4NTLA

Crystal structure of a lipoprotein, yaec family (ef3198) from enterococcus faecalis v583 at 1.80 a resolution
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
242
structure length
242
Chain Sequence
DKEITVAVQLESSKDILEIAKKEAEKKGYKINIMEVSDNVAYNDAVQHDEADANFAQHQPFMEMFNKEKKADLVAVQPIYYFAGGFYSKEYQDAKDLPENAKVGIPSDPTNEGRALAILNANGVIKLKEGVGFNGTVADVVENPKNITFESIDLLNLAKAYDEKDIAMVFCYPAYLEPAGLTTKDAILLEDKEASKHYALQVVTRKGEKDSEKIKVLKEAMTTKEVAEYIKKNSKGANIPAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a lipoprotein, YaeC family (EF3198) from Enterococcus faecalis V583 at 1.80 A resolution
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Enterococcus faecalis
molecule keywords Lipoprotein, YaeC family
total genus 69
structure length 242
sequence length 242
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ntlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ntlA02
1NMUA 3KOSA 2F78A 2HQ0A 3IB1A 3VLVA 2O1LA 4F1YA 4NF4A 3PUZE 2XD3A 2I4BA 1PBQA 1VFDA 1SW5A 4RNSA 5L9MA 1JNFA 3N6UA 1ZKBA 3UORA 2B3FA 1MXXA 3OO6A 4K3FA 1NKXA 1XT8A 3CIJA 2Z22A 1B4HA 5B7DA 4ZS9A 1LBCA 1M5BA 1D9VA 3M8UA 1QKAA 4O3BA 4R6KA 2P0SA 2DSFA 4OZ9A 1UTHB 3KN3A 3DM0A 3K02A 5L9OA 1B58A 4GWOA 3K4UA 3OXNA 4G8HA 5B70A 4WEDA 1MQGA 4ESWA 1TWYA 1EZPA 4R6HA 3TAJA 4NMYA 4ELPA 1NNPA 4KD5A 1R9QA 2UYFA 4FAJA 4U23A 1QUJA 3S2VA 4ZEIA 1A99A 4P0GA 1OVBA 5TPAA 3RTFB 4U4SA 2F36A 2W7YA 2FNCA 1R1NA 1LSTA 1YTVA 1LGBC 1B2HA 3FJ7A 1SYHA 1ZLQA 2NXOA 1MY4A 2UVIA 1AIVA 3OSRA 4LZ5A 1LCFA 3W9WA 3O29A 1SBPA 3PUVE 3FV1A 3QUJA 3P7IA 1QVSA 1URGA 2H98A 2ZNUA 1PB8A 5H8HA 1LAXA 1B1XA 1IIWA 2QS4A 1HSEA 2PT2A 3FXRA 1B3FA 1Y4CA 2I4CA 3FXQA 3HSTA 3G3GA 1SDXA 3MQ9A 2Q88A 4NF6B 5CRYA 5I59A 4F22A 3ILUB 2DE3A 2PYYA 4H8JA 4BDNA 4JDFA 1DMBA 4IO7A 3U93A 3R7XA 2ZYKA 3B6QA 1SW2A 1MY1A 