4LC8A

Crystal structure of the mutant h128n of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSNPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLLNP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the mutant H128N of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP
rcsb
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 84
structure length 222
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4lc8A00
3NQCA 2A5HA 2XN1A 2CLFA 1W5NA 1YTEA 2Y7DA 4GUFA 2A4AA 4LVBA 4N6EA 1EUNA 2C19A 4M5PA 2GQ8A 1FCUA 4PA8A 3LLDA 4ONVA 3LTSA 4OT7A 3C61A 4O12A 1JCJA 4K37A 4JX5A 4UCGA 3LM7A 3TE9A 5G5IA 1QO2A 3UY7A 2QCLA 4LC8A 1AL7A 4GXMA 4IXHA 5D04C 3BARA 3DFNA 4JNMA 3SGZA 1RPXA 3KRZA 2DJXA 1ZJIA 4JYDA 4N6FA 4E0CA 4LVGA 2GUUA 3LCHA 3NVTA 1RV8A 2VEPA 1F6PA 1X6UA 1KFBA 4CNOA 1IXOA 1JCNA 1BWLA 4JR5A 2VFGA 3TQ0A 3CLMA 2CLOA 2BZNA 2NUXA 4HSOA 2PE4A 3TW7A 4LVAA 4HSNA 2A7RA 3DHFA 5BRBA 3G24A 1I2PA 1LOLA 2I9EA 3P82A 3PBWA 3INPA 1UUOA 1W3TA 5DCBA 3TSBA 4OHQA 3W7HA 1R2SA 3NL5A 2JKAA 3MUXA 4ICNA 5DY2A 2V30A 2DORA 4HPXA 4NQ1A 2E6FA 2W79A 1LTDA 1D3GA 3IGXA 1FCBA 3GKAA 5D2YA 3EXSA 4UR7A 1DV7A 5DN1A 4RZ4A 5ABTA 1H50A 1RZMA 5LHFA 3ZR4A 3QW4B 3THAA 3B8DA 2CZFA 3L66A 2PRHA 4DXVA 4GBUA 3U2OA 1SO4A 4O14A 1G4TA 2WNQA 3V1PA 1GVSA 2ZRYA 3BLEA 2QAPA 3N19B 3LGEA 3PSVA 1AW2A 3MJYA 3W74A 3LRKA 1C29A 4YCOA 1LCOA 5HNRA 1UUMA 4CQAA 5CSSA 4O1CA 4H3DA 4JTGA 1SW0A 3HPSA 3CPRA 1JUBA 2H8ZA 3P80A 3THQA 1LROA 1QFEA 1MZHA 2E5CA 3MYPA 1ZCOA 3LHYA 4I7VA 3PUOA 1TRDA 3EKLA 3W84A 1B4EA 4M6PA 5F1VA 1EEPA 3W72A 5F4XA 1VR6A 5SWUA 2CLKA 3K30A 4ORIA 4RZ5A 3P81A 3PWAA 4Z0SA 4Q33A 4BFAA 3NEVA 4A3UA 3P84A 1CW2A 1AMKA 3W1MA 1TB3A 2H6RA 3C2FA 1IIGA 4NXSA 1QOQA 5FF7A 1QO5A 3BO9A 2Y7GA 1YXDA 5D2TA 3GXPA 4AWTA 1OHLA 1NAL1 2QR6A 3L68A 3NL6A 1I4NA 3LCIA 5H91A 1WA3A 1I2OA 2AAMA 1VRDA 5DELA 1JCLA 2V2CA 3DZ1A 4PC8A 4PTNA 2JGYA 3WJXA 1JJKA 4UC5A 1ZHAA 3MP5A 2ZDRA 1JCXA 1FUYA 5G2WA 5AYYA 3G3DA 3VE9A 2NX3A 