4N1CC

Structural evidence for antigen receptor evolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
117
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNNLCNIPCSALLSSTASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords immunoglobulin variable light chain domain
publication title Structural reconstruction of protein ancestry.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 117
sequence length 127
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4n1cC00
4GN3A 1J1OY 3KAMA 4PRUA 4OWCA 1LPIA 1B7QA 4MSTA 1IOCA 1IP7A 1VDTA 2MEHA 5B59A 5II3A 2HECA 3A90A 5JENB 4NGJA 1IO5A 3EMSA 1EQ4A 4CJ2A 1W08A 4R6CA 2YSSC 1UIHA 1LZ8A 1B0DA 1C08C 5KKJA 1HEPA 1QTEA 3N9EA 4PJ2C 1WQNA 1IP5A 1LZ5A 4DWXA 1IC5Y 1UACY 1JISA 4LT2A 4LT1A 1VAUA 2DQDY 5LA5A 1RFPA 1D0KA 1GFEA 2YBHA 1JPOA 4HPIA 3WMKA 1NBYC 5F14A 4LYOA 4UWNA 4N1EI 4J0LA 2H9KA 4XJGA 5I4YA 1JTOL 5DL9A 1B7OA 1UA6Y 1BWIA 1IORA 3G3BB 4NHSA 2X0AA 3WUAA 3CSQA 2YBNA 1BWJA 2LZTA 2A7DA 4GCFA 1LTMA 154LA 4NGIA 1OUDA 5APEA 4RDSA 1LSGA 4NWEA 1B2KA 1G7HC 1WVUA 2FBBA 1LYSA 4NG1A 3A96A 4RLMA 1GEVA 5HMVA 2Z38A 5KXOA 3G3AB 1JWRA 1IWUA 1NMMA 1WQPA 5F9XA 1C45A 3HBDA 1ALCA 2AUBA 5KY1A 3OJPA 4LFXA 2RSCA 1CKDA 5KXSA 1REMA 1IP6A 1EQEA 1DQJC 1AZFA 1LCNA 2C8PA 3ZEKA 1A4VA 2EQLA 1YAQA 3RNXA 5HLLA 1HC0A 3WPKA 1ZVHL 1NBZC 1DKJA 3P64A 3QNGA 3TMUA 5B1GA 2YBIA 4ANRA 1XEIA 3AW6A 5KXLA 1LJEA 5LXWA 3AZ6A 4NSHA 1WQOA 4Z46A 1IWWA 4NSGA 1B5UA 4TX7A 3EO5A 4DDBA 1FLQA 2I6ZA 4WL7A 1SLYA 1HFZA 3RT5X 1CKHA 2MECA 3LZ2A 1UUZC 4NHIA 1YL1X 2BQAA 3IJVA 5F81A 1LZRA 4DC4A 2Z12A 1UIDA 1JJ3A 1XEKA 5LVKA 4GCCA 1YKZX 2DQJY 2IHLA 1LMTA 3A3QA 1W6ZA 1GFKA 2H5ZA 4EOFA 3RU5A 1UICA 2BQNA 1OUAA 4L41A 4HJVA 2Z19A 1PS5A 3AGHA 4HV2A 1IWZA 1BWHA 1CNSA 1G7JC 1YL0X 5IELA 5E4PA 1KIQC 1NWGA 5HMJA 5L9JA 4PHIA 1BB7A 3W3EA 1FLYA 4DD0A 1LSMA 1LMQA 2A7FA 5B06A 5LYMA 5D5CA 3A93A 2CJLA 1B7LA 1GBXA 1IEEA 2BQFA 1GBSA 1GFUA 2W1MA 2XBRA 1LHIA 3IJUA 1FN5A 5KJ9A 1FLUA 2ZQ4A 4H1PA 1QUSA 3J4GA 1HEQA 2XJWA 1GXV2 5APDA 5I53A 1GAZA 4KXIA 1LSAA 2N5ZA 5EBHA 4TSCA 1GF9A 1GBWA 3AZ7A 2PC2A 3AW7A 1LJ3A 