4LC8A

Crystal structure of the mutant h128n of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSNPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLLNP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the mutant H128N of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 222
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4lc8A00
2ZDRA 3S6DA 2OZ0A 2C16A 3MI3A 5D02A 3TV8A 2V2HA 3R12A 3ATYA 4K37A 5C6MA 2I9EA 3O16A 2GVJA 2VEMA 5L6UA 4UFMA 4FX7A 3MHGA 4JTLA 1B4KA 2CU0A 1TV5A 3DH7A 3HG2A 1KM5A 5CGQA 4S2BA 4EF8A 3NQCA 2OJPA 1VC4A 3C8FA 5CG7A 4KFPA 5DCDA 3LCFA 4ZQMA 4K7YA 2ZZ7A 3S1UA 3P8JA 3THAA 4KKXA 4NZJA 2ZCGA 1KLYA 3CIWA 5DELA 2B7QA 3KVLA 4WUIA 3W7LA 1EEPA 1Z41A 3D0CA 1LYXA 5I3KA 1PVNA 3UY7A 4A22A 3MJYA 4HIBA 2EKCA 4WXZA 4JTFA 4DPQA 1JCYA 3SR7A 4QSHA 3NVTA 3W1RA 3HGOA 4LWWA 3TAOA 1MXSA 3VNDA 1R47A 3O07A 1WBJA 3PBUA 4H3DA 4CNNA 1OHLA 2H8XA 4IMEA 4Z1DA 1LRQA 3SIZA 1F73A 4Y6GA 3ZWTA 3HQ1A 3GKFA 3VKJA 8TIMA 2LLEA 1G4TA 4O13A 3E9AA 4O19A 3W75A 1H7OA 1G67A 1GG0A 1JCMP 4EF9A 1SW3A 2YW3A 4LS0A 3W7RA 2GVLA 1YTKA 1H7NA 3CWOX 1YXDA 3NO5A 1F74A 4N9BA 4O4VA 5BW6A 4CCEA 5G5IA 1W0MA 2C0AA 3UPWA 1KFKA 2KZHA 1OFAA 3ABQA 2FJKA 3P67A 3ABOA 5LKYA 3QMSA 4MZ8A 3G22A 3C61A 4O50A 2X2GA 1MO0A 2VEIA 1X7FA 1W1ZA 2Y7DA 3QEZA 5CZJA 5BOOA 4UFHA 1EX5A 1F2JA 1ZAIA 3KFTA 1XDLA 4Z0SA 1TV7A 4NJKA 1TCDA 4E2DA 3F4WA 3R5EA 3PY2A 1F76A 3E96A 3TMLA 5HUPA 1MEHA 4A2RA 1JCNA 1YYAA 5EBUA 4UTJA 2QJIA 3RK8A 3MYOA 1N7KA 1YADA 3BPWA 3STFA 3NQAA 4OV4A 2IQTA 1ADOA 4QAIA 1XM3A 3M5YA 3QPYA 4FXRA 1IXNA 1I8JA 1IIGA 1M7OA 1ONRA 3STCA 1L6YA 3O06A 3BG9A 5EMUA 1MZHA 5D05A 3M5XA 3KRZA 4JTTA 4NUWA 1N8FA 3JR2A 3IV3A 3LTSA 1GWJA 1W5PA 1P1XA 2JGYA 4WD0A 3VE7A 1F05A 1YDOA 1RV8A 4RLIA 3PSWA 3SZ8A 4LS2A 1VQTA 4K38A 2DZUA 2J27A 4EOUA 1JULA 1ZCOA 3SGUA 3FKKA 4WX2A 4O1DA 4PA8A 1QO2A 4MFDA 1YPIA 5HUOA 5HULA 4ML9A 3P5ZA 2TPSA 3HB9A 3Q2DA 4GE8A 4RV8A 1H61A 3W7OA 1TB3A 3CEUA 4ZQNA 