4MFIA

Crystal structure of mycobacterium tuberculosis ugpb
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
403
structure length
403
Chain Sequence
SVKSGSGPIDFWSSHPGQSSAAERELIGRFQDRFPTLSVKLIDAGKDYDEVAQKFNAALIGTDVPDVVLLDDRWWFHFALSGVLTALDDLFGQVGVDTTDYVDSLLADYEFNGRHYAVPYARSTPLFYYNKAAWQQAGLPDRGPQSWSEFDEWGPELQRVVGAGRSAHGWANADLISWTFQGPNWAFGGAYSDKWTLTLTEPATIAAGNFYRNSIHGKGYAAVANDIANEFATGILASAVASTGSLAGITASARFDFGAAPLPTGPDAAPACPTGGAGLAIPAKLSEERKVNALKFIAFVTNPTNTAYFSQQTGYLPVRKSAVDDASERHYLADNPRARVALDQLPHTRTQDYARVFLPGGDRIISAGLESIGLRGADVTKTFTNIQKRLQVILDRQIMRKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural analysis of Mycobacterium tuberculosis ATP-binding cassette transporter subunit UgpB reveals specificity for glycerophosphocholine
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule keywords Sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding pr
total genus 147
structure length 403
sequence length 403
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mfiA00
1WDNA 1I6AA 3EF7A 3MUQA 3H4ZA 3IO4A 4UACA 4DXCA 2OCUA 2ALUA 3PUYE 1M5BA 2BJJX 2R6GE 1XVYA 1NFTA 3RT8A 3Q28A 2PT1A 4YU0A 3BKIB 4G77A 4U1ZA 5ITPA 4U4XA 1IITA 4JWYA 3SEXA 1B40A 2OZZA 3BBRA 1BTJA 1P1NA 3QAXA 2I0BA 3VLUA 4QRZA 1B9JA 1B0HA 2VGQA 1JW1A 1B1XA 1EZ9A 3JYRA 4RJZA 4JSOA 2CMOA 1B1HA 4KI0E 4ZZAA 4EF2A 1ZTYA 2RC9A 1BIYA 3PD9A 5CRYA 1XOCA 3H6WA 3VE1B 2O84X 1UTBA 3M3LA 3PU5A 3GBBA 3OELA 4OENA 4F1VA 4R72A 4X1BA 4C0RA 2PBWA 4U4SA 2HAUA 1MQHA 4GL8A 4NEDA 4G8HA 1Y3PA 3MZ9A 1UTHA 3K6WA 1YPNA 3UIFA 1N3XA 3P7IA 3A3UA 2HZKA 2I3VA 4MBPA 4NF5A 1PB7A 1SBPA 1D9VA 4FE8A 3USDA 1UTBB 3D4CA 1Y1MA 3RT6B 1B4ZA 4OEVA 4F31B 5CMCA 2Q2CA 3WAEA 3MPLA 5DEXB 1UTHB 2YJPA 2P2AA 1ZMGA 4PQJA 3VLVA 4QHQA 3TDJA 4NF5B 3S9NC 1H76A 2V3TA 4PFTA 1N76A 3OSQA 3SDFA 4Z0IA 1PC3A 2V3UA 3G3FA 3FIRA 