4N1CC

Structural evidence for antigen receptor evolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
117
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNNLCNIPCSALLSSTASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural reconstruction of protein ancestry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords immunoglobulin variable light chain domain
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 117
sequence length 127
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4n1cC00
3WPJA 1LZAA 1JTPL 4LT3A 9LYZA 1WVUA 1D6PA 2YBHA 4WLTA 5LVKA 1UIHA 4B4JA 1HMKA 2Z19A 4L41A 4WM3A 4E3UA 1I1ZA 4H8YA 1IP1A 1N4FA 5IELA 4ZIXA 3P66A 1UBZA 4CGEA 1LJJA 4W94A 1B5YA 3GXRA 4WLDA 2I6ZA 2DKVA 1MLCE 1EQ4A 4GN5C 4LZTA 1QSAA 4WG1A 4J1BA 1B7PA 5M1YA 1LMAA 1XGTC 5HLLA 4O34A 1GF5A 2H5ZA 1DPWA 1CKHA 2A7DA 4B49A 1OUBA 1GBZA 4NGOA 4DDAA 4DDBA 3RNXA 2HECA 2HEBA 2ZIJA 1HEQA 1BB5A 1EQ5A 1GE3A 1TDYA 2YBLA 1DI3A 2BQCA 4XADA 2DQJY 4TTDA 1NWGA 1FLYA 2PC2A 4RLNA 4HJZA 3WU7A 3CQLA 5JENB 5F9UA 1B2KA 1B0DA 2BQFA 5LVJA 1GBSA 5HNCA 1JSEA 3W6EA 1YAMA 3A95A 1G7JC 2CWIA 2D4IA 2F30A 4IJ4A 4G49A 1OUIA 4OOTA 1OP9B 1HF4A 1BWHA 2B5ZA 5B05A 1JJ3A 1IP5A 1UIDA 4DDCA 1QQYA 3AGIA 5DN4A 1GE0A 3B6LA 1LZNA 2W1LA 5HMJA 3CSZA 3TMUA 1VFBC 4XYYA 2BAAA 1LJ3A 4QDNA 3EO5A 3AGHA 1IP2A 3AW6A 1G7HC 1GB3A 3P64A 1UC0A 4DD3A 4ET9A 1LZ1A 1GFAA 4LFPA 2Z2EA 1GD6A 3B0OA 3AZ7A 4BS7A 1KIRC 1KIQC 2NWDX 3FE0A 4LFXA 3WUAA 3A94A 1BB7A 1LYSA 4ETCA 1GB7A 4X3BA 1V7TA 1BB6A 4ANRA 3OK0A 1LTMA 4TWSA 1CKDA 2YBJA 3B0KA 3LYZA 3TMVA 2F4GA 5FHWA 4H9HA 4KL7A 3WW5A 2BQNA 5KY1A 2F4AA 2DQIY 1XEJA 1LJHA 1GFJA 4P2EA 2LZTA 4G4BA 1JPOA 3A90A 4GCEA 3TXEA 5KXTA 1DI4A 1F10A 4H8ZA 3A3QA 4NEBA 3P65A 4TSCA 1LMCA 1QTEA 4I0CA 4D9ZA 1HEWA 1QIOA 1FLUA 1YAQA 1OUJA 1VEDA 1YKZX 1CKGA 3RT5X 4YENA 1KXYA 1OUDA 1WQNA 2C8PA 2BQJA 2CDSA 3WU8A 2DQCY 4XENA 1IOQA 1VATA 3N9CA 1EL1A 1XSFA 1QSWA 2Z18A 4NG8A 5APFA 2BQBA 3T36A 1RJCB 2YBNA 3A67Y 2LYMA 3EXDA 4HTNA 3LN2A 1BWJA 3WL2A 1DPXA 1LKSA 3AJNA 4N9RA 1B7LA 1JKDA 4RLMA 4II8A 1IO5A 2DQFC 1GFVA 3TXIA 1LZYA 4XN6A 4YF2A 