4M1VA

Crystal structure of the ancestral soluble variant of the human phosphate binding protein (hpbp)
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
378
structure length
378
Chain Sequence
ADINGGGATLPQKLYQTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKAAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELSTYASDKEPTWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGTNAVDLSVKELCGVFSGRITDWSGITGSGRSGPIQVVYRSESSGTTELFTRFLNAKCTTETGTFAVTTTFANSYSGGLTPTAGAVAATGSQGVMTALNDTTVAEGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVANGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPVPAAADRTNPDVWVPVFGATTGAGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTTQVRDFFTKHYGTSNNNDAAIEANAFVPLPSNWKAAIRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ancestral mutations as a tool for solubilizing proteins: The case of a hydrophobic phosphate-binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Unidentified prokaryotic organism
molecule keywords Phosphate-binding protein
total genus 118
structure length 378
sequence length 378
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4m1vA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4m1vA01
1UTHB 1P1NA 1MH3A 4X1BA 1R9QA 1ANFA 2DE2A 4JBZA 4YB6A 3ODBA 3C31A 1OQHA 2Q2CA 2XXXA 1B3GA 3CIJA 3RLFE 4LZ7A 1TT1A 5I58A 1MQDA 4F3PA 3RT8A 2RKMA 3V8XB 4HS7A 4I8CA 1MDQA 2DXYA 2H98A 4TQUQ 3DLNA 1SI1A 3MWBA 4XXUA 3C34A 1PBPA 1XS5A 3IAZA 4BDRA 4G68A 3VVDA 5CMBA 2DS9A 4N6PA 2ZXTA 3LSXA 3K01A 3TCHA 1N7WA 4KD5A 5H8FB 5TPAB 1MPDA 2QMWA 4OMBA 4ZE9A 3O28A 1Q1KA 1B7UA 1QUIA 3U1OA 3V5AA 3FIRA 1FTMA 2DOJA 4Q30B 1N3XA 3O9PA 1MM6A 1UTHA 4H8JA 3FXQA 4R6KA 4H65A 2NWJA 2PMSA 1MXZA 1XC1A 4ISUA 3W15C 5H8NA 3K2DA 4C1UA 1LB9A 2F36A 1R6ZA 2ABHA 3IR1A 4FIMA 3U92A 2W7YA 4EXLA 4H8IA 4KI0E 2HEUA 3C33A 4FATA 4MLVA 3VXCA 1FQAA 4F2QA 3DP4A 4X48A 4KFQA 1NL5A 1VFDA 1Y4CA 2DE3A 4LQ5A 5IAIA 4EF2A 3HSTA 3PUWE 2Q8JA 3MVYA 3SEUA 2Y7IA 3PV0E 2E0SA 2VOZA 4R2BA 3T66A 4R73A 3TTMA 1SYHA 1QKAA 1EZ9A 3QXMA 1FQBA 3MP1A 3AXFA 3E9XA 2O7IA 3OMBA 4YAHX 5AA3A 2R6GE 