4OEUA

Crystal structure of nikz from campylobacter jejuni in complex with ni(l-his)
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
493
structure length
493
Chain Sequence
IPKDTLIIAVENEIARINPAYSEDHDAVINLVFSGLTRFDENMSLKPDLAKSWDISKDGLVYDIFLRDDVLWHDGVKFSADDVKFSIEAFKNPKNNSSIYVNFEDIKSVEILNPSHVKITLFKPYPAFLDALSIGMLPKHLLENENLNTSSFNQNPIGTGPYKFVKWKKGEYVEFKANEHFYLDKVKTPRLIIKHIFDPSIASAELKNGKIDAALIDVSLLNIFKNDENFGILREKSADYRALMFNLDNEFLKDLKVRQALNYAVDKESIVKNLLHDYAFVANHPLERSWANSKNFKIYKYDPKKAEDLLVSAGFKKNKDGNFEKDGKILEFEIWAMSNDPLRVSLAGILQSEFRKIGVVSKVVAKPAGSFDYSKVDSFLIGWGSPLDPDFHTFRVFESSQDSALNDEGWNFGHYHDKKVDIALQKARNTSNLEERKKYYKDFIDALYENPPFIFLAYLDFALVYNKDLKGIKTRTLGHHGVGFTWNVYEWSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Campylobacter jejuni
molecule keywords Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-bi
total genus 160
structure length 493
sequence length 493
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4oeuA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4oeuA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4oeuA02
3T9UA 1QUJA 1AIVA 1BTJA 3DLNA 4YKPA 4Q30B 2V25A 1N76A 4KCDA 5DVIA 3JZJA 3Q26A 4LZ8A 3B7DA 3C34A 5L9SA 2DP8A 4LATA 2OWTA 4QSEA 3IL1B 3GLBA 3V5AA 4NF6A 2Q2AA 3PPQA 3VVDA 2VD2A 4GLIA 3C36A 2AIXA 4QFPA 3LSWA 1I6BA 4GRKA 3IO6A 3U72A 3FZVA 2XXYA 1J1NA 3MP6A 1JNFA 4ZEDA 4ZEFA 2V84A 2QL3A 3HN0A 2V3TA 4JWXA 3IOUA 3HSTA 2D5WA 1Y1ZA 1JEVA 3HHFA 3RYAA 3PMXA 1N7WA 3FIRA 4NWDA 2A5TB 5KDTA 1H3DA 1MM6A 3IB1A 1IITA 4QF9A 3IOWA 2V3UA 3TCFA 3E3KA 2XXTA 1MPBA 1FTLA 1A55A 4EUOA 3TODA 1P1OA 2FYIA 4FATA 5CMCA 4RNSA 2Q8JA 4XXUA 4EXKA 4H65A 4ELQA 5I59B 3WAEA 4FAJA 3MUQA 5B7DA 3PUZE 1I6AA 3T66A 1N3WA 3HPIA 1WVJA 3UGWA 4GL8A 1B3HA 