1LZ9A 3ZEKA 2BQEA 1YL0X 3AW7A 1XGRC 4RDSA 5I54A 4CHXA 1AT5A 1D0MA 2ZQ3A 5KXPA 1YAOA 3WU9A 1PZYA 1LYOA 3A96A 3MGWA 5AMYA 1JUGA 4WG7A 1B7OA 1FBIX 2BQMA 4CFPA 1FLQA 1HERA 3P68A 1LSEA 2IFFY 207LA 5E9RA 4YEMA 1MELL 4BAFA 4CFOA 1IC5Y 2HTXA 4HJYA 3LHMA 4XJBA 2Z12A 1TAYA 5HNLA 2ZWBA 1INUA 1LJIA 4I8SA 4NHSA 1LMOA 1HMLA 2IHLA 3N9EA 4J1AA 4N8ZA 4NHQA 1G7LC 1KIPC 6LYTA 2DQEY 3WYHA 5LINA 5A3ZA 4H8XA 5B06A 2D91A 4XJHA 4NWEA 4G9SA 3TXBA 1RI8B 2BQLA 5FDJA 1LSZA 3BKHA 5I4WA 1VDTA 1LZSA 1QTKA 3J6KA 2EKSC 4KPMA 1GWDA 2FYDA 3P4ZA 4H9BA 1IR8A 1LYZA 1SQ2L 3N9AA 4TX7A 1KXXA 4IASA 2HEDA 3TXDA 208LA 1XEIA 1BVKC 5F81A 3TXFA 1QUTA 4XJFA 4NGKA 1FKVA 3LZTA 1CKFA 1IX0A 1JJ0A 1GE4A 1LJ4A 2Z38A 4NY5A 4LYBA 5LVIA 5I4XA 1QDTA 2HU3A 1C43A 4HP0A 4WMGA 1C7PA 1JHLA 1LZCA 1B5WA 1B5XA 1XGPC 1UCOA 1WQOA 1UUZC 3W6DA 2EQLA 3EBAB 1HC0A 3A8ZA 1YIKA 4ZFPA 3QE8A 3CSRA 4FJRA 2ZNXY 5DLAA 4HTQA 1NF5A 1GHLA 1QUSA 1ZMYL 3A93A 2YDGA 5LAFA 3TXJA 1NHEA 2BQDA 2EIZC 2HEAA 3D9AC 3EMSA 4HJVA 4WM5A 4ET8A 1IOCA 1GF8A 4LT2A 4UWNA 2ZILA 5LYZA 1H87A 1C46A 4ETAA 3QNGA 1OUHA 5FCPA 5KXXA 1B7QA 4NGJA 4NGLA 4BAPA 1LHMA 1F6RA 2X0AA 5APCA 3VWOA 1ZVHL 5F14A 1BWIA 1AZFA 2C8OA 1V7SA 2XTHA 4NG1A 2AUBA 2VB1A 1LSFA 4N1EI 1BQLY 2YSSC 4LYMA 4ETDA 3AZ6A 2D6BA 4H93A 4H9AA 4GLAA 4Z98A 1GF7A 1F0WA 4HPIA 4H1PA 1LHLA 4NGVA 3LZ2A 1YILA 2Y8PA 1J1OY 1LAAA 1Z55A 134LA 1REMA 1FDLY 1GXXA 1UIFA 1WQQA 1HEPA 4DD7A 1IP3A 1GF3A 2I26L 1HELA 1DKJA 3CT0A 3OJPA 2BQOA 4R6CA 5L3HA 4B4EA 4KT3A 1IWWA 4C3WA 1GPQC 2A7FA 3WH1A 5KXLA 1IORA 1GFGA 1IOSA 3TXHA 1GEVA 3WUNA 4N1CC 4NWHA 1BB3A 2BQAA 2FBDA 1BHZA 5C6IA 3CT5A 4DD2A 1GE2A 2F2NA 4N5RA 132LA 1CJ6A 2ZQ4A 1FKQA 5EBHA 2HEFA 1GDXA 1REYA 5APDA 5B59A 3B0IA 5ILFA 4H91A 3IWRA 1JKBA 2Z39A 1JTTL 5KJ9A 1UIAA 1GFHA 5LA8A 4C5FA 4NFVA 5DN5A 1OUFA 2RSCA 2ZYCA 3WW6A 4WL6A 5LIOA 1IWYA 1JTOL 4HTKA 4NSIA 5L3IA 4M4OA 1GBWA 5LYMA 1D0LA 2DQDY 3AB6A 3HBDA 1ZVYB 2DBTA 1GBXA 3K3TA 4H90A 1VAUA 1LZ4A 1NBYC 2H9JA 1G7IC 3AGGG 3ZVQA 4GLVA 1LZ5A 1DXJA 1CJ8A 1HFYA 2XJWA 5C6JA 1OUCA 1OUAA 4U3XB 1IWZA 1OUGA 3SP3A 1LMQA 1LHIA 1JISA 4XJGA 5A3EA 5DL9A 1GAZA 1LJGA 