1B6HA 2B3FA 2AIXA 3IJOB 3LBSA 3IOVA 2GHAA 1PB8A 4OEUA 1H45A 3BBRA 1WODA 4IY5A 2OJTA 3VDFA 1N84A 4FEDA 1PC3A 3MBPA 1LFIA 1DPEA 3PPRA 2QS4A 2QL3A 2V3TA 2IA4A 2OWSA 3LSLA 4N13A 1B5HA 4H0WA 3O6IA 1MY2A 3LSWA 4G77A 4RNSA 5H8HA 1A99A 4NF8B 3KN8A 4U4SA 4C0RA 2AL5A 4G8MA 2KLFA 4LZ5A 1MG1A 3TFLA 3OD7A 4M1VA 5BUUA 5EYFA 1Q35A 1LAGE 3EHSA 3VVEA 3B6QA 2CMOA 3OO6A 5KZTA 1B4ZA 2Z23A 3T9VA 4QFOA 2OWTA 3Q29A 4LQ2A 2PVUA 1LAFE 3MC2A 3FVOA 2REGA 3I5OA 3N5LA 5HBCA 1GR2A 3CSGA 3JYRA 3C9HA 2V84A 3UGWA 1YAEA 4R6YA 2WKYA 1MPBA 2X7QA 3EPEA 4Z0IA 1B1XA 3I3VA 3PUYE 4DE8A 2F78A 2NVUB 5TP9A 3IB0A 5I2KA 3KGCA 3TQLA 4U1ZA 3OSRA 2VD3A 4U22A 3H6TA 3KJTA 1GGGA 3TAJA 1B0HA 4U2RA 4PE5B 5I59B 2ESNA 3EF7A 4F1YA 1Y9UA 1OVTA 2E1SA 3SEVA 2F7AA 1P99A 4FECA 4RPNA 4NF8A 3G3HA 1N0TA 2ZYMA 5I57B 4JB7A 3V83A 1Z7NE 2REJA 3C4MA 4N07A 3G3JA 3TQWA 2OK2A 4F22A 3PMVA 4EDPA 2NOOA 5FHMA 4RA1A 1Y1ZA 3S9NC 3ILTB 3EQ1A 3MPLA 1LCTA 3KN3A 3OXNA 2NUVA 4R72A 2DVZA 4KCDA 4GIZA 3T96B 4XIGQ 3SDFA 3UA8A 4NF5B 5B70A 4RK2A 4QFLA 3DP8A 1FTKA 2OZZA 3KN7A 2Z22A 1JVXA 1XVYA 5I84A 3H6UA 2ZNTA 4HTGA 4JSDA 5F1QA 2DYXA 4KHZE 4OXVA 4F1VA 2O1MA 2F6GA 1A54A 1H3DA 4L17A 2DWHA 5I58B 5CC2A 3K1MA 3R6UA 1Y1MA 3N26A 1A8FA 1YPNA 2RCAA 1MM7A 3DP6A 3PD8A 3K1PA 4H5FA 3PPNA 3RUMA 3BKIB 2RF1A 5DVJA 3K6XA 4KPTA 3PD9A 5DEXA 2XXRA 4JWOA 1QJMA 4RXLA 3MZBA 1LGBC 2FYIA 3MZ1A 4ZDMA 1B3FA 1TWYA 5M2VA 4F19A 4G68B 4MH5A 3FASA 2F7CA 1URSA 3MVZA 4RPOA 1B52A 3MP8A 2Y84A 3GBBA 5AA2A 1FQDA 4OFLA 2F35A 2A5TB 3E13X 3Q26A 3BFUA 1BP5A 5ITPA 5KCJA 3SETA 4FAJA 5A5XB 2F5XA 3FV1A 2D21A 5ICQA 3KZGA 3PPQA 1VE4A 1I69A 1XOCA 4DDDA 2Z8FA 4U4XA 4OHNA 5J1DA 2Y7RA 4ESWA 3Q25A 1IIWA 2PYYA 4NWCA 1JETA 3LR1A 2QS1A 3O66A 1A7LA 4ZZAA 1MDP1 1POY1 4LONB 5H8NB 4F3GA 1US4A 4DXCA 5FTIA 3MQ9A 1ZJLA 4GL0A 5H8SA 3A09A 3KJ7A 1F9BA 5CMKA 4UACA 3K4UA 3C32A 1R9LA 1Y3QA 3PGFA 2DP8A 4F2OA 3F11A 4YICA 3IO6A 1B7HA 1M5CA 4FJPA 3L6HA 4OVJA 4YU0A 3FATA 4FE8A 1JW5A 3MAMA 3D4GA 3RNNA 1N3WA 5ITOA 1P1WA 1NH7A 5L9MA 3H7MA 1MPCA 4QFNA 3IB2A 5TU0A 2P0SA 3QUFA 1LB8A 4DXBA 3QAXA 3T93B 2A5TA 3RT6B 3DM0A 4GRKA 4GFRA 1QKBA 