4ND9A

The putative substrate binding domain of abc-type transporter from agrobacterium tumefaciens in open conformation
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
280
structure length
280
Chain Sequence
AQVVVSSKIDTEGGVLGNIILAVLNQNKIETTDRIQLGATPVVRKAITAGEIDIYPEYTGNAAFFFSKADDPLWKDAAKGYEEAKTLDYDANKIVWLAPSPANNTWAIALRKDVADKNNLKTLSDFGKYVAGGGTVVLAASSEFVNSAAALPAFQTTYGFTMKPDQLITLSGGDTAATIAAAANQTNNANAAMVYGTDGGIAPSGLVVLEDDKHVQPVYQPAPIIREEVLKKHPNIEELLKPVFEKLDLATLQDLNARVQVGGEQAKTVAMDFLTKNGFA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The putative substrate binding domain of ABC-type transporter from Agrobacterium tumefaciens in open conformation
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Proline/glycine/
total genus 96
structure length 280
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nd9A01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 4nd9A02
3I3VA 1QVSA 4I62A 1MH3A 1GTKA 3FV1A 4NF4A 3OENA 2Y7PA 4ESXA 4MBPA 3T22A 5JTYB 4QSDA 2QL3A 5DVIA 5A5XA 4M4GA 4E0WA 3G3FA 4KFQA 2B3BA 3MC2A 3BFUA 2KLFA 4NF6B 1SDXA 1NNTA 3S9NC 1OVBA 3WAFA 4NEDA 3K4UA 5I59A 3CG1A 3IOTA 4BDMA 1OQGA 1TWYA 2P0SA 1Y1MA 4ZE9A 4HW8A 4F18A 3T9XB 2D21A 4I8CA 2XXYA 1P1UA 3HHGA 4UACA 3UK4A 2CZLA 3O28A 5CBSA 4G68A 1FTKA 1MXWA 4O3BA 4EQBA 1AOVA 1USYH 3FASA 1MRPA 4POXA 1JW1A 1FQFA 1PDAA 5AA2A 1B3EA 4XKNA 1QJMA 4IO3A 1IQ7A 3S9LC 2F7CA 1MG1A 2O51A 3DP4A 3MVXA 2V3QA 1R6ZA 3JV9A 4F19A 1MS7A 3N5LA 1MQDA 2I49A 3RTFB 3PU5A 2DYXA 4H5FA 1ZIUA 5BUUA 1DSNA 2RKMA 3FXQA 4LZ5A 1S50A 4PFUA 2OZZA 1ZU0A 4YKKA 4NF5A 3S9MC 1IUDA 1I6BA 1SW1A 1PB7A 4O3AA 1I6QA 3K1MA 4LVQA 3M3FA 1UTBA 4GFRA 1A55A 1LAXA 2H98A 1MPCA 4YB5A 3SEYA 3R6UA 3UA8A 4LQ2A 3M8UA 1DMBA 1FQAA 2ZYMA 1PC3A 3MVYA 1WODA 4IY6A 3VDFA 4BDQA 4H67A 3O9PA 3FV2A 3O66A 3DELB 5AA2D 