3FJGA 1URSA 4TQUQ 1B32A 2O7UA 4IO4A 1OLCA 5H8QA 5TU0A 4G68A 5EHSA 3A09A 3EHUA 3HV1A 3JYRA 3CIJA 4X1DA 4BDNA 3CSGA 3U93A 5L9OA 1A99A 3CRBA 2Z23A 1LAGE 1LCFA 4DLDA 3OEKA 2XX8A 4OESA 3T22A 1TXFA 3FXUA 1FQCA 4JBZA 1A7LA 1MG1A 3U94A 2UYEA 4GIZA 1JEVA 3G3IA 1IQ7A 2V84A 2XXWA 3MUQA 3G3KA 3S9NC 1B58A 5CRYA 2DWIA 4RYAA 3RT8A 1USYE 4G8HA 1I6AA 3R26A 3JZJA 2YJPA 2NWJA 2F6GA 1DPPA 3IOWA 5I56A 1POTA 3GBBA 3OMBA 2YLNA 2ONRA 3BFTA 1JEUA 2QS2A 3Q28A 2H99A 1P1OA 1PBPA 2ALUA 4O3BA 3PGFA 5FTIA 1NNPA 1P1NA 3D4CA 4JDFA 2Y84A 5CM6A 1H43A 2PT1A 4KPTA 5DTBA 3OXNA 3LSFB 1II5A 2VOZA 4G77A 3IR1A 2ESNA 1QUJA 3MP1A 4LP2B 1Z7NE 2DS9A 2UVGA 1QULA 3VV5A 1P99A 5KCJA 1EZ9A 4RK9A 1UTHB 4N07A 2I6EA 3K1NA 5H8FB 2PBWA 4XKQA 3WAEA 2B3BA 2QS3A 2YPNA 1R9QA 5M2VA 3SERA 4YMBA 3ZKLA 1MXXA 1F9BA 4OXVA 1MY2A 3T9VA 4JWYA 3TTLA 3O66A 4P0IA 4AB5A 1B46A 3L6HA 3L6GA 4RK2A 1MDQA 1BIYA 1J1NA 2G93A 4EQ7A 3PUWE 1URDA 4RY1A 2G29A 3RQTA 3VLVA 4QRZA 3HO7A 1B2HA 3IOTA 1SI0A 3OOAA 4JB7A 2ZMBA 4OZ9A 3LUYA 3TELA 5KDTB 1XC1A 1YTVA 2DE4A 4E0XA 2XD3A 3M3LA 4ND9A 3FZVA 4ZZEA 2HFBA 5DYHA 4AQ4A 1N84A 1PB8A 3K1PA 1AMFA 2FNCA 3OSQA 3QIMA 1LB8A 4WEPA 2Y7KA 4U2RA 4YKPA 2DVCA 4RA1A 1N76A 3PMXA 3QAXA 3IOVA 2Q8JA 1FQBA 2AYSA 4N6PA 3SESA 4ZEFA 1MXYA 2I0BA 3ECRA 3B7DA 1BKAA 4GVOA 3MVZA 2DE3A 1JW5A 4H67A 3RTWB 3Q27A 3EHSA 3K6WA 3O97A 5L9SA 1UTHA 3V8XB 3G3JA 1MPCA 1MDP1 2GH9A 2BJJX 4LVQA 1PEBA 4IY5A 1LAXA 2CZLA 3VXBA 5BWJA 1SDXA 3C36A 4H0WA 4H5FA 1OMPA 1TFAA 3U1OA 4PFTA 1RYOA 4OWDA 3CVGA 1B4HA 3EHTA 2DE2A 1B05A 4KFQA 3FASA 3OELA 3KG2A 4RXLA 1NMUA 3PMWA 4NF8B 3C35A 1GR2A 4LZ8A 3C34A 4G68C 3ILTB 3SDFA 4LQ2A 2I4CA 3GXAA 1A8EA 2QS1A 2V3UA 2Z8DA 4IY6A 2ANJA 2Q9TA 3H4ZA 5I59B 3UGWA 4FIMA 1ZLQA 3C33A 2DXYA 3KN8A 3RT6B 4XKPA 3TQLA 3VE1B 3N6TA 3MJNA 4U21A 2LAOA 4OHNA 3GLBA 3O6HA 2UYFA 4OVJA 4YB6A 2QSXA 4Q5TA 1R9LA 2UVHA 4F1UA 1OLAA 1IZ1A 3U72A 3KSJA 2XXHA 4X1BA 4I9DA 4LQ5A 1IXGA 3FGSA 3TQWA 2P2AA 3RTFB 1FTOA 3DP8A 4BDMA 3O6IA 1T0KA 4FEBA 1Y3QA 5I58A 1AIVA 1WVJA 3T9UA 1LLSA 1USYH 3ZS6A 2UXAA 2D5WA 4OFJA 2VD3A 1MXUA 3U92A 4G8MA 4ELQA 3IK6B 4K3FA 2QRYA 