4OFJA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus
molecule keywords Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein SaNikA
total genus 167
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ofjA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ofjA01
2RC8A 4P11A 1QULA 2I4CA 4FATA 3VVDA 4YMBA 2OLBA 3RYBA 1SW5A 3H6WA 2V84A 1MS7A 3LC8A 1I6BA 4WEPA 4ELRA 4E0WA 1XS5A 1POY1 1XT8A 3H03A 4EDPA 3G3HA 3PPOA 3R7XA 3UN6A 3O66A 4QHQA 1MY0A 3H4ZA 5KCJB 3IOWA 3U1OA 1P1QA 4R2FA 1LFGA 3O2AA 4ECFA 1OVBA 3C4MA 4IGTA 2HZLA 4KQPA 5EHMA 4POXA 4F39A 3K2DA 4YKPA 2V3TA 2PYYA 2F34A 1XVXA 3L6GA 3E3KA 3H7MA 4HS7A 3T9XB 1B5IA 4GFRA 1FTKA 1PDAA 3TFLA 1UTHB 4ZEFA 2QS4A 2ZMBA 1ZKBA 4LQ5A 5DTBA 1ZLQA 1SI1A 5TP9B 2OJTA 2V3QA 1ZIUA 3FIRA 2AYSA 3Q28A 4GVOA 3ZS6A 2Z22A 1Y4CA 3SEWA 1Q35A 3K1NA 4H8IA 1FTMA 1BKAA 4KHZE 3S9LC 2I6EA 2ZNTA 3DP6A 1EH3A 1B51A 3L6HA 4HCYA 4OZ9A 5H8SA 2H98A 4UA8A 3M3KA 3KSJA 3MZBA 3CR9A 3QSLA 4F18A 2DWHA 3MPKA 4WXJA 2Q2AA 2B3FA 5CM6A 1EZPA 5ITOA 3I6VA 3SDFA 4GF8A 1MY4A 2ESNA 2X7PA 3IJOB 1WVJA 2XX8A 3VLUA 4BDNA 1NH7A 1RYXA 2Q9TA 1AOVA 1YCJA 1ZBMA 1B7HA 3FVNA 1H44A 1AIVA 5I58B 4QRZA 5M2VA 4OVJA 1Z7NE 3TUSA 4QSCA 2NUVA 3V8XB 4ZDMA 4H1XA 1A8FA 4OFOA 5H8FA 3ODBA 4H5FA 2RKMA 2QS2A 3RNNA 2O69A 1ZU0A 1PC3A 5K2XA 4R6HA 2LAOA 2Z23A 4AQ4A 3B7DA 3ONMA 4ZEKA 2H99A 3W9VA 4G8NA 3HPIA 2DXYA 1DOTA 4IY6A 3VDFA 3MJNA 3PUYE 3TTRA 4JB7A 2P1SA 3S4UA 1SW4A 3GBBA 3VFJA 1N3WA 1GR2A 3N94A 2PBWA 1Y1MA 3I5OA 1SW2A 5I56A 2DSFA 4G4PA 4POWA 3OOAA 3RT6B 1LAFE 3ECRA 2ANJA 1EU8A 4IGRA 3MVZA 2O7IA 3OO9A 1JEVA 1SDXA 3KN7A 2Y84A 3FTOA 4ELQA 1MQJA 3VVFA 1R6ZA 3LVUA 3VLWA 2Q88A 3MP8A 3W15C 3CVGA 2Q8JA 4P0IA 3LR1A 1IITA 4MBPA 5DVIA 1VR5A 1IIWA 1IZ1A 4QSDA 4THIA 2WOPA 4C0RA 3LUYA 3BBRA 4JSOA 2OZZA 1FQBA 4X1DA 4U2RA 2R9JA 1NNTA 3B6WA 1Y9UA 2V3UA 4RA1A 1QUKA 1R9LA 4G2ZA 1N7XA 3OELA 2I0BA 3CFZA 1B0LA 3FVOA 2F7AA 3KGCA 5KDTB 3SEXA 2ZYMA 2R71A 3V89B 