3WH1A 1LZYA 2NWDX 4W96A 5F16A 3CT0A 2MEIA 4B4EA 1JTTL 4H9IA 1OUBA 2HEFA 1B5ZA 1KXWA 3CSZA 1IIZA 4DD2A 1HEOA 4W94A 2DKVA 4NGLA 1MLCE 2YBLA 1IR9A 4FJRA 1RCMA 1YAMA 1LSYA 7LYZA 5KXMA 5KXYA 1XGTC 1GWDA 3A92A 3CSRA 5C6IA 4CGEA 1DI3A 5LAFA 4DD9A 4WM3A 2G4QA 4H90A 2LYZA 2DQHY 2FBDA 3F6ZA 1HSWA 1HMLA 2BQJA 5HNLA 4EMNA 1LJNA 3WL2A 3AJNA 4HTKA 4NHTA 4WLTA 1GFTA 3TXHA 4TSBA 3A6CY 3B0OA 1LSZA 1LSCA 4IJ4A 4PPOA 1CKFA 5M1YA 5C6LA 1WVVA 3WXTA 3B6LA 1INUA 2FYDA 4LYMA 1LHKA 4I8SA 4H9HA 5FEKA 1LHMA 1LZDA 1YIKA 2DQFC 3W6AA 1RJCB 4NGVA 1LYYA 1BVKC 1NDGC 2ZIKA 2F4AA 2BQEA 4ET8A 1LHHA 5LVHA 5LYTA 1YKXX 1KIRC 5DLAA 4ZFPA 1NQIA 4CFPA 1LSFA 4GN4A 2C8OA 4NGKA 1GFGA 2YDGA 3QE8A 3WPLA 3SP3A 3WVYA 5LVIA 5IHGA 1XGUC 4H8ZA 1FKVA 5FHWA 5AMYA 3LHMA 4HJZA 2LHMA 1OUCA 4NG8A 3WW5A 1NHEA 1OUIA 4G9SA 4LYCA 1WTNA 1UC0A 3A34A 2D6BA 1V7TA 1A2YC 2MEAA 2I26L 4GCDA 4KL7A 2IFFY 1LMCA 2D4JA 2Z39A 3CB7A 3ZVQB 1GE0A 5J7CA 208LA 1VDPA 1GB5A 3AZ5A 4WLDA 2HEBA 5I5QA 1LZ1A 4PGJB 5LVGA 4WG7A 1IY4A 2WARA 4XYYA 4BAPA 4M4OA 3TXJA 1DZBX 1GB8A 3N9CA 1DI4A 4NHPA 1ZVYB 1I20A 4BS7A 1TEWA 1JJ1A 4B4JA 5KXTA 2BQMA 1BB3A 3M18B 4B1AA 4BADA 4H91A 1D6QA 2MEDA 3P4ZA 3WUMA 1LZAA 3D3DA 4KT3A 2G4PA 1OUFA 1UIFA 1UIAA 2HEDA 4AGAA 135LA 4Z3MA 1IC4Y 1GHLA 1GXXA 3M3UA 4II8A 4XJFA 4NIJA 3A91A 3TXDA 4OWAA 3W6CA 4ETBA 1GFJA 2CDSA 1REYA 2BQOA 1HEWA 1LJGA 4OOTA 3LYMA 3GXRA 4DYGA 4H93A 1FDLY 4XJBA 4CFOA 1GB0A 9LYZA 4ETEA 4GN5C 4LGKA 2HEAA 5KXKA 1DPXA 4NWHA 5FCPA 1B7MA 3T36A 4YEMA 193LA 4NSIA 5KXRA 1F6RA 2BQLA 1WQRA 2BLYA 1D0MA 1YAPA 1DPWA 1JKAA 1KXYA 1HFXA 4G49A 4HPEA 1RI8B 4J7VA 4UWVA 3WULA 1LAAA 1GPQC 1LZEA 1D6PA 1G7LC 1LMAA 1LZ4A 4XJIA 3TXIA 2F4GA 1WTMA 1T3PA 1IY3A 3AYQA 2HEEA 1KIPC 5E9RA 1OP9B 2DQIY 1HHLA 3WPJA 4YEOA 1GFRA 4NGYA 5FDJA 1VDSA 1IR8A 2ZYCA 1LKRA 4C5FA 1DKKA 3RZ4A 3W6FA 1YKYX 3AGGG 4XJDA 5LIOA 1C43A 1OUHA 4NFVA 3LZTA 4N9RA 1NF5A 3WU8A 2BQDA 1HMKA 3WYHA 4HP0A 4AXTA 5LVJA 3FI7A 1LSDA 5HNCA 1REZA 3CT5A 3P65A 4FDYA 2BQHA 1B5WA 1GDWA 1LSEA 1YILA 3EXDA 3W6EA 1IOQA 1B7RA 1T6VL 4N5RA 1TCYA 5L3HA 1HERA 1LZBA 4H9AA 4DD7A 1CKGA 1I56A 2F2NA 4U3XB 