4NX5A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate
rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nx5A00
2E6YA 4O8RA 3V75A 5CZJA 1TPWA 3DFSA 3W2LA 4FX8A 3DFTA 3THQA 4JDBA 1KLZA 2BSLA 5AHIA 2V81A 1TREA 1H7NA 1LBFA 2CW6A 4AWTA 2WSYA 3SZ8A 3N3MA 4DPQA 3E12A 3QQ1A 4O4VA 1LOQA 4FNUA 4EF9A 3ANYA 3HGJA 3R13A 4IPJA 3U6WA 3TXVA 4WUIA 2TMDA 3HMJG 3H55A 1FBAA 1JVNA 1YTDA 2TRSA 1HTIA 2FLIA 1H51A 1NAL1 3A23A 4UFMA 3S5ZA 4MLRA 2E5DA 3DHFA 3GAYA 3GZ3A 3C56A 5T26A 2ZTJA 2DU2A 1VC4A 4UTKA 4ZVJA 1FQ0A 1WOAA 1TQJA 3DHDA 3NGJA 4N4PA 1XL9A 4RK8A 2E68A 2OZ0A 3DFOA 4LC6A 2C1HA 4Z1BA 5LNUA 5LGXA 1M5WA 2V9DA 2J9XA 3P81A 3CIWA 1PE1A 3M16A 4XBKA 3EB2A 3EXTA 3BO9A 2EKCA 1JCJA 4IQLA 1UUOA 3QJAA 3LCLA 2G97A 3DENA 1W8SA 4HHPA 1TCDA 2RFGA 3RMJA 1OYBA 4UTJA 3P5ZA 3W2UA 1Q6LA 2VELA 2ZA1A 4FIQA 3PULA 3HGSA 5FESA 3HGRA 1M7PA 1GT8A 2PRHA 3GDRA 3LRKA 1T96A 3UZJA 4HPJA 3R5EA 2ZBTA 2AGKA 3SGZA 1ML1A 3OVRA 1VRDA 2DZWA 4A3UA 1OFDA 4LUJA 2C15A 3M5YA 2X1TA 4FO4A 2NV2A 4IMFA 5C2XA 3M5VA 4DF1A 1GWJA 2QAFA 3GB6A 3MJYA 4LS1A 2A7RA 1BWLA 1P1XA 3KAOA 2V8ZA 4AWUA 3SW6A 5U7SA 1KM1A 3DZ1A 1SFLA 1ZHAA 3NM3A 5LNSA 1C29A 3O16A 1NSJA 3RF9A 4FNPA 3G1SA 5FF4A 4CQ8A 1K8XA 2V0TA 3EWYA 4WXZA 5E0KA 4K6AA 4O18A 1R2RA 4J9JA 1IIHA 4HIBA 1LROA 4P2VA 4Z1AA 4UIOA 1FCBA 2NV1A 2WQPA 3WJWA 3MHUA 3CM4A 5K9CA 1H5YA 4LVFA 1H1ZA 3HF3A 1TO3A 3W1TA 3KVMA 1JCMP 3P7YA 4XKYB 1YTEA 1KM2A 3PUEA 5HUPA 4AVFA 1MEIA 1F6KA 3WJZA 1VCGA 3RLVA 3SECA 4FEZA 3BLEA 4UMBA 3IIXA 1ZCOA 1IXQA 1LBLA 1KV8A 2CZEA 2ZZ5A 3JR2A 3PB0A 2EPHA 3G18A 1O4UA 1TV8A 2WPBA 2H6RA 1LLZA 2QJGA 4ZQCA 3OVPA 1N8FA 3HOJA 2EGZA 1Z42A 3PB2A 1JCYA 1WX0A 5G4WA 5BW6A 4R7JA 4UTWC 4NJJA 1UB3A 3UXAA 3W7RA 1ICQA 3L0NA 1LYXA 3L0KA 3R2GA 1EB3A 4ZMGA 2YYUA 4DELA 3CB8A 2QDHA 1J4EA 3BW4A 1KTCA 2VFFA 3QSTA 3W7EA 1KFKA 2ZRUA 4UNLA 1W3NA 1PIIA 3MW7A 1THFD 1A50A 3BLIA 4QSHA 1K8YA 5KTLA 