4IY5A 1SYIA 4RXLA 3BFUA 3DRKA 3QUFA 5KDTA 2QMWA 4I8CA 2QL3A 4F31B 3RQTA 4RYAA 2DE4A 4R6YA 3HCQA 4BDMA 2PX1A 2PT2A 1A8EA 3O6PA 3B6QA 2DQVA 4YMAA 2I0CA 3K6UA 3DRHA 4KD5A 3T96B 5AA2B 5HM4B 5CRYA 4DCXA 3WAEA 1B05A 1NL5A 4QFOA 4JWYA 4OMBA 4N6PA 3B6TA 1MQGA 1R9QA 3PAMA 1QW0A 4Z7EA 4OYVA 1SQYA 4LZ7A 4Q8RA 5CMMA 2X26A 4NEDA 4YAHX 4EF2A 4MH5A 1S9TA 5L9SA 2Y7KA 4TLLB 3FASA 2XXHA 1YPNA 3MQ9A 3C36A 2I58A 3U92A 1MDP1 4C1UA 1P1OA 4X9TA 3TPAA 4FORA 3EPEA 3D4CA 3KN3A 3RN8A 1M5FA 3UA8A 5I57B 2QMXA 4ZECA 3IB2A 1EZOA 4F1YA 3RPWA 4KYSA 1II5A 1A55A 4NF6A 5I57A 4HW8A 4RY1A 4PQJA 5CBRA 3IAZA 3C35A 1B52A 4RJZA 1DPPA 1FQDA 5H8NB 1TFDA 4YB7A 3MPLA 2YPNA 3U8QA 2THIA 5JEIA 1O7TA 3VXBA 5DVJA 4XIGQ 1URGA 1QJMA 3TYHA 3FD3A 2DWJA 4H0WA 4QFNA 4ONYA 4EF1A 1N84A 4LZ5A 1I69A 1Q1KA 4QFPA 4OESA 1XVYA 5AA2D 3R26A 4EQBA 2UYFA 1MXXA 2F7BA 3K0VA 5L8DA 1RKMA 4G8HA 1GGGA 2UVGA 1Y3NA 3TTMA 3JZJA 3DRJA 3ILTB 4YKIA 4E0XA 3FVKA 3FZVA 3QIMA 2GFEA 1MRPA 1S50A 4BDQA 3HHFA 2I3VA 3MP1A 5FTIA 4NTLA 2XXXA 3H6VA 1JQFA 4MF3A 4XKNA 2Z8EA 4R72A 4FJPA 3IOTA 1UQWA 3S9NC 3CSBA 3ZKLA 2NOOA 5DYHA 4QFLA 1VFEA 2XXUA 4F3SA 5HBCA 1A99A 3V5AA 1LCFA 5AA1A 3SKPA 4LATA 2A5TB 4FAJA 3JV9A 1JNFA 1MPDA 1MXZA 3E9XA 3IOUA 4GXSB 2A5TA 4H8JA 1B0HA 3ZKKA 1MM7A 1MQDA 5ICQA 2O1MA 4KR5A 3QUJA 2DWAA 2VOZA 3DP8A 5KCJA 5TU0A 3EQ1A 4G8MA 3RT8A 4QFKA 1ATGA 4IO2A 3MBPA 4GL8A 1QUIA 3H6UA 4FEDA 1AH5A 5DEXB 1OMPA 4WEDA 3KOSA 3I3VA 1LB8A 1USYH 3LSLA 4R9FA 1LFHA 2Q2CA 1D3KA 3PU5A 1QKAA 2F5XA 1UTHA 4AB5A 3CSGA 4OFJA 4DXBA 3IR1A 4H6DA 3KJTA 3P7IA 1A7LA 4U21A 4FE8A 1M5CA 5TP9A 4IO5A 2RINA 2VD3A 3A3UA 4LUBA 3K6XA 3RYAA 3DP4A 1LBBA 4PFWA 1P1NA 1MPCA 5I84A 4ZZEA 1OLCA 3TQWA 2NVUB 3KBRA 4OFLA 3S9MC 3WAFA 1IXIA 3CHGA 1PBQA 3KEIA 4NWCA 1VE4A 1B46A 4ZEBA 3O6GA 4ESWA 3USDA 4F1VA 1NMUA 1BP5A 1VSOA 1SVXB 2AIXA 2ZYNA 1MY2A 1UIUA 4GL0A 1FW0A 3EN3A 4DIGA 1B4ZA 5IAIA 1OIBA 3T93B 4I62A 1B40A 2DP8A 4KYEA 2QJEA 3OSQA 1M5EA 