3ZKLA 5H8FB 4MLVA 3K1NA 4YMAA 2DXYA 3G3KA 4P0IA 1MY2A 3PV0E 2HEUA 2DSFA 4U21A 1Y20A 2V25A 3N6UA 1M5FA 1N0TA 4IO2A 1S9TA 3TUSA 4R74A 1B3LA 5L9OA 4KCCA 3WAEA 4H1XA 4OQOA 4F1VA 4C1UA 3DP8A 1MXYA 1OLAA 3ZKKA 2Q89A 1O7TA 1JVYA 4QFKA 3TDJA 1MDP1 1B58A 3L6GA 1FTMA 3PUWE 3T96B 2Y84A 4ELRA 3LSWA 4DXUA 4G8HA 1M5EA 1VE4A 3OEKA 1XVYA 5KZTA 4FEBA 5K2XA 4DIGA 1B5JA 4RNSA 1P1WA 5H8QB 2I4BA 3KJ7A 4OYVA 1FQDA 4OETA 4C1TA 2I3WA 1IXGA 4OZ9A 2QMXA 4U4XA 4WEDA 1VSOA 5ISUA 1PEBA 2RC7A 5EYFA 3SDFA 3BBRA 3MP6A 1JVXA 3QUFA 3IX1A 4ESWA 3OELA 3FJGA 1I69A 2F97A 4LATA 4H65A 4GOTA 2D5WA 2V3UA 1D3KA 5ELVA 2Y7KA 1FTOA 1P1QA 3PMVA 3P7IA 2XXWA 2PYYA 3HSTA 3K6XA 2OBGA 1LGBC 3DLNA 3VXCA 2XX7A 4MH5A 4MFIA 3ONMA 1POY1 3PUYE 1GV8A 1AMFA 1UIVA 4LZ7A 4ZZEA 4U23A 2UYFA 1B5HA 3ZSFA 2O1MA 5BWJA 3TTMA 1B5IA 3H6TA 4H0WA 4YB7A 3O97A 4F2OA 3N94A 5CI5A 2DS9A 2B65A 2HQ0A 3TCGA 2X26A 1LBCA 3VFJA 1SD3A 4OESA 3PMXA 4E0XA 1H44A 2AL4A 4FE8A 2REJA 4G2ZA 1BTJA 2PX1A 1MY3A 4QRZA 1B4HA 4LP2B 4YZZA 1B3HA 1H76A 1YCJA 1LAHE 3KG2A 4R2FA 2XX9A 1SI0A 2F5XA 3GBBA 3U72A 4NMYA 2Y7RA 3OO6A 4Z0IA 3CR9A 2GFEA 3V83A 3MP1A 1Q1KA 5TPAB 4IO6A 1Y4TA 5TP9B 2I4CA 2PT2A 3FGSA 4LQ5A 2THIA 3L6HA 1BLFA 2DWHA 3E13X 3KGCA 3GBAA 3KSJA 1B7ZA 4F1UA 3IO6A 1MQHA 4Q5TA 5K2YA 4G68C 4YMBA 4KCDA 2H4IA 3M3KA 5HM4B 2Q9TA 2R9JA 2QS3A 4DZ1A 1PBPA 3SEXA 3H4ZA 4Q0CA 1SW4A 4GIZA 1Y4CA 4LA9A 1H3DA 4ELPA 1D9YA 4XIGQ 2QSXA 3T9UA 1LFGA 3CSGA 3Q28A 2OJTA 3EHTA 3S4UA 2VOZA 4IGRA 3A3CA 5CMBA 5I2NB 1UTHA 3IB1A 3B6QA 3U8QA 4GD5A 4F3PA 1KWHA 4R73A 3U1OA 1OMPA 3THIA 5KDTB 3H3GA 1NH8A 1IIWA 2UVIA 5AA1A 4KPTA 5H8NA 5FHNA 2OLBA 4LONB 2O6AA 2LAOA 2D3IA 3CFLA 3RQTA 4HCWA 4ZS9A 4QFPA 4TLLB 1HSEA 1A54A 4QFLA 1A99A 1M5BA 2AYSA 4IY5A 4QSEA 2OWSA 1TFAA 4TQUQ 4HTGA 3IORA 2RCAA 3Q25A 5EHMA 2R71A 3K00A 5I57A 3MVWA 5AA4A 3JYRA 5H8HA 