1P0NA 3PR2A 4EWND 3MHGA 3MP5A 4K37A 3GXTA 4MYAA 1QNVA 3C61A 3W2MA 1DJQA 4MJZA 3AO0A 2E09A 3O6DA 1FCUA 2VFIA 4JYEA 3FKKA 1IXNA 5DBTA 2QUTA 4EOUA 4OHQA 4UMAA 1GZGA 3P67A 2BWGA 1W5NA 1YPIA 2C13A 4MPQA 4DQWA 3EXSA 5DCDA 4YL2A 2RHGA 1SFJA 2BTMA 4RKAA 1KM4A 1VCVA 3UWUA 4BR1A 1OX4B 2GVGA 4M6QA 3DGRA 1PHWA 1A5CA 4Q32A 1JR1A 3HB9A 3LTYA 3O06A 4O28A 5CPNA 2DP3A 2GQ9A 1XFBA 1W54A 3S6DA 1KLYA 5D2YA 3N19B 5CG7A 2WSQA 4AB4A 1FDYA 2QCLA 1TB3A 4NVTA 2A2IA 2ISSA 2JGQA 2OJPA 1KBJA 5AC6A 5DY3A 3SIZA 4FNTA 3TQVA 3LBCA 1W5QA 4CLMA 5H2ZA 2FPTA 3P74A 2A6NA 1T0OA 3IGSA 4JX6A 3ATYA 1ICPA 2Q8LA 3HO8A 3LI0A 3Q94A 3TJXA 1F7BA 3WJYA 3MMTA 3W22A 3PSWA 5F2GA 2YW4A 1EPXA 4WX2A 3QMRA 2TPSA 3MP4A 5G2WA 4XQ6A 1CI1A 1Z44A 2A85A 1WQ5A 1RQEA 4NZFA 4QQ3A 5DELA 2ZRVA 2HS6A 1NEYA 1TV7A 5D37A 1W31A 3PVFA 1WBJA 1OK6A 2VKZG 4PA8A 1OABA 1KM3A 1TTJA 3TFXA 1W56A 3UWVA 3TU9A 3NXFA 4LOCA 3TJLA 3T7VA 5HINA 5I3JA 1R2SA 3IIZA 4HPXA 4YCPA 5HMSA 4Q33A 4LRTA 2Y7EA 4GFSA 4PH6A 5D03A 3TV8A 4UTTA 3CEPA 1FWNA 2BZNA 3LOTA 5ABTA 3UWQA 4C1KA 4JTKA 1JUKA 1KFEA 3IVUA 2Z0IA 3NQVA 3STGA 1OFBA 3TK7A 1C8VA 4RCXA 2JGYA 3R12A 3LCHA 1TRDA 4IUOA 3G1YA 4AF0A 1K03A 2GQ8A 4WOZA 4DPPA 1CX9A 3HBLA 3L5AA 3MI6A 3M44A 1TV5A 2V2HA 1WYIA 4JXCA 3BG3A 3W9ZA 3W76A 1SW0A 3WFAA 1QWGA 1KFLA 5D2VA 3TMQA 1LRQA 1KM0A 3W7HA 4ORIA 4JTIA 4MY9A 1ME7A 3I6RA 3VFLA 1XM3A 4M7SA 4RXGA 3TNOA 4I7WA 4HNNA 1PV8A 3QC3A 2VEPA 5DBUA 1KA9F 2C16A 4GC4A 4K39A 3BW3A 1L9WA 5J5RA 2P1FA 2I1OA 1SQ7A 3BG5A 4MFDA 2Z1BA 2ISWA 5HWJA 3I7QA 3MP3A 3E49A 4K38A 1FCQA 4IJBA 4UR7A 1AL7A 1DQXA 3GDMA 3OG3A 4ORMA 1Q6OA 1D3HA 3R89A 2V2CA 3WK2A 2XN1A 3IIVA 4X22A 5AOUA 1OFEA 4PC8A 3LHYA 5HWNA 4WY0B 1TPVA 3NEVA 4K8EA 4KFOA 5D2TA 1UCWA 2YDAA 5I3GA 2Y89A 1DV7A 1O5KA 3NZRA 1G4EA 4ADSA 4GUIA 2DZPA 2WJZA 4GUGA 4AEOA 5AYYA 3M9YA 2R94A 1S5VA 4LV4A 3RFAA 1R47A 4UXDA 3OHIA 3NOEA 4QIUA 4ZQOA 4TX9A 4LWWA 4NJIA 