4F3GA 5I2NB 4R73A 1NKXA 2BJJX 3K6VA 4BDOA 2XX9A 3PPPA 4M1VA 5J1DA 5I2NA 2QSXA 3UGWA 4TOZA 3QYTA 3TTLA 4DXUA 5H8HB 4F2QA 1OQHA 5I58A 4OQOA 2GRVA 1B6HA 4PP0A 1PB7A 2D5WA 1NH8A 1IXHA 4H67A 1AMFA 4JSDA 2ONKE 5FHMA 5F7VA 2F6GA 2D3IA 3FATA 1P1WA 5B70A 3KN8A 4LONB 1I6QA 4F19A 4ZE8A 1JW1A 3K1PA 1B2HA 1ZJLA 5EYFA 3IB1A 4HCWA 2XD3A 1ZMGA 4L17A 1GTKA 4GOTA 4IO6A 2CZLA 1USYE 1WODA 5AA4B 1B5HA 4O3BA 1B5JA 3RTFB 4BDLA 2W7YA 2YJPA 4LVQA 1FCKA 5AA4A 2QRYA 5F1QA 3Q29A 2H25A 3PUZE 1Z7ME 2DVZA 3TKDA 2XXPA 1T0KA 4RK9A 1UTBB 4GD5A 3TTKA 4NF4B 3U93A 3H06B 2PVUA 2V25A 2P2AA 3HSTA 5CI5A 4ZEDA 3LSWA 4OEUA 1VFDA 3S2VA 2HFBA 4F3BA 5ITPA 4KI0E 3G7WA 5KZTA 4U1ZA 3N6TA 1OQGA 2OWTA 1MM6A 1B1XA 2R6GE 1SI0A 4Q5TA 4F22A 4G77A 3SETA 3C31A 3MAMA 3VV5A 2HEUA 1TWYA 4GXAA 3V83A 3U94A 4G68B 1H3DA 2WKYA 2P0SA 1MH3A 3IJXB 4G68A 3FVGA 5ISUA 2RF1A 3SEVA 4NMYA 4EUOA 5I2KB 3RLFE 2OBGA 2NXOA 2XHDA 3TZAA 1B7UA 3K00A 3LSXA 3PPRA 4RPNA 5CMBA 4AB6A 5I2KA 4R9GA 1R1NA 5DVFA 3VVEA 2RC7A 3QK6A 5AA2A 3SEYA 1H76A 2FNCA 1MH4A 2FYIA 4OEVA 4EQ7A 4Z0IA 1SD3A 1FQCA 1DMBA 3D4GA 1NNFA 4KYDA 4EQ9A 2RCAA 3PGFA 5DT6A 3PUXE 4GQOA 3CI8A 1JVYA 2OWSA 2B3BA 4ELOA 3G3KA 3E13X 3OSRA 3G3IA 3SEUA 1SBPA 2DWIA 2O51A 4RK2A 1KWHA 3IO6A 3R6UA 2VP1A 4JDFA 4X1BA 1LAGE 1JVXA 3TDJA 5BWJA 1NNKA 1YTVA 3Q25A 1UIVA 3TEPA 4LP2B 1IEJA 3MP6A 1B3GA 4GIZA 3T66A 2IA4A 1MG1A 3JYRA 2ZNUA 3FUZA 2WOLA 1MXWA 1CB6A 2HAUA 5H8NA 5CBSA 1LAXA 2B65A 1CE2A 2ZNSA 3FJGA 2HCAA 1Y20A 1ZTYA 2VHAA 1US4A 5CMKA 3MZ1A 4O3AA 3UP9A 4IB2A 2DOJA 2DXRA 2O84X 5H8QB 1MY3A 4ND9A 2QS3A 1LGBC 4LQ2A 3GBAA 4LZ8A 1PBPA 2HAVA 3M8UA 4GLIA 5H8QA 2Y7IA 3OENA 1N04A 1LAHE 3T22A 5AA3A 1D9VA 5CMCA 3VLVA 4ZS9A 3FXQA 4PFYA 3PPNA 3T9UA 5I59B 2O68A 1A54A 3SERA 2XXQA 4U23A 4PETA 1FQEA 5A5XB 4TLMB 3DRIA 3FGSA 3IB0A 1O63A 1N76A 1B3FA 3Q27A 1HSEA 2DVCA 1N0TA 3MW0A 3TTNA 3FV2A 3PUVE 1JW4A 2UVJA 2AL4A 2VGQA 2ZXTA 1P1UA 2G29A 4IO4A 2YLNA 1Y4TA 3HN0A 3CFLA 4F1UA 