The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
102
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sequence length |
311
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structure length |
290
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Chain Sequence |
SHMRKIIVGSRRSKLALTQTKWVIEQLKKQGLPFEFEIKEMVKEIEQAMLDKEIDMAVHSMKDMPAVLPEGLTIGCIPLREDHRDALISKNGERFEELPSGAVIGTSSLRRGAQLLSMRSDIEIKWIRGNIDTRLEKLKNEDYDAIILAAAGLSRMGWSKDTVTQYLEPEISVPAVGQGALAIECRENDHELLSLLQALNHDETARAVRAERVFLKEMEGGCQVPIAGYGRILDGGNIELTSLVASPDGKTIYKEHITGKDPIAIGSEAAERLTSQGAKLLIDRVKEELD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural evidence for the partially oxidized dipyrromethene and dipyrromethanone forms of the cofactor of porphobilinogen deaminase: structures of the Bacillus megaterium enzyme at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transferase
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source organism |
Bacillus megaterium
|
molecule keywords |
Porphobilinogen deaminase
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total genus |
102
|
structure length |
290
|
sequence length |
311
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ec nomenclature |
ec
2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase. |
pdb deposition date | 2013-09-06 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF01379 | Porphobil_deam | Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain |
A | PF03900 | Porphobil_deamC | Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DP4 A; 3VLV A; 4ESW A; 4F22 A; 1BIY A; 3MPL A; 1LGB C; 4YKJ A; 4ELO A; 3L6H A; 3PPQ A; 3LSW A; 4GD5 A; 2KLF A; 3TQL A; 3UP9 A; 2REG A; 2XX9 A; 4TQU Q; 4NMY A; 4WXJ A; 2V3T A; 1VFD A; 4I62 A; 4X48 A; 1UTH B; 2D21 A; 4OYV A; 3KN8 A; 1A8E A; 4FED A; 4R9F A; 4G77 A; 2A5S A; 1AIV A; 4JXI A; 4MF3 A; 5AA2 B; 3TQW A; 3N26 A; 1FTO A; 2XXH A; 2DE2 A; 4FJP A; 2HZK A; 1PC3 A; 4X9T A; 2Q2C A; 1MQG A; 1MRP A; 3O6G A; 4G8H A; 4EQ7 A; 1MG1 A; 4LZ8 A; 1B1X A; 2IA4 A; 4RY1 A; 1M5F A; 3PUX E; 3TPA A; 4KQP A; 4LZ7 A; 5DVJ A; 2PT1 A; 5CMB A; 4ELR A; 4F3S A; 4OWD A; 3O28 A; 3RT6 B; 5AA4 B; 2OLB A; 3O66 A; 4YZZ A; 3G3I A; 2QS4 