3IOUA 3OSQA 5A5XA 2O51A 1YCJA 4KYDA 2Q88A 4IB2A 3VLUA 4GQOA 3UK4A 2O7UA 1LFGA 3SEXA 2XXYA 3T22A 2VGQA 1B5JA 1AL3A 2H9BA 2Y7WA 4ZE8A 3CFXA 4EQ9A 1GTKA 1A55A 4IGTA 2D5WA 1LFHA 3VLWA 3EHTA 2D3IA 4Q5TA 1XVXA 3TTNA 4RK9A 5FHNA 1PBQA 2ZYOA 2XXVA 1MXYA 4BDOA 2XX7A 5CMCA 2XD2A 3B6WA 4EF1A 3OO8A 1BKAA 1ZBMA 1ZTYA 3MJNA 4E0WA 3U94A 5H8HB 3PPOA 5L9OA 1VSOA 3IK6B 3CG3A 4HW8A 2PX1A 2HFBA 1SD3A 4IO5A 3UIFA 1TFDA 3MW0A 1CE2A 4F3SA 2P2AA 3SKPA 3TZAA 5K2YA 4YB5A 3IX1A 1LBCA 5KDTA 3A3UA 3RY3A 2YJPA 3QYTA 4F31B 2RINA 3CG1A 1O7TA 3MVWA 4NF6A 3UN6A 3TCFA 4QF9A 4GXSB 2HZLA 4P0IA 4GLIA 5L8DA 3OO9A 4RJZA 5I2NB 1YTVA 3O6GA 4G8NA 3FVNA 4MLQA 4QSCA 4TLLB 2UXAA 2F34A 5EHSA 4JXIA 4G2ZA 3MPKA 2FNCA 1JQFA 1B1HA 5TP9B 4LA9A 4H67A 1AMFA 5I2KB 3EN3A 3TYHA 5DVFA 3EHUA 1DOTA 4WKMA 1IXCA 3CSBA 3KSXA 5CBRA 5IKBA 2XXHA 4U1OA 1B3EA 4BDMA 4G68C 4GOTA 3PMXA 5CMMA 3PU5A 1WDNA 4KR5A 3MZ9A 1FQFA 4JWXA 3CR9A 2DQVA 1B9JA 4JWYA 2AYSA 3W9VA 1NNFA 1VFEA 2GHBA 3FD3A 1NNKA 1USYE 4LVQA 3WAEA 1N7XA 5FTHA 3KOTA 2BJJX 2UVHA 1DPPA 3HO7A 2QS2A 2F7BA 2R9JA 4EUOA 1M5DA 2XXPA 1S50A 2HZKA 3N6TA 3Q28A 4TOZA 3CFZA 3OEMA 3IB1A 4E0XA 1IXHA 1D3KA 4QFKA 1TXFA 1EU8A 3O6HA 1BIYA 3E4RA 3K00A 5I2NA 3U72A 3OELA 4NF4A 1B58A 4JSOA 3HN0A 4Z7EA 1NH8A 1RYXA 2I48A 4POXA 3O2AA 3GLBA 2VD2A 1UTBA 2QS3A 2THIA 4AB6A 1N04A 4NEDA 5AA2D 1NMUA 3P7IA 1FCKA 1FTJA 1USYH 2XXIA 5DEXB 2H99A 4P0GA 2UVJA 3TDJA 4ZS9A 3K6VA 1II5A 2I0BA 3K6UA 4X1DA 2F97A 2RC7A 2DWIA 4RY1A 4P11A 4ZZEA 5ICTA 4WXJA 4ESXA 3FJMA 5AA2B 3TTLA 1FQEA 4QSEA 2I4CA 3TMGA 2V3UA 2ZNUA 4DIGA 4DCXA 4AQ4A 5AA1A 4MBPA 5KCJB 2Y7PA 4F18A 3VLVA 2V25A 2B65A 3B7DA 1MXUA 3FZVA 2ALUA 2H5YA 1MXXA 1ZMGA 3ECRA 3RTFB 3FXUA 3HHGA 5JEIA 3ONMA 3K02A 1JVYA 4GD5A 4YMBA 1QVSA 1EH3A 3RN8A 1DMBA 1GVCA 1DTZA 3Q27A 4R2FA 3N94A 5JTYA 3VVFA 1N76A 1SI0A 3HHFA 3DELB 1I6BA 1LAXA 1I6QA 1B5IA 1RYOA 1P1UA 4QRZA 3K6WA 4XTCQ 1ZLQA 2AL4A 2QRYA 5K2XA 3U8QA 3W9WA 4EXKA 4ZEFA 3FV2A 1MRPA 3CVGA 3H3GA 1PB9A 1R1NA 3QIMA 1JEVA 1QUJA 4GWOA 5AA4B 1SW4A 1B05A 2GRVA 3S9LC 4KYEA 2GH9A 2Z8DA 3FJ7A 1URDA 1D9YA 4OZ9A 2O6AA 2H4IA 1UQWA 1MQHA 4JDFA 