The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
205
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structure length |
199
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Chain Sequence |
MSWRHIRAEGLDSSYTVLFGKAEADEIFQELEKEVEYFTGALARVQVFGKWHSVPAKQATYGDAGLTYTFSGLTLSPKPWIPVLERIRDHVSGVTGQTFNFVLINRYKDGSDHICEHRDDERELASPIASVSFGASRDFVFRHKDSPSRRVAVVRLPLAHGSLLMMNHPTNTHWYHSLPVRKKVLAPRVNLTFRKILLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase/dna
|
| molecule keywords |
Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 2
|
| publication title |
The complex structures of ALKBH2 mutants cross-linked to
dsDNA reveal the conformational swing of β-hairpin
doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
50
|
| structure length |
199
|
| sequence length |
205
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| ec nomenclature |
ec
1.14.11.33: DNA oxidative demethylase. |
| pdb deposition date | 2013-08-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13532 | 2OG-FeII_Oxy_2 | 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4IDZ A; 3I49 A; 4IE7 A; 4NIG A; 4O61 A; 3RZH A; 3BI3 A; 3RZL A; 2FD8 A; 4CXY A; 2FDI A; 4ZS3 A; 2FDJ A; 2FDH A; 4QKB A; 4JHT A; 3H8O A; 3O1S A; 4QKF A; 4QKN A; 4NPL A; 3BUC A; 3I3Q A; 3O1P A; 3RZM A; 3BIE A; 4CXX A; 3RZJ A; 3T4V A; 3BU0 A; 3H8R A; 3I3M A; 4NPM A; 4ZHN A; 4IE0 A; 2IUW A; 4OCT A; 4NII A; 3O1R A; 3RZK A; 3BTX A; 3T4H B; 3O1O A; 4RFR B; 4MGT A; 3O1U A; 4CXW A; 4NIH A; 3BKZ A; 4NRO A; 4NRM A; 3S5A A; 4IE5 A; 3T3Y A; 2FDF A; 3I2O A; 5DAB A; 5F8P A; 3H8X A; 3LFM A; 4ZS2 A; 4O7X A; 3BTZ A; 3KHB A; 4IE4 A; 3BTY A; 4NID A; 4IE6 A; 4NRQ A; 3O1M A; 4QHO A; 3KHC A; 4NRP A; 3O1V A; 3RZG A; 4QKD A; 2FDG A; 3S57 A; 2FDK A; 4MG2 A; 3O1T A; 4NJ4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5LBB A; 1MS3 A; 2A1X A; 1GNH A; 3B9I A; 5A7S A; 3AL5 A; 3PNA A; 2W95 A; 1OA3 A; 3C7E A; 4HK9 A; 5FZD A; 5GLV A; 4Q0Q A; 1I9R A; 2WLP A; 5J3U A; 4BM8 A; 1XE8 A; 1JMU B; 2FD8 A; 4DIN B; 5DZG A; 3NAP C; 3PVO A; 5JMO A; 5A3U A; 1W6N B; 2UWA A; 5T54 A; 2WNE A; 3D4K A; 4JHT A; 4EZH A; 2RV9 A; 4E27 A; 4NN0 A; 3WNX A; 2ZJC A; 4CP1 A; 4NPL A; 3WG3 A; 1RUH 2; 2AYH A; 4ISR A; 4DEQ A; 2QVS B; 3BOP A; 3CBN A; 5GAL A; 3BCW A; 3IAP A; 2PHL A; 1JUI A; 1L3J A; 4FOV A; 2XDV A; 2P3J A; 1GSL A; 3FL7 A; 5DG1 A; 4IEV A; 