2Z8FA 4H8IA 1TXFA 1M5DA 3O66A 5H8HA 2QS2A 3U92A 3H03A 2XXVA 4POXA 3IJOB 3VVFA 3PMWA 1DTGA 5IKBA 1MXZA 1XS5A 1Z7NE 2Z22A 4ZZEA 2QSXA 4YKJA 4H0WA 3OXNA 4TLLB 1VSOA 3OD7A 5AA4A 4N07A 5H8HB 3FV1A 2RCAA 4Z7EA 2PT2A 2PX1A 4YAHX 2O51A 3RQTA 1I6QA 4AB5A 4F18A 3HV1A 1B3GA 3ZS6A 1SI0A 3FVNA 2XD3A 3CVGA 1YTVA 4HW8A 3DP6A 2ZYNA 4RA1A 3TCFA 4RK2A 5AA4B 4F3GA 3I3VA 2XXIA 1OMPA 2B65A 3A3CA 4LZ5A 4L17A 3CRBA 1Q1KA 3FVKA 5H8QA 4ELOA 3JV9A 4GL0A 3DLNA 5KDTA 4O3AA 2RC8A 4Q8RA 4OESA 3S9EA 4OMBA 4M4GA 3T96B 2FNCA 2R71A 1MXUA 1DPEA 4GXSB 1FTOA 2DS9A 2VOZA 3KSJA 1EZPA 3S4UA 5H8QB 4ZEFA 2UXAA 1MXVA 2A5TA 4AQ4A 3EN3A 3ONMA 3K01A 1SQYA 4U21A 2ZNTA 3KJ7A 2F7BA 4QFOA 4G68B 1FTLA 3PV0E 4YKIA 3VXBA 4F1UA 2Y7IA 4FEDA 1SW2A 4IO2A 3TYHA 1SW5A 1VFEA 3LSWA 3UORA 1JVXA 4FEBA 1I6BA 1MY3A 1ZIUA 5TU0A 2ANJA 2I58A 2F36A 5L9SA 2ABHA 3V5AA 2VD3A 4OETA 5JEIA 2UYEA 3OO8A 1OIBA 3QYTA 2XXHA 1MPBA 1TFDA 2AIXA 4HCWA 2ESNA 4XTCQ 5K2YA 4ZE9A 1ZU0A 4G8MA 3MP8A 1S9TA 3DP8A 4QFKA 4ECFA 1TWYA 4IGRA 3MVYA 3C35A 1FQBA 2O68A 1XC1A 1NKXA 3VLWA 1OQHA 2UVHA 4OZ9A 2D5WA 2AYSA 2DE3A 5KZTA 4LP2B 3IX1A 3KOTA 3H6VA 4FIMA 3TODA 2HZLA 2RCBA 1FQAA 3O6GA 4XKQA 2F6PA 1P1WA 1XVXA 3KN7A 1QVSA 4YICA 1CB6A 4O3CA 3TKDA 4R9FA 2F97A 3T9VA 3LR1A 3SEVA 2ZMBA 1M5EA 1MH3A 2DWHA 1MRPA 1H45A 3RTWB 1NNPA 3UP9A 2HEUA 4H5FA 3EPEA 3H6UA 5A5XA 3KN8A 1B3HA 4BDOA 3C4MA 4OVJA 1B7ZA 4DDDA 3U93A 2OWTA 1PB8A 3K1MA 2DWJA 2Y7RA 2Y7PA 5FTIA 1A54A 3RY3A 5A5XB 2OK2A 4PP0A 2I48A 1JETA 4U22A 1RYOA 1SW4A 2X7QA 4NWDA 5BWJA 4NMYA 4KFQA 2OWSA 1O64A 4MFIA 1H3DA 3KSXA 1WODA 2QMWA 3VV5A 4H65A 4FORA 3HPIA 3CIJA 3HHGA 2DXRA 1M5CA 3FXRA 4DE8A 3KGCA 1QW0A 4BDLA 1B46A 4BLAA 1MY1A 4EF1A 1PEBA 5L9OA 3K02A 4F22A 5FHMA 5AA2D 1LLSA 4JB7A 3U8QA 3WAFA 2B3FA 2X26A 3GBAA 4OYVA 4GFRA 1TFAA 2Z8DA 4I62A 3IAZA 1MDQA 1B7UA 2V25A 5AE4A 1N7WA 2I3WA 1GVCA 