4LONB 2I49A 3MVXA 3TMGA 2Z8FA 3S9LC 4QSDA 1B4ZA 3IB0A 1B7UA 3RGYA 1IUDA 3OO6A 3O29A 3IJXB 3CFLA 1A8EA 2UYEA 3PMVA 1IQ7A 4IY6A 3A3UA 3IB2A 3G3FA 1FCKA 3OELA 2F35A 2G93A 1LSTA 4QSCA 2Z8EA 3MVYA 3FJ7A 3FVOA 1PB9A 3K1PA 1ZKBA 3PGFA 5AA3A 1HSEA 4ESWA 4U22A 1EU8A 4G2ZA 4OXVA 4ZZEA 1MG1A 4JSOA 4P0IA 2PX1A 3MQ9A 3K1MA 3UA8A 3SEVA 5I58A 1UIVA 2F6GA 1ZU0A 4QFLA 2Q9TA 4OYVA 3K6XA 5I56B 1TXFA 1II5A 1JQFA 4OFOA 5H8QA 5H8HA 1FTOA 1LFIA 1URDA 3IK6B 4YICA 2ABHA 1MXWA 3G3IA 3K4UA 4LQ5A 2XXXA 3E4RA 2YLNA 3TYHA 1VFEA 3C4MA 1YTVA 4PP0A 3V89B 3VE1B 4C1TA 4U4SA 1R9QA 4ECFA 4GIZA 2DE2A 2AYSA 2Q2CA 4R75A 4H1XA 1B3LA 1NH8A 2E0SA 5HM4B 2R6GE 1B7HA 4F1YA 1ZBMA 3W15C 1NL5A 4N13A 2XD3A 3B6QA 4H8JA 1B4HA 5F7VA 2QS4A 4RPNA 3DRGA 4IGRA 3LSXA 2I58A 3FXRA 2F78A 3VVFA 4EF2A 1D9YA 3O6HA 4HCYA 4O3AA 4YMAA 1LFGA 3GBBA 3MVWA 4YMBA 4KR5A 1TT1A 1B0HA 2RKMA 5CMBA 3S9EA 1MH3A 3KN8A 4F19A 3QYTA 3P7IA 1I69A 4U21A 1M5EA 1OVBA 3CRBA 2VP1A 4NF8B 2YPNA 5KCJB 3O6PA 1B1XA 2ONRA 3FTOA 2XXUA 3LR1A 3HO7A 4OFLA 1B5IA 4R2FA 2LAOA 1M5DA 3WAFA 5KDTB 4GFRA 2XXRA 1MQHA 3IO4A 3D4GA 3W9VA 1PBQA 1IXHA 4I8CA 4XKNA 1N0TA 1NNKA 1VSOA 1LCTA 3SESA 1ZIUA 1IXCA 3K00A 4WXJA 5K2YA 4RK2A 3FATA 3FGSA 1DOTA 1OIBA 1LBCA 2I0BA 3VLWA 2Y7IA 1LFHA 1MY1A 5DEXA 4GWOA 3MZ9A 4HCWA 1B52A 3CFXA 1DPPA 5FHMA 4XKPA 3HHGA 4KFQA 3TPAA 3ZKLA 1S9TA 3N6TA 4NF4A 3MWBA 4F3GA 2HCAA 3TQWA 4ELOA 3F11A 3TTNA 2UXAA 3FXQA 1CE2A 1LB9A 2AL5A 2REJA 3QUFA 2F7BA 4H0WA 1Q1KA 2ZMBA 3ODBA 4ZZAA 5ITOA 2HAUA 4OHNA 4HW8A 4IO2A 1XT8A 2HEUA 2VGQA 3MZBA 5H8SA 2I4BA 1ZTYA 3R26A 3RN8A 5HPQA 2Q89A 3MC2A 2F7CA 1R9LA 4OMBA 3CSBA 2UVHA 1N3XA 4G68A 4LQ2A 2WOLA 4TLMB 3ILUB 1HSJA 1GV8A 1B3EA 4ZEKA 3PMWA 4BDLA 3THIA 3ZS6A 4MF3A 3G3GA 4NTLA 3FV1A 2I48A 1URSA 4GOTA 