2Y6ZA 4KWVA 4Z1BA 3LCLA 3QPYA 2YSWA 4FNSA 5AHIA 3O6CA 3IIPA 1KLZA 3PS7A 2BXVA 3TJLA 1ICPA 1E51A 2B7OA 1QDSA 1GVQA 4ALDA 3CWNA 3A9IA 3Q2DA 2ZRWA 3W76A 1R47A 4S2BA 4RX0A 4UTWA 3W83A 1U83A 3W2NA 1D9EA 4EWND 4O18A 3NQVA 3QSTA 2ALDA 4DEFA 2AGKA 5F4WA 3F4WA 4N9BA 1J2WA 4IQLA 3WK0A 4BI7A 3LCGA 1H7WA 1OVDA 2ATMA 4PH6A 3FLUA 1K8XA 1WXJA 4O13A 4OU1A 1TV7A 1R2TA 1DJQA 2A7NA 2Y62A 2ZYFA 3TA6A 5HWMA 3TK7A 4N2YA 5FF3A 1W3NA 3CT7A 5A8GA 4LRSA 4ADUA 3W7DA 3C2RA 5AHLA 4JYEA 1D3HA 3HG4A 1N7KA 3N2XA 2D73A 3UXDA 3B04A 2VFEA 3C56A 4RLIA 5D30A 1PHWA 2OT0A 3ZS4A 3LB0A 5CZSA 3PSWA 4O1AA 1Q3NA 3EXTA 1KFCA 2WKJA 3QQ1A 2VXNA 3NQDA 5D03A 4ADTA 4P2VA 3N2MA 2J9ZA 2J9YA 1LBFA 3W1AA 1O5XA 3T55A 4XBSA 1TPWA 2NXGA 3FYOA 5FEWA 3ZWSA 3AO0A 3B0VC 2NUYA 1YTDA 1JCMP 1DVJA 3W2KA 5F2GA 4MUZA 1RVGA 5DCDA 3NNTA 1K02A 3GK0A 4Z1DA 2ZZ1A 2ZA1A 3WJSA 1VYSX 3A5VA 4XBKA 3RNDA 1W31A 3ATYA 4HT3A 4MOZA 1N8FA 3HIJA 4O10A 3PF3A 4FEZA 3HF3A 3G1FA 3QEZA 1K7EA 4X3ZA 1JUKA 5CPLA 2O7QA 4IOTA 1FDJA 4U28A 1QPQA 3MI2A 3PAJA 4MZ1A 5LNSA 3GLCA 1YYAA 2FPYA 4DBEA 4TR9A 2NWSA 2J27A 3ABSA 4Y8FA 3LBMA 4Y96A 3RFAA 4K7VA 1GVFA 2DZWA 4JDYA 1JQVA 3TFCA 1RQBA 3FJLA 3W1PA 1B57A 1OFEA 3S0CA 2HMCA 4R34A 1T99A 3LHUA 2E1DA 3UWYA 5C2XA 1A50A 4KFNA 4N9DA 1LRTA 4DF0A 1ZNNA 4UTHA 4UFIA 2EAWA 1MO0A 5HR7A 1MEWA 2CU0A 1TJPA 2BSLA 3W85A 1MEHA 3QFEA 3GIYA 5GVJA 3USBA 5AC8A 5C6MA 4DELA 1W3IA 4A22A 3LRMA 3TXZA 1M6JA 3NYZA 1SPQA 1PHQA 3A5FA 5G4EA 4JTTA 1I45A 2WO5A 1PV8A 2JBMA 1GYLA 3KFTA 4IJBA 4HNVA 4TX9A 1W8SA 3W87A 3W7JA 1OFOA 1Q6QA 1H63A 3LHWA 2WV8A 1IXPA 2B7NA 1LRNA 2PRLA 4JY9A 4ADSA 2CW6A 5E1QA 2QCDB 1QPNA 3TQKA 4FX7A 2G96A 3TUUA 1JVNA 4GUIA 4ZZ9A 3E9AA 1H62A 3FFSA 1XBYA 3A21A 3W1LA 1EWEA 4OWGA 1W1ZA 4Z1AA 3ABRA 5KZEA 2QKFA 3M44A 2TMDA 3G0XA 4DPPA 4GNJA 1J5TA 2QDGA 4O17A 3DFQA 3EWUA 3HPXA 1H5YA 3MMTA 4E2DA 1VYRA 3E96A 3LTPA 1TIMA 1JQXA 3S6DA 5G2HA 1KTCA 1OX6A 3IIVA 4WOQA 3S1XA 3W73A 1LRQA 3GAYA 3P67A 5KTLA 1Z48A 5LHEA 4NUWA 2G95A 