4OESA

Crystal structure of nika from brucella suis in complex with fe(iii)-edta
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
DPKLNFSWPVNVGPLNPHLYSPNQMFAQNMVYEPLVHYNADGTVGPWLAESWEASQDGRSYTFKLREDVKFSNGEVFDAAAVKANIDTVLQNRPRHNWLELVNQMVSAEVVGPYKVRINLKKPYYPLLQELSLPRPFRFIAPSQFKNGGTADGIVAPIGTGPWKLTETKLGEHDVFTRNDSYWGPKPAYEQITVKVIPDPNTRAIAFEAGEIDLIYGTEGPISPDTFERFQKMGIYNTELSEPLETRVLALNTNHGATKDLAVRKAINHAVDKDTMIATVLYGTQKRADTLFADNVPYANIGLKPYAFDPALAARLLDEAGWTAKASGDIREKDGQPLAIELCFIGTDAISKSMAEIVQADLRKVGIDVKLTGEEESSIYARQRDGRFDMIFNQTWGAPYDPHAFVSSMRVPSHADYQAQLGLPDKAKIDAEIGQVLVSTDETARQALYKDILTRLHEEAVYLPLTSVTAMAVAKPEVGKITFGAMSSEIPFEKLTPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Brucella suis
molecule keywords NikA protein
total genus 165
structure length 498
sequence length 498
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oesA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oesA01
2DWHA 5I2KB 3H6UA 2V3TA 1UQWA 3TTLA 1USYE 3MAMA 5CMBA 3FJ7A 4GRKA 1MXXA 1NNKA 4RK9A 5AA4B 4EDPA 4FECA 2XXHA 5F1QA 3K6VA 1KWHA 3RYAA 2F5XA 3IB0A 2A5TA 4LONB 3PPRA 3DELB 3FUZA 3K6WA 5K2YA 5L9MA 2QMWA 1B4HA 3FJMA 4NF4A 2HZKA 3KJ7A 1JEVA 3OELA 2H25A 4THIA 1TWYA 2XXXA 3OSQA 3TTRA 1ZBMA 2Z8FA 1NMUA 3LSLA 3MP6A 1B5HA 4U2RA 3E13X 2D21A 5L9OA 4KI0E 1F9BA 4NF4B 4EQ7A 1YCJA 1AOVA 4YKIA 1B9JA 2AIXA 4F3PA 4HW8A 2FYIA 1FQEA 4FJPA 2OBGA 4YKPA 4F39A 2I49A 4OENA 1B3EA 4H5FA 3U72A 3CFZA 3R7XA 3TODA 3TCFA 4F31B 4PE5B 3V8XB 1L5TA 4O3CA 3BKIB 3DRJA 3IORA 1IXHA 2H4IA 2PT2A 4QSDA 4WEPA 2Q9TA 3IOTA 3OXNA 4X9TA 3T9XB 2DS9A 1YTVA 5HBCA 1CE2A 1SW5A 3VFJA 5FHNA 3O2AA 2LAOA 2DE2A 2HZLA 2F6GA 1B32A 1YAEA 3KJTA 2ZYKA 3U8QA 3H03A 1II5A 2Q88A 4C1TA 2XD2A 1H3DA 