1GF4A 4NY5A 3LYTA 4DDAA 2ZQ3A 1XSFA 4H8XA 1H87A 1OUEA 2Z18A 1CJ6A 5L3IA 133LA 1LMPA 1ZMYL 2HTXA 4PRQA 3TXKA 1LJHA 1GFAA 4WO9A 3P68A 4Z41A 4ZIXA 5HQ1A 2XBSA 1B5XA 1BB6A 1LHLA 1OQMA 8LYZA 1B7SA 3ATOA 1GB3A 4WM6A 1V7SA 5C6JA 1JKBA 1C7PA 5KXPA 3CT1A 5A3ZA 4XADA 132LA 5APFA 3TMWA 1GE3A 2ZNWY 1GB2A 2ZIJA 4IATA 1GDXA 2XTHA 2MEBA 5F9UA 3EBAB 4RLNA 1LZ6A 2LZ2A 4OWBA 5A3EA 2VB1A 134LA 4LYBA 4WM4A 1LKSA 4OOOA 3TMVA 1BHZA 1MELL 3B0IA 1HSXA 1QSAA 1N4FA 1LZTA 4N1CC 2YBJA 3AZ4A 4WM1A 2HUBA 1VFBC 3IWRA 1QUTA 4XJHA 3GXKA 1GAYA 1GEZA 1REXA 2YVBA 1H6MA 1HF4A 1QDRA 3BKHA 3B0KA 4NGWA 5I4WA 1GD6A 1LMNA 4TUNA 1G7MC 3WW6A 2ZYPA 3HFMY 4DD1A 1JEFA 4LYTA 4WL6A 1FLWA 1WQQA 1C46A 1GE2A 1VEDA 2FYCA 2LYOA 2MEEA 4OWHA 4QDNA 5D5FA 1CJ8A 4TWSA 1GFHA 4G4CA 3BKVA 3A95A 1FBIX 153LA 4E3UA 2B5ZA 4Z98A 4DD3A 1LJFA 4LT3A 1GBZA 4ETCA 1LSPA 4H8YA 6LYZA 1DI5A 3RW8A 4WOAA 1B5VA 1GF0A 3W6BA 194LA 1AT6A 1HFYA 2BQBA 1UIEA 3WVXA 1IWYA 5K7OA 1F10A 4RW1A 1KXXA 1UIBA 1JKCA 2DQEY 1LHJA 4B4IA 1IOTA 1IX0A 1GF3A 3HBEX 4ML7A 4YOPA 1LJJA 1TBYA 1JUGA 2HU1A 1LSBA 2DQGY 2MEGA 1LZSA 1C10A 5LA8A 4BAFA 3AGIA 1YANA 4N0JA 3B72A 5T3FA 1LZCA 2CWIA 1BB5A 3FE0A 4DDCA 5B05A 5FSTA 2Z37A 3WU7A 1IC7Y 4B49A 1D0LA 1XGQC 2Z2EA 1GBYA 1HEMA 4ETAA 2Z2FA 1LZNA 3QY4A 1BB4A 2DBTA 1YQVY 3TMXA 1HNLA 4WM2A 5LAGA 1GBOA 4KPMA 2YBMA 3WUNA 1SQ2L 1HENA 207LA 4NHQA 2EKSC 1IVMA 3WU9A 1JHLA 1OUJA 1JSFA 4I0CA 3J6KA 1I1ZA 1BGIA 1CJ9A 3OK0A 1IOSA 1B9OA 4WMGA 2Y8PA 3D9AC 3T6UA 2D4IA 3N9AA 1JSEA 4ETDA 2BAAA 1B7NA 3A6BY 3LN2A 3WXUA 1LZGA 4WO6A 4LT0A 3ULRA 1LJIA 1IP3A 1O23A 3A3RX 4H9CA 1UIGA 4R0FA 1XGRC 4WLYA 1JIYA 1JTPL 1PZYA 2BQKA 2DQAA 2I25L 2GV0A 2W1XA 4HSFA 4IASA 3VWOA 4B0DA 1YAOA 2D91A 1NKHA 1DXJA 5I54A 4MR1A 1E8LA 1EQ5A 1BQLY 1GE4A 2EPEA 5ILFA 1FKQA 1WQMA 2LYMA 1B5YA 2DQCY 4N8ZA 3TXGA 3A94A 1IP4A 3K3TA 4J1AA 4C3WA 4GCEA 2D4KA 3P66A 4H9BA 1J1PY 3W6DA 1QDTA 3TXFA 4CHXA 5APCA 5B07A 4HTQA 1B7PA 1TAYA 1ZV5L 3TXBA 2EIZC 2ZWBA 4XENA 2BPUA 1GF6A 5DN4A 5FELA 1F6SA 1GF5A 4OW1A 4O34A 2BQCA 1RE2A 4RW2A 1IWVA 2H9JA 1GB9A 1J1XY 2F30A 4G4HA 4ZEEA 4TTDA 6LYTA 4G4BA 3AB6A 4GCBA 