A; 1SW1 A; 1IIT A; 4X1D A; 4LVQ A; 4ZEB A; 2UVG A; 2H25 A; 1OVB A; 5CRY A; 4P11 A; 4F1Y A; 5H8F B; 2NVU B; 4BDQ A; 1VE4 A; 4OEN A; 4TLM B; 1DPP A; 1A40 A; 4ESX A; 1NNF A; 3TCG A; 2F7B A; 2W7Y A; 3RUM A; 2Z8E A; 5H8H B; 1MXV A; 1NNT A; 2F78 A; 2QMW A; 3O97 A; 1NKX A; 4G68 A; 5H8N B; 2Y7K A; 2H4I A; 4HTG A; 1OQH A; 1US5 A; 4U2R A; 1ZKB A; 2CZL A; 3CFZ A; 3E9X A; 3CFX A; 3HCQ A; 1B52 A; 1F9B A; 2O1M A; 3RY3 A; 3RTW B; 1IXH A; 3VDF A; 1MXU A; 3FUZ A; 4AQ4 A; 3IO6 A; 3MBP A; 2Z22 A; 4LP2 B; 1LBC A; 5JTY B; 2ZYN A; 1US4 A; 5DTB A; 4EF1 A; 1BLF A; 4KI0 E; 3OO9 A; 3OXN A; 4OXV A; 1FTM A; 4PE5 B; 1I69 A; 1MPB A; 1A8F A; 4AB5 A; 4Z0I A; 1UTB A; 3TOD A; 5ITP A; 1Y20 A; 4KCD A; 2F97 A; 4R6H A; 2XD2 A; 4QRZ A; 2G93 A; 2RC9 A; 2H99 A; 1IXI A; 4OES A; 3RNN A; 5CMC A; 3SEX A; 4KD5 A; 3VLU A; 1SYH A; 3H6V A; 1MS7 A; 1ZLQ A; 3CG3 A; 4IO7 A; 4R2B A; 1FQA A; 1FQC A; 5I56 A; 4R74 A; 1A7L A; 1LAX A; 5I2N A; 3SEW A; 1N0T A; 4DIG A; 5CBS A; 3O9P A; 2AIX A; 2XX7 A; 5A5X A; 1MDQ A; 4BDL A; 2H5Y A; 2XXY A; 2UYE A; 1NL5 A; 4RXL A; 3DP6 A; 3ODB A; 1LFG A; 3VE1 B; 3C33 A; 1AH5 A; 3Q28 A; 2Y7W A; 4OMB A; 4HS7 A; 4RK9 A; 5TP9 B; 4DCY A; 2DXY A; 4OER A; 1P1W A; 4F3P A; 1I6B A; 3OO6 A; 4U1Z A; 4ELQ A; 4KPT A; 2ZYO A; 4NF8 B; 1UIU A; 4H0W A; 4ONY A; 2XXQ A; 2DSF A; 1H43 A; 1MXW A; 3QYT A; 1WOD A; 5I58 A; 1FTK A; 2ZYK A; 4Z7E A; 4H1X A; 1OMP A; 3G3J A; 1MXX A; 2THI A; 1MPD A; 5ISU A; 2Q89 A; 2PX1 A; 4MFI A; 3M3K A; 4JBZ A; 5LOM A; 4PP0 A; 3FZV A; 4I1D A; 1SD3 A; 3B7D A; 1QKA A; 5H8Q B; 3BFU A; 3FJG A; 2Q8J A; 3DEL B; 2GFE A; 1LCT A; 1N3W A; 3ILU B; 4O3B A; 3K2D A; 2OWT A; 1NH7 A; 4C1U A; 2DS9 A; 1PB8 A; 2I4B A; 1II5 A; 4QSC A; 3GBA A; 4ZEC A; 4G2Z A; 5B70 A; 4FAJ A; 1LB9 A; 1D9Y A; 4LON B; 2VD2 A; 3FVN A; 3MP6 A; 4FE8 A; 1T0K A; 3SEU A; 4YB6 A; 3FJM A; 1POY 1; 3MVX A; 3MAM A; 4NF6 B; 1S50 A; 5I59 A; 4BLA A; 4F39 A; 1SW4 A; 1ZTY A; 3RPW A; 3OO7 A; 4E0X A; 3DP8 A; 4GQO A; 3CR9 A; 1HSL A; 1FW0 A; 4LAT A; 2Y84 A; 2PMS A; 3H6U A; 4F3B A; 3P7I A; 3V83 A; 1USY E; 3IL1 B; 1R6Z A; 1QKB A; 4I9D A; 4XKP A; 1B05 A; 3KOT A; 4L17 A; 1SI1 A; 3GXA A; 3PMX A; 1MY2 A; 1BP5 A; 1P1O A; 3LR1 A; 2RKM A; 5ELV A; 4FEC A; 4NF4 A; 1DTZ A; 3BKI B; 1R1N