4PCFA 2V5BA 1JUBA 1KFCA 1YPFA 2Z2UA 5CSSA 4GUFA 2GPTA 4UNLA 3STEA 2Y88A 2NX9A 2CLEA 3W71A 1F7BA 4O17A 1TMHA 3G18A 5SWUA 1OJXA 3W7HA 4UR7A 2P10A 1WX0A 4YL2A 5F2MA 3W87A 5J5RA 4RR4A 3MI2A 3W6YA 2CZEA 3C2EA 4PL2A 3WJWA 1SU5A 2DZTA 2ZRWA 1VLWA 4JTKA 3WK1A 1QDSA 1DKWA 4XKYA 3LCWA 2ALDA 2FDSA 3L5MA 3QQ1A 1FWTA 5L9FA 6TIMA 2V8ZA 1ZALA 4JNMA 3UWZA 1OVDA 4DF1A 2A21A 3LHUA 3PSVA 3W1PA 3G1YA 2XN2A 4MPQA 3EKLA 1XFBA 5LGXA 2C15A 5KMYA 3G0UA 1NF7A 4MY8A 4IMDA 4Q33A 4MIMA 1T96A 2NXGA 4JXCA 2ZZ5A 2ZA1A 1WAUA 1KM0A 3NPVA 4Z1CA 4S2CA 2PRHA 5HWMA 3LHYA 3LCGA 1FBAA 4HSOA 2W0UA 4TMCA 1AL7A 3EX4A 3HGRA 3W83A 3P82A 3ABSA 4BK9A 2PURA 1YXYA 3L0GA 2NUYA 5FF3A 4UTTA 4ORMA 1EUAA 3LCXA 5F4XA 4DXVA 1JUEA 4QITA 1LLWA 1LBMA 5D03A 3TKFA 3I7SA 3W2MA 4PFMA 2DZXA 3I65A 3C0JA 3W1TA 3OEXA 2RDUA 3ZR4A 1B57A 1U83A 1QOQA 3GAKA 1K3UA 2VEPA 5BMXA 5D30A 2WSYA 5MHBA 3E0IA 3PUEA 1W31A 3QW3A 2D73A 4FB7A 2E68A 4LRTA 4MVAA 3GIYA 1GPWA 3QM3A 1W3NA 3GNDA 4IWWA 3S0CA 2WNNA 3P61A 4H4IA 4UNKA 1XC4A 2DZWA 2C14A 1UASA 1TPUA 5A5WA 3PC0A 5AOUA 3QYQA 5DN1A 3S9YA 3RLUA 2Y7GA 5TQLA 3NG3A 1A5SA 5D38A 3C6CA 4PC8A 4PEKA 2WSQA 4M7TA 4MYXA 2V9DA 4RCXA 3BO9A 3W3OA 2R94A 3B05A 1XUUA 3KHJA 3LLFA 1FUYA 2Y62A 3Q94A 1TTPA 2ISWA 3CU2A 1SO4A 5CKSA 4HNTA 3L0KA 4FHAA 4OQVA 1UUOA 1TREA 3HBLA 3B4UA 3EWXA 3W7QA 1R2RA 4O52A 3WK3A 4OE7A 3UYCA 5AYZA 1TPDA 4NX5A 3LV6A 1M5WA 2X30A 4JTIA 3P8IA 4Q4KA 4MLRA 3HIJA 1TPC1 1BWLA 4WY0B 3LHTA 3NOEA 3QPZA 2V5LA 2A4AA 3BK0A 2NUXA 3TA6A 2Q8LA 1OF8A 3W76A 1SFLA 1JRBA 1TV8A 3UXDA 4MZ1A 3LRLA 5EKYA 1TRIA 2O7SA 4JY9A 3S5NA 4EVZA 2FFCA 4CQAA 4UIOA 1BEUA 4Y9AA 3PUDA 4M6PA 3W1QA 2J9ZA 4PODA 1ZJIA 3GB6A 4CLMA 4AHOA 2TSYA 2CZ5A 1JQVA 1FCQA 1OG0A 4LRSA 4ICNA 3G0SA 1I2OA 4FO4A 3C4UA 1QOPA 4IMGA 1VYPX 2A0NA 1OFQA 2E09A 4UC5A 1G6CA 1GTHA 1SZEA 3VI2A 4CQ8A 4FEZA 4X22A 3GNNA 4E2BA 1TSIA 1XXXA 3VFLA 3M0ZA 3MP4A 1NAL1 2CLMA 4JGDA 2RDWA 5H2ZA 4KWVA 1AW2A 5KTLA 1OF6A 2CLHA 2YX0A 2ATSA 