4LP2B

Crystal structure of monomeric ligand binding domain of s. typhimurium cysb, a lysr transcriptional regulator at 2.2a
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
EHTWPDKGSLYIATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPDHPLAATSSVTIEALAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPLADPDLVRIDAHDIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEEIEAMFQDIKLPEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of monomeric ligand binding domain of S. typhimurium CysB, a LysR transcriptional regulator at 2.2A
rcsb
molecule tags Gene regulation
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator CysB
total genus 64
structure length 239
sequence length 239
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lp2B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lp2B02
4OXVA 5TP9B 2YJPA 1MXWA 3IOWA 3G3IA 1SQYA 1FTOA 3OXNA 4OQOA 5L9OA 2ZYMA 3KBRA 5EHSA 3U72A 4ND9A 5A5XB 4OFOA 2A5TB 2Z8FA 1LB9A 3G3JA 3IR1A 3KSXA 3W9WA 2I49A 2QMXA 1MY3A 3RPWA 3FJMA 4EQ9A 1NL5A 2I58A 1QW0A 1P1QA 1MQIA 1ZLQA 5ISUA 4JSDA 1B46A 3PV0E 1MM7A 3K1PA 1Z7ME 4DDDA 5CC2A 2O68A 4TQUQ 4MH5A 4YZZA 4YU0A 1N04A 2UVJA 3SETA 3PUWE 4WEPA 4ELQA 1NNFA 4I1DA 1IZ1A 3I6VA 2XD2A 4YMBA 5I57A 1LAHE 4U23A 3EHTA 5KCJA 5DYHA 3PGFA 1OIBA 2NXOA 3CFLA 4TLLB 3H4ZA 3H7MA 4LUBA 4TOZA 4RXLA 3VXCA 2X7QA 5I56A 1FQAA 4H1XA 4LA9A 3TELA 1B3HA 4XKPA 3K6VA 1TXFA 3A09A 3BKIB 5KDTA 2QS3A 1OQHA 2RKMA 4EF2A 3KN7A 1GVCA 1P1UA 2I4CA 4ZDMA 3PPOA 4OEUA 2XXTA 5I2NA 1LBCA 1SYIA 4K3FA 5CRYA 4HW8A 3CVGA 1BP5A 1R6ZA 3MQ9A 1MY1A 3HV1A 1YCJA 4G8HA 1UTBB 2BJJX 1H44A 3TTKA 3H6UA 3B6QA 1B7ZA 3N26A 4MLQA 4R73A 1A99A 3KN8A 4I8CA 4OERA 4GL0A 3LSXA 3Q25A 1B4HA 1LCTA 1OLAA 2XX9A 4JBZA 4U2RA 4IO3A 5H8NB 2V3QA 1RYXA 3HN0A 1MXZA 3V89B 2ONRA 