4LUJA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanocaldococcus jannaschii complexed with inhibitor bmp
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
HMPKLMLALDVLDRDRALKIVEDVKDYVDAIKVGYPLVLSTGTEIIKEIKKLCNKEVIADFKVADIPATNEKIAKITLKYADGIIVHGFVGEDSVKAVQDVAKKLNKKVIMVTEMSHPGAVQFLQPIADKLSEMAKKLKVDAIVAPSTRPERLKEIKEIAELPVITPGVGAQGGKIEDILNILDENDYVIVGRAIYQSQNPKEEAKKYKEMLNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanocaldococcus jannaschii complexed with inhibitor BMP
rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii
total genus 73
structure length 214
sequence length 214
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4lujA00
4HHPA 2KZHA 1KFBA 4IPJA 3S1XA 1PIIA 4NUWA 3QH2A 1SSGA 3I7SA 1JJKA 2D73A 5H2ZA 4DQWA 4BI5A 1U5JA 1QCWA 1H7PA 3W23A 4K37A 1P0KA 1A5SA 3TFXA 4AB4A 3WK0A 3BG5A 5CPOA 3IIPA 1Q6QA 3JS3A 3HG5A 2RDWA 3W7CA 4A2RA 5LNSA 3O06A 4ZMGA 3W70A 1TV5A 1UUOA 1L9WA 1PE1A 2CLMA 5K9DA 3DENA 3M9YA 5D2TA 5CG7A 3HIJA 1VCFA 3K30A 1ZY9A 3UD6A 3WJSA 1NSJA 1DHPA 3UY8A 2VELA 3HBLA 2NZLA 5LGZA 1XBVA 1JUKA 4M7SA 1DKWA 5F4SA 2CW6A 3W7QA 1OK6A 2PRHA 1GVFA 2YW4A 2WNQA 3EX6A 3BW4A 3NQDA 2ZBTA 2ZDRA 3TNOA 4DO5A 3EX2A 2YFNA 1QPOA 1RQHA 1EP3A 2AGKA 3EX3A 5G4EA 1TREA 3KVJA 4PH6A 4IXHA 1SFJA 4O12A 3EWBX 4WUIA 3OVPA 2JK2A 1Q6RA 3LCGA 3DI1A 2OJPA 1YPIA 4LRSA 4ZQOA 3ATYA 1OF6A 2A5HA 2IQTA 1WAUA 5K4XA 1OF8A 3OG3A 1WDWA 5AC6A 2Y85A 1VC4A 4MZ8A 4ZQPA 3TAOA 2A0NA 4DF2A 3LHTA 3QEZA 2B7QA 2BX7A 3N73A 3NA8A 5E0KA 3TIMA 4IX0A 3E9AA 1FDJA 3TX9A 2ZYFA 1OHLA 2GPTA 1LCOA 1QR7A 3NG3A 4Z0JA 2EF9A 1K8YA 3P81A 3UWUA 4CQ9A 4JY9A 5I3HA 1Z42A 1OFOA 4GUFA 2W79A 3F4NA 3TSBA 4ADUA 5CZJA 1ME8A 4DELA 1VPXA 5FEPA 2QUVA 1VYPX 1RD5A 3NNTA 3M5YA 5EYWA 2CWNA 4MUZA 5CZ0A 2FB2A 1XBYA 3CB8A 3TQ0A 4NJIA 5AYXA 4KWWA 1TTQA 1IGSA 5L6UA 4FNQA 1SSDA 4N02A 1AL8A 