2DSFA 1O63A 3R7XA 1A8FA 4BDMA 1N04A 1H43A 1RYXA 1RKMA 4YB5A 4THIA 2Y7PA 3SDFA 4C0RA 2NWJA 5HBCA 2X26A 1Y3NA 2XHDA 2O1LA 4YZZA 1WDNA 1MQIA 1B6HA 1QKBA 1MQGA 4F39A 2RINA 3N5LA 3TZAA 3K2DA 2R9JA 3MPLA 3VLVA 1SD3A 1P1QA 4EQ9A 3C35A 2HXWA 5CI5A 1P99A 4BDOA 2QMWA 1EH3A 4RYAA 1YCJA 3O2AA 1RYOA 2DOJA 3KZGA 2F36A 2O1MA 4F31B 4JWYA 1B46A 3PU5A 2D3IA 1USYE 4UACA 4XTCQ 4F1UA 4GVOA 4RK9A 4EDPA 4H5FA 2NVUB 3OSQA 3I5OA 2P1SA 2I4CA 2HZLA 4QFOA 1MRPA 2DS9A 2I0CA 1NNFA 3L6GA 4NE4A 4ELRA 1SBPA 5ICTA 5DT6A 1UTHB 1EZ9A 1P1WA 2CZLA 5JTYB 4F3SA 2O69A 3OOAA 3SKPA 3RQTA 1GTKA 4KD5A 1MH4A 4JWOA 1OLAA 3RY3A 3H4ZA 2DYXA 1ATGA 3VXBA 4YKKA 3QK6A 3Q28A 3ONMA 3O6GA 2Z23A 1S7YA 4QFNA 1B40A 3PD9A 2YJPA 4YB6A 3C33A 5L9MA 4NF5A 3E9XA 3T9XB 2XXQA 5TP9B 4HS7A 2HQ0A 3LSFB 1UTBB 1MQJA 1IXIA 3QSLA 4H6DA 3KSXA 3U94A 3MAMA 1EZPA 3CR9A 1SW4A 2H99A 2HZKA 3DP8A 1D3KA 5CMMA 3RT8A 5A5XA 1I6QA 1SDXA 4OERA 3A09A 4HTGA 4KCCA 1NNPA 4RXLA 5AA1A 3C31A 3VLUA 4OENA 2RC7A 3IORA 3TEPA 5L9OA 3M3LA 1YAEA 4OFJA 2D21A 4WEDA 2OWSA 4FORA 3Q29A 4AQ4A 4P11A 5AA2A 3TCHA 5CBRA 2UVJA 2REGA 1NKXA 3IR1A 2F8DA 1SW5A 1H76A 4U4XA 1PDAA 1OQHA 3EN3A 3KBRA 3H7MA 1TFAA 1VR5A 3TTKA 3EQ1A 1A40A 2BJJX 3RTWB 2PMSA 4EQBA 4DCYA 5LOMA 1MXUA 2UYFA 1B3GA 1PBPA 4GD5A 3RPWA 1B1HA 3DRHA 2THIA 3BFUA 1OVTA 2PYYA 5BUUA 3OENA 4I9DA 2V3QA 3CIJA 2F7AA 1USYH 2Z8DA 4I62A 2VD3A 2AL4A 3S9MC 2Y7KA 3PD8A 3ECRA 3FJMA 2XXHA 4YU0A 4TOZA 3PPPA 5I57A 5J1DA 5CBSA 1S50A 1BLFA 5ITPA 1XS5A 4TQUQ 4MFIA 3V8XB 4DZ1A 3O66A 2H5YA 2DWHA 1DTGA 2GRVA 1O7TA 2DWIA 3K1NA 4OVJA 2XXWA 5I2NA 1FQFA 4EQ7A 3KG2A 5AA4B 4OEUA 3QIMA 2OK2A 4IB2A 3KN3A 1D4NA 4IGTA 4N6PA 1JW5A 5H8NB 4X9TA 4KPTA 2IA4A 4ONYA 2ALUA 2O84X 4L17A 5F1QA 2WOKA 5EHSA 4LUBA 4ZE8A 3UK4A 2O7IA 1VE4A 