2I58A 3B6TA 4QFLA 3K01A 3FUZA 2F36A 5DVJA 1IITA 3K2DA 4DZ1A 1DTZA 1NH7A 1Q1KA 1O64A 3I3VA 1ZJLA 3KJTA 3Q25A 1P1WA 4JWOA 2OLBA 1MXVA 4GD5A 1S50A 3VLUA 4NWCA 4F22A 3PPOA 3O2AA 1FQAA 3LSXA 1IUDA 2P0SA 2XD2A 1DPEA 1FW0A 1VR5A 1RKMA 4ECFA 1B3EA 3VLWA 1MM7A 1ANFA 1SYIA 4DIGA 2GHAA 4DCXA 2QMXA 2B65A 3MAMA 1SW1A 3IJXB 2E1SA 4KHZE 1POY1 1US4A 3UIFA 4ZEKA 1OIBA 4IB2A 1Y1ZA 4C0RA 5I59A 3KGCA 3OO7A 2H5YA 4THIA 4YAHX 2E0SA 2GHBA 4Z0IA 4RPOA 5L9MA 1MQDA 3T9XB 3VVDA 1JW4A 1P1QA 5ISUA 3SEUA 3K0VA 5ELVA 1D9VA 2ZYKA 3T9HB 4KYDA 3CI8A 4OERA 3T66A 3AXFA 4BDLA 5J1DA 4GWOA 4EF1A 1AL3A 2PVUA 3SEYA 4ESXA 5JEIA 4OEUA 2ABHA 1AOVA 1XVYA 2NXOA 1XVXA 2H9BA 4U23A 3FJMA 1EZPA 4GFRA 3IOUA 1O63A 1Y9UA 3IL1B 1B1HA 1QJMA 3V89B 2KLFA 4POWA 2O6AA 3K00A 3T93B 3TEPA 3USDA 1TFDA 1MQIA 3IAZA 2P1SA 1ZTYA 3UA8A 4WXJA 2DWJA 3C31A 4G4PA 3ZSFA 2ZXTA 1N3WA 3FV1A 5JTYB 4ZDMA 2XXXA 1B6HA 1UTBB 3EN3A 4F18A 4R6HA 5A5XB 4EF2A 4ZEBA 4ZZAA 5CC2A 3I5OA 4KCDA 2PX1A 4F39A 1HSJA 4FJPA 1FTJA 4MLQA 3K02A 2Z22A 1DSNA 2DYXA 5HBCA 2OWSA 3PUVE 1ZKBA 1N04A 5I2NB 5CMCA 4PP0A 3MBPA 1B7HA 4QFNA 1SD3A 4NEDA 3S4UA 4NF5B 3UN6A 4LA9A 1L5TA 4M1VA 3H06B 3MPLA 4JXIA 2HAUA 2RC7A 3O9PA 1Y4TA 4IO3A 4OFOA 2PMSA 3U8QA 2VP1A 4YU0A 3KOTA 1B5IA 5AA2B 3ZKKA 3N26A 3RPWA 5H8SA 1IXHA 3Q29A 1B0LA 4TLLB 4NF4B 2D21A 1R1NA 2DQVA 1N0TA 2XX7A 3MZBA 5K2YA 2V3TA 4EXLA 3TTNA 3E13X 1I6QA 4PFWA 2Q2AA 1JVXA 3BFUA 2OK2A 3CG1A 3TTMA 3C4MA 4PFUA 4YB7A 3IORA 4H5GA 4F31B 2DXRA 1YPNA 2Y7PA 4DXCA 4LZ5A 4MLVA 5I57B 4KD5A 3D4GA 4FEDA 1MQHA 3SEVA 2QL3A 3A3UA 4F1YA 4H1XA 3N94A 3UORA 4ZE9A 4YKIA 1M5BA 5HPQA 4F2OA 1SVXB 4R2BA 1ZIUA 3MP6A 1LAHE 1IXIA 4DDDA 3CR9A 5JTYA 5FHOA 1VE4A 1UTBA 3TPAA 4MBPA 1JNFA 5A5XA 3BKIB 1PBQA 1SW2A 2I49A 3CFXA 4GOTA 1OQHA 1OQGA 3F11A 1OVTA 3PU5A 2V3QA 4KQPA 2O7IA 2RCBA 5B7DA 4KYSA 1WODA 3IX1A 2I3VA 4PFYA 2IEEA 5FTHA 4OETA 2OWTA 3A3CA 1NNKA 2HEUA 3TCFA 5I2NA 1CB6A 3VFJA 4JSOA 2VHAA 4QHQA 4NF5A 3IO4A 3RY3A 5CBSA 4P11A 2X7PA 4I1DA 5AA4B 5I84A 1Z7ME 3BBRA 3DP4A 1LBCA 1Y1MA 3B6QA 1IEJA 4ELRA 2NUVA 1MY3A 3H6WA 3MVWA 1QKBA 3TTRA 2Q88A 3I6VA 5AA2A 1EZOA 