2G93A 1VE4A 4PETA 4N13A 3IOUA 4U22A 4PFUA 2F8DA 2XXRA 4M4GA 4G68B 4R74A 1B1HA 3HV1A 2QJEA 3C36A 1OMPA 1XHYA 3FJMA 3MP8A 2XXHA 2I0CA 3SEWA 2I6EA 2ALUA 3QSLA 3CVGA 1P99A 4GLIA 1FQCA 5A5XA 1FTOA 4JB7A 4E0XA 1YAEA 4Z7EA 4H5GA 3QUFA 4LVQA 3BFUA 3ECRA 3TFLA 1O7TA 4OERA 4BDOA 4U2RA 1MY2A 3T9UA 1IXGA 3KZGA 4GL0A 4ZEBA 1RYOA 3Q26A 2THIA 2VD2A 3LSFB 3PPRA 3FVOA 4XKNA 1B6HA 1BIYA 3VVFA 2QRYA 1LFHA 2OWSA 5CBSA 3PMWA 3CI8A 3FVKA 2YLNA 3WAFA 3CSBA 2DE2A 1B5HA 4QFKA 3K6WA 1QUKA 3RY3A 3O97A 4POXA 1B46A 2Q89A 2Y84A 4ONYA 1QKBA 5EHSA 5H8FB 4ZEKA 4NWCA 3HHFA 2ZNSA 2O84X 2QSXA 3FZVA 4GQOA 4O3CA 2Y7PA 4R6YA 3A09A 3M3FA 1B51A 1R6ZA 1QW0A 4BDRA 4H6DA 5I2KB 1HSLA 3RTWB 1IUDA 3K2DA 1SI0A 2O51A 3ZS6A 1XC1A 3K1NA 3T93B 2R71A 3K1MA 2X7PA 2VHAA 4ZE9A 3I6VA 1QUIA 1MM7A 1MXYA 4HW8A 2DP8A 3O66A 4HS7A 2H9BA 4R72A 4M1VA 4KQPA 3G3JA 1A55A 3OO8A 3TTNA 4F19A 1D9YA 3GXAA 3THIA 3CSGA 2Q9TA 2PT1A 1ZIUA 2DVZA 4OQOA 1JVXA 2HZKA 1B5JA 3V89B 1N3WA 4I8CA 4G2ZA 2D5WA 2HXWA 2Z8EA 1QULA 3E13X 5ITOA 4GRKA 4TOZA 3K00A 2OLBA 1GV8A 4WKMA 3HN0A 2GFEA 5ICTA 3LSXA 3LSLA 4MBPA 5CMMA 2ONKE 3LBSA 1II5A 1USYE 2ZYNA 4R75A 1N04A 3Q27A 2CMOA 2V3TA 3K01A 1POY1 4BDMA 3TQWA 3O9PA 3SEXA 1UIUA 2I0BA 2A5TB 1RKMA 4LA9A 2HEUA 4PP0A 1ZMGA 4FIMA 1A54A 3U72A 2OBGA 3K6UA 3KG2A 3CRBA 4JWXA 4EDPA 1LAHE 4RXLA 4F3PA 1LBBA 1RYXA 1MG1A 4ND9A 1N84A 2UVJA 1TXFA 1MM6A 1SW1A 4BDLA 2D21A 1URSA 4F2OA 5DT6A 1N7XA 1S7YA 1B40A 1LLSA 4MLVA 5ITPA 2AL5A 2E1SA 1PDAA 3I3VA 3MZ1A 3S9EA 4TLMB 3KSXA 3ILTB 1NH7A 2QMXA 4C1UA 5BWJA 3UA8A 3ZKLA 3KOTA 1JVYA 4KR5A 3CFLA 4OWDA 2UVGA 2ZYOA 3PGFA 2LAOA 4TLLB 1GGGA 3DELB 3F11A 4NF6A 5IKBA 4H1XA 3S9LC 4F29A 3A3UA 3EHUA 1ATGA 1MPCA 1DTZA 1FQDA 4OHNA 3OEKA 3TEPA 2V3QA 1IXIA 3Q28A 4C1TA 1Y3QA 2DWJA 1NH8A 4F3SA 3FGSA 1MS7A 5H8QB 3JYRA 4X1DA 3W9VA 2M8CA 2DS9A 1IZ1A 