1D4M 2; 4H2A A; 3RMX A; 1KEX A; 4LO6 B; 2JE8 A; 1RUO A; 4QPG B; 3VBH C; 4R4X A; 1W06 A; 3LQC A; 2YUE A; 4AFD A; 1UCX A; 3T1L A; 1XQN A; 2C9K A; 4NPM A; 2JDM A; 3QH6 A; 2W2I A; 3FZ3 A; 4XJ8 A; 5F3G A; 2ZHL A; 3D0J A; 3B01 A; 3WOG A; 3BPZ A; 5FZ0 A; 1JXN A; 1TMF 2; 2WR9 A; 2DWR A; 3IWZ A; 4L2N A; 4YLZ A; 5FZI A; 4LKD A; 4CPB A; 1LCL A; 1QJF A; 4D6S A; 4EV0 A; 4Y5S A; 4CCL A; 3AYA A; 4CP9 A; 3KWV A; 2A70 A; 1WD3 A; 3OUJ A; 2ES3 A; 3ITQ A; 1EP0 A; 4WBB A; 4CDW B; 2KD7 A; 4V2W A; 1HB4 A; 2XLA A; 2QQI A; 3BIW E; 2RG4 A; 4XFH A; 1D4V B; 1O5L A; 4YVW C; 5DZF A; 4M3C A; 4YVS A; 1GOF A; 1KXG A; 4JTN A; 4ATE A; 3VBF A; 4UT5 A; 4RL7 A; 4OHY A; 2WO2 A; 3C7H A; 4GJZ A; 4XCB A; 1R09 3; 1N3O A; 2Y34 A; 1NA1 C; 3N7M A; 5FY8 A; 3VN4 A; 4DZG A; 5EXO A; 3AP4 A; 3SMH A; 4NHM A; 4BLI A; 5BYN A; 5FYB A; 3IBM A; 3LFM A; 1ENX A; 3VBO A; 1V6O A; 3POG A; 5HI0 A; 3GYD A; 1W8Z A; 2TNF A; 3KVA A; 3F95 A; 4GKY A; 4KWL A; 3UT0 A; 1PM7 A; 5JXG A; 1AX0 A; 1QDO A; 4GIQ A; 1MS1 A; 5JIA A; 3GCW A; 2W5F A; 4BDV B; 2EID A; 3AVS A; 3GJA A; 2VXR A; 4I3G A; 5BNO C; 1JUH A; 3ZM8 A; 1J1T A; 4J1W A; 4BIF A; 4E2Q A; 4RHV 1; 3W5M A; 4YZ2 A; 3GM8 A; 2W46 A; 2OA2 A; 3N35 A; 4FAH A; 1E5R A; 1SFP A; 4LE3 A; 1I3H A; 4MET A; 4DUW A; 2XBO 2; 4IXL A; 4LLF A; 5G04 L; 1AL2 1; 1AX2 A; 1PZ9 A; 3TEZ A; 2W87 A; 3S30 A; 4MHR A; 1W6P B; 2GN3 A; 4AHX A; 5K7P A; 5JOY A; 3FFZ A; 1C28 A; 1A8D A; 1E5H A; 3INA A; 4NUB A; 2E6V A; 1MQT C; 2ZGS A; 4UFH A; 4Y20 A; 4RHV 3; 4IV1 B; 3D3A A; 2EAA A; 1H8T C; 1QJX 1; 1OUX A; 5SV8 A; 1ZRR A; 1GIC A; 1ULP A; 1GZW A; 2VG9 A; 2WN2 A; 4JGY C; 4CDU B; 3RVH A; 4E2S A; 4MO3 M; 4DEV A; 3VDD A; 1H6Y A; 4BMB A; 4PDW B; 2Y33 A; 1IPS A; 1JTZ X; 5LA2 A; 1GNY A; 3M3E A; 3USS A; 4FSJ A; 4CP2 A; 3HEI A; 5DZE A; 5FXX A; 4AI3 A; 3RZL A; 3AMQ A; 3K48 A; 5EYY A; 1BYH A; 3ZPY A; 2VZT A; 2XQR A; 3ACH A; 5B4X A; 1BCX A; 2WWU A; 4BZ4 A; 3B5L B; 1YQ8 A; 3R4D B; 3ZN4 A; 1QJX 3; 3N9Q A; 2ID4 A; 1A78 A; 2R30 A; 2HWB 1; 4GKX A; 4ZON A; 3SEE A; 3NQH A; 4GWI A; 3ZR5 A; 2TEP A; 4QKN A; 4CSW A; 1BQP A; 1VLN A; 3MO4 A; 3MHZ A; 4QHZ A; 3WG2 A; 2P4E A; 3UV9 A; 4IL7 A; 2ZX2 A; 4LTA A; 5L7O A; 2BPA 2; 2P2K A; 4WVV A; 3LA2 A; 4AI9 A; 4JCK A; 3VD7 A; 1TNF A; 2P6H A; 4QQH A; 3ZYF A; 2PLV 3; 3J9S A; 4S2H A; 2IUW A; 1US3 A; 2E63 A; 2SLI A; 2WNU A; 2X8K A; 3POW A; 2IXK A; 4OYU A; 1UKG A; 4QXB A; 3PUR A; 1RUG 1; 