3H6TA 3PUXE 3S9NC 1DPEA 1FQAA 2B4LA 4POXA 3K0VA 3MZ1A 1AOVA 4H67A 4NF6B 4DXBA 2XXIA 3G3HA 5TPAA 4F29A 4RPOA 3BBRA 3TKDA 2H25A 1FTMA 3FVKA 1FQDA 3G3KA 1ZLQA 2I3VA 4F2QA 4DXUA 5FTHA 2DXRA 1LAFE 1N7XA 1FW0A 3A3CA 1LGBC 3K02A 3PUYE 1ZJLA 1B58A 2OJTA 1AMFA 3K6VA 1AL3A 1QULA 5B70A 4YKJA 4DIGA 4PFUA 4BDQA 3RUMA 2NUVA 4WEPA 1JEUA 3HV1A 3PUVE 3Q27A 3MP8A 1B51A 4ZEBA 1Z7ME 2DVCA 1TWYA 2UVIA 1XVXA 4FIMA 2ZNSA 3IJOB 3OO7A 4MLQA 4I1DA 4G68C 1IZ1A 2M8CA 4LZ7A 5CRYA 4P0GA 3LC8A 1QW0A 1US5A 2OBGA 1R1NA 4JBZA 3EHUA 3RTFB 4JB7A 1JVXA 4TLLB 2ZNTA 2A5SA 2QS2A 3PPOA 2ZYOA 4NEDA 5DVFA 1Y9UA 1MDP1 5FHNA 3TTMA 1SYHA 4RA1A 3USDA 3KOTA 2RCBA 2KLFA 3ZKKA 3I3VA 4M1VA 1LB8A 3OD7A 1EZOA 4JSDA 4IO3A 4LA9A 3GBAA 4MBPA 1AH5A 3VFJA 3SEUA 2ZXTA 1POY1 2PT2A 2PBWA 4ISUA 3R6UA 2WKYA 4KYEA 5I59A 5EHMA 5I84A 3VXCA 1WODA 4AB5A 4X1DA 1KWHA 3KOSA 1IXGA 2I3WA 1DMBA 2G29A 1BP5A 3SEYA 1LAHE 1UIUA 5I58B 1PB8A 3FVGA 2H98A 2Y84A 3G3JA 1LCFA 1H45A 2H4IA 3OSRA 1A54A 1MPDA 1SQYA 4OWDA 3EHSA 1FTJA 2ONSA 1B3FA 3UORA 5H8QB 4KQPA 5H8HB 1Y4TA 3E13X 1GGGA 2O7UA 3QAXA 1MY3A 4FECA 3TQLA 4DXCA 3DRKA 3QXMA 2XX7A 4R6HA 4XIGQ 2F34A 2NXOA 3H06B 3JV9A 2I6EA 3KJ7A 5IAIA 1P1UA 4POWA 3K01A 3D4CA 3M3KA 2XD2A 1CB6A 3IX1A 4GXAA 2P0SA 4YB7A 2B3BA 3FJGA 4EF1A 2OLBA 5I56A 3FD3A 4RY1A 1B32A 3T9VA 1T0KA 4OQOA 1ZMGA 3BFTA 4YKIA 4IO5A 1ELJA 2UVGA 4JXIA 4F3PA 3EHTA 1P1NA 1LBBA 1XHYA 1MY4A 3S4UA 2PT1A 3O9PA 1PEBA 4NWCA 2HAVA 1Q35A 4IY5A 3CI8A 4BDNA 4N07A 2DQVA 1QJMA 5M2VA 1SI0A 4R74A 1N84A 5DYHA 3H6UA 3SERA 3KGCA 3VVEA 2ZYMA 4Z0IA 2GFEA 4PETA 4KHZE 2WOPA 2B4MA 3VV5A 2XX9A 3PPRA 1B0LA 1MS7A 3QUJA 1R6ZA 1YPNA 2FA7A 3T93B 2ESNA 1B7ZA 4LP2B 4IO6A 2E1SA 2O6AA 4EXLA 1D9VA 1OMPA 3TFLA 3C9HA 3MPKA 2RF1A 4R2BA 3MP1A 3M8UA 4U1ZA 