4BDRA 4TLMB 4NF8B 1QVSA 1FTJA 3MPKA 2B3BA 3LVUA 3W15C 1B3FA 1JNFA 3FZVA 3T22A 1NH8A 2Z8DA 4UA8A 3N26A 1US5A 2UYFA 4IO3A 2NVUB 2DWAA 2RINA 1ZJLA 1B3HA 1ZTYA 5H8NB 3RT8A 1MQHA 2QPQA 1LB9A 2DSFA 5I58A 4R2FA 3A3CA 2DXRA 4XIGQ 3G3KA 4EXLA 1Y9UA 2XXWA 1M5CA 4FAJA 1NNPA 3U93A 3PAMA 2DE3A 4RXLA 4ISUA 4IO2A 4U22A 4XXUA 5I58B 4K3FA 4MLQA 3KN7A 2PYYA 2VP1A 4JBZA 2HXWA 4DE8A 3PGFA 3SETA 2W7YA 2Z8EA 3IJOB 2DWJA 4YB5A 4JB7A 2QJEA 2ESNA 4KPTA 4E0XA 3CG1A 3DRHA 5B7DA 3KSJA 1LAXA 3HCQA 4OEVA 4U4SA 2R9JA 3QK6A 4EQ9A 4C0RA 4M4GA 3TCHA 5A5XA 4IO4A 3T9HB 3VE1B 4NF6A 4LP2B 2F7CA 3G3HA 1MY3A 5CI5A 1OMPA 1UTBA 2UVIA 5TPAB 1EH3A 1FQFA 5A5XB 2RF1A 2I58A 2Y7KA 3LUYA 2F34A 1PDAA 4OTEA 1MS7A 3CHGA 3DRGA 3G7WA 3SEVA 1H45A 1UTBB 4G8MA 3IAZA 1MXZA 2XXRA 3HHFA 4BDNA 4GVOA 2FNCA 3UA8A 3VDFA 3K1MA 3AXFA 5AA2B 3S9NC 4KD5A 1TT1A 1H43A 4P0GA 3RNNA 5JTYA 1PBPA 2O6AA 3H4ZA 5B70A 3TUSA 1GVCA 1LB8A 3PUWE 1J1NA 2VD2A 3KZGA 4L17A 3TTMA 4R6HA 2GH9A 4NF5B 1UIVA 3QYTA 4WEDA 2DXYA 3PPOA 5L8DA 3FXUA 4U23A 2F78A 4IO7A 2WOKA 2YJPA 2HFBA 3FXQA 3FASA 5EHMA 1HSJA 2XXTA 3T9VA 4KYDA 1IEJA 1FQDA 3VXBA 4N6PA 1M5EA 4G8HA 1N0TA 1P1QA 3WAFA 3TMGA 3FXRA 3T93B 3KN8A 1BKAA 3UN6A 3O6HA 1R9LA 4HCWA 2D3IA 4ZEBA 4I62A 3TQLA 5EHSA 5DT6A 1IXGA 3RQTA 2Q8JA 1B46A 2HCAA 1A55A 5ISUA 4N07A 2ABHA 5KDTA 3S9LC 4JDFA 3IOVA 4ELPA 4QFNA 1LFGA 1LBCA 4ZE8A 1MY2A 3V83A 1QKBA 3ECRA 4IO5A 1B58A 4JXIA 3FVNA 3TDJA 4F19A 2WOLA 4U4XA 2PBWA 2GHAA 1N3WA 3OO9A 4XKPA 2Q2CA 2F6PA 2XX7A 3I3VA 3USDA 3IX1A 1POTA 1QUJA 3N6UA 4RJZA 5CMKA 5K2XA 4RA1A 4F1YA 1EZPA 4PETA 2QL3A 4PP0A 4OZ9A 3GLBA 1MH4A 2O1LA 1LBBA 5ELVA 2F36A 1LAFE 2I4CA 4OESA 4M1VA 3K01A 1H76A 3Q29A 3HV1A 2YPNA 3LSFB 4XKNA 4Q0CA 3B6WA 3SEWA 1BTJA 3RYBA 