4O11A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-hydroxyuridine 5'-monophosphate
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-hydroxyuridine 5'-monophosphate
rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4o11A00
1QOQA 2ABBA 1D3GA 1W3NA 3C0JA 3S6DA 1PVNA 3W2KA 2EHHA 2VFDA 2CU0A 4LVFA 2E6DA 3OA3A 3I65A 3I68A 1UBSA 3M5ZA 4LUIA 4OV9A 4ZQRA 2VFGA 1M7PA 5FEZA 3WJZA 1R2TA 4DPQA 3DKLA 3P60A 5MHBA 4GXMA 4CNNA 1XUZA 2EF9A 1A50A 2VEMA 3W23A 3W2LA 1FY6A 3G1FA 4CCCA 4BR1A 1EPXA 1CX9A 1TV5A 3NPVA 1OX4A 4HPXA 3IVSA 2QJIA 4M6VA 3TV8A 3P82A 3PG9A 3L0NA 4W9TA 5C54A 4Q33A 5D04C 4OE7A 2DJLA 5F2LA 4XWUA 2JKAA 5AN7A 4NVTA 2H8ZA 2IQTA 3W7GA 2VEPA 1OFBA 1VH7A 1QWGA 3V75A 1H61A 1TJRA 5D09A 3Q94A 3LRLA 4RJEA 2QUVA 3VNDA 4N9CA 3I7QA 4FIRA 4DF2A 1OFQA 4AWUA 1TPWA 2CZFA 3C4UA 1YPIA 1WBJA 1OYAA 1H51A 4ALDA 2QCCA 2A5HA 4Y96A 5TIMA 5AHIA 1GG1A 4AHQA 4OV4A 1UUOA 3JR2A 3M5VA 1IXNA 3QSTA 1GVOA 2ZCGA 2JKEA 4EIVA 1F2JA 3STEA 2V8ZA 3TH6A 2XN1A 2Y63A 3EWZA 1KBIA 3G1AA 4Z1AA 4OHQA 4HSOA 1GYLA 1YXCA 2YZRA 5HQEA 4N2YA 1SSGA 4JX5A 3M7WA 3G18A 3GLCA 3SFKA 4J9JA 1FXQA 3LCFA 5AHNA 3FJLA 3T7VA 3W7HA 2QCNA 3BG9A 1W5QA 5LHFA 1YXYA 1TTPA 4KFPA 2WSRA 4AEOA 1QMLA 1VJIA 1FDJA 3DU0A 2GUUA 2NX1A 3T78A 3CEPA 2QEZA 4IMCA 1B9BA 4JDYA 1JUBA 1LBLA 3T40A 5AHMA 2H3DA 4UFHA 5LSMA 4HIBA 4NXSA 1YPFA 4ICNA 5T26A 3W74A 3LTPA 5E1QA 1FWNA 4UTUA 2CLOA 2Z6JA 3N2XA 4LTSA 3M1ZA 4O1BA 2ZRZA 1UCWA 3R89A 3ELFA 4DF0A 3W7IA 2ZZ6A 1Y0EA 4O0ZA 3TAKA 4XTDA 5FF0A 1FDYA 2OJPA 2I14A 3W1XA 3IRDA 3VE7A 4LS2A 3W7PA 4GWEA 1YTEA 4CQAA 4LY8A 4RKAA 3B05A 1IXOA 1PIIA 3GR7A 4HSNA 1HFBA 5J5RA 3NPUA 1LOSA 1FCBA 4S2CA 5K4XA 5AB3A 3S5ZA 1AW1A 4R33A 1BKSA 1VR6A 4OQVA 1W5NA 3PUOA 1R2SA 4FNQA 5KITA 1W8SA 5AC8A 3W1TA 5KTLA 3NL5A 1K3UA 3PBUA 1GWJA 3M44A 2QCDB 4CQ9A 4UTIA 3BW3A 1LZOA 2YFOA 2C19A 1MEWA 3EEGA 2J9ZA 3QYQA 2JKPA 1A5SA 4UCGA 3W2JA 1EEPA 4RXFA 4N4QA 5H2ZA 1KFJA 