3IL1B 3W9WA 4AB5A 5TPAA 4RYAA 2UVJA 4F39A 2XXHA 1RYXA 3ECRA 3UP9A 2O7IA 3IOWA 2ZNSA 3K6VA 3TODA 2Q2CA 4ZEKA 1J1NA 4GXAA 2NOOA 3FATA 4JBZA 4BLAA 3Q26A 3MVZA 1XS5A 5EHSA 2RINA 3MQ9A 1RKMA 2XXRA 2I0BA 3KBRA 3TMGA 4RA1A 3EF7A 3OSRA 3TQLA 3Q27A 4OXVA 1N7WA 5ITOA 1DPEA 4OFOA 3S9EA 3QAXA 3IR1A 2M8CA 3H6UA 4OWDA 4R6HA 4KYDA 3TQWA 1SYIA 5CC2A 2ZYKA 2O69A 2QS4A 4IO7A 2H5YA 4F3SA 1HSLA 4PFWA 4DDDA 1D4NA 2ZXTA 4QFOA 1LAGE 1MXXA 3KN3A 2DOJA 4MF3A 4I9DA 3MPLA 1SI1A 3QUJA 1NMUA 3OSQA 4RK9A 2OWTA 3HCQA 4QFNA 3T93B 3C34A 2Z22A 1B2HA 1EZOA 4U1OA 2REGA 1MDQA 3DM0A 3RGYA 1PBQA 1LFHA 4FIMA 4JSOA 2I6EA 3K1PA 1QW0A 1N04A 5B70A 2DXRA 4TLMB 1URGA 5IAIA 1UIUA 1DTGA 3RT6B 5JTYA 3CG3A 3C36A 2DWIA 4DE8A 2QS2A 3C32A 1P1NA 2XD3A 3F11A 4LUBA 2V3TA 4NF6A 3BFTA 3USDA 5F7VA 2A5TB 5IKBA 2HFBA 3H6WA 1R9QA 3RY3A 3FVKA 2NWJA 3A3UA 4FORA 4EXKA 3LUYA 4G8NA 3U93A 4KI0E 3MZBA 1NFTA 5HBCA 1Y3PA 5CMMA 1MPBA 1NL5A 4HCYA 1M5CA 5FHOA 3C4MA 3N6TA 3HHFA 2H9BA 5I84A 3MP8A 4GF8A 3I5OA 5FTHA 1IZ1A 1LLSA 3QXMA 1Y9UA 2HXWA 4BDOA 3TFLA 1GGGA 4OEUA 1B6HA 3PUVE 1YPNA 5B7DA 1IXCA 5TU0A 2Z23A 1OVTA 3PMWA 1Y1ZA 1LSTA 3CIJA 4JWXA 3RT8A 2QPQA 4RK2A 1B1XA 4R6YA 2PMSA 3O29A 4ONYA 3MPKA 4DXBA 1OLCA 1DTZA 3D4CA 1YTVA 3PD9A 2XXUA 1IXIA 1CB6A 5DEXB 2DP8A 4U1ZA 1O63A 4F3GA 2Q8JA 3PPOA 1QKAA 3BKIB 2O84X 3FVGA 1NH7A 4IGTA 3RLFE 2UYEA 4F2QA 5M2VA 4IO4A 3ODBA 1MPDA 4ZDMA 2V84A 3IB2A 4QHQA 3TKDA 1BIYA 4RJZA 3OOAA 2F8DA 4R2BA 4JXIA 1QUJA 4C0RA 3DP6A 3QIMA 3IAZA 2Z8DA 2F78A 4OENA 2Q2AA 4KYSA 1GVCA 1A8FA 1VFDA 2E0SA 3GLBA 2A5TA 1FTLA 4FAJA 3G3GA 3OMBA 2RC9A 3R26A 1MM6A 5CRYA 5H8FA 4M1VA 3UORA 2UXAA 3FD3A 1URSA 1MQIA 2WKYA 5AE4A 1I6AA 5L8DA 1Q35A 4XKRA 2ESNA 3ZS6A 4F1YA 4EF2A 4EQ9A 4ZEDA 1B3FA 3O2AA 3K02A 5DYHA 1MQGA 4PETA 1D9VA 5I56B 3H6VA 2I0CA 3EN3A 1B9JA 1GR2A 2O1LA 4LZ8A 1Y3NA 