3IO6A 4DXUA 4R75A 2AYSA 2CMOA 3QAXA 2UVJA 3ILTB 5L9SA 1URGA 4OXVA 4G68A 3VV5A 3M3LA 4R73A 1M5FA 1IIWA 3IR1A 5HPQA 2VGQA 2XXVA 3KGCA 4ZEDA 4OETA 5M2VA 1PB9A 4OVJA 4RYAA 4QFPA 3ILUB 4RY1A 3QSLA 2VD3A 3PD9A 1IXCA 5DTBA 1O64A 3UP9A 1N7WA 3SERA 4TQUQ 5KZTA 5AA4A 2DVCA 3S9EA 4Z0IA 5HM4B 4YMAA 5CBSA 1FTLA 2DYXA 1MM7A 1FTKA 1AMFA 1B1XA 1P99A 3PPPA 1N04A 1B51A 5CRYA 3JYRA 1S9TA 4ZZAA 1DTGA 1B5IA 4GFRA 3N94A 4PQJA 4FE8A 3SEUA 4OFOA 2DP8A 4OMBA 2NOOA 1OVTA 4TLLB 4BDMA 1JQFA 4H1XA 1R6ZA 1MXVA 2XD3A 4RPOA 3B7DA 1PEBA 2ZNSA 4ZEKA 1P1UA 5I57A 5CM6A 4LZ5A 4H67A 1DOTA 4OFJA 3S4UA 4MLVA 3B6TA 4G4PA 1SW4A 3H06B 3EQ1A 1WODA 5I57B 1Q35A 4LATA 2P2AA 1S7YA 3DP4A 3H6TA 2M8CA 3CVGA 1B3LA 4ELRA 4IY5A 2NUVA 4C1UA 1Y1ZA 4POWA 5TP9A 3PPNA 4QFKA 3OOAA 3CSGA 5H8HA 1XHYA 3M3FA 1OQHA 1FQAA 3M8UA 1I6QA 3P7IA 4WXJA 2DOJA 2X7QA 1B6HA 3D4CA 1SYHA 1JW4A 5TP9B 3JZJA 3T9UA 3FV2A 3SEXA 5H8HB 2I0BA 3QUJA 1OLCA 4NF8A 4FEDA 4KYEA 1SDXA 1NNFA 1IXIA 3BFUA 3TTNA 4RPNA 3R6UA 3FVGA 2O7UA 4MBPA 5JK4A 5AA3A 1UTHB 4ZZEA 2BJJX 1LAGE 1B1HA 1BLFA 3OO8A 5H8NA 4RNSA 1MRPA 4G68C 3GXAA 4HS7A 2HQ0A 3TZAA 1EU8A 1DPPA 1P1OA 5I59A 1N7XA 3HO7A 2F7BA 4X1DA 2V84A 2OWTA 4FEBA 3N6TA 1LSTA 3O97A 1B05A 3HHGA 5I59B 3FJGA 3EHUA 3K2DA 3SEYA 2XX9A 3MZBA 1SYIA 4F18A 1QUKA 1VR5A 2O51A 4H8IA 1LGBC 1JVXA 3FVOA 3DRFA 3LR1A 2QMXA 1MY0A 2D5WA 1NNTA 3QXMA 2Z22A 3VVFA 2KLFA 1TFAA 2REGA 3PUXE 4YICA 4U1OA 3O9PA 1DMBA 4Q8RA 1P1NA 1MY4A 2OCUA 5TPAA 3C31A 1LCFA 3TKDA 2XX8A 1XT8A 1P1WA 3O28A 3FGSA 4PFTA 4GXSB 2ALUA 3CFXA 4GD5A 4OYVA 1MM6A 4F3BA 1TXFA 3SESA 3N5LA 2XXYA 1M5BA 5AA2A 4GL8A 2DWIA 4ESXA 4DLDA 1XVXA 3PUZE 1AIVA 4P0IA 3DRKA 5FHMA 4Q30B 3QIMA 4R74A 2O69A 3K6UA 3ZKLA 1FTOA 1OQGA 2HEUA 3TEPA 