4RY1A 2F7CA 3O6IA 4IB2A 4DCXA 1USYE 1MM6A 2I0CA 3N6TA 2H4IA 1QJMA 1US5A 2HQ0A 2ONRA 3PUXE 3LUYA 4ZDMA 3DM0A 3LSLA 5CMBA 3IB2A 3MZBA 4WKMA 1SYHA 4R6HA 3IB0A 1LFIA 3SERA 1YCJA 4YZZA 1R1NA 3B6WA 3K2DA 1JVYA 4MLVA 4PFUA 1KWHA 3Q25A 1SDXA 1PDAA 2H98A 2DQVA 1AOVA 4OHNA 2NWJA 3HO7A 1Q35A 3R7XA 3TTRA 1JEVA 4H8JA 5DVFA 1HSLA 5I2KA 5FHNA 3RUMA 1JEUA 3PMVA 3O28A 3FVGA 3UK4A 1URSA 4XKNA 1LSTA 3FJGA 2ZNSA 2OBGA 2QPQA 1N84A 3ILTB 1P1UA 1MXYA 3SKPA 4NE4A 3PPNA 1Y3QA 1A55A 3FZVA 1B6HA 1FW0A 5I2KB 2ZXTA 3T9HB 2F8DA 2Z8EA 3KG2A 1LFHA 4G8NA 2UYFA 1Y4TA 4GF8A 1VR5A 1O63A 2I6EA 3R6UA 4FAJA 3FASA 1ZBMA 3PPOA 3BFUA 1EH3A 1IXHA 1CE2A 2VD2A 3T93B 4F2OA 2NOOA 4KYSA 4KPTA 3IOTA 4UA8A 4BDRA 4WXJA 3Q29A 4F39A 4XXUA 1OVBA 3CR9A 2B3BA 3OO7A 3O6HA 3DELB 1MDP1 5J1DA 1S50A 3W9VA 3IOUA 4BDNA 1F9BA 1US4A 4N13A 3UN6A 1B3EA 5B70A 3EHUA 2Y84A 1MQDA 2GHBA 4ELRA 1B32A 4NF4A 4OWDA 3QUFA 1LBCA 1XHYA 4KCDA 2AL5A 1ELJA 5HBCA 4M1VA 2XXTA 3PUWE 3FJMA 2GFEA 4IY5A 3G7WA 1B3LA 1MY4A 4E0WA 5I57A 4OEUA 4OFLA 4U1OA 1NNKA 2XX8A 1DOTA 5KCJA 3MVXA 4IGTA 3FD3A 2NVUB 1R6ZA 4JBZA 4I9DA 3EQ1A 2QJEA 3U94A 2REJA 2Q9TA 4YB7A 2I49A 3IO6A 4HCYA 5I57B 1FQCA 5ISUA 2ZYOA 4KQPA 4KCCA 3QK6A 2XXXA 3M3KA 2F78A 5KCJB 1D9YA 2DWAA 4ELPA 1P1OA 1A8FA 4GQOA 4F1YA 1OVTA 3IOWA 2RF1A 1SD3A 3K6XA 4BDQA 4ZEKA 4Q5TA 3CFZA 2YLNA 4OERA 1LAFE 1A40A 5KDTB 2KLFA 3E13X 2OLBA 4R6KA 1M5FA 1GTKA 3LC8A 4QSCA 4ESXA 4PE5B 3SEYA 1XT8A 1POTA 4FATA 3G3KA 5I58A 3N6UA 3OO6A 2G29A 2R9JA 3AXFA 1FTKA 4Q0CA 5H8FA 2Q89A 3FV2A 3VVDA 3HCQA 4F3SA 2A5TB 2H99A 3F11A 3IJXB 2F34A 3C36A 4LQ5A 1UIVA 2DVZA 1BP5A 4LUBA 5I58B 4YKKA 2O1MA 2QS4A 5L8DA 5H8FB 1NL5A 5ICTA 4EXLA 1LB8A 3OO9A 1GGGA 2DE4A 2HFBA 3TAJA 2F6GA 2F5XA 5K2XA 3KJTA 2Y7KA 2ONKE 4K3FA 4YB5A 3B7DA 4DXUA 1A8EA 3Q27A 5HM4B 3MW0A 4DXBA 2DOJA 3W9WA 1URDA 3MVZA 4R74A 5TPAA 4H6DA 1QKBA 