5KXZA 1TDYA 4LFPA 4QEQA 1QQYA 1AKIA 4QGZA 1JJ0A 1IR7A 4H9EA 2BQIA 3ATNA 4H94A 1GE1A 5KXWA 5KXXA 1GB7A 1UBZA 2HU3A 1LYZA 1AM7A 1LSNA 1HELA 4HJYA 4WG1A 4YM8A 5LYZA 2Q0MX 4H9FA 4XN6A 1JKDA 2BQGA 1IWTA 2ZNXY 5B1FA 4LZTA 3CQLA 5LINA 1OUGA 3TXEA 1QSWA 2W1LA 1IP2A 2MEFA 1LJKA 1GF8A 1JITA 1XFPL 3E3DA 4NGOA 1BVXA 2BLXA 5KXNA 4J1BA 5IDDA 4NEBA 2W1YA 4H92A 4P2EA 4QY9A 1XEJA 1LOZA 4D9ZA 1LMOA 1LJ4A 3HBHA 1Z55A 1D9UA 4M6DA 1GB6A 4DT3A 1IP1A 3LYZA 4WLXA 3A8ZA 1GFVA 2ZILA 4GLAA 1GF7A 4NGZA 4OWEA 4HTNA 5DM9A 1EL1A 1VATA 1VDQA 4GLVA 4NSJA 1IWXA 1QIOA 4A7DA 1LYOA 4UWUA 1UCOA 4YF2A 4YENA 1NDMC 3ZVQA 1G7IC 3LYOA 4X3BA 4ET9A 1XGPC 1AT5A 1LZ9A 3MGWA 1QTKA 4HV1A 2G4NA 1YROA 5ILCA 4MCKA 5KKIA 1CKCA 1F0WA 3A67Y 1P2CC 1CJ7A 4LYZA 4WM5A 5DN5A 5I4XA 2CGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GN3A 1J1OY 3KAMA 4PRUA 3SB7A 4MSTA 1IOCA 1IP7A 109LA 1IO5A 4R6CA 1L32A 260LA 4EPIA 1UACY 1L92A 1VAUA 2DQDY 5LA5A 1RFPA 1D0KA 2L78A 5F14A 4I7KA 2NTGA 4N1EI 5I4YA 1JTOL 1B7OA 1BWIA 1IORA 3G3BB 3CSQA 1SSWA 1OUDA 5APEA 200LA 1G7HC 1LYSA 1G0LA 2Z38A 3C82A 1ALCA 3OJPA 4LFXA 231LA 3HTFA 1EQEA 2C8PA 1A4VA 144LA 1YAQA 3RNXA 4IAPA 2CUUA 5B1GA 3AW6A 4NSHA 2I6ZA 1SLYA 3RT5X 4PJZA 1UUZC 1LZRA 2BQAA 2Z12A 1UIDA 1JJ3A 1L12A 2O7AA 3A3QA 1L75A 1G0JA 1G06A 2H5ZA 1I6SA 4HJVA 4HV2A 1QSQA 5IELA 1G7JC 5E4PA 161LA 1NWGA 2CJLA 5I53A 1C6KA 4KXIA 5EBHA 4TSCA 1GBWA 3AZ7A 3WH1A 1LZYA 2RAYX 3CT0A 2OTZX 4B4EA 4H9IA 1L39A 4FJRA 1RCMA 1DYEA 1XGTC 3CSRA 5LAFA 2FBDA 1HMLA 1LJNA 3AJNA 4NHTA 4EJ4A 3A6CY 3B0OA 1LGWA 5C6LA 3B6LA 1G1WA 2B73A 257LA 3OE0A 4ARPA 1D3FA 1BVKC 1NDGC 2ZIKA 201LA 2BQEA 4E97A 5LVHA 1YKXX 1PQJA 2C8OA 4NGKA 2RB2X 3QE8A 4H8ZA 1PQOA 1L20A 1L02A 4G9SA 1UC0A 3A34A 2D6BA 1A2YC 2I26L 2LZMA 2IFFY 2Z39A 3F8VA 1GE0A 5J7CA 1L29A 4WLDA 1CV1A 2HEBA 1QT3A 1CUPA 1G0KA 4BS7A 1BB3A 166LA 1LZAA 3NY9A 2G4PA 4AGAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GN3 A;  1J1O Y;  3KAM A;  4PRU A;  4OWC A;  1LPI A;  1B7Q A;  4MST A;  1IOC A;  1IP7 A;  1VDT A;  2MEH A;  5B59 A;  5II3 A;  2HEC A;  3A90 A;  5JEN B;  4NGJ A;  1IO5 