4UFMA 1LBMA 3O6YX 1XXXA 3NQVA 1MEHA 1SZEA 2I9EA 4MYXA 8TIMA 1SR9A 3E0IA 2FTPA 5D03A 4NJIA 5EBUA 2EGZA 4WX2A 2QCDA 3GVGA 2D73A 3RU6A 3NQDA 3A23A 4GE8A 6ALDA 1SO3A 3B0PA 1TPDA 2GJNA 3O63A 3VE9A 3UNDA 1TCDA 4GBUA 1LOQA 3QQ0A 4ZQPA 1O5XA 2ISSA 1OYCA 3H55A 1ICQA 2HSAA 3FS2A 3DKJA 3NA8A 3PBVA 3ZWTA 2WSQA 3C61A 3MO7A 1KFKA 2QUUA 1W0MA 5F1VA 2CZ5A 1Z42A 1OX5A 1TMHA 3A9IA 1VS1A 4WOQA 4X2RA 3IGUA 1JUEA 2E6YA 2HS6A 5I3GA 3NQAA 4NNAA 3DHDA 4YCPA 3W1QA 3W75A 3WK2A 5CZTA 3DZ1A 4X9SA 5DCBA 1H1ZA 3LHVA 1G4EA 3P84A 4LT9A 5F2MA 1GTHA 4LC6A 3DH7A 4NNCA 5K7JA 1XL9A 4I7VA 4AMAA 3GDTA 3NGJA 3N34A 3NQ2A 4O1CA 2CLFA 3A21A 3O15A 3MI6A 3NO5A 3LRKA 3ZS4A 2RDUA 1XDMA 1W56A 3SI9A 3KAOA 1TPH1 1F6PA 2TPSA 3EWWA 2X2GA 2QUTA 4E0CA 1JCJA 3W7NA 5SWUA 1TTJA 2H90A 5I3IA 2UV8G 1GVSA 2ALDA 3B06A 4GUIA 3SR7A 3BLEA 5HR7A 5KZDA 3WJSA 5LNUA 1JQXA 1X6UA 3S5YA 4ONVA 1W31A 1JVNA 1CW2A 2X1TA 2NUXA 4N6FA 4JTJA 2ZRXA 2R94A 4PEKA 5DXXA 4I9AA 4QIUA 5TQLA 2QCEA 4UR7A 3GXNA 1TPC1 3GKFA 5AFDA 2A21A 5DCDA 3BVJA 4NU7A 1K7EA 1XBZA 4DBDA 4FNPA 1W5MA 2DZTA 1H60A 1XBXA 3A5FA 2V5BA 3BK0A 3B04A 5F4XA 4TU1A 2TYSA 3RFAA 1D9EA 4IUOA 3M43A 2DZWA 4X22A 2NX9A 4JX6A 2I1OA 3TMLA 1WX0A 3KX6A 1F5ZA 3UWQA 3W1LA 3BGGA 1KTBA 3NL6A 1M7OA 1Z44A 1IF2A 2VEKA 1TTQA 4MZYA 1WYIA 1TPEA 1TPB1 3TKFA 1FDZA 4IGHA 1TQXA 3MMTA 1FBAA 3W1RA 1S5VA 1G4SA 3NZRA 1ZJIA 2EPHA 1BWKA 3I7SA 3W88A 4HT3A 5ABTA 3RLVA 3NVTA 3LBCA 1E51A 3GNDA 4IPJA 4MFDA 3G0SA 3S9YA 3L66A 3NXFA 3PBWA 5DBUA 4EF9A 3R8RA 1GVQA 2ZZ5A 4ADSA 3M16A 2V2HA 2PC4A 1Q3NA 1X1OA 1O4UA 3F4NA 3CC1A 3EWYA 4BI6A 1I2QA 1Z41A 3VKJA 2E68A 1WAUA 3W2NA 2H8XA 1NVMA 3DENA 1X7FA 1TSIA 5HR6A 3PY2A 1YTKA 1XC4A 5K9XA 1IXPA 4OBTA 3G1SA 3C3NA 1K03A 1KTCA 5AHLA 3W7JA 3EXSA 3LI0A 3W71A 2ZRVA 4IMGA 1OF6A 2R91A 1F7BA 1R30A 4UTHA 4IX2A 3C2FA 4JGDA 4DO4A 4QJ1A 3FLUA 1LOLA 3LTSA 1FWTA 1ZY9A 4RXGA 1VRDA 4AVFA 1OFOA 1TTIA 3KOFA 2C1HA 5D2TA 1KLZA 3GAKA 1SO6A 