3TQLA 4YKJA 4Q30B 3OEMA 4X48A 2Q89A 4G68C 3O9PA 1JEUA 2F8DA 2F35A 4U1OA 4JBZA 5IKBA 3C32A 1YAEA 1NFTA 3IOVA 3TELA 3CIJA 3DRFA 3TCHA 2Y7WA 4YU0A 1AL3A 1LSTA 1XHYA 3PPQA 2D21A 1Y3QA 3CRBA 5DEXA 1B1HA 2XXWA 4OENA 3VXCA 4MFIA 3KG2A 1B9JA 3QXMA 4XKPA 4YB6A 1XOCA 2QS1A 2ZYOA 3EHSA 3Q26A 4KPTA 2I4BA 2I49A 1MPBA 4IO7A 1MXUA 1P99A 2O6AA 2DYXA 1H45A 3W9WA 1PB9A 2F6PA 1PEBA 3MWBA 2I48A 2XX7A 5ICTA 2X7QA 1IUDA 1LCTA 4QSEA 2UVIA 1Y3PA 1EZ9A 2XXVA 1M5DA 3KJ7A 3PMXA 3A3CA 5K2YA 1M5BA 3K1MA 1TXFA 4F3PA 1DPEA 4PFTA 2Z8FA 2F78A 4DZ1A 1J1NA 4H65A 3ZSFA 2E0SA 4OXVA 1RYOA 3M3FA 4LA9A 4JWXA 1HSJA 3MVWA 4I1DA 3OD7A 1B58A 1FTLA 3K6WA 3M3LA 4FECA 2REGA 1O64A 3PV0E 2WOKA 3GZGA 1LB9A 2G93A 1L5TA 1DSNA 1IXGA 4K3FA 1BIYA 5H8HA 2UXAA 5LOMA 2M8CA 1H43A 5B7DA 3EHUA 3HHGA 5H8FB 3RY3A 4UACA 3FXUA 1JW5A 1XC1A 4RNSA 1ELJA 4M4GA 3CG1A 1QKBA 1FQFA 3IL1B 5HPQA 3O97A 3G3JA 3O6IA 1QVSA 1SW1A 3UIFA 4DLDA 3PMVA 4OTEA 4XKRA 4MLQA 2ALUA 2DS9A 3UORA 3KZGA 1PB8A 4DCYA 3RUMA 3VE1B 4ELPA 4O3CA 3ILUB 3MVXA 3FJ7A 4Q0CA 4F2OA 5I56B 4ZE9A 2Y7PA 2NWJA 3RGYA 1FTOA 2HZKA 1MDQA 1URSA 2Z8DA 3T9HB 4BLAA 2ONRA 4KCDA 4YB5A 2O7UA 4EXKA 2A5SA 3T9VA 3K4UA 3PD9A 1UTBA 2F97A 4NF4A 4XKQA 5JK4A 1SYHA 1BTJA 1B3HA 4P0GA 3HO7A 5L9MA 1QUJA 3DLNA 3PMWA 1IQ7A 2OCUA 3FJMA 3TCFA 1DTZA 3CG3A 2B4LA 1GVCA 3OO7A 3LBSA 3KFMA 4R74A 3OXNA 1POTA 2RC9A 2Y7RA 2UVHA 4OERA 2DE2A 4XXUA 4U22A 2F7CA 4FEBA 4TQUQ 1B32A 1I6AA 3UK4A 1JETA 3C9HA 3IO4A 4PE5B 4R75A 4YKKA 2PT1A 5TPAB 4N13A 3EHTA 4ESXA 3FV1A 2KLFA 4KFQA 1LLSA 3DM0A 5TPAA 1B3EA 2OK2A 4RPOA 2IEEA 5AE4A 2VD2A 2GH9A 3C33A 3THIA 3E4RA 4NF5B 1B4HA 1LBCA 2QPQA 4YICA 1MXVA 1MY1A 3S9EA 1OLAA 3F11A 4IO3A 3BKIB 4NF5A 3GLBA 1N3XA 3DELB 4HTGA 4U4XA 3HV1A 2CMOA 5FTHA 4JWOA 4MLVA 2GHAA 3IX1A 2HXWA 2B4MA 1WDNA 1BLFA 3DRGA 2ZYKA 4XTCQ 1TFAA 3FXRA 5FHNA 3H3GA 4C1TA 3EF7A 3O28A 4PFUA 3MUQA 3MC2A 3CFXA 3N6UA 3TMGA 5JTYB 2GHBA 4BDRA 2XXTA 3OEKA 1B7ZA 3IORA 3MZ9A 