2Q89A 4QSDA 1O63A 3FGSA 3C36A 4O3AA 4YMAA 2ZMBA 3KSJA 3H06B 4F1UA 1Y3PA 1PDAA 1US5A 4Q0CA 3SESA 3ILUB 2I3WA 4ELQA 4YKPA 2GFEA 4OWDA 1H44A 5H8QB 3R7XA 2Z8EA 1IUDA 1WVJA 4ZEBA 4QHQA 4BDQA 4NWDA 2HAUA 1B46A 1OQGA 1XT8A 2QMXA 2FA7A 1IQ7A 1OVBA 2DWJA 2YPNA 4LUBA 4I1DA 3LUYA 4DZ1A 1UIVA 1NNPA 4DLDA 4OETA 3H4ZA 4IO7A 1A8EA 1Y4TA 2O69A 3I6VA 3JZJA 4PFTA 4GXAA 3HPIA 4LATA 1EZPA 2DVCA 5HPQA 4G4PA 5AA4A 5KDTB 1MY4A 4IGRA 1FTLA 2I0CA 3OO7A 1MQGA 4LP2B 3TPAA 4R6HA 4EQBA 3M3KA 3H6VA 3HV1A 2H25A 4NF6B 5LOMA 1B7ZA 2G29A 1LAHE 4X9TA 2HQ0A 3CRBA 2I4BA 1RKMA 2O1LA 3FJGA 3KEIA 4YKJA 4OFJA 3UORA 4YKIA 3G3KA 1URGA 3TKDA 5DVIA 4UA8A 3PUVE 1MQJA 1P1OA 5F7VA 4NMYA 2UVIA 3A3CA 5H8QA 2I6EA 4OESA 1IXGA 3BFTA 3TCGA 4TLMB 4I62A 3T9XB 2XXTA 2Q9TA 3KBRA 2Q2AA 2DE4A 5AE4A 1SQYA 4R74A 5JK4A 3OENA 3L6GA 4FEBA 2M8CA 1DTGA 3S4UA 4OERA 4Q8RA 1LLSA 4PFWA 4G8HA 5DT6A 5BWJA 4O3CA 2ZNSA 1LBBA 5I56B 2XX9A 2F8DA 3V89B 2XHDA 3THIA 4R9FA 1J1NA 2HCAA 4WEPA 3D4CA 4PP0A 1QW0A 4XKRA 3IO4A 1L5TA 2V3QA 1S7YA 2I58A 4XKNA 4O3BA 4EQ7A 1FTOA 1IEJA 1DSNA 1ZU0A 1JEUA 3PUZE 3PPPA 4IY6A 5B7DA 3T9UA 1PB7A 2QPQA 5DTBA 3S2VA 4K3FA 4POWA 2G93A 3QUJA 1MQIA 5EHMA 1POTA 2RC8A 2ONRA 4ONYA 4U23A 5ISUA 3MUQA 1NFTA 3K0VA 1CB6A 2P1SA 4ELPA 1B2HA 3JV9A 4NF4B 4GVOA 1H76A 5H8FA 5TPAA 1HSJA 4KCCA 3CFLA 1Y3NA 3G3GA 1B40A 1OLAA 3PMWA 1UTBB 2B3BA 3N6UA 2QSXA 3VE1B 3S9EA 3MP6A 1ELJA 1SYIA 4MF3A 4PETA 1BLFA 4FORA 2A5SA 4GF8A 3ZSFA 3QSLA 4AB5A 1OIBA 3MVXA 2I49A 1QUKA 2ZYNA 1I6AA 5L9SA 1JW4A 1MY1A 4XKPA 5I56A 1NKXA 2X26A 5CBSA 2DWAA 2RC9A 3VXBA 1MH4A 3G3IA 4C1TA 3ZKLA 2ONKE 4H5GA 1AIVA 1Z7ME 1ATGA 3R26A 1PEBA 1SW5A 4HCWA 2ONSA 4YKKA 1GV8A 1VR5A 4BDNA 1QULA 3ZS6A 1TFAA 4ND9A 4H6DA 3H03A 2XX8A 2HXWA 3IJXB 4RYAA 4OFOA 1SVXB 2VHAA 1OMPA 2ZYKA 1HSEA 4BDLA 2PT1A 2OLBA 2XXQA 1D9VA 3TTKA 1H43A 2PBWA 3VFJA 4OTEA 3TTRA 3UP9A 3SEWA 1ZIUA 1KWHA 3S9MC 3TELA 3T9HB 2X7PA 5CM6A 2LAOA 5JTYB 1NNTA 1MY3A 2DXRA 2YLNA 4OEVA 3RPWA 3B6TA 1MXVA 3RGYA 4OENA 2R71A 3RQTA 3K1NA 3G3FA 3KG2A 3M8UA 4ZEKA 3C35A 2UVGA 1B3LA 3GBAA 1SW2A 1SBPA 2XD3A 1MS7A 3LC8A 4H1XA 4DCYA 3WAFA 2UYFA 