2ZTJA 4RKAA 3T55A 5LNSA 4M7SA 4FNTA 1CX9A 2QCCA 3S5ZA 4MZYA 1H1YA 1XUZA 2OX1A 4O14A 2FPVA 4N4PA 3EWZA 1GZGA 2WJZA 3F03K 1B4EA 5K4ZA 1T99A 2C19A 3L9CA 3M44A 3QF0A 4NJJA 1XBYA 1WOAA 3UWUA 2I1OA 1TQJA 2GJLA 2QUVA 1NF0A 2DP3A 5KSWA 2VOMA 5CZSA 1WBHA 2ZQ0A 3HG5A 3NZRA 5IBXC 2VFFA 4RX0A 4IJBA 2E6YA 2HS8A 4CNOA 3NEVA 1QMLA 4RZ6A 1R2TA 1TJRA 3EB2A 3NQMA 3LM7A 3N14A 2A1YA 3ZWSA 5LNRA 4OGZA 3B0VC 3NA8A 3L2IA 3I6RA 1Q45A 1F6KA 2Q3OA 4UTMA 1C29A 2E5CA 4PL1A 4IMFA 1Z44A 2A6LA 1LBFA 1QPNA 3S5OA 1TPEA 1GJPA 3PG9A 2FB2A 3HF3A 2F84A 2B0MA 3I7QA 2OCZA 1WA3A 1Z48A 3DENA 3AJXA 3BVJA 2QCLA 1ICSA 3S1VA 4HNUA 3NM3A 3NAVA 3G1SA 4UMAA 4J9JA 3LRMA 4N6FA 3W2JA 3NXFA 1JJKA 1T0OA 1V5XA 1YTDA 5U4NA 2H3BA 1Q6LA 5K9DA 5D2XA 1A5AA 1RVGA 2CLLA 1TO3A 3A9IA 4QM1A 4RZ4A 3F1QA 1WXJA 2UV8G 5AHIA 3M5VA 1AK5A 1LZOA 2B7PA 5AFDA 3BGGA 1R46A 1KFLA 1YLVA 3K30A 1PCKA 1OX6A 3F4NA 4GUHA 2VENA 2Y70A 4TO8A 1LP6A 2G96A 2E5BA 1VYRA 2QAFA 2TRSA 4HNNA 1BWKA 5K4XA 4AAJA 1GQNA 3W85A 3BLFA 3DFTA 2NX1A 4UFIA 5D2WA 5FESA 3TK7A 4N9CA 3IGSA 5D2YA 2WO5A 3LCIA 2QCGA 1HO4A 2QR6A 1EWDA 4NJGA 3MBDA 4YCPA 3C2RA 1Q3NA 2JBMA 3EEGA 5A8GA 4RK8A 1H7WA 1W8SA 3R8RA 3PBWA 3BG5A 2NV2A 1DJNA 3V1PA 2E6DA 2YYTA 3BARA 4OU1A 1O95A 5EA9A 2Z1BA 5FEXA 1W5QA 2JGQA 3WJYA 3ATZA 4IUOA 3W7MA 2QCFA 1RQHA 1RR2A 2Y6ZA 2RFGA 3HJZA 1VHNA 3B0UX 3ZS4A 4OV9A 4UXDA 4P61A 3LERA 5K7JA 3QSTA 4AMAA 4JDYA 4A29A 1FCVA 5HWNA 2FPTA 1EWEA 4M19A 1OYBA 2ISVA 4ADSA 4NJHA 4AEOA 1NSJA 3KXQA 2ZYFA 1LLZA 5EPDA 1PE1A 3IVUA 3ABRA 4FIRA 3CPRA 5K9XA 3U8GA 4I7VA 3N2XA 3CLMA 2P0OA 3QH2A 2ISSA 2EGZA 5CPLA 3UD6A 3MUXA 3GXPA 5FF4A 1ZENA 3W88A 1J2WA 2JKEA 1W54A 2B4GA 2QCHA 3T4CA 3PG8A 4LT9A 3SI9A 3T44A 1AMKA 5CPMA 3B06A 4C1LA 3PS7A 1TRDA 5D33A 3PWAA 4GFSA 1TTQA 1W3IA 2YPIA 5LHEA 4WOZA 3UZ5A 1TYGA 2V2DA 3W2LA 4UTUA 1LROA 2HSAA 2P1FA 3S8HA 1WQ5A 2ZZ3A 4R34A 1SFJA 5E1QA 4OWGA 1I2QA 4NXSA 4L4MA 2V30A 2WNZA 3W2UA 3SJ3A 1XKYA 4LVBA 2V2CA 2W79A 5DLCA 1QAPA 