1XBYA 1PHWA 3QPYA 4HKPA 3L5AA 4BWLA 1XCFA 1HO4A 2H6RA 3GAYA 1O94A 4N9DA 4YL2A 2GQ8A 1BEUA 2VXNA 1FUYA 3N14A 4P61A 3TXZA 1EX5A 1ICPA 2RDWA 3MHUA 4AH7A 2ZZ7A 4JN6A 1X1ZA 2YR1A 3TJLA 1AW2A 1TV8A 5E0KA 1B3OA 4L4MA 5LGZA 4HNTA 3CPRA 1L6WA 2E1DA 4HNVA 3DFTA 1K02A 2EKCA 3USBA 2BWGA 1GEQA 3W7LA 3C2OA 4FNUA 1TYGA 4AHOA 1F05A 2WNQA 5G4EA 3EWUA 4CNOA 3N9SA 1NAL1 4PL1A 4FXSA 3QEZA 3CIWA 4JIPA 2YW4A 3INPA 4LV9A 1K7XA 5H91A 1LYXA 4LVGA 1OFEA 3YPIA 4OU1A 1Z48A 1NF0A 1DOSA 1TO3A 1R46A 4BI7A 3UWYA 4FX8A 3MJYA 2X1UA 4JIQA 3IIXA 2RFGA 3LLFA 1EP2A 4HPJA 2QCGA 4MYAA 1F73A 5D2VA 1I2OA 6TIMA 4Z1BA 5CPNA 3TSDA 4O1AA 1WBHA 3C2VA 4O52A 4MKNA 1SSDA 3PM6A 1W3IA 3KVMA 3N9RA 2YFNA 3DI1A 3TROA 4UMBA 2BX7A 5HINA 3PUEA 3TQ0A 5D2WA 3W84A 1XFBA 5L9FA 3KHJA 3IIOA 3LCWA 3LCGA 1KBJA 1CI1A 2Z6IA 1SQ7A 3CQ0A 1HTIA 4Z0JA 1ZFJA 1JRBA 5DCEA 5KINA 4GUJA 5KZMA 4IXXA 4S2BA 3IIZA 1N7KA 1YADA 1VCFA 1Q6OA 3PAJA 3SW6A 3LB0A 2WKJA 3ABQA 3W9ZA 2WJZA 1DVJA 4Q4KA 3QW3A 4AWSA 1T96A 2C16A 1H7OA 3W83A 3WK1A 1JCMP 1GZGA 4WXZA 4JD4A 1KM0A 2A7PA 3BLIA 2BZNA 2DJXA 2QCHA 3GKAA 2W6RA 2VKZG 3QMSA 4NX0A 4O54A 2Y7EA 5G4WA 4O12A 4NJHA 5D30A 3E9AA 3MYPA 4OGZA 4QISA 4Q32A 1A5AA 3L5LA 2F84A 1GG0A 2C3ZA 1H7WA 4G1KA 1QOPA 1OYBA 1F6KA 4CCEA 1RVGA 3W2MA 2B7OA 3W22A 5G2IA 3OVPA 1YDVA 1KM6A 4WD0A 1DL3A 2Y7DA 1VQTA 3EX6A 3GZ3A 3HQ1A 4LRSA 3U6WA 5A8GA 3TC6A 4DQWA 3W7EA 1V7YA 4QAIA 4N02A 4CNPA 1VZWA 4WJEA 3T44A 1A53A 4CLMA 2AGKA 4GUGA 1R2RA 1QAPA 4UTKA 3G1DA 3E49A 4JTSA 4Y9AA 5KSWA 2GQAA 1KM1A 4O14A 4KFNA 3GK0A 1LROA 2Y88A 2CW6A 4MJZA 5IM51 3O05A 1EUNA 1DQXA 2R8WA 3MBDA 4PCFA 2ATMA 1L2UA 4PL2A 4QQ3A 1GYNA 2A4AA 5C6MA 1K7FA 3HBLA 5F2IA 1C9DA 1D3HA 1FX6A 4TR9A 4UFIA 1N55A 2A7NA 4PA8A 2NWSA 4TIMA 4Z0SA 3DXIA 2CZEA 3LHYA 1GVRA 3G8RA 3GDRA 3B0VC 1P0NA 2A7RA 2DZXA 3TQKA 5CSSA 1XKYA 2A85A 1XI3A 2Y7GA 3UYCA 3VCRA 1ZCOA 2VFHA 4ZQCA 4FEZA 5HWNA 1NF7A 3LXCA 2W0UA 1UB3A 4BFAA 3NQ6A 4PC8A 