2GHAA 4PFYA 4RPNA 4GVOA 1PBQA 2WKYA 1RYXA 4RXLA 2RC7A 4R2BA 1Z7ME 5CBRA 1QKAA 2V84A 1LB9A 5TPAB 4LA9A 1Y9UA 3T9XB 1MY2A 3SEUA 4H5GA 4LONB 4KYEA 1L5TA 1N04A 3CSGA 4XKRA 2O7IA 1AL3A 4G4PA 1IEJA 4IO6A 3V8XB 1B7HA 4GIZA 3FXUA 2QRYA 1N0TA 4ESWA 5I56A 3V89B 2H25A 3L6GA 2CZLA 2RINA 3GZGA 3KFMA 2AL4A 3S2VA 1B5IA 4ND9A 1NNFA 5CMKA 1IUDA 1MQJA 4NTLA 1J1NA 3L6HA 4JWXA 3FVOA 1FQEA 4LVQA 5I2NA 3O9PA 3TTNA 4NWCA 5I56B 1ANFA 2THIA 5DT6A 3MJNA 3H6TA 3ZKLA 3RPWA 4RYAA 3PPQA 1FQDA 5L9MA 3CG1A 2DWIA 3IORA 2FYIA 4IO5A 1QUIA 3BFTA 4F29A 5AA1A 4FJPA 5FHOA 3B6TA 3G3GA 4BDMA 2E0SA 2ONSA 3C32A 2Q88A 4TQUQ 1LAGE 1YAEA 2A5SA 4GOTA 1TT1A 2IEEA 1SYIA 2I4CA 3T9UA 4LATA 3THIA 3KZGA 1SW1A 3QSLA 1IXIA 1Y4CA 4OFOA 3ZKKA 1VE4A 5TP9A 3M3FA 4ONYA 4ZEDA 4HS7A 4EXKA 5ICQA 1NMUA 1OQGA 3KN3A 4IO4A 4NF8A 4IO3A 3OENA 4QSEA 4EQ7A 1QULA 4XIGQ 4KYDA 3IB1A 1Y20A 1AMFA 5EHMA 4LZ7A 4THIA 4DZ1A 5TP9B 2Y7WA 1POY1 3LSXA 2UVIA 1A99A 3TTMA 4HTGA 3TTKA 4NF8B 1R9LA 2O69A 4GLIA 2D21A 4QSDA 3PPRA 2XXPA 4MF3A 3H3GA 3K6UA 4I1DA 2Z23A 3OSRA 1QUJA 2ZYKA 2RKMA 5M2VA 4YB6A 1P1QA 3PMXA 1B2HA 4OFJA 5F7VA 1DMBA 2QS1A 3OEKA 4EDPA 4R2FA 4TOZA 1B5HA 4QFLA 3CFXA 1FTJA 5CC2A 4E0XA 2QL3A 1GV8A 1NH8A 2NUVA 4POWA 2QS3A 3N5LA 1BKAA 2P0SA 2PMSA 5DVJA 5IAIA 4NF6A 2V3QA 3SETA 1NH7A 4R75A 1LGBC 5DEXA 2GH9A 3TCGA 1B52A 2XX7A 3C31A 2HCAA 4YMAA 2DE2A 3KEIA 3JZJA 3R26A 1B5JA 2O7UA 3EHSA 3ILUB 5AA3A 3FXQA 3S9LC 2HAVA 3PGFA 5H8NA 1RKMA 4G68C 1BLFA 3A09A 3QXMA 4NF6B 3K1NA 1URGA 4U23A 3UA8A 5BUUA 2IA4A 3PUZE 1LAHE 1MG1A 4F2QA 3O2AA 4YMBA 3C9HA 2XXYA 1PBPA 3OEMA 3TCHA 1VFDA 1B0LA 5H8NB 3B6QA 2G93A 1H44A 3Q26A 3TEPA 2LAOA 4XKPA 5ITOA 1UIUA 4TLMB 4H67A 1I69A 2M8CA 4NF4B 2XXQA 3TUSA 1IXCA 1EZOA 4Q30B 1OLAA 4ZEIA 5I84A 3N94A 3W15C 5CM6A 1JQFA 4X48A 3H7MA 1A7LA 1N3WA 1II5A 3PPPA 2VHAA 1JW4A 2DP8A 3SESA 4C1UA 4LQ2A 