3RUMA 5JEIA 3GXAA 3TTNA 4YB6A 1JW4A 2DVZA 2F7BA 4H8IA 2ONSA 3VV5A 4Q8RA 2VHAA 4NF4B 2YJPA 3RTWB 2F6GA 3B6TA 4NF8B 5ITPA 5H8QA 3C31A 5ICTA 4AQ4A 4DXCA 4JWOA 1JEUA 5A5XB 2F34A 5HPQA 3KZGA 4GQOA 2RF1A 5DEXA 2DQVA 3E4RA 2OCUA 2O7UA 1PB8A 2HCAA 4PE5B 4GLIA 2I48A 5J1DA 3TCFA 1LFIA 1H43A 4KQPA 1N3WA 1DPPA 5I59B 3KJTA 1NNPA 3SEWA 4NWCA 3T66A 3GZGA 4ELQA 4EUOA 2QRYA 3K6UA 1JW5A 1N76A 2YPNA 3FXRA 4Z7EA 1FW0A 1NKXA 1B0HA 4JSDA 3H06B 3FJ7A 2XXVA 4WXJA 3IO4A 2GHAA 4ZE8A 3IK6B 3VLWA 1SYHA 4NWDA 4X48A 2O68A 2HZKA 4GWOA 3LSXA 2ALUA 2OK2A 1H45A 3FJMA 1SBPA 3VVFA 4G68B 1B3GA 4BDRA 2HAVA 4ZEIA 2P2AA 4K3FA 1LCTA 5DT6A 5AA2B 2XXXA 3MJNA 1XHYA 3VLVA 1P1OA 3EPEA 4ELOA 3OO9A 4KR5A 1MXZA 1B52A 3G3HA 1VR5A 1ZTYA 3JZJA 1BKAA 4ISUA 5CM6A 4DCXA 1NNFA 1SQYA 2F36A 4XKPA 4U2RA 4WKMA 3S2VA 3TTLA 1N3XA 2GRVA 3KOSA 3IB0A 4YU0A 4EQ7A 5AA3A 3SEVA 4NF5B 1QULA 3G7WA 4R75A 3KN8A 4R72A 4X1BA 1FCKA 2DE4A 1ZLQA 1UTBB 3ILUB 4NF8A 3U92A 4ZEFA 3FIRA 5TP9A 1IXHA 4ECFA 3E3KA 3KOTA 2XHDA 3KN7A 3E9XA 2CMOA 3K0VA 1QKBA 3K01A 3QK6A 1QUKA 5LOMA 4QF9A 3CFZA 4ZECA 3LBSA 3G3JA 1F9BA 3OO8A 3SETA 3VE1B 3TCHA 4BDLA 3KFMA 4HS7A 2NXOA 1PB9A 1B7HA 3TTRA 4FATA 2ANJA 3W15C 2HAUA 1A7LA 2ZYOA 4XXUA 2G29A 3OXNA 1TFDA 2AL5A 4AB6A 2RC8A 1XVXA 4YAHX 3PD8A 4F31B 1MXUA 3MW0A 2GH9A 1R9LA 1Z7NE 1MXVA 3FVNA 1EU8A 4EDPA 4F22A 4RPOA 1B32A 1FTJA 3IJOB 3PPPA 4EXLA 2H99A 5I2NA 2GHBA 3MBPA 1Y3QA 1EH3A 4P11A 4G8MA 3RN8A 1BP5A 1XT8A 3MZ1A 1A40A 5KDTA 4U4SA 3TAJA 2W7YA 5I2KB 3TTKA 5I58B 2FA7A 3SEUA 3K6WA 2QJEA 4L17A 3PGFA 2UVHA 3LC8A 3HPIA 1XOCA 1AH5A 2VGQA 4XTCQ 1L5TA 5L9MA 3SESA 3CVGA 1US4A 1B05A 4ND9A 4WEPA 2ZNUA 1XC1A 2VP1A 3OEMA 2X7QA 5FHMA 5H8SA 2Z8EA 4IO5A 4G77A 1O64A 1UQWA 3C9HA 4OFLA 1DOTA 2E1SA 2ZMBA 2G93A 2ONRA 2P1SA 4N07A 1IEJA 3TEPA 1II5A 4GVOA 1MY0A 3UIFA 2F7AA 4R9FA 1ATGA 4GL8A 