2V93A 3OO9A 3EF7A 3KN7A 4NF8A 1SI1A 4LVQA 5KCJA 5DEXB 1MXZA 4G77A 3U1OA 5I2KA 1Y3QA 1MXYA 4NF4B 4WKMA 1B9JA 1M5BA 3AXFA 1URGA 2O51A 5ICQA 3UN6A 1NH7A 3MBPA 3FV2A 1F9BA 4FEDA 1POTA 1NFTA 1SW1A 4DE8A 1ANFA 5KZTA 3N26A 2DXYA 4PFWA 1QUKA 3RNNA 2X7QA 1OLCA 2QS1A 1Y3PA 5H8FA 2Z22A 3FVNA 4ND9A 4ESXA 1FTKA 2F6PA 3B6TA 4ELPA 3CG3A 2DE4A 2F5XA 4G68B 3Q25A 4ZDMA 2QSXA 1FQCA 4R72A 3KEIA 1SW2A 3N6UA 4R73A 2RCAA 3U92A 2XXVA 2X7PA 2PVUA 1Y20A 4OESA 4G4PA 2OCUA 1BKAA 3FXUA 1LLSA 4ZEIA 2W7YA 1VFDA 2DWAA 3OMBA 4F22A 1NMUA 2ANJA 4QFKA 4ZECA 1B2HA 4GXSB 4QRZA 3T96B 4OEVA 1MXVA 4O3CA 5AA2D 2H9BA 4E0WA 1HSLA 2GHBA 4E0XA 3EPEA 5TU0A 3MVZA 3ZSFA 2Q88A 3K6UA 1QUIA 3H6WA 4BDRA 3H3GA 4X48A 4DLDA 1XOCA 1Y4CA 1M5CA 3LSLA 1FQBA 1L5TA 5EYFA 2ZYKA 4DCXA 3TTRA 3DRJA 2GH9A 2RC9A 4FE8A 5CC2A 1QVSA 1MQDA 4C1UA 2R71A 3KFMA 1PB7A 4MLVA 3DRIA 4Q0CA 2XXPA 3LUYA 1IEJA 3B6WA 2GHAA 3BKIB 2QJEA 3RT6B 3VDFA 4G8MA 4OETA 5FHOA 1FQEA 1B05A 5ISUA 3TDJA 1PC3A 3H6VA 1MDQA 2XX8A 4Q5TA 2DE3A 4H8IA 3SEWA 3LBSA 1H44A 3TUSA 4K3FA 3TELA 1QKAA 4BLAA 5ELVA 3IOTA 3CHGA 2B65A 4PE5B 1MY0A 1MM7A 2QMXA 4NF5B 3O6IA 3SEXA 4XKRA 3FASA 3W9WA 1UTHA 3OXNA 5JTYA 4JDFA 5I2KB 3T9HB 4QHQA 1B5JA 3TAJA 4XKQA 3IOVA 4FJPA 1MXXA 4ZE9A 5A5XB 4AB6A 1XC1A 3TTLA 3U93A 3I6VA 4FEBA 1DTZA 1MPCA 3OEMA 3MJNA 3PPNA 4U1OA 2VOZA 5BWJA 1Y1MA 3OEKA 2B3FA 5JK4A 4R6KA 4F2OA 4R9GA 5AA2B 2NOOA 3FUZA 3O97A 2O68A 5L8DA 3PV0E 5TP9A 1US4A 2HFBA 3G7WA 1GR2A 2A5TA 3CG1A 4F18A 2ZYNA 5H8FB 2P2AA 1UTBA 3PUWE 3ILTB 4GQOA 3S2VA 1MY2A 5DTBA 2Y7WA 4PQJA 2QPQA 3H03A 2IEEA 4KI0E 3HCQA 3RYBA 1UQWA 3DELB 4RJZA 5IKBA 1GVCA 3LVUA 2Y7RA 1JVYA 1SVXB 3DM0A 3CFZA 3N94A 3V83A 4GL0A 1JETA 1TFDA 1B5HA 5CMKA 4U2RA 4NMYA 4DDDA 3DP6A 3GXAA 1A99A 3IAZA 2DWJA 3T22A 