A;  3EMS A;  1EQ4 A;  4CJ2 A;  1W08 A;  4R6C A;  2YSS C;  1UIH A;  1LZ8 A;  1B0D A;  1C08 C;  5KKJ A;  1HEP A;  1QTE A;  3N9E A;  4PJ2 C;  1WQN A;  1IP5 A;  1LZ5 A;  4DWX A;  1IC5 Y;  1UAC Y;  1JIS A;  4LT2 A;  4LT1 A;  1VAU A;  2DQD Y;  5LA5 A;  1RFP A;  1D0K A;  1GFE A;  2YBH A;  1JPO A;  4HPI A;  3WMK A;  1NBY C;  5F14 A;  4LYO A;  4UWN A;  4N1E I;  4J0L A;  2H9K A;  4XJG A;  5I4Y A;  1JTO L;  5DL9 A;  1B7O A;  1UA6 Y;  1BWI A;  1IOR A;  3G3B B;  4NHS A;  2X0A A;  3WUA A;  3CSQ A;  2YBN A;  1BWJ A;  2LZT A;  2A7D A;  4GCF A;  1LTM A;  154L A;  4NGI A;  1OUD A;  5APE A;  4RDS A;  1LSG A;  4NWE A;  1B2K A;  1G7H C;  1WVU A;  2FBB A;  1LYS A;  4NG1 A;  3A96 A;  4RLM A;  1GEV A;  5HMV A;  2Z38 A;  5KXO A;  3G3A B;  1JWR A;  1IWU A;  1NMM A;  1WQP A;  5F9X A;  1C45 A;  3HBD A;  1ALC A;  2AUB A;  5KY1 A;  3OJP A;  4LFX A;  2RSC A; 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 2ZWB A;  4XEN A;  2BPU A;  1GF6 A;  5DN4 A;  5FEL A;  1F6S A;  1GF5 A;  4OW1 A;  4O34 A;  2BQC A;  1RE2 A;  4RW2 A;  1IWV A;  2H9J A;  1GB9 A;  1J1X Y;  2F30 A;  4G4H A;  4ZEE A;  4TTD A;  6LYT A;  4G4B A;  3AB6 A;  4GCB A;  5KXZ A;  1TDY A;  4LFP A;  4QEQ A;  1QQY A;  1AKI A;  4QGZ A;  1JJ0 A;  1IR7 A;  4H9E A;  2BQI A;  3ATN A;  4H94 A;  1GE1 A;  5KXW A;  5KXX A;  1GB7 A;  1UBZ A;  2HU3 A;  1LYZ A;  1AM7 A;  1LSN A;  1HEL A;  4HJY A;  4WG1 A;  4YM8 A;  5LYZ A;  2Q0M X;  4H9F A;  4XN6 A;  1JKD A;  2BQG A;  1IWT A;  2ZNX Y;  5B1F A;  4LZT A;  3CQL A;  5LIN A;  1OUG A;  3TXE A;  1QSW A;  2W1L A;  1IP2 A;  2MEF A;  1LJK A;  1GF8 A;  1JIT A;  1XFP L;  3E3D A;  4NGO A;  1BVX A;  2BLX A;  5KXN A;  4J1B A;  5IDD A;  4NEB A;  2W1Y A;  4H92 A;  4P2E A;  4QY9 A;  1XEJ A;  1LOZ A;  4D9Z A;  1LMO A;  1LJ4 A;  3HBH A;  1Z55 A;  1D9U A;  4M6D A;  1GB6 A;  4DT3 A;  1IP1 A;  3LYZ A;  4WLX A;  3A8Z A;  1GFV A;  2ZIL A;  4GLA A;  1GF7 A;  4NGZ A;  4OWE A;  4HTN A;  5DM9 A;  1EL1 A;  1VAT A;  1VDQ A;  4GLV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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