4U4SA 2FA7A 4R2BA 3KOTA 5JTYA 2V93A 3AXFA 3G3GA 3MVYA 2XXRA 3TAJA 4NE4A 3O29A 3K01A 3OO6A 4NF6B 1NNPA 2XD2A 5FHOA 4N07A 4NWDA 4DE8A 1A40A 1F9BA 3U72A 2ONSA 1D4NA 3OO8A 2UYEA 2HQ0A 4ISUA 1D9YA 2AL5A 1TT1A 3BFTA 2H5YA 4GRKA 4WKMA 1Y1ZA 4R6KA 1ANFA 3N5LA 3OMBA 5CC2A 5L9OA 1DTGA 2RCBA 5ELVA 2F36A 3G3FA 3N26A 1HSLA 4OWDA 4GWOA 1IXCA 1MQHA 3TODA 2E1SA 1FTJA 2H4IA 3RTWB 4I9DA 4OETA 3A09A 2REJA 1US5A 4OHNA 3IK6B 2I3WA 1URDA 4DXCA 2DE3A 2O1LA 4ZEIA 2XXIA 2PMSA 5EHSA 5I59A 3PD8A 4JXIA 1N7WA 4KCCA 4FIMA 4DDDA 1GV8A 3LSFB 3PUWE 4YZZA 5A5XA 2H9BA 3KSXA 1S7YA 3K02A 4EXLA 2XXYA 3SESA 1MXYA 1B3LA 3TCGA 1LFIA 3GXAA 4QF9A 5BUUA 4NF8B 3C34A 4H5GA 1MQIA 4ZZAA 2ABHA 1FQAA 3O6HA 4F29A 4NF8A 3H6TA 1OVTA 3QAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LBVA 2RC8A 4P11A 3KC0A 3MYUA 1QULA 2I4CA 4FATA 3VVDA 3KC1A 4YMBA 2OLBA 4N6DA 3RYBA 1SW5A 3H6WA 2V84A 1MS7A 3LC8A 1I6BA 1FPGA 4WEPA 4ELRA 4E0WA 4PBHA 1XS5A 1POY1 1XT8A 3H03A 2Y5LA 4EDPA 3G3HA 3PPOA 3R7XA 3UN6A 3O66A 4QHQA 1MY0A 3H4ZA 5KCJB 3IOWA 3U1OA 1P1QA 1FBDA 4R2FA 1LFGA 3O2AA 4ECFA 1OVBA 1CNQA 3C4MA 4IGTA 2HZLA 4KQPA 5EHMA 4POXA 4F39A 3K2DA 4YKPA 2V3TA 2PYYA 2F34A 1XVXA 3L6GA 3E3KA 3H7MA 4HS7A 3T9XB 1B5IA 4GFRA 1FTKA 1PDAA 4P3LA 3TFLA 1UTHB 4ZEFA 2QS4A 2ZMBA 3SZPA 2FIXA 1ZKBA 4LQ5A 5DTBA 1FPBA 1ZLQA 1SI1A 5TP9B 2OJTA 1DBZA 2V3QA 1ZIUA 3FIRA 1DK4A 2AYSA 3Q28A 4GVOA 3ZS6A 2V4CA 2Z22A 1Y4CA 3SEWA 1Q35A 3K1NA 2F3DA 5I3SA 4H8IA 1FTMA 4PF8A 1BKAA 2FIEA 4KHZE 3S9LC 4LN5A 2I6EA 2ZNTA 3DP6A 2P3NA 1EH3A 4I40A 1B51A 4O7IA 3L6HA 1NV0A 4HCYA 4OZ9A 5H8SA 4P56A 2H98A 4I3YA 4UA8A 4PFRA 3M3KA 2HXRA 3KSJA 4H46A 3MZBA 3CR9A 3QSLA 4F18A 2DWHA 3MPKA 4WXJA 4GX3A 2Q2AA 2B3FA 5CM6A 1EZPA 5ITOA 3I6VA 3SDFA 4GF8A 4OVPA 1MY4A 1NV3A 2ESNA 2X7PA 3IJOB 4XF5A 1WVJA 2XX8A 3VLUA 4BDNA 1NH7A 1RYXA 2Q9TA 1AOVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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