The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T1Y O; 2UXB O; 3SDL A; 1XEQ A; 4DV5 O; 1J5E O; 1F7Y A; 4JI8 O; 5H5N A; 5IWA O; 4K0K O; 4DR4 O; 3OTO O; 4GKJ O; 4A5U B; 1A32 A; 4DV6 O; 4B3R O; 2UXD O; 4GKK O; 4JV5 O; 2DOS A; 5A2Q N; 4B3M O; 4X66 O; 5LMU O; 3J80 N; 1FYJ A; 2LW7 A; 1N32 O; 1IBL O; 5BR8 O; 2JRI A; 4DV4 O; 2UUB O; 1R1B A; 1IBM O; 4KHP O; 4YY3 O; 2UXC O; 2E5L O; 4LF6 O; 3JAM N; 3F5T A; 4OPH A; 4DR1 O; 1D2D A; 3J7A U; 3M8A A; 2VQE O; 4DV0 O; 3T1H O; 5FLX N; 3RT3 C; 5LL6 Y; 4LF5 O; 2UUC O; 4DV3 O; 5BY1 A; 1XNR O; 1N34 O; 4JI5 O; 4LFB O; 1HR0 O; 2UUA O; 4JI7 O; 4B3S O; 2ZKO A; 4JI6 O; 1FKA O; 4DR6 O; 1R6T A; 4NXN O; 1HNX O; 4X62 O; 4JI2 O; 1YZB A; 4DV7 O; 4AQY O; 4JYA O; 4X64 O; 4LF8 O; 4DR7 O; 1AB3 A; 2DJV A; 3O65 A; 4DR5 O; 1DK1 A; 1G1X B; 1AIL A; 4LFC O; 4DV1 O; 1FJG O; 4DR3 O; 4B3T O; 3J81 N; 4OX9 O; 5BXZ A; 4LF7 O; 1N33 O; 4X65 O; 4JI3 O; 1NS1 A; 2F4V O; 5IT9 N; 4JI0 O; 2AGA A; 4YHH O; 4DUZ O; 1HNZ O; 5LMN O; 1HNW O; 1X59 A; 1KUQ A; 2VQF O; 4JI4 O; 4LF9 O; 4DR2 O; 3R66 A; 4JI1 O; 2N74 A; 4LFA O; 1XMO O; 4DV2 O; 4OPA A; 2Z0A A; 1N36 O; 2FKX A; 2UU9 O; 1I94 O; 2HHH O; 4DUY O; 1XMQ O; 4NXM O; 1XNQ O; 2ZM6 O; 4LF4 O; 1IBK O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4I0X A; 3MDS A; 3SYO A; 1MZE A; 3Q4H B; 5J2U B; 3ZCC A; 3OD4 A; 1HP8 A; 4JI8 B; 4K8Z A; 3KG2 A; 3AG4 B; 4QE7 A; 3G80 A; 4FM2 A; 3FYE B; 4F4L A; 3LSU A; 3LNN A; 1UFI A; 2RJZ A; 2Q7H A; 3DTU B; 5BZB A; 4DV6 B; 4B3R B; 1MSW D; 3AG7 A; 4X66 O; 1H2S B; 2HKO A; 4CS3 A; 4ZI7 A; 5LXT A; 3CCQ V; 1BS3 A; 1H2L A; 1GN4 A; 1BL8 A; 3K9A A; 4NTY A; 2FL4 A; 1DF4 A; 1XQ8 A; 1XNR O; 4B08 A; 3L70 H; 3H9V A; 1M56 C; 1OCR B; 2WLJ A; 1Q7Y W; 1R6T A; 3GWO A; 4JI7 B; 3B8N A; 5IY5 C; 3ASN B; 1XL6 A; 2EIM B; 4FK5 C; 4JI2 B; 1SKV A; 2D3O W; 4LF9 B; 2DYR B; 4WFE A; 2RNB A; 3RYF A; 2Q7G A; 3O65 A; 3JAT B; 3EXA A; 4PDR A; 4WFH A; 3ZN1 