4LS1A 4MFEA 5KMYA 4RV8A 1OG0A 6TIMA 3F03K 3W7PA 5K4ZA 3O8AA 1U83A 3GNNA 5C6MA 1QDSA 2Y7GA 3VE9A 1LDCA 3DXIA 5FF4A 1HTIA 2OT0A 4UXDA 1YLVA 3S9YA 3I7QA 5G2HA 2J9YA 3C3NA 3W2JA 3WJZA 1SPQA 3KAOA 4JTUA 4HIBA 4UMBA 3UXDA 3GDTA 1YADA 3DFNA 4N9EA 4WY0B 3LCHA 1A53A 5KITA 5G2WA 1L6WA 4WX2A 3DHFA 3MW7A 1JCJA 3S5YA 2W0UA 3BLIA 2J9XA 2O7QA 5D05A 4ZQNA 1DV7A 5LKYA 2WSQA 5BMWA 1GZGA 3NQAA 3PUOA 4JIQA 3EWXA 4FNTA 3WFAA 3N2XA 5AC7A 3FFSA 2OX1A 4R34A 3NQVA 3ABOA 3DFTA 5EBUA 2V2DA 2QEZA 5EMUA 4MY8A 4O10A 2J88A 2HMCA 5D2YA 1JCYA 3G8EA 2GOUA 4LS2A 2QDHA 1J2WA 4MZ1A 3G1HA 3KVLA 2V81A 3LDVA 3W86A 4OQVA 2VFIA 4XZ9A 4LC6A 4OE7A 4QITA 1BWLA 2XN2A 4BI6A 3M47A 4K8HA 1GVOA 5J5RA 1TCDA 3DKLA 3GXTA 3PUEA 1N8FA 3RFAA 1TV7A 2FPVA 3EEGA 5HR6A 5FEZA 1ZAHA 4BWLC 2WOQA 3MP4A 2TSYA 3LRLA 2EAWA 4HSOA 1IXQA 2Q8LA 3GK0A 1EX5A 3GR7A 3DU0A 3JRKA 5HR7A 3G1AA 4IMEA 3C6CA 4MLJA 4HT3A 4ORMA 3AJXA 2E09A 4LT9A 4FNSA 2E6FA 1UB3A 1X6UA 4A2SA 4IX2A 4DXVA 4NJGA 3W3OA 3CIXA 3HG2A 2Z6IA 3KRUA 4R7JA 1Z48A 1Q6OA 3L68A 2HTMA 1VS1A 1HG3A 1WXJA 4Q33A 2A7PA 1LYXA 2WJZA 3TROA 2ZRWA 1F05A 1TV8A 4JGDA 4IXXA 4NJJA 1SFLA 3EX1A 3W1AA 1S3HA 1M7OA 1L6YA 2QCFA 4O0KA 4BI7A 3EWUA 1FCVA 1B9BA 3IRDA 3R8RA 3N34A 4FXRA 5D04C 1YXDA 4FIQA 4GFSA 3UYCA 4GBUA 4JX6A 4TO8A 3MP5A 2CZ5A 1ZENA 3FLUA 2VEIA 2C6QA 2W6RA 3LLFA 2C18A 3MI3A 5D2WA 3RNDA 4AH7A 4EOUA 2YXGA 2NV2A 1LBFA 2B7NA 3R12A 5DY3A 2ISSA 1YTKA 3HQ1A 1AG1O 2ZZ2A 1VYSX 3CLMA 1YYAA 4QSHA 1ICQA 2DJLA 2Y7FA 3RK8A 1XBXA 5DCBA 3PF3A 3WK2A 1SO3A 2QKFA 4JXCA 1LP6A 2P0OA 4Q4KA 3ZFHA 3NPWA 3NQ7A 4X3ZA 3L65A 3EXSA 5F1VA 1LOLA 3NGJA 1VH7A 2NX3A 1RV8A 4N9CA 5D38A 5HULA 3DFSA 3LHVA 1F74A 3W7NA 3SJ3A 1NVMA 2C19A 1ML1A 1TQJA 1F73A 3LHZA 5FI8A 3NL2A 3W2UA 3PULA 4RZ5A 5I3GA 1SO5A 3PSVA 5DBTA 3LBCA 1LRTA 2A2IA 2QJHA 1ZJIA 3W7EA 2BSLA 2E6YA 4MY9A 3SGZA 1NFBA 1LORA 1JCLA 