4PP0A 1CE2A 2GHAA 4U21A 4GOTA 3WAEA 4LATA 1JVYA 4NF5A 2IEEA 1Y1ZA 2ZYOA 2DXYA 4Q5TA 3T96B 1ZKBA 2GHBA 1EU8A 5ICQA 3H06B 4AQ4A 4LQ5A 1PBQA 4NWCA 4IO2A 5H8NA 4BDQA 1QUKA 2E0SA 4MBPA 4F1VA 1NMUA 4H8JA 3BBRA 2O84X 3KGCA 3EF7A 1UIUA 1XVYA 3B6TA 1PB8A 4RJZA 3RY3A 4U4XA 2XXVA 4P0GA 5DEXA 1JW4A 1LB8A 4QFNA 4PQJA 3SEUA 4ISUA 2UVGA 3ZSFA 2F34A 4RK9A 2XXXA 2DWJA 4WKMA 3OELA 3RLFE 2XXUA 1MM6A 1Q35A 1B6HA 5I59A 3GBAA 4F1UA 3KFMA 4BDMA 4FJPA 1MQHA 3PMWA 3TCHA 3KG2A 1DPEA 5IAIA 4O3CA 3GBBA 4YKJA 5DT6A 5I2KA 5AA2B 3MPKA 4E0XA 5TPAA 4ZEDA 5JTYA 3EQ1A 2QS2A 1PB7A 3K0VA 3LC8A 1EH3A 2Q8JA 1P99A 3PU5A 1B4ZA 4THIA 2NOOA 4FATA 4YKKA 1IEJA 3TQLA 4ZEBA 4NF4B 4YB5A 5AA3A 2QS1A 1OMPA 4DZ1A 3U93A 2REGA 4ZE9A 2XD3A 1MG1A 4KYSA 1FQCA 4Q0CA 4QFKA 4XKQA 1XOCA 4C1TA 3THIA 4G77A 3TQWA 4YB6A 4GXSB 4EDPA 3O9PA 2DOJA 4XXUA 2Q89A 1HSJA 2F35A 1B3FA 1FQBA 4YB7A 1N7XA 4U4SA 4H0WA 3OO6A 2WKYA 1ZBMA 3PPPA 4G68B 4ZE8A 3V8XB 3MZ1A 2OK2A 4AB5A 2O69A 1NNTA 3M3KA 4N07A 2XXRA 3LR1A 2I48A 4UACA 3G3HA 3H3GA 2O1MA 3T66A 4YAHX 3IAZA 3MP6A 1A8EA 2F7BA 3DP4A 2QSXA 2XX8A 3E9XA 1RYOA 3N5LA 4F39A 3IORA 2ALUA 2O7UA 3EHUA 1TFAA 2HQ0A 1UTHB 2Y7WA 4U1OA 5K2YA 2OCUA 2OJTA 4KI0E 5EHMA 3PD9A 3FJGA 3A3UA 4BDRA 4F3BA 1QUJA 1KWHA 4M4GA 3TTNA 1IXGA 5AE4A 1M5BA 4JWOA 5CMCA 2Y7KA 2O7IA 1LGBC 1SYHA 1H3DA 1POTA 3TODA 2HZKA 2Q2AA 3IJOB 4P0IA 3VE1B 4F19A 1DOTA 3RGYA 1HSLA 1ZIUA 1QULA 4LVQA 2DE4A 3O6HA 4R9GA 4E0WA 3BFUA 3QUFA 1D9YA 1Y4TA 3PUYE 3KJTA 3FD3A 3U1OA 3SDFA 1ZJLA 4F31B 2A5SA 2UYFA 5FHMA 3M8UA 1DTZA 3L6GA 3HPIA 3TFLA 4HCWA 1VSOA 1NNPA 4FORA 3TCFA 3T9VA 3UGWA 3G3GA 4GFRA 1B0HA 5B70A 2O1LA 3SEWA 3C36A 4OFJA 1A40A 4R6HA 2VP1A 3OO8A 3RTWB 3H6VA 1B1XA 1PEBA 2P1SA 5CI5A 1TT1A 5FTHA 2X26A 4POXA 4R2FA 3VVEA 4ELOA 1LFGA 2UVHA 1PBPA 3S9LC 1QKBA 3TTRA 3JZJA 2PYYA 1B1HA 3R6UA 