A; 3JD1 A; 4DUY B; 1GM7 A; 4MSW C; 2Q0O C; 5D5P A; 2FYU H; 2AGA A; 1XRE A; 3FB6 C; 4L8J A; 3FD9 A; 3JD2 A; 1LR1 A; 1TA8 A; 3BFR A; 3EVK A; 4DR2 O; 1QU7 A; 3JSL A; 1VQO V; 4X9Q A; 4DV2 O; 2Q7E A; 1RPO A; 3F7V C; 4LFA B; 2FKX A; 4RUF A; 1PM9 A; 4LNU B; 3QF7 A; 3OR6 C; 3A0H Z; 3P30 A; 1XIL A; 2LJ2 A; 4HYO A; 1YDX A; 5EBW C; 4U3J A; 3TXS A; 4AHC A; 2P6J A; 3K5L A; 3M99 B; 3OAA G; 3T1Y B; 4E2L A; 3BCC H; 3RYC A; 1XI1 A; 4MTF A; 5IWA B; 2VWK A; 2PF4 E; 1K3E A; 3CJH B; 2DWE C; 4K0K B; 2HJD A; 3APO A; 3ASO B; 1OZ0 A; 4W4K A; 1PNL A; 3CHX A; 2UXD B; 2ZDI C; 3J80 N; 2QTO A; 3VBB A; 1E1R G; 2QM4 A; 3CWB H; 2UXC O; 1FD9 A; 3F5T A; 4WFF A; 4BW9 A; 4JZ2 A; 2EZP A; 2E5L B; 4LF6 B; 4R50 A; 4BW5 A; 5B3S C; 1ENV A; 2Q8V A; 3BAA A; 5CA0 A; 3E89 A; 1P7B A; 5DN6 G; 2EIN B; 2YS8 A; 4CH3 A; 3ABK B; 2Y4U A; 3TCU A; 5GON A; 2CH7 A; 1JX9 A; 1Q43 A; 3DSQ A; 3VQX A; 3ZHS A; 3E8F A; 1YZB A; 4JYA O; 1K97 A; 2XTA A; 3JCU Z; 4IHJ A; 4K8X A; 4PI2 A; 1H2G A; 3L9D A; 1EN6 A; 3ZHQ A; 4UCT A; 1Z5W A; 1VEW A; 1R3I C; 2IJI A; 3FFQ A; 2QE7 G; 1WLE A; 3A2F A; 5JVD B; 2RN9 A; 3OGI B; 1KUQ A; 2H94 A; 1MAB G; 2P4V A; 2KKW A; 5H6R A; 3UKM A; 1NR1 A; 4J9Y B; 1VAR A; 3FYI B; 1XMO O; 1W2B U; 2BCC H; 2W0F C; 2X6A A; 2UU9 O; 1I5Y A; 1QLE C; 1K4C C; 1EZJ A; 1K7D A; 3OM3 B; 2HP8 A; 1XNQ O; 3ML0 A; 4O2A B; 2ZR2 A; 3B40 A; 1VF5 B; 2LO1 A; 1XMQ B; 1QCE A; 4G28 B; 1XEQ A; 3D3I A; 4GZR B; 2E75 B; 5B1B C; 1OCO B; 2KG7 B; 2YIB D; 3CE2 A; 3CRC A; 3MD0 A; 4GX2 A; 4CH5 A; 3OEE G; 5JWP A; 4DR4 B; 2WLL B; 3SPC A; 3WG7 B; 4JAV A; 4JAU A; 2BSK B; 2Z5U A; 4JYB A; 3TGU H; 4JTC B; 2YXY A; 1PKX A; 2CAZ C; 3K58 A; 3ETD A; 4DR1 B; 1VF6 A; 2QM7 A; 4AI8 A; 2OWO A; 5IJ9 B; 4LF5 O; 4DV0 B; 4DV3 O; 4IYH A; 2Q73 A; 1VQM V; 1NR7 A; 1NT2 B; 3FAV B; 4JI5 B; 2AHY A; 2UUA B; 1YJN V; 1BHA A; 1HNX O; 3BAB A; 5KUM A; 4O2A A; 1JCH A; 2DWD C; 3HKB A; 4DUZ B; 4FIP C; 3CCR V; 