4ZECA 3GZGA 1Y20A 3QK6A 4WEDA 3HCQA 3VV5A 4IO4A 1XHYA 2IEEA 4GL8A 4R75A 3O29A 3FUZA 3IOTA 2DSFA 3TUSA 4NE4A 4U21A 4I9DA 1M5EA 4OYVA 2O68A 3OOAA 3KOSA 2PT2A 4LZ8A 1IZ1A 1M5BA 3IOWA 4NTLA 3CI8A 4KYSA 4KQPA 3FXRA 4F39A 4YB7A 1OLCA 2UYEA 1M5FA 2F6PA 3E3KA 4F3BA 5DYHA 1FW0A 2Y7KA 1B32A 1B51A 4ELOA 3PUXE 4IO3A 2VP1A 3M3LA 1JNFA 1A40A 1UIUA 3GXAA 1JW1A 4ZEIA 5CI5A 2OCUA 1ZKBA 3IL1B 1T0KA 5ELVA 1O64A 3O97A 1HSLA 4OQOA 2OBGA 2RCBA 1IXIA 2QJEA 3FVKA 3LSFB 2ANJA 4IO6A 4F29A 1LCFA 4HCYA 5HM4B 4PQJA 4PFYA 1BTJA 2XXWA 4MFIA 5I59A 2CZLA 4ZEDA 5CRYA 3OEKA 3M3FA 5FHOA 3TODA 3SERA 1AOVA 2O84X 4QFPA 3IORA 1AH5A 5I57A 4XKQA 1D4NA 3H6WA 1B0LA 3TEPA 4THIA 4M4GA 1B3HA 3G7WA 3FVGA 3SEYA 1FQCA 2I3VA 2HAVA 1EZOA 4R9GA 1MXWA 3U93A 4IO2A 4ELRA 3RTWB 1S9TA 4DXUA 2XXUA 1B4HA 3ZKKA 2V93A 1IITA 3KFMA 4BLAA 3USDA 1MY0A 1LSTA 4YZZA 2NXOA 1SW1A 4PFUA 1P1QA 4NF5A 1SDXA 4ECFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UTHB 4O7MA 1P1NA 1MH3A 4X1BA 1D9QA 1R9QA 1ANFA 2ZZXA 2DE2A 4JBZA 4YB6A 3ODBA 3C31A 1KZ8A 1YXIA 1OQHA 2Q2CA 2XXXA 1B3GA 3CIJA 3RLFE 4LZ7A 1TT1A 5I58A 1FBEA 4HXVA 1MQDA 4O94A 4F3PA 3RT8A 2RKMA 4P1EA 3V8XB 4HS7A 4I8CA 1MDQA 2DXYA 2H98A 4TQUQ 4PGPA 1FSAA 3DLNA 4QXDA 1NV4A 1SI1A 2CZHA 3MWBA 4XXUA 3C34A 1PBPA 1XS5A 2L5VA 1IMFA 3IAZA 4BDRA 4G68A 3VVDA 5CMBA 2DS9A 4N6PA 4XFEA 2ZXTA 3LSXA 3K01A 3TCHA 1N7WA 4KD5A 5H8FB 5TPAB 1MPDA 2QMWA 4OMBA 4ZE9A 3O28A 4PE3A 3A29A 1Q1KA 1B7UA 1QUIA 3U1OA 4X04A 3V5AA 3FIRA 1FTMA 2DOJA 4Q30B 1N3XA 3O9PA 3FXBA 4MNCA 5I3SA 1MM6A 1UTHA 4H8JA 3FXQA 4R6KA 2PCRA 4H65A 2NWJA 2PMSA 1MXZA 1XC1A 4ISUA 3BIHA 5H8NA 3W15C 3K2DA 3QMFA 4C1UA 1LB9A 2F36A 1R6ZA 2ABHA 5DW8A 5ET8A 3IR1A 4FIMA 3U92A 2W7YA 4MCOA 4EXLA 4H8IA 4KI0E 2HEUA 3C33A 4FATA 4MLVA 4PFIA 3VXCA 1FQAA 4F2QA 3DP4A 2ZZVA 4X48A 4KFQA 1NL5A 1VFDA 1Y4CA 2DE3A 4LQ5A 1NV2A 5I5PA 5IAIA 4EF2A 4GWUA 3HSTA 3PUWE 2Q8JA 1DK4A 3MVYA 3SEUA 2Y7IA 3PV0E 2E0SA 2VOZA 4R2BA 3T66A 4R73A 3TTMA 1SYHA 1QKAA 1EZ9A 5ET7A 2WYPA 3QXMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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