5EYFA 2RC8A 4NF5A 4QSCA 4ELQA 3FVKA 3MC2A 1D4NA 1B7UA 1MQGA 2XXPA 4H0WA 1ZLQA 1B5JA 1Q1KA 3TYHA 3MP1A 4ZE9A 2XXQA 3H6WA 1MXWA 3OMBA 1B4ZA 2Y7WA 4QHQA 1VSOA 1O7TA 5AA2D 3C35A 2DVZA 2ZMBA 3E9XA 2O68A 4MFIA 4F3GA 4WKMA 2E0SA 4YAHX 1JW1A 4ZEFA 1B0HA 1B3GA 3RY3A 4F1VA 3T66A 1AH5A 1IQ7A 3C33A 3FIRA 2QS4A 2Q2AA 1JW5A 2Y84A 3LSWA 2QSXA 3HPIA 4H65A 4QFLA 3PV0E 4ECFA 4ZEIA 1USYH 3KOTA 4MH5A 5H8QA 3O6IA 2R71A 3MVZA 4IO6A 5I56A 4EF2A 3IL1B 1B7ZA 1Y4TA 3DP6A 3ZSFA 4BDLA 1WDNA 3IOUA 1SW1A 3OEKA 2Q89A 4OHNA 4JSOA 3PD8A 4GQOA 3TPAA 4FORA 5CMCA 4KCCA 5H8QB 2A5SA 3FATA 5I56B 1NKXA 3VLVA 3VXCA 5I84A 3PPQA 3A3UA 3H3GA 2ONRA 2G93A 3KOSA 2QS1A 3CIJA 3OEMA 4PFYA 2PVUA 4Z7EA 1LFIA 4FIMA 3CFLA 1LAHE 4KCDA 3G3GA 2RC7A 5FTIA 1ZIUA 1SBPA 2RCAA 2XHDA 2NWJA 4F22A 1SI1A 4R6YA 1B7HA 3CG3A 3O29A 2ONSA 2H5YA 2WKYA 3DLNA 1TFDA 1HSEA 2ANJA 2B4MA 1ZKBA 3KG2A 4YB6A 1RYOA 3DRIA 2WOPA 1DSNA 3K6XA 4GIZA 2OK2A 1I6AA 4ZDMA 1FCKA 1NH7A 3OENA 3LC8A 2ZXTA 4BDOA 1OIBA 2P1SA 1IZ1A 3R26A 2P0SA 1FQCA 4JWXA 2OJTA 4JWOA 3L6HA 3PU5A 4RK2A 3DP8A 2E1SA 4OEUA 1Z7ME 2RC9A 1A54A 4QF9A 3EHTA 4ONYA 2ZYNA 3VLWA 3CRBA 5DVFA 1HSLA 4KYSA 1POY1 1A7LA 4EF1A 2CZLA 4YMBA 1PB8A 3SKPA 2H9BA 4F29A 3PUYE 2NXOA 4G2ZA 4BDQA 1D3KA 3I6VA 3MQ9A 1N84A 2Y7RA 3ONMA 5DVJA 4LVQA 4PFUA 2FA7A 2F8DA 3RT6B 1M5DA 2VOZA 1JETA 4KHZE 4DXCA 4F2OA 4DZ1A 3TELA 4LZ7A 4NE4A 3U92A 3IO4A 3MVYA 1GTKA 3MBPA 3TAJA 3B6QA 3LBSA 2O7IA 1QJMA 4H5GA 4UACA 4I8CA 4IGRA 2I0CA 1SW2A 4BLAA 4QSEA 1WVJA 1A8FA 3MZ1A 2HAVA 3WAEA 4LQ5A 4LQ2A 3BFTA 4F1UA 1EZOA 4TOZA 3TFLA 3KSXA 3RN8A 1Y4CA 3O6PA 4E0WA 3U94A 2VHAA 1A8EA 5I2NA 2DQVA 1D9VA 2A5TB 4R2BA 2OLBA 3U1OA 1SQYA 5DEXA 3L6GA 3C34A 1JVYA 4F3SA 1QKAA 3G3JA 5I2NB 2OWSA 2GHBA 4I1DA 