3OELA 3M3KA 4IO4A 1UIVA 4ECFA 1DPEA 3IR1A 5TP9B 3IJOB 1SD3A 2XXIA 3U94A 1LAGE 1H44A 3Q25A 1KWHA 4YB6A 2REGA 1HSJA 3PUXE 4E0WA 2XXPA 2ZNTA 4KYEA 1OQHA 1TFDA 4QRZA 3N5LA 2G29A 3AXFA 5ISUA 3HPIA 3D4CA 1N3XA 4QHQA 2I3VA 2RC8A 5AA4B 4X9TA 3KJ7A 1ZJLA 3IAZA 2Y7RA 3PPQA 4LQ2A 1PB7A 4LUBA 5FTHA 5LOMA 1VSOA 3FATA 4IB2A 3TQLA 4EQBA 4XKPA 2ESNA 5IAIA 3H6UA 4WXJA 1AH5A 1ZU0A 3SDFA 2DWIA 1B3HA 3RN8A 1M5FA 4FECA 4MLQA 2DQVA 1ZBMA 1NNFA 5H8FA 5CM6A 4KYDA 5I58B 4P11A 1S9TA 3VV5A 3IK6B 3L6GA 1Y1MA 2DOJA 2DVCA 3QXMA 3LSWA 1MXWA 2DWAA 4QFPA 5DYHA 1PBPA 4FEDA 4KI0E 4EF1A 3SETA 4U1ZA 2AYSA 3W15C 4LP2B 1DOTA 3VDFA 5I2KA 4G8NA 1LFIA 3DP6A 4H65A 5CBRA 4F31B 2X7QA 1L5TA 4G4PA 3LUYA 3USDA 5HBCA 2VP1A 3MZBA 1DSNA 5L9SA 1FTMA 1J1NA 2XXVA 1OLAA 3EN3A 2Q2AA 3N26A 3IOVA 5DEXA 4GXAA 3S9MC 3ZSFA 4GOTA 4LATA 2RF1A 2XX9A 2O68A 4NE4A 3FJGA 2B65A 3G3FA 3O2AA 4OFOA 2V25A 2P2AA 4OFJA 4DDDA 3IOWA 2O7UA 1S50A 1JW4A 1XVYA 1GVCA 3KN8A 2F7CA 4BLAA 3C33A 2B3BA 2ZXTA 4IO2A 3BFTA 1A8FA 5HM4B 3KFMA 2A5TA 1LB8A 2F6GA 3TUSA 4KCDA 3VLWA 1VFEA 1FCKA 4Q5TA 3OEMA 1Z7NE 4N6PA 3PPOA 4U4XA 2RCAA 4FEBA 1JETA 3SEUA 1B7ZA 3OSQA 4OVJA 5F1QA 2HAVA 1M5DA 1IXHA 4DCYA 2GH9A 3FUZA 4FORA 3V83A 3RGYA 4PFYA 4ISUA 1P1WA 2OCUA 1H45A 3C31A 4ZE8A 1FTJA 2DXYA 3IB0A 5JEIA 1FQEA 2AL4A 1US5A 1Y3NA 2RC9A 3G3HA 4YKIA 4DE8A 2VOZA 3TTKA 4G68C 4QF9A 1H76A 1MH4A 2XD2A 3QYTA 3FV2A 2RINA 5TU0A 3KSJA 3B6TA 3OO7A 3EPEA 2OZZA 4EUOA 2F34A 3CFZA 4NEDA 5AA2B 4IO5A 2DE4A 4NF5B 1Y4TA 3PMVA 1MY3A 1I6QA 4OXVA 2AIXA 3MVXA 5JTYB 3T96B 1SW4A 4OETA 3PUWE 4N07A 3FASA 3EHSA 3JZJA 4ZZEA 4DXBA 3VXBA 5AE4A 1B5IA 2X26A 3TCGA 5M2VA 2QS2A 1N7WA 5L8DA 4F3GA 4EF2A 5H8QA 4I9DA 5DEXB 1NNKA 4U1OA 1BP5A 3MP6A 3RUMA 4BDQA 1N0TA 2UYEA 1JQFA 1B3EA 5TP9A 2FYIA 3SEVA 2XHDA 3TMGA 3M3LA 3PD8A 2ONSA 2RC7A 1B3GA 3FIRA 2GRVA 3SEYA 