4R9FA 4G8HA 5I57B 1IIWA 4UA8A 2ONKE 2QRYA 4PFYA 4Z7EA 5CM6A 3MW0A 3K6WA 5JEIA 2DVZA 1DSNA 4KYSA 4KYDA 5DVJA 5AE4A 5I2NB 4X1BA 4G8NA 2FNCA 2F97A 4Q8RA 1SYIA 1Z7NE 2ZNUA 3PAMA 3DP4A 1NNTA 4F1VA 4MH5A 1O64A 4YAHX 3JYRA 3TCGA 4PFTA 4ZS9A 3DRFA 3CVGA 5FTIA 2RC8A 3KSJA 3O28A 1LAGE 2QS3A 2VHAA 3KJTA 3C32A 3GZGA 4GF8A 4LZ5A 1LAXA 2CMOA 4IO7A 4U23A 4OTEA 3M3FA 1M5FA 2OZZA 1A7LA 4OZ9A 3UP9A 4F3BA 1BIYA 5TPAB 4O3BA 3U8QA 3CSGA 5AA4A 1XVYA 1OQGA 4H5GA 3L6HA 4M4GA 5K2XA 3RLFE 3OO8A 1JW4A 5H8NA 4R6YA 3UIFA 3SETA 1JW1A 4IO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T9UA 1QUJA 1AIVA 1BTJA 3DLNA 4YKPA 4Q30B 5LDZA 2V25A 1N76A 4KCDA 5DVIA 2PCRA 3JZJA 3Q26A 4LZ8A 3B7DA 2KR0A 3C34A 5L9SA 4PFRA 2DP8A 3T1BA 4LATA 2OWTA 4QSEA 3IL1B 3GLBA 3V5AA 4NF6A 2Q2AA 3PPQA 3VVDA 2VD2A 4GLIA 1NV4A 4MEVA 3C36A 2AIXA 4QFPA 3QMFA 4GX4A 3LSWA 1I6BA 4GRKA 3RYDA 3IO6A 3U72A 2PFYA 3FZVA 1DK4A 2XXYA 1J1NA 3MP6A 1JNFA 4ZEDA 2XWIA 2XWVA 1AWBA 4ZEFA 2V84A 2QL3A 3HN0A 1NV7A 1LBYA 2V3TA 4JWXA 3IOUA 1FBGA 3HSTA 2D5WA 1Y1ZA 1JEVA 3HHFA 3RYAA 3PMXA 1N7WA 3FIRA 4NWDA 2A5TB 5KDTA 4QBAA 1H3DA 2ZZWA 1MM6A 3IB1A 1IITA 4QF9A 3IOWA 2V3UA 3TCFA 3E3KA 2XXTA 1MPBA 1FTLA 1A55A 4EUOA 3TODA 1P1OA 2FYIA 4FATA 1NV6A 5CMCA 4RNSA 2Q8JA 1EYKA 4XXUA 4EXKA 4H65A 4ELQA 5I59B 3WAEA 4FAJA 3MUQA 5B7DA 3PUZE 1I6AA 3T66A 1N3WA 5EQ8A 3HPIA 1WVJA 3UGWA 3RPLB 4GL8A 4N6KA 1B3HA 4LONB 2I49A 3MVXA 3TMGA 2Z8FA 3S9LC 4QSDA 1B4ZA 3IB0A 1B7UA 3RGYA 1IUDA 4N17A 1FBHA 3OO6A 3O29A 3IJXB 3CFLA 2F3DA 1A8EA 2UYEA 3PMVA 1IQ7A 4IY6A 3A3UA 3IB2A 3G3FA 4IR8A 1NV0A 1FCKA 3OELA 2F35A 2G93A 4MAGA 1LSTA 4QSCA 1RDZA 2KQZA 2Z8EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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