2O8O A; 4CRQ A; 2VUC A; 1LOE A; 1N1T A; 4YRD A; 1CAX A; 3CL1 A; 3T1M A; 1ZYB A; 3QCW A; 4LBQ A; 4LHL A; 3BVC A; 3LAG A; 3ZSE A; 3ZN5 A; 4ES8 A; 2WZP P; 2QTW B; 4A44 A; 1W28 A; 3PL0 A; 2BBV A; 3E6B A; 2D6P A; 1UYX A; 2BEO A; 2Q8E A; 3I2J A; 2UWC A; 1QJY 1; 1RUG 3; 5DDJ 2; 1RUH 3; 2BUK A; 1Z7S 1; 2D6L X; 1KRI A; 4NR1 A; 3C3V A; 1Y9G A; 2YG0 A; 3DPR A; 1DDL A; 2QQL A; 4B7K A; 4RD7 A; 5FZ9 A; 3J26 N; 1XND A; 3J7M A; 2W91 A; 3PVE A; 5DAB A; 1W6Q B; 1DYO A; 5E6H A; 5FPA A; 1ND2 B; 1OLM A; 2F4P A; 3AZZ A; 2J1A A; 1TVG A; 3DCQ A; 3FFQ A; 3GNE A; 2VZO A; 4FO9 A; 3WY6 A; 4CEY C; 4CU6 A; 1XXN A; 4YPJ A; 3KHB A; 1QJY 3; 3LD8 A; 1MPX A; 1Z7S 3; 2PXJ A; 4UFL A; 4FI9 A; 1SFN A; 3ZFE B; 5KXE A; 1UPS A; 2X09 A; 2HWC 1; 4BYY A; 4B4Q A; 3OGG A; 3KCY A; 3KMH A; 3PUH A; 1OH4 A; 1QWR A; 3CJX A; 1LHU A; 3HNM A; 3ON7 A; 3ZFF A; 1O6U A; 4YGD A; 1HV1 A; 5J48 A; 2A6W A; 4IER A; 4FPF A; 2Q1F A; 4YM0 A; 4N7U A; 1S0I A; 3RZG A; 2E7Q A; 1AYM 2; 3BOD A; 4S2D A; 4XPV A; 1Z0H A; 5FXW A; 1OUS A; 4K7J A; 2FCT A; 4WZF A; 2WT0 A; 4P9J A; 4O65 A; 2AH2 A; 4LNV A; 2ARC A; 4JGZ C; 3MF9 A; 3VBR C; 4UW5 A; 2WA3 A; 1PO1 1; 2CAV A; 2ZGT A; 1DGR A; 1F31 A; 3OGS A; 1A6C A; 1W9T A; 3FJS A; 4LIV A; 5FMO S; 4Q4X 1; 5C8C B; 4IUG A; 3VHN A; 3RYP A; 2YC2 A; 5FZK A; 5B4N A; 1SLL A; 1UY0 A; 3MIG A; 4TN7 A; 4P5H A; 1FPN 2; 1C8M 3; 2WNV B; 1J84 A; 3ROU A; 4MXW A; 3UL2 A; 4P9L A; 5JUV A; 3SLI A; 3A0N A; 1PO1 3; 2Y6J A; 3ZFG C; 2XJR A; 1XU2 A; 5HV0 A; 5FZO B; 1B35 A; 3CLP A; 5FZE A; 3VZM A; 1UYZ A; 1AR7 1; 2PAK A; 2VZV A; 2B4K A; 4J25 A; 4OMC A; 5KXB A; 1CPN A; 4QDQ A; 4F3J A; 4OQ9 A; 4YGC A; 3HPN A; 2GNT A; 1O91 A; 4JKL A; 4LBK A; 5FZG A; 3TNQ A; 3WT3 A; 3QH7 A; 4Y1X A; 2ZEY A; 2JB8 A; 3ZYI B; 3ETQ A; 4LOS A; 2J1U A; 1XSR A; 1QOT A; 2Y6H A; 2JDZ A; 1E5I A; 3HQU A; 5DG2 A; 5A6X A; 3NAP A; 3BN6 A; 4HL0 A; 2GSY A; 2VW0 A; 5LEK A; 3H8U A; 2LUW A; 5F37 A; 3BU0 A; 4CU9 A; 1GQH A; 1DG6 A; 1W0P A; 3I3B A; 5FPL A; 1MZ6 A; 4OVE A; 5JAX A; 3I3M A; 3CEW A; 1YQ6 A; 3C2U A; 1IGO A; 1ND3 C; 1CPM A; 1U5Y A; 2OUJ A; 2JJ6 A; 5DUW A; 1QMJ A; 4K8F A; 3ZXF A; 4Y4Y A; 3ST7 A; 4E8D A; 3KSC A; 2RVA A; 3HBZ A; 4OZO A; 3RSJ A; 1RED A; 3NVC A; 2PEL A; 3AZV A; 1V70 A; 1H9P A; 4MGT A; 2WO3 A; 3AZW A; 3VBH A; 4AFB A; 1VBC 2; 4XFF A; 1H2M A; 1H2N A; 3FHI B; 4Z1V A; 3OGR A; 1SAC A; 3E1F 1; 5FBJ A; 3WP3 A; 3WLU A; 1DGW A; 1NLS A; 