4AQY B; 3KCY A; 4F6R A; 1DK1 A; 2Q69 A; 5LHI A; 1L1F A; 1S5H C; 1XHZ A; 2YXL A; 2F43 G; 4MVO A; 1LUV A; 4DR5 B; 2W6J G; 3T1C A; 3ZIA G; 4BIO A; 4B3T B; 5TIS Z; 1I7F A; 1R3J C; 4X8A A; 3BA9 A; 3L73 H; 3ZMZ A; 4JI4 B; 1GO3 F; 2EZO A; 4FLW A; 1SRY A; 3AK1 A; 3QO7 A; 1ZL8 B; 4U7O A; 3LSQ A; 4IL6 Z; 2HHH O; 1EZV H; 2GDS A; 2AXT Z; 3ZED A; 1MA1 A; 3N2K A; 4JI8 O; 4X1Y A; 5H5N A; 3S3W A; 2ZT9 B; 1YTF B; 3E86 A; 1FXK C; 3VQW A; 1NH2 D; 2XAJ A; 2ZIN A; 2OYQ A; 2P4K A; 4DV6 O; 4B3R O; 3KKY A; 2WA4 A; 5F2V O; 2OCC C; 3ETE A; 5KHI A; 4DXW A; 1BSM A; 3AG1 B; 1U96 A; 1XUQ A; 3BRC A; 4B3M B; 1H2K A; 4UCS A; 1Q3E A; 3E22 A; 3K0D A; 4WBN A; 5BR8 B; 2UUB B; 4YY3 B; 1YHQ V; 3M8A A; 2HVK C; 2DYS B; 4LWS A; 4PA9 A; 4O4J B; 2XND G; 2K1E A; 4B7K A; 4GX0 A; 4FFB B; 4JI7 O; 4Q6G A; 2WLN A; 3KZI Z; 1VF6 C; 3D8C A; 4BIZ A; 4IIJ B; 5FPO A; 2DW4 A; 4JI2 O; 4GX5 A; 5IYC O; 3OFN G; 3G6B A; 2Q6A A; 4RQE A; 4X20 B; 2JVD A; 1P84 F; 4GT1 A; 2L6L A; 5EZY A; 2XUM A; 1JQ0 A; 5DED A; 3N2G B; 3STL C; 4I4T B; 5BXZ A; 4YJ2 B; 3SPI A; 3WB0 A; 1TGO A; 1FS0 G; 1U97 A; 4TV8 B; 2OIE A; 4DV1 B; 1FJG B; 1N33 B; 3K79 A; 4X65 B; 2EIJ C; 5L3E A; 2WLI B; 1LNQ A; 3H1K H; 3JAS A; 1WPX A; 3OTF A; 4QIW F; 5KX5 A; 4LFA O; 2HG5 C; 3D3Q A; 4ZOL A; 4NR1 A; 1FXH A; 3C90 A; 1O9G A; 1SQQ H; 4MVM A; 2B1G A; 3JSN A; 2IU0 A; 3T1Y O; 1S5L Z; 2H3O A; 4FM1 A; 5CN0 A; 2BTQ A; 1R73 A; 1SQP H; 2ITC C; 1GM8 A; 1M56 B; 5IWA O; 1P4R A; 2P7T C; 4K0K O; 1IDS A; 3JAR A; 2YIA A; 3VQY A; 1YXB A; 1A32 A; 5IY5 B; 3CP1 A; 2UXD O; 3QO5 A; 5FL7 G; 1GTO A; 3WU2 Z; 5IYZ A; 4RAI A; 3N2G A; 1VMG A; 5KHK A; 1OCZ B; 4TT3 G; 1R1B A; 1R6N A; 2Q5Z A; 2E5L O; 1GN3 A; 1N8R W; 4LF6 O; 4OPH A; 4O4H B; 1RM1 B; 4GYC B; 1JJ2 U; 4UV9 A; 2Q9L A; 3ICX A; 4D6T H; 3J7A U; 2ZIO A; 1PNK A; 3CME V; 4YJ3 A; 1V55 C; 4R6Z A; 5B66 Z; 3MAQ A; 2Y0I A; 3MHH C; 2A7W A; 1M5I A; 2CTP A; 3HKE A; 1IUR A; 1GMG A; 