1YQVY 5K7OA 4G4HA 4NHTA 4DD9A 1LSYA 4ETEA 1P2CC 5I53A 1G7MC 3KAMA 3WVYA 1GB8A 1LSNA 5HMVA 1NDMC 1TEWA 1WTMA 2MEHA 2W1MA 1B7MA 1VDSA 1AT6A 1WTNA 4RW2A 4PGJB 1LCNA 2DQGY 3WVXA 1LSAA 1H6MA 1UIEA 4GCCA 4LYTA 1WVVA 1OQMA 2BQIA 5LVHA 1REZA 5KXKA 1LZDA 3CT1A 3QY4A 5KXRA 1LSDA 3GXKA 1C45A 2BLXA 2W1XA 1I56A 5DM9A 1YAPA 5L9JA 1GF0A 1LHKA 2CGIA 4EMNA 1B5ZA 1NBZC 1NDGC 4LT0A 4TSBA 4OWAA 1LSPA 1LHHA 1JITA 4NSHA 3B72A 2ZYPA 4DC4A 4IATA 1GFKA 4YEOA 3RW8A 1LMPA 3TMWA 4AXTA 1YANA 4B0DA 2MEBA 2ZIKA 3A92A 3M18B 4MCKA 5KXWA 1DQJC 2LYOA 3RZ4A 1LMTA 1GAYA 1LYYA 1GE1A 3LYOA 4WOAA 1HSWA 1LZBA 4EOFA 1GFRA 4Z46A 5FSTA 2BQKA 1YROA 1B9OA 1C10A 1LJNA 1W08A 3F6ZA 2H9KA 3RU5A 1AM7A 2MEDA 4OW1A 1LJFA 1YL1X 2MEFA 2DQAA 2HU1A 2BLYA 2D4JA 4LGKA 3FI7A 5HQ1A 1DKKA 2W1YA 2XBSA 3LYMA 5D5CA 1GB6A 3WXTA 1JJ1A 4ZEEA 5F9XA 3M3UA 8LYZA 5T3FA 3WUMA 4OWCA 2MEAA 4LYCA 4NIJA 3W6AA 1GBOA 2YBIA 3BKVA 3TXGA 3TXKA 1LZGA 4H9IA 4DT3A 3A91A 3WMKA 5ILCA 4G4CA 3D3DA 1CJ9A 5IHGA 1IC4Y 5FELA 1B7RA 1FN5A 5E4PA 1LPIA 1LZ8A 1LMNA 1LZEA 2G4NA 3W6CA 1XGUC 4WL7A 4YOPA 3LYTA 4GCBA 1RFPA 5KXYA 153LA 2LZ2A 3G3AB 1IWTA 1VDPA 1I20A 2YBMA 4B1AA 1YKXX 4H9CA 5IDDA 5C6LA 4WLYA 4PRQA 5J7CA 4KXIA 1YKYX 4WO6A 1LSMA 5KXSA 2MEGA 4MR1A 4NGWA 3WPLA 4PJ2C 1LJEA 4H9FA 3HBEX 1LZRA 5KKIA 1B7NA 2CJLA 1UIGA 2EPEA 1SLYA 3HFMY 4ML7A 3ZVQB 4B4IA 1GBYA 4WM6A 1XGQC 1QDRA 2BQGA 3W6BA 4Z3MA 4DD1A 1GFUA 5KXOA 4OWBA 2FYCA 3AZ5A 1JWRA 1AKIA 1IP4A 4HV2A 1DZBX 1GEZA 4N0JA 1A4VA 4UWVA 1JEFA 1A2YC 4WM2A 1WQRA 1IP7A 1PS5A 4NGIA 3AYQA 1HNLA 4J7VA 5I5QA 1IY4A 2Q0MX 1D9UA 4GN3A 1IVMA 1IEEA 1O23A 2ZNWY 3ATOA 4WO9A 1TBYA 1EQEA 3CB7A 1GFEA 2LHMA 4NSJA 4PRUA 1CNSA 1XEKA 3A6CY 4M6DA 3HBHA 1LKRA 4NSGA 1IR7A 2G4PA 5KKJA 1HFZA 1IWVA 1BB4A 2FBBA 1B5VA 1WQMA 3T6UA 1JKAA 2MEIA 4ETBA 1D6QA 4NHPA 1REXA 2I25L 1IWUA 2MECA 3IJUA 4W96A 1GB9A 1HFXA 4RW1A 1IP6A 1LJKA 2WARA 1LSGA 1UA6Y 4LYOA 5LA5A 1FLWA 4QGZA 4QEQA 5LVGA 2G4QA 2LYZA 4GCDA 3ULRA 4WM1A 4DYGA 6LYZA 1LSBA 1T3PA 1GF4A 4FDYA 1RCMA 5B1GA 1UACY 1VDQA 1WQPA 4NGZA 4R0FA 3W3EA 5LAGA 2YVBA 1IR9A 4HV1A 1GB5A 3E3DA 4H9EA 4UWUA 4H92A 2MEEA 1IOTA 