4F1YA 4Q30B 3O28A 3UA8A 1QUIA 3MVZA 4OMBA 3UIFA 4RNSA 3VLWA 3I5OA 3VVFA 1MY4A 3WAFA 4WXJA 1B0LA 1B3GA 1R9LA 2XX7A 1SW5A 2H9BA 5TP9A 3H6TA 3MWBA 4U22A 3FGSA 3IB1A 4ZEFA 3K6XA 1XHYA 5A5XA 1URSA 2A5TA 4G8MA 4XTCQ 3FV1A 3Q28A 1MPCA 4GIZA 5BUUA 3DP8A 4PFTA 5JK4A 1MQGA 2VGQA 1NKXA 2PBWA 4L17A 3BFTA 1USYH 3U8QA 1JQFA 4IY6A 3HO7A 3PPQA 2CMOA 5FHOA 1LAXA 3UP9A 3FZVA 4H5GA 1B05A 5AA2D 1YTVA 3T9UA 1D4NA 5CBSA 3TTLA 5ITOA 2R6GE 2QS4A 3OD7A 2AL4A 1N0TA 3N94A 2V84A 3KZGA 5H8FB 2V3UA 4IY5A 2LAOA 1A8FA 4QSEA 4JXIA 1S9TA 4QSCA 4F3GA 5HM4B 2ZYNA 4QFOA 2YPNA 1Y4CA 4F2QA 1AOVA 4GWOA 3K4UA 4RYAA 5DVIA 4DIGA 1S50A 1YAEA 2NUVA 4NTLA 2QJEA 2Y7IA 4ONYA 3Q27A 1IXHA 4RY1A 3M3LA 3T9XB 4JWYA 1IITA 5TU0A 3FXRA 5F1QA 1B32A 1UTBA 4EQBA 4GF8A 4R9FA 3SEVA 4EXKA 1TWYA 3MAMA 3QYTA 3FXUA 5JEIA 1AMFA 1S7YA 4QHQA 3OSQA 1PB9A 2RCAA 4XIGQ 3SERA 1XVXA 1UIVA 3FATA 4KD5A 4GQOA 1GR2A 4NF8B 2VD3A 3SESA 4BDNA 2H4IA 2RC9A 1SI1A 2ONSA 1FTJA 2QL3A 3T93B 4FIMA 1JVXA 1AIVA 3MC2A 3H03A 2KLFA 3OO9A 1LFHA 2RF1A 1N3XA 5FHNA 1FQEA 5M2VA 3FVOA 3EPEA 2B3BA 5H8HB 2F7AA 5CMBA 4PFUA 3M3FA 1FTLA 3CRBA 3Q26A 1JNFA 4OTEA 1MXYA 5ICTA 2DWIA 3VV5A 2E1SA 1IXIA 4ZZEA 3RNNA 1H43A 3MP1A 4YKPA 4NMYA 4KCCA 3PPNA 4R72A 4F29A 5J1DA 4OENA 4X48A 1DSNA 2I3WA 2ZMBA 1N3WA 1MDQA 1NFTA 3CR9A 3QSLA 1DMBA 3EN3A 4PFWA 4EUOA 2F6GA 4MLVA 1SDXA 4G4PA 2ESNA 1ELJA 1B3LA 3G3KA 1FQFA 3D4CA 2Q88A 4H6DA 1D9VA 3LUYA 4QFLA 2F97A 4O3AA 2G29A 4XKRA 2RCBA 3MJNA 2IA4A 4H65A 4GXAA 1BTJA 5AA4B 1LFIA 3ODBA 1M5FA 3L6HA 2R71A 2RINA 2H99A 2HCAA 3VLVA 1IXCA 4KR5A 2Q2CA 3K2DA 1B40A 5AA2A 3FVKA 3RT6B 1GGGA 3IB0A 1NH8A 4NWDA 1ZTYA 4OVJA 2V93A 3K01A 3TDJA 2UYEA 3PUXE 1MRPA 4NEDA 5I58B 2F7CA 4G2ZA 3O97A 2QMWA 2RC7A 4HS7A 4NF4A 3FIRA 4IO4A 2PT1A 1JW5A 3K02A 1PDAA 4M1VA 4ZZAA 2CZLA 1LCFA 4ZEKA 4IO6A 3T22A 