1NU1 H; 3BPZ A; 1QBZ A; 1RFY A; 3IC7 A; 5BMV B; 1WB7 A; 1BQ0 A; 3CCU V; 4LF8 B; 3UT5 B; 5L3G A; 4I0X B; 2JK5 C; 4LFC B; 1NS1 A; 3TK1 A; 4DW1 A; 4DR3 B; 2YUA A; 1W59 A; 5C8Y A; 4JI3 B; 3G71 V; 2ADQ B; 4NYK A; 1OCC B; 4UCO A; 2QWP B; 3K59 A; 5LMN B; 1JMK C; 3U11 A; 4X89 A; 3ZHT A; 4LH7 A; 2PUS A; 4JI1 B; 2WLM A; 4NKG B; 1CP9 A; 1XMQ O; 4TOI A; 1NTM H; 5H2F Z; 1WP7 A; 4ZI7 B; 1QR8 A; 5LXT B; 1ZX3 A; 1P7G A; 4TSF G; 2QEX V; 2F23 A; 1IXM A; 4DR4 O; 3OGC C; 2IJJ A; 5L3B A; 3CSX A; 4GKK O; 1GAX A; 2GBO A; 4PDM A; 3X2Q C; 5KUK A; 4J42 A; 4G2K A; 1BZK A; 3E2E A; 1LUW A; 3ZRV A; 5DM6 V; 3H01 A; 4MTX A; 4DR1 O; 4QNH B; 3RYF B; 1KB9 F; 3LDC A; 4DV0 O; 2JEU A; 2ZDI A; 2UXX A; 1JJO A; 2CTQ A; 2VQE B; 3CC7 V; 4MVU A; 2YEV A; 5IE9 A; 4JI5 O; 3G6E V; 1N34 B; 2UUA O; 4I50 B; 1MSD A; 3B77 A; 4PHZ A; 1HW7 A; 4AQY O; 1K92 A; 2V1D A; 1Y67 A; 5IJ0 A; 3ABL C; 1Y66 A; 2PYJ A; 4UVA A; 5GTH Z; 4DR5 O; 3CCE V; 3JD3 A; 4B3T O; 4U3J B; 2B1I A; 3W7X A; 5CB4 A; 1S3J A; 3DC5 A; 2E74 B; 5IT9 N; 4MVR A; 3NXS A; 2F4V B; 5CBG A; 1PV0 A; 3SYP A; 3RYC B; 1X59 A; 2DN9 A; 5IYD O; 4PD4 F; 4JI4 O; 5J2T A; 3RVZ A; 2D2C B; 1S72 V; 3HR0 A; 2WAM A; 5K1X A; 3S3X A; 1K9M W; 3DC6 A; 2EIL C; 3L75 H; 1K5S A; 2A9H A; 2JJ1 G; 1CXZ B; 1KBH A; 2RMK B; 2R9R B; 3APQ A; 3AG2 C; 1S0V A; 4FLU A; 2FML A; 1W0J G; 2CTR A; 3W7W A; 4I50 A; 3P3P A; 2RQ6 A; 3IC9 A; 1K5Q A; 1B3Q A; 4EFE A; 2RCV A; 1QNM A; 2EJ7 A; 5LGT A; 2AZ2 A; 4H44 B; 5CA0 B; 2YIC A; 1VQN V; 3ZX6 A; 2EJR A; 4JYC A; 2P67 A; 4DK0 A; 4B3M O; 5GON B; 4F6E A; 2CH7 B; 2NR5 A; 3K08 A; 3CCS V; 1QLN A; 3T4Z A; 4FFK A; 5BR8 O; 2UUB O; 2YDE A; 3ABM B; 1NTZ H; 1XBL A; 3THO A; 4YY3 O; 1I0H A; 3N27 A; 4UCR A; 1K34 A; 4TUY A; 5KHJ A; 1Q81 W; 4IHJ B; 2LGW A; 2BOC C; 4X1K A; 2N04 A; 2LP7 A; 3AG3 B; 2IJK A; 4UVC A; 2PGG A; 2P90 A; 1ORQ C; 3CCV V; 2JGD A; 3BY6 A; 1VF7 A; 2HFE C; 3M7M X; 3UO2 A; 5LP6 C; 2GUZ A; 2CDY A; 4PI0 A; 1BGY H; 1T5E A; 4JI6 B; 4DR6 B; 1G8M A; 1KP3 A; 4OXS A; 4P2Z A; 3CS5 A; 5LHG A; 3ETG A; 2ETN A; 5FNV A; 1AJP A; 3F7Y C; 2Y4T A; 4GUN A; 4DV1 O; 1FJG O; 2AZ0 A; 1N33 O; 2ZR3 A; 4X65 O; 3ZRW A; 4OX9 B; 3H1J H; 1SER A; 3H1L H; 3SYA A; 2M7W A; 1MMM A; 4IT5 A; 4H33 A; 2PI5 A; 2QKA A; 2QR4 A; 2OT5 A; 2A3Q A; 1QR9 A; 2KQX A; 3CD6 V; 3ZHV A; 3ZMT A; 4J80 A; 1ZLZ A; 3FB7 C; 4RO2 A; 2G38 A; 1NKD A; 4HBN A; 4K3A A; 1AP6 A; 3SR2 C; 2HEP A; 2ZM6 B; 4P9P A; 4R8C A; 1JPX A; 2EIK C; 2X6B A; 4DV5 B; 3SYC A; 1SZX A; 2QWR B; 1NVP B; 4FJC C; 3B4S A; 1H2M A; 1QQC A; 3LDE A; 4Q20 A; 1R6K A; 4E4E A; 3ZMV A; 1X4T A; 4GLX A; 3SPJ A; 2QJ1 A; 2QWO B; 5LYJ A; 3SJC C; 2ITD C; 3CRA A; 3OEH G; 1FXK A; 3AG4 C; 2JRI A; 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3CYO A; 3ZMU A; 1DF5 A; 5CA3 A; 1HR0 B; 3JAS B; 1JR9 A; 5KX5 B; 4NXN B; 5EYP A; 3L72 H; 4ZOL B; 2X6C A; 4Z1M G; 3CCM V; 3AK3 A; 2CTW A; 1OV9 A; 1AB3 A; 2EIN C; 2DJV A; 3ABK C; 4X64 B; 2YI8 A; 1G1X B; 3HKD A; 4WFA V; 2VWJ A; 1QVF U; 2F4V O; 3RYI A; 2BTQ B; 3BA8 A; 1RSO A; 1TAE A; 4CBC A; 3JAR B; 3RYH A; 5A9G A; 1I5X A; 3KCX A; 1HNW B; 4LF9 O; 2C2A A; 4JTA B; 3ABU A; 3JD0 A; 2DMX A; 2ZE8 A; 5EC2 C; 2H8P C; 3OR7 C; 5IYZ B; 3ABT A; 3DXR A; 3UM7 A; 2V7Q G; 2HHH B; 4DUY O; 2DQ0 A; 3AK2 A; 4TV9 A; 3JAL A; 1VQL V; 3LDD A; 3GWK C; 3D36 C; 3QTC A; 1AP5 A; 5KAF Z; 2HJF C; 1F7Y A; 1FAF A; 4TQD A; 4YJ3 B; 1NQT A; 1AI4 A; 4O4I A; 2XAF A; 4FLV A; 3OTO B; 5JQG B; 4MW3 A; 3IFX A; 2IJH A; 3HKE B; 4GKJ B; 5IDJ A; 1V9P A; 2IH3 C; 3HPL C; 4HNA A; 3CPW U; 3WB1 A; 5LMU B; 2V4D A; 4I7Z B; 4DV4 B; 1WAZ A; 2QSA A; 4FLZ A; 1OHH G; 3MHS C; 2QKS A; 1TVK B; 2IH1 C; 5BY1 A; 4PJ0 Z; 3CXH F; 5C8Y B; 5EBL C; 2ZIM A; 2ZE6 A; 4LFB B; 1ROP A; 4JI6 O; 4DR6 O; 2IBZ H; 4U7N A; 2JS3 A; 2BE3 A; 2R9I A; 4X62 B; 4J9Z B; 2XHB A; 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