4ND9A 4YZZA 3QUFA 4IB2A 5ITOA 3PMVA 4OQOA 2V3UA 5FTHA 4LZ8A 4GOTA 5DEXB 5KCJA 5LOMA 1JEUA 3ZS6A 4MF3A 3MPLA 1PB7A 4AB5A 2H98A 1PBQA 2GFEA 5F7VA 3MVXA 2ONKE 3GZGA 1NL5A 1MH3A 2I6EA 1XC1A 5KCJB 1LCTA 2DE4A 1ELJA 4I9DA 1UTHA 2X26A 3BBRA 3MP8A 5ITPA 3W9VA 4QRZA 2UVHA 3UIFA 4R9GA 2IA4A 3KBRA 1AL3A 4XKQA 1Y3NA 3MW0A 3GBAA 3W9WA 1QULA 1MDP1 3EN3A 3PUVE 4F2QA 3DM0A 2HAUA 5AE4A 4NTLA 5JEIA 3Q27A 4U21A 3MVWA 4GL0A 1OLAA 1CB6A 4Q5TA 2AL5A 2B65A 2I4BA 1LLSA 4DIGA 1Y3PA 3K1NA 3FD3A 3ZKKA 2Z23A 5BWJA 4JSDA 1VFEA 3OO7A 2OZZA 1A40A 1Z7NE 2ZYMA 4X48A 1URSA 3MZ9A 2I48A 3S9MC 1FTMA 4KFQA 3K0VA 3UORA 2R6GE 4P11A 4NEDA 2ZNUA 3O6GA 1RYXA 1IUDA 1B40A 4DCXA 2REJA 3IB2A 3K00A 1MY1A 4LA9A 3C36A 3THIA 1Y3QA 1QW0A 4HCYA 3HN0A 3RGYA 1MQJA 3K4UA 4JWYA 2THIA 4GWOA 4AB6A 1I6BA 2PX1A 3OO6A 3VVDA 1O63A 3JV9A 4O3AA 4HTGA 1MQDA 3EHSA 5H8FA 1MXYA 3CI8A 1DTZA 1Y20A 4EQBA 5DYHA 1A99A 2QS3A 3F11A 1DPEA 3Q26A 2O84X 3K02A 5ICQA 4OERA 2IEEA 1T0KA 2F97A 1US4A 5H8FB 2ZYOA 3HSTA 3TQWA 1BIYA 3ODBA 4NF6B 4DXBA 2YLNA 3I5OA 2G29A 4YB7A 3Q28A 1SI0A 3OD7A 3FTOA 3CR9A 4KR5A 3CSBA 2Y7PA 4R72A 4PFWA 1Y1MA 4POXA 3E3KA 5IKBA 3IB1A 3PMXA 1UIUA 1QUIA 2X7PA 4N13A 2V93A 1ATGA 3RUMA 3KEIA 4GLIA 1OVBA 3RTFB 1MQIA 3EPEA 3G3IA 3UK4A 3S2VA 1VE4A 4NMYA 1IITA 3OSRA 5JTYB 3A09A 1PC3A 1FQBA 1YPNA 1SVXB 4NWCA 2F7AA 1N76A 3C32A 3RLFE 2Y7IA 4H8JA 1ANFA 4G8NA 5ICTA 4OWDA 5TU0A 3FV1A 2PMSA 3MJNA 1BP5A 1VFDA 1MPCA 1MPDA 1H44A 1GR2A 4IY6A 5IAIA 4LUBA 5CBRA 3Q25A 2UXAA 2V25A 4XKRA 5FHOA 1RKMA 2XXIA 4YKKA 2QRYA 1MG1A 3T96B 1ZU0A 4H6DA 3RTWB 5DVIA 1B0LA 4KQPA 3M3KA 4GXAA 3IOWA 5H8SA 4YU0A 3KN3A 3VLUA 3RPWA 3PMWA 3IJXB 1GV8A 3TCGA 4EUOA 5KDTB 2F35A 3C9HA 2V3QA 4NWDA 4G77A 3C4MA 1ZMGA 1B52A 1EZ9A 