2VOZA 3CSBA 3N6TA 5CBRA 1QJMA 3TKDA 3RT8A 2HAUA 1MXXA 1T0KA 3D4GA 2DE2A 2ZNSA 1US5A 3MP8A 2F6PA 1FW0A 2DVZA 1Y3NA 3OMBA 3S9NC 3IX1A 2OLBA 1QKAA 5CM6A 1LAGE 3KJ7A 4G68A 4RPNA 3SEYA 4X1DA 4UA8A 1L5TA 4LZ8A 1I6QA 1MQDA 3U94A 4IGTA 4ZS9A 4LONB 4NF6B 3PPRA 4ZECA 1A55A 1LLSA 1SW1A 2UXAA 1CB6A 4F18A 2B3FA 3UN6A 4YICA 3K1NA 2ZNUA 2W7YA 4LQ2A 1FTKA 3W9VA 1UTHA 4GRKA 2P2AA 3QK6A 1IIWA 2OBGA 3IB2A 3OEKA 1A7LA 3C35A 4JB7A 1Z7NE 3MBPA 1WODA 4JDFA 5DTBA 2XXPA 3VXBA 4OESA 2PT2A 1GTKA 5I84A 2Z23A 1OVTA 3TAJA 5H8QB 2H5YA 3K00A 1F9BA 1P1NA 2GH9A 1R1NA 2H25A 4FAJA 3VVDA 5L8DA 1FCKA 3MVXA 3FXQA 2V25A 3R26A 1B5HA 3AXFA 4U1ZA 3CG1A 1MY0A 3PD8A 4LZ5A 4QRZA 3GLBA 4R75A 5ELVA 3S9MC 4GL8A 2Z8EA 4IO5A 2QPQA 2PX1A 1NNKA 4JSOA 3CFXA 4OFLA 4HTGA 1FQDA 1URGA 3T9HB 4IO7A 1MXVA 2DE3A 4QFPA 3A3CA 3HHFA 3IOTA 1MH3A 1ZMGA 2XHDA 2M8CA 2UVIA 4FECA 1VR5A 4BDOA 1WVJA 3DP6A 3SEXA 3OO7A 5I57B 4N6PA 4TLMB 5AA1A 5KCJB 3IOUA 4OEVA 1I6BA 2QRYA 3PMXA 3C31A 2DVCA 1SW2A 1O64A 3FVNA 1D3KA 4POWA 3MZBA 5I56B 1A54A 1B51A 3G7WA 2Q9TA 3RUMA 1SBPA 2XXIA 1M5EA 4LZ7A 5KDTB 4P11A 1LAFE 4KCDA 5H8SA 4YMAA 3I3VA 3C9HA 4DCYA 4H5FA 5I2NB 1H76A 4F2OA 3V5AA 5L9MA 2B65A 1J1NA 1LSTA 1ATGA 1MDP1 1MPDA 3KN3A 1N76A 3E3KA 4F3PA 2THIA 3TPAA 3FUZA 1WDNA 2Z8DA 4MF3A 4I9DA 1Y1MA 2NWJA 2GRVA 1RKMA 1YPNA 4C0RA 3VFJA 4OYVA 3N6UA 1GV8A 4FE8A 3MUQA 3O6GA 1DPPA 4KHZE 5CMMA 3USDA 3B7DA 1AL3A 3FJ7A 2DYXA 4ECFA 4KPTA 4G68C 1B2HA 3RQTA 3C34A 1M5DA 2AYSA 3KSJA 5H8FA 3HSTA 4ELRA 3ECRA 2RC8A 1P1WA 2GFEA 3OSRA 4NF5B 2Z22A 4GD5A 1BKAA 4WEDA 4EF1A 1ANFA 5F7VA 1Y3QA 1JW1A 3R7XA 3IOVA 3RN8A 4PETA 4KQPA 4DCXA 1XS5A 1EZ9A 4EQ7A 1I69A 2F8DA 1O7TA 1DTGA 3DM0A 2V3TA 5HPQA 1MPBA 3GXAA 3PUZE 2NVUB 2XXHA 1SVXB 2O6AA 2I3VA 3TZAA 1HSEA 2D5WA 4HCYA 2O51A 4IGRA 1IUDA 2DWHA 5DEXB 3CFZA 4FEDA 2FNCA 