3V89B 4GL0A 4Q30B 1FQBA 2ONKE 4O3CA 1MH4A 4TOZA 1B7UA 2V93A 3I6VA 1Z7ME 1JQFA 3Q29A 1R1NA 5CMCA 3UGWA 4GRKA 3IOVA 3PUXE 4OMBA 2XD2A 4P0GA 2R6GE 2IA4A 3VXBA 3OD7A 4DLDA 4RPNA 4U22A 4PQJA 2NVUB 1S7YA 4G4PA 3PPQA 1B51A 4FJPA 1B1HA 3VVDA 3O6GA 4DCYA 4OHNA 1URDA 4XKQA 1MY4A 1VFEA 3B7DA 2Y7WA 1P99A 3B6WA 1TXFA 3SERA 3RPWA 4PFYA 3C33A 1B0LA 1LCFA 5I2KA 5I58A 3A09A 1LBBA 3MAMA 2A5SA 1M5DA 1MQJA 4ZEBA 2XXPA 3C35A 2B3FA 1MM7A 2X7PA 4KHZE 3EHUA 1IITA 4UA8A 4F29A 3W9VA 4FEDA 2F35A 4H8JA 1JETA 3D4GA 2NUVA 1QUIA 5DTBA 3H7MA 1N7XA 3LSFB 4H6DA 3IOUA 3T9VA 2UVGA 1OIBA 5DVFA 1JNFA 4OEVA 2Z8FA 3UN6A 2HZLA 3TZAA 1ZBMA 4JWYA 3LSLA 5CMKA 1ELJA 3HN0A 4BDNA 2F6PA 4MLQA 4YKPA 3N26A 5FTIA 5CBRA 3V8XB 2BJJX 4THIA 1SVXB 2YLNA 1FQEA 3O6HA 2XXIA 4F3BA 3TYHA 3CRBA 3HO7A 5KCJB 4FECA 1JEVA 1UTHB 2IEEA 4EF1A 4R9GA 1TT1A 3CSBA 4PFTA 1CE2A 5L9SA 3RNNA 2I3VA 1A8EA 2PVUA 1AIVA 1T0KA 4JB7A 4OTEA 4QSCA 5H8NB 3TELA 3MUQA 3OO7A 3G3IA 3MWBA 3VVEA 3IJXB 4RY1A 1AL3A 3FVOA 2XX8A 3FXUA 3ILTB 3PPRA 4X9TA 3CFXA 3FZVA 3PPNA 3O6IA 2PT1A 4NE4A 3TPAA 3QSLA 3KSXA 5DVJA 5ICQA 1B4ZA 4YICA 1WVJA 1ZMGA 5I57B 5AA4B 2ZNTA 5H8HB 3LR1A 4RXLA 2Y7IA 1ANFA 1US5A 2ABHA 2VD3A 3EHSA 1LB9A 2DWJA 2DWAA 2FYIA 4N13A 4X1DA 5JK4A 4GXSB 2AIXA 2QMWA 3V5AA 1N84A 3SKPA 1SW2A 4YKIA 2XXQA 1WDNA 1MY1A 4I1DA 3U94A 2RCBA 4OFJA 5F1QA 2ZYNA 2DVCA 1ZJLA 4POWA 1POTA 3HV1A 3M3LA 4N6PA 3K2DA 4R6KA 2H25A 1YAEA 1OQHA 3R7XA 4KYEA 1EZPA 2Q88A 2DE2A 1LAFE 2FNCA 2DE3A 1B40A 4ZZAA 1USYE 3AXFA 3PUZE 3H03A 3KEIA 4JDFA 4OERA 3CI8A 1B46A 4NTLA 3MZ9A 4OVJA 3EQ1A 4IB2A 3VLUA 1RYOA 2QS1A 2VD2A 5KCJA 1LB8A 2I58A 4YKJA 1ZKBA 1SW5A 4KD5A 3QYTA 5I56A 2XXTA 2PBWA 3T9HB 3FUZA 1EZ9A 4PP0A 1FQCA 1NNKA 4H5GA 1HSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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