1K7EA 1XL9A 1B57A 1LRQA 4O54A 4MFDA 3W74A 1ZHAA 2C15A 4RLIA 2H3BA 4JN6A 4Y9AA 2C3ZA 1V7YA 2CZDA 1LROA 1OFRA 3L0KA 3ZR4A 4UR7A 2PURA 4UMCA 1L2UA 1ONRA 2EGZA 4MKNA 1BKSA 1G7UA 1S5WA 2FDSA 3M43A 2BXVA 1JULA 2ZCGA 3LLDA 1MEWA 1D9EA 2QJIA 4LV4A 4QNWA 4K7VA 3NDOA 2GUUA 4WJEA 4HPJA 4FX7A 3UWVA 2VENA 1FWSA 2CLIA 5K2ZA 1VHNA 4U28A 4ZL1A 4CLMA 5F4WA 3QFEA 1Z41A 1RZMA 1P1XA 3LTPA 4UFIA 4E2BA 4GXMA 1H63A 3NPVA 3LB0A 3Q94A 4N9DA 3N9RA 5FEWA 4JY8A 1WX0A 4IGHA 3L5MA 2FLIA 3NZRA 4GUIA 2WSRA 4OGZA 3W7JA 3KRZA 4UTWC 2NV1A 2E1DA 1MSSA 4IPIA 1LBLA 3TW6A 3W2MA 2GQ8A 2B0MA 2BTMA 3NO5A 5HINA 1QFEA 3ZWSA 1KBIA 4JD4A 1EWDA 2FFCA 4UTLA 4GWEA 4CNNA 1MZHA 4HPXA 4LUIA 3LX9A 4JX4A 4UTKA 2R14A 3L2IA 4YL2A 3UWQA 3C52A 3HF3A 3GNDA 3I68A 4MVAA 1NF7A 2ZZ5A 1XUZA 1SZEA 4NNAA 3UY7A 1OFPA 3BW2A 4RR4A 4A21A 4UTHA 1JVNA 1KM0A 1W56A 1ME7A 1YPFA 2ZZ1A 2E5DA 5AHNA 2X1RA 1H1ZA 3P8IA 1RPXA 3LM7A 4MOZA 3UNDA 1G4PA 1NAL1 5AHMA 4OBTA 1R2TA 1TPVA 3LCFA 4WXYA 3V75A 3LI0A 1IF2A 2LLEA 3RLUA 4LW7A 4IMGA 3DFOA 2J27A 3IIOA 3STCA 1KV8A 5F2IA 1GG0A 3NVTA 4FO4A 1OFEA 4GUGA 4N2YA 2YYUA 1OX4B 4O15A 3T7VA 4N4PA 5LGXA 1ME9A 2V5BA 4LVDA 3WK1A 2C13A 2TYSA 1R46A 4RK8A 4EF9A 1IIGA 1TIMA 3M44A 2V82A 4BR1A 3W88A 4BFAA 3MBDA 3PVFA 1A5AA 4HNUA 5G4WA 3M1ZA 3OEXA 3UPWA 1OABA 2WQPA 3HG3A 3G1SA 4XTDA 1VZWA 1QO2A 2A7RA 3TMQA 1LZOA 4TX9A 1X7FA 1KFKA 2V5LA 1TPWA 4IJBA 3Q58A 4A3UA 3TV8A 5LSMA 4WD0A 4UCGA 4JYDA 5L9FA 1KV5A 3IIXA 4HN4A 2HS6A 1NF0A 1W37A 3NL5A 2VEKA 2FIQA 1QAPA 4Y8FA 2CLHA 4K38A 1I2RA 4LRTA 3A5FA 4K8EA 4NJKA 4PC8A 5HUPA 5D30A 3DH7A 2EHHA 5D37A 1SZNA 4D2JA 4DBDA 4L4MA 1F76A 5DN1A 1JR1A 1KM4A 1P0NA 3CQ0A 1F7BA 3B04A 4O1BA 1L6SA 1F6PA 3CEUA 1A50A 4Q32A 3ELFA 3QYQA 3GXPA 5AHIA 1FDZA 4PA8A 3C2RA 1KM5A 2UV8G 1GVQA 2ZRVA 1ZFJA 1S5VA 4AHPA 3W7MA 4O8RA 1QO5A 4QJ1A 3MO7A 3SGUA 3PBWA 3B0UX 1DOSA 1TB3A 