1NQIA 1GB2A 1T6VL 2GV0A 2Z2FA 4CJ2A 4OWHA 154LA 2HEEA 1HENA 4OOOA 2BQHA 5KXZA 5KXMA 1B7SA 2N5ZA 4NHIA 1IY3A 1D0KA 3W6FA 7LYZA 1BGIA 5D5FA 4XJIA 4WLXA 4AGAA 1JSFA 1GFTA 4HSFA 4PHIA 2DQHY 4DWXA 4XJDA 1F6SA 193LA 194LA 1UIBA 5F16A 3ATNA 5B07A 1GF9A 1OUEA 2BPUA 4OWEA 2D4KA 5LXWA 1ZV5L 1HSXA 4NGYA 5B1FA 1RE2A 4MSTA 1IIZA 1XFPL 4GN4A 3A34A 1LZTA 3WPKA 5I4YA 4J0LA 4GCFA 133LA 3AZ4A 2HUBA 1LZ6A 1GDWA 3J4GA 1B5UA 3WXUA 4WM4A 1UICA 1HHLA 5LYTA 1CJ7A 1J1PY 1GXV2 3G3BB 3CSQA 1NMMA 1KXWA 4LT1A 1DI5A 135LA 1ALCA 2XBRA 3IJVA 1BVXA 1LOZA 5APEA 5FEKA 4A7DA 5KXNA 1LSCA 3WULA 3A6BY 1C08C 1JIYA 1GF6A 3A3RX 4HPEA 1J1XY 4H94A 4BADA 1W6ZA 1HEMA 1IWXA 5II3A 4TUNA 1GB0A 1TCYA 4YM8A 1IC7Y 4Z41A 1JKCA 2Z37A 4DD0A 4QY9A 1NKHA 1E8LA 1CKCA 4PPOA 1LHJA 3TMXA 1HEOA 4LYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WPJA 1C6IA 1HMKA 1L72A 4E3UA 2O79A 3L2XA 4W94A 1QSAA 4I7JA 4WG1A 5I14A 1LMAA 5M1YA 4O34A 1GF5A 1L97A 164LA 128LA 175LA 2A7DA 4DDAA 3RNXA 2HEBA 1HEQA 1TDYA 176LA 2BQCA 4XADA 1FLYA 2PC2A 3WU7A 1DYFA 2BQFA 5LVJA 1JSEA 217LA 3A95A 4G49A 1G07A 1JJ3A 1PQOA 3GUNA 3DN1A 3SBAA 3CSZA 3EO5A 1L69A 4DD3A 1SSWA 4LZMA 1GD6A 3B0OA 195LA 4GRVA 4ARJA 2CUUA 1LYSA 1D3NA 126LA 4TWSA 3B0KA 3TMVA 4KL7A 2BQNA 1LJHA 1GFJA 249LA 3A90A 4H8ZA 1C6KA 119LA 226LA 3RT5X 1KXYA 2B6ZA 2CDSA 2BQJA 4ARQB 2DQCY 4XENA 1VATA 245LA 1XSFA 4NG8A 2Z18A 1RJCB 3EXDA 1L15A 1LZYA 1OWYA 4YF2A 3ZEKA 4RDSA 5I54A 162LA 1QSBA 3A96A 5AMYA 181LA 4ARLA 1JUGA 1FBIX 1L91A 1P2RA 1LSEA 5E9RA 207LA 1MELL 2HTXA 1L61A 216LA 2B70A 1TAYA 4YXAC 4NHQA 1XJTA 1L29A 1L96A 5A3ZA 4H8XA 4W56A 5B06A 4XJHA 2OEAX 192LA 3HT8A 1VDTA 4KPMA 3P4ZA 143LA 1IR8A 1SQ2L 1KXXA 1L18A 3TXDA 208LA 1BVKC 3TXFA 1QUTA 2B6XA 2HULA 1CKFA 4NY5A 1L48A 4LYBA 1C43A 1EPYA 1L0JA 3DMVA 4WMGA 1ZYTA 3CSRA 258LA 1LI2A 1P5CA 1L16A 212LA 5LAFA 2EIZC 2HEAA 4HJVA 1HC0A 1GF8A 4ETAA 1H87A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WPJ A;  1LZA A;  1JTP L;  4LT3 A;  9LYZ A;  1WVU A;  1D6P A;  2YBH A;  4WLT A;  5LVK A;  1UIH A;  4B4J A;  1HMK A;  2Z19 A;  4L41 A;  4WM3 A;  4E3U A;  1I1Z A;  