4LY8A 1M6JA 3P8JA 3HPXA 5L6UA 1A5SA 4JY9A 1WXJA 3LRLA 1OFAA 3T78A 1IIGA 3R8RA 4R53A 3DI0A 3LDVA 2Y61A 3W7KA 2Q3RA 2Z2UA 2AQWA 3C2FA 3M5ZA 1B9BA 1ADOA 3KRSA 3P61A 4PODA 4CCCA 4O1CA 1JQXA 5K4ZA 3WK1A 1OFPA 5LNRA 2Y6ZA 3CT7A 2CWNA 1J2WA 1GVRA 2DJLA 5F4SA 4HNTA 4C1LA 3W1MA 1VGAA 3TSMA 4MIMA 2QCDB 5G2IA 3P60A 4KFPA 3UD6A 2E6FA 2XN0A 4H4IA 3TKFA 5F4WA 1TJRA 2H8XA 3BGGA 3HJZA 1RQBA 1MEWA 1JCXA 4UFHA 4A2SA 1RD5A 3CIXA 5A5WA 1YDOA 4UFIA 1TTIA 3C2VA 3N34A 3LV6A 1XDMA 3TCEA 3RLUA 5K3VA 3N9RA 4MY1A 3L67A 4O16A 4JTSA 3U8GA 3FA5A 2X2GA 3S5YA 2FIQA 2ZRZA 4JTFA 1Z48A 3W07A 2E6DA 3A5FA 3IVTA 3C2RA 3L21A 3LHWA 2ZCGA 1YPFA 5D2WA 5D32A 4O54A 1FWSA 4DEFA 3PSVA 2G95A 3GAKA 4LVAA 2BXVA 1LLWA 1TPB1 4TR9A 2NLIA 3W1QA 3A5VA 3W75A 4AH7A 2FQIA 3PAJA 4DO4A 3W7NA 3NL6A 3KOFA 2UV8G 1KFBA 3NQEA 3BG9A 4OGZA 1V7YA 2JKEA 3L0GA 2WNNA 5KSWA 1OYAA 4O14A 3SFKA 1VYSX 1QR7A 2QJIA 3UY7A 2Y70A 2BX7A 3WJSA 1U83A 4TIMA 3W2JA 3HG5A 1L2UA 5DLCA 4A29A 3OBKA 3P62A 3M47A 5CKSA 3ZWTA 5CPOA 2FTPA 2ATSA 1FXQA 3NQ7A 2J9YA 1VR6A 3GYEA 3B03A 1F05A 4N9EA 4ZZ9A 2YFOA 2DZVA 2ZQ0A 2CLLA 2KZHA 3UNDA 4X9SA 2ZZ2A 4GWEA 3L66A 3GR7A 3L5MA 5K9DA 4U4MA 3G1AA 4BWLC 4WJEA 1MO0A 1MEHA 4UC5A 1MSSA 2X1UA 2C18A 5HR7A 1KW1A 2CLEA 1EWEA 4JTUA 3G0SA 4QAIA 4RZ6A 1GTEA 1HL2A 2A0NA 2B7OA 3GKFA 4AXKA 4JX5A 1X8FA 3G1VA 4S2CA 1LBMA 2GVJA 3GLCA 5FF0A 1X7FA 3HG2A 3LCXA 3TIMA 3DFPA 2BLEA 2NX3A 4I9AA 5BOOA 2FPVA 2J6XA 2Y62A 2VXNA 5LSMA 4N9BA 4XTIA 2A1YA 4DF0A 1ICSA 1ZALA 4YXGA 3KVLA 3UQNA 3PBYA 1VZWA 4LS0A 1WAUA 4UTLA 3D0CA 4CCEA 3G3DA 5HWMA 1AW5A 4BI5A 3O1NA 4M7TA 2CZFA 5DXXA 1P4CA 3LHUA 3NR0A 3TDFA 3YPIA 3NPVA 1LRTA 1AG1O 3NPWA 4I7UA 1GVSA 3PG9A 1HO4A 3NQDA 3QW4B 2RH9A 3LRMA 3M0ZA 1NFBA 3EKZA 5D05A 1B3OA 6ALDA 2YR1A 4JY8A 3TAOA 5HNRA 3C8FA 2FFCA 1SSDA 2ZFAA 1G4TA 1KFJA 2V30A 4N2YA 5AHNA 4DF2A 1VHNA 3NG3A 1BKSA 3W7JA 5DXYA 1KTNA 5CPLA 1H7WA 3TW7A 1OFQA 