1ENS A; 1OSG A; 1GZC A; 2VVE A; 2OVU A; 3IPV B; 4AED B; 2VJX A; 1N47 A; 1N1S A; 1PK6 C; 2ET1 A; 4I30 A; 4FFI A; 4Q2F A; 5F6K A; 3TEX A; 1COV 2; 1VPH A; 4JZR A; 4LO8 A; 1J1L A; 2VME A; 4MUV A; 2LRP A; 3B69 A; 5I0R A; 4JVA A; 3UKT A; 2RM2 2; 2ADE A; 1HV0 A; 5CG8 A; 1P8J A; 1E5S A; 2CL2 A; 2CDP A; 2CGN A; 4D6R A; 1XB9 A; 3ASI A; 3MZH A; 1EAH 2; 1L7R A; 2EIB A; 3HN3 A; 4YVW A; 4Y1Y A; 1RUD 1; 1DQ6 A; 4G3Y C; 5CA6 A; 5JOZ A; 4WM7 C; 3WF4 A; 2TBV A; 4IEX A; 1ONA A; 2VXJ A; 3VBS B; 2CSG A; 5FY7 A; 5FLJ A; 1VJ2 A; 1YI7 A; 2A3X A; 1UQX A; 1DQ5 A; 1H1M A; 4L8Q A; 1H6X A; 1NA1 A; 3FLP A; 2DCJ A; 2HWE 2; 4NRQ A; 5FTT C; 2Y8K A; 1BEV 2; 2ENR A; 4KBZ A; 3KHC A; 3G7D A; 3H3L A; 1RUD 3; 4QPG C; 2XOM A; 5FZ6 A; 3ZN6 B; 3VKO A; 1BBT 3; 5E16 A; 2RMU 1; 2WRA A; 2XKO A; 1XOY A; 1ULG A; 3AX4 A; 1LAJ A; 1EUU A; 5BNO A; 4IW3 A; 1UNB A; 2ADD A; 3JBG 2; 1LU2 A; 3VZJ A; 2CWS A; 2OT7 A; 1IG0 A; 4M0N A; 4LHS A; 3OG2 A; 4LIU A; 2IXC A; 3J8F 2; 4ZU4 A; 5HCF A; 4I01 A; 1V9U 1; 4X6Q B; 5H9P A; 2A71 A; 2RMU 3; 2ZOE B; 3PIG A; 2JDN A; 5CIR A; 5F3E A; 4MZU A; 2K2S A; 3IT8 A; 4GXL A; 2ORZ A; 4QPI C; 3SKJ E; 2Q0A A; 1XE0 A; 4OUM A; 4D7S A; 1MQT A; 3RWK X; 1H2L A; 4HN0 A; 1XNA A; 1H8T A; 4J6G A; 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2HLE A; 1DZR A; 2BTV C; 2N7G A; 3KV9 A; 4PDW C; 4QX8 A; 5J1X A; 4HSL A; 2WA4 A; 5F6L B; 4TYS A; 4Q4Y 3; 3OD4 A; 2V72 A; 3V0B A; 5C3R A; 3H8X A; 1CAU B; 3MLJ A; 3VGI A; 1UZ0 A; 4PIY A; 5FUP A; 2E31 A; 4LBL A; 3BB6 A; 5C6C A; 2YMZ A; 1H0B A; 1Q43 A; 3NNG A; 5J37 A; 3NJY A; 4UYB A; 1WLW A; 1DHK B; 3ZDV A; 5FOJ B; 2Z42 A; 4EQV A; 1MVQ A; 1NG0 A; 3D8C A; 1STM A; 2ZA9 A; 3VB9 A; 3S0M A; 4CEY A; 4AVA A; 3AFK A; 5FP9 A; 4MX3 A; 1VBC 3; 1DLL A; 1A8M A; 5DPN A; 1FNZ A; 3RYK A; 5A6Z A; 3MLL A; 2E32 A; 3ABZ A; 3H1M A; 4CDX B; 2VGD A; 4P00 B; 1UIK A; 5FY4 A; 5AVA A; 3K2O A; 4QX7 A; 4URT A; 5A7W B; 1BMV 2; 4XDO A; 1ZZ6 A; 2WLQ A; 4ZU7 A; 4B8E A; 2UYB A; 3CHX A; 2LTN A; 5FO7 B; 4XAE A; 2LAL A; 4M4P A; 2VE1 A; 2PQS A; 1OF3 A; 4L97 A; 1S0B A; 5GJ6 A; 3N9L A; 4XF3 A; 3T0B A; 4CZS A; 3HIF A; 2ORX A; 4YM1 A; 2XH6 A; 3VZN A; 1QH7 A; 3RQ0 A; 3O1T A; 1WGP A; 4HFS A; 5FJK A; 1PVC 1; 5GLZ A; 1FOD 2; 1GBG A; 5I8T A; 4JGZ A; 3VBR A; 4FT8 A; 3I49 A; 4MSV A; 2X10 A; 1K5M B; 2B5H A; 4B4R A; 1HJF A; 3POE A; 2IZW A; 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