4DXCA 1LCTA 2WKYA 5J1DA 3TZAA 3MBPA 1FTLA 4JSDA 2O6AA 3T66A 1MQDA 3K6XA 3VFJA 3TYHA 2A5SA 3VVEA 2XXYA 4YMBA 1P1QA 4JXIA 4FE8A 4OENA 3N94A 5AA4A 3UP9A 2XX7A 1I69A 3VVDA 1FQAA 2OJTA 3O28A 1OQGA 1Y1ZA 3HHGA 4I62A 3TTRA 1IITA 5AA3A 3MZ9A 4NWDA 3TTLA 5I58A 2PBWA 3QK6A 4KPTA 3UK4A 4F39A 4F1UA 3T22A 3TELA 4QSDA 1B7UA 4THIA 4Q8RA 3E4RA 1BLFA 5I57B 3CFXA 2VD3A 3H6WA 1VR5A 3K1PA 4LQ5A 3MJNA 3O6IA 5K2XA 3Q29A 1BKAA 1USYH 3G3KA 4GIZA 4X1BA 4MH5A 3T9VA 2QS3A 5CMCA 2F35A 4UA8A 2Y7KA 2DYXA 5ICQA 1FQFA 2NOOA 2UVHA 1B52A 1EZ9A 4NF8B 1D3KA 5KCJB 4HTGA 2HCAA 1R9LA 4JWOA 4NTLA 4DCXA 3SERA 1B9JA 1YPNA 4H5FA 5I2NA 4XXUA 1JW1A 1JEUA 2HFBA 1A8EA 1I6AA 2VGQA 3OD7A 3RPWA 5CMBA 4PFTA 3LR1A 3EHTA 1XVXA 5FHMA 1T0KA 2F5XA 2QMWA 4EQ7A 3I5OA 1JW5A 4DLDA 5FHNA 1Y20A 3PPPA 4YB5A 2CZLA 3MPLA 3R26A 1CE2A 3MWBA 1NFTA 3T9HB 4YU0A 4UACA 3E9XA 4KCCA 3G3IA 4LONB 4IGTA 5ELVA 3TCFA 3PUYE 2F7BA 1M5CA 4QFOA 2QPQA 4RK9A 3OO9A 4GL8A 3GLBA 4R2BA 4PQJA 5EHMA 3RT8A 3OOAA 4YAHX 1H3DA 2RKMA 3CG1A 1AOVA 4OYVA 5KDTA 2NWJA 3PD9A 5KZTA 4POWA 3TDJA 1SYIA 4YB7A 1I6BA 2GHAA 3H3GA 5AA2A 3TODA 3FVNA 3BKIB 4JSOA 4FJPA 4NF5A 5I56B 1B7HA 3C9HA 2I49A 3EQ1A 5JTYA 1F9BA 5DTBA 1EU8A 3JV9A 1MQHA 4TQUQ 3E3KA 3MW0A 5FHOA 4LZ7A 5AA1A 1MDQA 2ABHA 1B0LA 3OMBA 2ZMBA 2XXTA 3QIMA 3RLFE 4EXKA 3C34A 1MXZA 3V8XB 3TCHA 1FTKA 3VE1B 1JEVA 1TFAA 3K6VA 4QFLA 1OLCA 3ODBA 4P0IA 1B0HA 3QAXA 2BJJX 3U1OA 2O7IA 3MPKA 4FATA 2NUVA 1ELJA 1UQWA 4WEPA 3RQTA 2GHBA 4OMBA 3S4UA 3H4ZA 4XIGQ 3D4GA 3MVYA 5I2NB 4ZECA 5H8NB 2OWTA 3H6TA 5DVJA 5JK4A 4AB6A 2HAUA 2NVUB 1Q1KA 3MC2A 3G7WA 4YKJA 4DXUA 3GBBA 1N76A 3IB2A 4DZ1A 4AB5A 4OTEA 1UTBB 1MQIA 3UGWA 1MPDA 4EXLA 1WDNA 2RCBA 4YKKA 4F18A 3C32A 2OK2A 3MVZA 4MF3A 4GD5A 3MVWA 5CI5A 2YJPA 4YMAA 1OIBA 1FW0A 3TKDA 4G8MA 4AQ4A 4RYAA 3PV0E 1FQBA 3O6HA 2ZYMA 2H5YA 2H25A 