4QSDA 3LSFB 1USYE 3MPLA 4NF8A 3C4MA 4ZEIA 4MFIA 5L9SA 2Y7RA 2OZZA 4R6YA 3FV2A 4NE4A 2DS9A 4KFQA 1PC3A 1O63A 5I59B 2H98A 4X9TA 2ZYKA 3KEIA 1VFDA 3DELB 3C32A 2I6EA 2I4BA 3C33A 1B5JA 2P0SA 1N84A 3KOTA 3Q29A 3E4RA 1Q1KA 5HBCA 4RPOA 4DLDA 5H8HA 5I2KB 1NH7A 3TUSA 3LSWA 3QAXA 4AB6A 4KYEA 2DWAA 3S9EA 2X7PA 5TPAB 3MVWA 5EYFA 2HAVA 5JTYB 2YLNA 2D21A 1JEVA 3TMGA 5FTIA 2HFBA 4XKNA 3ZS6A 3FVGA 4KYDA 2F36A 3PMVA 1I6AA 3K6WA 5ITPA 1OQGA 3IO4A 3W15C 1B52A 3CG3A 5K2XA 1XT8A 3JYRA 1IQ7A 2REJA 3TTMA 3UORA 2ZNTA 4IB2A 1B7HA 3K6UA 3JV9A 2DP8A 4G8NA 3TCGA 4JWXA 2AIXA 1BLFA 3VLUA 4GVOA 3MW0A 3K1MA 4LP2B 2I0CA 1B5IA 2HZLA 1FTMA 3DLNA 3HHGA 4F3SA 4OWDA 4BDLA 1QVSA 1EZPA 1OVBA 4PE5B 1SW4A 3TEPA 4PFYA 4O3BA 2Y7PA 4Z7EA 2DXRA 1SI0A 5BWJA 5AA4A 2I0BA 2F5XA 1TFDA 3O66A 1POY1 3O6IA 1R9QA 3CI8A 1JEUA 5KZTA 3ILTB 2ABHA 3QUJA 3VDFA 2VHAA 4R6KA 2D3IA 3OOAA 3CSGA 3KOSA 4GLIA 4DE8A 3H6WA 2Y84A 1VFEA 4EXLA 1XC1A 3P7IA 4BLAA 1Y3PA 4C1UA 1B3EA 4I62A 5I58A 1MH4A 1BIYA 3E13X 4DXCA 3HCQA 2HXWA 3FASA 3F11A 4OETA 4FEBA 5DVJA 5CMKA 2FYIA 4QF9A 3O2AA 1MY2A 3IK6B 3RTFB 4ESXA 2XXYA 3ONMA 2PMSA 1H45A 2VD2A 2PVUA 2OWTA 3UK4A 3SKPA 3LSLA 2DSFA 1B58A 3LBSA 5IKBA 5B7DA 1II5A 2ZXTA 4DXBA 4RA1A 1Y9UA 4ESWA 2HEUA 1SD3A 3ILUB 2XXWA 3OEMA 4X1BA 1B9JA 3GZGA 4NF6A 2ANJA 1JETA 4DXUA 3IJXB 4RK2A 2XXQA 2G93A 4N13A 3MZ9A 2OWSA 1VE4A 1M5CA 3ZKLA 3OENA 1N7WA 3TYHA 1P1OA 1EZOA 1MXUA 1MQJA 3V83A 3EHSA 1MS7A 4Z0IA 3PUVE 4R2BA 1AH5A 4R74A 3S2VA 3B6WA 1US4A 2F78A 4OZ9A 3QIMA 1OLCA 2FA7A 2R9JA 3U92A 4H8IA 5LOMA 1LBBA 2ONKE 4OHNA 3IL1B 3MVYA 1Y20A 3S4UA 4Q8RA 3QXMA 2DQVA 1UQWA 5H8QA 1URDA 1ZU0A 3ZKKA 1B7UA 4F22A 4H67A 3O29A 4YKIA 3G3FA 3IO6A 4ELPA 5DVFA 3CIJA 2AL5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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