4YKPA 1LAXA 1MXXA 4N6PA 3TQWA 4EQ9A 3N26A 1WVJA 3DP4A 3T66A 4ELQA 4ISUA 1MXWA 3VFJA 3G3IA 1LCFA 1D3KA 4FECA 3KOSA 3IR1A 4P0GA 2Q8JA 3RTFB 1S7YA 2H5YA 3IL1B 3U72A 2DSFA 3TELA 5B7DA 4OXVA 3I6VA 2Q2AA 1DPPA 1MY0A 3PD8A 3K1PA 4LZ8A 4KD5A 4O3BA 4R73A 3TMGA 2XX9A 4C1TA 3O29A 4JXIA 4WEDA 4H1XA 2HXWA 3QIMA 5CI5A 3UGWA 2O1LA 5JK4A 3CI8A 4R6YA 4ZEBA 1IZ1A 3V83A 2H9BA 4G68A 3PUVE 4OQOA 3FJ7A 1MH4A 1FCKA 1FQFA 1MQIA 5HPQA 1R9QA 4KR5A 1N7XA 3S9MC 4KHZE 2DVCA 3VDFA 1JNFA 3FATA 2VP1A 2OJTA 4DIGA 3ZSFA 2XXUA 5AA2A 4OTEA 3MQ9A 2XXRA 5CMMA 4RNSA 1IXGA 1LFGA 5F1QA 2UVJA 4ZS9A 3TTLA 5DVIA 4WEPA 3C34A 1DSNA 3RN8A 1LCTA 5FTHA 4GD5A 3HHFA 4ZECA 5AA2B 3RGYA 3LSFB 1H43A 1MPDA 1T0KA 5DYHA 3TFLA 4RPOA 4IY6A 3K4UA 4GRKA 4RK9A 1B58A 4F3BA 2UVGA 3HSTA 3E4RA 4DLDA 1ZJLA 4QFPA 4ZE8A 3MBPA 3O97A 4U2RA 2XXWA 2PYYA 2FA7A 3E3KA 1ZLQA 3C33A 3GXAA 4QFNA 4F19A 2GRVA 1Y3NA 4DCYA 3MWBA 4I8CA 1UQWA 2XHDA 3MZ1A 3LBSA 3MP1A 3HN0A 2PVUA 3I5OA 4P0IA 1AH5A 2D3IA 1HSEA 3H06B 1FTMA 4X9TA 4G2ZA 4PFWA 3FUZA 3OOAA 2W7YA 3G3HA 1B51A 4R9GA 1HSJA 4GWOA 5EYFA 5JTYA 2XD2A 1B3FA 1PB9A 3K6VA 3GLBA 1ZKBA 3EHTA 1OLCA 3MC2A 3ECRA 4AB6A 2I4BA 1LBBA 3VXCA 3K0VA 1D4NA 3OMBA 3CG3A 3RNNA 4PETA 4QF9A 3MP6A 5JTYB 1B05A 3K00A 5ELVA 5DTBA 3SEWA 4JDFA 3VVEA 4EQBA 4GXAA 3TQLA 2ZYMA 1SI1A 4EUOA 4MLQA 1NNTA 2P1SA 2REGA 5LOMA 1JW5A 1ATGA 2V93A 3QUJA 1MS7A 4JWOA 3T22A 3MPKA 1O7TA 4X1DA 5CBSA 3TPAA 4IO7A 3MAMA 4F3PA 3D4GA 5I2NB 3IK6B 2X7PA 1AIVA 3TZAA 5I59A 2YPNA 3M8UA 5EHSA 3FGSA 3KBRA 1EU8A 1P99A 2DXYA 4JSDA 1IQ7A 3G3JA 3U1OA 5H8SA 1B4HA 4MH5A 3CFLA 2DYXA 2NXOA 2QMXA 1USYH 5I59B 4P11A 1DTZA 3RLFE 3IOVA 2E1SA 1MPCA 2ZNUA 1MM7A 1IIWA 1Y1ZA 2F7AA 3ODBA 2O6AA 2F35A 1QUKA 3CSBA 3MVWA 1MQGA 1SVXB 1GR2A 3E9XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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