2V5BA 2PURA 2HSAA 3GIYA 4UFLA 3IGXA 4X3ZA 2A5HA 2CU0A 3DI1A 4LW7A 4NX5A 3NQFA 3W1NA 1SPQA 3UWYA 1VYPX 3EWUA 3QFEA 1OFRA 1B4EA 3L68A 5AHMA 2J9ZA 1HFBA 4NXSA 4OBTA 2Y7DA 5EA9A 1Q45A 4DBEA 4EF8A 1OVDA 1G6CA 3B8DA 1KFCA 1K7XA 2QCFA 5D04C 5EPDA 2VFEA 3LXBA 1LTDA 2H3BA 3S8HA 3UYCA 1YLVA 3EKLA 4RR4A 2X16A 2YYTA 1XBYA 4PL1A 5AC7A 3A24A 4R33A 2CZ5A 1LZOA 2ZZ1A 2D73A 2B7NA 4XUGA 1TYGA 3S9YA 3W7CA 4ZL1A 1WV2A 1Q3NA 4FXRA 3T40A 1B57A 3W2NA 1SUXA 1S5TA 1XDLA 3ATZA 1SZFA 5TBOA 1XKYA 1DKWA 2A4AA 1HG3A 2C3ZA 3LCIA 4XTDA 3B06A 1YXDA 3PS7A 3ELFA 3M6YA 1IF2A 4UTMA 5LZLA 3KVJA 1HUVA 2DZUA 3PC0A 1AW1A 1W5PA 3MWAA 1G4PA 2QF7A 4L4MA 2PE4A 2QAPA 3A21A 3WK0A 4NXKA 1KTBA 2Y7GA 1DJNA 2YFNA 3GX9A 3W71A 4LT9A 3W23A 3TH6A 3BLFA 4MZ8A 1MXSA 2QDGA 5I3KA 5C5YA 3FOKA 3CPRA 1AK5A 4BI7A 4QNEA 1OF6A 3N2XA 2QCCA 3PUDA 1QO5A 4EIVA 2ABAA 3OA3A 5LKYA 3O8AA 2VC6A 3FIGA 1G67A 2W0UA 1DL3A 3QW3A 1DVJA 2B7PA 4TU1A 3TAKA 8TIMA 5LNWA 4IGHA 3EEGA 1XBVA 2YXGA 4CNNA 1EEPA 2Y88A 3NVTA 1SZNA 4EVZA 3SGUA 5CZ0A 4UTIA 2RDWA 2X1SA 5HJLA 4POCA 1F74A 2JK2A 1EP3A 1GTHA 4O57A 4PFMA 3T4CA 3DFQA 4GUFA 3I65A 1YYAA 2YCEA 4M19A 3TROA 4O17A 3CEUA 5SWUA 3QPZA 1SO5A 5LHEA 4LTSA 3G1XA 3B04A 3STCA 4HSNA 1K7FA 3LGEA 3M7WA 2QCGA 3CHVA 1F6PA 2R91A 1K8ZA 3MYPA 2WO5A 1BTMA 4IPIA 3KRUA 3ZFHA 7TIMA 5FEWA 3DKLA 3TQ0A 3K30A 3OIXA 3ABRA 3TW6A 3W84A 3W88A 1JRBA 2EHHA 2EAWA 4K36A 4OV4A 3LLFA 2HS8A 3NZ1A 3NA8A 3H54A 2CLIA 3L2IA 1I8JA 2YZRA 1I4NA 2I9EA 4LVGA 4QISA 2ZZ4A 4N6FA 4CCDA 5I3IA 3N14A 1GQNA 3W7PA 3W1PA 1FX6A 4MZYA 5E1QA 3H53A 2QCMA 4WOQA 2WNZA 2C0AA 4QNWA 4W9TA 2NUWA 3RU6A 3B0PA 1XBXA 3W7IA 1EP1A 3TC6A 2ZDRA 4JYDA 3NM1A 1AL8A 4OQVA 4XBSA 3DKJA 1QFEA 4ALDA 1EP2A 2PC4A 3QYQA 4BF9A 1W37A 4Z0SA 4CQAA 3BW2A 4XKYA 3PUOA 2GOUA 1YXCA 3FFSA 3PBUA 1I2NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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