1NFTA 3K1PA 4ELOA 3UGWA 4GF8A 4IGTA 1MXUA 2XXUA 4O3BA 4ZECA 3H7MA 4YKJA 4EXKA 3G3FA 1URDA 2UVGA 3MUQA 2PT1A 1XS5A 4FATA 5CC2A 2I3WA 3E4RA 4AQ4A 2I3VA 4QFOA 1D9YA 2UYEA 3EF7A 3V89B 4X1BA 2H99A 3MWBA 2O1MA 1XOCA 1S50A 1XVYA 3GBBA 4DDDA 1MDQA 2ZNTA 2RCBA 3IK6B 3TTKA 2RKMA 4OFLA 3VVEA 2B3FA 3D4GA 4R6KA 3SDFA 2AL4A 4U1ZA 2GRVA 1SD3A 5BUUA 2QS2A 4ZS9A 1FW0A 3H6VA 3O66A 4R9FA 4ESWA 4DCYA 3LSXA 3V5AA 1LFHA 5AA1A 1R9QA 4XTCQ 1B2HA 1R1NA 5I2KA 5CMMA 4G68B 3KFMA 2B4LA 1GGGA 1I69A 1N3XA 1MPBA 5J1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DWHA 5I2KB 4JVCA 3H6UA 2V3TA 1UQWA 3TTLA 3IFAA 1USYE 4GWUA 3MAMA 5CMBA 3FJ7A 4GRKA 1MXXA 1NNKA 4RK9A 5AA4B 1NV5A 2QVUA 4EDPA 4FECA 2XXHA 5F1QA 3K6VA 1KWHA 3RYAA 2F5XA 3IB0A 2A5TA 2PFZA 2XWIA 4LONB 3PPRA 3DELB 3FUZA 3K6WA 5K2YA 5L9MA 2QMWA 5ET8A 1D9QA 1B4HA 1AWBA 3FJMA 5I7IA 4NF4A 2HZKA 2WYPA 3KJ7A 1JEVA 3OELA 2H25A 4THIA 1TWYA 2XXXA 3OSQA 3TTRA 1ZBMA 2Z8FA 1NMUA 3LSLA 3MP6A 1B5HA 4U2RA 3E13X 2D21A 5L9OA 4KI0E 1F9BA 4NF4B 4EQ7A 1YCJA 1AOVA 4XEQA 4YKIA 1B9JA 2AIXA 4F3PA 4HW8A 2FYIA 1FQEA 4FJPA 2OBGA 4HE1A 4YKPA 4F39A 2I49A 4OENA 1B3EA 4H5FA 4I3EA 3U72A 3CFZA 3R7XA 3TODA 4PE3A 3TCFA 4F31B 4H45A 4PE5B 3V8XB 1L5TA 4O3CA 3BKIB 3DRJA 4P8BA 2CZKA 3IORA 1IXHA 2H4IA 2PT2A 4QSDA 4WEPA 2Q9TA 2XA5A 3IOTA 3OXNA 4X9TA 3T9XB 2DS9A 1YTVA 5HBCA 1CE2A 1SW5A 3VFJA 3BIHA 5FHNA 3O2AA 2LAOA 2DE2A 2HZLA 2F6GA 1B32A 3BIGA 2VPNA 1YAEA 3KJTA 2ZYKA 3U8QA 3H03A 1II5A 2Q88A 4C1TA 2XD2A 1H3DA 2CEYA 4BDRA 4TLMB 4MNCA 4GWZA 4NF8B 1QVSA 1FTJA 3MPKA 2B3BA 3LVUA 3W15C 1B3FA 1JNFA 3FZVA 3T22A 1NH8A 2Z8DA 4UA8A 3N26A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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