4H8Y A;  1IP1 A;  1N4F A;  5IEL A;  4ZIX A;  3P66 A;  1UBZ A;  4CGE A;  1LJJ A;  4W94 A;  1B5Y A;  3GXR A;  4WLD A;  2I6Z A;  2DKV A;  1MLC E;  1EQ4 A;  4GN5 C;  4LZT A;  1QSA A;  4WG1 A;  4J1B A;  1B7P A;  5M1Y A;  1LMA A;  1XGT C;  5HLL A;  4O34 A;  1GF5 A;  2H5Z A;  1DPW A;  1CKH A;  2A7D A;  4B49 A;  1OUB A;  1GBZ A;  4NGO A;  4DDA A;  4DDB A;  3RNX A;  2HEC A;  2HEB A;  2ZIJ A;  1HEQ A;  1BB5 A;  1EQ5 A;  1GE3 A;  1TDY A;  2YBL A;  1DI3 A;  2BQC A;  4XAD A;  2DQJ Y;  4TTD A;  1NWG A;  1FLY A;  2PC2 A;  4RLN A;  4HJZ A;  3WU7 A;  3CQL A;  5JEN B;  5F9U A;  1B2K A;  1B0D A;  2BQF A;  5LVJ A;  1GBS A;  5HNC A;  1JSE A;  3W6E A;  1YAM A;  3A95 A;  1G7J C;  2CWI A;  2D4I A;  2F30 A;  4IJ4 A;  4G49 A;  1OUI A;  4OOT A;  1OP9 B;  1HF4 A;  1BWH A;  2B5Z A;  5B05 A;  1JJ3 A;  1IP5 A;  1UID A;  4DDC A;  1QQY A;  3AGI A;  5DN4 A;  1GE0 A; 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 1LSB A;  1T3P A;  1GF4 A;  4FDY A;  1RCM A;  5B1G A;  1UAC Y;  1VDQ A;  1WQP A;  4NGZ A;  4R0F A;  3W3E A;  5LAG A;  2YVB A;  1IR9 A;  4HV1 A;  1GB5 A;  3E3D A;  4H9E A;  4UWU A;  4H92 A;  2MEE A;  1IOT A;  1NQI A;  1GB2 A;  1T6V L;  2GV0 A;  2Z2F A;  4CJ2 A;  4OWH A;  154L A;  2HEE A;  1HEN A;  4OOO A;  2BQH A;  5KXZ A;  5KXM A;  1B7S A;  2N5Z A;  4NHI A;  1IY3 A;  1D0K A;  3W6F A;  7LYZ A;  1BGI A;  5D5F A;  4XJI A;  4WLX A;  4AGA A;  1JSF A;  1GFT A;  4HSF A;  4PHI A;  2DQH Y;  4DWX A;  4XJD A;  1F6S A;  193L A;  194L A;  1UIB A;  5F16 A;  3ATN A;  5B07 A;  1GF9 A;  1OUE A;  2BPU A;  4OWE A;  2D4K A;  5LXW A;  1ZV5 L;  1HSX A;  4NGY A;  5B1F A;  1RE2 A;  4MST A;  1IIZ A;  1XFP L;  4GN4 A;  3A34 A;  1LZT A;  3WPK A;  5I4Y A;  4J0L A;  4GCF A;  133L A;  3AZ4 A;  2HUB A;  1LZ6 A;  1GDW A;  3J4G A;  1B5U A;  3WXU A;  4WM4 A;  1UIC A;  1HHL A;  5LYT A;  1CJ7 A;  1J1P Y;  1GXV 2;  3G3B B;  3CSQ A;  1NMM A;  1KXW A;  4LT1 A;  1DI5 A;  135L A;  1ALC A;  2XBR A;  3IJV A;  1BVX A;  1LOZ A;  5APE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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