5F4WA 3PBYA 3G24A 3R2GA 4DEFA 3G0XA 2J24A 1BWLA 1ZAJA 5AHFA 1IIGA 4UFJA 3ZFHA 3GYEA 4KWVA 4AAJA 3S0CA 3BG3A 4RCXA 3W72A 3G3DA 3TUUA 4LRTA 1VLWA 2P10A 5HJLA 2BLEA 5EKYA 3W7MA 4BWLC 3TNOA 3D0CA 1LRQA 4FX6M 3RF9A 5K9CA 1FXPA 3CLMA 5CZ0A 4U4MA 2HMCA 3L5MA 1SZGA 4RV8A 4UTLA 3ABSA 1KFBA 3S8HA 4GC4A 1LLZA 1VYPX 1LRTA 3W1MA 2V9DA 2GQ9A 3LGEA 5EPDA 2DU2A 3UXDA 1L9WA 1KV8A 3TE9A 3MUXA 4O18A 3TJXA 3O8AA 3UZJA 4ML9A 4XBSA 2DZSA 1ME8A 3E96A 1JCXA 4AB4A 1TPVA 3LDVA 1QCWA 3QW4B 2CLMA 3EKZA 2AQWA 1J2WA 1ICSA 3F4WA 3IEBA 3TW7A 4XUGA 2WO5A 1EWEA 2P0OA 4ORMA 1TB3A 4NNBA 1M5WA 3UPBA 1H7RA 1KM5A 3THQA 3UWUA 2E5DA 3BW2A 1DQWA 3W85A 4WXYA 1S5TA 3SGZA 3KXQA 5AYXA 1AW5A 4H3DA 1QFEA 3FFSA 1K8XA 1NSJA 2YGYA 1K8ZA 3HMJG 4K7YA 3L0KA 3G1HA 3ZR4A 4FNRA 2Q8LA 3CTLA 4A2SA 4NJKA 4UTWA 4EVZA 2XN2A 2NXGA 2X1SA 3C2EA 1HO1A 4MZ1A 3W2UA 4O17A 1FWSA 1ZENA 3M9YA 1DV7A 2Y61A 1DJQA 3L21A 2WOQA 2NXIA 2V30A 2TRSA 3S1UA 1SU5A 2ZZ3A 1B57A 4AHPA 3WK3A 3I6RA 3PSWA 3CT7A 3TAOA 2ZRWA 3NPWA 2PRLA 1F76A 2CFFA 2VENA 5BNKA 4JXCA 1EB3A 2HTMA 5LKYA 5D33A 2Q3RA 1FWRA 4ZQMA 1KW1A 2DZVA 1W1ZA 1WV2A 3TXVA 3MHFA 3NPXA 4JTUA 3E12A 4MLJA 4FNTA 4K36A 4UFKA 1JULA 5CPOA 1FCQA 5BRBA 3W07A 1YDNA 4H4IA 3VI2A 3B8DA 5KZEA 3TU9A 4HNUA 2QJHA 4JR5A 3NQ8A 1KFCA 2GVLA 3NM3A 5AOUA 3LHUA 5D05A 3KRSA 4YMZA 3NDOA 2FLIA 2NX3A 1T99A 4JYDA 1GJPA 2NUWA 1UASA 2YDAA 5F2GA 3STCA 2Y89A 2BXVA 3PULA 5FI8A 1VHNA 3NQMA 2VEIA 4LWWA 3TFXA 1HL2A 4M7TA 1VC4A 4POCA 3SY5A 2V5LA 1Q6RA 4LW7A 5FF4A 3LERA 1O60A 3TA6A 3ANYA 4FB7A 2E6AA 5LNSA 1OK4A 4ZZ9A 3BW4A 4LS1A 4MJMA 4NXKA 2GOUA 4JTTA 3OVQA 3ATZA 1LDCA 3SJ3A 3TDFA 3KRZA 3W7OA 4M5PA 4UC5A 3LV6A 5AC6A 4R7JA 1X8FA 5AHEA 1P1XA 2PE4A 1AK5A 1SZNA 3PB0A 2OT0A 1LLWA 3M0ZA 3TMQA 2RDTA 2FFCA 4NJJA 3U8GA 3EB2A 2OT1A 1G69A 1QNVA 3EX3A 2FB2A 4N4PA 2GVGA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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