4NJIA 1WV2A 1NVMA 4RV8A 4M7SA 1GPWA 4HKPA 4NVTA 2CLEA 5BOOA 3G8EA 1TJRA 2A0NA 4QNWA 1AK5A 5G1YA 1DOSA 1JUEA 4Y6GA 1GWJA 4IX0A 2VOMA 1KFLA 1IXNA 1GEQA 3W7EA 5F2LA 4EF9A 3HJZA 4AB4A 4O0KA 2ZA2A 2NZLA 4O57A 4LS2A 2GVGA 4AEOA 3KHJA 4IPJA 1PVNA 1YPIA 1TYGA 3HOJA 4K6AA 3N14A 4YWIA 3LBCA 3PY2A 2GQ9A 2WSRA 5BNKA 2NX1A 4S1FA 6ALDA 4MY8A 3EX4A 4KKXA 3IIXA 3MWAA 3TJXA 4MJMA 5AYXA 5FEXA 4FF7A 1WBJA 1XUUA 4O4WA 3PB2A 2GVJA 4Q32A 1P0NA 1KBJA 1HL2A 5KMYA 4LWWA 2GPTA 4QISA 2YR1A 3MBFA 3W22A 4Z0JA 3Q94A 2FTPA 3LX9A 3W1QA 2H8XA 1OFRA 4OV9A 1LBMA 4FHAA 1ALDA 1GG0A 5DBUA 1H61A 3FKRA 1KM5A 3A23A 1OK6A 5KITA 4QSHA 5IBXC 4JX4A 4MFDA 1JR1A 2ZRXA 2WJZA 2OZ0A 1S3HA 5HUOA 4O16A 1W5PA 4BI5A 3P7YA 5D32A 2F7FA 3DH7A 2YYUA 3M6YA 5EYWA 1OK4A 1XM3A 3W2UA 3W6YA 1ICSA 3GDRA 3NQMA 3OBKA 1ZAJA 2Y88A 3PG8A 1SFJA 1QR7A 3WJYA 3P60A 3SFKA 1Q45A 1Y0EA 3HQ1A 4Y90A 1LLWA 5HR6A 5BMWA 1LZOA 1KM1A 4FNUA 1KM4A 1H60A 2J24A 2QCDA 2RH9A 3L5MA 4MLJA 4GWEA 3QSRA 3GZ3A 3ABQA 4UTTA 3DKJA 3WJWA 2V8ZA 4WY0B 5C5YA 4BI6A 4FXSA 3N9SA 1TTJA 4K36A 1FX6A 3L0GA 3LXCA 5BW6A 1C8VA 4RXFA 5K3VA 4XKYB 3QYQA 4UTLA 1KM0A 1BKSA 4O15A 1FWSA 2Y7FA 4CCDA 3NPWA 3RK8A 3NM1A 3MO7A 4XQ6A 3TDFA 4DF2A 1NEYA 4LV4A 4A2SA 4KFPA 3GR7A 4NX0A 3DENA 1SQ7A 2VC6A 4C1KA 5LSMA 2CFFA 4O50A 3I6RA 4UTUA 3FS2A 3M0ZA 5CG7A 4DQWA 2F84A 4QITA 1K7XA 2V2DA 5EA9A 3EWZA 4UFJA 2Q3OA 3UWQA 1J4EA 1SZNA 3W23A 3EWXA 3KVMA 2P10A 3C4UA 3VNDA 1QNVA 1ONRA 3PVFA 4UTWC 4OBTA 3JR2A 3E49A 1FQ0A 2B4GA 1EUAA 4NZJA 4BWLC 3HO8A 4MY1A 4GJ1A 4JTJA 3B0PA 2PCQA 4JN6A 2Q8LA 3W86A 1PIIA 4YMZA 1Q6LA 3HGSA 3WFAA 3CU2A 3W7KA 3MP4A 1JULA 1BWKA 2E6DA 3LTYA 3G0UA 3STEA 3TROA 1FBAA 5HUPA 3TC7A 1THFD 5I3FA 5FESA 1TPH1 3L0NA 1IF2A 4B5NA 3H54A 1WAUA 5I3KA 3TH6A 3DFTA 3P8IA 5HINA 4DPQA 3LOTA 4UXDA 3VFLA 3O8AA 3QM3A 4WXYA 4FNPA 5IBXA 1I2RA 3OEXA 1OYCA 1K8ZA 4NU7A 3S5YA 4CCEA 3B0UX 3SI9A 4GFSA 1EA0A 1AL8A 4POCA 2BTMA 3SGUA 2RFGA 4E2BA 3CHVA 3NPUA 4NNBA 2QCGA 1R2RA 1SO5A 1YADA 1EX5A 