3VVEA 1FTLA 4HS7A 3CSBA 4NF4A 5H8FA 4IGTA 4F29A 5CI5A 2PT2A 3PPQA 2XXTA 3MWBA 2AL5A 4IO7A 4PE5B 2D3IA 4F3PA 3LSWA 3GBAA 1MPBA 2R6GE 3TDJA 2RC9A 4P0GA 4R6YA 3QK6A 1R6ZA 4DCYA 3HHFA 3FIRA 1A54A 3PPRA 3S9EA 4O3AA 3HHGA 2F78A 3N6UA 3IB1A 2OZZA 2XXQA 5I57A 2ZNTA 3PD8A 5F7VA 3OO9A 4H6DA 3DP6A 3SETA 1PB9A 2I3WA 2XXRA 3KN3A 5DT6A 1MY1A 4LONB 4F19A 1B7UA 1UIVA 2QMWA 5KDTA 3MZ9A 4FECA 1Y3PA 1B3HA 2F5XA 3CFLA 4NF6B 1H76A 3RN8A 4X48A 2F6PA 3UP9A 3FJ7A 1QUIA 1B5HA 1S7YA 2H98A 4ISUA 4FE8A 1D4NA 4F1VA 1MM6A 3MW0A 1JETA 2A5TB 5ITOA 4I8CA 3KEIA 4KCCA 3VXCA 1QUKA 4R9GA 2DVZA 2AIXA 1KWHA 3H7MA 2F7CA 4EDPA 3WAFA 2NVUB 4X9TA 4G68B 4IO6A 4U22A 3EF7A 3M3KA 3C32A 1JQFA 1LB9A 4L17A 1N3XA 1MY4A 3O29A 4LUBA 2I4BA 2I0CA 1N7XA 1M5FA 1NNTA 3C9HA 3ONMA 2QJEA 3CG3A 5IKBA 4UA8A 2UVJA 3FATA 4MFIA 3H6TA 3GZGA 4Q8RA 4BDQA 4XKRA 4F3SA 2B3FA 3QUJA 5TPAB 1MY0A 3TYHA 4ONYA 1XOCA 4RNSA 4R9FA 2XXIA 1LFGA 4TOZA 1LFIA 2FYIA 5I56B 3EPEA 4ESWA 1NH8A 4NF8A 5FHNA 1QW0A 2VD2A 1UQWA 4ZEIA 2GRVA 1D9YA 3M3FA 1MXZA 1B5JA 2REJA 4GXSB 4U1ZA 1Y20A 2XXVA 4RPNA 3MQ9A 2O69A 1M5CA 1FCKA 4WKMA 5B70A 4KI0E 4I62A 4GQOA 4NF6A 4IO5A 2GFEA 4XIGQ 1UIUA 2RC8A 2HZKA 2F97A 2F35A 3HN0A 2RF1A 2A5SA 4H8IA 4MF3A 4R75A 3PD9A 4HTGA 4E0WA 5DVFA 3FVNA 5I2KB 3OO8A 2A5TA 1VFDA 1QKAA 2NOOA 3G7WA 3S2VA 1BLFA 3QSLA 5L8DA 2DWHA 2DWAA 3M8UA 5EHMA 3FD3A 1QVSA 4YICA 1JW1A 1US5A 2QPQA 1SQYA 2ONSA 2F34A 2ONKE 2HCAA 1B1XA 3RNNA 1WDNA 4QFPA 4H8JA 4N13A 1M5EA 5H8NB 1JVYA 3V83A 1FTKA 5ICTA 4OENA 1Y4CA 4LZ7A 5DEXB 4ZECA 1FTMA 3KBRA 4OYVA 3EQ1A 2OBGA 4GXAA 4ZE8A 4XTCQ 5KZTA 3KOSA 4U4SA 2ZYOA 5CMKA 3QYTA 4UACA 4YKKA 1MH4A 3FVKA 3TUSA 3MP8A 4QFOA 5TPAA 3G3FA 4DXBA 4WEDA 2F7BA 3SKPA 5K2XA 2PYYA 4C1TA 1Y3NA 3FXRA 1FQEA 3MZ1A 3TCHA 2Z8EA 5HM4B 3R7XA 1YCJA 3S9LC 1B52A 4QSDA 3ILUB 2FA7A 5JK4A 1M5DA 3PUYE 2Q89A 5AA2D 2Y7RA 4POXA 1HSEA 4QF9A 2XXYA 3FVOA 4Q30B 4YKJA 4OQOA 4XKNA 5FHMA 1FQDA 3TMGA 3QXMA 3E9XA 4JWXA 2REGA 3MVXA 2XXPA 1LCTA 3OD7A 1B0HA 5I2KA 2H25A 2X26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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