1BTJA 3IL1B 3WAEA 3UIFA 3DP8A 4QSCA 3IJXB 4GF8A 4L17A 3C4MA 4NF4B 4OFLA 4PE5B 5I57A 3HCQA 3B7DA 1PEBA 1Y3PA 3VXCA 2DWHA 2XXWA 4XKRA 4RY1A 4I1DA 2F6PA 2XXXA 1H43A 2Z8DA 3R6UA 1MY0A 4DIGA 3S9NC 2P1SA 2QL3A 4RJZA 1LAFE 1NL5A 2Q2CA 1P1NA 1MH3A 5KDTB 1MQJA 4PFWA 2V93A 2Y7IA 2O1MA 2R9JA 1EZOA 1EH3A 3H03A 1CB6A 4HCYA 2I58A 1B05A 5CC2A 1B3LA 4NF8A 5KCJA 2Q8JA 1YCJA 3A3CA 1LB9A 1POTA 2QS1A 2O69A 1PC3A 4OEVA 5BUUA 2ANJA 4OEUA 1MPBA 2F7AA 5DVIA 2HZLA 1LFGA 1WODA 1O63A 3ZKKA 1NNTA 4R73A 3KN7A 2XX8A 3GZGA 3H6VA 4C0RA 5TPAB 2XXQA 2REJA 2PMSA 1MXUA 4JBZA 3SESA 4H0WA 4JWYA 1AMFA 4F3BA 1GTKA 1GR2A 4ZZAA 3CG3A 1XOCA 4KHZE 4ZEFA 3RNNA 4IY5A 3B6WA 5F7VA 2DXRA 1D4NA 1ANFA 1B32A 3VLUA 3PMXA 4OESA 1AL3A 2D3IA 4ELRA 4HCWA 5H8HB 2Z23A 3IX1A 3IOTA 1MRPA 2Y7WA 3FVGA 3FXUA 3SKPA 4O3AA 1IQ7A 3DP4A 4Q30B 2PVUA 1DPPA 4X48A 1Y9UA 4G77A 5I59B 3HO7A 2XXUA 5I84A 3CR9A 5K2YA 5FTIA 3MUQA 4U21A 1QJMA 4QFNA 5AA2D 3C35A 4Z0IA 1B4ZA 3DLNA 1DTGA 5HPQA 4RPOA 1URDA 4F2QA 2KLFA 3PU5A 2H99A 3MP1A 3MAMA 2I48A 1OVTA 1ZTYA 1US4A 4XTCQ 3O6GA 4EQ9A 1MXVA 1UTHA 3U8QA 3N6TA 1A7LA 5A5XB 1P1UA 4F1VA 5I56A 3BBRA 3GBAA 3KGCA 1IXCA 1SQYA 4IY6A 4XKQA 2E0SA 4RK2A 3T9XB 4RPNA 1O64A 2F97A 4GXSB 1Z7ME 3PPNA 3H06B 3KJTA 4R9FA 4IGRA 4R2FA 1P1OA 4GFRA 4GVOA 3UN6A 2V3UA 1IEJA 4IO3A 2R6GE 3KEIA 1Q35A 4LZ8A 3H7MA 4YICA 1A40A 1TT1A 5H8SA 5EYFA 4RA1A 1PB9A 2I3WA 3U92A 3TTMA 3IO6A 2V84A 2YPNA 5H8NA 2UXAA 3FD3A 2FA7A 2ONRA 5DVFA 1M5EA 4ELOA 3V5AA 3IORA 4ESXA 4ZEDA 4MFIA 4ELQA 3EF7A 2IA4A 4ZDMA 4Q0CA 4QSEA 5CMKA 3TPAA 4KYSA 4H67A 3KBRA 1UTBA 4YZZA 2H4IA 2Z8FA 3OENA 1SI1A 4YKPA 2PX1A 3K0VA 1WVJA 1XS5A 3L6HA 1MDP1 2IEEA 3RT6B 3ONMA 4G68A 3LC8A 4H8IA 4KFQA 1SVXB 3IO4A 4IO6A 4R9GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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