5I3HA 3C0JA 2Q8ZA 1GTEA 1KA9F 2GQAA 1QAPA 1AW1A 4NNAA 4RZ6A 1I2QA 1XL9A 1SO6A 1CX9A 3L5AA 1KV8A 4G1KA 2X16A 4N9CA 2VFDA 4RK8A 3R2GA 4MPQA 3O07A 2ZTKA 1SZEA 5I3JA 3TAKA 3EWBX 3KAOA 3BG3A 3GXTA 3EB2A 1G6CA 2FPTA 2WPBA 3I65A 3W7PA 3YPIA 5EBUA 5K4XA 2RDWA 1ZFJA 5BMXA 2FDSA 4QQ3A 4UR8A 2E09A 3S9YA 4JTKA 3CTLA 3I68A 4NT0A 3RMJA 3DFSA 4WY0A 4NJGA 3W7NA 1M5WA 3UD6A 3O6DA 1PS9A 4UMCA 1S5TA 4O28A 4XKYA 2CWNA 1TPDA 3GKFA 1H51A 5F2IA 3G1YA 2H3BA 5AHMA 3L5LA 2OT1A 4UNKA 1KFEA 1OFBA 1GTHA 4BWLA 1XBXA 1G7UA 4RXGA 1DQWA 1MEIA 4WY0F 3QW3A 4BK9A 2CLHA 3IGSA 3BGGA 3M5ZA 5D02A 1VGAA 1O95A 4WX2A 2CLLA 2FJKA 2ZZ4A 1HG3A 4IMEA 1GVOA 2EHHA 1QWGA 4HNNA 4EVZA 4CNPA 2XN2A 1XUZA 3E12A 4OV4A 2HSAA 2C0AA 2E6YA 5EKYA 5U4NA 5D37A 3KOFA 3C2OA 3O15A 4DO6A 1F2JA 3JRKA 4C1LA 1TPFA 3H55A 3UXAA 3TW6A 1TPB1 1T8XA 1FWRA 2Q3RA 3SECA 1ME9A 5K9CA 4UMBA 2QF7A 5HULA 1W56A 3W7OA 4HN4A 2NLIA 3W3OA 3LHVA 2EKCA 4FNQA 1A5AA 4HIBA 1ME7A 3E02A 4JY8A 4PFMA 2C3ZA 2DJLA 5HMSA 3PBVA 5LNWA 3W07A 4MZ8A 4R7JA 1F05A 4FX6M 1AW5A 4M6VA 4OGZA 3SY5A 1IIHA 3P5YA 4H6KA 2DZTA 1TMHA 4CQ9A 2YPIA 3UZJA 5CZTA 3UWVA 4IWWA 3RLUA 1O94A 2IQTA 1SSGA 3GB6A 4MY9A 5D05A 3WJZA 2RDUA 4RR4A 4PCFA 4TMCA 4H4IA 4ZQPA 3G1VA 3UPWA 4JS3A 5K7JA 1H7XA 1TTQA 4K8HA 3TNOA 3LI1A 5AC6A 3OIXA 4AWUA 3W7QA 3GDKA 1F73A 1EIXA 4I7WA 1A5CA 3QQ0A 3AJXA 4E38A 1OFQA 1W0MA 3BLFA 3TAOA 1Z41A 2E6AA 3STFA 2E5BA 2NV2A 2V9DA 3E0IA 3M41A 2E5DA 1FWNA 3L2IA 5LNRA 3UY8A 5G2IA 3M1ZA 1O5KA 3W2MA 3FJ6A 2WSYA 4Q4KA 4MKNA 2B0MA 2Z0IA 3LCXA 3BV4A 3FA5A 3TMLA 2X1SA 5LNUA 4M19A 2QCEA 1A53A 2ZCGA 3PBUA 3RF9A 1TRIA 1PL9A 3LCFA 3GDMA 5CPNA 1UASA 2B7PA 3G18A 1K3UA 4X22A 3O05A 1H7NA 2X1TA 1Z44A 5FF2A 1VS1A 1TQJA 1L6SA 1DQXA 3NG3A 3QH2A 3BW4A 4Z08A 1XBVA 3GDTA 2A85A 2HS6A 4UFHA 3I7RA 2OX1A 4AHOA 5AFDA 1U5JA 3TSMA 5FEPA 1M7OA 3G1XA 4PEKA 3WK1A 4O11A 1SU5A 2X1RA 3G1AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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