1W3IA 3A23A 3LI1A 4O4VA 3BVJA 1GOXA 4DEFA 3TC7A 5D02A 2ISVA 2CLLA 3QPZA 4LWWA 2CLOA 2GJLA 3NL6A 3ABSA 2ZRZA 3TH6A 2A1YA 1FWTA 2FPYA 4CNOA 5HMSA 5FESA 3GXNA 2WSYA 1K7XA 4TMBA 3A22A 2ZTJA 2ZFAA 2A85A 4O0ZA 3B03A 5EA9A 2E6AA 2G97A 1QNVA 4FX6M 1UJPA 4O19A 3KXQA 3MYOA 1TPFA 4FX8A 5I3IA 1SZGA 1J4EA 1W31A 3GKAA 3P5ZA 4OU1A 4YWIA 4KWVA 4E0CA 3MHFA 3G1XA 2ZTKA 2ZA1A 2BWGA 1VCGA 2DZXA 1W5PA 3P8JA 4AWUA 5G1TA 3BO9A 1JRCA 2JKPA 4O57A 5D09A 4RKAA 2AAMA 4TMCA 4NXSA 3HPSA 3BG3A 4AHOA 4O11A 5SWUA 3BLFA 3RU6A 3G1YA 2V8ZA 4RJEA 3W1TA 4ADTA 1T8XA 3P61A 3M5XA 1O5XA 2A7NA 4JICA 2PC4A 4Y90A 3IGSA 2FPTA 3G1FA 2Y7EA 4I9AA 3B8DA 3H54A 1KM2A 3W76A 3MHGA 3L9CA 4Z08A 3NQ8A 3P84A 1K8XA 3E02A 1FXQA 3DKJA 3G8RA 3HO8A 5DXYA 4FB7A 2FB3A 2X30A 1PL9A 3HPXA 4MJZA 4MYAA 3PS7A 1E51A 3DI0A 5LHFA 4J9JA 3P62A 4AHQA 1WBHA 3CC1A 4XKYB 4JTEA 2OMAA 5AHEA 3P82A 3LCWA 2HSAA 3BLEA 5AB3A 3LHYA 4LUJA 2Q8ZA 4KFOA 4WQ6A 2QF7A 3A9IA 3P5YA 4YCPA 1P5BA 3NQMA 3TJXA 4I7VA 1XUUA 4O14A 4LVBA 2A6NA 3TFCA 1VQTA 4WOZA 2RKXA 1EUAA 3C2EA 4BF9A 3W72A 1KM3A 2C14A 1RQEA 4O28A 3L21A 3NYZA 4HSNA 4DBEA 1TPB1 2Q3OA 3QJAA 2B7PA 3W7GA 4JTJA 4DO4A 1DORA 4N6EA 1DQXA 2R8WA 3JR2A 2YR1A 3F4WA 4TU1A 5F2LA 1HO4A 3TXVA 4NX5A 2Y61A 4N6FA 4OV9A 3CU2A 3P60A 5HWMA 3LCLA 2NLIA 5TIMA 2ISWA 4UNKA 3N9SA 3W87A 3BGJA 3OBKA 3T40A 3SI9A 3FKRA 5BMXA 2Z6JA 4UNLA 1G69A 3W84A 1G4EA 1I8JA 1G67A 5KZDA 4YCOA 1SR9A 5LNRA 1ZAJA 5IM51 1ADOA 4WXZA 3SFKA 1PHQA 3R5EA 3YPIA 1OX5A 1DVJA 5KINA 5AFDA 2VFGA 3MYPA 4H3DA 3IVUA 4LS0A 2NXHA 4O18A 4ZQRA 3NQEA 5F2MA 4DPQA 3UPBA 2X1SA 4P61A 2VFFA 3VFLA 4DF0A 4ORIA 2Y63A 4IMFA 2Z1BA 4DO6A 1G4TA 3M5ZA 4AWSA 1IIHA 3GDLA 1KTBA 3T78A 3W7KA 3IGUA 4WY0A 1WYIA 4XBSA 5DY2A 4Z1BA 1PVNA 3PG8A 4KFPA 3UZJA 4QIUA 4LVFA 3IIVA 4XUGA 4BK9A 5EKYA 3C61A 3QRHA 1MEHA 4S2CA 1PHWA 3Q2DA 1KA9F 1O94A 4O1CA 5I3JA 1KFJA 