A; 2E1S A; 3KJT A; 3S9N C; 3A3C A; 3PD9 A; 1P1N A; 5FHM A; 3HPI A; 3RTF B; 3K6V A; 1DPE A; 2X7P A; 5DVI A; 3PPR A; 1LFH A; 3WAF A; 1O64 A; 4XKQ A; 1MQI A; 2I3W A; 4PQJ A; 1A54 A; 5DEX A; 4H65 A; 5AA2 A; 3KZG A; 4IY5 A; 2ABH A; 4E0W A; 5FHN A; 2I6E A; 3K02 A; 2PBW A; 4KYD A; 3MJN A; 3W9V A; 4ZE8 A; 2QS1 A; 4PFT A; 1QUL A; 4MLQ A; 3KN3 A; 1OVT A; 1A99 A; 3PV0 E; 4OTE A; 3USD A; 3SEY A; 5CC2 A; 2QS2 A; 3TTL A; 4ZEI A; 4C0R A; 3B6T A; 4P0G A; 1OLA A; 2X7Q A; 1JET A; 2D5W A; 3E3K A; 1A55 A; 3MW0 A; 4AB6 A; 4NE4 A; 1SQY A; 1Y4T A; 2REJ A; 4JWX A; 1Y9U A; 3T93 B; 1MDP 1; 2GH9 A; 1ZJL A; 4PFU A; 2DQV A; 4Q30 B; 5H8F A; 1MH3 A; 1SI0 A; 2I4C A; 2Q2A A; 3TKD A; 3TEL A; 3SER A; 4H8I A; 1DSN A; 1N3X A; 2RC8 A; 1ZIU A; 4IO2 A; 2X26 A; 3T22 A; 3U94 A; 3LSX A; 1TXF A; 4OFL A; 1B46 A; 1B7U A; 2ZYM A; 4RPO A; 1N7X A; 2FYI A; 4FIM A; 5H8H A; 2P1S A; 1NNP A; 3U93 A; 4OFO A; 2F36 A; 2O51 A; 3D4C A; 3FAS A; 4XTC Q; 5TU0 A; 1URD A; 1LFI A; 4C1T A; 2V84 A; 4F2O A; 1SYI A; 2YJP A; 3F11 A; 4TOZ A; 1RYX A; 2V3Q A; 3OD7 A; 3CIJ A; 4FAT A; 3IOU A; 2QL3 A; 4YKI A; 1J1N A; 1B5I A; 4DXC A; 3T66 A; 3W15 C; 2Y7I A; 3S9M C; 1MY3 A; 3MPK A; 3LBS A; 4OHN A; 4RYA A; 4M4G A; 2RC7 A; 1MQH A; 1RKM A; 3PMV A; 3TTM A; 3PD8 A; 1B0L A; 3HV1 A; 2DYX A; 2VGQ A; 3PU5 A; 3CSG A; 3HHG A; 4ZED A; 1LAH E; 3TCF A; 2ZNT A; 1N76 A; 3S9L C; 1B40 A; 3C36 A; 5BWJ A; 4R9G A; 4HW8 A; 1OIB A; 2ONR A; 2UVJ A; 4QF9 A; 1MPC A; 2F6G A; 4EXL A; 5I57 A; 4QFK A; 4KR5 A; 1JVX A; 3LSL A; 3MZ1 A; 2A5T B; 3FGS A; 5I2K B; 1B3E A; 2HZL A; 2I58 A; 5FTH A; 5F1Q A; 4KHZ E; 3T96 B; 3K0V A; 3O6I A; 4POX A; 1B0H A; 4EUO A; 3C35 A; 2GRV A; 4GFR A; 3FXU A; 3K00 A; 3OEM A; 3B6W A; 1Z7M E; 4OEU A; 4N07 A; 4U23 A; 4ZZE A; 5L8D A; 2RF1 A; 4YKK A; 1B7H A; 3FD3 A; 4GL8 A; 1ANF A; 3Q27 A; 1OQG A; 3CRB A; 3H6T A; 3IOV A; 1UQW A; 2AL4 A; 2P2A A; 4QFN A; 5TPA B; 2XXU A; 3ZKL A; 3H3G A; 3EF7 A; 3PUW E; 3RT8 A; 1B3G A; 3K6X A; 3VXB A; 1B7Z A; 4NF5 A; 1Y3N A; 4GXA A; 1FCK A; 1PB7 A; 3H4Z A; 2ZMB A; 1URS A; 3HHF A; 1EZO A; 4YIC A; 1GTK A; 3FIR A; 4IGT A; 5J1D A; 1IXG A; 2QPQ A; 1MXZ A; 1MY0 A; 1TWY A; 3OEK A; 3V89 B; 4EQB A; 3IB2 A; 1JEV A; 4ZDM A; 3U1O A; 1JEU A; 2GHB A; 4EDP A; 3VVF A; 2NWJ A; 4GLI A; 2QS3 A; 4BDN A; 3TTR A; 2O6A A; 3DM0 A; 5L9S A; 2R9J A; 4NF6 A; 1B3H A; 4ZEF A; 2PVU A; 2F6P A; 4KFQ A; 2ALU A; 3ZKK A; 1R9Q A; 2OCU A; 1JW4 A; 3VVE A; 3TTN A; 3Q26 A; 3O6H A; 2DE4 A; 4YB7 A; 5ITO A; 1QUJ A; 5K2Y A; 1D3K A; 2HEU A; 4OZ9 A; 1N7W A; 1UIV A; 2RCB A; 3MQ9 A; 1XVY A; 1ZMG A; 2ONK E; 5JEI A; 2I3V A; 3R6U A; 4ECF A; 1H45 A; 4Q5T A; 4R73 A; 1AOV A; 3FV1 A; 2D3I A; 2DXR A; 1URG A; 3RLF E; 2XXR A; 2NOO A; 3KSJ A; 1FTL A; 4QSD A; 3GBB A; 2HAV A; 4QSE A; 2RIN A; 1B9J A; 1SW5 A; 1B4H A; 3KSX A; 3CI8 A; 1IZ1 A; 3I3V A; 2DVZ A; 4G68 B; 1BKA A; 3PPN A; 3GZG A; 2FA7 A; 5HM4 B; 3OEN A; 3N6T A; 2G29 A; 2F7A A; 2ZNS A; 4BDR A; 4X1B A; 4LQ2 A; 1NFT A; 4JB7 A; 5AE4 A; 2UVH A; 3UOR A; 1MY1 A; 4R6Y A; 5L9O A; 3KEI A; 5KCJ B; 3CSB A; 2XXW A; 3G3K A; 2R71 A; 2NUV A; 1B32 A; 1IUD A; 2DWJ A; 3M3L A; 5KDT A; 1M5D A; 3M3F A; 1I6Q A; 4K3F A; 1KWH A; 1B3F A; 4MLV A; 3OEL A; 1IXC A; 4GF8 A; 3ZS6 A; 1LLS A; 4JDF A; 3HO7 A; 3I5O A; 4Q0C A; 1B5H A; 4GIZ A; 1LBB A; 4DZ1 A; 4QFL A; 5K2X A; 3JYR A; 4DLD A; 2ONS A; 1H44 A; 1LB8 A; 3QXM A; 4O3C A; 5I56 B; 5I2N B; 2O7U A; 2BJJ X; 3S9E A; 3MVY A; 1Q35 A; 4OET A; 4G68 C; 3DLN A; 2ZXT A; 1B1H A; 1PBP A; 3PMW A; 4F19 A; 3FAT A; 3OOA A; 5A5X B; 4IGR A; 4QHQ A; 4H67 A; 1AMF A; 3VLW A; 3UN6 A; 4LQ5 A; 2ANJ A; 5M2V A; 4P0I A; 1FQF A; 4F31 B; 3IO4 A; 1Y4C A; 2PYY A; 1L5T A; 3A3U A; 5CMK A; 4F1V A; 3SEV A; 3TTK A; 1YAE A; 2UYF A; 3U8Q A; 3ILT B; 2O68 A; 4OVJ A; 2UVI A; 3MP1 A; 3B6Q A; 2QMX A; 4WKM A; 1M5E A; 3Q25 A; 5KZT A; 3G3G A; 1UTH A; 3EN3 A; 4FOR A; 4WEP A; 3TAJ A; 1S7Y A; 4ISU A; 1EZP A; 3KOS A; 5I58 B; 1FQE A; 1DTG A; 2IEE A; 4ND9 A; 3K1P A; 5DT6 A; 1LAG E; 2F35 A; 2XX8 A; 3BFT A; 1PEB A; 5B7D A; 4IO4 A; 1B6H A; 1H3D A; 2LAO A; 4R75 A; 1NMU A; 3IB0 A; 3RN8 A; 2DWA A; 4I8C A; 4KYS A; 3K1M A; 3MZ9 A; 4N6P A; 3ECR A; 3CG1 A; 1SBP A; 1FQD A; 5EHM A; 2V93 A; 5AA4 A; 4H5F A; 3A09 A; 3MVZ A; 1VFE A; 4G4P A; 4F29 A; 2H9B A; 5CM6 A; 2Z8F A; 3IX1 A; 4GXS B; 1OLC A; 2VOZ A; 1Y3Q A; 1XS5 A; 2F34 A; 4U4X A; 2O1L A; 3UIF A; 4OFJ A; 4RPN A; 3KJ7 A; 1BTJ A; 5I59 B; 2Z23 A; 5H8S A; 3EHS A; 3G3H A; 1QW0 A; 1M5C A; 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