4WXYA 3FEMA 4WJEA 2GUUA 3BW4A 3N2MA 3N9SA 3L67A 1A5CA 4TMBA 1P0KA 4G1KA 4RZ5A 3EX1A 5AHEA 5AHFA 4U28A 5LNUA 1QPQA 3W86A 3TC6A 3N9RA 2A7NA 1FDYA 3W1XA 2J24A 4GWEA 1VPXA 3DFSA 3TSBA 3A5FA 1H62A 1GVFA 2BZNA 1SPQA 3LHWA 2CLFA 1YTEA 1LOQA 1L6WA 4WQ6A 4WY0F 4ADTA 2NV1A 3OVPA 4AF0A 3Q58A 3PUOA 1A5BA 1Q6RA 4N9DA 2G97A 5CSRA 1RZMA 3DFOA 3P80A 3PULA 1X6UA 2C1HA 3NQDA 2I14A 4TR9A 1GYLA 4HHPA 4UFJA 1B9BA 2ZRZA 4ALDA 1R2SA 4LW7A 2VC6A 2BWGA 3S5YA 3W7DA 4YLWA 5DY3A 2B7NA 4RXFA 5K9CA 2QAPA 3U6WA 2FPYA 3CT7A 3HPZA 2QCDB 5HINA 1H7PA 3P60A 1U5JA 3E02A 1FXPA 1QO5A 4DELA 3IEBA 4NZFA 4O18A 4UCGA 2X16A 2Z0IA 2J9YA 3MW7A 4LV4A 5FF0A 4MJMA 4IMCA 5EYWA 4A21A 2YDAA 1KM4A 1QFEA 3KVMA 4JTHA 5D2TA 4Y96A 5CPOA 2Y7FA 3W73A 3TROA 2H8ZA 3DFQA 2JKAA 3DFNA 4JYDA 1C8VA 3LDVA 4JR5A 4NT0A 3NR0A 4XQ6A 3TJXA 3NQ7A 1H60A 5D32A 5AYYA 4Q32A 1PV8A 6ALDA 1BKSA 3QJAA 4C1KA 1SUXA 2NX3A 4ZVJA 1ME9A 3QMTA 4GBUA 4IX2A 5KZDA 5K2ZA 4XUGA 1JUKA 4FNPA 4W9TA 1HTIA 3O05A 2Y7EA 3A5VA 3W1NA 4I9AA 1DORA 2AGKA 3N3MA 2VKZG 3TW6A 3FFSA 4O0ZA 4ORIA 4UTHA 5C5YA 4O10A 1FX6A 1GTEA 3ANYA 2JKPA 1VYSX 1D9EA 3MI6A 1MEWA 4NXKA 1H51A 3C52A 3IRDA 4FNUA 1HO1A 4FXSA 4Y8FA 1VLIA 2QCEA 1DQWA 3LTYA 4X3ZA 1QR7A 3TQ0A 3W1UA 5G2IA 1O5KA 1P4CA 1C9DA 1TPH1 3G1VA 3E49A 5H91A 3W70A 1H63A 3V75A 3RMJA 3SY5A 3W84A 1KTBA 2NUWA 1KW1A 2A85A 2FB3A 2X1TA 2VFIA 2WPBA 3BGJA 4E0CA 1GVSA 3CHVA 1QCWA 3DZ1A 2VFGA 1Y0EA 3LXBA 5HNRA 7TIMA 4AWSA 5FF2A 2VFHA 1CI1A 1GEQA 1SW7A 1EPXA 1PL9A 4LOCA 4IX0A 1OX4A 4EWND 5F1UA 1NEYA 1JCJA 3HOJA 2A7RA 4O57A 4AWTA 5KITA 1HFBA 4XBSA 1O60A 1K7FA 3W72A 3L5AA 1QPOA 2YXGA 3OIXA 3T78A 2VFEA 3DKJA 1FWWA 1JR1A 3PM6A 1DBTA 1EP1A 3EWUA 4QISA 3RF9A 3QRHA 5TIMA 4I7UA 3YPIA 1SO5A 2X1RA 4JTSA 4UTWC 2WV8A 3QFEA 5BMWA 3IIZA 3S42A 3GDKA 1SO6A 2ABBA 2WSRA 1KV8A 1RD5A 3LI1A 3M9YA 3QC3A 3UWYA 4O0KA 4JX6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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