3GAKA 3BG9A 3B0PA 5CZTA 1KTCA 3G18A 1PV8A 5F1UA 4MZYA 1KTNA 4AEOA 1H7WA 3FJ6A 3E96A 1FCBA 3G3MA 3AO0A 2OT1A 1OFBA 1PCWA 2E68A 1LLZA 3H53A 2DZSA 3SSJA 4R53A 3LCIA 4YMZA 2QCNA 3STFA 3PUDA 1H51A 3A24A 3G3DA 3G1VA 2DZVA 3W07A 1DJQA 3GR8A 5KZMA 2E5CA 3EXRA 2DZUA 4MIMA 1VJIA 2YDAA 4NXKA 3O05A 4X9SA 3ABQA 1GPWA 1DQWA 3O16A 2X1TA 3TDFA 1FXPA 4RZ4A 3GLCA 2Y70A 4UFMA 3W85A 1G4SA 2RHGA 2GJNA 2J24A 3HGSA 5CKSA 3W7LA 1GJPA 2X2GA 2HS8A 3W7DA 5DLCA 2B4GA 2P1FA 3IV3A 2V2CA 1OVDA 4L4LA 4N4QA 4UTMA 3CM4A 1I45A 5U4NA 2H90A 3TSMA 4ONVA 1SO4A 1F2JA 4S2BA 3GAYA 4K7YA 1I2NA 5CSSA 4FNRA 1H7OA 1MO0A 1CW2A 2V30A 3O6DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ZOA A;  4ZOC A;  3OU8 A;  1FWD C;  3GG7 A;  4NUW A;  1SSG A;  2OGY A;  3BAW A;  1YEY A;  1IWA A;  4DY1 A;  4DQW A;  4HME A;  4PSP A;  1BGG A;  1U5J A;  1AMY A;  2DIK A;  1KXV A;  3LPF A;  3TFX A;  1XWY A;  3E5B A;  1Q6Q A;  1TVN A;  4RL3 A;  3HG5 A;  5AC5 A;  4X9Y A;  3S9I A;  1POK A;  4Q7N A;  1Q2R A;  3SRD A;  3O06 A;  4ZMG A;  3W70 A;  1QAT A;  4IP5 A;  3UW6 A;  3AXH A;  3VKK A;  4PUK A;  3DEN A;  3S3G A;  5IDZ A;  2OWW A;  3EKG A;  3UD6 A;  5M17 A;  1XC6 A;  1DHP A;  3EDD A;  2FHC A;  3NQB A;  1JUK A;  1IHI A;  1DKW A;  3CQJ A;  2PGW A;  2V68 A;  1GVF A;  3DEQ A;  4TX8 A;  1AQM A;  4OEC A;  2J7B A;  1K1D A;  3NQD A;  1EC7 A;  3TNO A;  3DBN A;  2CBI A;  1X8C A;  3KVJ A;  1EQC A;  5BU9 A;  4O12 A;  1W3K A;  4H9M A;  4WUI A;  3LCG A;  3LQG A;  2BG5 A;  3KZS A;  1P0E A;  3R10 A;  1WAU A;  5K4X A;  1PX4 A;  1SGJ A;  5AC6 A;  4OBR A;  1LG2 A;  1MXG A;  1PYF A;  3NA8 A;  3WL1 A;  3DUG A;  5M1T A;  5I03 A;  1VEP A;  1FDJ A;  5I00 A;  1OHL A;  2GPT A;  4F3H A;  3NG3 A;  3WF4 A;  3O6A A;  2XVK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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